103LA

How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
165
structure length
159
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTSLDAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 159
sequence length 165
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 103lA00
3CDRA 196LA 4EPIA 1C62A 1L37A 1L53A 1L41A 216LA 1PQKA 182LA 148LE 1C6EA 1L98A 1L43A 262LA 211LA 1CX6A 3SN6R 4W52A 232LA 2F2QA 1L97A 161LA 1C6FA 2RB2X 103LA 3C83A 1SX7A 170LA 173LA 251LA 104LA 2RB0X 3OE9A 1L52A 4YX7C 6LZMA 1C65A 3GUPA 3DN6A 3HTBA 102LA 237LA 1L89A 1QUOA 2NTHA 3D4SA 3SB7A 1DYBA 3SB8A 205LA 2F32A 228LA 138LA 1C6GA 1G0MA 1LI3A 1L88A 3GUKA 3DMXA 3OE6A 1SSYA 244LA 145LA 3DNAA 141LA 107LA 3G3VA 1L00A 1L74A 119LA 1L62A 1DYDA 2IGCA 1L27A 2ANXA 1C63A 245LA 1G0LA 1KY1A 1ZURA 3CDQA 4W59A 260LA 1LGXA 3GULA 3UONA 1L0KA 1C6MA 1K28A 1CUQA 1LGWA 1OVKA 1OVHA 2O7AA 247LA 4I7RA 1L76A 4LDOA 1C6TA 1L25A 1L80A 230LA 223LA 3HDEA 1L71A 1C67A 110LA 3RUNA 1L32A 1LPYA 4EJ4A 1LYEA 1ZYTA 1L38A 1L72A 3SB9A 1C6NA 257LA 2HUKA 2RBOA 169LA 1ZWNA 1T6HA 1G07A 185LA 165LA 176LA 1LYFA 1C66A 1JTMA 1L36A 1CUPA 5LZMA 3VW7A 1D2YA 1QT4A 1LI2A 3SBAA 1LYHA 227LA 4EKPA 1L40A 3HU9A 118LA 3PBLA 1L73A 129LA 2OE4X 1C60A 1L05A 146LA 1P6YA 1D2WA 1L93A 1C6LA 1T8FA 231LA 1L59A 4W53A 4DAJA 3QAKA 1C6CA 1CU2A 250LA 150LA 1DYFA 217LA 115LA 184LA 1KW7A 2B70A 1DYAA 1L10A 3HT7A 218LA 4OO9A 256LA 1G06A 2OEAX 163LA 1L54A 3C82A 198LA 1L60A 162LA 1OWYA 2RAYX 4GRVA 3V2YA 2OU9A 3HH5A 1G1WA 1L63A 1DYEA 1G0PA 1L03A 174LA 1TLAA 220LA 3ODUA 239LA 181LA 4ZPUA 1QTZA 240LA 1QTDA 3DN4A 166LA 122LA 3HH3A 1XEPA 3GUMA 1OYUA 4ARMB 1NHBA 3CDOA 210LA 1B6IA 2B7XA 2QB0B 3HDFA 1LW9A 4E97A 1P5CA 233LA 189LA 4S0WA 2RBSA 1G0GA 2B6TA 2B6WA 3GUNA 3HH4A 1L55A 2LZMA 1L04A 1L79A 1PQIA 1XJUA 3GUJA 4W54A 1QTCA 3G3WA 1JTNA 1KW5A 1L61A 2HUMA 2OTYX 261LA 109LA 1L95A 214LA 3HT8A 3RZEA 3L2XA 1KNIA 2LCBA 4W51A 1L22A 1L35A 3PDSA 4K5YA 1L19A 3DN1A 1L58A 206LA 200LA 1XJTA 4I7LA 114LA 187LA 1L99A 2L78A 1L21A 2B74A 3F8VA 1LYJA 1L34A 1LYGA 3DN0A 1CV4A 4I7OA 1P7SA 3G3XA 4GBRB 188LA 1CV6A 3OE8A 209LA 4ARLA 258LA 1G0JA 1L45A 3C8RA 1L75A 1QT6A 221LA 3DMZA 3GUIA 1L08A 3SBBC 2B6ZA 3HT9A 2ANVA 1L70A 1P37A 1CV1A 2OTZX 2O4WA 3C80A 225LA 2QARC 4W58A 1OV7A 4YXAC 1P36A 2Q9DA 241LA 2RBRA 159LA 183LA 4EKQA 1LWGA 4ARMA 3FA0A 4I7PA 1C6BA 1SWZA 3HUKA 1PQMA 1D9WA 142LA 246LA 215LA 1CU3A 1I6SA 1L24A 1T8AA 2F47A 1QT7A 3HUAA 3K2RA 224LA 4I7JA 4DJHA 3CDTA 144LA 1G0QA 1L44A 3SB5A 1QT5A 2HULA 3L64A 177LA 4PK0A 160LA 139LA 1L81A 1CU5A 1SWYA 1SSWA 4I7KA 3HWLA 3NY9A 1L86A 2B6YA 1L15A 1L47A 1D3MA 1PQOA 186LA 2O79A 3FI5A 1L68A 1L07A 112LA 157LA 1G0KA 1L12A 1C6AA 248LA 5I14A 3C7YA 4IAPA 125LA 3DMVA 2A4TA 197LA 3C7WA 1L11A 1T8GA 3GUOA 1OV5A 140LA 2RAZX 108LA 1L14A 1L29A 4LDLA 1OWZA 3C7ZA 128LA 2RBQA 1L65A 3HT6A 1C69A 4I7NA 1CU0A 1QS9A 3NYAA 1LYDA 1PQDA 1L20A 229LA 226LA 3C81A 1CV5A 199LA 126LA 1P56A 7LZMA 1QT3A 3C8SA 4LDEA 152LA 1QTHA 168LA 147LA 158LA 1L18A 1QSBA 1L94A 175LA 1P64A 4EXMA 1L01A 234LA 1KY0A 255LA 4I7QA 1LGUA 143LA 1P2RA 4ARQB 4EPFA 1C6IA 4PJZA 1L82A 2OU0X 1DYCA 1QT8A 1L31A 4LZMA 1C6HA 2CUUA 4EKRA 195LA 1CX7A 2OE7X 1L56A 1L66A 1QSQA 1L67A 3DN3A 1L42A 249LA 120LA 3V2WA 1QUHA 2Z6BA 219LA 2B6XA 236LA 1L09A 3HTFA 1L84A 2B75A 4EKSA 4YXCA 238LA 131LA 3HUQA 156LA 253LA 259LA 2OE9X 1L49A 1L0JA 3F9LA 180LA 192LA 1L69A 1G1VA 2RH1A 1L23A 1QTBA 4W55A 190LA 3NY8A 1C6JA 164LA 151LA 1L28A 3DN8A 1CV0A 1QUDA 1L92A 2RBPA 2B73A 1L83A 3HTGA 4I7TA 1L26A 1C6QA 1L33A 243LA 1OVJA 1LYIA 130LA 242LA 1L48A 1CV3A 3FADA 1P3NA 167LA 1L17A 1C68A 1KS3A 1C61A 4I7SA 1L57A 137LA 222LA 2NTGA 1L77A 3CDVA 254LA 3JR6A 1P46A 1WTHA 2RBNA 1L13A 4DKLA 1L30A 1LLHA 1PQJA 1L02A 235LA 201LA 2RB1X 1EPYA 1L64A 1D3JA 3DN2A 1D3FA 111LA 1T97A 191LA 2B72A 1CU6A 155LA 2OU8A 113LA 123LA 127LA 1L91A 1L16A 3EMLA 1C6PA 1L90A 3DKEX 3SB6A 4ARQA 1P2LA 252LA 1JQUA 1C64A 1DYGA 171LA 1QUGA 1C6KA 3OE0A 3HH6A 1SX2A 3HTDA 1CTWA 1LI6A 1D3NA 178LA 1QS5A 1QTVA 4ARJA 4ARPA 1L06A 4AQNA 3HU8A 1L85A 4I7MA 1L39A 1CVKA 4W56A 1LWKA 1L51A 1L96A 4W57A 213LA 3C8QA 1L50A 172LA 2LC9A 1L46A 149LA 2Q9EA 212LA 1L87A 3LZMA 1C6DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EPIA 1G7MC 4WMGA 1LKRA 4GCDA 1C6EA 4N1EI 4AXTA 3TXBA 211LA 4G4HA 5FELA 2XQOA 173LA 1SQ2L 4YX7C 3DN6A 4TSCA 2NTHA 4MCKA 3SB8A 2DQGY 5DL9A 1C6GA 4NFVA 1L88A 3OE6A 244LA 1XFPL 4N1CC 1IO5A 4CFPA 3G3VA 4BADA 1UICA 1GEVA 119LA 4GCBA 2PC2A 1GE0A 4QGZA 1C63A 4R0FA 4HV1A 1KY1A 1OQMA 3UONA 1C6MA 2O7AA 5KKIA 247LA 4I7RA 4HJZA 1RE2A 4LDOA 4WM2A 2Z39A 1L80A 1XGUC 2F4GA 1RCMA 4LT1A 3RUNA 2DQHY 1LYEA 1BB3A 3SB9A 2BQEA 2BQDA 4HV2A 3D3DA 1B5WA 3QY4A 1ZWNA 1T6HA 4G4BA 5I54A 4Z46A 1QDTA 3LHMA 1LMOA 1LI2A 2Z12A 1KXWA 4N5RA 1WQQA 3RZ4A 4EKPA 3PBLA 1L73A 3LYZA 146LA 231LA 1C6LA 4DAJA 1QSAA 1GFAA 3AYQA 1DYFA 115LA 1GB7A 1GB8A 1SLYA 1AZFA 5LINA 2Z19A 2B70A 1DYAA 4NY5A 1JKBA 1HMKA 218LA 4PRQA 4OO9A 256LA 1G06A 4PHIA 1HSXA 1BHZA 198LA 1F6RA 1B0DA 4HP0A 3WYHA 4GN4A 4GRVA 1LZ1A 3HH5A 2BQIA 1GF7A 1NBYC 4J0LA 1TLAA 239LA 181LA 1IR7A 1QTZA 240LA 3E3DA 3DN4A 1D0LA 2ZWBA 4NSGA 122LA 1IC4Y 3M18B 210LA 1YAOA 2QB0B 5KXYA 5IHGA 1REMA 4S0WA 1HERA 2RBSA 3TXGA 1KIPC 1G0GA 208LA 1TBYA 1B7SA 2D6BA 4J7VA 1IIZA 4H9AA 2HEDA 1XJUA 135LA 2HUBA 2IFFY 5ILFA 4WLDA 4XJBA 1OUJA 1LZ6A 1KW5A 4H92A 1D6PA 2OTYX 1O23A 3WW5A 3ZVQB 2LCBA 1MLCE 3EO5A 5B06A 154LA 1VDSA 3DN1A 1CKFA 1LJNA 5L9JA 5D5FA 1L21A 1E8LA 5APFA 4LFPA 3F8VA 5KXLA 1GXV2 1LYJA 1B5ZA 1L34A 3DN0A 1HC0A 1LSPA 1P7SA 4NGYA 4GBRB 1XEIA 2FBBA 209LA 4ARLA 5C6JA 258LA 1TCYA 1GF3A 3C8RA 4WLYA 3DMZA 1L08A 4CFOA 5IELA 2QARC 1OUDA 1EQEA 4GCCA 4II8A 2Y8PA 3CQLA 1UIEA 4EKQA 3AGIA 4I7PA 1C6BA 1LSFA 5KXWA 1JJ3A 1SWZA 1PQMA 4NGKA 2XBSA 3QNGA 2BLXA 1BQLY 1WTMA 1CU3A 2ZNXY 1LJJA 1L24A 3HUAA 2MEGA 3SP3A 1J1OY 177LA 3G3AB 4G49A 1D6QA 1GF9A 139LA 2MEAA 4LGKA 1UBZA 3CSRA 3EXDA 3ATNA 3HWLA 1UACY 1B7OA 1LYZA 3CB7A 3RU5A 3RT5X 3FI5A 1UIAA 1L07A 1L68A 157LA 5KJ9A 1C6AA 1REXA 3ZVQA 2ZYCA 1OUHA 1LMNA 1LHKA 1NWGA 4B0DA 1W08A 4FDYA 5I4WA 2B5ZA 140LA 4WO6A 5HQ1A 4NEBA 4H94A 3C7ZA 2YBLA 1L65A 1NF5A 4I7NA 2A7FA 1C46A 1D9UA 1QS9A 3TXDA 2X0AA 1FLYA 1PQDA 5DN4A 226LA 4N8ZA 1WQRA 1LSYA 2D91A 199LA 3ZEKA 7LZMA 152LA 3G3BB 4ETCA 1IEEA 5KXZA 5B59A 1KY0A 2EIZC 4I7QA 4GN3A 143LA 1LJIA 5KKJA 1C6IA 4DD9A 1WQOA 3A3QA 1L31A 4D9ZA 1IWTA 1C6HA 1IP3A 5FSTA 2OE7X 4HJVA 1L42A 249LA 4YEOA 1XGPC 3W6FA 1LSBA 2Z37A 2Z6BA 219LA 1IY3A 5D5CA 4Z3MA 236LA 3HTFA 2DQJY 4HTNA 3HUQA 259LA 1WTNA 2OE9X 1L0JA 3F9LA 4O34A 1HELA 1L69A 1G1VA 5KXTA 1HEWA 4DC4A 2Z2EA 3A92A 2LZTA 4UWNA 1CJ6A 4KL7A 1L28A 4YEMA 1CV0A 1L92A 2RBPA 2B73A 1L83A 4I7TA 2YBHA 1L26A 3A67Y 1GFRA 5HMJA 1JJ1A 1C6QA 2FYDA 1CV3A 1GF6A 5KXPA 1KS3A 1C61A 4I7SA 3TXEA 4ZIXA 1KXXA 2NTGA 4LYOA 4RDSA 254LA 1VAUA 2LYOA 1QTKA 4DKLA 1LLHA 1L02A 5FCPA 1D3JA 132LA 4PJ2C 5I4YA 4NHIA 127LA 1L91A 1L16A 3P68A 1C6PA 6LYZA 1JPOA 4WM3A 1CJ8A 5E4PA 1LJGA 1B7MA 1DI4A 1PZYA 4HSFA 2YVBA 4DD2A 2D4JA 178LA 4WM5A 4AQNA 3HU8A 1L39A 1CVKA 5LAFA 4NHPA 1GB3A 4GN5C 3C8QA 1AM7A 212LA 4H93A 2W1XA 4ET8A 1LJ4A 216LA 4MSTA 4QY9A 3SN6R 1GB9A 1GAYA 4W52A 3P65A 2F2QA 1JWRA 1FLUA 3C83A 1REYA 251LA 104LA 1L52A 3WMKA 4XN6A 3GUPA 3A6CY 1DYBA 1YILA 1LJ3A 1DKKA 5F9XA 1LSZA 3DMXA 1T3PA 145LA 4OWAA 1L74A 1L62A 153LA 2CWIA 3MGWA 1HENA 5L3IA 4WLTA 3GULA 1L0KA 1K28A 2YSSC 1CUQA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4EPI A;  1G7M C;  4WMG A;  1LKR A;  4GCD A;  1C6E A;  4N1E I;  4AXT A;  3TXB A;  211L A;  4G4H A;  5FEL A;  2XQO A;  173L A;  1SQ2 L;  4YX7 C;  3DN6 A;  4TSC A;  2NTH A;  4MCK A;  3SB8 A;  2DQG Y;  5DL9 A;  1C6G A;  4NFV A;  1L88 A;  3OE6 A;  244L A;  1XFP L;  4N1C C;  1IO5 A;  4CFP A;  3G3V A;  4BAD A;  1UIC A;  1GEV A;  119L A;  4GCB A;  2PC2 A;  1GE0 A;  4QGZ A;  1C63 A;  4R0F A;  4HV1 A;  1KY1 A;  1OQM A;  3UON A;  1C6M A;  2O7A A;  5KKI A;  247L A;  4I7R A;  4HJZ A;  1RE2 A;  4LDO A;  4WM2 A;  2Z39 A;  1L80 A;  1XGU C;  2F4G A;  1RCM A;  4LT1 A;  3RUN A;  2DQH Y;  1LYE A;  1BB3 A;  3SB9 A;  2BQE A;  2BQD A;  4HV2 A;  3D3D A;  1B5W A;  3QY4 A;  1ZWN A;  1T6H A;  4G4B A;  5I54 A;  4Z46 A;  1QDT A;  3LHM A;  1LMO A;  1LI2 A;  2Z12 A;  1KXW A;  4N5R A;  1WQQ A;  3RZ4 A;  4EKP A;  3PBL A;  1L73 A;  3LYZ A;  146L A;  231L A;  1C6L A;  4DAJ A;  1QSA A;  1GFA A;  3AYQ A;  1DYF A;  115L A;  1GB7 A;  1GB8 A;  1SLY A;  1AZF A;  5LIN A;  2Z19 A;  2B70 A;  1DYA A;  4NY5 A;  1JKB A;  1HMK A;  218L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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