1C6EA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 2 atm xenon
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6eA00
1G0LA 224LA 1LLHA 1C6TA 1L68A 4YX7C 1L31A 3SBBC 1C6MA 1LWKA 2B7XA 3HT9A 4K5YA 3GULA 1P56A 1QTZA 1SSWA 1L46A 4GBRB 3FA0A 1P2LA 2F32A 3DMZA 3C80A 180LA 3L64A 4I7PA 225LA 1L85A 197LA 1QT5A 259LA 1C6KA 221LA 4GRVA 1NHBA 1OVJA 1L72A 2B74A 1L54A 1L24A 3HDEA 1L36A 1C63A 1C6EA 1CTWA 2A4TA 165LA 1L99A 2RAZX 199LA 3D4SA 1OWZA 3CDQA 131LA 1L96A 104LA 178LA 1L94A 1LYGA 1QTDA 3GUJA 2NTHA 1LYDA 241LA 1KY1A 2B6XA 1L27A 3C7YA 3HT8A 1CU5A 1L26A 1L23A 3EMLA 2B6WA 206LA 3K2RA 3L2XA 140LA 4LZMA 111LA 1QS5A 2QB0B 1KY0A 2OE9X 151LA 4EKQA 4I7OA 107LA 1L00A 1L73A 1L63A 1L64A 196LA 1QT6A 3C8SA 1L56A 125LA 1G07A 217LA 181LA 1C6IA 1L13A 210LA 126LA 1KW7A 2OTYX 1L93A 234LA 1OV7A 227LA 1C66A 4ARQA 128LA 218LA 3DN6A 1L28A 220LA 1P2RA 1CV6A 4LDEA 4EXMA 1JTMA 1L66A 3DN1A 6LZMA 238LA 1QTBA 1L0KA 1OVHA 1LGWA 1L70A 2RBRA 4EKPA 209LA 1L87A 4YXAC 4ARMB 1L21A 1P3NA 1CU3A 1L11A 3QAKA 5I14A 2IGCA 2OEAX 1G0JA 1L02A 3HWLA 1L17A 150LA 2OE4X 166LA 3GUIA 4AQNA 1L12A 3ODUA 1SX7A 159LA 250LA 143LA 3CDRA 4W54A 2LZMA 3C8QA 172LA 1L74A 1QUHA 3DMVA 1D9WA 4EKSA 2OU0X 195LA 2CUUA 1QT8A 1CV1A 261LA 1ZURA 230LA 2RBNA 205LA 1XJTA 211LA 1JQUA 1C6AA 1L01A 1L33A 171LA 1LGUA 1L55A 122LA 1C6PA 1L19A 103LA 1L10A 1EPYA 1L29A 212LA 1P64A 1L82A 2O7AA 1C6FA 1L32A 2B6TA 3C8RA 1CV0A 3GUOA 115LA 1LPYA 1L47A 4ARMA 1CV4A 192LA 1L84A 2RBSA 2RB0X 4PJZA 1PQDA 4W59A 3SB7A 1L62A 1L40A 1G0KA 1QUGA 233LA 245LA 4EJ4A 1L81A 7LZMA 4I7JA 257LA 1L15A 1L95A 1QSBA 2NTGA 1L42A 1ZWNA 3DNAA 4I7QA 1P5CA 1L50A 260LA 186LA 1C6LA 1DYAA 1L76A 2OTZX 1G0GA 243LA 3CDOA 2Q9EA 1C6JA 1LWGA 1L65A 120LA 4PK0A 1L34A 1L75A 114LA 4ARJA 130LA 3DKEX 242LA 1G0QA 1OYUA 4I7TA 167LA 2F47A 1QSQA 1C6DA 1DYBA 1L53A 4LDLA 169LA 191LA 183LA 3NY8A 1DYEA 3CDTA 4LDOA 1C62A 188LA 3HH6A 3SB6A 1L18A 2Z6BA 1LYJA 4S0WA 2QARC 3HDFA 1C6HA 3DN3A 1T8AA 3HTBA 164LA 1SSYA 1C67A 108LA 247LA 1CV5A 1C6QA 182LA 1XEPA 1L16A 3C81A 1C60A 173LA 1QT4A 2RBQA 2RBOA 4W56A 1CU2A 2O79A 4W52A 102LA 3PBLA 1LI3A 1L86A 3HUQA 1D3NA 138LA 1L30A 1L48A 123LA 1L25A 1L37A 240LA 1C6NA 1I6SA 2RBPA 1LW9A 2Q9DA 2HULA 1P46A 228LA 3HTDA 4I7LA 4W53A 110LA 1D3MA 3OE0A 232LA 2B70A 142LA 4EPFA 1CV3A 1L83A 1L20A 3FI5A 3DN8A 1QTVA 2HUMA 1T8FA 219LA 112LA 3DN4A 162LA 262LA 4I7KA 190LA 4IAPA 235LA 1L77A 1CUQA 3GUMA 1L03A 1KNIA 2B73A 1L39A 1P7SA 223LA 236LA 1QTCA 1B6IA 1DYCA 1D2YA 201LA 3RUNA 1CVKA 251LA 155LA 256LA 3HUKA 1QS9A 3HT6A 3HT7A 1G1VA 3NYAA 3DN0A 1L67A 139LA 3DMXA 1DYFA 2LC9A 3VW7A 1XJUA 2OE7X 1G1WA 1LGXA 1PQJA 4I7NA 3F8VA 1K28A 1QT7A 152LA 1L51A 3C7ZA 1L49A 3JR6A 253LA 3UONA 141LA 239LA 1G0PA 1CUPA 145LA 3C7WA 1T8GA 3GUPA 1LYIA 1L45A 1T97A 1C6CA 1L57A 1L07A 215LA 2RAYX 3HU9A 175LA 3RZEA 3G3WA 184LA 200LA 2ANVA 187LA 2OU8A 4I7MA 2O4WA 1D3JA 158LA 2B72A 160LA 177LA 1PQIA 1SWZA 252LA 1DYDA 3OE8A 119LA 147LA 1LYEA 1PQKA 3GUKA 3SN6R 3SB9A 222LA 1L38A 1KS3A 1L05A 2ANXA 4OO9A 2B75A 1LI2A 146LA 4I7RA 1C68A 3V2WA 237LA 1L79A 3OE6A 3OE9A 1L71A 3SB5A 185LA 1CX6A 174LA 3G3XA 4W55A 3PDSA 4W57A 3GUNA 1L43A 156LA 1TLAA 4EPIA 1L0JA 4ARQB 1JTNA 1L90A 1D3FA 148LE 1L69A 1L98A 4I7SA 109LA 213LA 1C61A 1KW5A 1P37A 246LA 1D2WA 168LA 244LA 1L88A 3NY9A 1L35A 3HH4A 1L09A 163LA 3C82A 5LZMA 255LA 1CU0A 149LA 3HH5A 214LA 129LA 258LA 3F9LA 3HTGA 1PQOA 1G06A 170LA 1L52A 2F2QA 1L06A 1L97A 198LA 2LCBA 3CDVA 1L58A 1C6BA 3FADA 4YXCA 1L04A 1L60A 4DAJA 1T6HA 1SX2A 1C6GA 4EKRA 1L41A 4ARLA 1L14A 1G0MA 3HTFA 144LA 3G3VA 1LI6A 2B6YA 3LZMA 1C64A 1C65A 1L59A 118LA 1L22A 1L89A 2B6ZA 4DJHA 1LYFA 1QUDA 1P36A 3DN2A 3SB8A 1L91A 1WTHA 2RB2X 2L78A 2HUKA 3HH3A 249LA 1SWYA 176LA 189LA 3HU8A 1OVKA 3C83A 1ZYTA 1L08A 254LA 1L61A 127LA 1LYHA 1L92A 1QUOA 4W58A 157LA 3SBAA 1DYGA 229LA 216LA 1CX7A 1QT3A 113LA 1P6YA 137LA 1CU6A 4DKLA 2RH1A 1L44A 248LA 1OV5A 226LA 3HUAA 1C69A 1L80A 4ZPUA 4ARPA 4W51A 161LA 1QTHA 2OU9A 231LA 1PQMA 3V2YA 1OWYA 4E97A 2RB1X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LLHA 1UBZA 1B2KA 4YX7C 4RDSA 4K5YA 3GULA 1P56A 133LA 1QTZA 1L46A 4LGKA 8LYZA 1JTPL 180LA 3AGGG 1YROA 4ZFPA 1MLCE 3L64A 197LA 1QT5A 259LA 1NHBA 2GV0A 5HMVA 4II8A 3HDEA 5IELA 4HV1A 4XJFA 2A4TA 1G7HC 1FKQA 1HF4A 1OUJA 2B5ZA 4XN6A 4OWEA 4ANRA 5EBHA 4DDAA 1C46A 1MELL 104LA 2NTHA 1LYDA 4GCEA 2Q0MX 1C08C 1L27A 1IORA 1GF9A 1LZ4A 2ZNXY 1LZYA 1KIRC 4TX7A 4ZIXA 1L26A 3EMLA 1HEWA 1ZMYL 2LYMA 3A6CY 3FI7A 4LZMA 5I54A 5HMJA 2OE9X 2HEBA 1RE2A 151LA 1YKXX 1L56A 1G07A 1UIFA 1J1XY 1DI4A 1VDSA 181LA 4H9CA 1LMPA 4H9AA 4GCDA 2LZ2A 4N5RA 4WM4A 234LA 218LA 1FDLY 4NWEA 1YAMA 6LYTA 2BQJA 1GB3A 4HJYA 1DXJA 3EBAB 4TUNA 1LGWA 1L70A 5HNCA 1V7TA 2RBRA 4EKPA 4ARMB 4OOOA 1GPQC 4ML7A 3HWLA 150LA 5C6JA 1XEIA 4G4HA 2LZMA 1QUHA 1D9WA 4EKSA 2OU0X 1C7PA 2RBNA 205LA 3T6UA 1LSPA 2D4IA 1GF3A 1C6AA 1LGUA 2MEHA 171LA 2ZNWY 1L55A 4NFVA 1BB5A 1LYSA 1C6PA 1L10A 1LSDA 2LYOA 1L32A 3GUOA 115LA 1LPYA 1IP1A 3OJPA 192LA 1L84A 4DT3A 4Z98A 1YQVY 1L62A 2I26L 3BKHA 4WLYA 1L81A 4NGYA 5KXMA 2NTGA 4PGJB 193LA 4CGEA 3DNAA 1REYA 260LA 3CQLA 4ETDA 4H9EA 243LA 1T6VL 2Q9EA 1GB2A 3AZ6A 4HTNA 120LA 3TXDA 4NGIA 4XJBA 4ARJA 1B7RA 3CT5A 130LA 1G0QA 1OYUA 1GFKA 4I7TA 167LA 1GB5A 1KIPC 1AT5A 1C6DA 1I20A 5APEA 191LA 1HEMA 1LYYA 1C62A 1LYZA 4BS7A 3ZEKA 3SB6A 1LYJA 1LZ1A 1BB3A 2Z39A 3WXUA 1GF4A 1LJ3A 2XTHA 108LA 1CV5A 4LYMA 1HC0A 4W56A 1GB9A 102LA 1RFPA 4YEMA 3PBLA 2BLXA 3TXEA 138LA 4H8XA 1LTMA 2HEAA 4WOAA 1LHMA 1L25A 1L37A 1IR8A 1LW9A 1G7IC 4KPMA 4Z3MA 228LA 1TDYA 4W53A 110LA 1CKFA 4CHXA 3OE0A 142LA 1L83A 5I4WA 5F16A 162LA 1LMCA 1L77A 1JSEA 5L9JA 1L03A 1KNIA 4G4BA 3HFMY 4DQJA 1CVKA 1IY4A 1L67A 4OWCA 3F8VA 1K28A 2F4GA 3RZ4A 1AKIA 1UACY 4DYGA 1L49A 6LYZA 2BQCA 1GFJA 141LA 4LT2A 239LA 1T8GA 4B4EA 1LYIA 4WG1A 3HU9A 215LA 2G4NA 2RAYX 1JTOL 2BQMA 4YM8A 2OU8A 1WQPA 4I7MA 5I4XA 1B5ZA 1D3JA 177LA 1LSZA 4B4JA 2CJLA 4PRUA 3GUKA 5FDJA 1VEDA 4OO9A 2B75A 4XADA 1LI2A 146LA 4I7RA 1C68A 2HUBA 4PPOA 237LA 4WL6A 1DI5A 1LZBA 1IP2A 1L71A 3SB5A 185LA 1CX6A 5J7CA 3G3XA 5LVGA 4LFPA 3GUNA 1FBIX 1L0JA 4ARQB 3A94A 1UIAA 1PZYA 4B4IA 4MCKA 4NSIA 1C61A 1LJEA 246LA 2W1YA 5B05A 4NGJA 2YDGA 163LA 1D0KA 3AZ4A 5LZMA 1NQIA 4WL7A 1LJ4A 258LA 2XQOA 2DBTA 3HTGA 3W3EA 170LA 1WQNA 1L52A 2F2QA 1L97A 2G4PA 2LCBA 1L58A 3FADA 1CKDA 4YXCA 1T6HA 1L41A 4ARLA 1IWZA 1LJGA 1XGRC 3LZMA 1C64A 1C45A 4DC4A 4DD7A 1HMKA 3TXJA 4LYZA 2EQLA 2B6ZA 5KXSA 1LYFA 3DN2A 4NHPA 4FJRA 2L78A 3HH3A 4R6CA 1CNSA 3P68A 4I0CA 4QGZA 176LA 1VAUA 1BWHA 1OVKA 1L61A 4HPEA 1LYHA 2MEIA 4DD2A 1DYGA 1JISA 4O34A 1JKBA 3CSRA 1P6YA 4QEQA 1UICA 4DKLA 1XEJA 1JJ1A 3HUAA 1C69A 1IR7A 5KXTA 2MEGA 1CJ6A 1OWYA 4KT3A 2RB1X 224LA 3LN2A 1L31A 3SBBC 1C6MA 2YBHA 3A67Y 4J1BA 1GFTA 5IDDA 4PJ2C 1SSWA 2F32A 3DMZA 2BAAA 1C6KA 1B0DA 2ZYCA 1OVJA 1Z55A 1IWUA 5DL9A 1L24A 1WQMA 5FEKA 1GBYA 4OWAA 4HSFA 1IP7A 2ZIJA 1IWXA 3AGHA 3CDQA 131LA 1L96A 4GCFA 1LYGA 1LZ9A 4QY9A 1IOTA 1LHLA 1RJCB 4WM6A 1KY1A 1QSWA 2B6XA 4LT0A 3HT8A 1IWVA 4NHTA 1IWYA 1YANA 206LA 1LHIA 194LA 1EQ4A 1GAYA 1C10A 2D91A 1GF5A 4EKQA 107LA 1L64A 196LA 5M1YA 3C8SA 3A96A 3F6ZA 1C6IA 3HBHA 1L13A 210LA 1OUCA 2DQEY 2D4KA 4KXIA 1L93A 1OV7A 4ARQA 128LA 3DN6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LLH A;  1UBZ A;  1B2K A;  4YX7 C;  4RDS A;  4K5Y A;  3GUL A;  1P56 A;  133L A;  1QTZ A;  1L46 A;  4LGK A;  8LYZ A;  1JTP L;  180L A;  3AGG G;  1YRO A;  4ZFP A;  1MLC E;  3L64 A;  197L A;  1QT5 A;  259L A;  1NHB A;  2GV0 A;  5HMV A;  4II8 A;  3HDE A;  5IEL A;  4HV1 A;  4XJF A;  2A4T A;  1G7H C;  1FKQ A;  1HF4 A;  1OUJ A;  2B5Z A;  4XN6 A;  4OWE A;  4ANR A;  5EBH A;  4DDA A;  1C46 A;  1MEL L;  104L A;  2NTH A;  1LYD A;  4GCE A;  2Q0M X;  1C08 C;  1L27 A;  1IOR A;  1GF9 A;  1LZ4 A;  2ZNX Y;  1LZY A;  1KIR C;  4TX7 A;  4ZIX A;  1L26 A;  3EML A;  1HEW A;  1ZMY L;  2LYM A;  3A6C Y;  3FI7 A;  4LZM A;  5I54 A;  5HMJ A;  2OE9 X;  2HEB A;  1RE2 A;  151L A;  1YKX X;  1L56 A;  1G07 A;  1UIF A;  1J1X Y;  1DI4 A;  1VDS A;  181L A;  4H9C A;  1LMP A;  4H9A A;  4GCD A;  2LZ2 A;  4N5R A;  4WM4 A;  234L A;  218L A;  1FDL Y;  4NWE A;  1YAM A;  6LYT A;  2BQJ A;  1GB3 A;  4HJY A;  1DXJ A;  3EBA B;  4TUN A;  1LGW A;  1L70 A;  5HNC A;  1V7T A;  2RBR A;  4EKP A;  4ARM B;  4OOO A;  1GPQ C;  4ML7 A;  3HWL A;  150L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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