3DN2A

Bromopentafluorobenzene binding in the hydrophobic cavity of t4 lysozyme l99a mutant
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title Halogenated benzenes bound within a non-polar cavity in T4 lysozyme provide examples of I...S and I...Se halogen-bonding.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteriophage t4
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2008-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3dn2A00
3HUKA 1C65A 1KW5A 1L47A 4S0WA 1L71A 1LYJA 1L76A 1G0MA 1ZURA 1L15A 201LA 4W52A 188LA 1JQUA 3UONA 4I7PA 4ARLA 1P64A 3SB6A 123LA 1PQDA 4LDEA 2RBPA 2RH1A 160LA 1L03A 1C6AA 142LA 1L44A 176LA 1C6MA 4K5YA 1L10A 144LA 262LA 3SB5A 261LA 3G3XA 1L51A 2LC9A 1OVJA 4W53A 159LA 1KNIA 3HDEA 1I6SA 1SX7A 1L97A 235LA 2O7AA 258LA 149LA 1CV5A 200LA 216LA 4PK0A 215LA 3HTBA 157LA 3SBBC 2RB2X 241LA 139LA 2B75A 3EMLA 180LA 210LA 1DYCA 4I7TA 1KY1A 1OVHA 1L04A 167LA 1QSBA 3OE6A 4EKQA 1P7SA 1SSYA 1C6BA 1TLAA 1L61A 1QT6A 2B6XA 1L65A 3HTGA 2RBNA 2QB0B 1KS3A 1CV1A 1L68A 198LA 3C83A 1B6IA 3DN6A 138LA 4EKSA 3CDTA 1QTVA 1QTHA 1L17A 214LA 120LA 3CDVA 168LA 3OE9A 4W56A 238LA 3PDSA 4I7KA 130LA 3GUNA 199LA 141LA 2Q9DA 3HWLA 3D4SA 1QTCA 103LA 1CU0A 171LA 1DYAA 164LA 4ARQA 1C62A 1L25A 1LPYA 155LA 173LA 191LA 2B72A 1L64A 1T6HA 3GULA 1LGWA 1L56A 1L87A 4W57A 2RBQA 2NTGA 3HT8A 1L48A 1L45A 1L93A 1L96A 3F8VA 1LLHA 1LI3A 1LYDA 1D2YA 1XJTA 1L35A 1L09A 1L91A 227LA 4ZPUA 4I7QA 253LA 1LYGA 1T8FA 1L0KA 1JTNA 4AQNA 1L70A 257LA 1L31A 5I14A 4ARJA 1L34A 250LA 1ZWNA 1C6PA 1PQIA 1L49A 2B6TA 3HTFA 2HULA 1C67A 128LA 221LA 2B7XA 1L50A 1CU3A 220LA 236LA 1L52A 4I7NA 1L20A 4LDLA 2NTHA 1G1VA 1L98A 4LZMA 1CV0A 1L07A 3HT7A 1L59A 1CV6A 147LA 1C66A 3GUIA 211LA 1LYIA 158LA 254LA 1L14A 244LA 3DN3A 166LA 3NY8A 195LA 3HUQA 1D3JA 1L41A 3DMZA 161LA 3G3WA 1C6GA 1CV4A 1C6FA 3NY9A 1L54A 1C6EA 229LA 3DN8A 145LA 4ARMB 1LW9A 2B73A 1L36A 174LA 1L40A 110LA 2B70A 4W54A 1G0GA 182LA 205LA 1QTBA 1C6DA 125LA 259LA 3DNAA 4GBRB 252LA 1L79A 3HU9A 1LYEA 3ODUA 1OWZA 2B6YA 1PQMA 1L60A 251LA 1L77A 3C81A 4EKRA 1L30A 1DYEA 1G06A 1L06A 1QT8A 222LA 3HT6A 3HTDA 4ARPA 4OO9A 175LA 2RAZX 114LA 2RBSA 107LA 231LA 4I7LA 3GUJA 2OEAX 140LA 206LA 1QUOA 2CUUA 223LA 3GUPA 1C6LA 4DJHA 2HUKA 1L26A 228LA 2OE9X 1L16A 2F2QA 1L94A 1G0QA 1G0JA 1L66A 1CX7A 3C7YA 148LE 3HUAA 1PQKA 1QS5A 3CDQA 4W59A 3DN2A 190LA 3NYAA 1L27A 1L90A 1L46A 1QUGA 122LA 1L42A 3GUOA 3HU8A 1L82A 1L29A 2RB1X 1CUPA 102LA 3SN6R 1L83A 178LA 5LZMA 1L39A 2OU9A 1C6NA 1L55A 1L63A 3C82A 3FADA 1L02A 3HH6A 1CTWA 1C6CA 3DKEX 3SB8A 1QUDA 4I7MA 2B6ZA 169LA 1L84A 1OV5A 3L2XA 3HDFA 1K28A 1L57A 1L11A 1L69A 1CU6A 1L18A 1L37A 3DN1A 3OE0A 137LA 4EPIA 3RUNA 1G0LA 163LA 1QT5A 3C7ZA 2B6WA 1G07A 1OVKA 150LA 3HH5A 111LA 170LA 1CV3A 3FI5A 3QAKA 1D3MA 1DYGA 1G1WA 1L01A 2F32A 185LA 245LA 1L89A 1L38A 3G3VA 1LGXA 1L28A 1L13A 1LYFA 1QTZA 192LA 1QT7A 1L05A 3C80A 1L0JA 165LA 1P3NA 3LZMA 118LA 1CX6A 2OTYX 230LA 1QUHA 1KY0A 3DN4A 177LA 3F9LA 181LA 249LA 1OYUA 2LZMA 1L22A 1L43A 4YX7C 218LA 2O4WA 1L24A 1JTMA 3HT9A 1P37A 1DYBA 1P36A 243LA 1L81A 4ARQB 6LZMA 234LA 3C8RA 3K2RA 1L80A 2HUMA 1P5CA 112LA 2B74A 1L53A 197LA 4E97A 4W51A 1PQJA 1XJUA 4EKPA 1CUQA 108LA 1WTHA 3DMXA 1D3NA 237LA 1CVKA 1L72A 3C7WA 1QS9A 2RBRA 1L92A 2IGCA 225LA 4EXMA 1G0KA 242LA 1L62A 3GUKA 129LA 2OU0X 1T97A 1CU2A 2L78A 1LI6A 1C6TA 209LA 1T8AA 1QSQA 104LA 7LZMA 1LI2A 3FA0A 1L33A 4DKLA 1P2RA 1C63A 1NHBA 2RAYX 3HH4A 3C8QA 187LA 1C6IA 4I7JA 1L21A 4W55A 217LA 3DN0A 119LA 189LA 3HH3A 1C61A 256LA 2Q9EA 146LA 1L32A 2QARC 4IAPA 1LGUA 1L67A 4PJZA 4GRVA 1L00A 143LA 2RBOA 233LA 1DYDA 3L64A 3CDOA 151LA 4YXAC 1KW7A 1P6YA 1SSWA 1L95A 1L88A 1L85A 1L58A 115LA 1QTDA 186LA 1L08A 1OV7A 1C60A 1C6JA 1C64A 3GUMA 1LYHA 156LA 226LA 1C6KA 4EJ4A 3OE8A 3VW7A 4W58A 1L73A 1C68A 3JR6A 247LA 1CU5A 1L12A 1T8GA 127LA 1ZYTA 2OE7X 4I7SA 1C69A 2ANVA 2O79A 172LA 3PBLA 152LA 3CDRA 1P56A 1L74A 3SB7A 3V2YA 2F47A 1D9WA 162LA 2OE4X 248LA 1L75A 219LA 1D3FA 1LWGA 1C6HA 1OWYA 1QT3A 1L19A 1DYFA 260LA 255LA 2RB0X 3DMVA 4ARMA 239LA 1C6QA 1P2LA 212LA 232LA 113LA 1XEPA 109LA 240LA 1L23A 1PQOA 184LA 1SWYA 1EPYA 4I7OA 246LA 3RZEA 1SX2A 1SWZA 126LA 3SBAA 1L99A 1G0PA 1LWKA 4EPFA 4LDOA 2A4TA 183LA 1P46A 224LA 4YXCA 2OU8A 1D2WA 4DAJA 1QT4A 2OTZX 4I7RA 196LA 2Z6BA 3SB9A 1L86A 2LCBA 213LA 3C8SA 131LA 3V2WA 2ANXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D6QA 4S0WA 1BVXA 3TMVA 4ETDA 1L76A 1G0MA 1LSMA 1LYYA 4NHPA 4ARLA 3ZVQB 1IOQA 1NQIA 4DC4A 1ZVYB 123LA 4LDEA 4II8A 3A8ZA 4IASA 2LYOA 2RBPA 1GB6A 2ZWBA 3LHMA 5KXRA 1B5YA 1XGUC 1GFJA 176LA 1LMCA 3G3XA 4LFXA 1GB0A 3W3EA 1I6SA 207LA 1VDSA 235LA 1I20A 200LA 2LZTA 215LA 3HTBA 3SBBC 2BQBA 3EMLA 3G3AB 2PC2A 4NSIA 4I7TA 1OVHA 4WL6A 1L04A 167LA 4Z41A 4RDSA 2N5ZA 3B0IA 1SSYA 5J7CA 1C6BA 1L65A 3EXDA 2A7DA 2RBNA 1KS3A 1WTNA 1L68A 5C6LA 1B6IA 3DN6A 1GDXA 5LA8A 1WQNA 1JKCA 120LA 1D0MA 1LKRA 5LVGA 238LA 3PDSA 1GFRA 1OUJA 4I7KA 1DXJA 3GUNA 199LA 141LA 3HWLA 4GLAA 1C62A 1LPYA 4NGYA 4GCCA 4HV1A 2B72A 1L64A 4TX7A 3GULA 2MEIA 1QIOA 2YDGA 4LYCA 1CKDA 1IWYA 2D4JA 2ZYPA 1LI3A 1VEDA 3WW6A 227LA 2YBNA 4ZPUA 1EL1A 4I7QA 1TAYA 1LJKA 257LA 1V7SA 3AW6A 1L34A 1LSGA 250LA 3M3UA 4DD9A 3HTFA 3CT0A 2EQLA 1B5XA 2HULA 221LA 1CU3A 220LA 1GFEA 2DBTA 2HEEA 1L52A 4TUNA 4LDLA 5I4WA 2NTHA 1CV0A 2CWIA 3A96A 147LA 244LA 5I53A 166LA 195LA 4IATA 1CV4A 2BQGA 1GB7A 1L54A 1LW9A 2DQIY 1LSPA 4LT1A 4DYGA 3A95A 3A90A 1JITA 3LN2A 4W54A 4MSTA 4DD1A 182LA 1B2KA 205LA 5LYMA 1C6DA 3HFMY 259LA 4EMNA 1TDYA 4CJ2A 1WTMA 2YVBA 4EKRA 4KT3A 2D91A 1G06A 3HT6A 222LA 4H9FA 2RAZX 1JKDA 4RW2A 2YBMA 4I7LA 4XENA 2OEAX 140LA 1EQEA 3GUPA 1LJFA 4W59A 1LJIA 1YQVY 1CKCA 3WH1A 3NYAA 4NEBA 4H9HA 2EPEA 2BAAA 2XTHA 1HSXA 1YKZX 6LYTA 1L42A 1OUBA 3WVXA 1L82A 3AGGG 5IHGA 1L83A 4H8XA 1FLWA 5JENB 178LA 1BWIA 3KAMA 1UIAA 1GE0A 1LYZA 4WM6A 5DL9A 1L63A 1IP2A 4HTKA 1JISA 1C6CA 1GBXA 3SB8A 5KXMA 1QUDA 1QSAA 3HDFA 3N9EA 5HQ1A 1L11A 2XJWA 5B1FA 1L69A 1L18A 4EPIA 1HC0A 3RUNA 1UACY 1QT5A 170LA 4G4CA 4HJZA 3WUNA 1JIYA 5M1YA 1AM7A 2F30A 1DYGA 185LA 1L89A 1D9UA 3G3VA 1C45A 5LXWA 134LA 1C10A 1OUIA 1OUHA 1AT6A 1QTZA 3LYTA 4I8SA 1L05A 1NWGA 3C80A 4BS7A 3TXKA 1INUA 1G7LC 118LA 1CX6A 230LA 4OWAA 1KY0A 3TXEA 2HEFA 1LMNA 1L24A 1HFZA 1J1PY 1LJJA 1P36A 243LA 4AGAA 1PZYA 4ARQB 1HEWA 4PPOA 6LZMA 4KXIA 2B74A 1JHLA 1UIGA 1JJ3A 1D3NA 2RBRA 1IC4Y 4EXMA 4NIJA 4NHQA 1UIBA 1QSQA 104LA 7LZMA 3FA0A 1L33A 1P2RA 1GF9A 1OP9B 3HH4A 5F16A 3AW7A 4YENA 4BAPA 1GDWA 1OUAA 4I7JA 1L21A 217LA 2BQCA 1G7IC 3HH3A 2AUBA 5I54A 1UIEA 1L32A 4G49A 2W1LA 1L67A 1XEIA 4PJZA 4GRVA 4LYTA 3W6DA 1NDMC 1UICA 2BQLA 2RSCA 4HSFA 233LA 3L64A 1P6YA 4DD3A 3AZ5A 4WOAA 115LA 1QTDA 4YOPA 5FSTA 1C60A 1C64A 4GLVA 1LYHA 1TEWA 3SP3A 226LA 1G7HC 1I1ZA 4EJ4A 3VW7A 4O34A 1NDGC 1GE3A 1IOSA 1CJ9A 3JR6A 1B5UA 4DD2A 1ZYTA 2LYMA 152LA 3WUMA 3V2YA 2F47A 1CKHA 1DI3A 1D3FA 3P64A 4I0CA 1QT3A 1HERA 1DYFA 4Z3MA 1YAPA 4ARMA 1P2LA 4BAFA 1WQMA 1XFPL 1BB4A 109LA 2BQFA 1LZ4A 1PQOA 184LA 1T3PA 5HLLA 246LA 4J7VA 3RZEA 1FDLY 4HJVA 4WLDA 4EPFA 1H87A 1P46A 5KKJA 2LZ2A 224LA 2YBJA 4U3XB 2HTXA 4DAJA 3HBHA 4HP0A 1QT4A 4YF2A 3GXRA 1ZVHL 2LCBA 3W6EA 5I4XA 1IR8A 1L47A 1JKBA 3TXDA 5L9JA 1AKIA 1VDQA 1XSFA 5KXXA 2MEGA 1IWVA 1IVMA 1P64A 5IDDA 1LJ4A 2W1MA 1L03A 3EBAB 1C6AA 1L44A 3BKHA 4NGVA 4BADA 5F9XA 1L10A 1DKKA 3SB5A 4QDNA 261LA 1LHKA 2LC9A 2F4AA 3TXFA 5LINA 1KNIA 1IWXA 1B7LA 1G7JC 1CV5A 4NHSA 3A67Y 1YL0X 1F0WA 1B7PA 5F9UA 1LZCA 1IP5A 2ZNXY 4H9AA 1LZBA 4EKQA 1GE1A 5IELA 1CJ7A 1J1OY 2EIZC 3C83A 4D9ZA 138LA 1W08A 1RE2A 3OE9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D6Q A;  4S0W A;  1BVX A;  3TMV A;  4ETD A;  1L76 A;  1G0M A;  1LSM A;  1LYY A;  4NHP A;  4ARL A;  3ZVQ B;  1IOQ A;  1NQI A;  4DC4 A;  1ZVY B;  123L A;  4LDE A;  4II8 A;  3A8Z A;  4IAS A;  2LYO A;  2RBP A;  1GB6 A;  2ZWB A;  3LHM A;  5KXR A;  1B5Y A;  1XGU C;  1GFJ A;  176L A;  1LMC A;  3G3X A;  4LFX A;  1GB0 A;  3W3E A;  1I6S A;  207L A;  1VDS A;  235L A;  1I20 A;  200L A;  2LZT A;  215L A;  3HTB A;  3SBB C;  2BQB A;  3EML A;  3G3A B;  2PC2 A;  4NSI A;  4I7T A;  1OVH A;  4WL6 A;  1L04 A;  167L A;  4Z41 A;  4RDS A;  2N5Z A;  3B0I A;  1SSY A;  5J7C A;  1C6B A;  1L65 A;  3EXD A;  2A7D A;  2RBN A;  1KS3 A;  1WTN A;  1L68 A;  5C6L A;  1B6I A;  3DN6 A;  1GDX A;  5LA8 A;  1WQN A;  1JKC A;  120L A;  1D0M A;  1LKR A;  5LVG A;  238L A;  3PDS A;  1GFR A;  1OUJ A;  4I7K A;  1DXJ A;  3GUN A;  199L A;  141L A;  3HWL A;  4GLA A;  1C62 A;  1LPY A;  4NGY A;  4GCC A;  4HV1 A;  2B72 A;  1L64 A;  4TX7 A;  3GUL A;  2MEI A;  1QIO A;  2YDG A;  4LYC A;  1CKD A;  1IWY A;  2D4J A;  2ZYP A;  1LI3 A;  1VED A;  3WW6 A;  227L A;  2YBN A;  4ZPU A;  1EL1 A;  4I7Q A;  1TAY A;  1LJK A;  257L A;  1V7S A;  3AW6 A;  1L34 A;  1LSG A;  250L A;  3M3U A;  4DD9 A;  3HTF A;  3CT0 A;  2EQL A;  1B5X A;  2HUL A;  221L A;  1CU3 A;  220L A;  1GFE A;  2DBT A;  2HEE A;  1L52 A;  4TUN A;  4LDL A;  5I4W A;  2NTH A;  1CV0 A;  2CWI A;  3A96 A;  147L A;  244L A;  5I53 A;  166L A;  195L A;  4IAT A;  1CV4 A;  2BQG A;  1GB7 A;  1L54 A;  1LW9 A;  2DQI Y;  1LSP A;  4LT1 A;  4DYG A;  3A95 A;  3A90 A;  1JIT A;  3LN2 A;  4W54 A;  4MST A;  4DD1 A;  182L A;  1B2K A;  205L A;  5LYM A;  1C6D A;  3HFM Y;  259L A;  4EMN A;  1TDY A;  4CJ2 A;  1WTM A;  2YVB A;  4EKR A;  4KT3 A;  2D91 A;  1G06 A;  3HT6 A;  222L A;  4H9F A;  2RAZ X;  1JKD A;  4RW2 A;  2YBM A;  4I7L A;  4XEN A;  2OEA X;  140L A;  1EQE A;  3GUP A;  1LJF A;  4W59 A;  1LJI A;  1YQV Y;  1CKC A;  3WH1 A;  3NYA A;  4NEB A;  4H9H A;  2EPE A;  2BAA A;  2XTH A;  1HSX A;  1YKZ X;  6LYT A;  1L42 A;  1OUB A;  3WVX A;  1L82 A;  3AGG G;  5IHG A;  1L83 A;  4H8X A;  1FLW A;  5JEN B;  178L A;  1BWI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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