1GFEA

Crystal structure of mutant human lysozyme substituted at the surface positions
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KNFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Positive contribution of hydration structure on the surface of human lysozyme to the conformational stability.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2000-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1gfeA00
3P66A 1LZGA 3F6ZA 3GXRA 2HTXA 4NG8A 1BWIA 4NHIA 3N9CA 2CGIA 1TEWA 1NBYC 1NDGC 3WUAA 4UWVA 4J1BA 4G4CA 1EQEA 3LZTA 1B0DA 1CKHA 1LHKA 5ILFA 1BB3A 1OUFA 1LZ8A 1LZNA 1IP2A 4N1EI 2HUBA 2DQFC 4B49A 4ANRA 1IC4Y 4II8A 4LYZA 1DKJA 1LJGA 4E3UA 2DQJY 4NWHA 4XJFA 1IR8A 4OWAA 2Z2EA 1IVMA 2BQBA 2XJWA 1KXWA 1LYOA 1P2CC 5K7OA 2YDGA 4I8SA 3WXUA 2BQMA 2Z19A 2EKSC 2Z18A 4B4IA 1WQQA 4H92A 1EL1A 5HMJA 4HV2A 1JITA 2MEEA 3LN2A 1NBZC 1C08C 1CJ8A 1IR7A 1OUCA 4HSFA 1HF4A 3D9AC 1GB8A 2BQKA 1HSXA 1T6VL 3CT5A 4NGYA 1LZCA 4OW1A 1AT6A 1LZ9A 1OUBA 3A90A 3TXEA 3WL2A 4BAFA 1IWTA 1DI4A 4IATA 1IWUA 5F9UA 4LYCA 4C3WA 4PJ2C 2I26L 2ZWBA 3N9EA 2CDSA 1GEZA 1AZFA 4AXTA 1J1PY 5IELA 3WUMA 1IC5Y 3A3RX 1AKIA 3WULA 4R6CA 3WVXA 3LHMA 4NGKA 1LZTA 1IOCA 3SP3A 1FLWA 1LPIA 1GF8A 1LSYA 3AZ7A 4N5RA 2MEHA 3QY4A 1GF4A 4MSTA 1WQNA 4NGOA 1B7RA 5C6IA 1YIKA 4N1CC 1KIQC 5FDJA 5FELA 4WG7A 5LVGA 1G7HC 1HHLA 4X3BA 2BQNA 4GN3A 3WPLA 4D9ZA 2D4IA 5D5FA 1JKCA 1KIPC 1LKRA 2ZNXY 4I0CA 4EOFA 1NHEA 3CQLA 1IY3A 1B7OA 1LZEA 4KL7A 1JKAA 4R0FA 3BKVA 5HQ1A 1GFRA 4J0LA 1LSAA 1XEJA 1IR9A 4ETCA 4XYYA 1GB9A 1UUZC 4GCBA 5FCPA 3WPJA 4G4HA 1TBYA 1GBOA 4QEQA 1GB5A 2HU3A 1DZBX 3CSQA 4NGZA 3A95A 2BQDA 1JTOL 1B7QA 2D91A 4LGKA 3LZ2A 1W6ZA 2H9JA 1UIDA 132LA 2FBDA 1LMPA 3EXDA 2BQOA 1GD6A 4FJRA 3A34A 1NDMC 1OP9B 1BHZA 1IORA 4HV1A 1RFPA 3TXJA 1QSAA 1GXV2 4NHPA 4OWBA 1UIBA 3RNXA 5LYMA 3WU8A 5LAGA 1LJNA 1A2YC 1FN5A 1YAMA 1E8LA 1LZYA 4J1AA 2BQFA 2BQGA 4ETDA 5ILCA 1QDTA 2YBJA 1EQ4A 1GFKA 1GF6A 1LSNA 1WTNA 4HTNA 4NG1A 3TXBA 3WXTA 1LOZA 3P68A 4GN4A 4NHTA 1VATA 3P65A 5E4PA 193LA 1AM7A 1BB4A 4WLTA 1FDLY 5I54A 2EPEA 2MEAA 1D0KA 3CB7A 5FHWA 1F6SA 4WMGA 4OOTA 2DQIY 4CFPA 4IJ4A 1UA6Y 2D4KA 1JJ0A 4DT3A 1LSZA 1HFZA 2BLXA 1A4VA 1IWYA 1ZV5L 2Z39A 1D0LA 5JENB 1YQVY 1I20A 4H93A 1GPQC 4ETBA 5KXNA 3TMWA 1IO5A 1VEDA 2MEIA 4RW2A 3WU7A 1BQLY 1GFVA 1CJ6A 3TMVA 1VAUA 4ZFPA 3MGWA 1D6PA 3ZVQB 1B2KA 1GFUA 1ZVHL 1VFBC 1D9UA 4NHSA 1LJEA 4WM1A 5J7CA 1GB7A 5HLLA 1HFXA 1HENA 4DDAA 2ZIJA 3AZ4A 4DYGA 1IWXA 1REMA 3EMSA 2F2NA 4PRUA 5DL9A 2LHMA 5APCA 1VDTA 3TMUA 1PS5A 5LXWA 1DPWA 1GHLA 4UWNA 1YANA 5LAFA 5LYTA 1HSWA 2BQIA 3G3AB 4XJDA 1LZ1A 5LVKA 5KXPA 4CFOA 3W6AA 1LMCA 3TXIA 2G4NA 1LHHA 1DI5A 1QTKA 4TX7A 3RT5X 1C46A 1WTMA 1UC0A 1XGTC 2HU1A 2YBHA 1IWVA 1OUHA 1WQOA 2LZTA 3HFMY 4G4BA 2F4GA 9LYZA 2BQJA 1DKKA 4HTKA 1PZYA 1H87A 1CKFA 1GFTA 2CJLA 4WL6A 1MLCE 1B7PA 4MCKA 2D6BA 4DD0A 4YF2A 1JSFA 3KAMA 1LZRA 4YEOA 1LJ3A 4LT2A 3A96A 3CSZA 4NSGA 4H9FA 5HMVA 1CJ9A 4QDNA 4WM6A 1B5YA 1GBYA 4WLDA 5KXKA 4H9IA 1IOQA 1GB3A 3A8ZA 1BB6A 1UIGA 2HEBA 3BKHA 5HNCA 5L3IA 1OUIA 4RDSA 1GAYA 4NEBA 4H9HA 3A67Y 4XN6A 3WW6A 1FBIX 2BPUA 4M6DA 1HMLA 2FBBA 4B1AA 4NGLA 1CKDA 2AUBA 1UIFA 3B72A 1IOSA 1AT5A 4NHQA 1B5XA 5D5CA 4B0DA 1DXJA 1QSWA 2EIZC 4EMNA 5LINA 4LT1A 2F4AA 2D4JA 5B06A 5DN4A 2YSSC 5C6LA 1RI8B 4LYTA 7LYZA 1XFPL 1JJ1A 1JPOA 1YKZX 5LA5A 4TUNA 1TCYA 2ZIKA 4N0JA 4BS7A 4Z41A 1GFJA 2VB1A 1D6QA 4WM4A 1IC7Y 1ZVYB 4ETAA 5B59A 4LYMA 1LZBA 4NSHA 2A7FA 3FE0A 5KKJA 4YM8A 3M18B 1BWHA 1XEIA 1BB5A 4DD1A 4P2EA 1KXXA 2BQAA 4OOOA 4PRQA 1LMQA 1JISA 2DQHY 4HJVA 4BADA 1UICA 1IP3A 2HEAA 1YAQA 1XGQC 1QQYA 4HJZA 4Z3MA 4W96A 5APDA 4Z98A 1O23A 3AGGG 5IDDA 4G9SA 1DQJC 1LMTA 1KIRC 1GEVA 3N9AA 3TXKA 4LT0A 3TXDA 1NF5A 5KXWA 1CKGA 4RW1A 1Z55A 3AB6A 5KXXA 1W08A 2MEGA 5A3EA 1YKYX 1LHMA 3AW7A 2NWDX 2W1MA 4LFPA 4NIJA 1B7SA 1RJCB 4N9RA 3WMKA 1G7IC 4HPEA 1FLQA 1LSDA 5DM9A 2YVBA 2BQCA 3LYTA 2DQCY 1G7JC 2G4QA 3A93A 3ATNA 3QE8A 3QNGA 3W6EA 8LYZA 1DPXA 3B0KA 1F6RA 4PGJB 194LA 1EQ5A 4DDCA 1GAZA 2DQDY 1UCOA 2G4PA 1BWJA 4BAPA 1QUSA 3AZ6A 4HJYA 4UWUA 1RE2A 1GFAA 3W3EA 1XSFA 4CHXA 1ZMYL 2HECA 1VDPA 2F30A 4N8ZA 4OWHA 1JKDA 5C6JA 2ZNWY 2MEBA 3J4GA 1MELL 5AMYA 5LIOA 1JTPL 1GBXA 1N4FA 4CGEA 1INUA 2W1LA 1JJ3A 3J6KA 1UIEA 2Q0MX 3EBAB 1LZ5A 4OWCA 2CWIA 4YENA 5F16A 5HNLA 5KXZA 154LA 3GXKA 3WVYA 3B0IA 4QGZA 1VDSA 4WG1A 1B9OA 4L41A 4IASA 2MECA 1GE1A 1IY4A 4M4OA 1T3PA 4ETEA 5IHGA 1GFHA 1UACY 3W6FA 2LYZA 1LZ6A 1GF7A 2FYDA 5LVJA 1I56A 1GB2A 1B7LA 1C45A 1HFYA 4WM2A 3TMXA 5KXTA 5FEKA 5B07A 1LSFA 4CJ2A 3LYZA 2XBRA 1JUGA 2N5ZA 4XJHA 1WQMA 3WU9A 3VWOA 4NGWA 1F0WA 3CT1A 3B6LA 4XJBA 4NSIA 4XENA 3A6CY 3AZ5A 4RLNA 3TXGA 1DI3A 5EBHA 2LZ2A 1CNSA 1JEFA 5LVIA 3HBEX 4U3XB 1B7NA 4LT3A 1GF9A 3IJUA 4KXIA 5FSTA 3A6BY 1JKBA 1LYZA 2GV0A 2I6ZA 4TWSA 5KY1A 4LFXA 1UIHA 3AYQA 2LYOA 1B5VA 3E3DA 1IP7A 1LYSA 2H9KA 2Y8PA 4HP0A 4LYOA 4HPIA 4LZTA 4WLYA 5KXYA 5KJ9A 1LSMA 5E9RA 1BVXA 1GF3A 5A3ZA 2B5ZA 1C10A 3W6BA 1TAYA 1D0MA 1GF0A 1LJIA 1JSEA 3A94A 4H8ZA 6LYTA 5KXSA 1HEQA 4ML7A 1C43A 1QTEA 2WARA 4NSJA 1J1XY 1F10A 1IOTA 2X0AA 3T6UA 4WOAA 4ET8A 1B7MA 1LHLA 1XGRC 3M3UA 1V7SA 4GCDA 4O34A 1GDXA 1FKVA 2HEFA 5I4XA 1RCMA 4WM5A 4XJGA 1BB7A 1V7TA 5I4WA 1B5ZA 1HEOA 5M1YA 1LJHA 3HBHA 3AW6A 2HEEA 2XBSA 4W94A 6LYZA 1YAOA 1NKHA 1YROA 3P64A 3A91A 3RW8A 1HEMA 1LZAA 5II3A 3FI7A 2BLYA 3CSRA 1LSBA 1REYA 1JTTL 1H6MA 2ZQ3A 1REZA 3T36A 2EQLA 1HC0A 3ULRA 2A7DA 5KKIA 3ZVQA 2PC2A 1HMKA 3AJNA 3K3TA 4GN5C 4A7DA 1LKSA 1OUGA 1YILA 3AGHA 1GE4A 5B05A 2FYCA 2YBMA 1GE2A 1IIZA 2W1XA 4PHIA 1IWWA 4YEMA 1KXYA 1NQIA 5I5QA 2IHLA 3WUNA 1LAAA 4DDBA 1QUTA 1YL0X 1LSEA 2H5ZA 134LA 1FLUA 4GLAA 2ZQ4A 4Z46A 5B1FA 3TXHA 1OUDA 2HEDA 1SQ2L 1OUEA 1HELA 2BQHA 4H94A 2DQEY 4YOPA 4B4EA 5DLAA 1LYYA 1WQPA 4DD3A 5LYZA 1LTMA 2MEDA 4OWEA 3WH1A 4NGVA 5I53A 1QIOA 1TDYA 2LYMA 1G7MC 3WPKA 5T3FA 4H8YA 3EO5A 4NGIA 3WYHA 2ZILA 4GCEA 4KT3A 4XADA 2C8PA 5I4YA 1LZSA 4AGAA 4KPMA 1I1ZA 2DQAA 1GFGA 3TXFA 4H90A 5F9XA 5L3HA 1NWGA 2W1YA 3ATOA 3OK0A 4ZIXA 4PPOA 3AGIA 4H9EA 5KXOA 1OUJA 3IWRA 5KXLA 1REXA 4QY9A 1IP4A 1OQMA 4G49A 1WVVA 4WM3A 1GE3A 2YBNA 4ZEEA 5KXRA 1LZ4A 2Z2FA 3P4ZA 3CT0A 1GBSA 3RZ4A 5LA8A 3HBDA 1LHIA 4GLVA 3A3QA 4H8XA 5L9JA 1LJKA 1GBZA 2BQEA 1XGUC 1G7LC 5APFA 1LSGA 1LJFA 4ET9A 1HNLA 1OUAA 4H9AA 135LA 1QDRA 2MEFA 2Z37A 3LYMA 1YL1X 1BGIA 1IP6A 1JWRA 1GWDA 1GF5A 2Z38A 1LCNA 1CKCA 1LHJA 3B0OA 3WW5A 3W6CA 1LSCA 4TSCA 4MR1A 5APEA 1YKXX 1LJ4A 1XEKA 2BAAA 3IJVA 1J1OY 4HTQA 1YAPA 1SLYA 1XGPC 1IEEA 1UBZA 208LA 2IFFY 1LMOA 2YBLA 2ZYPA 4GCCA 4NFVA 1HEWA 1HERA 2I25L 1LMNA 4XJIA 5DN5A 5B1GA 4H9BA 3ZEKA 1GBWA 2XTHA 1VDQA 1IP1A 4WO9A 3RU5A 3LYOA 1C7PA 4NY5A 3OJPA 4H1PA 2DBTA 4C5FA 1GB6A 1NMMA 1UIAA 4FDYA 4WO6A 1WQRA 4DD9A 4DD7A 2DQGY 2Z12A 2C8OA 1LJJA 1LMAA 4TSBA 1IWZA 1IX0A 5LVHA 4LYBA 4J7VA 4NGJA 3W6DA 4WLXA 4H9CA 4DC4A 1B5UA 133LA 1JIYA 4GCFA 3G3BB 1GE0A 2BQLA 3A92A 1GFEA 4RLMA 4WL7A 2DKVA 1GDWA 3D3DA 1BVKC 153LA 4DD2A 4B4JA 5F14A 1GB0A 1FLYA 4H91A 1LSPA 4TTDA 5KXMA 1B5WA 1CJ7A 4DWXA 207LA 1IP5A 1LZDA 2ZYCA 5F81A 1JHLA 1GXXA 1FKQA 1ALCA 2RSCA 4NWEA 1HEPA 2YBIA 1WVUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3V2WA 142LA 4I7NA 1SX2A 3N9CA 3WUAA 2OE9X 258LA 1BB3A 1DYEA 1L24A 3SB6A 137LA 4ANRA 2DQJY 1IVMA 1L83A 2BQBA 1KXWA 5K7OA 2YDGA 3WXUA 4HV2A 148LE 4EKSA 1CJ8A 3CDTA 1IR7A 3CT5A 1DI4A 4IATA 5F9UA 172LA 2O79A 4C3WA 4PJ2C 2ZWBA 3N9EA 1AZFA 119LA 3WUMA 1IC5Y 4NGKA 1QTVA 3SP3A 1FLWA 1C64A 191LA 1OYUA 1GF4A 5C6IA 5FDJA 5LVGA 1C6TA 144LA 1DYAA 2D4IA 2ZNXY 4I0CA 1NHEA 1LZEA 1L17A 1LYJA 261LA 1L00A 1XJUA 1TBYA 1GBOA 3ODUA 1GB5A 1DZBX 1L20A 3CSQA 223LA 176LA 1C69A 1JTOL 1W6ZA 1BHZA 1IORA 1L53A 1CX7A 1GXV2 1L35A 4OWBA 2RBQA 1UIBA 3RNXA 5LAGA 1YAMA 1E8LA 1CU3A 2BQGA 4ETDA 1L73A 2RBOA 2YBJA 1GF6A 3GULA 1LGXA 5E4PA 4WLTA 1L0JA 3CB7A 5FHWA 1UA6Y 1C62A 115LA 1A4VA 1OVKA 1D0LA 1YQVY 1I20A 1GPQC 3TMWA 1IO5A 3RZEA 3WU7A 1DYFA 1GFVA 222LA 1LJEA 5HLLA 236LA 1L48A 2RBNA 1DPWA 1L57A 5LVKA 209LA 1L80A 1CV4A 2G4NA 125LA 1XGTC 2HU1A 2YBHA 1IWVA 2BQJA 1L74A 239LA 1CKFA 1GFTA 4WL6A 178LA 1B7PA 3KAMA 175LA 3CSZA 113LA 1CJ9A 4QDNA 1XJTA 1ZYTA 4NEBA 4H9HA 3UONA 5L3IA 3B72A 4B0DA 1UIFA 3G3VA 4NHQA 3DN2A 2EIZC 1QSWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3P66 A;  1LZG A;  3F6Z A;  3GXR A;  2HTX A;  4NG8 A;  1BWI A;  4NHI A;  3N9C A;  2CGI A;  1TEW A;  1NBY C;  1NDG C;  3WUA A;  4UWV A;  4J1B A;  4G4C A;  1EQE A;  3LZT A;  1B0D A;  1CKH A;  1LHK A;  5ILF A;  1BB3 A;  1OUF A;  1LZ8 A;  1LZN A;  1IP2 A;  4N1E I;  2HUB A;  2DQF C;  4B49 A;  4ANR A;  1IC4 Y;  4II8 A;  4LYZ A;  1DKJ A;  1LJG A;  4E3U A;  2DQJ Y;  4NWH A;  4XJF A;  1IR8 A;  4OWA A;  2Z2E A;  1IVM A;  2BQB A;  2XJW A;  1KXW A;  1LYO A;  1P2C C;  5K7O A;  2YDG A;  4I8S A;  3WXU A;  2BQM A;  2Z19 A;  2EKS C;  2Z18 A;  4B4I A;  1WQQ A;  4H92 A;  1EL1 A;  5HMJ A;  4HV2 A;  1JIT A;  2MEE A;  3LN2 A;  1NBZ C;  1C08 C;  1CJ8 A;  1IR7 A;  1OUC A;  4HSF A;  1HF4 A;  3D9A C;  1GB8 A;  2BQK A;  1HSX A;  1T6V L;  3CT5 A;  4NGY A;  1LZC A;  4OW1 A;  1AT6 A;  1LZ9 A;  1OUB A;  3A90 A;  3TXE A;  3WL2 A;  4BAF A;  1IWT A;  1DI4 A;  4IAT A;  1IWU A;  5F9U A;  4LYC A;  4C3W A;  4PJ2 C;  2I26 L;  2ZWB A;  3N9E A;  2CDS A;  1GEZ A;  1AZF A;  4AXT A;  1J1P Y;  5IEL A;  3WUM A;  1IC5 Y;  3A3R X;  1AKI A; 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 5LA8 A;  3HBD A;  1LHI A;  4GLV A;  3A3Q A;  4H8X A;  5L9J A;  1LJK A;  1GBZ A;  2BQE A;  1XGU C;  1G7L C;  5APF A;  1LSG A;  1LJF A;  4ET9 A;  1HNL A;  1OUA A;  4H9A A;  135L A;  1QDR A;  2MEF A;  2Z37 A;  3LYM A;  1YL1 X;  1BGI A;  1IP6 A;  1JWR A;  1GWD A;  1GF5 A;  2Z38 A;  1LCN A;  1CKC A;  1LHJ A;  3B0O A;  3WW5 A;  3W6C A;  1LSC A;  4TSC A;  4MR1 A;  5APE A;  1YKX X;  1LJ4 A;  1XEK A;  2BAA A;  3IJV A;  1J1O Y;  4HTQ A;  1YAP A;  1SLY A;  1XGP C;  1IEE A;  1UBZ A;  208L A;  2IFF Y;  1LMO A;  2YBL A;  2ZYP A;  4GCC A;  4NFV A;  1HEW A;  1HER A;  2I25 L;  1LMN A;  4XJI A;  5DN5 A;  5B1G A;  4H9B A;  3ZEK A;  1GBW A;  2XTH A;  1VDQ A;  1IP1 A;  4WO9 A;  3RU5 A;  3LYO A;  1C7P A;  4NY5 A;  3OJP A;  4H1P A;  2DBT A;  4C5F A;  1GB6 A;  1NMM A;  1UIA A;  4FDY A;  4WO6 A;  1WQR A;  4DD9 A;  4DD7 A;  2DQG Y;  2Z12 A;  2C8O A;  1LJJ A;  1LMA A;  4TSB A;  1IWZ A;  1IX0 A;  5LVH A;  4LYB A;  4J7V A;  4NGJ A;  3W6D A;  4WLX A;  4H9C A;  4DC4 A;  1B5U A;  133L A;  1JIY A;  4GCF A;  3G3B B;  1GE0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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