1C6EA

T4 lysozyme mutant c54t/c97a/l99a in the presence of 2 atm xenon
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEIN (LYSOZYME)
publication title Size versus polarizability in protein-ligand interactions: binding of noble gases within engineered cavities in phage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1999-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1c6eA00
2RH1A 180LA 3HTBA 4EPFA 1LLHA 3SB8A 1PQDA 3HUKA 1OV7A 1I6SA 4I7JA 2OEAX 4EKQA 234LA 1LYGA 118LA 3C8RA 1C6FA 235LA 4I7MA 3GUPA 1LI3A 1P64A 3G3VA 4LDLA 3SBBC 2B70A 3GUKA 1L66A 3K2RA 3F9LA 1CTWA 1L04A 1LPYA 1QTDA 126LA 215LA 252LA 2IGCA 1CV0A 185LA 1D3JA 1P5CA 3VW7A 1L01A 1L38A 1DYBA 2B72A 176LA 192LA 1LYHA 1L95A 177LA 3LZMA 3CDOA 4PK0A 1P46A 1G0MA 1NHBA 1QSBA 1L49A 2ANXA 149LA 112LA 2F47A 1CV4A 1CUPA 1L89A 4W59A 1L90A 4W51A 1L97A 1LGWA 3SB5A 1C6LA 1TLAA 3HTDA 109LA 1L92A 245LA 3DMXA 2A4TA 3OE9A 240LA 1L70A 2OE4X 122LA 1DYDA 1L74A 230LA 2B6XA 1C61A 1L60A 2OE9X 221LA 262LA 2RBSA 198LA 1OVHA 4YXAC 170LA 1L09A 3F8VA 1L55A 129LA 1QUOA 1L48A 3V2YA 181LA 260LA 1L06A 209LA 3C82A 1EPYA 1C6QA 214LA 254LA 1L71A 1P3NA 165LA 1P56A 1QTCA 3C7ZA 1L56A 3HT7A 1CV6A 2QARC 147LA 3CDRA 213LA 3FI5A 1L29A 4I7PA 1P2LA 1L63A 1OWYA 2Q9DA 1L91A 1SWZA 3HDEA 261LA 2RBNA 250LA 1P36A 1QS5A 4I7KA 4I7SA 4LDEA 4I7TA 1L05A 1KW5A 1D2YA 2OE7X 253LA 4I7RA 1C6KA 244LA 2OU8A 2O79A 4I7LA 155LA 1KS3A 1L83A 2OTZX 1SWYA 1L47A 187LA 1G0QA 3DN0A 1L41A 137LA 2RBQA 4ARQB 1DYGA 1PQMA 1G1VA 152LA 4ZPUA 2OTYX 2HUKA 1QT5A 3DMZA 4EXMA 4GRVA 2RB0X 3CDQA 258LA 1L57A 3HDFA 5I14A 1C6EA 3DN6A 2B75A 2L78A 1ZYTA 1L87A 4W56A 1L44A 1CU3A 1L62A 1C60A 226LA 4I7QA 199LA 4ARLA 1C6BA 3D4SA 1L22A 2F32A 1G0LA 1L42A 150LA 1L98A 2O7AA 169LA 1CUQA 1DYAA 4ARMA 1L10A 237LA 3FADA 3PDSA 113LA 1L31A 1L13A 1JTNA 1L80A 224LA 3OE8A 1L39A 4EKRA 1D3FA 1L79A 3GUOA 1LYIA 231LA 3GUIA 1C6NA 111LA 1CU6A 3HUQA 1L84A 1C6IA 3EMLA 1L65A 1SX2A 1OWZA 1L02A 1QUHA 1G07A 1L77A 200LA 4W54A 1QSQA 1L0KA 1L67A 1L86A 3HT6A 1C6CA 1L73A 4EKSA 1LYJA 178LA 4LZMA 3C7YA 1SSWA 3FA0A 211LA 1L27A 4EPIA 1P2RA 2B74A 1LI6A 5LZMA 2LC9A 1L43A 2HULA 1QTHA 3V2WA 1SSYA 4W57A 2B6ZA 223LA 1P37A 1D9WA 1CU0A 2OU0X 4DJHA 107LA 1OVKA 1C6DA 1CU2A 1L35A 3UONA 1CV1A 190LA 218LA 1C62A 3GULA 1L93A 3HH6A 3SB9A 2F2QA 168LA 166LA 1G0PA 233LA 1SX7A 172LA 1L75A 189LA 1CX6A 1L72A 4I7NA 1L51A 1L54A 3C8QA 4S0WA 186LA 4GBRB 148LE 1L37A 2LCBA 3QAKA 2B7XA 1QUDA 1T8GA 1L69A 248LA 238LA 2RAYX 4DAJA 1L17A 1P7SA 1L53A 2RBOA 206LA 227LA 1L32A 1L26A 232LA 184LA 220LA 2RAZX 1C6PA 4PJZA 174LA 1L50A 163LA 1G0GA 1QT8A 4YXCA 3C80A 1G0KA 1LYFA 3NY8A 1PQKA 1L21A 1PQOA 183LA 7LZMA 4DKLA 1L07A 1L52A 3DN3A 1L03A 3HT9A 1L45A 1KNIA 1QS9A 1L99A 2RB1X 1D3NA 3DNAA 241LA 3DMVA 1DYEA 1L15A 228LA 3HTGA 1CV3A 1OYUA 1C65A 2Q9EA 3OE0A 103LA 243LA 195LA 251LA 102LA 162LA 216LA 1L18A 1L88A 1QT4A 1C68A 3G3WA 1D3MA 3DN1A 139LA 236LA 249LA 1C6JA 205LA 1QUGA 164LA 3HH4A 188LA 247LA 3DN4A 171LA 138LA 2B6YA 1L25A 256LA 160LA 1LW9A 1C69A 182LA 1KY1A 1LI2A 119LA 1G1WA 242LA 3C81A 2B73A 3HH3A 1C6GA 1G0JA 4K5YA 229LA 3L2XA 1L33A 191LA 125LA 110LA 130LA 1QT7A 225LA 175LA 2Z6BA 144LA 1T8FA 3G3XA 1C6AA 128LA 123LA 104LA 157LA 4E97A 219LA 2RBPA 3PBLA 1ZURA 1PQJA 1C64A 1B6IA 212LA 3GUMA 1L46A 2RB2X 4LDOA 3C83A 1L23A 3ODUA 3HH5A 1C63A 1DYCA 2ANVA 4YX7C 1C6TA 1T97A 1CU5A 4W55A 1G06A 1CV5A 1P6YA 3HWLA 4ARMB 3NYAA 1LYDA 2O4WA 1L76A 1L28A 1L61A 3JR6A 246LA 1JTMA 1L94A 1L85A 131LA 2LZMA 167LA 4W52A 1CVKA 4EKPA 156LA 115LA 2NTGA 1L00A 1OVJA 4EJ4A 1QTVA 1L16A 3CDTA 4W58A 1XEPA 1QT6A 1L58A 2HUMA 4ARJA 3HU8A 3NY9A 3RUNA 3SN6R 1KY0A 1L30A 145LA 3HTFA 3DKEX 158LA 114LA 108LA 1XJTA 1L68A 4W53A 4IAPA 2OU9A 2CUUA 1LGXA 2NTHA 201LA 1L19A 1L24A 3SB7A 3C8SA 210LA 196LA 3CDVA 146LA 3HUAA 1OV5A 4ARPA 3RZEA 3SB6A 4ARQA 143LA 1CX7A 1K28A 140LA 1L14A 1L82A 1QTBA 259LA 4AQNA 3OE6A 4I7OA 1L59A 1L81A 1LGUA 217LA 1C66A 1LWKA 3GUNA 141LA 4OO9A 1DYFA 159LA 3GUJA 1L96A 1QT3A 239LA 3DN2A 197LA 2QB0B 1L12A 3C7WA 1WTHA 1D2WA 1C6MA 1L36A 2RBRA 1L34A 1ZWNA 3HU9A 1L11A 3L64A 255LA 1XJUA 1L0JA 142LA 173LA 3SBAA 1KW7A 1LYEA 3HT8A 1C6HA 1L40A 1L08A 161LA 2B6TA 257LA 1QTZA 3DN8A 2B6WA 1PQIA 1L20A 1T8AA 222LA 1L64A 6LZMA 1LWGA 151LA 127LA 120LA 1T6HA 1C67A 1JQUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XENA 2ZWBA 2WARA 180LA 3E3DA 4EPFA 3TMUA 2OEAX 3G3BB 4G49A 1INUA 234LA 2HEDA 1LYGA 118LA 4IJ4A 3C8RA 4PJ2C 1BHZA 1IP3A 1FKQA 5C6IA 1LI3A 1BVKC 4DC4A 2BAAA 1L66A 4YOPA 2IGCA 1L04A 252LA 2ZNWY 185LA 5LYMA 1D3JA 1XEKA 1ALCA 1UIGA 4H91A 4PHIA 4HTKA 2B72A 4IASA 1L95A 1L49A 1QTEA 4GN3A 2F47A 1CV4A 1L89A 1L97A 1C6LA 2RSCA 1GBSA 1JKCA 3HTDA 109LA 1OUJA 4PRQA 2BQKA 1L92A 1NHEA 4RLMA 1SLYA 1LJFA 230LA 1RI8B 2B6XA 2BLXA 1LSYA 2DQFC 2OE9X 221LA 3TXDA 1QIOA 2YSSC 1LAAA 3P65A 170LA 2H9JA 1L55A 1GBZA 1L06A 1VDTA 3SP3A 2F4GA 1C6QA 1LHHA 3CSRA 254LA 3HT7A 1CV6A 147LA 1I1ZA 3IWRA 3AZ6A 3TXGA 1P2LA 1L91A 1UIAA 261LA 1RE2A 1IWTA 1P36A 1QS5A 1NDGC 1LSBA 5E4PA 1OUBA 4I7LA 1L83A 4NG8A 1XGPC 1REMA 1SWYA 1IR7A 1L47A 5KXOA 187LA 1G0QA 1B5WA 1L41A 4NSIA 1DYGA 2W1LA 4XN6A 5APEA 1FLUA 4NGLA 4ETEA 3P4ZA 2HUKA 1QT5A 4EXMA 4HV2A 5FEKA 1C6EA 2L78A 5B05A 1L62A 2Z39A 199LA 1D9UA 3B0KA 1LMCA 3GXRA 3EMSA 5I5QA 1HFZA 3D4SA 2G4NA 1L42A 1E8LA 1EQ4A 1GDXA 4NGWA 5D5FA 1L10A 3FADA 113LA 2B5ZA 1C45A 4A7DA 4WM2A 1B9OA 5I53A 1CU6A 3T36A 2I25L 3D3DA 1UCOA 1GE0A 1AM7A 1IY3A 1NBZC 1L86A 4N0JA 1IP4A 1FLQA 4LZMA 3TXJA 3FA0A 1WVUA 1B7NA 2D4IA 1SSYA 4GN5C 2B6ZA 2MEIA 3B0IA 1CU2A 1D0LA 1L35A 3QY4A 4FJRA 4RW1A 1LSDA 3RT5X 168LA 233LA 4H9BA 172LA 1B7OA 189LA 1GWDA 1CX6A 1REYA 4QDNA 5E9RA 3TXKA 3W6AA 5II3A 5LAGA 1DI3A 1LZBA 5KXWA 1TAYA 2Y8PA 4LGKA 1QSWA 4DAJA 1L17A 1L53A 227LA 2Z38A 1L26A 4YF2A 4BAFA 1LZ4A 2RAZX 4PJZA 3QE8A 3LYMA 163LA 2YVBA 4YXCA 2YBIA 4NSJA 1UBZA 1LYFA 1GE1A 1LSGA 3NY8A 3QNGA 1GF8A 4NG1A 3W3EA 1L21A 2DQGY 2LYMA 1L52A 4DKLA 3HT9A 1L45A 1Z55A 1B7QA 4BAPA 3DNAA 241LA 3DMVA 1L15A 1OP9B 1LZEA 228LA 3HBEX 2F2NA 1C65A 5KY1A 3OE0A 3EBAB 3AW6A 1VAUA 4X3BA 251LA 102LA 1B5UA 1JJ0A 162LA 4J1BA 1IWXA 3G3WA 1D3MA 1GB8A 236LA 249LA 3W6BA 3N9EA 1QUGA 1BWHA 247LA 3DN4A 2W1YA 1LJJA 1L25A 256LA 1CJ8A 4XJIA 3W6EA 160LA 1D0KA 4UWNA 4NHPA 1LI2A 4B0DA 1GFRA 2B73A 1G0JA 229LA 1L33A 1YAOA 144LA 1T8FA 1LZCA 128LA 6LYTA 3TMXA 1PS5A 2RBPA 1BVXA 1ZURA 1IC4Y 5D5CA 1YIKA 3ODUA 2LYOA 1LZAA 4YX7C 1C6TA 2Z12A 5LVGA 1CV5A 5A3EA 3NYAA 3RU5A 1L61A 4B49A 1FDLY 3WUMA 4W52A 115LA 1QTVA 1HELA 1XEPA 4H93A 1LZGA 4OWHA 3WU8A 1RCMA 4WLYA 1I56A 4NWHA 4NEBA 2IHLA 4IAPA 2I26L 1JEFA 1JPOA 1T3PA 5FSTA 3SB7A 5DM9A 3N9AA 3HUAA 1OV5A 8LYZA 4H94A 1UUZC 1L81A 217LA 4NHQA 1C66A 1LWKA 5T3FA 3A6BY 3GUJA 1L12A 1WTHA 1D2WA 1C6MA 4GLAA 2RBRA 1B7MA 1GF9A 1JTPL 3HU9A 1B7RA 1L11A 1JHLA 142LA 5FELA 4LYCA 4P2EA 5FDJA 1LHJA 4NIJA 9LYZA 2D4KA 1T8AA 1JJ1A 1LMQA 1JSEA 151LA 3B0OA 2IFFY 3WXUA 1JQUA 1MELL 2RH1A 4Z3MA 4ET8A 3HTBA 1LZ1A 1LLHA 1PQDA 1CKHA 4II8A 5IHGA 1XFPL 1NDMC 3WU9A 4I7MA 5KJ9A 3N9CA 1UC0A 2Z18A 3SBBC 2B70A 3K2RA 1LPYA 4CHXA 1CV0A 3WUAA 3AZ4A 3VW7A 4LYTA 1JUGA 1DYBA 2BQIA 1P46A 1GD6A 4WLTA 149LA 4Z98A 1L90A 1LGWA 1IP2A 1LSAA 3SB5A 2XQOA 4WO9A 4I8SA 1KIQC 3OE9A 1L70A 4XJHA 4H8YA 5L3IA 1FKVA 1L74A 4J0LA 1GF5A 3A34A 1GAYA 1L60A 2HTXA 4LFXA 4GCCA 4ZFPA 4H9FA 4B1AA 1IWWA 1LPIA 4XJBA 1VDQA 1NQIA 1L48A 3V2YA 1UIHA 260LA 2LZTA 209LA 3C82A 2Z2EA 2A7FA 1IC7Y 1L71A 4H9HA 3LZ2A 3C7ZA 1L56A 3EO5A 3CDRA 213LA 1B5VA 4EOFA 1LHKA 4NHIA 1L29A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4XEN A;  2ZWB A;  2WAR A;  180L A;  3E3D A;  4EPF A;  3TMU A;  2OEA X;  3G3B B;  4G49 A;  1INU A;  234L A;  2HED A;  1LYG A;  118L A;  4IJ4 A;  3C8R A;  4PJ2 C;  1BHZ A;  1IP3 A;  1FKQ A;  5C6I A;  1LI3 A;  1BVK C;  4DC4 A;  2BAA A;  1L66 A;  4YOP A;  2IGC A;  1L04 A;  252L A;  2ZNW Y;  185L A;  5LYM A;  1D3J A;  1XEK A;  1ALC A;  1UIG A;  4H91 A;  4PHI A;  4HTK A;  2B72 A;  4IAS A;  1L95 A;  1L49 A;  1QTE A;  4GN3 A;  2F47 A;  1CV4 A;  1L89 A;  1L97 A;  1C6L A;  2RSC A;  1GBS A;  1JKC A;  3HTD A;  109L A;  1OUJ A;  4PRQ A;  2BQK A;  1L92 A;  1NHE A;  4RLM A;  1SLY A;  1LJF A;  230L A;  1RI8 B;  2B6X A;  2BLX A;  1LSY A;  2DQF C;  2OE9 X;  221L A;  3TXD A;  1QIO A;  2YSS C;  1LAA A;  3P65 A;  170L A;  2H9J A;  1L55 A;  1GBZ A;  1L06 A;  1VDT A;  3SP3 A;  2F4G A;  1C6Q A;  1LHH A;  3CSR A;  254L A;  3HT7 A;  1CV6 A;  147L A;  1I1Z A;  3IWR A;  3AZ6 A;  3TXG A;  1P2L A;  1L91 A;  1UIA A;  261L A;  1RE2 A;  1IWT A;  1P36 A;  1QS5 A;  1NDG C;  1LSB A;  5E4P A;  1OUB A;  4I7L A;  1L83 A;  4NG8 A; 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