1LJ4A

Crystal structure of monoclinic lysozyme grown at ph 4.6
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Effect of stabilizing additives on the structure and hydration of proteins: a study involving monoclinic lysozyme.
pubmed doi rcsb
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2002-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1lj4A00
4Z98A 4H93A 3LYZA 1TAYA 3G3AB 1BVKC 3TXGA 8LYZA 2DBTA 1HEPA 4ETEA 1NKHA 1UIFA 4OOOA 1LZSA 1LZRA 2G4NA 4CFOA 5JENB 1GB6A 5AMYA 1LJJA 3ZEKA 1ZVHL 1MELL 3TXEA 2YBIA 2G4QA 2Z18A 5I53A 1GFVA 4PPOA 1MLCE 4MCKA 2HEBA 1A4VA 1G7JC 2BQGA 1GE1A 2ZILA 4G49A 2W1YA 3A91A 1B5YA 3WH1A 1OUJA 1GFEA 4G4BA 3W6EA 1F6RA 1DKJA 1NBZC 2GV0A 3AGIA 1BVXA 3CT5A 1GHLA 2XBRA 4DD7A 1GB5A 3WXUA 4DDBA 1VEDA 5F81A 4H8YA 4NSGA 4NWEA 2YVBA 5DL9A 1WQMA 1FKVA 1XEIA 3M18B 3QNGA 4GLVA 5F16A 1UUZC 5LA5A 1REZA 4LYTA 4RDSA 1GE3A 1HSXA 3CSZA 1LJHA 1HEQA 3WVYA 1LJ3A 1LAAA 1HSWA 5D5FA 4B0DA 4EOFA 1LSBA 5KXPA 4XYYA 1JUGA 3WXTA 3B6LA 5HLLA 3OK0A 1UIEA 1WQPA 1XGPC 3P68A 5B05A 2D4KA 3W6AA 5LVJA 1IC4Y 1HC0A 2BQLA 2MEFA 1H87A 4Z3MA 1GFHA 1IR9A 1HF4A 9LYZA 2BQCA 1CJ8A 2A7DA 1IY4A 3N9CA 3CSQA 1EQEA 193LA 3HFMY 4WG7A 2IHLA 3CT1A 2I25L 4H94A 4PHIA 3P66A 3ZVQA 3LHMA 5LYZA 1SQ2L 4OWEA 2LZ2A 1REMA 3TXHA 3AW6A 1J1XY 3A6BY 4DC4A 2ZIKA 1XSFA 4NWHA 4H9IA 4G9SA 1JKBA 5A3EA 4WOAA 1QUSA 4NHIA 3FI7A 5IELA 1FLYA 5KXTA 1IP2A 1LZNA 2LHMA 154LA 5KXLA 1IOQA 1IWUA 1DI5A 1GBOA 1GF5A 1LMQA 1B7RA 4NSHA 1LZDA 4J1AA 1P2CC 2DKVA 4XJFA 4GN3A 4YEOA 2ZNWY 2F2NA 3ULRA 4CJ2A 3WU9A 1B7PA 3W3EA 2BQMA 1B7QA 3J6KA 1LHKA 2C8PA 3T6UA 2FYCA 5E4PA 3WU7A 3WW6A 1LMNA 4ETDA 1VDQA 2BQJA 1LZTA 4H8ZA 4HTNA 1LMAA 1LSGA 4NGWA 5KXOA 1AZFA 1LMOA 1OUBA 2EKSC 1HHLA 4LYBA 3WL2A 4I0CA 3M3UA 2HUBA 5APDA 1UACY 1GB7A 4NG1A 1GDXA 3FE0A 5KXZA 135LA 1CKDA 1J1PY 2MEEA 3B0IA 4NGOA 4B4JA 2MEIA 4J1BA 4XADA 1YROA 4H9EA 4IATA 153LA 3WULA 4ETAA 2BQNA 208LA 1C10A 1QSAA 3B0KA 5HNCA 3RZ4A 3TXFA 5FDJA 1GB0A 3A8ZA 4RLNA 4N8ZA 1XGTC 1FN5A 5C6LA 2BLXA 4II8A 1HELA 3P64A 4W94A 4WO9A 4H9BA 1JKCA 1BWHA 4NGLA 1NWGA 3A3RX 1IWZA 1IVMA 1V7TA 2HEAA 4NGZA 4XJHA 4NGVA 5I54A 1IR8A 4NEBA 4DD9A 3GXRA 4XJIA 2ZWBA 1C7PA 1GFAA 3AZ7A 1DPWA 2HU1A 1NBYC 3A6CY 1DQJC 1JISA 1C43A 1ZVYB 1G7HC 2Z37A 2H9JA 4BS7A 5LVIA 2Z2FA 1VATA 4CFPA 2YBNA 5LAFA 1LZEA 5FSTA 4HSFA 1GF8A 3TMXA 4OWAA 1GB8A 2MECA 5A3ZA 3HBEX 1YL1X 4NHQA 3W6BA 3SP3A 5KXKA 5KXRA 1GD6A 1OQMA 1LSEA 1GAYA 4WL6A 4E3UA 3CSRA 194LA 2D4JA 1KXYA 3WUNA 5LXWA 4DD3A 2D91A 1HERA 4IASA 2ZYPA 4O34A 1JKAA 1HNLA 1LMPA 3IWRA 3LYTA 1SLYA 1HMLA 5ILCA 5B07A 1JITA 4OOTA 2HEDA 2W1MA 4YENA 1GXXA 4KL7A 4TTDA 1NMMA 1FLQA 1OUHA 4KXIA 5L3HA 5I5QA 1GB9A 2BLYA 4N1CC 1IP4A 4M4OA 1IY3A 1LZ6A 4DWXA 4ZIXA 1F0WA 1JKDA 1LJFA 1RCMA 2YDGA 1JEFA 3EBAB 3B72A 4U3XB 4H9FA 3A96A 1BB5A 5B59A 3TXBA 1I1ZA 1N4FA 3F6ZA 4TSCA 1IR7A 4XJGA 1IOTA 3HBHA 1WVVA 5B06A 1H6MA 4KPMA 4N9RA 4WLDA 4GLAA 4DD1A 1LMCA 4I8SA 4IJ4A 4NGJA 3MGWA 1YAPA 6LYTA 1IC5Y 1C46A 3P4ZA 1CNSA 4LZTA 1GB3A 4YF2A 4LT1A 4OW1A 1D0KA 4GN4A 4WM3A 5E9RA 2HEFA 2CJLA 1UIAA 1B5ZA 5APEA 1LYZA 1UIDA 3WPKA 1WQOA 1HEOA 1LYSA 3A3QA 1YAOA 1KXXA 3IJUA 4MR1A 1VDTA 1KIPC 1LZGA 1LHMA 2DQHY 5LVHA 4XJBA 5KKJA 1LPIA 1LJKA 4A7DA 1E8LA 4G4CA 1TBYA 1AT5A 1XGUC 5LAGA 1LJEA 5L3IA 1WTMA 1YILA 3RNXA 1I56A 1OUIA 2BAAA 4XENA 1XFPL 5FELA 1G7IC 1QQYA 1DKKA 1KIQC 2LYOA 5HMVA 3HBDA 1LJIA 1GF0A 2D6BA 1UICA 3LZTA 4CHXA 4J0LA 3W6CA 1VDSA 1LMTA 1JSFA 4NGIA 1GDWA 4FDYA 132LA 1W08A 1JTOL 4LGKA 3EO5A 5FEKA 2B5ZA 1DZBX 134LA 1NQIA 1ZMYL 5LIOA 5APCA 4B4EA 5DN5A 1QTEA 3AGHA 1GF4A 1QUTA 1DI3A 3A94A 1JJ1A 1YAMA 1XGQC 1D0LA 2G4PA 1LTMA 3AW7A 2BQKA 1LSZA 3ZVQB 4NY5A 4EMNA 1GFRA 1OUGA 4HPEA 1UC0A 5DLAA 1FLUA 1LCNA 4ETBA 5HMJA 1IEEA 4NFVA 1IOSA 5B1FA 1UIGA 2F4AA 1B2KA 4H8XA 4WMGA 5F14A 5C6IA 4BAPA 3TXJA 1D9UA 2FYDA 1QDTA 1YKXX 1IORA 2D4IA 1REYA 2VB1A 3G3BB 4TSBA 4DD2A 2Q0MX 5KXMA 1D6QA 4GCFA 4PRUA 4YOPA 4WM2A 1LJNA 3A92A 3CB7A 1ZV5L 1JIYA 3T36A 1GFGA 1LZ1A 1LOZA 1IP7A 2DQFC 1GEZA 1GBSA 2DQAA 1UIBA 1LZ5A 4GCBA 3RT5X 3TMUA 3K3TA 4OWBA 3A67Y 3AZ5A 2H5ZA 4XJDA 1JJ3A 2YSSC 2Z2EA 5D5CA 1F6SA 3WYHA 4HTKA 4J7VA 1TDYA 2HECA 4AGAA 5HQ1A 1WVUA 1GE0A 1UIHA 2EIZC 4RW2A 5J7CA 1B5UA 1LSFA 3WU8A 1GF3A 1IOCA 1G7MC 1LSNA 3BKHA 4HTQA 3N9EA 1BHZA 1CKCA 1B7MA 4C3WA 1XEKA 1VAUA 4PJ2C 4H9AA 4WM5A 1HFZA 3AYQA 5KXSA 1GF7A 5APFA 1JHLA 5DN4A 1IWYA 2HU3A 1GB2A 1GE4A 2BQOA 2XTHA 1UCOA 1GF9A 4H9CA 5M1YA 4ET9A 2Z38A 1D6PA 3EMSA 2ZQ4A 2W1XA 1A2YC 3P65A 2YBJA 1HMKA 1TEWA 2EPEA 4H1PA 1JPOA 1LZ8A 1INUA 4B4IA 3OJPA 4G4HA 2Z19A 4H90A 4WM4A 4DYGA 1GXV2 4QY9A 1JJ0A 2BQIA 1C08C 1NDMC 1WQRA 2WARA 4H91A 4N5RA 3TXIA 4DDAA 5KXWA 3WPLA 2CWIA 5IDDA 3AGGG 1CJ9A 1XEJA 1AT6A 4MSTA 5LVGA 1HFYA 2FBDA 2BQEA 1B7NA 4QGZA 1EQ5A 1T3PA 1LHLA 2LZTA 2A7FA 2MEBA 2RSCA 3LZ2A 4OWCA 4QDNA 4N0JA 7LYZA 1IX0A 5L9JA 4OWHA 2X0AA 1LSAA 4XN6A 2AUBA 1HEWA 4LFXA 4NHPA 4YM8A 1FDLY 1GPQC 1LKRA 4PRQA 2BPUA 1NHEA 1B5VA 4L41A 2ZYCA 1GFKA 4AXTA 4GCCA 1RI8B 1QIOA 1HFXA 4C5FA 2H9KA 1GF6A 4WG1A 4ETCA 1O23A 4ML7A 5FHWA 1GFUA 1LHIA 5LINA 4P2EA 2BQAA 4PGJB 4TUNA 2BQFA 1Z55A 1AM7A 1YL0X 3CT0A 4NG8A 1AKIA 5B1GA 3WUAA 1QDRA 1RE2A 1LYYA 3TXDA 5I4XA 1BB3A 1BB4A 5LYTA 3E3DA 4NIJA 1IWXA 3WMKA 4Z46A 5C6JA 1FBIX 1GBYA 3WVXA 2NWDX 4NGKA 4RLMA 1GBWA 1UBZA 4UWUA 1LZAA 1WTNA 2DQGY 4GCEA 1GBXA 2CGIA 1C45A 2DQCY 1LYOA 3KAMA 2XBSA 3QY4A 4BADA 1LHHA 2ZNXY 4M6DA 3QE8A 3RW8A 5LYMA 3IJVA 1LZ4A 1IP1A 4D9ZA 1LSMA 1BB7A 3BKVA 1LZBA 4HPIA 1HENA 2EQLA 1D0MA 1I20A 1BWJA 1LZCA 5FCPA 3ATNA 1JSEA 1KXWA 3VWOA 2DQIY 1JTTL 4B49A 1ALCA 4X3BA 1GWDA 3WUMA 1B0DA 1BQLY 1VDPA 1F10A 4H9HA 1J1OY 1DPXA 1OUCA 1WQQA 1G7LC 1LSDA 4TWSA 2XJWA 3D9AC 4UWVA 5I4YA 5DM9A 1YKZX 4HJYA 2HEEA 4N1EI 4B1AA 2N5ZA 4LFPA 1IIZA 4DD0A 5F9XA 1IWTA 5HNLA 3TXKA 1IC7Y 4H92A 2BQBA 5T3FA 1LSYA 1OUDA 2PC2A 2DQJY 3J4GA 4RW1A 3WW5A 2F30A 4KT3A 1LSPA 1LSCA 1LZYA 1YANA 3B0OA 1YAQA 4HV1A 1DXJA 4TX7A 1RJCB 1EQ4A 5II3A 3A93A 4QEQA 2YBLA 3AZ4A 4NHSA 5F9UA 3WPJA 4ZEEA 1XGRC 3A90A 4FJRA 1LZ9A 1TCYA 1IP5A 3LYMA 2MEAA 5I4WA 1B5WA 2F4GA 3AJNA 2MEGA 1CKFA 5LA8A 4LYCA 1GFTA 3ATOA 4GN5C 4GCDA 6LYZA 1UA6Y 1DI4A 1BB6A 1RFPA 2CDSA 4DDCA 1PS5A 1QTKA 1LJGA 4HJZA 3TMWA 3LYOA 4LT0A 2I26L 3N9AA 2I6ZA 3EXDA 1PZYA 1OUAA 1LHJA 1GBZA 4W96A 4WLTA 1GEVA 3A34A 3A95A 4LYMA 1B9OA 1EL1A 133LA 1WQNA 4LYZA 4NGYA 4ANRA 4LYOA 2BQDA 1B5XA 3W6FA 1OUFA 5KKIA 4WLXA 1IP6A 4DT3A 3AB6A 1BGIA 1BWIA 1JWRA 2LYMA 4WM1A 5KY1A 1B7LA 1B7SA 4NHTA 1GE2A 1OUEA 2C8OA 2Z12A 2ZIJA 5LVKA 1NDGC 4WLYA 2FBBA 1CKHA 3W6DA 2DQDY 4BAFA 5KJ9A 4NSJA 1YIKA 3RU5A 1LKSA 1LJ4A 1CJ7A 2BQHA 2YBMA 4LT3A 1HEMA 2ZQ3A 4ZFPA 2IFFY 1V7SA 1W6ZA 5KXNA 2LYZA 4R6CA 4Z41A 1VFBC 4WO6A 1JTPL 4LT2A 1CKGA 1NF5A 5KXYA 4NSIA 5KXXA 5ILFA 1QSWA 2YBHA 1B7OA 1GFJA 5IHGA 4UWNA 1FLWA 1YQVY 4HP0A 1YKYX 1REXA 3D3DA 1IWWA 1CJ6A 3LN2A 1IO5A 3CQLA 1IWVA 1GAZA 2W1LA 3TMVA 4CGEA 1OP9B 4R0FA 2MEDA 1IP3A 3GXKA 4WL7A 4HJVA 3AZ6A 5K7OA 207LA 2DQEY 1FKQA 1KIRC 2MEHA 5EBHA 4YEMA 2Z39A 4WM6A 2HTXA 4HV2A 1T6VL 2Y8PA 4ET8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
165LA 3G3AB 213LA 4ETEA 1UIFA 3RUNA 5JENB 1L44A 3ZEKA 1ZVHL 3TXEA 1C67A 2Z18A 1GFVA 4PPOA 1MLCE 1A4VA 2BQGA 4G49A 3A91A 1CX7A 1OUJA 3CT5A 3G3WA 1WQMA 123LA 3C8RA 5F16A 1REZA 1C6MA 4YXCA 1LAAA 1HSWA 5D5FA 5KXPA 3B6LA 1C6AA 3OK0A 1WQPA 1XGPC 127LA 3W6AA 1H87A 1HF4A 4EXMA 2BQCA 1CJ8A 195LA 3CDOA 166LA 3LHMA 1L92A 5LYZA 1DYDA 1REMA 180LA 3AW6A 3F8VA 3A6BY 4DC4A 239LA 1XSFA 1L76A 1L20A 4G9SA 1JKBA 1NHBA 146LA 5IELA 5KXLA 1L71A 115LA 1B7RA 1C6IA 1SSYA 4GN3A 4YEOA 2F2NA 4CJ2A 4ARQB 3WU9A 3J6KA 1P64A 2C8PA 3T6UA 3WW6A 2BQJA 1LZTA 3DMVA 4HTNA 1QUOA 1SWZA 2OE9X 3M3UA 5APDA 1GB7A 1KY0A 3FE0A 3C7YA 3HH6A 135LA 1J1PY 3B0IA 3HT9A 1YROA 4IATA 222LA 153LA 3WULA 2BQNA 3B0KA 1C10A 4N8ZA 184LA 2HULA 3GULA 1FN5A 5C6LA 4II8A 1ZWNA 260LA 3P64A 4H9BA 150LA 1JKCA 4NGLA 1PQKA 1NWGA 1C61A 1L43A 1IWZA 2CUUA 1V7TA 5I54A 4XJIA 4W54A 1C7PA 145LA 1DPWA 1DQJC 2RBPA 1C43A 110LA 2Z37A 232LA 2H9JA 2Z2FA 3CDQA 1VATA 2YBNA 5LAFA 1LZEA 5FSTA 1C69A 2MECA 3HBEX 4NHQA 3W6BA 1L63A 1DYBA 183LA 194LA 1KXYA 5LXWA 1L23A 4I7PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Z98 A;  4H93 A;  3LYZ A;  1TAY A;  3G3A B;  1BVK C;  3TXG A;  8LYZ A;  2DBT A;  1HEP A;  4ETE A;  1NKH A;  1UIF A;  4OOO A;  1LZS A;  1LZR A;  2G4N A;  4CFO A;  5JEN B;  1GB6 A;  5AMY A;  1LJJ A;  3ZEK A;  1ZVH L;  1MEL L;  3TXE A;  2YBI A;  2G4Q A;  2Z18 A;  5I53 A;  1GFV A;  4PPO A;  1MLC E;  4MCK A;  2HEB A;  1A4V A;  1G7J C;  2BQG A;  1GE1 A;  2ZIL A;  4G49 A;  2W1Y A;  3A91 A;  1B5Y A;  3WH1 A;  1OUJ A;  1GFE A;  4G4B A;  3W6E A;  1F6R A;  1DKJ A;  1NBZ C;  2GV0 A;  3AGI A;  1BVX A;  3CT5 A;  1GHL A;  2XBR A;  4DD7 A;  1GB5 A;  3WXU A;  4DDB A;  1VED A;  5F81 A;  4H8Y A;  4NSG A;  4NWE A;  2YVB A;  5DL9 A;  1WQM A;  1FKV A;  1XEI A;  3M18 B;  3QNG A;  4GLV A;  5F16 A;  1UUZ C;  5LA5 A;  1REZ A;  4LYT A;  4RDS A;  1GE3 A;  1HSX A;  3CSZ A;  1LJH A;  1HEQ A;  3WVY A;  1LJ3 A;  1LAA A;  1HSW A;  5D5F A;  4B0D A;  4EOF A;  1LSB A;  5KXP A;  4XYY A;  1JUG A;  3WXT A;  3B6L A;  5HLL A;  3OK0 A;  1UIE A;  1WQP A;  1XGP C;  3P68 A;  5B05 A;  2D4K A;  3W6A A;  5LVJ A;  1IC4 Y;  1HC0 A;  2BQL A; 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 5LA8 A;  4LYC A;  1GFT A;  3ATO A;  4GN5 C;  4GCD A;  6LYZ A;  1UA6 Y;  1DI4 A;  1BB6 A;  1RFP A;  2CDS A;  4DDC A;  1PS5 A;  1QTK A;  1LJG A;  4HJZ A;  3TMW A;  3LYO A;  4LT0 A;  2I26 L;  3N9A A;  2I6Z A;  3EXD A;  1PZY A;  1OUA A;  1LHJ A;  1GBZ A;  4W96 A;  4WLT A;  1GEV A;  3A34 A;  3A95 A;  4LYM A;  1B9O A;  1EL1 A;  133L A;  1WQN A;  4LYZ A;  4NGY A;  4ANR A;  4LYO A;  2BQD A;  1B5X A;  3W6F A;  1OUF A;  5KKI A;  4WLX A;  1IP6 A;  4DT3 A;  3AB6 A;  1BGI A;  1BWI A;  1JWR A;  2LYM A;  4WM1 A;  5KY1 A;  1B7L A;  1B7S A;  4NHT A;  1GE2 A;  1OUE A;  2C8O A;  2Z12 A;  2ZIJ A;  5LVK A;  1NDG C;  4WLY A;  2FBB A;  1CKH A;  3W6D A;  2DQD Y;  4BAF A;  5KJ9 A;  4NSJ A;  1YIK A;  3RU5 A;  1LKS A;  1LJ4 A;  1CJ7 A;  2BQH A;  2YBM A;  4LT3 A;  1HEM A;  2ZQ3 A;  4ZFP A;  2IFF Y;  1V7S A;  1W6Z A;  5KXN A;  2LYZ A;  4R6C A;  4Z41 A;  1VFB C;  4WO6 A;  1JTP L;  4LT2 A;  1CKG A;  1NF5 A;  5KXY A;  4NSI A;  5KXX A;  5ILF A;  1QSW A;  2YBH A;  1B7O A;  1GFJ A;  5IHG A;  4UWN A;  1FLW A;  1YQV Y;  4HP0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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