4NGIA

Previously de-ionized hew lysozyme crystallized in 1.0 m rbcl and collected at 125k
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Weak protein-cationic co-ion interactions addressed by X-ray crystallography and mass spectrometry.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2013-11-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ngiA00
9LYZA 1IORA 4Z98A 3WYHA 1P2CC 1LZEA 2W1MA 4NGKA 1GEVA 2F30A 4ML7A 1NDMC 5L3HA 4GN4A 2H9KA 3WU8A 3EXDA 3RT5X 5HMJA 5I5QA 1GFRA 1IO5A 3AB6A 1IIZA 1GF8A 132LA 4NGJA 4W96A 1BVKC 1IP5A 1IWUA 1WQPA 2BQAA 4HTQA 1JKBA 1LZ9A 1D0LA 1DPWA 1QTKA 1LSGA 2G4QA 2PC2A 4QDNA 3CQLA 4LZTA 193LA 1HSWA 3A95A 3A92A 1F10A 1JTTL 4J1BA 4Z3MA 4N1CC 2Y8PA 4WL6A 4YOPA 3QE8A 4UWUA 5FSTA 1NWGA 4I0CA 1DI4A 4YF2A 1HEPA 3B0IA 3WXTA 1GFTA 1DKKA 4XJBA 5L9JA 3TMUA 5LIOA 1GWDA 1B5VA 4WLXA 1AKIA 4ET9A 1HMKA 1TEWA 3T36A 1WQRA 1HNLA 4WM3A 1YL0X 3B0OA 3AZ4A 1GB3A 1CKFA 1IR9A 4DD3A 1N4FA 2D4JA 3TXJA 4HJVA 3EO5A 1DXJA 3N9AA 4NG8A 1IWXA 1GF7A 3GXKA 2A7DA 1GFJA 2CWIA 4XADA 1AT6A 2DQHY 3A6BY 1IWYA 2HTXA 4GCBA 208LA 4NGOA 3WUAA 3AGGG 1HFXA 4DD2A 3T6UA 5HLLA 2EQLA 1IWVA 4NSIA 3TMWA 1HSXA 2W1YA 5ILFA 1GB2A 1LJHA 2DQDY 4H9HA 4L41A 3A96A 2D6BA 5APFA 4HJYA 3LN2A 1LZ4A 1GBYA 4LT0A 3AYQA 4LYCA 1V7SA 5I4WA 2DQGY 4W94A 1REZA 4I8SA 2NWDX 1J1PY 1GDXA 4NGIA 1NKHA 4O34A 5KKIA 5LXWA 1CKCA 1LSMA 1UACY 1QUSA 1LKSA 4GLAA 5DN4A 3EMSA 3TXEA 3A6CY 4OWAA 2YSSC 3AW6A 2MECA 5E9RA 2D91A 4OWBA 1LZGA 4WM4A 3SP3A 2AUBA 5DL9A 3FE0A 4LT1A 4N9RA 2Z39A 1LYSA 4XJIA 5EBHA 3TMVA 1OUIA 1SLYA 1LHKA 2Z2EA 1XGUC 1LZ5A 1OUCA 2N5ZA 4NG1A 1LMCA 1GXV2 5J7CA 4OOOA 4DDCA 3M3UA 3A93A 4Z46A 1BWJA 3ZVQA 1IP3A 1REMA 3FI7A 4LYBA 1LHHA 1GE1A 1LHMA 2Z18A 3A67Y 5LVGA 1B7MA 1HERA 4B0DA 1GFVA 4ZIXA 4GN5C 1DI5A 3HBDA 4N5RA 4N8ZA 3W6CA 1HEMA 3P4ZA 5HNLA 4XYYA 1FLYA 5KJ9A 1YKXX 1J1OY 1C46A 1GB7A 5APDA 1OUBA 3WH1A 1VAUA 4FDYA 3TXKA 5LA5A 1G7JC 2BQKA 2LYOA 5LINA 1B2KA 2DQAA 1C10A 3P65A 5KY1A 3K3TA 3LZ2A 4H94A 5I53A 1JWRA 1E8LA 4QY9A 3A8ZA 2ZYCA 1QDRA 1FDLY 4DWXA 5M1YA 1VATA 1VEDA 1B7SA 5DLAA 3WU7A 1GBXA 2BQEA 3AW7A 1EQEA 1A2YC 1OUJA 2D4IA 4NSGA 4G4CA 5I4YA 1CKDA 2B5ZA 4M4OA 4ETEA 2YBIA 4B49A 5KXXA 2FBBA 3D9AC 4N1EI 1YKYX 3D3DA 1KIQC 4MR1A 4LT3A 5F16A 1YAPA 1D6PA 1OUHA 2DQJY 1LMPA 1YKZX 2X0AA 4H8ZA 4X3BA 5DN5A 3QY4A 3AJNA 4RW2A 4CGEA 2W1LA 2HU3A 3A34A 4B1AA 1IP6A 5LYTA 1EQ5A 4YEOA 4LYOA 1GE3A 1HEWA 4NWHA 3TXHA 1GB6A 1HEQA 1D0KA 3WVYA 1TAYA 3J6KA 1UIBA 3B72A 3CT0A 4TTDA 2IFFY 2YBLA 2HEEA 1OQMA 1IR7A 4BS7A 4WM2A 1OUFA 4HV2A 1GB0A 1IC5Y 1LZDA 2I25L 1CJ6A 2DQIY 8LYZA 5LVHA 4G4BA 2BQDA 4FJRA 1IX0A 5B1FA 1BB6A 1B7OA 5HMVA 1GFEA 4ETAA 1B5WA 2Z2FA 1B5ZA 1IEEA 1GPQC 3M18B 3LYMA 3ATNA 3ZEKA 2G4PA 2LYZA 1AM7A 2ZIJA 1GE0A 1GD6A 5B05A 1D9UA 1IP2A 2VB1A 4BAPA 1XGTC 2DQFC 3AZ5A 1YANA 1LSFA 1KIPC 5FELA 1JTPL 4HJZA 4NY5A 4DD1A 2H9JA 3E3DA 1GFGA 1HFZA 1DKJA 2Z12A 4E3UA 1GAZA 1OP9B 1C7PA 1G7IC 1GAYA 4ETBA 4PHIA 3N9EA 2MEAA 3W6AA 5KXTA 1GFAA 4DDAA 1IC4Y 2BQFA 4KT3A 1UIEA 2YBNA 4BADA 1LMTA 2DQEY 4OWCA 2ZILA 4H1PA 1YAOA 5KXLA 3WW6A 1LJNA 1I20A 1BB5A 3TXDA 1FLUA 5F9XA 1NQIA 2CJLA 1YROA 4PGJB 1B5YA 1LPIA 1H87A 2LZ2A 1REXA 1XEJA 1JJ3A 1WVUA 4WG1A 3TXBA 1JKDA 4UWNA 5KXNA 3TXGA 1RI8B 5D5FA 1CKGA 4CFOA 1LJGA 2MEFA 5KXOA 2MEBA 1VFBC 1OUAA 4WMGA 1UIDA 4NGWA 3WPJA 3QNGA 1HHLA 3AGIA 1B7LA 4NHTA 2GV0A 194LA 4H9CA 1HMLA 4H9AA 7LYZA 2YBMA 4HP0A 3WL2A 2FYCA 2I26L 3BKVA 3G3AB 3B0KA 3AZ7A 4NGLA 1AZFA 4OWHA 1WQQA 2IHLA 3KAMA 4YM8A 1TBYA 1C45A 2DBTA 1F0WA 2MEHA 3RW8A 1J1XY 3IWRA 1PS5A 4WO6A 1BB4A 1WTNA 4XJHA 5LA8A 4LYMA 3CT5A 1ZVHL 1LJ3A 1PZYA 3WUNA 4B4JA 2H5ZA 2BQIA 4R0FA 1XSFA 4XJDA 1VDSA 4WLDA 4HTNA 1W08A 2YVBA 4NGYA 1BGIA 1LZ6A 3AGHA 1GEZA 1LMAA 3CB7A 4UWVA 1XEIA 3OJPA 1KXWA 1EQ4A 4LGKA 1NMMA 1C43A 4NGZA 4WOAA 4H92A 3WVXA 4DDBA 4WLTA 1UUZC 3LYTA 2HEDA 1LYZA 2HEBA 4PPOA 5I54A 4HTKA 1BWHA 1IP1A 4CJ2A 1JISA 5KXWA 3IJVA 1MELL 207LA 1B0DA 4XJFA 1B5UA 3W6DA 5K7OA 1GE2A 3J4GA 4H9FA 3CSQA 1YAQA 3LYOA 2FBDA 1LMOA 1QSAA 1YQVY 5B07A 4YEMA 1EL1A 3AZ6A 1LJ4A 1GF0A 4WLYA 2DQCY 4ZEEA 5JENB 2BLYA 1LAAA 4ETDA 1UIFA 2XBSA 1FKVA 1C08C 1WQNA 5B1GA 5T3FA 2FYDA 1BVXA 2ZQ4A 1ZVYB 1LOZA 4H9EA 4NHIA 4KL7A 1JSEA 1JSFA 1LSDA 5ILCA 4GCFA 3B6LA 1F6RA 1DQJC 1GFUA 1LKRA 1LSBA 1QIOA 5B06A 5F9UA 1BB3A 4DC4A 4LFXA 1GF5A 1TCYA 2MEDA 3TMXA 1LJEA 2EIZC 4G4HA 1RFPA 4TWSA 1NDGC 1ZV5L 1UICA 4XJGA 4DD0A 4IJ4A 5HQ1A 4GCEA 5A3ZA 1IOTA 4N0JA 1JIYA 4II8A 4OW1A 1IWWA 1LYYA 153LA 1JUGA 1FBIX 4DD7A 1DPXA 3TXFA 1UIHA 1GBZA 1LZ8A 5C6LA 1JEFA 1OUDA 1XGPC 3HFMY 4RDSA 1JKCA 1LZTA 2XBRA 3CT1A 3P68A 1DZBX 6LYTA 4OWEA 3F6ZA 1B5XA 2BQHA 2BQBA 4J7VA 1O23A 4C3WA 5IELA 1REYA 2BQGA 1AT5A 4H90A 1IWZA 1GF4A 1BB7A 1LCNA 1FLQA 1GHLA 1GBOA 1LSPA 3A90A 3LHMA 4H9IA 4HV1A 1G7HC 1XEKA 1G7LC 5LVIA 1FKQA 2ZNWY 5L3IA 1D6QA 1LZ1A 4KXIA 4RW1A 3LYZA 3RU5A 1GF9A 2XJWA 1W6ZA 1WQMA 1HF4A 3RNXA 1LSZA 4OOTA 4RLMA 1QQYA 1LZBA 3A3RX 4QEQA 5APEA 1LZRA 5KXSA 1XFPL 3WW5A 1LZAA 1SQ2L 5LVJA 4GCCA 1WTMA 5KXPA 5C6JA 2HEFA 3G3BB 1LTMA 4NHPA 1LSYA 5KXZA 1LZNA 1JKAA 2BQNA 1HENA 1NBZC 1V7TA 2BLXA 3VWOA 2BQCA 4H8YA 4J0LA 3MGWA 4ANRA 1LJIA 2CDSA 4PJ2C 4G49A 4LYTA 1GBSA 4NHQA 4LT2A 2WARA 4NFVA 1IY3A 2YDGA 154LA 2HEAA 1HC0A 3P66A 5FEKA 2I6ZA 4PRUA 4NIJA 1UBZA 4EOFA 1JJ0A 4DT3A 1GF6A 1XGQC 2C8OA 3EBAB 5FDJA 1GDWA 1LYOA 134LA 4U3XB 5FHWA 5E4PA 2YBJA 1HEOA 4BAFA 3WPLA 4XENA 1GB9A 5A3EA 4IASA 1IOCA 2Z38A 2EKSC 1UIGA 1IVMA 2F4GA 3BKHA 3A91A 4AGAA 1F6SA 1GB5A 1RE2A 2BQOA 2ZNXY 4AXTA 4GCDA 1NBYC 4NWEA 5LVKA 2CGIA 6LYZA 2LHMA 5HNCA 5I4XA 1Z55A 1KXYA 4TSCA 1OUEA 5C6IA 4H93A 5F81A 4NHSA 4DD9A 1D0MA 1ZMYL 2BQMA 2LZTA 1JHLA 3ULRA 1G7MC 1LSAA 1TDYA 1FLWA 1LHIA 1T6VL 4H8XA 1BHZA 1I1ZA 5KXRA 1QUTA 4Z41A 1INUA 1JITA 5AMYA 4ZFPA 1IP4A 1GF3A 1GXXA 5B59A 4TSBA 4YENA 1LSEA 5KXKA 1YILA 3WPKA 1KIRC 1NF5A 1IP7A 2DKVA 4P2EA 2Z19A 4QGZA 5IHGA 2F4AA 1RJCB 2RSCA 1HFYA 4LFPA 3ATOA 2HU1A 3WUMA 4KPMA 1CKHA 1WVVA 2A7FA 3RZ4A 5LAFA 2Q0MX 1LSNA 3ZVQB 1UIAA 3LZTA 3OK0A 4XN6A 1LHLA 2BPUA 1KXXA 1JPOA 4HSFA 1CNSA 1LJJA 3HBEX 2BQJA 4H91A 3HBHA 2EPEA 1JTOL 1CJ9A 5II3A 1LSCA 1B7QA 4MSTA 5F14A 1IWTA 1YL1X 4R6CA 5DM9A 1VDPA 4HPEA 3WU9A 1A4VA 1LJFA 2LYMA 4MCKA 5LAGA 1UCOA 1IR8A 4CFPA 5FCPA 4WO9A 2ZWBA 4B4EA 2ZYPA 2C8PA 2MEGA 1WQOA 2HUBA 2W1XA 4GLVA 1YAMA 1XGRC 4GN3A 4WL7A 1GFKA 1B9OA 3W6EA 1I56A 2D4KA 1LMNA 4C5FA 1FN5A 4PRQA 2BAAA 5KKJA 1UC0A 2ZQ3A 2MEIA 5KXYA 1QTEA 1IOSA 5D5CA 1H6MA 2MEEA 3CSZA 3W3EA 1QDTA 2HECA 4M6DA 4TX7A 1GBWA 2Z37A 3A94A 5APCA 4WM1A 1LZYA 3GXRA 4IATA 1IOQA 3WULA 3A3QA 5LYZA 1UA6Y 3CSRA 3TXIA 1GE4A 1CJ8A 5LYMA 2F2NA 3P64A 1IY4A 3N9CA 3W6FA 2YBHA 1VDQA 2ZIKA 1RCMA 4DYGA 1CJ7A 2BQLA 4TUNA 3WXUA 1GFHA 1BQLY 4H9BA 4RLNA 4A7DA 1BWIA 1VDTA 4CHXA 4J1AA 4G9SA 4NGVA 4WM5A 1GB8A 4NSHA 1LMQA 4ET8A 1LZSA 2XTHA 4LYZA 5IDDA 4NSJA 5KXMA 1B7PA 1LJKA 1JJ1A 1HELA 2G4NA 1B7NA 4D9ZA 1NHEA 1YIKA 4WM6A 4B4IA 4EMNA 1T3PA 4ETCA 1LZCA 135LA 1DI3A 4HPIA 1ALCA 133LA 1OUGA 3IJUA 4WG7A 1IC7Y 4NEBA 1B7RA 3W6BA 1QSWA 3WMKA 1MLCE 1LHJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z98A 1L75A 3HH6A 2B75A 4NGKA 2F30A 4ML7A 1NDMC 2H9KA 1G0GA 1GF8A 4NGJA 1L12A 1JKBA 1LSGA 2G4QA 3CQLA 4J1BA 1F10A 3DMXA 4N1CC 4WL6A 3QE8A 240LA 1NWGA 4YF2A 1HEPA 2RBRA 3WXTA 1GFTA 5L9JA 1GWDA 4OO9A 1L77A 2B72A 4ET9A 197LA 1HMKA 107LA 1TEWA 257LA 3AZ4A 1GB3A 4DD3A 3TXJA 1DXJA 1GF7A 1L09A 3WUAA 1HFXA 1HSXA 1GB2A 1SSYA 1LJHA 248LA 4H9HA 3GUMA 126LA 5APFA 4LT0A 3AYQA 1REZA 4I8SA 125LA 1L40A 3DN3A 5KKIA 1CKCA 3HT8A 180LA 3A6CY 3HUAA 139LA 1LZGA 2AUBA 260LA 3FE0A 4LT1A 1OWYA 5EBHA 1T97A 1OUCA 177LA 4OOOA 3M3UA 1P56A 255LA 1LHHA 1GE1A 2B6YA 1D3FA 1L00A 1HERA 4N8ZA 3P4ZA 5HNLA 1GB7A 1OUBA 3LZMA 1P6YA 3TXKA 1CU0A 2BQKA 3CDOA 5KY1A 1QDRA 5M1YA 1VEDA 1B7SA 3AW7A 1EQEA 5I4YA 4B49A 5F16A 1L16A 2X0AA 5DN5A 3RUNA 3AJNA 4RW2A 1L67A 231LA 1IP6A 1OV5A 4YEOA 1GE3A 1HEWA 3J6KA 1UIBA 3B72A 4LDEA 4W58A 1IR7A 3JR6A 2I25L 5LVHA 3CDQA 1C6IA 1ZWNA 1SWZA 3LYMA 3ATNA 3ZEKA 2G4PA 2LYZA 2ZIJA 1L66A 120LA 1IP2A 1D9UA 1KIPC 1JTPL 2H9JA 3E3DA 2Z12A 4ETBA 1GFAA 4OWCA 5KXLA 4H1PA 4ZPUA 1I20A 4I7TA 261LA 2CJLA 1L23A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 9LYZ A;  1IOR A;  4Z98 A;  3WYH A;  1P2C C;  1LZE A;  2W1M A;  4NGK A;  1GEV A;  2F30 A;  4ML7 A;  1NDM C;  5L3H A;  4GN4 A;  2H9K A;  3WU8 A;  3EXD A;  3RT5 X;  5HMJ A;  5I5Q A;  1GFR A;  1IO5 A;  3AB6 A;  1IIZ A;  1GF8 A;  132L A;  4NGJ A;  4W96 A;  1BVK C;  1IP5 A;  1IWU A;  1WQP A;  2BQA A;  4HTQ A;  1JKB A;  1LZ9 A;  1D0L A;  1DPW A;  1QTK A;  1LSG A;  2G4Q A;  2PC2 A;  4QDN A;  3CQL A;  4LZT A;  193L A;  1HSW A;  3A95 A;  3A92 A;  1F10 A;  1JTT L;  4J1B A;  4Z3M A;  4N1C C;  2Y8P A;  4WL6 A;  4YOP A;  3QE8 A;  4UWU A;  5FST A;  1NWG A;  4I0C A;  1DI4 A;  4YF2 A;  1HEP A;  3B0I A;  3WXT A;  1GFT A;  1DKK A;  4XJB A;  5L9J A;  3TMU A;  5LIO A;  1GWD A;  1B5V A;  4WLX A;  1AKI A;  4ET9 A;  1HMK A;  1TEW A;  3T36 A;  1WQR A;  1HNL A;  4WM3 A;  1YL0 X;  3B0O A;  3AZ4 A;  1GB3 A;  1CKF A;  1IR9 A;  4DD3 A;  1N4F A;  2D4J A;  3TXJ A;  4HJV A;  3EO5 A;  1DXJ A;  3N9A A;  4NG8 A;  1IWX A;  1GF7 A;  3GXK A;  2A7D A;  1GFJ A;  2CWI A;  4XAD A;  1AT6 A;  2DQH Y;  3A6B Y;  1IWY A;  2HTX A;  4GCB A; 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 1JTO L;  1CJ9 A;  5II3 A;  1LSC A;  1B7Q A;  4MST A;  5F14 A;  1IWT A;  1YL1 X;  4R6C A;  5DM9 A;  1VDP A;  4HPE A;  3WU9 A;  1A4V A;  1LJF A;  2LYM A;  4MCK A;  5LAG A;  1UCO A;  1IR8 A;  4CFP A;  5FCP A;  4WO9 A;  2ZWB A;  4B4E A;  2ZYP A;  2C8P A;  2MEG A;  1WQO A;  2HUB A;  2W1X A;  4GLV A;  1YAM A;  1XGR C;  4GN3 A;  4WL7 A;  1GFK A;  1B9O A;  3W6E A;  1I56 A;  2D4K A;  1LMN A;  4C5F A;  1FN5 A;  4PRQ A;  2BAA A;  5KKJ A;  1UC0 A;  2ZQ3 A;  2MEI A;  5KXY A;  1QTE A;  1IOS A;  5D5C A;  1H6M A;  2MEE A;  3CSZ A;  3W3E A;  1QDT A;  2HEC A;  4M6D A;  4TX7 A;  1GBW A;  2Z37 A;  3A94 A;  5APC A;  4WM1 A;  1LZY A;  3GXR A;  4IAT A;  1IOQ A;  3WUL A;  3A3Q A;  5LYZ A;  1UA6 Y;  3CSR A;  3TXI A;  1GE4 A;  1CJ8 A;  5LYM A;  2F2N A;  3P64 A;  1IY4 A;  3N9C A;  3W6F A;  2YBH A;  1VDQ A;  2ZIK A;  1RCM A;  4DYG A;  1CJ7 A;  2BQL A;  4TUN A;  3WXU A;  1GFH A;  1BQL Y;  4H9B A;  4RLN A;  4A7D A;  1BWI A;  1VDT A;  4CHX A;  4J1A A;  4G9S A;  4NGV A;  4WM5 A;  1GB8 A;  4NSH A;  1LMQ A;  4ET8 A;  1LZS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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