1L50A

Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCVLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRCITSFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l50A00
1T8FA 1L97A 2OEAX 234LA 1T8AA 1C6IA 150LA 199LA 1OYUA 4W58A 158LA 1L46A 4LDLA 260LA 1L52A 4ARLA 1OWZA 1L12A 1G0KA 1L53A 3G3VA 2RB2X 2RBPA 1QTCA 1LGXA 1L83A 1L58A 1L28A 2B7XA 1LW9A 206LA 115LA 1LYEA 1DYEA 3HH3A 4I7OA 1L17A 2OE9X 1L29A 130LA 1C65A 184LA 1L99A 246LA 3HUKA 4PK0A 1DYCA 2B73A 1L34A 1SWYA 4EKQA 107LA 1LGUA 1C62A 1C6TA 257LA 2IGCA 114LA 1L22A 3HTGA 212LA 1I6SA 1QUGA 1L31A 5I14A 1L72A 1L67A 171LA 1L47A 3HT8A 167LA 159LA 1L37A 1L59A 4YX7C 164LA 2OTYX 232LA 1L35A 1L00A 1L04A 3DN2A 181LA 2HUKA 3GUPA 4I7JA 175LA 1L87A 3HU8A 3DN1A 222LA 163LA 1JQUA 4AQNA 1L14A 2B6XA 4W54A 183LA 1B6IA 223LA 1L81A 1C6AA 230LA 3DN4A 4LDOA 2B6ZA 1L51A 1L90A 235LA 3GUIA 138LA 1CV1A 3C8QA 3SB5A 1L64A 1KY1A 3HT9A 244LA 1C6MA 186LA 3DN6A 1QS9A 1C63A 249LA 1D9WA 3DNAA 1L56A 3L64A 4LZMA 3HUAA 2NTGA 1G07A 1PQJA 1QT4A 2RBSA 1XJTA 2CUUA 1TLAA 3G3WA 1L15A 254LA 218LA 3FADA 192LA 1PQIA 1CV4A 2O79A 3GUOA 1L69A 4W51A 3HUQA 1L32A 149LA 1C60A 4W55A 3DN8A 180LA 1L61A 131LA 1D3FA 252LA 1L92A 1CX7A 251LA 1L13A 1WTHA 1L49A 3FI5A 1KY0A 4EPFA 220LA 1L73A 1SX7A 1L16A 143LA 147LA 2O7AA 1ZURA 3L2XA 4ARJA 1C6PA 4I7QA 174LA 3DMZA 103LA 1CX6A 1CTWA 221LA 3LZMA 1L33A 120LA 1QUHA 1L85A 112LA 1JTMA 1L0JA 1L48A 224LA 241LA 2OE7X 3F9LA 1L24A 3HT6A 3C82A 4LDEA 1K28A 2OE4X 4ARQB 227LA 170LA 2OTZX 217LA 3SN6R 1LYHA 2F2QA 2LZMA 1CU2A 190LA 1P2LA 185LA 1QTZA 127LA 182LA 160LA 162LA 1L96A 1G0PA 6LZMA 4E97A 1C6QA 4IAPA 1C64A 1LYDA 1L38A 4EXMA 142LA 4W53A 4EKSA 1C6GA 1L26A 137LA 1KW7A 1D3MA 1L77A 4EJ4A 2RBNA 104LA 250LA 1C6BA 3GUJA 1L39A 119LA 4I7NA 4I7MA 4S0WA 1P3NA 2RAYX 1L70A 1L84A 3C80A 3HTBA 1LI3A 110LA 2HUMA 151LA 176LA 1DYBA 1XEPA 1C68A 1NHBA 3V2YA 1C61A 1OV5A 198LA 1G0LA 1L74A 4I7PA 3HDFA 1L30A 1L05A 1L41A 1LWKA 1L25A 195LA 1G1VA 1CUPA 1QTVA 118LA 1G0JA 1G0MA 219LA 1C6CA 1L20A 3FA0A 1CU5A 129LA 2NTHA 2OU9A 1QT8A 3SB8A 1SX2A 3HWLA 1L02A 155LA 196LA 1LI2A 2ANXA 1L19A 4EPIA 1L21A 1LYFA 4W52A 3UONA 102LA 3K2RA 1L0KA 3GUKA 1T6HA 1L57A 4I7TA 2RB0X 245LA 2OU0X 4W56A 1L27A 1C6EA 1ZYTA 240LA 2A4TA 4YXAC 3HDEA 4PJZA 1KS3A 1L07A 1P36A 1T97A 3SB6A 3HT7A 1L60A 1SSWA 1L10A 157LA 1DYDA 2ANVA 3PDSA 166LA 4DAJA 7LZMA 197LA 1SWZA 1C6KA 1D2WA 2O4WA 3F8VA 1L75A 214LA 145LA 1LLHA 4I7KA 3JR6A 1L01A 1C6NA 108LA 2RBRA 247LA 239LA 3DMVA 4I7LA 3C8SA 173LA 3C7WA 1XJUA 253LA 1LYIA 2RAZX 201LA 1CUQA 1PQMA 1QT7A 4ARQA 4ARMA 1D3JA 210LA 1L40A 4OO9A 1L42A 2L78A 1CU3A 1L65A 261LA 1CV0A 1P56A 226LA 3CDOA 1KNIA 1L93A 233LA 3DMXA 3HTFA 1DYFA 3RZEA 1G06A 3C81A 4ARMB 2Z6BA 1L43A 178LA 126LA 236LA 3OE9A 1P37A 256LA 2Q9DA 3GULA 3VW7A 4ARPA 156LA 1C6DA 3NY9A 1JTNA 1CU0A 2LCBA 2LC9A 3NY8A 1L86A 123LA 1L55A 200LA 148LE 1CV3A 225LA 3PBLA 1L63A 1L79A 255LA 109LA 140LA 1T8GA 3C7YA 1CV6A 1L18A 1L36A 187LA 216LA 3DN0A 3HH5A 1PQKA 4I7SA 168LA 188LA 4I7RA 3GUMA 1KW5A 211LA 1L44A 122LA 2B6TA 1L06A 3NYAA 1L09A 1OVKA 1QT5A 1P6YA 1PQDA 1SSYA 2RH1A 3C83A 5LZMA 238LA 1CU6A 1L95A 2RBQA 1L23A 152LA 1LPYA 3HH4A 1LGWA 243LA 2F32A 2B74A 4K5YA 259LA 4W57A 1L11A 3HU9A 1L50A 2QB0B 2F47A 3C8RA 228LA 4DKLA 3SB9A 1OVJA 1EPYA 1C69A 1P7SA 3HTDA 1L98A 1L80A 4EKRA 113LA 3C7ZA 1L88A 3SBAA 1P64A 1P2RA 4YXCA 3DKEX 1C6LA 248LA 144LA 1L54A 1L62A 1L82A 1G0QA 3RUNA 1L94A 1OWYA 205LA 4EKPA 1QT6A 231LA 1QT3A 215LA 1G1WA 3ODUA 4W59A 213LA 2RBOA 189LA 3G3XA 1QTHA 3EMLA 1L68A 1DYGA 1LI6A 1PQOA 128LA 1ZWNA 1C66A 125LA 161LA 2B6WA 1CV5A 1QS5A 3CDRA 1OV7A 1CVKA 1L08A 1P46A 3CDQA 1C6FA 1C67A 141LA 1QTDA 2HULA 3SBBC 111LA 1D2YA 3SB7A 1C6HA 1D3NA 1LWGA 1L66A 3CDTA 2QARC 1C6JA 3DN3A 3D4SA 237LA 229LA 172LA 3OE8A 4ZPUA 4GBRB 1L03A 139LA 2B70A 177LA 1P5CA 3V2WA 3CDVA 4DJHA 3OE6A 1QSQA 258LA 3OE0A 209LA 1QSBA 2B72A 3QAKA 1L91A 1G0GA 1L45A 1LYJA 2B75A 2OU8A 2Q9EA 1LYGA 2B6YA 1QTBA 146LA 1L89A 1L71A 169LA 165LA 3HH6A 1OVHA 4GRVA 262LA 3GUNA 242LA 1L76A 1DYAA 1QUOA 1QUDA 2RB1X 191LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JKAA 4E3UA 2ZILA 1YANA 4QDNA 4BAFA 150LA 1GBZA 3KAMA 5HQ1A 1GE2A 4WLDA 1D0LA 3A95A 1IWXA 1L46A 260LA 1IOSA 3QNGA 2MEIA 1HFZA 4ARLA 1C46A 4FJRA 1G0KA 3G3VA 2Z2FA 2LYZA 1A4VA 3A8ZA 3P65A 1QTCA 4HTQA 4OWAA 1IIZA 1L83A 1REYA 1BB5A 1C10A 5F16A 3EO5A 1LYEA 5KXNA 4UWUA 1DYEA 1UA6Y 2DQIY 1C65A 3WU9A 1DYCA 4WO6A 4UWNA 1LMNA 3N9AA 1LGUA 4GLVA 4N1CC 3A96A 1CJ6A 1QUGA 1LYZA 1L72A 2YBHA 1L67A 1OUFA 4YX7C 2D6BA 5K7OA 3B72A 1LHKA 163LA 1BVXA 1L14A 2B6XA 3A34A 1L81A 1BB7A 3GUIA 1L51A 4DQJA 1KY1A 3RW8A 5B59A 3WVYA 244LA 4Z46A 186LA 3AZ7A 1OP9B 5APEA 1QS9A 1LSFA 1B7OA 2NTGA 2ZNXY 1UACY 2YBMA 1TLAA 3G3WA 2EQLA 1LMPA 1IOCA 4W51A 4GCBA 3HUQA 3EBAB 1C60A 2BQMA 1L61A 5LVGA 1D3FA 1FLYA 252LA 4NGZA 1EQ4A 1L13A 1LZCA 1WTHA 4EPFA 1KY0A 1GE1A 3TXFA 1VDTA 143LA 1ZURA 4N9RA 4I7QA 1GD6A 1CX6A 1CTWA 221LA 3LYMA 1DI5A 4AXTA 3HT6A 1WQOA 2OE7X 1HFYA 1IP3A 2NWDX 3TXEA 2F2QA 4NGVA 2LZMA 4KXIA 1QSAA 4NWEA 1P2LA 2H5ZA 4WM4A 182LA 1AM7A 5F9XA 4LYBA 5KXPA 1LSEA 2BLXA 5B05A 1FKQA 5LYZA 142LA 3WL2A 2MEDA 2MECA 1KW7A 1D3MA 1C6BA 1KXXA 119LA 1BB3A 4I7NA 2LZ2A 4S0WA 2BAAA 3LN2A 1LMOA 5LINA 1C61A 3HBEX 2MEGA 1LMTA 1G0LA 4I7PA 1B5YA 4OW1A 3HDFA 2BQBA 1QUSA 1L05A 4CJ2A 195LA 1CUPA 1OUJA 3FI7A 1IR7A 5J7CA 4ZIXA 1LJKA 4H90A 1L20A 5LA5A 4G4BA 1GFAA 1CU5A 4NSIA 3A6BY 3HWLA 2DQCY 2ANXA 4NSGA 1HMKA 1W6ZA 4EPIA 1L21A 1LSDA 132LA 3GUKA 4R0FA 1OUHA 2DQDY 3AJNA 1Z55A 1UIEA 1IWTA 1OUCA 1P36A 1T97A 2EKSC 1F6RA 1LCNA 3HT7A 193LA 1L60A 1DYDA 2XQOA 7LZMA 1B7LA 1C6KA 1D2WA 4YEOA 3M18B 3F8VA 1L75A 145LA 4QEQA 3WPJA 1NDMC 1LJ3A 2BQLA 2DQFC 5I54A 2HEBA 1NBZC 4H1PA 173LA 1IR9A 1XJUA 1LYIA 1GF3A 201LA 1CUQA 1PQMA 210LA 3W6BA 1REMA 261LA 4GN3A 1IP1A 1B7QA 3DMXA 1KNIA 233LA 1GFEA 4RLNA 4NGOA 3OE9A 1GB0A 5E9RA 5KY1A 207LA 1JIYA 5DL9A 3RNXA 1CU0A 1LZTA 148LE 4DYGA 225LA 1L63A 1L79A 1LSNA 3TXGA 4Z41A 1L36A 2HEEA 1XEKA 1LPIA 168LA 4DDAA 1HMLA 2YVBA 2B6TA 1L06A 4DWXA 4DQ7A 3WPKA 2BQKA 1GHLA 1OVKA 1QT5A 4H94A 3J4GA 1LZ9A 2RH1A 3C83A 152LA 4NGLA 259LA 2Z2EA 3VWOA 1XGUC 3C8RA 4DC4A 2F47A 1LZGA 1IWZA 2W1MA 1EPYA 1C69A 1P7SA 4FDYA 2MEHA 1L98A 1V7TA 5LYMA 4LYTA 3WULA 1GDXA 3A3RX 4AGAA 1P64A 4II8A 4LYMA 2D4KA 1LYYA 3DKEX 248LA 1L82A 1B7RA 4H9FA 1OWYA 1XGPC 1GF4A 4MR1A 1JSFA 215LA 1HEWA 2LYOA 213LA 1LZ8A 189LA 5APFA 5A3EA 3A6CY 1LSBA 3A91A 1IWVA 1GEZA 1CVKA 1L08A 1OUGA 141LA 1QTDA 5LAGA 2YBNA 5I4WA 111LA 5IELA 4HPIA 5B06A 4GLAA 1CKDA 4PRUA 4RW1A 5KKIA 194LA 4DJHA 3OE6A 4HJZA 1YL0X 258LA 3WVXA 3W6FA 209LA 1LHJA 2B72A 4UWVA 4NIJA 4ANRA 1L45A 3OK0A 1QTBA 1L89A 3P68A 3HH6A 4LFPA 4G4CA 1OVHA 4GRVA 1ZV5L 262LA 3A94A 1QUDA 1RE2A 3AW6A 1L97A 234LA 4PRQA 1J1XY 1OYUA 3B0OA 1YILA 3A90A 1L53A 4NSHA 2RB2X 2Z37A 5DLAA 4WM5A 1KXWA 1LGXA 1LW9A 1JPOA 4ZFPA 1ZVYB 1ALCA 4I7OA 1OQMA 1A2YC 4OWCA 1L29A 4B49A 5KXLA 1H87A 1L99A 246LA 4PK0A 2B73A 1L34A 2BQDA 5B1GA 1GBOA 4EKQA 5L9JA 257LA 1JJ3A 1IVMA 114LA 4H93A 1IORA 1GF9A 1D0KA 1L31A 5I14A 4N1EI 5HLLA 171LA 3HT8A 2EIZC 1L59A 2BQEA 232LA 5LXWA 1L35A 3W6DA 3CT5A 1INUA 1AZFA 4I7JA 1L87A 3AZ4A 1ZVHL 4H9EA 1G7MC 3AB6A 1B6IA 1FN5A 1YAOA 2B6ZA 4YM8A 138LA 3C8QA 3SB5A 1L64A 1LAAA 1LSMA 1C6MA 1GFKA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1JKA A;  4E3U A;  2ZIL A;  1YAN A;  4QDN A;  4BAF A;  150L A;  1GBZ A;  3KAM A;  5HQ1 A;  1GE2 A;  4WLD A;  1D0L A;  3A95 A;  1IWX A;  1L46 A;  260L A;  1IOS A;  3QNG A;  2MEI A;  1HFZ A;  4ARL A;  1C46 A;  4FJR A;  1G0K A;  3G3V A;  2Z2F A;  2LYZ A;  1A4V A;  3A8Z A;  3P65 A;  1QTC A;  4HTQ A;  4OWA A;  1IIZ A;  1L83 A;  1REY A;  1BB5 A;  1C10 A;  5F16 A;  3EO5 A;  1LYE A;  5KXN A;  4UWU A;  1DYE A;  1UA6 Y;  2DQI Y;  1C65 A;  3WU9 A;  1DYC A;  4WO6 A;  4UWN A;  1LMN A;  3N9A A;  1LGU A;  4GLV A;  4N1C C;  3A96 A;  1CJ6 A;  1QUG A;  1LYZ A;  1L72 A;  2YBH A;  1L67 A;  1OUF A;  4YX7 C;  2D6B A;  5K7O A;  3B72 A;  1LHK A;  163L A;  1BVX A;  1L14 A;  2B6X A;  3A34 A;  1L81 A;  1BB7 A;  3GUI A;  1L51 A;  4DQJ A;  1KY1 A;  3RW8 A;  5B59 A;  3WVY A;  244L A;  4Z46 A;  186L A;  3AZ7 A;  1OP9 B;  5APE A;  1QS9 A;  1LSF A;  1B7O A;  2NTG A;  2ZNX Y;  1UAC Y;  2YBM A;  1TLA A;  3G3W A;  2EQL A;  1LMP A;  1IOC A;  4W51 A;  4GCB A;  3HUQ A;  3EBA B;  1C60 A;  2BQM A;  1L61 A;  5LVG A;  1D3F A;  1FLY A; 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