1LKRA

Monoclinic hen egg white lysozyme iodide
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Structures of monoclinic lysozyme iodide at 1.6 A and of triclinic lysozyme nitrate at 1.1 A.
pubmed doi rcsb
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1998-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lkrA00
4GN3A 1LMCA 1GF8A 3GXRA 5KKIA 4ZFPA 3T6UA 1VATA 5LA5A 5F14A 2XJWA 4XENA 2G4QA 5LYTA 1IOSA 1LJIA 2FYCA 1G7IC 1LOZA 4LT3A 4BAPA 4X3BA 2C8OA 5L3HA 3CT1A 1GFHA 1IORA 4NGKA 1BGIA 2YBJA 3A34A 1LHLA 5KXMA 5C6LA 3WH1A 1VDSA 1XGQC 3AYQA 1IWYA 3B72A 1KIQC 3WYHA 3KAMA 4OOTA 4NGWA 3WW6A 7LYZA 5K7OA 5A3ZA 1KXYA 1CKGA 2W1LA 4LT0A 4YEMA 3N9AA 1QIOA 1IP4A 1I56A 5LVGA 4W96A 1AKIA 1IP3A 3IJVA 3ZVQB 1LZ4A 1IOQA 3LYMA 4OW1A 1LMOA 1OUDA 1GDXA 4TUNA 5HQ1A 1JJ0A 2DQIY 1GEVA 1HSXA 3A6CY 3WUAA 4CJ2A 1IVMA 1ZMYL 2HEFA 4MR1A 2BQOA 2HU1A 2D91A 1BB6A 4NWHA 1G7MC 2ZILA 1LPIA 2H9KA 3GXKA 3LZTA 5EBHA 4A7DA 4PHIA 3CSZA 2D4IA 4H92A 3WW5A 1OUEA 1RFPA 5LXWA 3TXFA 2BQDA 4CFPA 1GE4A 1D6PA 4GCFA 3A6BY 1CJ7A 4LYZA 3W6CA 2C8PA 1IO5A 2BQGA 4NGJA 4YOPA 5FDJA 1LZAA 2BQNA 1JJ3A 2F30A 3WU8A 1HMKA 3WUNA 5B06A 3RU5A 4BADA 1YQVY 2HU3A 5KXYA 1H6MA 5IHGA 4NFVA 2YDGA 1C43A 1HFYA 1JSEA 4XYYA 1VDPA 1LHIA 2ZNXY 1IWVA 1V7SA 1CKHA 1WQMA 2XBSA 4KXIA 5D5CA 3QE8A 3AZ7A 4N8ZA 4I8SA 3TMUA 5KXLA 1GF9A 4C3WA 1XEJA 1W6ZA 1FLYA 1LSCA 5DM9A 1GFVA 1AZFA 1LYOA 3RT5X 1UICA 3WPLA 1B2KA 1G7LC 1UCOA 5ILFA 2X0AA 3A3RX 2NWDX 1LYYA 2VB1A 4NGLA 1D0MA 1LSBA 1WVUA 1EQEA 4EOFA 1LZEA 1LZ9A 4G4HA 1AM7A 5D5FA 5LYMA 3LYTA 4NEBA 1LYSA 4XJBA 4U3XB 1F10A 3W6FA 1VDQA 3RZ4A 3QY4A 4B4IA 1UIFA 1NWGA 3P64A 4PPOA 4ET9A 1LZYA 4XJDA 2DQEY 1V7TA 2A7FA 2BPUA 3P68A 1H87A 4P2EA 1FDLY 4GCCA 3T36A 1HFZA 4EMNA 4QY9A 4PJ2C 3TMWA 2BQKA 2N5ZA 2W1YA 1PS5A 3ATNA 3W6EA 4B49A 4NHPA 1IR7A 1LSGA 1HFXA 3WVYA 4LZTA 4H9AA 1HNLA 3AGGG 4PRUA 1GDWA 1QUSA 4DDCA 1I20A 4H1PA 1HF4A 1ZVHL 4LT1A 2Y8PA 2MEIA 1HENA 4H90A 5B1FA 5HNLA 1D9UA 5F9UA 3ULRA 2EIZC 4NSJA 4WLYA 5I5QA 1VAUA 1BQLY 1UA6Y 1KXXA 2LZ2A 1UACY 1LSEA 1QTKA 1OUHA 1DPWA 1ALCA 2DBTA 1BB3A 2Z2EA 1RI8B 2LZTA 4WL7A 2EQLA 2DQAA 1JSFA 1GF3A 2BAAA 5LIOA 1TAYA 4LFPA 3TXGA 4RDSA 4ZEEA 2ZQ3A 1IC5Y 2YBHA 1MELL 1GAYA 3CSRA 4RLNA 4PGJB 4LYTA 1GB3A 4WM2A 1HMLA 3A95A 4NHIA 1GPQC 4N9RA 1GXXA 1SQ2L 1INUA 5KY1A 3AZ5A 5FEKA 4IATA 4YF2A 4CGEA 3AJNA 1GBSA 4NSHA 3M18B 5E4PA 4HJYA 1IP7A 1E8LA 1GEZA 5L3IA 1FLWA 1HEWA 3BKVA 1HEOA 1GWDA 4R0FA 1IIZA 3TXIA 4ETCA 5KXWA 3A67Y 1GFJA 1LZCA 1D0KA 1REYA 1GB2A 1REZA 1NDMC 133LA 1A2YC 1B7MA 3J6KA 1GF5A 5II3A 1GAZA 1F6RA 1JUGA 2MEGA 1XEIA 4H93A 1EQ5A 2BQIA 4HV2A 1GFTA 4YENA 4M6DA 4DDAA 1C45A 3WMKA 4MCKA 4TSBA 1LSNA 2XBRA 3A94A 1IP1A 5DN5A 1HELA 1UC0A 3TXEA 5HLLA 1LZ5A 5LYZA 2BQBA 1LJEA 1F6SA 1VDTA 1LJKA 1NMMA 3B6LA 3N9CA 4G4BA 4WM1A 5A3EA 1YKYX 3EXDA 1REXA 4H9CA 4H8XA 1DPXA 4NSIA 4HTKA 1IR9A 4WG1A 1IWXA 1YILA 5KXZA 4CHXA 3P65A 1B9OA 1JEFA 1UIAA 4LYBA 1NKHA 1YKZX 2I6ZA 4WMGA 4DD2A 5KXXA 4LFXA 4Z41A 1UIHA 1BB4A 4HTQA 4UWVA 2HEAA 3LZ2A 4NHTA 5KXPA 1UIBA 5DLAA 4B4JA 5LVHA 1JJ1A 4DD0A 4N1CC 1WQQA 2YBMA 1LSDA 4NY5A 5I4XA 1LHJA 1CNSA 1LHMA 3A96A 4H94A 3WXTA 4J1BA 1WTNA 2B5ZA 2FYDA 5E9RA 1LJJA 1QUTA 3G3AB 4DDBA 1AT5A 4GCBA 2DQCY 1BVKC 2ZIKA 1GB6A 5KXNA 1I1ZA 1C7PA 4N0JA 3EMSA 1XGTC 5LVIA 2BQMA 1QSAA 2Z37A 3F6ZA 4RW1A 1FN5A 1DI4A 1GB7A 4ETEA 3K3TA 3TXKA 4HV1A 1LZ1A 4DD3A 2F4GA 1B5VA 4FJRA 2HECA 1GFGA 4NWEA 4BAFA 1IR8A 4II8A 3QNGA 1IC7Y 2BQCA 2I25L 5F9XA 1LMPA 1LSPA 5F16A 5M1YA 4WO9A 5I4YA 4OWBA 1BWIA 1OUBA 1LYZA 3VWOA 4ETBA 2CDSA 1UIEA 2GV0A 4B1AA 4WM6A 5T3FA 4WLDA 4MSTA 4HTNA 1NQIA 3AZ4A 1IWTA 132LA 1LSZA 3A91A 1B5WA 1GHLA 1DKJA 1YAQA 3CB7A 2EPEA 4TWSA 3B0IA 2BQEA 2DQJY 2BLYA 4J0LA 5KKJA 1D6QA 3D3DA 4DD9A 1B7RA 1NBYC 1HEMA 4KL7A 4XN6A 5DL9A 3HFMY 4IASA 3OJPA 1UBZA 1B5ZA 1T6VL 1DI3A 4HSFA 2Z39A 4N5RA 4NSGA 3WPKA 1YKXX 1HSWA 1YIKA 4L41A 1LJNA 4WM3A 1JTPL 1LZNA 1NDGC 1WTMA 2CGIA 1GE2A 4OOOA 1QQYA 1GBYA 5KXOA 5FSTA 5KJ9A 4O34A 3A8ZA 1C10A 3WU7A 3A90A 2ZYPA 5ILCA 4XJGA 1WVVA 4N1EI 4ET8A 3EO5A 1WQNA 1XSFA 4WLXA 1ZVYB 5LVKA 1HERA 1YROA 3AGHA 6LYZA 1IP6A 1QSWA 2YBLA 1DZBX 1TCYA 2BLXA 4H9EA 1FKQA 4E3UA 1VEDA 2I26L 2XTHA 1LZSA 1HHLA 5LINA 1YL0X 3HBDA 1XGRC 1IY4A 135LA 2F4AA 1IWZA 3LN2A 3P4ZA 1IC4Y 1NHEA 3TMVA 5B05A 3W3EA 1CJ6A 1IY3A 5LAGA 1GB8A 2D4KA 4ZIXA 9LYZA 1RCMA 1J1XY 1B5UA 1LHHA 3ATOA 1LMNA 3WULA 154LA 1GF6A 5I54A 1OUCA 3E3DA 5F81A 4G4CA 1LMTA 1BB5A 1GF0A 2MEEA 1OUIA 2WARA 1CKDA 1LTMA 2YVBA 2PC2A 5IELA 4GCDA 193LA 4GLAA 3AGIA 5LVJA 2BQHA 4QGZA 1GB9A 1G7JC 2HEDA 3MGWA 1JWRA 5IDDA 2MEDA 1W08A 5FHWA 3WXUA 1UIGA 1FLUA 1DKKA 208LA 1LZTA 3TMXA 1B7LA 3TXDA 1XGPC 1C08C 4G9SA 2BQLA 1JKCA 1GFRA 4NGZA 1LMAA 3AW6A 1JKAA 1HEQA 4Z98A 1LMQA 1REMA 2DQGY 3AB6A 2A7DA 4LYCA 4NGVA 3CQLA 3LHMA 2LHMA 3W6DA 1D0LA 4GN5C 1IP5A 2G4PA 6LYTA 4YEOA 1B7PA 3N9EA 2IFFY 1LZDA 1GFEA 1DI5A 2ZQ4A 4FDYA 4R6CA 1BB7A 1EQ4A 2Z2FA 1LJGA 4TTDA 1LAAA 1LZ8A 3CT0A 1JKBA 1OQMA 1IX0A 2BQAA 3J4GA 1B7QA 1BHZA 4W94A 4ML7A 3W6BA 1CKCA 3A93A 1HC0A 1GB0A 1IEEA 1QDRA 2MECA 2CJLA 2RSCA 5HNCA 1LZRA 4NIJA 3W6AA 1JTTL 5FELA 1GF4A 4DD1A 1JIYA 1XEKA 2LYMA 4C5FA 4GCEA 1B5YA 3A92A 1GBOA 3ZVQA 3G3BB 1IOTA 4I0CA 4LYOA 1DQJC 4DYGA 1FKVA 5KXSA 3WL2A 4ETDA 4M4OA 3IWRA 1AT6A 1B7OA 3WVXA 1KIRC 4J7VA 3IJUA 4XADA 5APFA 2YBIA 1TBYA 1LJFA 2W1MA 2YSSC 1IWUA 1WQPA 4KT3A 4XJFA 3BKHA 1BWHA 2HUBA 3A3QA 4NG8A 1PZYA 1HEPA 3TXHA 1TEWA 1LKSA 3LYZA 4WLTA 1GFKA 4DD7A 2EKSC 1OUJA 1DXJA 2MEHA 4WO6A 2Z12A 2CWIA 2HEBA 1YAMA 2IHLA 3CSQA 2DKVA 3ZEKA 5APEA 1SLYA 2FBBA 5KXRA 4WM4A 5KXTA 1GBXA 4OWEA 3RW8A 3FE0A 1BVXA 3RNXA 3M3UA 4WM5A 1GFAA 4H8ZA 3AW7A 4DC4A 1JITA 1VFBC 4HP0A 5L9JA 2Z38A 4LGKA 1IOCA 1GE0A 1ZV5L 2H5ZA 1LSAA 4OWCA 1IP2A 1JISA 1JKDA 4QDNA 3WU9A 1B7SA 5KXKA 1LZ6A 1GF7A 4NHSA 1YANA 4Z46A 4HPIA 5APDA 4NHQA 1LKRA 2BQFA 207LA 4NGYA 5HMJA 2MEBA 2HEEA 4WG7A 1MLCE 4WOAA 3SP3A 194LA 3D9AC 2BQJA 1CKFA 2ZWBA 1XGUC 1A4VA 1QDTA 3TXBA 1JHLA 1J1OY 1LJ3A 1GBWA 2AUBA 4XJHA 4DT3A 4XJIA 2DQHY 3CT5A 4UWNA 1N4FA 8LYZA 1LZBA 1NF5A 4DWXA 5J7CA 1OP9B 3B0OA 3HBEX 3LYOA 4NGOA 5FCPA 1UIDA 1CJ8A 1GE1A 5I4WA 2D4JA 1F0WA 4Z3MA 1XFPL 4PRQA 2Z18A 1GFUA 1LJHA 1NBZC 5LA8A 4GLVA 1OUAA 1GBZA 2ZYCA 1LJ4A 1CJ9A 1LCNA 1KIPC 1J1PY 4H9IA 4QEQA 4RLMA 4TX7A 1GXV2 2G4NA 2W1XA 1OUGA 5B07A 5LAFA 5C6IA 3WUMA 4J1AA 4H9HA 4UWUA 4ANRA 4LT2A 4AGAA 1TDYA 1O23A 4NG1A 1LSMA 4KPMA 2Z19A 1B0DA 5AMYA 1RJCB 2DQFC 4TSCA 1YL1X 2FBDA 1YAOA 4B4EA 4ETAA 4YM8A 5DN4A 1P2CC 4NGIA 4OWAA 4WL6A 1FLQA 1Z55A 4GN4A 1JTOL 4LYMA 1LHKA 2HTXA 2LYZA 3EBAB 1WQRA 4OWHA 4RW2A 5JENB 2D6BA 1GB5A 1YAPA 2H9JA 1GE3A 5B59A 1FBIX 1T3PA 2MEAA 5I53A 1B5XA 134LA 1GD6A 1IWWA 1LSFA 4G49A 1EL1A 3AZ6A 2DQDY 2ZNWY 1B7NA 5HMVA 4HPEA 2ZIJA 2F2NA 1LSYA 1LZGA 3FI7A 1G7HC 4HJVA 4H8YA 1BWJA 4BS7A 1QTEA 3WPJA 4AXTA 5C6JA 5APCA 4HJZA 4CFOA 1JPOA 1UUZC 5B1GA 4IJ4A 4B0DA 1OUFA 2LYOA 1WQOA 3B0KA 4H9FA 4D9ZA 4H9BA 153LA 2YBNA 1C46A 1RE2A 1KXWA 3TXJA 3P66A 2MEFA 3HBHA 3OK0A 4H91A 2Q0MX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DQ5A 5KKIA 1VATA 4OO9A 5LA5A 5F14A 4XENA 188LA 1LJIA 2FYCA 2IGCA 1G7IC 1LOZA 2OTYX 5L3HA 3A34A 1L77A 4OOTA 7LYZA 1KXYA 2W1LA 1QIOA 3IJVA 1LI6A 1CU6A 1CUPA 1GDXA 5HQ1A 3WUAA 2HEFA 3OE9A 1BB6A 1QTCA 3WW5A 1OUEA 2F32A 158LA 115LA 1GE4A 1D6PA 4GCFA 4W54A 4LYZA 4NGJA 5FDJA 4YOPA 3SN6R 1JJ3A 3WU8A 5KXYA 1H6MA 4NFVA 1C43A 1L53A 4KXIA 5D5CA 1CKHA 3QE8A 4I8SA 241LA 1GF9A 1W6ZA 1GFVA 2RBOA 4EKRA 2X0AA 2NWDX 1LYYA 1D0MA 1LSBA 1EQEA 1L81A 250LA 227LA 4G4HA 2LZMA 5D5FA 1L03A 5LYMA 1QTDA 1LYSA 4XJBA 3RZ4A 224LA 3P64A 4PPOA 4ET9A 1HFZA 4PJ2C 3C80A 212LA 2BQKA 3WVYA 3HDFA 4PRUA 191LA 1P6YA 107LA 2MEIA 2EIZC 151LA 1L72A 1VAUA 2LZ2A 1QTKA 2DBTA 2LZTA 1JSFA 3CSRA 1GB3A 1GPQC 1GXXA 1CV4A 3C7WA 174LA 3HTDA 4IATA 4CGEA 1E8LA 3M18B 1HEWA 4R0FA 1HEOA 1PQMA 1G0PA 4ETCA 1GFJA 1LZCA 3GUMA 2RBPA 1L70A 1NDMC 181LA 133LA 1F6RA 1JUGA 1L56A 1NHBA 1C45A 4DDAA 3HU8A 1QS5A 4TSBA 1IP1A 1QT4A 1P46A 244LA 229LA 2BQBA 4G4BA 1T97A 4YXAC 1YKYX 3EXDA 1IR9A 1C6PA 1B9OA 1UIAA 4WMGA 4LFXA 4Z41A 4HTQA 1PQKA 1OYUA 3LZ2A 1L97A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GN3 A;  1LMC A;  1GF8 A;  3GXR A;  5KKI A;  4ZFP A;  3T6U A;  1VAT A;  5LA5 A;  5F14 A;  2XJW A;  4XEN A;  2G4Q A;  5LYT A;  1IOS A;  1LJI A;  2FYC A;  1G7I C;  1LOZ A;  4LT3 A;  4BAP A;  4X3B A;  2C8O A;  5L3H A;  3CT1 A;  1GFH A;  1IOR A;  4NGK A;  1BGI A;  2YBJ A;  3A34 A;  1LHL A;  5KXM A;  5C6L A;  3WH1 A;  1VDS A;  1XGQ C;  3AYQ A;  1IWY A;  3B72 A;  1KIQ C;  3WYH A;  3KAM A;  4OOT A;  4NGW A;  3WW6 A;  7LYZ A;  5K7O A;  5A3Z A;  1KXY A;  1CKG A;  2W1L A;  4LT0 A;  4YEM A;  3N9A A;  1QIO A;  1IP4 A;  1I56 A;  5LVG A;  4W96 A;  1AKI A;  1IP3 A;  3IJV A;  3ZVQ B;  1LZ4 A;  1IOQ A;  3LYM A;  4OW1 A;  1LMO A;  1OUD A;  1GDX A;  4TUN A;  5HQ1 A;  1JJ0 A;  2DQI Y;  1GEV A;  1HSX A;  3A6C Y;  3WUA A;  4CJ2 A;  1IVM A;  1ZMY L;  2HEF A;  4MR1 A;  2BQO A;  2HU1 A;  2D91 A;  1BB6 A;  4NWH A;  1G7M C;  2ZIL A;  1LPI A;  2H9K A;  3GXK A;  3LZT A;  5EBH A;  4A7D A;  4PHI A;  3CSZ A;  2D4I A;  4H92 A;  3WW5 A;  1OUE A;  1RFP A;  5LXW A;  3TXF A;  2BQD A;  4CFP A;  1GE4 A;  1D6P A;  4GCF A;  3A6B Y; 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 4DWX A;  5J7C A;  1OP9 B;  3B0O A;  3HBE X;  3LYO A;  4NGO A;  5FCP A;  1UID A;  1CJ8 A;  1GE1 A;  5I4W A;  2D4J A;  1F0W A;  4Z3M A;  1XFP L;  4PRQ A;  2Z18 A;  1GFU A;  1LJH A;  1NBZ C;  5LA8 A;  4GLV A;  1OUA A;  1GBZ A;  2ZYC A;  1LJ4 A;  1CJ9 A;  1LCN A;  1KIP C;  1J1P Y;  4H9I A;  4QEQ A;  4RLM A;  4TX7 A;  1GXV 2;  2G4N A;  2W1X A;  1OUG A;  5B07 A;  5LAF A;  5C6I A;  3WUM A;  4J1A A;  4H9H A;  4UWU A;  4ANR A;  4LT2 A;  4AGA A;  1TDY A;  1O23 A;  4NG1 A;  1LSM A;  4KPM A;  2Z19 A;  1B0D A;  5AMY A;  1RJC B;  2DQF C;  4TSC A;  1YL1 X;  2FBD A;  1YAO A;  4B4E A;  4ETA A;  4YM8 A;  5DN4 A;  1P2C C;  4NGI A;  4OWA A;  4WL6 A;  1FLQ A;  1Z55 A;  4GN4 A;  1JTO L;  4LYM A;  1LHK A;  2HTX A;  2LYZ A;  3EBA B;  1WQR A;  4OWH A;  4RW2 A;  5JEN B;  2D6B A;  1GB5 A;  1YAP A;  2H9J A;  1GE3 A;  5B59 A;  1FBI X;  1T3P A;  2MEA A;  5I53 A;  1B5X A;  134L A;  1GD6 A;  1IWW A;  1LSF A;  4G49 A;  1EL1 A;  3AZ6 A;  2DQD Y;  2ZNW Y;  1B7N A;  5HMV A;  4HPE A;  2ZIJ A;  2F2N A;  1LSY A;  1LZG A;  3FI7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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