103LA

How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
165
structure length
159
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTSLDAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 159
sequence length 165
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 103lA00
2O7AA 216LA 3SB6A 3C81A 1C68A 1WTHA 104LA 128LA 1LYFA 1QTDA 1L64A 3C7ZA 3FADA 231LA 4LDEA 1L39A 178LA 188LA 197LA 1CUQA 3HTDA 255LA 230LA 161LA 1C62A 1G1WA 173LA 1L74A 250LA 1QSQA 262LA 189LA 157LA 110LA 3OE0A 2RAYX 4EPFA 1L85A 2RB2X 2B6WA 1XJUA 2F47A 3PDSA 235LA 1D3NA 3F8VA 2LCBA 1D2YA 1C65A 3HH4A 3C8RA 247LA 2Z6BA 1CV5A 1SSWA 2HULA 4IAPA 126LA 1P5CA 2B6ZA 4DJHA 3GUJA 130LA 160LA 129LA 3GUPA 4K5YA 3HH6A 183LA 1L86A 209LA 2B73A 180LA 3HTFA 4YXCA 1L30A 3K2RA 4EKSA 167LA 3G3VA 142LA 217LA 1L23A 1CU3A 4S0WA 3V2WA 1KY0A 1CX7A 1SWYA 1LYGA 1QTCA 3HDEA 168LA 1C66A 140LA 2QB0B 108LA 228LA 1L62A 144LA 1L16A 1L00A 1TLAA 3C8SA 1L76A 156LA 3JR6A 3HT7A 3QAKA 3C7YA 1P56A 1DYDA 1OWYA 1L72A 1L11A 115LA 1CV6A 4YXAC 1L97A 4W55A 3DNAA 1C6PA 4I7RA 3VW7A 215LA 1L92A 3HU9A 1L45A 1LLHA 1P2RA 1SWZA 2B6YA 1L51A 1C67A 1CU0A 1L24A 2IGCA 2OU9A 2OU8A 4W58A 254LA 4ARQA 1L79A 163LA 1CV1A 1PQJA 6LZMA 1L70A 2OE4X 3FA0A 3HH5A 137LA 4I7LA 1OVJA 1CVKA 218LA 2LZMA 1T8AA 4YX7C 1QT4A 120LA 1CU5A 200LA 1C63A 1P36A 1P64A 1P3NA 220LA 1L83A 4LZMA 1NHBA 174LA 3HU8A 4I7NA 3C8QA 1L60A 1L69A 1L07A 1QTVA 2A4TA 1D9WA 240LA 1LYJA 232LA 4OO9A 1L91A 1OVKA 1L94A 214LA 182LA 233LA 1C60A 4DAJA 1L28A 4I7OA 139LA 1CV0A 3HUQA 1QT5A 177LA 234LA 2LC9A 1L61A 2Q9EA 3DMXA 1EPYA 1L59A 1T8FA 1L44A 111LA 3GUIA 164LA 3LZMA 1DYGA 4W53A 245LA 252LA 171LA 4ARQB 1L54A 1K28A 1CV4A 238LA 170LA 141LA 1OWZA 1L0JA 1QS5A 3HDFA 3OE6A 1L09A 3OE9A 1L63A 143LA 1CTWA 1L75A 1OV5A 1L56A 1C6DA 1SX2A 3HH3A 4I7MA 3C82A 1CUPA 1D3FA 1L18A 3FI5A 3CDOA 186LA 1L88A 1L06A 1DYEA 242LA 3GUNA 4ARLA 3NY8A 261LA 1QUDA 4I7QA 4ZPUA 3L2XA 1D3JA 1D3MA 213LA 2RH1A 3PBLA 1PQKA 1L21A 1LGUA 1QTZA 1LYDA 1L90A 2QARC 122LA 3SBAA 3HTGA 3F9LA 102LA 3HT6A 3SBBC 3OE8A 123LA 1G0KA 1L12A 1XJTA 3NY9A 3HT9A 1DYCA 185LA 1LI3A 176LA 3DN6A 219LA 3C83A 212LA 2HUKA 4I7JA 1G1VA 221LA 3NYAA 1C6IA 155LA 4AQNA 1C6FA 2B72A 229LA 236LA 1T8GA 260LA 2HUMA 2B75A 4GBRB 1L22A 2ANVA 125LA 1L25A 2OEAX 1L14A 196LA 1OYUA 1ZURA 205LA 1DYFA 256LA 223LA 1C69A 2NTHA 2OE9X 1JTNA 1C6MA 4EKPA 1G0LA 1L89A 198LA 112LA 2OU0X 1DYAA 1L41A 3DN4A 1L84A 4W52A 5I14A 3SB5A 1L02A 1G07A 3DMZA 1L29A 1JQUA 2RBOA 4ARPA 146LA 2RBQA 1L50A 1KW5A 1LWGA 4EKQA 1JTMA 150LA 191LA 1LYIA 1QT7A 159LA 4ARMA 211LA 1L13A 4W51A 3CDRA 3SB8A 4LDOA 2RBSA 3UONA 3EMLA 3DN3A 1C6TA 3DN2A 3ODUA 103LA 3CDQA 3HTBA 3HWLA 3CDTA 2RBPA 3CDVA 7LZMA 1LGXA 243LA 1L01A 3G3WA 147LA 1L42A 190LA 1C6JA 1L26A 1L49A 4EPIA 1L66A 1L96A 1L46A 1L73A 3RZEA 1L93A 3L64A 165LA 248LA 145LA 241LA 1PQIA 114LA 2B6TA 187LA 169LA 1SX7A 1L04A 4I7KA 2F32A 1OVHA 1PQMA 199LA 1L58A 201LA 2O4WA 3G3XA 3GUOA 1L38A 2OTYX 3DMVA 2RBRA 249LA 1C6QA 3HT8A 4I7TA 1L03A 1LGWA 257LA 206LA 4EJ4A 237LA 1C6NA 1L67A 3SN6R 3DKEX 181LA 1LI2A 3DN1A 1G0MA 1L37A 2RB1X 1C6AA 4PK0A 4ARMB 1L52A 1L31A 3C7WA 1L99A 107LA 1L98A 1C61A 1L87A 1L53A 5LZMA 1L05A 224LA 1I6SA 4EXMA 119LA 1L71A 4DKLA 3DN0A 1LI6A 1T97A 1C64A 1L27A 1L43A 1QUGA 1L65A 3DN8A 1L33A 1L32A 1L20A 1QSBA 151LA 131LA 1G0QA 1QUHA 1L68A 1L48A 259LA 149LA 1LYHA 166LA 1C6GA 1L08A 162LA 4I7PA 4E97A 1L19A 1CU2A 195LA 1C6BA 1QUOA 1L95A 1ZYTA 1G0GA 1QT3A 4W54A 253LA 175LA 225LA 3GULA 1C6EA 1G0JA 1L10A 1QT6A 4W57A 1SSYA 2O79A 1L17A 4W56A 1QS9A 258LA 158LA 1P2LA 2B6XA 3RUNA 1L81A 4PJZA 2Q9DA 4I7SA 2CUUA 1L80A 1PQOA 1QT8A 226LA 1L47A 3C80A 1P7SA 118LA 1PQDA 1L82A 109LA 1D2WA 251LA 2RB0X 1LW9A 1B6IA 1OV7A 1L0KA 1LPYA 222LA 192LA 148LE 184LA 1KY1A 246LA 2NTGA 4GRVA 2RBNA 1P6YA 2OTZX 1C6LA 227LA 1L15A 1T6HA 1P46A 1CV3A 2B70A 2F2QA 1QTHA 3HUAA 4ARJA 3HUKA 3GUMA 127LA 1CX6A 113LA 1LYEA 2L78A 2RAZX 1CU6A 1L35A 3V2YA 172LA 1KW7A 1C6HA 2OE7X 3SB9A 4LDLA 2ANXA 1L77A 4EKRA 1C6KA 4W59A 1ZWNA 152LA 1KS3A 2B7XA 1L55A 1L57A 1KNIA 239LA 1L36A 1LWKA 1DYBA 1C6CA 3SB7A 1P37A 244LA 1L40A 3D4SA 3GUKA 1XEPA 1G06A 1G0PA 138LA 2B74A 210LA 1L34A 1QTBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NWEA 4HJYA 1QTDA 1L64A 3A6BY 5B1GA 1LYYA 2B5ZA 1GB7A 1O23A 1CUQA 3HTDA 1IWYA 2DQEY 3A95A 161LA 1C62A 250LA 4WM6A 3BKHA 189LA 157LA 4EPFA 4HPIA 1JTTL 4HTNA 3TXFA 1XJUA 4H8ZA 2G4PA 4KXIA 4X3BA 2Z6BA 1OUJA 1RJCB 2DQAA 3CT1A 1LSMA 3GUJA 4KT3A 3HH6A 183LA 1GBZA 1LMQA 1VAUA 3ATNA 1TCYA 4GN3A 4WLYA 1YAMA 3K2RA 4EKSA 142LA 4NFVA 1CX7A 1LYGA 1QTCA 2QB0B 5HNLA 2FBBA 144LA 2W1XA 3JR6A 3C8SA 4AGAA 1BWIA 1GBYA 4RW2A 1L72A 1L11A 115LA 1GE4A 3WYHA 1L97A 2FYDA 5C6JA 3AZ4A 1GDXA 2HU3A 1DI4A 2BQCA 4XJGA 1LLHA 1P2RA 4C5FA 1TEWA 1C67A 4G4BA 1AZFA 1CU0A 3A6CY 4W58A 254LA 1LZTA 4WO6A 2OE4X 4TSBA 3FA0A 137LA 1CJ6A 1PS5A 2LZMA 4B49A 2ZYCA 1PZYA 5KXMA 1L83A 3W3EA 1HSWA 4LZMA 1NHBA 2YBHA 174LA 2BQHA 4I7NA 4NGOA 1L60A 2XTHA 1LYJA 5B1FA 4XENA 1L91A 5LYZA 3A3RX 1OVKA 1L94A 1IOTA 4H1PA 1C60A 3WU8A 1V7TA 4XJIA 4I7OA 6LYTA 1WVVA 3HUQA 1QT5A 3CT5A 2CWIA 2LC9A 2Q9EA 1T8FA 164LA 2W1MA 3LZMA 1DYGA 4W53A 135LA 4ET9A 3P65A 1L54A 1B7LA 1HNLA 4PRQA 4DD0A 1LZ4A 1CTWA 1GFHA 3RZ4A 1L75A 1L56A 3WPJA 3HH3A 3TXKA 3LYTA 1IO5A 1G7JC 3C82A 5KY1A 1CUPA 4CFOA 1L06A 1DYEA 3GUNA 4J0LA 4NIJA 2ZNXY 213LA 2FYCA 1LYDA 1YKZX 1F10A 1LJHA 3WPKA 3F9LA 102LA 3SBBC 5E4PA 4GN5C 4XJHA 1WTMA 1LSAA 1RI8B 185LA 3WXTA 3G3AB 3DN6A 2IFFY 3C83A 1NBZC 212LA 1B7NA 1LZNA 2H9JA 3B6LA 3NYAA 155LA 1IWXA 1HMKA 229LA 3P64A 1T8GA 4NHIA 5A3ZA 2HUMA 4OWHA 125LA 3W6DA 3GXRA 1B5ZA 1ZURA 3P66A 256LA 2NTHA 2OE9X 5LIOA 1G0LA 1L89A 3AZ6A 4HPEA 3TMUA 112LA 1L84A 1H87A 3LYOA 4HV1A 1G07A 4HJZA 1YROA 146LA 1LSDA 2BLYA 2RBQA 1GBSA 1FBIX 3HBHA 4J7VA 1AT5A 1LMOA 150LA 2CDSA 1GF5A 5I54A 1C45A 1GFTA 4NHSA 1L13A 4RDSA 3SB8A 5K7OA 3ATOA 2HEFA 3DN3A 1C6TA 1GB8A 103LA 3CDQA 5E9RA 4LZTA 4WO9A 5FCPA 1VEDA 3G3WA 1NDMC 1ZVYB 1C6JA 4XJFA 1BB7A 1HEQA 3RZEA 1L93A 1GXXA 3QNGA 1GB0A 1QUSA 2EPEA 4YENA 1NWGA 3P4ZA 1PQIA 4NGYA 114LA 2B6TA 5FDJA 1IC7Y 1QSWA 3GUOA 1VATA 3DMVA 2YBNA 2MEGA 249LA 1C6QA 1L03A 5KXPA 1LGWA 1LPIA 257LA 1A2YC 237LA 133LA 2BQBA 4ZIXA 3DKEX 1LI2A 4DWXA 3A94A 1IWTA 1IR8A 1C6AA 4PK0A 1B5UA 4ARMB 1L31A 1LZYA 1ALCA 1LOZA 3LHMA 4H93A 1L53A 4EXMA 2BQAA 4DKLA 1GXV2 1T97A 4RLMA 5KXYA 3DN8A 1L32A 3WVXA 1G0QA 1XEKA 259LA 3CT0A 1LYHA 4H91A 4I7PA 162LA 1L19A 1LHMA 2A7FA 195LA 4PPOA 1ZYTA 4NHQA 1EQ4A 4MCKA 3EBAB 1QT6A 3ZVQA 6LYZA 1JIYA 4W56A 5IDDA 4NEBA 1LSCA 1OUBA 1RE2A 226LA 1GB9A 2Z39A 1GFEA 1PQDA 4B0DA 3TXDA 1GFKA 1QTEA 251LA 4ZFPA 3IJVA 1GE2A 5LYTA 2LZTA 1LJIA 1F0WA 148LE 2NTGA 1I56A 4LT1A 4GRVA 227LA 1AM7A 1T6HA 4NHTA 1P46A 3HUAA 4LYCA 4N5RA 2RAZX 1I20A 3CSQA 3V2YA 1BHZA 1LTMA 1HELA 2ANXA 1INUA 1ZWNA 4W59A 1IX0A 1GAZA 4YM8A 4KPMA 1KNIA 1L36A 1HF4A 1B7QA 1FLYA 1LWKA 1SQ2L 1DYBA 1BB4A 4A7DA 1HFXA 2C8PA 1B5WA 1GFGA 4OOTA 1JUGA 1L40A 3GUKA 2ZILA 1L34A 4LFPA 4P2EA 2BQFA 3SB6A 1VFBC 1WTHA 1LYSA 1VDQA 2ZNWY 104LA 3B0IA 3WUNA 3FADA 4GCEA 231LA 4NG8A 1L39A 1FLWA 1LSGA 4NGLA 1XFPL 193LA 3LYMA 4PGJB 1G1WA 173LA 1UIDA 1QSQA 262LA 110LA 4WM4A 1IWZA 235LA 5LVGA 2LCBA 5LXWA 1CV5A 1JPOA 2HULA 4IAPA 1KIQC 3A3QA 130LA 160LA 129LA 2B73A 3W6EA 3OJPA 3D3DA 1IOQA 5LA8A 1GB6A 4ETDA 1KY0A 5KKIA 1KIRC 1SWYA 2YDGA 3WW6A 1LJKA 4DD2A 1C66A 2H5ZA 1REXA 1IY3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NWE A;  4HJY A;  1QTD A;  1L64 A;  3A6B Y;  5B1G A;  1LYY A;  2B5Z A;  1GB7 A;  1O23 A;  1CUQ A;  3HTD A;  1IWY A;  2DQE Y;  3A95 A;  161L A;  1C62 A;  250L A;  4WM6 A;  3BKH A;  189L A;  157L A;  4EPF A;  4HPI A;  1JTT L;  4HTN A;  3TXF A;  1XJU A;  4H8Z A;  2G4P A;  4KXI A;  4X3B A;  2Z6B A;  1OUJ A;  1RJC B;  2DQA A;  3CT1 A;  1LSM A;  3GUJ A;  4KT3 A;  3HH6 A;  183L A;  1GBZ A;  1LMQ A;  1VAU A;  3ATN A;  1TCY A;  4GN3 A;  4WLY A;  1YAM A;  3K2R A;  4EKS A;  142L A;  4NFV A;  1CX7 A;  1LYG A;  1QTC A;  2QB0 B;  5HNL A;  2FBB A;  144L A;  2W1X A;  3JR6 A;  3C8S A;  4AGA A;  1BWI A;  1GBY A;  4RW2 A;  1L72 A;  1L11 A;  115L A;  1GE4 A;  3WYH A;  1L97 A;  2FYD A;  5C6J A;  3AZ4 A;  1GDX A;  2HU3 A;  1DI4 A;  2BQC A;  4XJG A;  1LLH A;  1P2R A;  4C5F A;  1TEW A;  1C67 A;  4G4B A;  1AZF A;  1CU0 A;  3A6C Y;  4W58 A;  254L A;  1LZT A;  4WO6 A;  2OE4 X;  4TSB A;  3FA0 A;  137L A;  1CJ6 A;  1PS5 A;  2LZM A;  4B49 A;  2ZYC A;  1PZY A;  5KXM A;  1L83 A;  3W3E A;  1HSW A;  4LZM A;  1NHB A;  2YBH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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