4YENA

Room temperature x-ray diffraction studies of cisplatin binding to hewl in dmso media after 14 months of crystal storage - new refinement
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Crystallography and chemistry should always go together: a cautionary tale of protein complexes with cisplatin and carboplatin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4yenA00
1WTMA 1GDWA 3WW6A 4HTKA 5F9XA 4Z41A 1H87A 1GE0A 1AT6A 1B2KA 1QTEA 3QE8A 1CKHA 2HEDA 2BQMA 1OUIA 4ML7A 4DDBA 1I1ZA 1NWGA 3WL2A 1B7LA 3BKVA 1UC0A 3CSRA 2N5ZA 4NGWA 4ETEA 3A94A 1BB6A 1LZRA 2FYDA 1DPXA 3WUMA 2XTHA 3N9CA 2F2NA 1A2YC 1LJNA 2H9JA 4W94A 2ZNXY 3AGHA 1DKKA 1JEFA 3D9AC 4C3WA 4ETCA 5I4XA 2ZQ3A 3W6CA 2MEBA 3WVYA 1J1PY 5JENB 2BQFA 1FLUA 3LYTA 5DM9A 1RFPA 1LJFA 2BLYA 2FYCA 1GE2A 4NHTA 4GCFA 1WQRA 9LYZA 1F10A 1LMTA 2Z2FA 4LT0A 1VDSA 2G4NA 1CKCA 1LMPA 3A95A 1LMCA 4XADA 1HERA 1LSGA 1B7QA 4ETAA 2F4AA 3RT5X 1GF7A 1C7PA 5HMVA 3HBDA 1DPWA 2BQIA 1YIKA 4ETDA 4N1EI 4ANRA 4HJZA 1F0WA 1IEEA 2DQAA 1BB5A 4IATA 1JPOA 1Z55A 5LXWA 4XJIA 4AXTA 1GBYA 1XEKA 5DN4A 2A7DA 1DQJC 2ZWBA 3LYZA 1IOSA 1NHEA 2HEFA 1REYA 1LSAA 2W1YA 4GLVA 1BQLY 1FLWA 1LZSA 3KAMA 4NIJA 5LAFA 4H9FA 4H9EA 1B9OA 2BQEA 3HBHA 3AW7A 1BB7A 1JKCA 1N4FA 2CGIA 132LA 1GF4A 1QTKA 3ZEKA 133LA 4ZIXA 1GBSA 1I56A 1KXYA 4PGJB 4O34A 5KXTA 1HFXA 1G7IC 2X0AA 1IOTA 3P64A 1LZEA 4PJ2C 1B5XA 2HEEA 1JKDA 3LYMA 2F30A 5D5CA 1UIBA 1HNLA 1WQMA 2MEDA 1JKBA 1GF9A 1UCOA 1BGIA 1G7MC 2YVBA 4RW1A 5LYMA 4NG1A 1GB9A 5B05A 4XJHA 1UIGA 1EQEA 3J6KA 4H9BA 5I4YA 2DQCY 4NGYA 4RLNA 1LYZA 1JSFA 4NSIA 1XEIA 4MCKA 1RCMA 1IC5Y 2PC2A 2YBMA 1IR9A 1BVKC 1IWVA 1LHHA 4GCBA 4R0FA 1LYOA 1NF5A 2EQLA 2ZQ4A 1IP4A 4ET8A 2Z18A 1LHKA 1JKAA 1J1OY 1JTTL 4B4JA 3TXEA 1ZV5L 2A7FA 4TSBA 4H94A 1J1XY 1C46A 194LA 1BHZA 2WARA 4GCCA 4J0LA 1LZDA 1GB0A 1YAQA 2ZYPA 4WLXA 2MEHA 1QDRA 4PRUA 3WU8A 4NSGA 1CKDA 5HQ1A 1HSXA 1UIFA 4HTQA 4NGJA 5L3HA 2DQHY 1YILA 2CJLA 3TXIA 1QDTA 3LN2A 4HJVA 3A91A 5I4WA 2F4GA 2Q0MX 1XGPC 1VATA 1H6MA 1B7PA 1OUFA 4NWEA 1OUCA 5KXOA 3B0KA 1GFKA 1WQPA 2W1MA 1LSZA 1CKGA 3LZ2A 1LZ8A 4NGLA 4EMNA 1GFJA 5HNLA 5LYZA 1BB3A 4GN4A 3W6AA 5B59A 2C8PA 2IFFY 2MEEA 5EBHA 3WYHA 2EPEA 1IWXA 3A3QA 1C10A 3TMUA 1GB5A 1VAUA 1B7OA 4X3BA 1HF4A 4WM6A 1IWZA 1UIDA 1LKSA 3LHMA 1CNSA 2I6ZA 5FELA 1LJGA 1QQYA 4LGKA 4MSTA 3QY4A 4TSCA 1OUJA 1GB8A 1B7RA 4FJRA 4WMGA 4Z3MA 3TXKA 2LYZA 3A34A 1LJ3A 3ATNA 3VWOA 1GB7A 3SP3A 1EL1A 1LAAA 4OOOA 4WG7A 7LYZA 1LSFA 2HECA 1AM7A 1FLYA 2W1XA 1LZAA 4NSHA 4DWXA 1GB6A 3TMVA 1ALCA 4M6DA 2BQBA 4BADA 4C5FA 1HEOA 2BQAA 4DT3A 1GXXA 3EMSA 1GFHA 2HEAA 2Z19A 3AB6A 1VDQA 2IHLA 4G4HA 4LT3A 1REZA 1GBWA 5KXNA 1G7HC 1LSNA 5LYTA 4TWSA 1LJKA 3IJVA 3AZ7A 2D91A 1AT5A 4H9HA 2HU3A 2EKSC 4DD3A 2LZTA 1JTOL 4LYTA 2NWDX 3TMXA 6LYZA 1QUTA 4HV1A 1KIPC 5KXMA 2DQEY 1LZCA 4HTNA 1LPIA 3HFMY 3AYQA 5LVKA 5II3A 4WLYA 1GB3A 5A3EA 1FKVA 4H90A 3F6ZA 1LMOA 3A90A 1FN5A 3E3DA 4R6CA 1ZVHL 5LA8A 5F16A 193LA 1B5VA 1LYSA 3A96A 3B0IA 1E8LA 1JJ1A 3TXDA 1DZBX 1LZBA 2Z39A 4HPIA 4OWCA 4L41A 4II8A 1IO5A 2BPUA 1LSBA 1XGQC 1GWDA 1VFBC 8LYZA 1LZ4A 3LZTA 1GFAA 2BQNA 2CDSA 3IJUA 1NDMC 2XJWA 5KXLA 1LMNA 1YKYX 1PS5A 4BAFA 3CQLA 5ILFA 3WPKA 1GD6A 1HFZA 2LZ2A 1UA6Y 1DXJA 135LA 4TX7A 2MEFA 5K7OA 2YBLA 1NBZC 1UIAA 1OUHA 5B07A 1YAOA 5E9RA 1D6PA 1FBIX 4LT1A 6LYTA 2HU1A 1DI3A 4XJFA 2D4IA 3A6BY 1JUGA 4NGZA 4WLDA 1IWYA 4WM2A 4NFVA 3WXTA 5I5QA 5F14A 3WMKA 208LA 3RZ4A 1HENA 5DL9A 4H8XA 2MECA 1GAZA 4I0CA 1OUDA 4ETBA 3QNGA 2BQCA 3WUNA 4G49A 1LJJA 3P65A 3K3TA 2HEBA 5FSTA 1GF3A 5APDA 1IVMA 1NDGC 2RSCA 2ZIJA 4N5RA 5APFA 1HEMA 1GFGA 1NKHA 5KXWA 1EQ4A 2ZNWY 1IX0A 2AUBA 3AGGG 1IP1A 2Y8PA 1YKZX 4NHSA 1GPQC 1WQNA 3A8ZA 1V7TA 1WVVA 1HHLA 3P4ZA 4M4OA 1D6QA 1W08A 1B7NA 1LJHA 4FDYA 1LZ9A 3WPJA 5F9UA 4KPMA 2VB1A 1FDLY 4H93A 1F6SA 4DYGA 1GFEA 4LYOA 1KIRC 2H9KA 3T36A 2H5ZA 2CWIA 1UACY 1IIZA 1LSMA 5LVIA 5L3IA 4GN5C 5KXZA 1CJ9A 3N9EA 1INUA 3A93A 1TAYA 4NGIA 4W96A 5KKJA 2DKVA 4B1AA 4GCEA 1GHLA 1PZYA 1FKQA 1W6ZA 4XJGA 1IP7A 1GXV2 3W6FA 4N8ZA 3G3AB 2BLXA 4GCDA 3TXFA 1MELL 5KXPA 4NY5A 4PHIA 3B72A 3M18B 4N1CC 5B06A 4ET9A 5KKIA 3CSZA 1IR7A 1TEWA 3GXKA 4YM8A 1GFTA 1HEQA 1QSWA 4KXIA 5DN5A 1LKRA 1REMA 2MEAA 3WUAA 3WW5A 1UICA 4OWAA 4KL7A 3TMWA 1OUGA 4CJ2A 5FEKA 3A3RX 1B5UA 1IY4A 5LAGA 4J1AA 4DD2A 1JHLA 1CJ8A 3CT1A 1XGRC 4E3UA 1IP2A 1QSAA 2W1LA 1LSPA 2XBRA 4PRQA 2D4JA 1HMLA 1BVXA 2G4PA 1BWHA 2BQHA 3CB7A 1JITA 5M1YA 1GAYA 1IP6A 4LYZA 4J1BA 1IP3A 1WQQA 4NHIA 1XSFA 1YAPA 4RW2A 4DDAA 3HBEX 4LYMA 1JIYA 3LYOA 5KXKA 4LFXA 4QEQA 1LYYA 5C6IA 1SLYA 4QDNA 3WVXA 3EBAB 4DD7A 5KJ9A 1AZFA 5LA5A 1LZ6A 3FE0A 4J7VA 4UWNA 1B5YA 4N0JA 3WU9A 1UIEA 1LMAA 2FBDA 2BQKA 4H1PA 2Z38A 4YOPA 3WULA 2Z37A 1BB4A 2DBTA 3B0OA 4NG8A 5IDDA 3A67Y 4OWEA 4DD0A 2MEGA 5KY1A 5C6LA 1OQMA 4YEOA 1IOQA 1GBXA 4NGVA 2YBHA 1GE4A 3TXJA 4WM1A 2DQDY 1LSDA 2BQLA 5AMYA 4H92A 3B6LA 4H91A 5I54A 1IR8A 2I25L 1WQOA 2ZIKA 5C6JA 1LMQA 1LTMA 153LA 1GFUA 4N9RA 1GF5A 3MGWA 4Z98A 5LVHA 1GE3A 4WO6A 1WTNA 5APEA 4RDSA 4P2EA 5KXXA 4NEBA 2EIZC 1LHMA 1CJ7A 4WL6A 4WM4A 1IWWA 1VDTA 1IWTA 5DLAA 4DD9A 4QY9A 5LINA 3P68A 5APCA 1D0KA 2ZILA 3A6CY 1LHJA 4NHQA 1DI4A 4UWUA 3OK0A 4A7DA 1RJCB 1TDYA 4WM3A 3J4GA 1OP9B 2BQOA 3EXDA 1B5ZA 1IC7Y 2BAAA 1GF6A 2YDGA 5KXYA 4YF2A 1YKXX 1LZNA 1C45A 1LSCA 1VDPA 1XFPL 1C08C 3AZ4A 1XGUC 4IJ4A 4QGZA 4CFPA 154LA 4IASA 1LZ1A 1I20A 1C43A 1IORA 2B5ZA 4HV2A 1LHIA 3WXUA 2XBSA 1HSWA 1DI5A 1GF8A 2DQIY 4DC4A 1LZTA 1F6RA 4MR1A 1MLCE 4WLTA 5HMJA 5IELA 1CKFA 4G9SA 1XEJA 4D9ZA 1NQIA 3ZVQB 5IHGA 1QUSA 1B0DA 4NSJA 4OOTA 207LA 1G7LC 2DQJY 1LCNA 2LYMA 1TCYA 1YL0X 1G7JC 2Z2EA 3AGIA 4GN3A 3RNXA 5LVGA 4LT2A 3RW8A 5B1GA 1LSYA 3RU5A 3W6DA 5L9JA 1JTPL 5HLLA 5F81A 4OWBA 1JJ3A 1OUEA 4NHPA 3OJPA 1HFYA 1B7SA 1D9UA 4H9IA 3WH1A 2LYOA 1GBOA 4WM5A 1YL1X 4YEMA 3AJNA 5FCPA 1JWRA 1UBZA 1V7SA 4G4CA 4EOFA 1D0LA 1T6VL 4CGEA 4ZFPA 1GB2A 3ATOA 1GDXA 4WO9A 3AZ6A 1GEVA 1GEZA 1HEPA 1ZVYB 3FI7A 5D5FA 3ZVQA 1XGTC 1HC0A 1LJ4A 5B1FA 5LVJA 1FLQA 2YBNA 4HJYA 4I8SA 4OWHA 5I53A 1UUZC 4B49A 4KT3A 3BKHA 1LJIA 4DDCA 5A3ZA 1RI8B 4H8YA 1HELA 4B4EA 2BQJA 1GBZA 1P2CC 2DQFC 4XJBA 1DKJA 1TBYA 3CSQA 2G4QA 3G3BB 3P66A 1HMKA 1YANA 5KXSA 2DQGY 4XN6A 1KXWA 1QIOA 3W6BA 5E4PA 4WL7A 3M3UA 2BQDA 3N9AA 2BQGA 1LZGA 2HUBA 2ZYCA 4GLAA 1IC4Y 1REXA 2MEIA 1B5WA 1BWIA 2D4KA 1LOZA 1NBYC 4UWVA 1RE2A 4AGAA 4LFPA 5KXRA 5LIOA 3AW6A 1JISA 1LZYA 4XENA 2I26L 3WPLA 1NMMA 4H8ZA 1OUAA 1IWUA 1WVUA 3WU7A 2YSSC 4TUNA 1YAMA 4B0DA 1O23A 4OW1A 3IWRA 1UIHA 1AKIA 4NGOA 4RLMA 4HP0A 1SQ2L 2YBJA 3TXGA 4YENA 1D0MA 4CFOA 4XJDA 4U3XB 1GE1A 4HSFA 1GF0A 5T3FA 3ULRA 1LHLA 4HPEA 4BS7A 1OUBA 4WOAA 3T6UA 1LJEA 1LZ5A 3A92A 3D3DA 2GV0A 4H9AA 1GFVA 4XYYA 3AZ5A 4B4IA 3CT0A 2D6BA 3TXHA 1JJ0A 2HTXA 1ZMYL 4LZTA 4PPOA 4LYCA 4NWHA 134LA 1KXXA 1GFRA 5FDJA 1JSEA 5HNCA 3W3EA 3EO5A 4NGKA 4WG1A 2YBIA 4H9CA 5ILCA 3CT5A 1T3PA 4BAPA 4Z46A 1CJ6A 4TTDA 1VEDA 5J7CA 2C8OA 1BWJA 4LYBA 4ZEEA 3GXRA 2LHMA 1YQVY 1IY3A 5FHWA 2Z12A 4CHXA 1YROA 1A4VA 3TXBA 2FBBA 1EQ5A 1HEWA 1KIQC 1IOCA 3W6EA 4DD1A 1B7MA 4G4BA 1IP5A 1LSEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZPUA 113LA 4Z41A 1L52A 1QTEA 4DDBA 3WL2A 235LA 1B7LA 2RH1A 3BKVA 7LZMA 1UC0A 4NGWA 2FYDA 1DPXA 1L99A 2F2NA 142LA 2H9JA 219LA 2ZNXY 3LZMA 3W6CA 1SX7A 3LYTA 1C6PA 1L07A 2FYCA 5DM9A 4EPFA 1G0KA 2G4NA 1LMPA 3OE0A 1LMCA 1OVJA 1QTVA 3RT5X 2OE9X 4I7QA 109LA 1C7PA 1L27A 1L62A 2BQIA 260LA 4HJZA 2DQAA 158LA 1BB5A 4XJIA 2RB2X 5DN4A 4ARPA 4YXAC 1C6MA 232LA 4GLVA 1FLWA 1LYEA 111LA 1B9OA 2BQEA 1BB7A 1JKCA 2CGIA 132LA 3V2WA 126LA 3ZEKA 133LA 1KXYA 1B5XA 2MEDA 1JKBA 1UCOA 187LA 1GB9A 1EQEA 3J6KA 5I4YA 4RLNA 1T6HA 4NSIA 1PQJA 4ARLA 1IWVA 1LHHA 1LGXA 1LYOA 1IP4A 1JKAA 1J1OY 3DNAA 4H94A 1J1XY 1LYDA 194LA 2WARA 1L0KA 4J0LA 1LZDA 2ZYPA 5HQ1A 1D3FA 1QDRA 1CKDA 3SB8A 3TXIA 3LN2A 3A91A 1XGPC 238LA 4NWEA 169LA 1GFJA 5B59A 2C8PA 2IFFY 2MEEA 3WYHA 2EPEA 1IWXA 1L57A 1GB5A 1B7OA 1IWZA 3L2XA 1L19A 3LHMA 1GB8A 1B7RA 112LA 1EL1A 1LSFA 1FLYA 2W1XA 1LZAA 4DWXA 4C5FA 2Z19A 1L48A 3AB6A 225LA 141LA 3DN4A 5LYTA 1C61A 3IJVA 2D91A 4H9HA 4DD3A 2NWDX 1C6HA 1QUTA 5KXMA 215LA 149LA 1LZCA 1LPIA 3A90A 1FN5A 3E3DA 4R6CA 5LA8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WTM A;  1GDW A;  3WW6 A;  4HTK A;  5F9X A;  4Z41 A;  1H87 A;  1GE0 A;  1AT6 A;  1B2K A;  1QTE A;  3QE8 A;  1CKH A;  2HED A;  2BQM A;  1OUI A;  4ML7 A;  4DDB A;  1I1Z A;  1NWG A;  3WL2 A;  1B7L A;  3BKV A;  1UC0 A;  3CSR A;  2N5Z A;  4NGW A;  4ETE A;  3A94 A;  1BB6 A;  1LZR A;  2FYD A;  1DPX A;  3WUM A;  2XTH A;  3N9C A;  2F2N A;  1A2Y C;  1LJN A;  2H9J A;  4W94 A;  2ZNX Y;  3AGH A;  1DKK A;  1JEF A;  3D9A C;  4C3W A;  4ETC A;  5I4X A;  2ZQ3 A;  3W6C A;  2MEB A;  3WVY A;  1J1P Y;  5JEN B;  2BQF A;  1FLU A;  3LYT A;  5DM9 A;  1RFP A;  1LJF A;  2BLY A;  2FYC A;  1GE2 A;  4NHT A;  4GCF A;  1WQR A;  9LYZ A;  1F10 A;  1LMT A;  2Z2F A;  4LT0 A;  1VDS A;  2G4N A;  1CKC A;  1LMP A;  3A95 A;  1LMC A;  4XAD A;  1HER A;  1LSG A;  1B7Q A;  4ETA A;  2F4A A;  3RT5 X;  1GF7 A;  1C7P A;  5HMV A;  3HBD A;  1DPW A;  2BQI A;  1YIK A;  4ETD A;  4N1E I;  4ANR A;  4HJZ A;  1F0W A;  1IEE A;  2DQA A;  1BB5 A;  4IAT A;  1JPO A;  1Z55 A;  5LXW A;  4XJI A;  4AXT A;  1GBY A;  1XEK A;  5DN4 A;  2A7D A;  1DQJ C;  2ZWB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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