3DN2A

Bromopentafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn2A00
119LA 126LA 1G0KA 200LA 4DKLA 1L63A 4EKQA 3ODUA 186LA 239LA 3OE9A 1OWYA 1L86A 1DYAA 1DYCA 3V2YA 244LA 259LA 4I7NA 1L77A 1L06A 1PQKA 1L08A 254LA 251LA 4E97A 130LA 152LA 1SWYA 1DYGA 4YXAC 1B6IA 1T8GA 1C6CA 3HT9A 1C6BA 1L07A 1L82A 2F32A 1L70A 2RB0X 1KY0A 197LA 162LA 4EPFA 3DN0A 255LA 1SSWA 1C66A 1PQMA 1L87A 1L00A 1CU5A 181LA 238LA 1SSYA 236LA 2RB1X 3EMLA 3CDOA 1C60A 187LA 102LA 1C6JA 4EPIA 2RBOA 1C6GA 1LW9A 177LA 1L59A 2HUMA 1L85A 1P5CA 196LA 4I7PA 4DJHA 151LA 150LA 4W54A 1QUHA 214LA 3HH4A 4EKRA 1L65A 1ZWNA 4I7RA 1LYGA 5LZMA 138LA 1G0LA 1L81A 2O4WA 2HULA 1L17A 2LC9A 1C61A 1D3FA 3SB6A 3HT7A 1P3NA 4DAJA 1C64A 1JTNA 169LA 2OU8A 3HDEA 1QT7A 2RBNA 4I7KA 1QT4A 1C6QA 3C82A 3DN1A 252LA 3DKEX 184LA 164LA 217LA 2OE7X 3GUIA 144LA 1OV5A 4K5YA 1QUOA 2O7AA 1L47A 1C6LA 4W56A 3RZEA 1L84A 1L62A 1QTZA 1T8FA 3HT8A 125LA 1C6IA 1L23A 3HU8A 113LA 2LCBA 1P64A 1KS3A 201LA 1L60A 1P6YA 4IAPA 235LA 212LA 4W58A 2RBSA 4I7LA 1CV0A 1C6PA 1OWZA 1CU6A 123LA 220LA 233LA 3C8RA 139LA 3GUKA 110LA 1ZYTA 2CUUA 248LA 3FA0A 1CVKA 3K2RA 242LA 1L19A 1L20A 1G0GA 4ARMA 1SX7A 148LE 3SB7A 218LA 253LA 4OO9A 1PQIA 213LA 1L22A 245LA 215LA 2OTZX 3DN4A 1LI2A 4EXMA 1CX6A 3SN6R 4ARQA 1L02A 1T6HA 131LA 1LPYA 1QS5A 147LA 1CU0A 4W55A 7LZMA 1OVKA 257LA 246LA 1CV6A 4I7JA 3HTBA 1L52A 128LA 1L54A 1L89A 183LA 1SWZA 2F47A 1WTHA 1C65A 167LA 3G3VA 1OYUA 1L61A 1L68A 3L64A 4EKPA 2RBQA 108LA 3FADA 3HU9A 1K28A 122LA 3UONA 1CX7A 1D3NA 4ZPUA 1DYBA 1I6SA 1OVJA 1G0PA 3G3XA 1G07A 156LA 1T8AA 1L29A 1L01A 1L88A 3SB5A 2RBRA 216LA 2B73A 2B7XA 1CUPA 3GULA 205LA 3GUJA 3RUNA 120LA 3VW7A 4I7QA 1QTCA 1P2LA 1L0JA 2L78A 1G0QA 4GRVA 1P46A 2RH1A 2LZMA 3HUAA 260LA 1L71A 2RAYX 1C6DA 104LA 2B6WA 1DYEA 1PQOA 1LYHA 1JQUA 1QTVA 3HWLA 1C69A 1LYJA 5I14A 1L24A 256LA 1QUGA 3C7ZA 1OV7A 2OU0X 171LA 1L05A 1LYDA 1XJUA 1QUDA 4W57A 1LLHA 1L25A 3G3WA 3HTGA 1CUQA 206LA 2B6XA 261LA 178LA 3SBBC 1L35A 4PJZA 189LA 155LA 1KNIA 1KW7A 1L38A 1L0KA 258LA 240LA 3CDQA 4I7MA 3HUQA 1L49A 1G1WA 3GUNA 1C62A 4ARJA 2B6TA 137LA 2B70A 190LA 1LI6A 2HUKA 3NYAA 3HTDA 1EPYA 146LA 211LA 2RAZX 112LA 1L26A 1LGUA 1L15A 1L94A 243LA 4AQNA 3F8VA 1L13A 1D9WA 241LA 1L99A 4S0WA 1D2WA 1QT5A 3F9LA 3NY8A 1L76A 157LA 1JTMA 1P36A 1L42A 192LA 1CV3A 1L48A 1L11A 1D3JA 3HDFA 166LA 1L58A 4YXCA 221LA 2B6YA 1C6EA 1CV5A 1L43A 1L21A 250LA 1L98A 3SB8A 3GUMA 176LA 1L32A 1L97A 1L36A 223LA 1OVHA 2QB0B 1L12A 109LA 1LWKA 234LA 1G1VA 227LA 247LA 1L34A 1C63A 1QSBA 173LA 4W51A 2B6ZA 3PBLA 3DN3A 2OU9A 1C6NA 1SX2A 1CU2A 3C8QA 1DYDA 1CTWA 2F2QA 1G0JA 3DNAA 141LA 1L46A 3NY9A 195LA 1LGWA 2ANXA 3CDRA 149LA 4ARQB 2OE9X 115LA 1ZURA 210LA 232LA 1L72A 6LZMA 1L75A 226LA 1L30A 158LA 1T97A 163LA 3OE0A 1G0MA 1L28A 1L45A 172LA 3L2XA 1L53A 3DN6A 1L67A 1L69A 209LA 1P56A 1QTHA 4YX7C 103LA 2RBPA 1L96A 4LDOA 1L55A 1L91A 4I7OA 2NTHA 1L57A 1L09A 1P37A 3C81A 4I7TA 1QT6A 1NHBA 118LA 1L50A 2IGCA 182LA 3C8SA 1L41A 1LGXA 3HH3A 2RB2X 1QT8A 4LDEA 168LA 3LZMA 3SB9A 2Z6BA 165LA 1C67A 4EKSA 3PDSA 1P2RA 1LYFA 129LA 1L64A 3OE8A 2B75A 4LDLA 161LA 1QTDA 3CDTA 1L18A 1L92A 1XEPA 2Q9EA 1QT3A 219LA 3QAKA 1C6TA 3SBAA 3GUOA 111LA 1L03A 3HTFA 4ARPA 1D3MA 174LA 1LI3A 1L80A 3HUKA 3DMVA 3GUPA 199LA 1L04A 3C83A 3DN8A 1LYEA 231LA 159LA 185LA 1L14A 1L90A 3C7WA 4PK0A 1QTBA 1L16A 142LA 229LA 3C80A 3D4SA 2O79A 4W59A 1PQDA 1KY1A 3HT6A 198LA 4ARLA 3OE6A 170LA 1C6AA 143LA 1CV1A 1CU3A 1L33A 160LA 1QS9A 1TLAA 1C6FA 1L40A 1LWGA 4I7SA 3CDVA 145LA 225LA 3DN2A 2OEAX 2B72A 1L51A 188LA 1QSQA 1D2YA 1L66A 1L95A 1XJTA 2OTYX 230LA 2NTGA 1L39A 1KW5A 2ANVA 2B74A 3DMZA 1C6KA 1CV4A 1C68A 4GBRB 228LA 1L93A 180LA 4EJ4A 3HH5A 107LA 249LA 140LA 1L31A 3FI5A 4W52A 191LA 1C6HA 262LA 1L37A 1LYIA 1P7SA 3V2WA 175LA 3JR6A 1G06A 1L73A 4ARMB 1L79A 1PQJA 222LA 2OE4X 3C7YA 1L44A 1L56A 4W53A 1L10A 3DMXA 2Q9DA 224LA 4LZMA 114LA 3HH6A 1L74A 1C6MA 127LA 2A4TA 1L27A 237LA 1L83A 1DYFA 2QARC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LHHA 126LA 2W1XA 1L63A 1FKVA 2BQKA 3OE9A 3LYMA 1FLQA 1LZTA 3LYZA 1DYCA 2YSSC 259LA 1LZCA 3AW7A 3W6CA 4CGEA 1IP6A 1GFHA 3ULRA 1T8GA 1OUGA 2CWIA 1HC0A 4XJIA 1KY0A 5JENB 4DD1A 1SSWA 1PQMA 4OWBA 4NSGA 4OWHA 2PC2A 2RB1X 1CNSA 1GDXA 4J1AA 2ZQ4A 3TMXA 1MLCE 1C60A 102LA 177LA 2H9KA 2RBOA 4EPIA 1GEZA 1LW9A 2WARA 1B7RA 4H1PA 1P5CA 2BQOA 5KXOA 5LZMA 4X3BA 1G7JC 1KIQC 1HEMA 1LZYA 2LC9A 4J1BA 4DAJA 1C64A 1QT7A 2RBNA 2D91A 1C6QA 3C82A 1NMMA 3EBAB 1LSCA 217LA 2MEFA 2OE7X 2C8OA 4DD2A 2O7AA 1DQJC 1C6LA 5D5FA 7LYZA 5KXMA 3AZ5A 3HT8A 125LA 1NDGC 1DPWA 1LYYA 1GFUA 4HPEA 5F81A 212LA 3W6EA 4I7LA 4HJVA 3J6KA 1BB4A 1WVVA 1YAQA 5LYZA 4NY5A 123LA 5D5CA 5LIOA 4QEQA 3KAMA 3GUKA 1ZYTA 5E9RA 242LA 1L20A 1G0GA 1DI4A 4LZTA 2MEAA 1LJEA 1B5YA 4OO9A 1PQIA 1J1XY 4O34A 4EXMA 1NF5A 5LVHA 1KIRC 4TX7A 1WQOA 3ATOA 3TXGA 4NHSA 4YENA 4DT3A 4KXIA 5C6JA 147LA 1B7SA 2BQNA 4W55A 1OVKA 5A3EA 3HBEX 2H5ZA 3HTBA 1TBYA 128LA 4GLAA 1GBSA 1SWZA 1JJ0A 3QE8A 3QY4A 3L64A 3P68A 1LYOA 3QNGA 3FADA 3UONA 4ML7A 156LA 5KKIA 3SB5A 1G7IC 134LA 1D6PA 5LVJA 120LA 3CQLA 2L78A 1FBIX 4HPIA 3WPLA 1ALCA 3GXKA 2BQGA 4R0FA 1C6DA 1DYEA 1LYHA 3A67Y 3HWLA 1OQMA 4HTQA 2ZILA 4B4IA 1JKDA 2CJLA 5AMYA 1LZEA 1QUDA 1JSEA 1CKGA 4W57A 1L25A 3OJPA 206LA 2B6XA 4OWCA 1IR7A 3SBBC 1L35A 1LKRA 4NHTA 189LA 4PJZA 1IP7A 4AXTA 1LYSA 2Q0MX 1QQYA 1LI6A 2CGIA 3NYAA 3HTDA 3WPKA 4EOFA 1IWZA 4OW1A 1GE1A 112LA 1DI3A 243LA 3CT0A 1L13A 241LA 1L99A 1QT5A 3NY8A 157LA 1JTMA 1P36A 192LA 3WW6A 1HEWA 3HDFA 1L58A 4H9HA 221LA 2B6YA 1CV5A 1L43A 250LA 176LA 1CKDA 1L32A 1XEIA 1OVHA 109LA 4GCEA 1G1VA 4WG1A 4KPMA 1GAYA 1IWTA 173LA 1HMKA 2B6ZA 1SX2A 3C8QA 1DYDA 4OWEA 4XJFA 3DNAA 1LKSA 3IWRA 4H9CA 2OE9X 1VDSA 208LA 1LAAA 232LA 1LHKA 1GF0A 4ZIXA 5ILCA 1L28A 1DPXA 1VAUA 2LYOA 2HEFA 3DN6A 4MCKA 4C5FA 4YX7C 103LA 2RBPA 2ZNWY 1UIGA 1JKCA 3FE0A 1DKJA 2EPEA 4I7TA 4E3UA 1NHBA 1GAZA 3C8SA 1JKAA 1L41A 5LA5A 3HH3A 2RB2X 5KXSA 4DDAA 1XEJA 2Z39A 3SB9A 1C67A 5DL9A 1UIHA 4YM8A 4PGJB 1L64A 3OE8A 1QTKA 3LHMA 1JTOL 4H92A 135LA 4XJGA 3AGIA 1GFEA 1QT3A 4NSIA 1L03A 1XGUC 3AYQA 174LA 1IC5Y 1KIPC 3ZEKA 4XYYA 3DMVA 199LA 1L04A 3DN8A 2MEIA 3C7WA 4WM6A 1B7QA 1QTBA 1L16A 3D4SA 1PQDA 3HT6A 1GB3A 1C6AA 143LA 4NSJA 1D0LA 4Z3MA 4NIJA 4I7SA 4Z46A 3CT1A 5C6IA 1V7SA 1REMA 2B72A 1IIZA 1L51A 1QDRA 3T6UA 1JSFA 3N9CA 4B49A 230LA 1LSGA 1N4FA 1KW5A 4EMNA 1AM7A 2I6ZA 1C68A 1IWUA 3LZ2A 1IO5A 3HH5A 107LA 1L31A 1HHLA 1B2KA 1C6HA 3V2WA 175LA 1C08C 1PQJA 1BB5A 1L56A 2YDGA 5F9UA 4QDNA 2Q9DA 4ZFPA 114LA 1UCOA 2EKSC 2MEDA 237LA 2D4IA 1DYFA 3EO5A 1O23A 4DD0A 3B6LA 1WQNA 5APDA 5DLAA 1YQVY 1GEVA 5L3IA 2MEEA 4I7NA 2YBNA 1PQKA 3LN2A 1L08A 5M1YA 1LZBA 130LA 3A95A 2W1YA 4ETEA 1SWYA 1DYGA 4NGOA 4YXAC 1C6CA 3HT9A 2F32A 1CJ6A 2HEBA 4Z98A 3W6FA 1LZ4A 2FYDA 2RB0X 4IATA 197LA 3DN0A 255LA 1L87A 2RSCA 1L00A 1UA6Y 1JPOA 187LA 3TXFA 1PS5A 3CSZA 1C6GA 3J4GA 1XEKA 1JHLA 1BHZA 2MEBA 1I56A 2BQJA 4I7PA 3A34A 151LA 4W54A 4WM4A 4EKRA 4I7RA 1LYGA 1G0LA 1IP5A 4GCBA 2HULA 1D3FA 3HT7A 1RCMA 1P3NA 3B0KA 169LA 1AKIA 1GB7A 4XN6A 4QGZA 2LZTA 3DN1A 4LYOA 1JTPL 252LA 3DKEX 164LA 3GUIA 4NGKA 4GCFA 1QUOA 5F14A 3CT5A 1DKKA 4W56A 1LOZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LHH A;  126L A;  2W1X A;  1L63 A;  1FKV A;  2BQK A;  3OE9 A;  3LYM A;  1FLQ A;  1LZT A;  3LYZ A;  1DYC A;  2YSS C;  259L A;  1LZC A;  3AW7 A;  3W6C A;  4CGE A;  1IP6 A;  1GFH A;  3ULR A;  1T8G A;  1OUG A;  2CWI A;  1HC0 A;  4XJI A;  1KY0 A;  5JEN B;  4DD1 A;  1SSW A;  1PQM A;  4OWB A;  4NSG A;  4OWH A;  2PC2 A;  2RB1 X;  1CNS A;  1GDX A;  4J1A A;  2ZQ4 A;  3TMX A;  1MLC E;  1C60 A;  102L A;  177L A;  2H9K A;  2RBO A;  4EPI A;  1GEZ A;  1LW9 A;  2WAR A;  1B7R A;  4H1P A;  1P5C A;  2BQO A;  5KXO A;  5LZM A;  4X3B A;  1G7J C;  1KIQ C;  1HEM A;  1LZY A;  2LC9 A;  4J1B A;  4DAJ A;  1C64 A;  1QT7 A;  2RBN A;  2D91 A;  1C6Q A;  3C82 A;  1NMM A;  3EBA B;  1LSC A;  217L A;  2MEF A;  2OE7 X;  2C8O A;  4DD2 A;  2O7A A;  1DQJ C;  1C6L A;  5D5F A;  7LYZ A;  5KXM A;  3AZ5 A;  3HT8 A;  125L A;  1NDG C;  1DPW A;  1LYY A;  1GFU A;  4HPE A;  5F81 A;  212L A;  3W6E A;  4I7L A;  4HJV A;  3J6K A;  1BB4 A;  1WVV A;  1YAQ A;  5LYZ A;  4NY5 A;  123L A;  5D5C A;  5LIO A;  4QEQ A;  3KAM A;  3GUK A;  1ZYT A;  5E9R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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