1LWGA

Multiple methionine substitutions are tolerated in t4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKMKPMYDSMDAVRRAAMINMVFQMGETGMAGFTNSMRMMQQKRWDEAAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Multiple methionine substitutions are tolerated in T4 lysozyme and have coupled effects on folding and stability.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lwgA00
4ARMB 255LA 1L67A 187LA 4YXAC 3F8VA 4ARMA 2RBQA 4GRVA 1L46A 1D9WA 1DYBA 1OYUA 2B6XA 1L99A 1C64A 2F47A 4I7OA 1SWZA 5LZMA 3HU9A 1KNIA 4I7SA 1CV0A 1CUQA 1L10A 236LA 4PK0A 212LA 159LA 1L81A 1L69A 1L07A 3GUPA 222LA 3C8SA 157LA 249LA 3GUNA 2O4WA 1L0KA 2RBRA 174LA 1G06A 1OVJA 1C6KA 230LA 138LA 1G1WA 1L24A 146LA 241LA 3ODUA 1I6SA 1CV6A 2B6TA 1L01A 4EPIA 1L96A 1QT7A 3DN1A 1P2RA 3VW7A 167LA 3SBBC 3HUAA 1CU2A 4ZPUA 3FADA 2B6ZA 3DN3A 4W55A 4EKQA 1L91A 1OV5A 1L58A 4ARQB 215LA 2Q9EA 4ARQA 229LA 1C63A 3GUOA 239LA 214LA 1C62A 248LA 3F9LA 139LA 1LW9A 1PQKA 165LA 1L16A 189LA 3DN8A 3SB9A 4I7RA 1C67A 2OTZX 3HT6A 1L59A 143LA 1CU5A 3FA0A 4W59A 1T8AA 1C69A 1L49A 1P2LA 128LA 1T8GA 1L45A 4I7QA 1L28A 232LA 140LA 2OE9X 198LA 1L26A 1DYAA 3GUIA 1L63A 1C6IA 213LA 1L31A 1C65A 190LA 1LYFA 1SX2A 4ARLA 2RH1A 2RBSA 2RB2X 3NY9A 1G0GA 2B70A 4W57A 4DKLA 3HT9A 1XEPA 245LA 2B73A 2NTGA 3D4SA 1L42A 4PJZA 206LA 4W53A 1L62A 1L90A 244LA 3DMXA 1WTHA 1LYJA 1LYDA 1QS5A 1LPYA 223LA 197LA 1L0JA 4EPFA 1QS9A 152LA 1L73A 1L19A 1QTZA 192LA 1L85A 115LA 1L18A 2RAYX 1DYGA 1L60A 1DYEA 1G1VA 1CVKA 2CUUA 3C83A 104LA 224LA 171LA 2HUMA 3C7WA 1L70A 147LA 163LA 1L56A 4YX7C 195LA 1L61A 1L02A 1L12A 1D3MA 108LA 1L93A 1D2WA 123LA 3DKEX 1QT6A 1KY0A 3DN0A 1SWYA 219LA 1P37A 251LA 2B6WA 1SX7A 1L48A 120LA 1LI6A 1L25A 1L14A 1TLAA 3K2RA 1PQDA 243LA 1LYGA 1LGUA 137LA 1L00A 4I7MA 4I7PA 1CX7A 149LA 161LA 3C8RA 2RAZX 1KW7A 3EMLA 151LA 4EJ4A 1L39A 172LA 1L17A 177LA 1L86A 1PQJA 3HTFA 1L66A 111LA 4S0WA 1L27A 4I7LA 259LA 3V2YA 1L47A 4I7TA 1L41A 4I7NA 110LA 1SSWA 1L77A 2LCBA 4ARJA 1PQIA 175LA 144LA 168LA 250LA 2L78A 188LA 1CX6A 4YXCA 1C6QA 1KS3A 3DN6A 1L55A 1QUHA 4EKRA 3HTGA 158LA 1CU3A 1PQMA 1P46A 2LZMA 1L89A 4IAPA 6LZMA 3OE8A 2ANVA 1OVKA 155LA 3DMZA 246LA 1L64A 1G0JA 1QT4A 3HUQA 217LA 2RB1X 181LA 4LDLA 1C6NA 4EXMA 2F32A 237LA 256LA 2RB0X 2QARC 1T8FA 4GBRB 1L51A 1DYFA 2F2QA 1QTVA 4ARPA 3G3VA 166LA 3C81A 1L13A 170LA 1D3FA 1DYDA 1L30A 196LA 1QSQA 216LA 1P5CA 3SBAA 2O7AA 3HWLA 1ZWNA 1EPYA 1L29A 1L53A 1L75A 1L44A 1LI3A 221LA 3SB8A 3RZEA 3NYAA 238LA 3C82A 112LA 3HTDA 3G3XA 3CDTA 3UONA 242LA 2B7XA 2Q9DA 122LA 234LA 1L98A 1L38A 1L33A 3SB7A 1L65A 2A4TA 1L20A 1L71A 126LA 2NTHA 1QSBA 1C6HA 2OE7X 4LZMA 4W54A 1L06A 3GUMA 2RBOA 2B72A 1C6EA 227LA 118LA 1L74A 3C8QA 4I7KA 4W58A 3V2WA 148LE 1JQUA 1QT3A 1QUGA 1L92A 182LA 4DAJA 3DNAA 1L57A 1C6GA 3CDQA 1L76A 2ANXA 3QAKA 180LA 1L50A 3HH4A 145LA 1LI2A 2OU9A 7LZMA 1D3JA 2B6YA 1C6AA 1T97A 1OV7A 1P3NA 258LA 261LA 1CU6A 1QTHA 1PQOA 1G0MA 2OEAX 1C6DA 1CTWA 1L72A 2B74A 3HDEA 1LYEA 3GUJA 1D3NA 3CDVA 1QUDA 1L22A 1CU0A 1KW5A 156LA 3HTBA 2OU8A 185LA 1G07A 3HT8A 1ZYTA 1CUPA 1LGWA 1XJTA 186LA 1L68A 1L11A 199LA 4LDEA 1OWYA 183LA 2HUKA 2LC9A 1C6CA 3DN2A 169LA 1QUOA 129LA 1CV3A 2IGCA 1L88A 1P6YA 1LYIA 4I7JA 164LA 162LA 1SSYA 1L54A 225LA 3SB6A 1C6BA 3DMVA 1P56A 1LWGA 1JTMA 240LA 1L40A 4W52A 1LWKA 247LA 1P36A 201LA 3GULA 1LGXA 233LA 2OE4X 3HU8A 3L64A 257LA 2B75A 1OWZA 4K5YA 231LA 3LZMA 3C7YA 260LA 1QTDA 1L37A 1C6PA 2Z6BA 3RUNA 1L82A 1P64A 1L36A 1QT8A 2O79A 173LA 253LA 4W56A 1D2YA 1L97A 1LYHA 1L79A 1QT5A 109LA 4EKSA 228LA 107LA 218LA 1L04A 4AQNA 3HUKA 1ZURA 200LA 1L05A 3CDRA 3DN4A 142LA 1C68A 176LA 2OTYX 1K28A 4EKPA 1C6TA 1CV5A 3C80A 1C60A 3HH6A 1C6LA 125LA 3SB5A 3CDOA 205LA 1L23A 1L34A 3FI5A 130LA 1G0QA 1QTCA 3NY8A 4W51A 113LA 1L87A 191LA 1C61A 3HDFA 114LA 1NHBA 3HH3A 1L43A 1L52A 254LA 1L32A 1C6JA 226LA 262LA 4OO9A 209LA 1XJUA 4DJHA 211LA 184LA 1G0KA 220LA 3OE9A 1CV1A 119LA 1LLHA 2RBNA 1DYCA 1KY1A 3OE6A 1JTNA 3PBLA 178LA 5I14A 1CV4A 1QTBA 1T6HA 3L2XA 1G0PA 1L08A 3JR6A 1C6MA 235LA 4E97A 2QB0B 102LA 160LA 1G0LA 3HH5A 1L03A 1L15A 1L21A 127LA 1B6IA 1L35A 141LA 3OE0A 1C6FA 1L95A 1L94A 1OVHA 1L83A 150LA 210LA 4LDOA 2OU0X 1P7SA 2HULA 3G3WA 2RBPA 3PDSA 3GUKA 1L84A 3HT7A 3SN6R 103LA 1L09A 3C7ZA 131LA 252LA 1L80A 1C66A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ARMB 187LA 5HQ1A 3P66A 194LA 1L46A 1B5YA 1D9WA 1OYUA 2BQKA 3TMVA 1L99A 1C64A 1GEVA 5LZMA 5L3IA 3HU9A 1KNIA 1CUQA 1L10A 4NHQA 4PK0A 4DD3A 3LZTA 212LA 1XGTC 2CDSA 3GUNA 1ZVHL 2ZIKA 5DL9A 1C6KA 3QY4A 1WQRA 1L24A 1IY4A 1GF4A 241LA 1I6SA 2B6TA 1YL0X 3VW7A 1DXJA 5KXKA 4EKQA 2EIZC 2Z39A 1GAZA 3W6AA 4HPEA 3CB7A 214LA 1D0KA 1JTOL 1GF3A 1BQLY 3RT5X 3FE0A 189LA 4I7RA 2OTZX 1L59A 143LA 3VWOA 1P2LA 4AXTA 4I7QA 2OE9X 1IP1A 4PHIA 198LA 1L26A 3WUAA 3GUIA 4ET9A 3GXKA 213LA 1L31A 1C65A 4DD0A 2B70A 4W57A 4DKLA 3LYMA 2MEAA 2B73A 3AGGG 4W53A 4PJZA 1NKHA 1WQQA 4NHIA 1YL1X 2FYDA 1YAQA 2EKSC 4LFPA 1LZNA 4NEBA 4H9BA 2Y8PA 4XJBA 4EPFA 5DLAA 115LA 1GBSA 1IWTA 1KXXA 1WQNA 1DYGA 1LJEA 4OW1A 1IP4A 2BLYA 163LA 1GWDA 195LA 1ALCA 1D3MA 4IJ4A 108LA 1DPWA 1D2WA 123LA 3P68A 1G7JC 4XADA 3TMUA 2ZYCA 5B06A 1TLAA 3WPJA 1PZYA 4ZIXA 137LA 3C8RA 4BADA 2N5ZA 2X0AA 4PJ2C 177LA 3G3BB 1L66A 1L27A 3BKHA 259LA 3V2YA 2MEIA 1L41A 3P64A 4I7NA 4LT1A 4BAFA 1PQIA 175LA 144LA 5LIOA 1LHMA 3M3UA 1UIBA 1KS3A 1L55A 1A2YC 2EQLA 158LA 1CU3A 1UIFA 2BQLA 3AB6A 1FBIX 1HEMA 3AZ4A 3WVYA 1GBWA 2LZMA 4IAPA 6LZMA 1OVKA 1TCYA 1QT4A 1B7RA 3HBHA 1LSDA 2RB1X 181LA 1C6NA 4EXMA 5I4XA 4YEOA 4NWEA 2XBSA 1GFHA 1T8FA 5A3EA 1CJ7A 3ATNA 4NFVA 3A96A 2FBDA 5KXTA 3RZ4A 1LMOA 1LHJA 1YILA 5LA8A 1F0WA 1OUEA 3QNGA 3HWLA 1EPYA 3WUMA 1L75A 2HECA 1XSFA 1J1PY 3RZEA 3AJNA 3G3XA 2XBRA 3CDTA 2B7XA 2Q9DA 6LYZA 4NGWA 1B7MA 3HFMY 2A4TA 3A3QA 1AT5A 4H9IA 3GUMA 3T36A 2B72A 1VDQA 4KPMA 1A4VA 1YKXX 227LA 3WXUA 118LA 1L74A 4I7KA 3WU8A 4GN3A 1HHLA 1JQUA 1LJ3A 1OUJA 2MEEA 1QT3A 2DQFC 2EPEA 1L92A 4DAJA 4H1PA 3QAKA 3LHMA 4KL7A 180LA 3TXEA 1L50A 1LKSA 1LZ4A 3LYTA 1D3JA 5KXOA 3IJVA 1HELA 1P3NA 5LYZA 1UUZC 1QTHA 1PQOA 1UIEA 2OEAX 2BQBA 1GB3A 3B6LA 3F6ZA 3CDVA 2OU8A 185LA 1B7NA 1LGWA 186LA 4XENA 4J1BA 1L11A 2G4NA 1LKRA 3TMWA 1IWXA 5LVGA 1DQJC 1YANA 4H8ZA 4WOAA 2LC9A 1QUOA 1L88A 1P6YA 2CGIA 3DMVA 1NF5A 1AM7A 4WM6A 1IC5Y 1OUCA 4GLVA 4W52A 4GCBA 3WU7A 4RW2A 1LGXA 2HU1A 5F14A 1AKIA 3IWRA 1HEWA 1LZ1A 1LTMA 1QTDA 5T3FA 3RUNA 1L82A 1P64A 1QT8A 2O79A 1L97A 1LYHA 1IY3A 4EKSA 4NHTA 5JENB 1L04A 3HUKA 1IX0A 4IASA 1LZBA 2Z2FA 176LA 4ML7A 1BWHA 4EKPA 3TXFA 1GFUA 4XJDA 1C6TA 4RLNA 2BQNA 1C6LA 1D0MA 3CDOA 1G0QA 3N9AA 113LA 191LA 2XQOA 114LA 4QEQA 2BQGA 1GF9A 2DQJY 4DWXA 1GFRA 209LA 1GBYA 1LJHA 1O23A 1LLHA 3CQLA 3E3DA 4U3XB 3ZVQB 5I14A 2Z18A 1QTBA 2MECA 3A6CY 1L08A 3JR6A 1C6MA 1CKHA 1G0LA 3HH5A 1L21A 1LZYA 127LA 1JJ3A 4H9HA 9LYZA 3OE0A 1LYSA 1L95A 1L94A 1HFZA 1OVHA 2I25L 4ETAA 5FELA 1LSGA 1BB7A 1GF5A 4M4OA 4LT2A 1F10A 1JIYA 3G3WA 2RBPA 1NHEA 5D5CA 1UIHA 5AMYA 5FSTA 5L9JA 4KT3A 1CKFA 1L09A 131LA 1IWZA 3WW6A 3ATOA 1C66A 2DQEY 4WLDA 1L67A 1JWRA 1UIDA 2W1XA 1GB0A 1RFPA 1IP7A 1LZ6A 1LJNA 4YXAC 1EQEA 5C6IA 1LHLA 2RBQA 3A91A 1GFEA 3FI7A 3W6CA 3P4ZA 5KJ9A 3LYOA 5D5FA 4I7OA 1LAAA 3LZ2A 236LA 1LZ8A 159LA 3GUPA 3C8SA 1UA6Y 2GV0A 1I56A 174LA 230LA 4X3BA 1GE0A 146LA 1LJJA 1T6VL 4LT0A 4GCFA 1CV6A 5HMVA 1JJ1A 1L01A 4EPIA 3DN1A 4Z98A 4TSCA 167LA 1IOCA 3SBBC 1B7SA 1CU2A 1XEKA 1YKZX 1OV5A 4WO6A 4YM8A 4ETCA 1LZEA 4G4HA 3GUOA 4NGLA 134LA 1C62A 2W1LA 2BPUA 139LA 1PQKA 165LA 1LHKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ARM B;  187L A;  5HQ1 A;  3P66 A;  194L A;  1L46 A;  1B5Y A;  1D9W A;  1OYU A;  2BQK A;  3TMV A;  1L99 A;  1C64 A;  1GEV A;  5LZM A;  5L3I A;  3HU9 A;  1KNI A;  1CUQ A;  1L10 A;  4NHQ A;  4PK0 A;  4DD3 A;  3LZT A;  212L A;  1XGT C;  2CDS A;  3GUN A;  1ZVH L;  2ZIK A;  5DL9 A;  1C6K A;  3QY4 A;  1WQR A;  1L24 A;  1IY4 A;  1GF4 A;  241L A;  1I6S A;  2B6T A;  1YL0 X;  3VW7 A;  1DXJ A;  5KXK A;  4EKQ A;  2EIZ C;  2Z39 A;  1GAZ A;  3W6A A;  4HPE A;  3CB7 A;  214L A;  1D0K A;  1JTO L;  1GF3 A;  1BQL Y;  3RT5 X;  3FE0 A;  189L A;  4I7R A;  2OTZ X;  1L59 A;  143L A;  3VWO A;  1P2L A;  4AXT A;  4I7Q A;  2OE9 X;  1IP1 A;  4PHI A;  198L A;  1L26 A;  3WUA A;  3GUI A;  4ET9 A;  3GXK A;  213L A;  1L31 A;  1C65 A;  4DD0 A;  2B70 A;  4W57 A;  4DKL A;  3LYM A;  2MEA A;  2B73 A;  3AGG G;  4W53 A;  4PJZ A;  1NKH A;  1WQQ A;  4NHI A;  1YL1 X;  2FYD A;  1YAQ A;  2EKS C;  4LFP A;  1LZN A;  4NEB A;  4H9B A;  2Y8P A;  4XJB A;  4EPF A;  5DLA A;  115L A;  1GBS A;  1IWT A;  1KXX A;  1WQN A;  1DYG A;  1LJE A;  4OW1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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