103LA

How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
165
structure length
159
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTSLDAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 159
sequence length 165
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 103lA00
1L11A 1LYDA 252LA 2F47A 4EKSA 2F2QA 1L53A 181LA 1L00A 1C64A 114LA 160LA 2Q9EA 1CX7A 2OTZX 137LA 1L69A 142LA 1P2RA 4YXCA 1QUGA 131LA 1C6KA 1T8FA 158LA 235LA 2B70A 3DMZA 3K2RA 1L92A 183LA 2ANXA 1C6LA 4IAPA 1L49A 156LA 3HTBA 3HT8A 1C66A 4DAJA 4ARMA 2LC9A 1L07A 1L96A 3DN4A 157LA 129LA 180LA 3HU8A 4EKPA 1L40A 1QSBA 239LA 1L55A 188LA 1L59A 1QT8A 1DYFA 1D2YA 2B7XA 1SWYA 1L48A 1CUQA 250LA 1SSWA 1KY0A 1QSQA 7LZMA 2OE9X 220LA 2NTHA 1OVHA 1D9WA 1L34A 1CV6A 1LLHA 1D2WA 224LA 2LZMA 1XJUA 226LA 1L66A 1PQDA 211LA 4DKLA 1C6MA 127LA 1C6HA 1L18A 1DYGA 251LA 2B72A 3V2WA 216LA 1SSYA 212LA 4I7JA 260LA 2OEAX 1JQUA 233LA 4I7SA 139LA 1L20A 3L64A 1L06A 111LA 201LA 4OO9A 1CV0A 254LA 147LA 199LA 3HTFA 3CDTA 1D3FA 118LA 1C6TA 3GUPA 1L13A 191LA 3C7YA 3HUAA 1L97A 3GUMA 3HT9A 1G0LA 1C6PA 1L28A 128LA 1L98A 1QTDA 3F8VA 1D3MA 103LA 3HT7A 4EPIA 210LA 152LA 1P3NA 4AQNA 1C6FA 1L0JA 3SB7A 126LA 1L52A 1LYHA 3SB5A 241LA 255LA 2Z6BA 4W57A 222LA 4E97A 1LYEA 192LA 1L10A 3C7WA 108LA 218LA 1L71A 1L64A 1EPYA 1QT3A 237LA 1DYBA 4EPFA 4PK0A 1QT7A 1L63A 3DKEX 259LA 104LA 172LA 1L99A 1LYGA 1G0MA 4W55A 170LA 113LA 1L12A 1L77A 169LA 3HDFA 3HH3A 148LE 4W59A 248LA 1L04A 1L25A 3SN6R 1CX6A 2HULA 1JTNA 2A4TA 3DN1A 1L46A 3G3XA 1L16A 1L87A 247LA 4LDOA 1QT4A 1L09A 1L83A 3SB9A 2OU8A 3OE0A 2QB0B 1L38A 1L93A 1L22A 1PQJA 5LZMA 1C65A 2RBPA 1QT5A 1L21A 256LA 1C6JA 4DJHA 1LWKA 1K28A 1L02A 1L81A 1LGXA 4I7NA 214LA 120LA 4I7QA 3DN2A 3C81A 236LA 159LA 1OVJA 4I7MA 1CU0A 1G0PA 3C8QA 3G3VA 187LA 1L80A 1LI3A 1PQMA 3EMLA 1P64A 2Q9DA 1QUDA 145LA 3GUIA 4W53A 1L44A 1DYDA 2OTYX 1CU6A 2RB0X 1G07A 1L72A 1L50A 4W54A 1C6AA 1DYCA 1L74A 3DN3A 1C60A 1P36A 229LA 1G06A 3HUQA 4LDEA 1L94A 1QS5A 1L01A 195LA 2RH1A 3FI5A 1L14A 1QUHA 1L65A 253LA 4I7TA 198LA 2IGCA 2B6WA 3HH5A 146LA 3C7ZA 3RZEA 102LA 3C80A 1C6QA 1D3NA 225LA 1L90A 2B6YA 3F9LA 1T97A 4S0WA 162LA 2B75A 1C67A 178LA 1G0KA 4I7RA 1OWYA 257LA 1DYEA 3NY8A 1L95A 125LA 4K5YA 138LA 1C6EA 3HWLA 1L51A 1PQIA 1LYIA 1TLAA 3NYAA 166LA 1L03A 1L54A 4LDLA 1C6IA 182LA 1L0KA 4ARQB 168LA 174LA 1L79A 123LA 3PDSA 4W58A 2RAZX 4YX7C 1C63A 1L39A 1P7SA 4I7OA 3OE6A 1OV5A 215LA 1ZURA 1C6BA 2RB2X 1LYFA 245LA 122LA 1KNIA 197LA 1L56A 1C62A 130LA 1L61A 261LA 2B6ZA 221LA 1B6IA 2RBOA 3SBBC 1C61A 3NY9A 1L82A 1CVKA 4I7PA 1G0QA 1PQOA 1L23A 1NHBA 1CU5A 1LGUA 3C8SA 4W52A 1T8AA 206LA 2B6TA 2O7AA 1L62A 3V2YA 3FADA 1L31A 2OE4X 186LA 1L70A 165LA 4YXAC 1OYUA 2RBSA 1L08A 1L42A 1L75A 2B73A 1G0GA 177LA 1P6YA 1PQKA 1SX7A 1XEPA 1T6HA 1LYJA 1LW9A 164LA 3HH4A 1CTWA 249LA 2RAYX 3HT6A 1L32A 2OU0X 1C6CA 2O79A 3SB8A 3ODUA 144LA 4EKRA 1KW5A 1L89A 167LA 1L41A 213LA 246LA 1JTMA 1L86A 1CUPA 175LA 3OE9A 4EXMA 230LA 1T8GA 3C82A 3PBLA 1C6GA 3C83A 1QTVA 3DN0A 6LZMA 243LA 4GRVA 4ARPA 1L73A 1L58A 1OWZA 2QARC 1QTBA 1DYAA 3DMXA 4GBRB 1L57A 3LZMA 1ZYTA 2NTGA 1KW7A 4EKQA 149LA 1L05A 1L15A 1QTCA 3DN6A 1L30A 1L76A 1L88A 1P46A 3C8RA 1L85A 4ARQA 1KS3A 155LA 4W51A 1WTHA 185LA 3DN8A 2OE7X 110LA 1P5CA 1QS9A 2CUUA 2LCBA 1P2LA 1LPYA 1L24A 1L37A 1CV3A 2RBQA 1CV4A 228LA 2RB1X 1L26A 4ZPUA 3CDQA 4LZMA 112LA 1QTZA 1OVKA 4I7KA 3RUNA 2OU9A 3HDEA 1CU2A 3CDRA 4ARLA 209LA 171LA 1CV1A 3GUNA 1L17A 1L35A 1L60A 1OV7A 109LA 3HTDA 141LA 115LA 2HUKA 2B74A 1L84A 1I6SA 262LA 1LI6A 4EJ4A 3HH6A 1P56A 1QTHA 1XJTA 3CDVA 1C6NA 1CV5A 242LA 1C68A 1C69A 1L27A 3HUKA 4ARMB 1SX2A 1LI2A 1L68A 189LA 1SWZA 200LA 163LA 3GUOA 3QAKA 3DNAA 143LA 1G1WA 190LA 3G3WA 1L29A 234LA 2ANVA 4PJZA 217LA 1QT6A 2RBNA 3CDOA 244LA 3GULA 3VW7A 173LA 232LA 1CU3A 1L43A 3SB6A 1L45A 1LGWA 1L19A 1L67A 3HTGA 1L91A 3GUJA 3OE8A 3DMVA 1KY1A 3SBAA 227LA 1G0JA 219LA 176LA 1L33A 3L2XA 240LA 3GUKA 3UONA 2HUMA 205LA 223LA 1L47A 1P37A 1C6DA 4ARJA 2RBRA 119LA 238LA 161LA 1LWGA 1L36A 1QUOA 2L78A 2B6XA 184LA 107LA 151LA 140LA 4W56A 5I14A 1D3JA 2O4WA 150LA 3D4SA 196LA 1G1VA 258LA 3JR6A 231LA 3HU9A 1ZWNA 4I7LA 3FA0A 2F32A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L11A 1LMTA 5ILCA 1VATA 4ETDA 1FKQA 1GFEA 4EKSA 160LA 3IWRA 1BQLY 194LA 4B49A 3ULRA 4YXCA 1QUGA 1C6KA 1W6ZA 1JUGA 1JHLA 1B7SA 4DDCA 1C6LA 4IAPA 1L49A 4EOFA 1SLYA 3HT8A 1NDMC 157LA 3T6UA 1L40A 239LA 1KIQC 188LA 1L59A 1QT8A 1D2YA 1SWYA 1KY0A 1G7HC 7LZMA 4GLAA 4HTQA 5HQ1A 1OVHA 5B07A 1GFUA 1LSDA 224LA 226LA 2D91A 1L66A 1KIRC 4DKLA 1WTMA 2B72A 251LA 1XEIA 2OEAX 1JQUA 4IASA 1L06A 4CFOA 1OUEA 1CV0A 147LA 3HTFA 1D3FA 4UWVA 2F2NA 2ZIKA 1C46A 3C7YA 3N9EA 4DQJA 1LJ4A 3GUMA 3HT9A 5IDDA 3RU5A 2BQMA 1JJ3A 1QTDA 1D0KA 103LA 5F81A 1I56A 1REMA 5APDA 1P3NA 1IY4A 4OOOA 1L52A 1C10A 1LYHA 4OW1A 2HEDA 5L3HA 255LA 2H5ZA 192LA 3C7WA 1VAUA 4Z98A 2D4KA 1JTOL 4DD2A 3B0OA 4J0LA 1QT7A 1IX0A 1FN5A 172LA 1IWUA 1TAYA 1LJJA 3TMUA 1V7TA 4B0DA 1YKYX 3ZVQA 3HDFA 1LZTA 1C45A 1L25A 3SN6R 4WLXA 3TXHA 4B4IA 1IR7A 2Z2FA 2MEEA 1GF0A 1L16A 1L87A 1GB7A 247LA 3WL2A 4H8XA 1GF8A 4NWHA 5KXLA 4ANRA 4RLMA 5KXYA 1W08A 3D3DA 3SB9A 5C6IA 4H9AA 2QB0B 5LZMA 1LMAA 2RBPA 5LVGA 1QT5A 2Z2EA 2BQEA 1GFTA 1WQQA 3C81A 1IOSA 1G0PA 4TX7A 3G3VA 4C3WA 3WULA 5KXXA 1AM7A 1GF6A 1IIZA 1IWYA 4CGEA 1QUDA 145LA 5B1FA 4II8A 2OTYX 4R6CA 2RB0X 4G4BA 1L72A 3WUAA 3AZ6A 1DYCA 1IVMA 2CJLA 2HECA 4GN3A 1GD6A 3HUQA 1QDRA 4LDEA 4WLYA 4QEQA 253LA 198LA 5KXNA 2Z18A 3RZEA 5I4YA 5KXMA 225LA 3WU8A 3F9LA 4PRUA 1T97A 2HU3A 4I8SA 5IELA 2FBDA 1C67A 1GB3A 1D0MA 1OWYA 4LYTA 3G3AB 1DZBX 1C6EA 1PQIA 1TLAA 4D9ZA 1L54A 2Z19A 3K3TA 1C6IA 4YM8A 4W58A 5KXKA 1L39A 1ZURA 4XJIA 1KXWA 1LYFA 2BQNA 1LSGA 261LA 130LA 1BGIA 3QNGA 1LSCA 5KXWA 3TXIA 3V2YA 1QQYA 4DQ5A 1DXJA 4G9SA 2HEFA 1UUZC 2Z38A 3J4GA 1LYOA 2ZYCA 2VB1A 1OYUA 177LA 1L42A 1G0GA 1B5YA 1P6YA 1SX7A 5K7OA 2XBSA 3E3DA 4DQ7A 4NHQA 4EKRA 4B4EA 1JSFA 1JIYA 1YAQA 246LA 1JTMA 1L86A 175LA 2EQLA 2BQGA 4EXMA 5E4PA 1DPWA 1LMNA 2C8PA 2YBJA 5II3A 1LZBA 1NKHA 3C83A 3B6LA 5F16A 1IWWA 4LYBA 4ARPA 1L73A 1OWZA 1DYAA 4QY9A 1HMKA 3DMXA 1FLWA 3LZMA 3W3EA 4CJ2A 2BQLA 1KW7A 5EBHA 1A4VA 1G7MC 3DN6A 1L88A 1P46A 4DD7A 1KS3A 1BWHA 1WTHA 185LA 5KXSA 5HNCA 3AW7A 1B7PA 2OE7X 1L37A 3RZ4A 2HEAA 1UCOA 1OVKA 3RUNA 1GF3A 5LVHA 209LA 4B4JA 1AT6A 5F9UA 1VDSA 171LA 1L60A 5FCPA 5AMYA 1JWRA 2Q0MX 5FSTA 5APFA 4H9EA 1L84A 4ET8A 2D4JA 1P56A 1XFPL 1B5WA 242LA 3P65A 1L27A 1GBWA 3HUKA 1LI2A 4E3UA 3P64A 189LA 1SWZA 5C6LA 4H94A 3FI7A 1F6SA 1D6QA 3DNAA 3WVYA 4HPIA 143LA 3G3WA 4NWEA 1LZ1A 193LA 2F4AA 1L45A 1LJNA 1L19A 1L67A 1L91A 4WMGA 2RSCA 2ZYPA 1JKDA 2XTHA 1KY1A 1LSYA 4GCBA 1G0JA 4NY5A 3WUMA 1BB3A 2HUMA 3LZ2A 2XJWA 1L47A 1P37A 3AW6A 1LWGA 2L78A 1GE3A 4U3XB 154LA 2LYOA 184LA 1QSWA 4N1EI 5KJ9A 4DD3A 3CB7A 3JR6A 3HU9A 4KPMA 1B5UA 4I7LA 1TCYA 3FA0A 4AGAA 1ZMYL 1LJ3A 1LYDA 2LYZA 4OOTA 3W6CA 2IFFY 1C64A 2Q9EA 133LA 1IWZA 2OTZX 137LA 1L69A 1GB2A 1JITA 4R0FA 1T8FA 4H8ZA 3DMZA 1IOCA 3K2RA 156LA 2ZIJA 3TXJA 1HEQA 4XN6A 1C66A 4YENA 4ARMA 1L96A 4CFPA 129LA 4EKPA 1L55A 4FJRA 4RW2A 2B7XA 4XJFA 1CUQA 1OUGA 1LAAA 1GFAA 1QSQA 220LA 1VEDA 1CV6A 1D2WA 2LZMA 4N9RA 2F30A 1CKHA 211LA 3AZ4A 3LYOA 4NIJA 3AZ5A 1DQJC 1F6RA 1L18A 5C6JA 5FDJA 4I7JA 233LA 1LMQA 139LA 3L64A 1CJ7A 201LA 1IC7Y 1BWIA 3LYTA 118LA 1C6TA 1L13A 1LSAA 3HUAA 1L97A 1B5ZA 4M4OA 1L28A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L11 A;  1LMT A;  5ILC A;  1VAT A;  4ETD A;  1FKQ A;  1GFE A;  4EKS A;  160L A;  3IWR A;  1BQL Y;  194L A;  4B49 A;  3ULR A;  4YXC A;  1QUG A;  1C6K A;  1W6Z A;  1JUG A;  1JHL A;  1B7S A;  4DDC A;  1C6L A;  4IAP A;  1L49 A;  4EOF A;  1SLY A;  3HT8 A;  1NDM C;  157L A;  3T6U A;  1L40 A;  239L A;  1KIQ C;  188L A;  1L59 A;  1QT8 A;  1D2Y A;  1SWY A;  1KY0 A;  1G7H C;  7LZM A;  4GLA A;  4HTQ A;  5HQ1 A;  1OVH A;  5B07 A;  1GFU A;  1LSD A;  224L A;  226L A;  2D91 A;  1L66 A;  1KIR C;  4DKL A;  1WTM A;  2B72 A;  251L A;  1XEI A;  2OEA X;  1JQU A;  4IAS A;  1L06 A;  4CFO A;  1OUE A;  1CV0 A;  147L A;  3HTF A;  1D3F A;  4UWV A;  2F2N A;  2ZIK A;  1C46 A;  3C7Y A;  3N9E A;  4DQJ A;  1LJ4 A;  3GUM A;  3HT9 A;  5IDD A;  3RU5 A;  2BQM A;  1JJ3 A;  1QTD A;  1D0K A;  103L A;  5F81 A;  1I56 A;  1REM A;  5APD A;  1P3N A;  1IY4 A;  4OOO A;  1L52 A;  1C10 A;  1LYH A;  4OW1 A;  2HED A;  5L3H A;  255L A;  2H5Z A;  192L A;  3C7W A;  1VAU A;  4Z98 A;  2D4K A;  1JTO L;  4DD2 A;  3B0O A;  4J0L A;  1QT7 A;  1IX0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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