1JTMA

Alternative structures of a sequence extended t4 lysozyme show that the highly conserved beta-sheet has weak intrinsic folding propensity
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
178
structure length
170
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKGIGHLLTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Crystal Structures of a T4-lysozyme Duplication-extension Mutant Demonstrate that the Highly Conserved beta-Sheet Region has Low Intrinsic Folding Propensity
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
total genus 63
structure length 170
sequence length 178
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2001-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1jtmA00
2B70A 181LA 1L83A 3G3XA 2OU9A 103LA 1G0QA 1SX2A 1QTHA 1T6HA 148LE 247LA 3FADA 1OVJA 1OWZA 4EJ4A 172LA 118LA 1DYFA 3L2XA 1PQDA 2NTGA 163LA 1CVKA 164LA 182LA 1CV1A 222LA 1L36A 4I7RA 4W59A 122LA 4I7SA 1L90A 1QUOA 2O7AA 1LGWA 6LZMA 3HU9A 3SB7A 3K2RA 4LDLA 4I7NA 227LA 4PJZA 4GBRB 1DYGA 4I7PA 2LCBA 2B73A 1CU2A 2B7XA 174LA 1L84A 223LA 1L76A 7LZMA 1D3FA 2RH1A 2Z6BA 231LA 146LA 4EKPA 239LA 2RBQA 1QSQA 183LA 2QARC 156LA 3C7YA 1L57A 1C60A 143LA 1QT7A 4LDEA 1CX6A 1L71A 1QUDA 217LA 1G1VA 1P2LA 1C6BA 1C6HA 1L45A 126LA 1C66A 230LA 1L91A 3C8SA 3GUKA 3HH3A 2IGCA 1CV5A 241LA 1SWYA 3QAKA 165LA 2Q9EA 3DN6A 4EKQA 1LPYA 2L78A 1G0JA 1L34A 1L75A 2OTYX 1P36A 1G1WA 2RBNA 2Q9DA 1QTVA 3ODUA 226LA 1CX7A 3OE6A 1QS9A 171LA 1L51A 1P56A 3CDTA 201LA 4ARPA 1L03A 1SSYA 1L27A 216LA 1G0KA 1L85A 198LA 3GULA 1T8FA 1L80A 1L48A 1OV5A 177LA 205LA 3NY8A 1G06A 144LA 3CDQA 1LWKA 1L89A 129LA 1C69A 3D4SA 3V2YA 1CUQA 1CUPA 1L59A 190LA 2RB2X 1CU5A 3SN6R 2B74A 3GUIA 1OV7A 4I7LA 1PQOA 1LW9A 1LYHA 4DAJA 1L46A 169LA 3F8VA 1G0PA 262LA 1L09A 2OEAX 1L42A 1LGXA 4ARQA 1L29A 1L07A 195LA 199LA 1QTDA 1L60A 3G3VA 224LA 3DKEX 1C6QA 233LA 242LA 4I7TA 1KY0A 250LA 1CU3A 184LA 1L65A 151LA 1CTWA 3C82A 1L86A 150LA 158LA 246LA 1C62A 1L22A 252LA 1CV0A 1L33A 4LDOA 2A4TA 1D2WA 249LA 4DKLA 145LA 1D9WA 1CV4A 1DYEA 149LA 1KNIA 4W55A 1LYIA 1L35A 3OE8A 4ZPUA 4S0WA 1D3MA 3NY9A 4W51A 4EKRA 1L18A 1L24A 1OWYA 1L63A 211LA 3DN2A 2CUUA 3DN1A 3JR6A 1C6MA 4W52A 256LA 238LA 2F47A 1OVHA 3HT7A 3CDRA 1L10A 210LA 162LA 1L25A 4YXAC 1L12A 186LA 1SWZA 258LA 4W54A 1LI2A 1L95A 1QT3A 188LA 1L40A 3PDSA 1XJTA 1C6TA 1XEPA 3HDEA 3DMVA 4W58A 1C6LA 3HT9A 3LZMA 3SB9A 3GUNA 3HTDA 1C65A 185LA 1L66A 125LA 1L37A 1L98A 4GRVA 4K5YA 3DN0A 2ANXA 1C68A 1ZWNA 2LC9A 4I7MA 1L54A 104LA 4EKSA 2RAYX 218LA 1C6DA 2F2QA 254LA 2RBOA 3EMLA 1C6KA 1L82A 3CDVA 1LLHA 1LYGA 4PK0A 189LA 1P6YA 1L41A 1L21A 142LA 1CV6A 1L61A 245LA 3C8RA 2B6XA 1L74A 3HUAA 1CU0A 1C6PA 1L97A 1P64A 3SBAA 1L16A 4ARQB 1DYBA 128LA 248LA 1L52A 236LA 1L28A 1QSBA 228LA 2RB0X 168LA 4I7OA 232LA 170LA 1CU6A 1C6NA 1L04A 3HH4A 108LA 152LA 3GUJA 1L32A 214LA 1L30A 1DYAA 1EPYA 3HU8A 4LZMA 1OVKA 237LA 1C6FA 1ZURA 3F9LA 1L15A 1L00A 2B6WA 1D3JA 206LA 3UONA 196LA 1L58A 1G07A 3V2WA 1T8AA 3DN4A 5I14A 1L56A 3SB6A 4EXMA 1L68A 1L96A 221LA 3C81A 1WTHA 240LA 4I7JA 3FA0A 3L64A 3DMXA 1CV3A 114LA 1L13A 1L55A 2B72A 1QTBA 3GUMA 167LA 1L0JA 235LA 4IAPA 1P5CA 215LA 1L01A 1L23A 1QTZA 255LA 1QUGA 4I7QA 1P37A 141LA 109LA 161LA 1L17A 1KY1A 1L08A 2HULA 225LA 3HH5A 1KW7A 3VW7A 1L67A 1L81A 2B6ZA 1L06A 110LA 251LA 2B6YA 1LYFA 1L44A 1P2RA 3GUPA 3HTBA 1P7SA 2B75A 1G0LA 120LA 229LA 3RZEA 1C6AA 1C6CA 259LA 1QS5A 2F32A 1L62A 3CDOA 3DNAA 1L69A 1LYJA 213LA 2OU0X 3HT6A 3G3WA 175LA 2HUKA 3HH6A 260LA 127LA 1D2YA 176LA 4ARLA 4ARJA 1QT4A 1TLAA 2OE9X 3OE0A 1XJUA 1L14A 1L38A 1L02A 2HUMA 2OU8A 3HUQA 1L50A 243LA 2ANVA 3C83A 3PBLA 3HUKA 1QT8A 166LA 3C7ZA 197LA 2RBRA 115LA 1LGUA 2B6TA 130LA 1L64A 1JQUA 1C63A 1C64A 1L79A 1QT5A 1ZYTA 3SB5A 3RUNA 159LA 4ARMB 3DN8A 4W57A 2OE7X 1SX7A 2RBPA 1DYDA 3OE9A 1PQJA 261LA 3C7WA 244LA 1OYUA 1T8GA 4W56A 1L43A 3HWLA 113LA 1L39A 1L99A 1LYEA 138LA 1NHBA 1P46A 1L87A 1L88A 3GUOA 4EPIA 111LA 219LA 187LA 3FI5A 1LI6A 191LA 2OTZX 4I7KA 192LA 1LYDA 257LA 2QB0B 1KW5A 1L26A 1B6IA 1D3NA 1PQIA 1L53A 1C6IA 2O4WA 1G0MA 4OO9A 1LWGA 1L0KA 1L72A 112LA 178LA 1L73A 1LI3A 220LA 1L70A 2O79A 4ARMA 1L94A 1T97A 131LA 107LA 3HT8A 173LA 1L49A 3HDFA 123LA 1L77A 1C6EA 1K28A 1L93A 234LA 4W53A 3C80A 102LA 139LA 180LA 1QT6A 160LA 200LA 3HTFA 2RBSA 1L05A 2RAZX 3DMZA 155LA 1L31A 1DYCA 119LA 1C6JA 1QUHA 1PQKA 1PQMA 1C67A 1L19A 2RB1X 3DN3A 209LA 4E97A 2LZMA 1P3NA 1SSWA 4AQNA 3SBBC 212LA 4YXCA 3NYAA 1L11A 5LZMA 137LA 1KS3A 1L20A 2OE4X 1C6GA 147LA 3C8QA 1L47A 157LA 4EPFA 1JTNA 1L92A 2NTHA 140LA 4DJHA 1JTMA 3HTGA 1I6SA 3SB8A 1QTCA 1C61A 1G0GA 253LA 4YX7C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OUCA 1GBWA 1G7IC 1G0QA 4LT3A 148LE 247LA 3FADA 4NWEA 3EO5A 1B7QA 2EKSC 1PQDA 4GCCA 5LVGA 4ETBA 2D91A 1WTMA 4O34A 4D9ZA 1QUOA 6LZMA 5KXRA 5IDDA 1NF5A 1LZ9A 3SB7A 3K2RA 3CSRA 4I7NA 4GBRB 1XEIA 2LCBA 4XN6A 2B73A 1REXA 4IATA 2F4AA 1XGRC 1CU2A 1C08C 7LZMA 2Z6BA 1JTTL 146LA 1YANA 1GB0A 4G4BA 3C7YA 4N5RA 4HTKA 1ZVHL 1CX6A 3D3DA 217LA 1DQJC 1CJ9A 2YBIA 5KXXA 1C6HA 4NG8A 1CV5A 1FDLY 1SWYA 1WQRA 3QAKA 4EKQA 3E3DA 5I4XA 2EQLA 4DD0A 2ZNXY 3ODUA 1OUEA 1CX7A 1DZBX 4NGVA 1QS9A 2DQAA 1L03A 1GB3A 1BB4A 1LYYA 208LA 1BQLY 3AW6A 4ML7A 1B0DA 4WM3A 205LA 3BKVA 3NY8A 1LWKA 1L89A 3V2YA 1B5XA 1RI8B 2RB2X 2BQBA 3CSZA 1PQOA 4DAJA 1L46A 3F8VA 1G0PA 3D9AC 1L09A 3ULRA 1L42A 2BQEA 4ARQA 5LA5A 1GFAA 1L29A 1GEZA 1XGTC 3F6ZA 3HFMY 1UBZA 199LA 2HEFA 1L60A 1HSXA 3WYHA 3A3RX 154LA 2G4QA 1KY0A 4ZIXA 1B9OA 1CU3A 151LA 5D5CA 1CTWA 1F10A 1LZ4A 1YL0X 2Z2FA 5HMVA 5KXKA 3RT5X 1HHLA 1WVUA 1IWXA 2A4TA 4NHSA 1DYEA 4W55A 1YAQA 4ZPUA 1OQMA 4DQ7A 5F81A 4EKRA 1L63A 211LA 3DN2A 207LA 3DN1A 3JR6A 2DKVA 4GCFA 4QGZA 1QTKA 4NSJA 4B4JA 1GFGA 1OVHA 3HT7A 210LA 4LYTA 3WMKA 1L12A 1IO5A 3M3UA 4B49A 1L95A 4G4HA 188LA 1JTOL 1VEDA 1ZV5L 1XEPA 5KXTA 1C65A 2BQKA 1L66A 4WL7A 1L37A 3A95A 1CJ6A 3DN0A 4WO6A 2ANXA 1L54A 1CKCA 2DQCY 2F2QA 4NIJA 1YKYX 1LZBA 1LSNA 1O23A 4NGYA 189LA 1IORA 134LA 5LAGA 4M4OA 4ARQB 1I20A 4NGIA 2RB0X 3ZEKA 1LHHA 4I7OA 3CQLA 1YAMA 2X0AA 1L32A 5HNCA 1L30A 4OW1A 1DI4A 4NEBA 4GCDA 3GXRA 1L15A 1QSAA 4GN3A 1XEKA 1D3JA 1L58A 1G07A 1LOZA 1L56A 2HECA 240LA 4I7JA 1AKIA 5KXYA 2HTXA 1DI3A 1GPQC 1L13A 1IWUA 167LA 4HV2A 1TCYA 3QE8A 1HF4A 1L01A 1B7MA 4H9AA 2HULA 4PPOA 4C5FA 1C46A 1AM7A 2DQFC 3A3QA 3VW7A 1L81A 2B6ZA 4ETDA 1B5UA 3RU5A 1LZ8A 1JISA 251LA 4H92A 5LVKA 4Z46A 2B75A 1G0LA 4NFVA 229LA 1IR9A 2D4IA 1LPIA 3P64A 3AGGG 1A2YC 1C6CA 3WXUA 2F32A 4NSIA 1L62A 3CDOA 3BKHA 1GE3A 1FN5A 213LA 2A7DA 2HUKA 4HPIA 1F0WA 1IC5Y 1DPXA 1LMAA 1RFPA 1TLAA 1XJUA 3WH1A 1L14A 1GBZA 2OU8A 1HNLA 1LJNA 4Z41A 1L50A 2ANVA 1WTNA 4WG7A 166LA 2HEEA 3C7ZA 1HMLA 1DPWA 3EXDA 1V7TA 1GEVA 4R6CA 1C63A 3A34A 1L79A 1ZYTA 5I53A 1KXWA 3RUNA 159LA 1IWTA 1GFKA 3M18B 1RCMA 1IEEA 1LYZA 2BQCA 4E3UA 1AT6A 1DYDA 4NHIA 1PQJA 261LA 5L3IA 113LA 5B07A 111LA 1EQ4A 4GCBA 3TMUA 191LA 3LYMA 3WPLA 1KW5A 4HJYA 3LZTA 2DQDY 3N9AA 1PQIA 1C6IA 1G0MA 4GCEA 4EOFA 1L72A 4UWNA 2F2NA 1LZ1A 112LA 220LA 4I8SA 4ARMA 2LZTA 1UIHA 131LA 2IHLA 193LA 1FKQA 3HDFA 1LSCA 1C6EA 4LYMA 1K28A 4LYOA 1HFXA 4XJIA 2BQFA 139LA 1GBYA 1UIDA 160LA 1ZMYL 1L31A 4ZFPA 1FLYA 3WL2A 1DYCA 4B1AA 1PQKA 1C67A 1P3NA 1SSWA 3NYAA 2BAAA 3GXKA 5II3A 1L20A 2OE4X 3A93A 147LA 1LYSA 1L47A 4YM8A 1QTEA 2NTHA 4DJHA 3HTGA 4YEOA 3P65A 1IP4A 2VB1A 4TSCA 1L83A 2OU9A 1QTHA 3CSQA 1UC0A 2BPUA 5F9XA 1QUTA 1DYFA 1I56A 1KXYA 3A6BY 1HFYA 3TMXA 2NTGA 182LA 1L36A 5I4YA 4I7RA 1OUGA 4I7SA 2O7AA 1LGWA 1B7PA 5E9RA 5F14A 4QY9A 1IOSA 1FLQA 4OOOA 2MEDA 1JKBA 1UIGA 1GFEA 174LA 1L84A 4H9HA 2HUBA 239LA 2RBQA 4LT1A 2QARC 1LMNA 3CB7A 4CJ2A 156LA 3A91A 133LA 1JKDA 1L57A 1GBXA 1PZYA 1GD6A 1QIOA 4U3XB 4ETEA 4L41A 1GAZA 1IY3A 5LVJA 1P2LA 1L91A 2IGCA 4H9EA 1JJ3A 165LA 1JUGA 3DN6A 1LCNA 2RBNA 5A3ZA 1J1OY 1LKRA 3MGWA 4NGKA 3OE6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OUC A;  1GBW A;  1G7I C;  1G0Q A;  4LT3 A;  148L E;  247L A;  3FAD A;  4NWE A;  3EO5 A;  1B7Q A;  2EKS C;  1PQD A;  4GCC A;  5LVG A;  4ETB A;  2D91 A;  1WTM A;  4O34 A;  4D9Z A;  1QUO A;  6LZM A;  5KXR A;  5IDD A;  1NF5 A;  1LZ9 A;  3SB7 A;  3K2R A;  3CSR A;  4I7N A;  4GBR B;  1XEI A;  2LCB A;  4XN6 A;  2B73 A;  1REX A;  4IAT A;  2F4A A;  1XGR C;  1CU2 A;  1C08 C;  7LZM A;  2Z6B A;  1JTT L;  146L A;  1YAN A;  1GB0 A;  4G4B A;  3C7Y A;  4N5R A;  4HTK A;  1ZVH L;  1CX6 A;  3D3D A;  217L A;  1DQJ C;  1CJ9 A;  2YBI A;  5KXX A;  1C6H A;  4NG8 A;  1CV5 A;  1FDL Y;  1SWY A;  1WQR A;  3QAK A;  4EKQ A;  3E3D A;  5I4X A;  2EQL A;  4DD0 A;  2ZNX Y;  3ODU A;  1OUE A;  1CX7 A;  1DZB X;  4NGV A;  1QS9 A;  2DQA A;  1L03 A;  1GB3 A;  1BB4 A;  1LYY A;  208L A;  1BQL Y;  3AW6 A;  4ML7 A;  1B0D A;  4WM3 A;  205L A;  3BKV A;  3NY8 A;  1LWK A;  1L89 A;  3V2Y A;  1B5X A;  1RI8 B;  2RB2 X;  2BQB A;  3CSZ A;  1PQO A;  4DAJ A;  1L46 A;  3F8V A;  1G0P A;  3D9A C;  1L09 A;  3ULR A;  1L42 A;  2BQE A;  4ARQ A;  5LA5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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