4I7MA

T4 lysozyme l99a/m102h with 2-allylphenol bound
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
175
structure length
175
Chain Sequence
PTTENLYFQGSMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDCEGYYTIGIGHLLTKSPDLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINHVFQMGVTGVAGFTNVLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQCPDRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title The impact of introducing a histidine into an apolar cavity site on docking and ligand recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 175
sequence length 175
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4i7mA00
1PQDA 1LYIA 1QTHA 2B6XA 1L13A 4EKRA 2RB1X 1G1WA 221LA 137LA 145LA 1QT7A 2OE9X 3CDTA 3C80A 1L87A 1DYGA 191LA 1L17A 259LA 1C62A 176LA 161LA 2O7AA 1L92A 4GBRB 3G3VA 2B73A 4DKLA 3G3WA 1C66A 1XJUA 196LA 1CV3A 236LA 2A4TA 1L52A 3GULA 1OYUA 1L12A 184LA 218LA 4LDOA 1CV0A 1L39A 2F32A 1L35A 212LA 1L26A 1SSYA 1LI2A 150LA 165LA 1C6BA 1ZYTA 131LA 181LA 1L68A 1L89A 197LA 4PK0A 3ODUA 4W56A 241LA 4EJ4A 169LA 1L77A 1C6PA 120LA 231LA 2CUUA 3VW7A 2ANVA 2RAYX 1T6HA 1LYFA 222LA 3GUOA 4I7LA 1L00A 247LA 2OU0X 4AQNA 1L98A 130LA 112LA 2HUMA 1KY0A 4DJHA 3CDOA 1P56A 1L09A 188LA 2RBRA 1P2LA 1L61A 246LA 155LA 2B6TA 104LA 1G0KA 146LA 3HU9A 220LA 3JR6A 1CU3A 3SB5A 210LA 1D3JA 226LA 1PQOA 1C6JA 252LA 1L44A 1QUOA 4ARMB 147LA 2B6YA 3GUIA 192LA 2ANXA 4I7NA 205LA 215LA 158LA 1C6TA 5I14A 2B6ZA 1L74A 1C6EA 3GUPA 3HDEA 4GRVA 1L67A 1QTZA 2B6WA 258LA 1LYGA 1L07A 1L47A 1T8FA 1L16A 3RZEA 140LA 3DN1A 122LA 1LWGA 1ZWNA 3DMXA 254LA 1LGXA 1L41A 1P46A 239LA 2NTGA 110LA 1C6FA 4OO9A 3C83A 3HT6A 1L29A 3PDSA 4I7SA 1KW7A 1OV7A 1L23A 4W57A 1L40A 2RBOA 3HT9A 2B70A 240LA 214LA 1T97A 1D3NA 1LLHA 170LA 251LA 1P2RA 1G07A 138LA 1JQUA 1C6IA 1L21A 3SN6R 209LA 4I7JA 223LA 1D3MA 1LYEA 3HT7A 1L59A 1L03A 166LA 1L02A 3D4SA 3HH5A 3DNAA 1C6MA 234LA 149LA 1KW5A 4ARQA 1QS9A 4EPIA 3G3XA 1C61A 1CTWA 125LA 1LI6A 113LA 3FA0A 1D2YA 237LA 4W51A 2B72A 3C82A 1LW9A 3V2YA 111LA 1P3NA 1L37A 1L57A 229LA 1L81A 1XEPA 2QARC 2O4WA 4I7RA 3SB6A 1L58A 190LA 4W54A 1L38A 174LA 1L18A 3DN0A 233LA 255LA 224LA 1CUPA 1L94A 1JTNA 1QT5A 1CV5A 4LDLA 2NTHA 1G0LA 1P5CA 2RB0X 2OTZX 3OE6A 2O79A 3HTBA 1QT3A 4W52A 1G0JA 1B6IA 3NY9A 3UONA 1KS3A 172LA 1L28A 213LA 182LA 3SBBC 256LA 1L65A 1QSQA 1LGUA 1C6QA 3GUNA 4ARJA 2LC9A 1DYDA 1QT6A 1G1VA 3DN3A 1EPYA 1L75A 3HTDA 1L31A 1L93A 4S0WA 1CV1A 1C6LA 3SB7A 1L83A 232LA 1D3FA 2F47A 3SB8A 4I7TA 4W55A 3QAKA 3L2XA 217LA 1L30A 164LA 4EKSA 1L64A 1XJTA 1QUDA 227LA 1L80A 1L88A 1L50A 1OVJA 1L22A 3GUJA 1L53A 2F2QA 206LA 1L48A 1L04A 1SX7A 4E97A 4ARPA 3HUQA 1LGWA 1DYBA 198LA 1LYHA 1L05A 2OE4X 4I7MA 4YXCA 4EKPA 163LA 1C6KA 3DKEX 1L62A 4W53A 5LZMA 1G0GA 4ZPUA 1L0JA 2OU9A 1L32A 260LA 1C68A 199LA 257LA 2Q9EA 1SWZA 156LA 189LA 1I6SA 1L11A 1L55A 1QUGA 4IAPA 1DYAA 3HUAA 2Q9DA 1TLAA 3C7WA 4I7PA 1OVHA 216LA 1L10A 1CU0A 1DYEA 1CUQA 2OE7X 1D9WA 115LA 4LZMA 225LA 235LA 2OU8A 2RBQA 1QTDA 1LPYA 159LA 107LA 1L73A 1C6GA 3OE9A 3OE8A 1C6CA 3DN6A 3NYAA 4YX7C 151LA 3HH4A 3GUMA 1D2WA 1C69A 2L78A 3FADA 1P37A 3HDFA 248LA 3DN8A 3C7YA 144LA 1CV4A 3SBAA 3OE0A 143LA 1QT8A 1CU5A 1C65A 1DYCA 1P7SA 1C60A 152LA 1C64A 3CDVA 3HTFA 1QTVA 3HT8A 1WTHA 1L85A 148LE 1SX2A 167LA 1L34A 2RAZX 3F8VA 1QTCA 1C6NA 4DAJA 1CU2A 1L06A 3C7ZA 3DN4A 1L90A 3DN2A 1L99A 173LA 1NHBA 1DYFA 1L43A 2LCBA 168LA 244LA 262LA 3CDQA 3DMZA 1CX7A 3DMVA 4ARMA 1OVKA 1QTBA 6LZMA 1L20A 2IGCA 3HH6A 1L66A 1LYDA 1P36A 243LA 1CV6A 1L19A 1CVKA 3FI5A 160LA 123LA 102LA 253LA 1C63A 118LA 126LA 200LA 1L60A 103LA 1PQKA 3C81A 2B7XA 1L08A 1KNIA 2B74A 3C8RA 3HH3A 171LA 2OTYX 1L84A 1L0KA 162LA 4ARQB 1LI3A 3C8SA 1L76A 177LA 1LYJA 2LZMA 1JTMA 230LA 2RBPA 3HWLA 1L25A 1CX6A 4I7OA 250LA 142LA 1T8GA 185LA 2OEAX 1L97A 2HULA 1G0QA 119LA 1QSBA 183LA 3PBLA 114LA 1L49A 2RBSA 1C6HA 1L91A 180LA 1L14A 1L51A 2HUKA 1L71A 1L56A 211LA 108LA 1L33A 1PQMA 3LZMA 4K5YA 3HU8A 3SB9A 3RUNA 2Z6BA 4ARLA 1QS5A 1L86A 1SSWA 1L24A 1C6AA 1OWZA 1L96A 1PQIA 4EKQA 1L79A 1OV5A 4PJZA 1KY1A 245LA 4W58A 1T8AA 1CU6A 4I7KA 1L15A 3HTGA 129LA 1L45A 1P6YA 3L64A 2RB2X 195LA 1L46A 1L42A 1ZURA 1L36A 1L69A 1C67A 2RH1A 1LWKA 2RBNA 3K2RA 1G0MA 1L70A 1K28A 3C8QA 4YXAC 219LA 175LA 1L63A 4LDEA 141LA 201LA 1QT4A 3GUKA 242LA 3CDRA 1QUHA 4EXMA 187LA 178LA 128LA 1C6DA 1L82A 2B75A 1P64A 1L95A 109LA 1L72A 249LA 1SWYA 139LA 157LA 3EMLA 4I7QA 3V2WA 4W59A 261LA 1G0PA 1L01A 127LA 2QB0B 4EPFA 238LA 1L54A 186LA 3HUKA 1L27A 1OWYA 3F9LA 3NY8A 7LZMA 1G06A 1PQJA 228LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PQDA 2B6XA 5LYTA 4LFXA 4NHIA 4DD3A 1DYGA 191LA 1L17A 5K7OA 4UWVA 2D4KA 4GBRB 3WW5A 2B73A 1UICA 5LXWA 5E9RA 1XJUA 3HBEX 3A91A 1XGTC 236LA 5HNLA 3GULA 1OYUA 4LDOA 1B9OA 4XN6A 1L35A 5I4XA 1IWVA 1SSYA 1C7PA 1GB8A 131LA 181LA 1GF4A 1YAMA 197LA 3ODUA 4W56A 2YBNA 241LA 1H6MA 1C6PA 4CHXA 4OW1A 2G4QA 3LYTA 1JSEA 3P66A 1W6ZA 1L98A 4UWNA 4DJHA 1VDSA 3WULA 1P2LA 1FLUA 4Z41A 2B6TA 4LYZA 1G0KA 5APEA 4LZTA 146LA 3A95A 4GLVA 2DQEY 3JR6A 3WMKA 5B05A 3SB5A 3HBDA 226LA 1QUOA 2EIZC 2DQGY 2ANXA 1IWZA 4CFPA 1BWIA 1G7IC 2A7DA 2B6ZA 1JTPL 1LZCA 1ZVHL 5APDA 3TXHA 3HDEA 4GRVA 1V7SA 2B6WA 3W6BA 258LA 1L07A 5T3FA 3RZEA 3TMXA 1P46A 1C10A 1C6FA 1NBZC 5IHGA 1FKQA 3A3QA 3D9AC 4W57A 1L23A 3VWOA 1OUCA 2RBOA 5B59A 1HFZA 3G3AB 4Z3MA 170LA 1P2RA 1G07A 1LSBA 3N9AA 1C6IA 1L21A 1VAUA 209LA 2ZYPA 223LA 4I7JA 3FI7A 2Z38A 1UIHA 3HT7A 1HSXA 5LVIA 1KW5A 2A7FA 1LKSA 1DI4A 4EPIA 1C61A 3FA0A 125LA 7LYZA 237LA 4W51A 1IC7Y 1GPQC 111LA 1I20A 3W6DA 1L57A 4DD9A 4C3WA 1VFBC 190LA 5I5QA 2HEAA 4W54A 1L38A 3DN0A 233LA 4DQ7A 1GFKA 4BS7A 2RB0X 2FYDA 1XEJA 3OE6A 1G7MC 3HTBA 3NY9A 2HEFA 2BLXA 3HFMY 256LA 1L65A 4KXIA 1C6QA 4NWEA 1G1VA 1EPYA 1L75A 1LMNA 5KXPA 1L31A 1L93A 1GE0A 3TMUA 4LYMA 1UCOA 6LYTA 2D4IA 3EBAB 4N8ZA 3RZ4A 208LA 1GB9A 3ZVQA 217LA 1HMKA 1L30A 4EKSA 1L64A 1IWXA 3A34A 3A8ZA 1L50A 2Z12A 5DN4A 1L53A 1L48A 4C5FA 3WYHA 1L04A 1SX7A 4NIJA 3HUQA 4IJ4A 5LAFA 4ET8A 1GE3A 2XJWA 3W6AA 1LAAA 5FDJA 1LSZA 2I25L 5I54A 4W53A 1IY4A 4HPIA 4XENA 1L0JA 1VDPA 156LA 2YBJA 1RJCB 4IAPA 1HEOA 3HUAA 1JTOL 1CJ7A 4QDNA 4DD1A 1L10A 1DYEA 2OE7X 1D9WA 1LSDA 159LA 1LMPA 1C6GA 3AZ6A 3NYAA 3AYQA 1AT6A 1I1ZA 3J6KA 3DN8A 3C7YA 1FBIX 3QY4A 3SBAA 2DQHY 2LYZA 143LA 1LHLA 1P7SA 3CDVA 1QTVA 2BQGA 4ZEEA 4NGWA 5LVKA 3B0KA 1LSEA 2ZILA 1IEEA 1EL1A 1QTKA 3F8VA 1HC0A 3W3EA 4DAJA 1C08C 1YKZX 1UIEA 1L43A 5KXKA 3CDQA 1CX7A 1LSNA 3DMVA 6LZMA 1QUSA 2IGCA 4KPMA 6LYZA 1GE1A 1L66A 1P36A 243LA 2LZTA 1CV6A 1CVKA 160LA 4HV1A 1DPXA 1HEWA 1C45A 3A92A 2B7XA 1UIDA 2FYCA 5L3IA 4DD0A 5HLLA 1GFJA 1NDMC 2OTYX 1L0KA 162LA 1L76A 1B7MA 2LZMA 4NGZA 1L25A 185LA 2OEAX 1L97A 1QSBA 3PBLA 2HU1A 1L49A 180LA 1IP1A 2LZ2A 2HUKA 1L71A 4A7DA 1GDXA 1QUTA 2LYMA 1P2CC 2Z39A 4YENA 3LZMA 1LHKA 2BQOA 5HMVA 4BADA 3AGGG 4ARLA 1REXA 1L86A 1L24A 1OWZA 2HUBA 4HV2A 1OV5A 4W58A 1T8AA 1C46A 4MCKA 3HTGA 1UIGA 1HEPA 1P6YA 3A67Y 5KXOA 4I0CA 4G9SA 4N1EI 4M6DA 3P65A 4WL7A 1L69A 1C67A 3AGHA 4GCBA 1OUJA 3C8QA 4DDCA 4YXAC 3AW6A 5KXZA 3N9EA 201LA 4EXMA 1C6DA 2ZYCA 3ZVQB 109LA 1JHLA 1B2KA 5LA8A 4H9EA 1LJIA 3V2WA 5DLAA 1HHLA 1G0PA 1CNSA 4DQ5A 238LA 1L54A 1WQMA 1L27A 7LZMA 2MEEA 1GB3A 228LA 3AW7A 2BQJA 1QIOA 4H9BA 4EKRA 2RB1X 4BAFA 1G1WA 221LA 137LA 5LVJA 145LA 3TXEA 4XADA 2XBRA 1KIRC 3G3VA 4TSBA 5FEKA 4DKLA 3D3DA 1GB6A 1GB0A 1C66A 1GWDA 1VEDA 1L52A 184LA 2Z18A 3BKVA 2BQAA 2F32A 1QQYA 1LMCA 3WW6A 165LA 1LZTA 1C6BA 4YOPA 4EJ4A 169LA 2CDSA 1L77A 2RAYX 222LA 1LYFA 2ZNWY 1LSCA 130LA 1XEIA 2HUMA 2ZNXY 1KY0A 5KKJA 1LZ8A 1JITA 1P56A 2RBRA 3F6ZA 3CSQA 4LFPA 1L61A 1YIKA 1D0MA 1DXJA 4B0DA 1WVUA 220LA 2EKSC 1HFYA 252LA 1GB2A 2B6YA 205LA 1F0WA 4XJIA 4P2EA 158LA 5I14A 1UACY 4QY9A 2C8OA 5B1FA 3LHMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1PQD A;  2B6X A;  5LYT A;  4LFX A;  4NHI A;  4DD3 A;  1DYG A;  191L A;  1L17 A;  5K7O A;  4UWV A;  2D4K A;  4GBR B;  3WW5 A;  2B73 A;  1UIC A;  5LXW A;  5E9R A;  1XJU A;  3HBE X;  3A91 A;  1XGT C;  236L A;  5HNL A;  3GUL A;  1OYU A;  4LDO A;  1B9O A;  4XN6 A;  1L35 A;  5I4X A;  1IWV A;  1SSY A;  1C7P A;  1GB8 A;  131L A;  181L A;  1GF4 A;  1YAM A;  197L A;  3ODU A;  4W56 A;  2YBN A;  241L A;  1H6M A;  1C6P A;  4CHX A;  4OW1 A;  2G4Q A;  3LYT A;  1JSE A;  3P66 A;  1W6Z A;  1L98 A;  4UWN A;  4DJH A;  1VDS A;  3WUL A;  1P2L A;  1FLU A;  4Z41 A;  2B6T A;  4LYZ A;  1G0K A;  5APE A;  4LZT A;  146L A;  3A95 A;  4GLV A;  2DQE Y;  3JR6 A;  3WMK A;  5B05 A;  3SB5 A;  3HBD A;  226L A;  1QUO A;  2EIZ C;  2DQG Y;  2ANX A;  1IWZ A;  4CFP A;  1BWI A;  1G7I C;  2A7D A;  2B6Z A;  1JTP L;  1LZC A;  1ZVH L;  5APD A;  3TXH A;  3HDE A;  4GRV A;  1V7S A;  2B6W A;  3W6B A;  258L A;  1L07 A;  5T3F A;  3RZE A;  3TMX A;  1P46 A;  1C10 A;  1C6F A;  1NBZ C;  5IHG A;  1FKQ A;  3A3Q A;  3D9A C;  4W57 A;  1L23 A;  3VWO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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