1JPOA

Low temperature orthorhombic lysozyme
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Time-Resolved Biological and Perturbation Chemical Crystallography: Laue and Monochromatic Developments
pubmed rcsb
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1997-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jpoA00
5DN4A 1IVMA 1DPWA 4QGZA 1OUGA 1NDGC 3P65A 1LHIA 4NFVA 1B7PA 5E9RA 3BKHA 3TXDA 3EMSA 3WXUA 1B5WA 1GE4A 4H9BA 1WVVA 5C6JA 1GFKA 1GFTA 3OK0A 4YEMA 4ANRA 2ZYCA 3HFMY 5IELA 1C45A 1HHLA 1LZCA 1YL1X 1JPOA 5KKIA 1JKCA 4LYZA 1VATA 1FKQA 4HTQA 4C5FA 1TBYA 3WUAA 4R6CA 1RJCB 5C6IA 1ZV5L 2G4QA 1P2CC 2ZQ3A 5APEA 1WQPA 133LA 4NSHA 1D0KA 2IHLA 3W6DA 1VDTA 4NWHA 4PJ2C 2YBLA 154LA 1KIRC 1NWGA 1YKZX 4WM3A 1LZAA 4J0LA 2YDGA 3A91A 4XJGA 4DD9A 4PGJB 4NHPA 4DT3A 3D3DA 4H90A 1LHMA 4H9HA 3AZ5A 3J4GA 4HTNA 4Z98A 1WVUA 3WYHA 9LYZA 6LYTA 4N0JA 1I56A 4J1AA 1GXV2 1LJNA 4DDAA 1RI8B 4MR1A 1G7JC 1LZ4A 4BADA 3LZTA 3AW6A 1DI5A 1NHEA 2BQHA 4O34A 4B0DA 1GB5A 1JSEA 4NHIA 3QY4A 1BB5A 4LYCA 3TXFA 1LSYA 1LSAA 4X3BA 2F4GA 3EBAB 4KXIA 2DQAA 1UIDA 1IX0A 1YIKA 5A3ZA 2LYMA 4HP0A 1BVXA 1XFPL 2F30A 5KXWA 1GBZA 1GF9A 1BB4A 1LZSA 2DKVA 1LHLA 2XBSA 4NSIA 4WM2A 5FELA 1JHLA 2FYCA 1GBYA 1GBOA 4NG1A 1FBIX 2HTXA 4L41A 1JTPL 3HBDA 1UIFA 1RCMA 4LFXA 4XN6A 4H9IA 1B5VA 4DD2A 1HEWA 5B06A 3B6LA 1WQMA 1XEIA 4WO9A 3WULA 4NY5A 4NHTA 1A2YC 1CJ6A 4LYOA 3CSRA 135LA 4U3XB 5LYMA 3LHMA 3K3TA 1NBYC 3N9AA 2MEDA 3B0IA 5I5QA 3P68A 1QSWA 1LSDA 2W1XA 2H5ZA 1JISA 4ETEA 2D4KA 1IIZA 1YANA 2HU3A 2HECA 1GAYA 1CKCA 5KXNA 1XEKA 4WM4A 3WL2A 1G7IC 2LHMA 4KL7A 3N9EA 4KPMA 1W08A 4H9CA 1LYYA 1GXXA 4MSTA 4PRQA 1YAPA 1LJGA 1LSBA 1T3PA 4NIJA 2D6BA 1JJ0A 4G4CA 4OWHA 3A92A 2MEAA 1IP4A 1HSWA 3W6CA 1J1PY 3B0OA 2BQDA 4NEBA 5FCPA 3A67Y 2RSCA 3AGHA 4LT2A 4B4JA 1F0WA 1LTMA 1VDQA 2BQFA 3WXTA 4DYGA 2Z2FA 1EQEA 1QDRA 3W6BA 5I4WA 1LMQA 2G4NA 3WH1A 4RDSA 4GCEA 1C43A 4XJDA 1TEWA 4LZTA 1GBXA 1GD6A 5B59A 2Z2EA 3W6AA 2BQIA 3G3BB 3A3QA 1OUDA 1OUHA 1PS5A 3CSQA 2HU1A 1XGTC 2VB1A 1IP5A 3P64A 4XJFA 4NGZA 1OUJA 1IWUA 1YAMA 2WARA 4G9SA 4TSCA 1YROA 5L9JA 1LSCA 4AGAA 3AZ4A 4WM1A 1QDTA 4XJIA 1CNSA 1JWRA 1REZA 1NF5A 1DXJA 1CKDA 1AKIA 4OOTA 4E3UA 3CB7A 1H6MA 1UACY 1VFBC 4GLAA 4GN3A 4UWNA 2Z38A 3MGWA 1CJ9A 5LYZA 5ILFA 3A34A 4H1PA 1HEOA 3RT5X 194LA 1B5XA 1G7HC 7LYZA 1OUEA 1KXXA 4H9AA 4UWVA 4G4HA 4XYYA 1OP9B 4YM8A 1IO5A 1ALCA 2FYDA 3FE0A 1HMKA 4H8YA 4GCDA 4OWEA 1GE3A 4NGVA 1AM7A 1DZBX 4TUNA 1J1XY 2YBIA 2BAAA 1GB8A 5I4YA 4NGJA 5L3HA 1A4VA 4RLMA 3ZVQA 1REXA 2H9KA 3HBHA 5AMYA 1JITA 2BQLA 4PRUA 3RU5A 1RE2A 4YF2A 1LMCA 4MCKA 5KXSA 2F2NA 4H93A 3GXRA 4NHQA 2XJWA 3CT0A 4W96A 1B7SA 3KAMA 3CT5A 4HTKA 4CHXA 4XJHA 1H87A 4ZIXA 1SQ2L 4WLYA 1IWZA 1B5ZA 3A96A 4Z41A 1NQIA 1JKBA 1LOZA 6LYZA 2YSSC 4UWUA 5FEKA 1REYA 1LSNA 2W1MA 2DQDY 1XGUC 2I25L 1E8LA 2X0AA 3LZ2A 2Q0MX 1YAQA 4DD0A 1XGQC 3AZ7A 5ILCA 1IWTA 5F9UA 1JJ3A 2DQFC 1IWWA 1WQOA 4GCCA 4GLVA 4W94A 1HFYA 2HUBA 5F16A 1GF8A 3AZ6A 2HEEA 1D6PA 4C3WA 1SLYA 2LZ2A 4HPEA 4RW2A 3B0KA 3QNGA 3AGIA 3TXKA 4ZFPA 4M6DA 153LA 2G4PA 3CSZA 1LSMA 1DKJA 4TTDA 5IDDA 1LZDA 1D0LA 2BQNA 1LYOA 2ZILA 1LHJA 2ZWBA 4ETDA 2DQGY 5LA8A 1CKHA 4CGEA 1IWYA 2EQLA 3ZVQB 1UA6Y 2XBRA 5KXLA 1IP1A 3A95A 2Z39A 3A93A 5LXWA 4NGIA 4WM6A 1JKAA 2W1YA 132LA 2PC2A 3ULRA 1IP3A 4A7DA 1DKKA 4DD7A 1WTNA 2BQCA 3RZ4A 1CJ8A 4H92A 1JUGA 4G49A 1IP7A 1JTTL 1UC0A 5K7OA 4FJRA 1LSEA 1LYSA 2CDSA 4OWAA 1EQ5A 3EO5A 2DBTA 4I8SA 4NGLA 1LKRA 2I6ZA 4HPIA 1GFHA 1LZ1A 1NBZC 1YAOA 2MEHA 1HC0A 4LFPA 1NMMA 5HQ1A 1VDPA 2NWDX 4WL6A 5KJ9A 1N4FA 4QDNA 1I20A 4IJ4A 2HEFA 4H9EA 4TSBA 5APCA 1GAZA 5HMVA 1EL1A 4OWCA 5DL9A 4WM5A 1D9UA 1LJJA 3IJVA 1AT5A 1BVKC 1OUFA 4ETAA 5LAGA 3TXEA 2BPUA 3TMVA 4H91A 1UBZA 5I53A 1BHZA 1KIQC 1LMOA 3AW7A 4DDBA 1MLCE 4J1BA 2BQMA 2W1LA 5LAFA 1BB6A 1V7SA 1BWIA 3WUNA 4NWEA 1JJ1A 1LJFA 2BQJA 5LIOA 1GFRA 4HV1A 5DM9A 2ZYPA 4HSFA 1GFVA 1LJHA 1IEEA 4LYBA 2MEGA 1CJ7A 3LYOA 4H94A 4LGKA 1KXYA 2Z12A 4OW1A 2DQCY 1DI4A 4B4EA 5KKJA 4BAFA 3G3AB 4NGYA 1OUCA 1IOCA 1TCYA 4WG1A 4WLTA 2DQHY 2LYZA 1GE0A 1B7MA 1F6RA 2FBBA 2MEEA 4II8A 4EOFA 1REMA 3A6BY 4LYTA 4ET9A 1LZTA 4LT1A 4GN5C 1HFZA 4CFOA 5KXOA 1UCOA 3EXDA 3M3UA 3P4ZA 1B5YA 1LPIA 2IFFY 1TAYA 2EIZC 5B07A 4OWBA 4ZEEA 4OOOA 1WQNA 2CJLA 1B7RA 1VDSA 2BQGA 3CQLA 5M1YA 2LYOA 1W6ZA 3WW5A 3ZEKA 5L3IA 3E3DA 1XGPC 5EBHA 1BB3A 1LZEA 1YL0X 3AB6A 3GXKA 1LZGA 4RW1A 1XGRC 1UICA 4LT3A 4WMGA 1LMPA 3B72A 3AJNA 1INUA 1B5UA 2CGIA 1JKDA 1LAAA 1GWDA 4GCFA 4H8ZA 2Z18A 3RW8A 4EMNA 4B1AA 3WPJA 5LVGA 207LA 1B7LA 4PHIA 3IJUA 2BQBA 4G4BA 5DLAA 1WTMA 3FI7A 1LSPA 4TWSA 193LA 4DWXA 1LSGA 5F81A 1IP2A 1HFXA 4HJYA 5JENB 1LJ3A 1LZ9A 1LJIA 3P66A 3T6UA 1B2KA 208LA 1GE2A 1KIPC 4I0CA 4R0FA 3TXHA 4DC4A 3WVXA 1HEQA 4B4IA 1VAUA 3M18B 1GBWA 4Z46A 4XENA 1LZ5A 1LJKA 1LHHA 4P2EA 1FLQA 4GN4A 1YKXX 3A3RX 1C10A 4RLNA 1BB7A 2HEDA 1B7NA 1OUBA 4QY9A 1GBSA 1XSFA 2YVBA 1GFEA 4XJBA 1UIAA 3TXBA 1LZ6A 1LCNA 4WG7A 2ZQ4A 3A94A 4Z3MA 1QTEA 5IHGA 1IOQA 1IR8A 3RNXA 5FSTA 3TMXA 1G7MC 1WQRA 4N8ZA 1GPQC 1HMLA 1LMAA 3BKVA 1IWVA 1CKGA 1FLUA 4BS7A 4IASA 3TXGA 4DDCA 5II3A 1HSXA 1LJ4A 134LA 4NG8A 1ZVYB 2B5ZA 5F9XA 5D5FA 5LA5A 2GV0A 4PPOA 1GFJA 2MECA 5A3EA 1HNLA 1AZFA 1GHLA 4FDYA 1FN5A 1LSFA 1JSFA 1BGIA 4NGOA 5LVKA 2D91A 2HEAA 1GB0A 1GDWA 1IOTA 1VEDA 1IC5Y 2MEBA 2Z19A 1GB9A 5LVHA 2DQJY 5LYTA 1JTOL 5C6LA 3W3EA 2MEFA 3WMKA 1B0DA 2YBMA 1XEJA 2XTHA 1B7OA 1OUIA 4WO6A 4B49A 3A8ZA 4WOAA 4CFPA 4ET8A 1GFGA 1F6SA 1UIGA 5KXTA 1GB2A 1D0MA 1GF3A 1LKSA 3A90A 5KXZA 3WU7A 2CWIA 1IC4Y 3TMWA 2BLXA 3VWOA 1GF5A 2DQIY 4TX7A 3TXIA 2C8PA 1ZMYL 1UIBA 4WL7A 1IR9A 5APFA 5HNCA 3A6CY 1D6QA 5LINA 1B7QA 4DD1A 1GB7A 1GF7A 4QEQA 3LYZA 4HJZA 1GB3A 1HELA 1GEVA 3LYTA 1LZYA 2I26L 3IWRA 1B9OA 3N9CA 3TMUA 4BAPA 1OQMA 2EPEA 1O23A 2Y8PA 1QUTA 2BQKA 1IP6A 1UIHA 3T36A 2A7FA 1V7TA 1IY3A 2N5ZA 4LT0A 1BWHA 2BLYA 4N5RA 4CJ2A 1IWXA 1FKVA 4NSGA 2ZNXY 5DN5A 1Z55A 1NDMC 5FDJA 5HNLA 4IATA 1YILA 4M4OA 2BQOA 5HLLA 5D5CA 1FLWA 1GFUA 2DQEY 1T6VL 3D9AC 1LMTA 3WU9A 1GF0A 1LSZA 1FDLY 2BQAA 4H9FA 4KT3A 1C08C 1QQYA 1GB6A 3WU8A 1I1ZA 2HEBA 1LMNA 4WLXA 1DQJC 2BQEA 3WPLA 4NSJA 1QUSA 1JIYA 5APDA 1CKFA 4NGKA 2H9JA 1PZYA 4YOPA 4ML7A 4N1EI 3ATNA 4ETCA 1JEFA 3WPKA 2LZTA 1HEMA 2Z37A 3F6ZA 4WLDA 5KXYA 1HF4A 1FLYA 1YKYX 1LZNA 1QTKA 1G7LC 4N1CC 3WW6A 2D4JA 1KXWA 5LVIA 2AUBA 4J7VA 3J6KA 5I54A 1F10A 1C7PA 1MELL 1IC7Y 3WUMA 5F14A 1J1OY 4D9ZA 1BQLY 1HENA 2ZNWY 2F4AA 4NGWA 2YBHA 3SP3A 5KXXA 2YBNA 3TXJA 3W6FA 3CT1A 5KXPA 1DI3A 1LYZA 1DPXA 2EKSC 5KY1A 1C46A 4DD3A 3W6EA 1BWJA 5KXKA 5KXRA 1LZ8A 1IR7A 2A7DA 1GEZA 1ZVHL 4AXTA 2D4IA 4HJVA 4LYMA 4NHSA 1QIOA 3ATOA 1GDXA 5LVJA 1TDYA 3AYQA 4N9RA 1HEPA 1UIEA 4GCBA 1EQ4A 1GF6A 1RFPA 1GF4A 2YBJA 4H8XA 3LYMA 1LZRA 1GE1A 5B1GA 8LYZA 1LHKA 4YENA 2ZIKA 2FBDA 4XADA 3QE8A 5HMJA 5E4PA 2ZIJA 3LN2A 1IOSA 3OJPA 5I4XA 1YQVY 1GFAA 5T3FA 1IY4A 1LZBA 1HERA 1QSAA 3WVYA 4YEOA 3HBEX 2C8OA 1AT6A 5FHWA 1NKHA 5J7CA 1LJEA 3AGGG 2MEIA 5B05A 1WQQA 1IORA 5B1FA 1UUZC 4HV2A 5KXMA 4ETBA 1OUAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DPWA 1CU3A 2L78A 3P65A 4NFVA 3BKHA 189LA 1B5WA 3CDTA 3OK0A 2ZYCA 1L14A 1HHLA 2QB0B 148LE 1JKCA 257LA 1VATA 122LA 3WUAA 5APEA 3SB6A 1VDTA 1L54A 1LZAA 4DD9A 144LA 4Z98A 1I56A 4DDAA 1RI8B 1G7JC 1NHEA 2BQHA 1L01A 1L33A 1IX0A 4HP0A 1GBZA 4WM2A 4YXAC 3HDEA 1GBYA 1G1VA 1GBOA 4NG1A 4L41A 2RBNA 4DD2A 5B06A 3WULA 1L23A 2F2QA 1L10A 4NY5A 1CJ6A 4LYOA 135LA 3LHMA 3K3TA 233LA 3UONA 2MEDA 5I5QA 2H5ZA 4LDOA 2D4KA 1GAYA 1CKCA 1QSBA 4WM4A 1G7IC 1L90A 4H9CA 1LYYA 1L28A 4PRQA 2D6BA 1JJ0A 4G4CA 4NEBA 4B4JA 1LI2A 3V2YA 129LA 2Z2FA 4DAJA 5I4WA 3WH1A 1TEWA 170LA 2Z2EA 3W6AA 1LYIA 3A3QA 253LA 1OUJA 1YAMA 4TSCA 1L83A 3OE9A 173LA 1QDTA 1L84A 2ANXA 1LI3A 2O4WA 3CB7A 1KY1A 4UWNA 1CJ9A 5ILFA 7LZMA 194LA 7LYZA 1KXXA 4XYYA 4NGVA 4W55A 3ZVQA 1REXA 2H9KA 3HBHA 4ARPA 1RE2A 1LMCA 244LA 213LA 1OVKA 131LA 3DN3A 125LA 1L20A 4HTKA 4WLYA 1IWZA 1DYAA 1NQIA 4LZMA 225LA 1L74A 2OU0X 2OTZX 2B75A 1LSNA 2I25L 2X0AA 3LZ2A 1JTMA 1XGQC 247LA 4GCCA 4W94A 1SLYA 4RW2A 3AGIA 3TXKA 3CSZA 4DJHA 4TTDA 2BQNA 1L27A 1L00A 2DQGY 3F8VA 1L07A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DN4 A;  1IVM A;  1DPW A;  4QGZ A;  1OUG A;  1NDG C;  3P65 A;  1LHI A;  4NFV A;  1B7P A;  5E9R A;  3BKH A;  3TXD A;  3EMS A;  3WXU A;  1B5W A;  1GE4 A;  4H9B A;  1WVV A;  5C6J A;  1GFK A;  1GFT A;  3OK0 A;  4YEM A;  4ANR A;  2ZYC A;  3HFM Y;  5IEL A;  1C45 A;  1HHL A;  1LZC A;  1YL1 X;  1JPO A;  5KKI A;  1JKC A;  4LYZ A;  1VAT A;  1FKQ A;  4HTQ A;  4C5F A;  1TBY A;  3WUA A;  4R6C A;  1RJC B;  5C6I A;  1ZV5 L;  2G4Q A;  1P2C C;  2ZQ3 A;  5APE A;  1WQP A;  133L A;  4NSH A;  1D0K A;  2IHL A;  3W6D A;  1VDT A;  4NWH A;  4PJ2 C;  2YBL A;  154L A;  1KIR C;  1NWG A;  1YKZ X;  4WM3 A;  1LZA A;  4J0L A;  2YDG A;  3A91 A;  4XJG A;  4DD9 A;  4PGJ B;  4NHP A;  4DT3 A;  3D3D A;  4H90 A;  1LHM A;  4H9H A;  3AZ5 A;  3J4G A;  4HTN A;  4Z98 A;  1WVU A;  3WYH A;  9LYZ A;  6LYT A;  4N0J A;  1I56 A;  4J1A A;  1GXV 2;  1LJN A;  4DDA A;  1RI8 B;  4MR1 A;  1G7J C;  1LZ4 A;  4BAD A;  3LZT A;  3AW6 A;  1DI5 A;  1NHE A;  2BQH A;  4O34 A;  4B0D A;  1GB5 A;  1JSE A;  4NHI A;  3QY4 A;  1BB5 A;  4LYC A;  3TXF A;  1LSY A; 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 1GB6 A;  3WU8 A;  1I1Z A;  2HEB A;  1LMN A;  4WLX A;  1DQJ C;  2BQE A;  3WPL A;  4NSJ A;  1QUS A;  1JIY A;  5APD A;  1CKF A;  4NGK A;  2H9J A;  1PZY A;  4YOP A;  4ML7 A;  4N1E I;  3ATN A;  4ETC A;  1JEF A;  3WPK A;  2LZT A;  1HEM A;  2Z37 A;  3F6Z A;  4WLD A;  5KXY A;  1HF4 A;  1FLY A;  1YKY X;  1LZN A;  1QTK A;  1G7L C;  4N1C C;  3WW6 A;  2D4J A;  1KXW A;  5LVI A;  2AUB A;  4J7V A;  3J6K A;  5I54 A;  1F10 A;  1C7P A;  1MEL L;  1IC7 Y;  3WUM A;  5F14 A;  1J1O Y;  4D9Z A;  1BQL Y;  1HEN A;  2ZNW Y;  2F4A A;  4NGW A;  2YBH A;  3SP3 A;  5KXX A;  2YBN A;  3TXJ A;  3W6F A;  3CT1 A;  5KXP A;  1DI3 A;  1LYZ A;  1DPX A;  2EKS C;  5KY1 A;  1C46 A;  4DD3 A;  3W6E A;  1BWJ A;  5KXK A;  5KXR A;  1LZ8 A;  1IR7 A;  2A7D A;  1GEZ A;  1ZVH L;  4AXT A;  2D4I A;  4HJV A;  4LYM A;  4NHS A;  1QIO A;  3ATO A;  1GDX A;  5LVJ A;  1TDY A;  3AYQ A;  4N9R A;  1HEP A;  1UIE A;  4GCB A;  1EQ4 A;  1GF6 A;  1RFP A;  1GF4 A;  2YBJ A;  4H8X A;  3LYM A;  1LZR A;  1GE1 A;  5B1G A;  8LYZ A;  1LHK A;  4YEN A;  2ZIK A;  2FBD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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