1JTMA

Alternative structures of a sequence extended t4 lysozyme show that the highly conserved beta-sheet has weak intrinsic folding propensity
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
178
structure length
170
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKGIGHLLTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Crystal Structures of a T4-lysozyme Duplication-extension Mutant Demonstrate that the Highly Conserved beta-Sheet Region has Low Intrinsic Folding Propensity
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 63
structure length 170
sequence length 178
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jtmA00
120LA 160LA 3DMVA 1L75A 1L36A 1L80A 2B72A 1QTCA 2RB1X 146LA 1B6IA 3SB7A 2HUMA 2OTZX 1QTHA 261LA 3EMLA 7LZMA 1L62A 1C6PA 1LPYA 3GUNA 3DN8A 1DYDA 2OEAX 131LA 1QS5A 1L03A 3CDQA 240LA 4I7PA 2RBRA 258LA 253LA 1OV5A 3CDOA 1L57A 175LA 190LA 1SSWA 1L72A 195LA 3C83A 1L17A 138LA 1L50A 214LA 1L41A 4K5YA 5LZMA 4W51A 189LA 2RBSA 1G0JA 1XJTA 1D9WA 1LI2A 2QB0B 1PQDA 1C6KA 1P2LA 1L02A 150LA 1L0JA 1TLAA 1L87A 1QSQA 251LA 1CV3A 4EKQA 1L49A 3SB8A 4ARMB 1L18A 1L73A 1L28A 1L16A 141LA 1L79A 1D3NA 140LA 2OE9X 2Q9EA 1L94A 182LA 201LA 4AQNA 1L84A 1L64A 197LA 2RAYX 144LA 3HTBA 1L0KA 128LA 4W59A 215LA 1L66A 1CVKA 4ARMA 1LI6A 239LA 1PQIA 3CDTA 200LA 2F2QA 1CUPA 4I7OA 236LA 1L67A 226LA 114LA 1L58A 4PJZA 1LYJA 1DYFA 212LA 1L35A 1L07A 1L54A 2O79A 4I7RA 4PK0A 1L33A 1LGWA 1DYGA 2L78A 183LA 205LA 172LA 1CV0A 3NY9A 206LA 1SX2A 2B74A 2RB0X 110LA 222LA 3GUIA 3SB5A 3HUQA 115LA 2Q9DA 149LA 2ANVA 1ZURA 1SSYA 3OE9A 1K28A 2IGCA 249LA 3DN3A 2NTHA 3SBBC 1C6TA 177LA 3OE8A 3OE0A 1L51A 1C6BA 4I7TA 1C6AA 1L29A 1C6EA 3L64A 147LA 1L61A 111LA 3DMZA 1L27A 3HTDA 1L10A 3FADA 3NY8A 4ARJA 2NTGA 3C8SA 166LA 1EPYA 1L09A 4GBRB 1L63A 167LA 1PQOA 246LA 1L43A 1L52A 241LA 2B6YA 1QSBA 1L89A 1CV1A 122LA 1CU5A 1L39A 2RBPA 4GRVA 248LA 1L56A 1L71A 233LA 1KW7A 1L70A 1L98A 1C60A 3QAKA 3GUPA 1C66A 3DMXA 229LA 216LA 2LC9A 2O4WA 3HU9A 185LA 1L44A 3HH5A 1L20A 2F32A 171LA 2RAZX 181LA 1G0QA 3HT9A 123LA 119LA 1C61A 1L76A 3HH6A 1LYGA 242LA 4EPIA 1L77A 1KY1A 1C63A 2LZMA 4EXMA 1L82A 1T6HA 1L97A 3G3XA 3HH4A 1QT5A 250LA 2RH1A 1T8GA 1KS3A 1L37A 3C7WA 1P3NA 4W56A 1C62A 4I7QA 1D2YA 1L55A 1L13A 1SWZA 125LA 1L45A 1C6DA 3DNAA 1KNIA 126LA 1LYIA 3LZMA 1QTBA 3GULA 4EKPA 1L04A 4W54A 3HTGA 217LA 4ARQB 1OVKA 4W58A 4W55A 178LA 4LDEA 127LA 2O7AA 244LA 3HU8A 225LA 163LA 1CX6A 2HUKA 1QUOA 1DYCA 1L22A 3L2XA 4DAJA 1L34A 1G0LA 1L15A 173LA 1G07A 2LCBA 2RB2X 4I7NA 112LA 1L01A 4YXCA 1L00A 1D3JA 1L96A 4ARQA 168LA 2B6ZA 1C6FA 109LA 1D2WA 104LA 3F8VA 230LA 1T97A 2B70A 3V2WA 1D3FA 2OU9A 1L21A 1CV5A 2OE7X 1CTWA 176LA 1L30A 1JTNA 2Z6BA 1DYAA 1NHBA 1DYBA 3DN6A 1LYDA 3GUMA 1C6NA 4EKSA 4EJ4A 1CU3A 1LGUA 1T8AA 158LA 1P7SA 1G06A 1L23A 155LA 1P37A 3G3WA 3OE6A 2B75A 3C7ZA 210LA 186LA 3PDSA 2HULA 3NYAA 3HT6A 174LA 1L48A 1QT3A 1L74A 1L92A 3RUNA 156LA 1QT8A 3FI5A 3SBAA 5I14A 1L85A 1C65A 1L42A 262LA 1G1WA 1L99A 1QTZA 1QT7A 1L40A 1SWYA 1KY0A 1L90A 1L26A 1OV7A 1C69A 238LA 145LA 1G1VA 1CU6A 1P36A 1QT4A 3FA0A 1OVJA 1L86A 4EPFA 3G3VA 4W57A 1OWZA 259LA 1CV4A 228LA 1L12A 3D4SA 3HH3A 1QTDA 6LZMA 157LA 2B7XA 129LA 1C6IA 254LA 4LDLA 4ZPUA 1JQUA 2OTYX 3HUAA 220LA 3HDEA 1XEPA 3CDRA 1G0KA 1QS9A 130LA 118LA 1L11A 1C6HA 1QT6A 1QUHA 3C82A 4W52A 1CU0A 152LA 1L32A 1LGXA 3HDFA 4I7KA 2A4TA 142LA 237LA 2B73A 2OU0X 1C64A 1P46A 1C6LA 3HT7A 2ANXA 1G0GA 1QUDA 231LA 1I6SA 1LI3A 1C6CA 1ZWNA 1P6YA 219LA 1L68A 1OWYA 223LA 191LA 3GUJA 1L53A 1PQKA 1C6GA 1L81A 1CX7A 3CDVA 3VW7A 1XJUA 192LA 3SB6A 4DJHA 232LA 213LA 2F47A 257LA 3C8QA 1L06A 3HTFA 2RBQA 180LA 108LA 165LA 107LA 1JTMA 169LA 1L24A 260LA 151LA 1L65A 1PQMA 1SX7A 4OO9A 1L95A 1CV6A 1L05A 1L38A 187LA 3RZEA 3JR6A 113LA 1L91A 245LA 1C68A 235LA 3SN6R 1L08A 227LA 256LA 4DKLA 247LA 1WTHA 162LA 3ODUA 161LA 3F9LA 196LA 4I7LA 1L47A 1L59A 4S0WA 102LA 4E97A 234LA 1L69A 1LYFA 3DN1A 1L19A 159LA 1C67A 3C7YA 2B6WA 3HT8A 3UONA 1L46A 164LA 1P56A 3C81A 188LA 1D3MA 1KW5A 3DN4A 1LWKA 2CUUA 139LA 1CU2A 1L25A 1T8FA 3DN2A 1L60A 1L88A 1LWGA 1ZYTA 4ARLA 1LYHA 1L14A 1PQJA 3K2RA 4I7SA 198LA 1L31A 3DN0A 170LA 221LA 4LDOA 1LLHA 3HWLA 1QUGA 1LYEA 2RBOA 137LA 4LZMA 143LA 243LA 3GUKA 2QARC 211LA 4W53A 252LA 4YX7C 1OYUA 184LA 1C6QA 1OVHA 3PBLA 2RBNA 103LA 3SB9A 4I7MA 224LA 1P64A 3GUOA 2B6XA 148LE 2B6TA 4I7JA 1P5CA 1G0MA 1L93A 4ARPA 1L83A 4EKRA 3V2YA 1DYEA 255LA 3HUKA 2OU8A 3C8RA 1P2RA 3C80A 4IAPA 3DKEX 2OE4X 1CUQA 1LW9A 1QTVA 218LA 4YXAC 209LA 1C6JA 1C6MA 199LA 1G0PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
120LA 160LA 134LA 3DMVA 4YOPA 3N9EA 1GBZA 2I6ZA 1L75A 1L80A 2B72A 1B6IA 1G7JC 1LJHA 1JJ0A 5KXNA 4XJFA 1IP2A 2D4JA 4WL7A 4NSIA 7LZMA 1C6PA 4ZEEA 3TXHA 1DPWA 4NWHA 131LA 5B1GA 1GXXA 1GWDA 4I7PA 4O34A 4AXTA 5F9XA 3RNXA 3C83A 4TUNA 5KXOA 5B05A 4GCBA 4K5YA 4NGZA 3OK0A 4W51A 189LA 4KT3A 1LJFA 1LMQA 1FLWA 1D9WA 1LI2A 2YDGA 4II8A 150LA 2ZNWY 3WW5A 4B4IA 4FDYA 4LYBA 4ML7A 4RLMA 2W1MA 141LA 4DWXA 1LKSA 1JTPL 1LYSA 5D5FA 1QTEA 2EIZC 1LZSA 2OE9X 2Q9EA 1FLUA 1L94A 201LA 1L64A 2RAYX 128LA 215LA 2YSSC 1L66A 1LI6A 200LA 2F2QA 1CUPA 5LVIA 236LA 1L67A 4H91A 4N0JA 1LMAA 114LA 1IP4A 1L58A 1OUGA 1LYJA 1L35A 2O79A 2HU1A 1LHIA 1YAOA 1CV0A 1HMLA 4NGJA 110LA 3HUQA 149LA 4UWVA 1GD6A 5B06A 1J1OY 3OE9A 1K28A 2IGCA 4MSTA 2NTHA 3SBBC 1GB9A 2WARA 5EBHA 4I7TA 4H8XA 2BQLA 1L29A 5L3IA 1GE1A 2DQFC 4GBRB 1GDXA 167LA 3VWOA 2HEAA 1GF6A 2RBPA 3WU7A 2B5ZA 4WG1A 248LA 1L56A 1L71A 233LA 4TSBA 1L98A 5LAFA 4EOFA 1MLCE 5LA8A 1XEKA 1XEJA 3A67Y 4WM5A 1L44A 7LYZA 4N1EI 4J7VA 2F32A 3P68A 1OUCA 3HH6A 242LA 1KY1A 1LSYA 1LZTA 1HEQA 2H5ZA 3G3XA 6LYTA 2YBHA 1KS3A 3C7WA 1P3NA 1GFUA 3A3RX 4I7QA 4ETEA 4ZIXA 2W1XA 4HPIA 3WMKA 5APCA 1KNIA 2LYOA 3A6CY 1GB0A 207LA 1CJ6A 4W54A 5F14A 3TXGA 2YBMA 1OVKA 4W58A 4LDEA 1GFHA 5APFA 163LA 4Z98A 4HTKA 1G07A 1OUBA 1LZ9A 1OUAA 2LCBA 1LZ1A 3W6CA 1L01A 1LJIA 1L00A 1FKQA 168LA 2B6ZA 1C6FA 109LA 1BB5A 1T97A 1NKHA 5LYMA 1CTWA 5B59A 2Z6BA 1VDSA 1IWTA 5LVHA 4EKSA 1LGUA 4QEQA 1ZV5L 3TMWA 1OUHA 1P7SA 1G06A 2W1LA 3AZ7A 1L23A 2X0AA 4RW1A 2XBSA 155LA 1F10A 1GFEA 2XTHA 3C7ZA 2Z37A 3FI7A 2YBLA 3HT6A 1L92A 2LYMA 4H92A 1IEEA 1LJJA 4DD0A 1GE0A 1O23A 2MEIA 4H8YA 4IASA 4NGYA 1WVVA 3J4GA 1YAPA 9LYZA 1QT7A 5I54A 4XN6A 3RW8A 1J1PY 1DKJA 2BQOA 3A90A 1EQ4A 4LT0A 3FA0A 1OVJA 4G4BA 1DZBX 1D0LA 3CT5A 1L12A 5FCPA 3TXJA 3D4SA 3HH3A 157LA 2B7XA 129LA 1FBIX 2OTYX 1HF4A 220LA 5A3EA 4H93A 2ZQ4A 4MCKA 1G0KA 1QS9A 1F6SA 4W52A 1OUFA 1L32A 3HDFA 3WPKA 142LA 2ANXA 1G0GA 2YVBA 4J1AA 2MEHA 4WG7A 193LA 1IWYA 3GUJA 1L68A 1C6GA 4NGOA 1TCYA 1REMA 1CX7A 2FYCA 4XJGA 3A91A 5LA5A 4DJHA 1HEOA 2LZTA 3C8QA 1CJ9A 3B0OA 4OWHA 1L06A 3EMSA 2RBQA 4NGWA 1GF7A 165LA 1OUEA 2A7FA 3WPJA 4ETBA 151LA 1IC5Y 1PQMA 1SX7A 4LFPA 1L95A 1L05A 1L38A 187LA 1HSWA 3QY4A 2HECA 113LA 1L91A 1BB4A 1C68A 3SN6R 2MEDA 256LA 1WTHA 162LA 3WULA 3ODUA 3F9LA 3N9AA 1HERA 3EBAB 4S0WA 102LA 2BQNA 3DN1A 1C67A 3HT8A 2IHLA 1L46A 4M4OA 1KW5A 1WVUA 1LWKA 3KAMA 3CSQA 1CU2A 2MEBA 1L60A 1ZYTA 2DQAA 1L14A 198LA 1L31A 4QDNA 1JWRA 1QUGA 4AGAA 4IJ4A 143LA 5KJ9A 4J1BA 3GUKA 4YX7C 1OVHA 2BQFA 2MEEA 2RBNA 4H8ZA 1FLYA 1IP7A 3SB9A 3LYMA 1REXA 1FLQA 3GUOA 148LE 1ALCA 2B6TA 2HEEA 4I7JA 1P5CA 1L93A 2H9JA 1W08A 1HNLA 4MR1A 4XENA 1XFPL 4WM4A 1ZVHL 255LA 5LIOA 2HEBA 3C8RA 1EL1A 3DKEX 2OE4X 4YENA 4DD9A 1LW9A 209LA 1C6JA 4PJ2C 4H9HA 6LYZA 1L36A 1QTCA 1GAZA 2ZWBA 1B7LA 2HUMA 1QTHA 1UIHA 5KXTA 1L62A 1DYDA 3LZTA 1QS5A 2ZYPA 5E4PA 1OV5A 3CDOA 1LPIA 175LA 194LA 5L9JA 138LA 4N8ZA 4NSGA 3A92A 5LZMA 1V7TA 4PRUA 1CKGA 1W6ZA 1VDTA 1GHLA 1L02A 1L0JA 4GCEA 1L87A 3ZEKA 4HV2A 1CV3A 1LSFA 2F30A 4ARMB 4OOOA 1L18A 5B1FA 1L73A 1WQOA 2LZ2A 1NMMA 4WL6A 5IHGA 4LZTA 2G4QA 5I4XA 1GEVA 4AQNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 120L A;  160L A;  134L A;  3DMV A;  4YOP A;  3N9E A;  1GBZ A;  2I6Z A;  1L75 A;  1L80 A;  2B72 A;  1B6I A;  1G7J C;  1LJH A;  1JJ0 A;  5KXN A;  4XJF A;  1IP2 A;  2D4J A;  4WL7 A;  4NSI A;  7LZM A;  1C6P A;  4ZEE A;  3TXH A;  1DPW A;  4NWH A;  131L A;  5B1G A;  1GXX A;  1GWD A;  4I7P A;  4O34 A;  4AXT A;  5F9X A;  3RNX A;  3C83 A;  4TUN A;  5KXO A;  5B05 A;  4GCB A;  4K5Y A;  4NGZ A;  3OK0 A;  4W51 A;  189L A;  4KT3 A;  1LJF A;  1LMQ A;  1FLW A;  1D9W A;  1LI2 A;  2YDG A;  4II8 A;  150L A;  2ZNW Y;  3WW5 A;  4B4I A;  4FDY A;  4LYB A;  4ML7 A;  4RLM A;  2W1M A;  141L A;  4DWX A;  1LKS A;  1JTP L;  1LYS A;  5D5F A;  1QTE A;  2EIZ C;  1LZS A;  2OE9 X;  2Q9E A;  1FLU A;  1L94 A;  201L A;  1L64 A;  2RAY X;  128L A;  215L A;  2YSS C;  1L66 A;  1LI6 A;  200L A;  2F2Q A;  1CUP A;  5LVI A;  236L A;  1L67 A;  4H91 A;  4N0J A;  1LMA A;  114L A;  1IP4 A;  1L58 A;  1OUG A;  1LYJ A;  1L35 A;  2O79 A;  2HU1 A;  1LHI A;  1YAO A;  1CV0 A;  1HML A;  4NGJ A;  110L A;  3HUQ A;  149L A;  4UWV A;  1GD6 A;  5B06 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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