4I7JA

T4 lysozyme l99a/m102h with benzene bound
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
175
structure length
174
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 65
structure length 174
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7jA00
1L60A 1L59A 3C7YA 1LI2A 115LA 1PQMA 258LA 2RB2X 2QB0B 3GUOA 226LA 3CDVA 3C80A 1LW9A 1L50A 152LA 1L49A 2F32A 250LA 4EKRA 1C6TA 142LA 2RH1A 173LA 1L07A 168LA 1OWYA 1L34A 4EXMA 4S0WA 1QT6A 197LA 4W51A 3OE9A 3D4SA 237LA 3SB6A 118LA 4W54A 1L84A 1CV3A 238LA 1L10A 1CV1A 1L55A 2QARC 1DYAA 4I7NA 1C62A 129LA 4DKLA 138LA 3V2YA 2RBRA 3DN3A 1L99A 1L26A 1C6QA 3G3XA 3F9LA 1P46A 243LA 262LA 4ARMA 122LA 1P2RA 4YXAC 259LA 4I7TA 188LA 2B75A 4GRVA 227LA 3HH4A 4DAJA 3SB9A 4YX7C 174LA 2L78A 4EKQA 1ZYTA 1C6CA 1LYFA 1L19A 1L03A 128LA 3HTGA 1L76A 2B6ZA 147LA 2NTHA 1G0PA 3NY8A 1KW5A 1ZURA 1P2LA 2RB0X 4W55A 1CUPA 1C6NA 1G0QA 181LA 3C8SA 2Q9EA 199LA 255LA 1QUOA 3DN4A 1QTZA 2B73A 3HTDA 220LA 1CX6A 131LA 1L80A 4W59A 1L91A 221LA 219LA 2LCBA 1L27A 1T8AA 130LA 3DN6A 245LA 2RAYX 3SB8A 1L38A 1L70A 1L53A 201LA 191LA 166LA 198LA 1L61A 4I7MA 1C6LA 1L63A 1CX7A 235LA 1QT7A 2Z6BA 1L14A 217LA 3ODUA 1C64A 2B70A 1L65A 2OEAX 2ANXA 1SSYA 3VW7A 1G0KA 1L22A 1L47A 1P5CA 1KW7A 3HH6A 4ARQA 1LGXA 1CV5A 1LYEA 1LYDA 1C6AA 1L23A 144LA 1L86A 1QUDA 1C67A 1QS5A 1KY0A 5LZMA 1L52A 2RBQA 1KNIA 1L00A 1L11A 162LA 1L02A 3GUIA 2OE9X 170LA 1L35A 6LZMA 3DMVA 1L90A 4EPFA 1L88A 1LI3A 4AQNA 141LA 1G1WA 139LA 3SB7A 4EJ4A 1L97A 1T97A 4EPIA 103LA 247LA 1L21A 249LA 1ZWNA 206LA 1CU6A 1C6FA 1LPYA 222LA 1QTHA 1C6EA 1D3JA 241LA 3HU9A 120LA 3FADA 1L44A 2B6TA 125LA 3G3WA 2ANVA 3CDQA 3GUKA 205LA 1WTHA 148LE 1OV7A 1C6JA 2F47A 1L43A 228LA 3SBAA 1L72A 1OYUA 5I14A 1L82A 3C83A 1C68A 1P3NA 1DYBA 2B6YA 4I7SA 1OVJA 123LA 216LA 240LA 1PQIA 1QTCA 1L95A 2LC9A 1L31A 1PQJA 3SBBC 2OU9A 145LA 1L06A 1OVKA 3GUMA 3LZMA 3C81A 2O4WA 244LA 1NHBA 215LA 159LA 239LA 187LA 1L69A 104LA 1C6GA 1P36A 3C8RA 4GBRB 1L0JA 1LYIA 3V2WA 2OU0X 176LA 1SSWA 1LWGA 1QT3A 1T8FA 171LA 3HH5A 1XEPA 1G0MA 150LA 4ZPUA 1EPYA 209LA 137LA 1QUGA 1L94A 1I6SA 1QT4A 1SWZA 1L68A 1QSQA 200LA 2A4TA 4PJZA 1CVKA 4W53A 107LA 3JR6A 1LYGA 1QTBA 112LA 2IGCA 3QAKA 2Q9DA 3C8QA 252LA 1QT5A 1C6MA 140LA 2O7AA 114LA 214LA 126LA 4OO9A 1LWKA 1L09A 1QSBA 1SX7A 1QUHA 4I7RA 1L37A 1JQUA 3HDEA 1PQDA 1L57A 192LA 1L83A 3OE8A 3DMXA 177LA 1L01A 1L46A 3L64A 1DYCA 2B6WA 1DYGA 2HULA 1XJTA 1L54A 169LA 231LA 3RZEA 4I7KA 1B6IA 246LA 3CDTA 1L62A 185LA 1L30A 2NTGA 2F2QA 2LZMA 1G0JA 257LA 3FI5A 3OE6A 1KY1A 1LYHA 1DYDA 1CU3A 1L12A 1T8GA 1L51A 1L15A 4I7QA 183LA 1L16A 1L73A 230LA 1SWYA 1L89A 211LA 1G0GA 190LA 234LA 3F8VA 4I7JA 1L58A 1C60A 1L20A 4EKPA 3HWLA 1L64A 1L77A 1L93A 256LA 1JTNA 102LA 254LA 3HT6A 1L04A 1L0KA 3OE0A 1P37A 1G1VA 1D9WA 1C6BA 1L74A 4K5YA 3SB5A 4ARMB 1L42A 2HUKA 180LA 1C66A 4LDOA 4W56A 1P7SA 4W58A 160LA 3DN8A 224LA 3PBLA 3CDOA 143LA 1L13A 165LA 2OE7X 1CV6A 1C69A 1T6HA 223LA 4ARPA 1CTWA 3SN6R 172LA 1D2WA 1L17A 155LA 127LA 1L87A 213LA 1LLHA 1PQOA 3HTFA 1L08A 4DJHA 1L36A 1D3FA 1L05A 1PQKA 1P6YA 3GULA 1CUQA 1LYJA 260LA 3UONA 158LA 2CUUA 3NYAA 1CU0A 1L66A 163LA 186LA 3RUNA 3HT9A 4E97A 1L67A 7LZMA 1QTDA 4LDEA 1L96A 3GUJA 212LA 1L18A 1DYFA 4ARLA 108LA 1L41A 1L39A 3HUKA 1JTMA 1CV0A 2B74A 1L48A 1G06A 3DMZA 184LA 3HUQA 2O79A 2RBOA 1C6HA 4LZMA 4ARQB 1OV5A 236LA 1L79A 157LA 1P56A 119LA 232LA 4PK0A 1C6IA 218LA 3DN1A 1L81A 233LA 1L98A 2OE4X 261LA 3FA0A 225LA 2B72A 1QTVA 3HU8A 1L75A 242LA 146LA 3PDSA 1C63A 3GUPA 4I7PA 3G3VA 178LA 4EKSA 1L33A 4I7OA 2B7XA 2RAZX 189LA 1KS3A 1D2YA 3HH3A 3GUNA 3C82A 4YXCA 248LA 1TLAA 3C7WA 3HDFA 1C6KA 1CU5A 1L71A 3EMLA 1G0LA 1SX2A 182LA 156LA 1CV4A 1G07A 2OU8A 2B6XA 1L25A 161LA 175LA 2HUMA 1P64A 3CDRA 3K2RA 4I7LA 3DNAA 151LA 1C61A 1CU2A 149LA 1OVHA 253LA 111LA 3C7ZA 4W57A 1C65A 3DKEX 1L24A 4LDLA 1L29A 3DN0A 3HT8A 1L32A 1L85A 1OWZA 3L2XA 3HTBA 229LA 4ARJA 2RBSA 1L56A 1LI6A 3DN2A 2OTZX 196LA 1C6PA 251LA 164LA 1DYEA 3HUAA 4W52A 1D3NA 1K28A 210LA 113LA 1L45A 1D3MA 1L92A 110LA 167LA 1L28A 109LA 1XJUA 3NY9A 195LA 1QT8A 1QS9A 3HT7A 2OTYX 1C6DA 1LGWA 1LGUA 1L40A 4IAPA 2RBNA 2RB1X 2RBPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L59A 1QIOA 5LYZA 1IP6A 115LA 258LA 2HEFA 3GUOA 3CDVA 4WL7A 3C80A 1L49A 2YBLA 1FKQA 250LA 2BQOA 1QSWA 4H94A 1IVMA 2YSSC 1CJ6A 1JSFA 4AGAA 2BAAA 4LYOA 1UBZA 4H9BA 1QT6A 4DD9A 197LA 2IHLA 1IWWA 5A3EA 4W51A 1JKDA 1OUGA 3OE9A 1C43A 2HEAA 3SB6A 1JJ3A 1CV1A 1DYAA 4I7NA 1CJ8A 3WXTA 1DXJA 1IWTA 4RLMA 1IWUA 3F9LA 1LZTA 2IFFY 1CKHA 122LA 1P2RA 3HFMY 4XN6A 1LJFA 3TXDA 1LZ5A 1FKVA 3EMSA 5D5FA 4EKQA 1SQ2L 1IP1A 2DQJY 2LYMA 1L76A 147LA 1GE4A 4W55A 153LA 1LSPA 3C8SA 3A96A 1YILA 1BVKC 1A2YC 1CX6A 3A91A 3B6LA 1LZEA 2DQGY 1GAYA 3DN6A 245LA 1L38A 2BQAA 4TSCA 2ZIKA 201LA 1LYSA 1RI8B 1YL1X 1L61A 1LZGA 4I7MA 1HMKA 4LT0A 1CX7A 1LZSA 1NWGA 1IC7Y 1NDMC 3P68A 4DQ7A 4ARQA 4DDBA 2HTXA 1CV5A 3IJUA 5KXXA 1L23A 4W94A 1QUDA 1D6QA 1INUA 1KNIA 2FBDA 1GF3A 2Z38A 1LZDA 5J7CA 1O23A 170LA 6LZMA 1L90A 4EPFA 3TXEA 4OWBA 4EPIA 249LA 1ZWNA 5IHGA 1C6FA 5B59A 2YBJA 4NEBA 3HU9A 1FBIX 3EXDA 3WPLA 205LA 1LHMA 1IP2A 1G7LC 4G4HA 1C6JA 1L43A 4WM5A 3SBAA 1OYUA 4CHXA 2Z2EA 4KXIA 3KAMA 1H6MA 4DYGA 4B0DA 123LA 1L95A 1PQJA 3SBBC 1IY4A 1XEJA 1DPWA 1OVKA 4DQJA 4WOAA 1NHBA 207LA 4NGOA 1C6GA 1J1PY 5HLLA 1HFYA 5KXTA 4UWUA 2OU0X 2N5ZA 3ZEKA 1XEIA 4XJBA 3HH5A 1BWHA 1WQPA 4HP0A 150LA 1B7RA 1JTPL 209LA 4QY9A 1IR9A 1L94A 1CKFA 1QSQA 200LA 3A6BY 3TXGA 1IIZA 1CVKA 1B7NA 3A94A 3ZVQA 112LA 1LMOA 1GFEA 1C7PA 5C6IA 4NFVA 1G7HC 214LA 126LA 1QSAA 4DC4A 1D0MA 1IY3A 1UIDA 3WUNA 3HDEA 1L57A 1L83A 5HQ1A 4HSFA 1OP9B 4HJVA 2LZ2A 1L46A 1DYCA 2B6WA 1T6VL 169LA 3RZEA 4I7KA 3CDTA 1L62A 1XEKA 4NY5A 3N9CA 4N5RA 1HEOA 4QEQA 3HBEX 2H9KA 1CJ9A 5FEKA 1L73A 1J1OY 1KIRC 1L89A 1GFGA 2ZQ4A 234LA 3LZTA 2D4KA 1L93A 4WO6A 2BQEA 1D9WA 1C6BA 6LYZA 4K5YA 2HUKA 4H1PA 4DT3A 1C66A 2Z39A 1P7SA 4YOPA 1KIPC 1LSCA 224LA 3PBLA 3WULA 143LA 5II3A 4BADA 4XYYA 193LA 1ALCA 1C69A 5LXWA 1YAPA 3SN6R 4GN5C 1DI5A 4DDAA 4TTDA 1OUFA 155LA 127LA 1TAYA 2BQCA 5LA8A 1L36A 1L05A 3HBDA 1LSYA 5ILFA 3GULA 1LJHA 2CUUA 1CU0A 3P4ZA 186LA 1QTDA 3GUJA 108LA 5KXWA 1RE2A 1L39A 1JTMA 1CV0A 4NHTA 1JITA 1G06A 3DMZA 4ETAA 2D6BA 2XTHA 2RBOA 4H93A 4LZMA 1L79A 2HEDA 157LA 2ZYCA 119LA 1C6IA 2I26L 1HEQA 1QTVA 1LYOA 3GUPA 4I7PA 3G3VA 1KS3A 1RJCB 1BWIA 3W6EA 4YXCA 4LYCA 3HDFA 1C6KA 1CU5A 1L71A 182LA 156LA 4GN4A 2OU8A 4HTKA 2RSCA 2YBNA 161LA 3AB6A 1P64A 1NDGC 1JJ0A 1LKRA 4IJ4A 111LA 3EBAB 3C7ZA 4W57A 1AT6A 1LYZA 4LDLA 4HPEA 2ZYPA 3QE8A 1L29A 3M18B 1L32A 3L2XA 2BQMA 1GF9A 2OTZX 196LA 4FDYA 1C6PA 251LA 1YKZX 4WG1A 1DYEA 3N9AA 4J1AA 1K28A 2BQFA 3WW5A 4L41A 1L28A 109LA 3NY9A 1F10A 4LT1A 1IWVA 1AM7A 1LGWA 1YL0X 4IAPA 2ZNXY 4PPOA 1LI2A 4H90A 1PQMA 1B5YA 3A90A 2RB2X 152LA 1DQJC 5HNCA 2F32A 3A8ZA 4EKRA 5KXMA 3W3EA 1LZAA 2A7DA 142LA 2RH1A 173LA 1OWYA 3W6AA 1NBZC 5EBHA 3D4SA 1OUHA 4N1CC 1CV3A 1L10A 129LA 4WMGA 2RBRA 1LSAA 3GXKA 4FJRA 4D9ZA 1L99A 4PRUA 1CJ7A 3G3XA 3B0OA 4ARMA 194LA 259LA 1JTOL 4I7TA 4GRVA 227LA 5AMYA 3A95A 174LA 2L78A 4NGLA 1ZYTA 5KXSA 5JENB 1L03A 1YAQA 3HTGA 4PHIA 5FHWA 3NY8A 1ZURA 2RB0X 3AGHA 1CUPA 4NG8A 2Q9EA 1VATA 3DN4A 1QTZA 2B73A 1UIAA 220LA 1L80A 2Z12A 1FLWA 1V7SA 4W59A 4GLAA 4GCBA 1L27A 1T8AA 1LZBA 4WLXA 1GB8A 4ZFPA 1NQIA 5DLAA 3TMVA 3CSRA 1L70A 1L53A 4M4OA 198LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L59 A;  1QIO A;  5LYZ A;  1IP6 A;  115L A;  258L A;  2HEF A;  3GUO A;  3CDV A;  4WL7 A;  3C80 A;  1L49 A;  2YBL A;  1FKQ A;  250L A;  2BQO A;  1QSW A;  4H94 A;  1IVM A;  2YSS C;  1CJ6 A;  1JSF A;  4AGA A;  2BAA A;  4LYO A;  1UBZ A;  4H9B A;  1QT6 A;  4DD9 A;  197L A;  2IHL A;  1IWW A;  5A3E A;  4W51 A;  1JKD A;  1OUG A;  3OE9 A;  1C43 A;  2HEA A;  3SB6 A;  1JJ3 A;  1CV1 A;  1DYA A;  4I7N A;  1CJ8 A;  3WXT A;  1DXJ A;  1IWT A;  4RLM A;  1IWU A;  3F9L A;  1LZT A;  2IFF Y;  1CKH A;  122L A;  1P2R A;  3HFM Y;  4XN6 A;  1LJF A;  3TXD A;  1LZ5 A;  1FKV A;  3EMS A;  5D5F A;  4EKQ A;  1SQ2 L;  1IP1 A;  2DQJ Y;  2LYM A;  1L76 A;  147L A;  1GE4 A;  4W55 A;  153L A;  1LSP A;  3C8S A;  3A96 A;  1YIL A;  1BVK C;  1A2Y C;  1CX6 A;  3A91 A;  3B6L A;  1LZE A;  2DQG Y;  1GAY A;  3DN6 A;  245L A;  1L38 A;  2BQA A;  4TSC A;  2ZIK A;  201L A;  1LYS A;  1RI8 B;  1YL1 X;  1L61 A;  1LZG A;  4I7M A;  1HMK A;  4LT0 A;  1CX7 A;  1LZS A;  1NWG A;  1IC7 Y;  1NDM C;  3P68 A;  4DQ7 A;  4ARQ A;  4DDB A;  2HTX A;  1CV5 A; 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