2CDSA

Lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Structure of Lysozyme
rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME (E.C.3.2.1.17))
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 2cdsA00
1IP6A 1D9UA 1DPWA 3LYMA 1C45A 1LJFA 5L3HA 1LJEA 1LZAA 2WARA 1LZRA 1BQLY 5F14A 3AYQA 5KXWA 5LVHA 3WH1A 1CJ9A 1LZ1A 5KXOA 1YKXX 3HFMY 1LJHA 1LMCA 1TEWA 2BQLA 1LSMA 4NGZA 2BQDA 4KXIA 4WLXA 1UIGA 1QTKA 1MELL 3ZVQA 3KAMA 5K7OA 2X0AA 3A91A 1QQYA 1LTMA 3P4ZA 4RDSA 1LKSA 1B7QA 4H8ZA 4PGJB 2W1YA 1B5YA 1DXJA 4TTDA 2YBLA 3T36A 2W1XA 4WL6A 4H94A 4EOFA 5LAGA 5I54A 1NWGA 1B5VA 4NGWA 2DQIY 1RCMA 4D9ZA 1YL0X 4B1AA 5I4YA 1QDTA 1UIDA 1H87A 3FE0A 4WM6A 4WO6A 1LJIA 1ZMYL 2ZIKA 3A94A 5F9XA 4E3UA 4HJZA 1GAZA 1RE2A 4BAPA 4NGLA 4DD1A 3E3DA 4DC4A 1FLWA 1UIBA 2I26L 3CT0A 1GFUA 4QEQA 3WPKA 4H9FA 4P2EA 2HU1A 5LYTA 4DD2A 1LHIA 1LYZA 4B4EA 2ZNWY 1B7LA 2LZ2A 1YROA 4XJGA 3J4GA 3LYZA 3LYOA 2HEFA 1XFPL 2BQIA 1DQJC 1JJ1A 1I20A 1KXYA 4ZIXA 5DL9A 1DZBX 1IOTA 1EQEA 1GDWA 1JWRA 5I4XA 1UIAA 2ZILA 4NSJA 2YVBA 4YF2A 1B7SA 1LZ9A 1J1XY 1B5ZA 1UCOA 2DQDY 2LYMA 1HSXA 4NGJA 4WLDA 3WU7A 4G4CA 133LA 4ETBA 132LA 1PS5A 4GCEA 2BQNA 5APCA 5C6IA 1OUDA 1JTTL 5D5FA 2MEGA 1AZFA 1UA6Y 4IJ4A 1REYA 4RW2A 4DD9A 4TX7A 1LZTA 1WQPA 2LHMA 2LYOA 3AGGG 5C6JA 4ETEA 3GXKA 4H8XA 3EO5A 1GB9A 1CKFA 3AB6A 1KXWA 1CJ6A 2YSSC 4A7DA 2ZIJA 2Z39A 2EIZC 3W6AA 4DDBA 4NSHA 1UC0A 1H6MA 4C3WA 4DD0A 1JIYA 4UWUA 6LYZA 1GXXA 3VWOA 1IWWA 1LYYA 4PJ2C 3WUAA 1LSYA 1JPOA 4WLTA 4ETCA 3G3BB 4XJFA 1HEPA 1OQMA 4J7VA 2BQOA 2YBIA 2W1MA 1YAQA 1GXV2 4KL7A 1XSFA 2FYDA 5B06A 4Z3MA 5JENB 1SLYA 4CJ2A 4GCCA 1LSCA 1LJKA 1GE3A 2ZNXY 1GAYA 4J1AA 4N0JA 3TMUA 5LA5A 1LHKA 1QTEA 1HFZA 2HEBA 4M6DA 3W3EA 2Z18A 1A2YC 1LZ8A 2EKSC 1J1PY 4NHSA 1GFAA 1ZVHL 1FLYA 4GN3A 4H9IA 1YILA 1LMNA 2F4AA 1JKBA 2BLYA 2BQHA 1W08A 3AW6A 3G3AB 4N1EI 1OUIA 4IASA 1DI5A 2BQGA 2CWIA 2EPEA 1GEVA 2ZQ4A 1YKYX 1EL1A 1JJ3A 1OP9B 1IP5A 2H5ZA 1LZSA 1GF7A 2NWDX 5KY1A 1IVMA 193LA 1C46A 153LA 4EMNA 1HSWA 3N9AA 4NHPA 1B7OA 1IY4A 1LSPA 2BQFA 3M18B 1ALCA 1GBXA 1DPXA 1LZCA 3AZ5A 1WVUA 1XGRC 5J7CA 1XGUC 5DLAA 5I5QA 1BVXA 4CHXA 1JJ0A 5B07A 1YAPA 1E8LA 4HP0A 4NGIA 5HNLA 5A3ZA 1OUJA 1JISA 5ILCA 3T6UA 4NGKA 5KXMA 3D3DA 2CJLA 4NIJA 4DDAA 1GFJA 5F9UA 4H1PA 3B0KA 2BAAA 3ATNA 1GB3A 4XN6A 4YEOA 1LSFA 1LSBA 3TXHA 4MCKA 4IATA 2IHLA 5M1YA 3AJNA 3M3UA 1CNSA 5LVKA 4LT0A 2G4NA 1P2CC 1JITA 1LZ5A 4LZTA 2XJWA 3AZ7A 2W1LA 3QNGA 4NHQA 4O34A 1BVKC 4NY5A 2MEBA 1LZGA 3CSQA 3QY4A 4XJDA 1RI8B 3MGWA 4LGKA 2MEDA 2BQCA 4LYCA 1GHLA 2MEIA 1D0MA 4XJIA 2YBNA 1NF5A 5C6LA 1T6VL 1LSAA 3A93A 2BQJA 1JHLA 4YENA 3TMWA 1XEIA 5KJ9A 1YAOA 5LXWA 1GBZA 4NHTA 4CGEA 4GLVA 4XYYA 1B5WA 4NGVA 4WLYA 1YL1X 2D4JA 3BKHA 5IELA 3IJUA 2RSCA 1B9OA 1GDXA 5KXZA 1YIKA 3WPJA 4AXTA 5HMVA 1WTMA 4YOPA 4WO9A 1O23A 1GF5A 1GFVA 1XGQC 3OJPA 5APDA 5KXPA 5FCPA 1B7RA 194LA 4OWAA 4ETDA 4DD3A 3HBEX 5L9JA 1A4VA 1HFYA 1LSGA 1LYOA 2BQEA 8LYZA 3A6CY 3B72A 4LFPA 2G4PA 2B5ZA 3TMVA 4GCDA 3A92A 2YBMA 1DKKA 1WQRA 2PC2A 3A96A 4OWCA 3RU5A 1REXA 4TWSA 4WOAA 3WUNA 1LOZA 1VEDA 1BWIA 4WG1A 1AT5A 1BWJA 1HERA 3W6EA 1EQ4A 2FBBA 4LT1A 4PHIA 1GD6A 1LZNA 1OUGA 3OK0A 4Z98A 4C5FA 2Q0MX 5II3A 5E4PA 1B7NA 5DN4A 5APFA 5LAFA 1GF8A 3B0OA 5KXKA 1HMKA 3BKVA 1W6ZA 1B5UA 2Z38A 4WM2A 1C43A 2YDGA 2YBHA 1GFGA 1WQMA 4NGOA 4OW1A 1IP2A 154LA 4GN4A 4G9SA 5LVGA 1GFKA 1C7PA 1BB3A 2H9JA 5FHWA 1IO5A 1LSEA 2Y8PA 1KXXA 4G4HA 3RW8A 1V7TA 4H92A 1I56A 1HEWA 1IC7Y 3TXFA 1B7MA 1LHMA 3LYTA 1AT6A 1LMAA 4DT3A 2DQAA 1LZYA 1KIQC 5LVIA 1LZDA 1GB8A 2FYCA 9LYZA 1LSNA 3B6LA 1FKVA 1FBIX 2MEHA 2XBRA 5T3FA 1FLUA 1B5XA 1T3PA 1F0WA 3RZ4A 1LJNA 4H91A 1YQVY 1UIEA 1JTOL 2BQMA 2DQCY 1HELA 3CT1A 3LHMA 5EBHA 5B1FA 4TSCA 2ZYPA 1OUEA 4ET8A 4HJYA 4HV2A 1HMLA 2BLXA 4B49A 3CT5A 3A8ZA 2DQFC 4HJVA 4ZFPA 1UIHA 1IC5Y 1CKGA 1NKHA 4LT2A 4MSTA 2ZQ3A 4OWEA 4ANRA 1OUFA 3N9EA 3WL2A 1QUSA 1LCNA 3LZTA 4WMGA 4X3BA 3WVXA 1UICA 2HEAA 3P68A 4BADA 2DQEY 1HNLA 1GE2A 1IWUA 1LJGA 4H93A 1GFRA 3TXGA 1V7SA 1IOSA 3IWRA 3AZ4A 4H9CA 2AUBA 1RFPA 4B0DA 4CFOA 2D4IA 1LJ4A 1IY3A 1C08C 3HBHA 1GB2A 1VAUA 1IC4Y 1LPIA 4XJBA 1KIRC 4AGAA 5HNCA 4MR1A 3GXRA 5ILFA 1LZ4A 4KT3A 1GE0A 3ULRA 2Z2EA 4H9AA 4N1CC 1OUCA 2Z37A 207LA 1GB5A 4BS7A 7LYZA 1HEQA 1D0KA 1D6QA 3N9CA 3WMKA 1YANA 2DBTA 1G7LC 2BQAA 1QSWA 208LA 4NSGA 3A34A 1BB6A 4LYOA 4WM5A 5FSTA 3TXJA 2DKVA 3CQLA 1IWVA 5B1GA 3CSRA 2LZTA 4WG7A 1IIZA 3CB7A 1IR9A 4QGZA 1LJ3A 4L41A 4UWNA 1QDRA 5FEKA 2F30A 4NG8A 1NDMC 1LKRA 2ZWBA 3EMSA 4OWHA 4HTNA 4OOTA 4OOOA 1B2KA 3W6DA 1GF0A 1VDSA 1IEEA 5KKJA 3A3QA 4ETAA 1GF3A 1HFXA 1VDTA 1UACY 5DN5A 1TCYA 2BQBA 4CFPA 1DKJA 1JUGA 5LA8A 3WU8A 4TUNA 1LMQA 3TXEA 1JKAA 3D9AC 1IR8A 2HU3A 1JEFA 1IWTA 2FBDA 5KXRA 5KXNA 1CKCA 1F6SA 1GBYA 1VDQA 1LMOA 1LZEA 5FELA 2F2NA 3TXDA 1GBWA 1PZYA 2D6BA 1OUBA 2I25L 5L3IA 2DQGY 5DM9A 1IWYA 3RNXA 1AM7A 4GN5C 4RLNA 4N9RA 1HF4A 4Z41A 5FDJA 1D6PA 3P64A 2GV0A 1B0DA 1JKCA 2C8PA 1GWDA 4J1BA 1DI3A 1G7JC 3P65A 1LZ6A 5HMJA 4H9HA 4N8ZA 3WXTA 4YEMA 5KXXA 4GLAA 1HENA 135LA 1IP7A 1VFBC 4NHIA 2HEEA 3TXIA 1GF4A 5LINA 2BQKA 2LYZA 1IP3A 1IX0A 1J1OY 3ZVQB 1NHEA 1GE1A 4OWBA 1BB4A 4R0FA 1FN5A 1LZBA 1ZVYB 1LMPA 4LYTA 1YKZX 1JSFA 2IFFY 1KIPC 3AW7A 1B7PA 1CKHA 1UBZA 1F10A 3A67Y 5A3EA 5I4WA 3WULA 5F16A 1GBOA 1UUZC 4NG1A 1XEKA 2MEAA 4J0LA 3QE8A 4PRQA 5IDDA 4N5RA 1TBYA 4QY9A 3W6CA 2C8OA 5LVJA 4II8A 1NBZC 4HV1A 1BWHA 1UIFA 1FKQA 3WVYA 3B0IA 3EXDA 1BB7A 4H8YA 1NDGC 1Z55A 2YBJA 2XBSA 1IWXA 3WPLA 1HEOA 3WXUA 4HSFA 4DDCA 1I1ZA 5IHGA 1REMA 1NMMA 4W94A 4PRUA 1C10A 4RLMA 3LZ2A 1IP4A 1IORA 4LFXA 1XEJA 5F81A 2H9KA 1LHHA 1REZA 3CSZA 4W96A 6LYTA 3WYHA 3AZ6A 1VATA 4PPOA 4ET9A 1CJ8A 2A7DA 3P66A 4HTQA 1HEMA 1INUA 1JKDA 1QSAA 1WQQA 4XJHA 3ZEKA 3LN2A 5HLLA 3A90A 1DI4A 1WQOA 1MLCE 4H9BA 2HEDA 5KXLA 1IWZA 1BHZA 1EQ5A 4UWVA 1GFEA 4XENA 1GB0A 3WW6A 1QIOA 5KXSA 2HUBA 2BPUA 4ML7A 1ZV5L 1WQNA 1BGIA 4WM1A 5KXYA 2Z2FA 3TXBA 1JSEA 5E9RA 1IOCA 5D5CA 4I8SA 3FI7A 3WUMA 4GCBA 4I0CA 1JTPL 3TMXA 1GB7A 2HTXA 1HHLA 1CKDA 1F6RA 1SQ2L 1NQIA 3AGHA 1G7IC 1FLQA 3A6BY 1LMTA 5B05A 4NWHA 1LHJA 3AGIA 3RT5X 2Z12A 1AKIA 4WM4A 4BAFA 5LYMA 1N4FA 2D91A 1BB5A 2A7FA 2MEFA 4G49A 1LJJA 1GFHA 1TDYA 4LYZA 5LIOA 4NSIA 5KXTA 1GE4A 4H90A 1LHLA 1HC0A 3WW5A 4FJRA 1QUTA 1RJCB 1D0LA 3W6BA 2MEEA 5B59A 4DD7A 134LA 4WL7A 1GB6A 1XGPC 2DQHY 5HQ1A 2DQJY 1CJ7A 1LSDA 4R6CA 1WTNA 2G4QA 4Z46A 1LYSA 2HECA 4FDYA 4QDNA 4H9EA 1NBYC 2MECA 4XADA 4NGYA 2XTHA 1IR7A 2VB1A 3A95A 4GCFA 4RW1A 1OUAA 2CGIA 3J6KA 2N5ZA 1LSZA 2ZYCA 4LYMA 3F6ZA 3ATOA 3K3TA 1LAAA 4WM3A 1FDLY 1YAMA 4TSBA 1TAYA 2CDSA 1G7HC 1GF9A 2F4GA 4LYBA 4M4OA 1GEZA 1OUHA 3HBDA 3W6FA 2EQLA 4LT3A 5LYZA 3SP3A 3TXKA 1GFTA 4DWXA 1XGTC 3EBAB 3WU9A 3IJVA 4G4BA 4NWEA 4B4IA 1WVVA 4ZEEA 1IOQA 1G7MC 1VDPA 1IP1A 5APEA 5I53A 2D4KA 4DYGA 2Z19A 3A3RX 4HPEA 4B4JA 4U3XB 1GBSA 4KPMA 4HPIA 4NFVA 2I6ZA 4HTKA 4NEBA 4YM8A 5KKIA 1GF6A 1GPQC 5AMYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IP6A 1D9UA 1DPWA 3DN8A 3AYQA 5KXWA 1LZ1A 3HFMY 1LSMA 1C6PA 3HH6A 1UIGA 1MELL 3A91A 3P4ZA 4PGJB 2W1YA 3T36A 4EOFA 1RCMA 4D9ZA 4B1AA 3FE0A 1UIDA 1L30A 3DN3A 1LJIA 3OE6A 1ZMYL 1P2RA 4DD1A 1FLWA 3RUNA 4EKRA 1LYZA 1XFPL 3HU8A 1DQJC 118LA 1JJ1A 4ZIXA 1LGUA 1IOTA 2LCBA 1C6BA 5I4XA 4YF2A 1B7SA 1LZ9A 1UCOA 2LYMA 4WLDA 1HSXA 1DYBA 3WU7A 3G3VA 4G4CA 4LDEA 133LA 4GCEA 1L92A 1UA6Y 1LZTA 1L12A 160LA 1L75A 4H8XA 1GB9A 1KXWA 1L64A 2ZIJA 4DDBA 209LA 1L40A 4DD0A 3VWOA 1IWWA 1L97A 1SWYA 1HEPA 2W1MA 3C80A 1SLYA 4GCCA 166LA 1J1PY 1FLYA 1C64A 165LA 1LMNA 2BQHA 3AW6A 4N1EI 1OUIA 3HWLA 1OVHA 159LA 153LA 1L25A 1LSPA 1ALCA 1LZCA 5J7CA 1XGRC 1G0MA 1ZYTA 3PBLA 3HT9A 5A3ZA 232LA 4H1PA 3B0KA 1LSFA 1LSBA 4DQJA 236LA 2IHLA 5M1YA 2OU9A 1CNSA 107LA 2G4NA 3HU9A 1CV6A 3AZ7A 1KS3A 2W1LA 3QNGA 4O34A 1L05A 1BVKC 2MEBA 3CSQA 1CU5A 2MEIA 1L41A 1T6VL 3ODUA 1JHLA 3TMWA 214LA 2RBPA 1P37A 1YAOA 180LA 4NGVA 2D4JA 1ZURA 176LA 5KXZA 1CU2A 3WPJA 4AXTA 1LLHA 1GF5A 1GFVA 190LA 4W51A 1LSGA 3A6CY 4LFPA 2B5ZA 3A92A 1WQRA 3A96A 1REXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IP6 A;  1D9U A;  1DPW A;  3LYM A;  1C45 A;  1LJF A;  5L3H A;  1LJE A;  1LZA A;  2WAR A;  1LZR A;  1BQL Y;  5F14 A;  3AYQ A;  5KXW A;  5LVH A;  3WH1 A;  1CJ9 A;  1LZ1 A;  5KXO A;  1YKX X;  3HFM Y;  1LJH A;  1LMC A;  1TEW A;  2BQL A;  1LSM A;  4NGZ A;  2BQD A;  4KXI A;  4WLX A;  1UIG A;  1QTK A;  1MEL L;  3ZVQ A;  3KAM A;  5K7O A;  2X0A A;  3A91 A;  1QQY A;  1LTM A;  3P4Z A;  4RDS A;  1LKS A;  1B7Q A;  4H8Z A;  4PGJ B;  2W1Y A;  1B5Y A;  1DXJ A;  4TTD A;  2YBL A;  3T36 A;  2W1X A;  4WL6 A;  4H94 A;  4EOF A;  5LAG A;  5I54 A;  1NWG A;  1B5V A;  4NGW A;  2DQI Y;  1RCM A;  4D9Z A;  1YL0 X;  4B1A A;  5I4Y A;  1QDT A;  1UID A;  1H87 A;  3FE0 A;  4WM6 A;  4WO6 A;  1LJI A;  1ZMY L;  2ZIK A;  3A94 A;  5F9X A;  4E3U A;  4HJZ A;  1GAZ A;  1RE2 A;  4BAP A;  4NGL A;  4DD1 A;  3E3D A;  4DC4 A;  1FLW A;  1UIB A;  2I26 L;  3CT0 A;  1GFU A;  4QEQ A;  3WPK A;  4H9F A;  4P2E A;  2HU1 A;  5LYT A;  4DD2 A;  1LHI A;  1LYZ A;  4B4E A;  2ZNW Y;  1B7L A;  2LZ2 A;  1YRO A;  4XJG A;  3J4G A;  3LYZ A;  3LYO A;  2HEF A; 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 3WUM A;  4GCB A;  4I0C A;  1JTP L;  3TMX A;  1GB7 A;  2HTX A;  1HHL A;  1CKD A;  1F6R A;  1SQ2 L;  1NQI A;  3AGH A;  1G7I C;  1FLQ A;  3A6B Y;  1LMT A;  5B05 A;  4NWH A;  1LHJ A;  3AGI A;  3RT5 X;  2Z12 A;  1AKI A;  4WM4 A;  4BAF A;  5LYM A;  1N4F A;  2D91 A;  1BB5 A;  2A7F A;  2MEF A;  4G49 A;  1LJJ A;  1GFH A;  1TDY A;  4LYZ A;  5LIO A;  4NSI A;  5KXT A;  1GE4 A;  4H90 A;  1LHL A;  1HC0 A;  3WW5 A;  4FJR A;  1QUT A;  1RJC B;  1D0L A;  3W6B A;  2MEE A;  5B59 A;  4DD7 A;  134L A;  4WL7 A;  1GB6 A;  1XGP C;  2DQH Y;  5HQ1 A;  2DQJ Y;  1CJ7 A;  1LSD A;  4R6C A;  1WTN A;  2G4Q A;  4Z46 A;  1LYS A;  2HEC A;  4FDY A;  4QDN A;  4H9E A;  1NBY C;  2MEC A;  4XAD A;  4NGY A;  2XTH A;  1IR7 A;  2VB1 A;  3A95 A;  4GCF A;  4RW1 A;  1OUA A;  2CGI A;  3J6K A;  2N5Z A;  1LSZ A;  2ZYC A;  4LYM A;  3F6Z A;  3ATO A;  3K3T A;  1LAA A;  4WM3 A;  1FDL Y;  1YAM A;  4TSB A;  1TAY A;  2CDS A;  1G7H C;  1GF9 A;  2F4G A;  4LYB A;  4M4O A;  1GEZ A;  1OUH A;  3HBD A;  3W6F A;  2EQL A;  4LT3 A;  5LYZ A;  3SP3 A;  3TXK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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