1L50A

Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCVLINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRCITSFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural and thermodynamic analysis of the packing of two alpha-helices in bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1l50A00
3DN8A 3HH5A 130LA 140LA 1L13A 1LYGA 1OVJA 146LA 260LA 3HT9A 1P56A 1LI6A 1D3NA 3CDVA 6LZMA 1OVKA 1PQDA 102LA 1SX2A 3HTDA 181LA 120LA 2RH1A 1L60A 1QTBA 1JTMA 1QSQA 4IAPA 125LA 4EPFA 1KS3A 4W59A 3NY8A 149LA 1L01A 3L2XA 244LA 4YXCA 1C60A 4ARPA 1P3NA 1PQKA 1L25A 3OE0A 186LA 159LA 2HUKA 3C7YA 4I7TA 169LA 2B6YA 165LA 1OYUA 201LA 206LA 1CU2A 2CUUA 2B7XA 1L64A 1LYFA 1L62A 210LA 2QB0B 1SSYA 1L52A 237LA 4ZPUA 4ARLA 4I7QA 1LYHA 1C66A 1TLAA 1L26A 1KY1A 3NY9A 1G06A 1C65A 152LA 1LLHA 1OWZA 1C6HA 3HTGA 1QT8A 3GUPA 1T6HA 205LA 4EKPA 160LA 1L35A 1L57A 255LA 233LA 232LA 2RBSA 2O79A 4ARQB 3GUOA 1L39A 1T8GA 250LA 1G0PA 1CVKA 1KW5A 1LI3A 2O4WA 110LA 1L90A 1OWYA 1NHBA 1QTHA 1QTVA 1L47A 1L50A 4EJ4A 3DN4A 247LA 3C7WA 3DNAA 1ZURA 1QSBA 249LA 1L72A 1L0JA 1T8FA 173LA 3SB8A 1L59A 139LA 1L23A 1LPYA 1CV0A 4W58A 3FADA 1L22A 1P46A 1P64A 4EKQA 1LGWA 222LA 168LA 2B6ZA 1L91A 5LZMA 2LCBA 3CDTA 1L56A 1LW9A 1L95A 3DMXA 1PQJA 3C8QA 3HT6A 3G3XA 1CV5A 4I7LA 2O7AA 1EPYA 2L78A 1L18A 4S0WA 1L54A 3OE9A 200LA 1DYEA 243LA 1L63A 1L84A 4YXAC 1L36A 1G0LA 155LA 1L67A 4GBRB 1L66A 4EXMA 109LA 3QAKA 238LA 1C6GA 2Q9DA 4DAJA 3HWLA 4LZMA 212LA 1WTHA 1SX7A 1XJTA 2B75A 156LA 1QUDA 3GUJA 1G0GA 1L94A 3C8SA 2OU8A 2OU0X 1C61A 3SBAA 2RBNA 1L55A 2OEAX 143LA 1C6LA 147LA 4EPIA 1P37A 163LA 4I7OA 4ARJA 3HDFA 1DYCA 1G0QA 1D3FA 115LA 171LA 1L82A 246LA 4I7SA 197LA 1ZYTA 1CU3A 1QTCA 1PQIA 3ODUA 3DMVA 4W51A 1LI2A 1L0KA 113LA 1L12A 1L97A 3CDOA 196LA 3GUNA 1L98A 1CTWA 1LYIA 2OTYX 1C6AA 1L30A 190LA 177LA 245LA 4ARQA 3SB5A 1L02A 2HUMA 223LA 4I7KA 1G1WA 3DN2A 231LA 1CUPA 1QS5A 1L31A 3JR6A 1L04A 151LA 1C6FA 1T97A 4W55A 1L00A 2RAZX 4ARMB 1T8AA 108LA 3HT7A 1JQUA 1LGUA 234LA 3HDEA 1QUHA 1L99A 1SWZA 4E97A 3HH4A 2ANXA 1CV4A 7LZMA 1D2WA 1ZWNA 1SWYA 3SB7A 1K28A 258LA 2RBRA 1P5CA 3F9LA 1L11A 4W52A 111LA 185LA 1LWKA 227LA 1L28A 1DYGA 259LA 2B73A 1L61A 1L09A 1L75A 188LA 1DYFA 3HUKA 3OE6A 3CDQA 4I7MA 148LE 174LA 1C63A 3C8RA 1QT4A 217LA 2RB2X 3V2WA 192LA 164LA 1CV1A 3G3WA 2B74A 104LA 213LA 158LA 2RAYX 228LA 2B70A 220LA 1B6IA 1P6YA 1C6DA 3HUAA 1KNIA 2F2QA 162LA 1CU6A 1L03A 1C69A 1L38A 1C6IA 180LA 189LA 1L15A 1L43A 1L42A 1C6KA 1L17A 3L64A 1CX7A 1C6PA 137LA 1PQOA 3SN6R 1C6MA 1L96A 1CV3A 1L37A 1LWGA 3C82A 3GUKA 216LA 256LA 3RZEA 1DYAA 1PQMA 3SB6A 1L40A 2LZMA 1L51A 129LA 1C64A 1L07A 1L45A 2HULA 1G0MA 1KY0A 1L65A 1QT3A 1KW7A 3HH6A 226LA 4DKLA 3NYAA 1C6QA 3HU8A 2QARC 1L71A 4YX7C 131LA 1C6JA 2IGCA 262LA 1QUGA 2B6TA 145LA 2F32A 1XEPA 1C6EA 1L21A 1LYEA 3EMLA 5I14A 1OVHA 251LA 1P2RA 3CDRA 4W57A 2LC9A 3HTFA 1L86A 219LA 1CX6A 3HTBA 1C6TA 1L76A 176LA 1QTDA 1CUQA 3GULA 3C80A 123LA 1C62A 1QT5A 103LA 1D3MA 1D9WA 3C81A 4I7PA 166LA 3V2YA 1L19A 122LA 4ARMA 1CV6A 3UONA 239LA 112LA 1G07A 1P2LA 1L68A 1L14A 4W56A 1L32A 4I7JA 1L44A 1D3JA 4W54A 2A4TA 1L10A 1L05A 114LA 2OE4X 2B72A 3DMZA 215LA 257LA 3DN6A 224LA 261LA 1QS9A 1G1VA 1L48A 3C83A 3PBLA 1DYDA 198LA 242LA 1CU0A 2Z6BA 3HUQA 254LA 138LA 4I7RA 3PDSA 3FI5A 1C6CA 1L74A 1C68A 1L06A 1SSWA 1C6NA 241LA 3LZMA 1L20A 191LA 195LA 3OE8A 240LA 2RBQA 4EKRA 3SBBC 1JTNA 1L77A 3F8VA 182LA 1L24A 3FA0A 1L81A 1L79A 218LA 1XJUA 1DYBA 1L33A 1L34A 2OE9X 4K5YA 1P7SA 209LA 252LA 4I7NA 144LA 1L70A 1L29A 2RB0X 4AQNA 184LA 1L69A 126LA 2B6XA 1G0JA 178LA 1L83A 236LA 3RUNA 2ANVA 2NTGA 225LA 170LA 199LA 161LA 1LYJA 142LA 3SB9A 3DN3A 4EKSA 167LA 3DKEX 187LA 2RBOA 1C67A 4LDOA 1L46A 4PJZA 214LA 3D4SA 1LGXA 2OTZX 2B6WA 1QUOA 2RBPA 221LA 1C6BA 1QT6A 2RB1X 1L92A 229LA 3GUIA 1I6SA 172LA 1L89A 1L87A 128LA 1L85A 3DN0A 1L49A 1L58A 1OV5A 1G0KA 3DN1A 235LA 1QTZA 175LA 183LA 1L53A 3C7ZA 3GUMA 3VW7A 157LA 211LA 3HT8A 3HU9A 1D2YA 248LA 118LA 1L08A 1P36A 1QT7A 1L41A 3G3VA 4OO9A 119LA 1OV7A 141LA 4LDEA 4DJHA 3HH3A 4PK0A 4W53A 1L80A 1L93A 230LA 3K2RA 1L73A 2NTHA 1LYDA 2OU9A 127LA 2Q9EA 1L27A 253LA 1CU5A 1L16A 2OE7X 4GRVA 107LA 4LDLA 150LA 2F47A 1L88A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DN8A 1FLYA 2WARA 1YL0X 2RSCA 1LSCA 4XJBA 5LXWA 1B7NA 1LYGA 3RNXA 1IP2A 3A90A 5LVKA 1P56A 1HEOA 1D3NA 1P2CC 6LZMA 4ZEEA 1LJFA 1SX2A 3HTDA 1B9OA 3LYOA 5F9XA 4WLDA 1L60A 1QSAA 1T3PA 1OUIA 2F2NA 4IAPA 4CFPA 1BB6A 1L01A 4N1EI 3WPLA 1LZEA 5B1GA 1PQKA 1EQ5A 5D5FA 1JUGA 1LJ3A 2HUKA 4WM6A 1UIFA 4G4CA 201LA 3RW8A 1GDWA 1BWHA 1WQPA 1AM7A 4N8ZA 1WVVA 1JKDA 5IHGA 1SSYA 1DPWA 1ZV5L 1IWZA 4ZPUA 1GD6A 4I7QA 1JKCA 1C66A 1KY1A 3NY9A 3ZVQB 3A34A 3HTGA 1QT8A 1JTOL 3GUPA 1LMPA 1GE4A 4EKPA 1MELL 1L57A 1D0MA 1L39A 4B4IA 2BQEA 2ZIJA 250LA 5M1YA 4U3XB 1FBIX 1GEVA 4YM8A 5A3ZA 2BQDA 5B07A 2HECA 4HV2A 3DN4A 247LA 3C7WA 2HU3A 1UCOA 4NGLA 249LA 1L72A 4GLAA 1LPYA 2W1YA 1B7PA 5FHWA 1P64A 1F6SA 5I4YA 1LHLA 4NHPA 1LW9A 2BQAA 1PQJA 2Z39A 5KY1A 2G4NA 1L54A 1DYEA 1C46A 4ETAA 4LYCA 1E8LA 2D6BA 2X0AA 2G4PA 4YXAC 1G0LA 3RU5A 4XADA 1OUBA 1AKIA 4GBRB 3ATOA 3QAKA 1J1OY 2Q9DA 4DAJA 4DQ5A 3CT5A 4LZMA 1NWGA 6LYTA 1QUDA 1G0GA 1TDYA 1VDPA 3SBAA 4XJDA 4GCCA 1NQIA 4X3BA 2YBHA 4DD0A 1L55A 1LSPA 143LA 1C6LA 2BQKA 4I7OA 4ARJA 1LSEA 3HDFA 1D3FA 1WTNA 4I7SA 1ZYTA 1CU3A 4GCFA 1REXA 1QTEA 2AUBA 1UIAA 3ODUA 4DQ7A 1B0DA 3DMVA 3ZVQA 4HP0A 5KXZA 113LA 1LYSA 1IP5A 1UIHA 2B5ZA 1CTWA 4XJFA 1L30A 1B2KA 177LA 1IR7A 1F10A 1GBOA 1OUJA 231LA 1CUPA 1KXWA 1UIGA 4B1AA 5FEKA 1GFGA 3ULRA 1C6FA 135LA 1LMNA 3TXKA 4DQJA 2F4AA 1YIKA 1CKCA 3HDEA 1L99A 2ANXA 3AW6A 7LZMA 1D0LA 1D2WA 1SWYA 3SB7A 5J7CA 4RLNA 1WVUA 3WU9A 3F9LA 3J4GA 1TBYA 4II8A 1UICA 2N5ZA 2IFFY 148LE 1C63A 3LYMA 217LA 2RB2X 1IOSA 5KJ9A 1LMOA 2RAYX 4H94A 220LA 1P6YA 2FBBA 1L03A 1C69A 1LSMA 1L38A 1UIDA 189LA 1CX7A 137LA 4BADA 1LSNA 1GBXA 256LA 4J1BA 1L40A 4N5RA 4E3UA 4NIJA 2LZMA 9LYZA 1L51A 5LA8A 4DD2A 3IJVA 1KY0A 1L65A 4DKLA 1KXYA 4OOTA 1C6QA 3A92A 1QDRA 1VDTA 3G3BB 1RJCB 1EQEA 1JSFA 1IIZA 1QUGA 5B05A 1XEPA 1L21A 5FSTA 2MEIA 7LYZA 1LCNA 251LA 2Z38A 1IO5A 1GFEA 1P2RA 3TMWA 2LC9A 3HTFA 4HJVA 1CX6A 1JHLA 1QUSA 1QTDA 5HMJA 2HEFA 5KXLA 4NGWA 3G3AB 4WM2A 1D9WA 1FLQA 1H87A 3V2YA 3AZ7A 4ML7A 3UONA 1G07A 1IWTA 3P64A 3ZEKA 3WVXA 2W1LA 1LZRA 1B5WA 1GE2A 2BQNA 4I7JA 4YOPA 2EPEA 5F16A 4H9BA 1G7MC 1L10A 1LJNA 5KKJA 1QTKA 1HFYA 215LA 2LYZA 257LA 3DN6A 4Z46A 1L48A 3C83A 4I8SA 4KL7A 1DYDA 2BQGA 4LYTA 1LSYA 4UWUA 3CB7A 4DDCA 1GAZA 1CU0A 4TX7A 2XTHA 1IP1A 254LA 2BQCA 4BS7A 3FI5A 4XJGA 1C6CA 3VWOA 4NGIA 240LA 1JITA 3CT1A 1L77A 4ETCA 3FA0A 4ET8A 218LA 4WLYA 2YBMA 1XGRC 4PRUA 1H6MA 1IWVA 3B0OA 207LA 4BAPA 1L29A 2IHLA 126LA 178LA 2NTGA 5LYTA 4GCDA 199LA 161LA 1WQMA 187LA 1C67A 4LDOA 1ZVHL 2DKVA 2DQIY 1XGTC 221LA 1CKHA 1QT6A 1C10A 1GFAA 3T36A 4HV1A 1GFVA 4FJRA 1L87A 2A7FA 1L49A 4ET9A 2DQEY 4B4EA 175LA 3W3EA 1L53A 3GUMA 3VW7A 157LA 3HT8A 3HU9A 2XQOA 248LA 1QSWA 1L08A 4L41A 4DJHA 1ALCA 2HEDA 1YAOA 1L80A 1LYDA 2OU9A 127LA 1NHEA 1L16A 5DM9A 1DKJA 1L13A 5EBHA 1C43A 1OVJA 146LA 260LA 3HT9A 3MGWA 1TEWA 2YBLA 1IP3A 181LA 125LA 4PJ2C 4W59A 3NY8A 3EBAB 1A4VA 4YXCA 3A3QA 4ARPA 1P3NA 4IJ4A 1L25A 4GN4A 1OUEA 159LA 3C7YA 4G49A 3WMKA 4TSBA 165LA 1CJ9A 1CU2A 2D4KA 2CUUA 2B7XA 1L64A 3TMUA 1LSAA 1GF8A 5ILCA 1LYHA 1C65A 152LA 3CSZA 1HEQA 2ZIKA 1OWZA 1GDXA 1IR8A 160LA 5KXWA 5C6JA 3GUOA 4Z98A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DN8 A;  1FLY A;  2WAR A;  1YL0 X;  2RSC A;  1LSC A;  4XJB A;  5LXW A;  1B7N A;  1LYG A;  3RNX A;  1IP2 A;  3A90 A;  5LVK A;  1P56 A;  1HEO A;  1D3N A;  1P2C C;  6LZM A;  4ZEE A;  1LJF A;  1SX2 A;  3HTD A;  1B9O A;  3LYO A;  5F9X A;  4WLD A;  1L60 A;  1QSA A;  1T3P A;  1OUI A;  2F2N A;  4IAP A;  4CFP A;  1BB6 A;  1L01 A;  4N1E I;  3WPL A;  1LZE A;  5B1G A;  1PQK A;  1EQ5 A;  5D5F A;  1JUG A;  1LJ3 A;  2HUK A;  4WM6 A;  1UIF A;  4G4C A;  201L A;  3RW8 A;  1GDW A;  1BWH A;  1WQP A;  1AM7 A;  4N8Z A;  1WVV A;  1JKD A;  5IHG A;  1SSY A;  1DPW A;  1ZV5 L;  1IWZ A;  4ZPU A;  1GD6 A;  4I7Q A;  1JKC A;  1C66 A;  1KY1 A;  3NY9 A;  3ZVQ B;  3A34 A;  3HTG A;  1QT8 A;  1JTO L;  3GUP A;  1LMP A;  1GE4 A;  4EKP A;  1MEL L;  1L57 A;  1D0M A;  1L39 A;  4B4I A;  2BQE A;  2ZIJ A;  250L A;  5M1Y A;  4U3X B;  1FBI X;  1GEV A;  4YM8 A;  5A3Z A;  2BQD A;  5B07 A;  2HEC A;  4HV2 A;  3DN4 A;  247L A;  3C7W A;  2HU3 A;  1UCO A;  4NGL A;  249L A;  1L72 A;  4GLA A;  1LPY A;  2W1Y A;  1B7P A;  5FHW A;  1P64 A;  1F6S A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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