107LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKGELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 107lA00
1JTNA 2RAYX 3HH3A 177LA 1L82A 111LA 232LA 3C7WA 1P6YA 1P2RA 146LA 1P7SA 3DMXA 3G3VA 169LA 1L54A 1LYFA 1L74A 3DMZA 3DN0A 1L40A 4I7SA 4W51A 5LZMA 150LA 1L43A 4ARJA 1C67A 3C8RA 205LA 4DKLA 1CU2A 4PK0A 201LA 4LDLA 1G0KA 1C65A 1ZWNA 1JQUA 3HUQA 1L86A 3HT6A 3RZEA 260LA 261LA 4W57A 1C61A 4GBRB 3UONA 1C6HA 2OU0X 1KNIA 254LA 1T8AA 4EKPA 1L87A 5I14A 1L33A 1L99A 3CDTA 1LYIA 1C64A 259LA 1LI2A 2NTHA 212LA 4LDOA 2RB0X 242LA 126LA 2B6ZA 1ZURA 3DN8A 2OE7X 2RH1A 2ANVA 1CU6A 1LI6A 2RBQA 198LA 1G1VA 247LA 1DYGA 4YX7C 1SWYA 4AQNA 1P56A 4YXCA 4I7KA 1L30A 1L19A 3GUPA 1PQIA 248LA 1C6LA 3RUNA 1C6DA 162LA 3JR6A 3HU9A 1CX6A 1L70A 1DYBA 3SBAA 2B6TA 2OU9A 245LA 227LA 3OE0A 1L83A 1QUHA 2NTGA 141LA 191LA 1L45A 1P46A 1G07A 250LA 158LA 1L0JA 3DMVA 142LA 219LA 3CDVA 3HU8A 256LA 112LA 1L07A 1L96A 4W54A 1L15A 1QSBA 1D3NA 1L49A 3DN3A 2HUMA 2LCBA 152LA 221LA 4EJ4A 4I7OA 240LA 183LA 1L95A 181LA 3HT8A 3V2WA 253LA 1QT3A 1L22A 3SN6R 123LA 1CTWA 1L52A 1CV4A 3NY9A 1L11A 4W52A 161LA 1QS5A 2B6WA 3CDQA 229LA 3HTDA 1L92A 149LA 140LA 1KS3A 3L2XA 2RB2X 2O4WA 3G3WA 1QTDA 3SB7A 4ARQA 1C6CA 1CV1A 3C7YA 3DKEX 228LA 224LA 1T8FA 209LA 1L53A 178LA 3GUNA 4I7JA 1LYEA 159LA 164LA 258LA 4PJZA 1QT6A 1D3MA 1L75A 2B73A 195LA 1L08A 1QUDA 1L72A 2RBNA 1P36A 4I7RA 4ARLA 4YXAC 1L04A 1L06A 3GUIA 104LA 1L71A 1CU5A 1L56A 3HTFA 1L42A 1WTHA 4I7PA 3EMLA 1LYHA 3HUKA 239LA 234LA 1L79A 167LA 222LA 1KY0A 4LDEA 1G06A 3GUKA 1C6PA 1D2WA 1L94A 131LA 128LA 2RBSA 3NY8A 1D3FA 2HUKA 2B74A 1OYUA 236LA 1L13A 4W56A 7LZMA 1L48A 122LA 4W58A 1L23A 1CUQA 1L65A 3SB6A 3C8SA 1XJTA 1C6BA 206LA 4W55A 4EPFA 3F8VA 3D4SA 1DYEA 3C83A 1CV5A 1DYCA 211LA 3K2RA 1ZYTA 4OO9A 4DAJA 155LA 2F2QA 1QT8A 1L90A 1LWGA 2Z6BA 1P5CA 2B6XA 157LA 188LA 108LA 1T8GA 4E97A 213LA 1L05A 1L60A 172LA 1XEPA 3GULA 130LA 1L25A 1L02A 2OU8A 2OTYX 1L01A 218LA 4ZPUA 1L57A 231LA 2RBPA 143LA 1C63A 3C7ZA 1G0MA 1L85A 163LA 3QAKA 1SX7A 1TLAA 3ODUA 1OVHA 1C68A 3CDOA 1LI3A 262LA 4I7TA 1L12A 1L77A 2RBRA 1C66A 3NYAA 1C6KA 1L47A 1L21A 1LYGA 3F9LA 1L41A 6LZMA 1L80A 246LA 1OV7A 184LA 174LA 3SB9A 2A4TA 1L39A 2LC9A 1KW7A 1C60A 3DN4A 1EPYA 3PBLA 1D3JA 1KW5A 1L00A 3FI5A 1L61A 120LA 180LA 1P3NA 249LA 233LA 1LW9A 2B7XA 3SBBC 1C6FA 1OVJA 4ARQB 1DYDA 1L35A 1L68A 1LGWA 1C6MA 199LA 1C6TA 2O7AA 4W53A 175LA 176LA 1D2YA 138LA 1NHBA 1PQMA 4I7NA 1LWKA 1L20A 223LA 1L31A 4ARPA 1SWZA 225LA 196LA 127LA 3HT9A 1G0JA 2RAZX 1C69A 1L37A 1QSQA 1QTBA 1LGUA 1L44A 1L62A 1LYDA 151LA 3HH5A 186LA 200LA 109LA 3GUOA 170LA 1L36A 1L38A 1L88A 1L63A 1C6JA 3DN1A 103LA 3PDSA 119LA 255LA 3HH4A 2B70A 1L76A 1G0PA 1CV3A 1P37A 4EKRA 1CU0A 1L89A 189LA 3C80A 185LA 251LA 2Q9EA 1L50A 1G1WA 1QS9A 216LA 2IGCA 1QTHA 4EXMA 3V2YA 1I6SA 115LA 1L55A 1L98A 1C6GA 3LZMA 1CUPA 1L17A 125LA 1QTVA 2F32A 1OWZA 1LYJA 241LA 3OE8A 1L24A 2OEAX 3HUAA 3HDFA 1QT4A 3HDEA 4ARMB 3OE9A 3VW7A 3HH6A 182LA 1CVKA 1LPYA 1JTMA 165LA 137LA 1L0KA 1L26A 252LA 2OTZX 4I7MA 4W59A 4ARMA 1L29A 187LA 2Q9DA 173LA 1CU3A 3FA0A 1L14A 1G0LA 230LA 2F47A 1L09A 1C62A 1L46A 1PQDA 2RBOA 1L81A 2B75A 1L18A 3GUJA 2RB1X 2OE9X 3DN6A 3OE6A 1QTCA 257LA 220LA 235LA 3FADA 4S0WA 3DN2A 226LA 1C6QA 4EKQA 2QARC 3DNAA 3SB5A 3GUMA 129LA 1L16A 210LA 1CV0A 2L78A 1C6AA 147LA 217LA 1C6NA 1XJUA 3G3XA 1G0GA 3HT7A 215LA 1L84A 2B6YA 214LA 1L97A 2ANXA 1KY1A 1C6IA 114LA 237LA 1QT7A 190LA 1CV6A 4GRVA 3CDRA 197LA 1L32A 1SX2A 1LGXA 4K5YA 1B6IA 118LA 3SB8A 3C82A 1QUOA 3L64A 102LA 145LA 1OVKA 3HWLA 1L59A 2LZMA 1L28A 1L27A 2B72A 1L58A 244LA 4I7LA 1PQOA 1QUGA 1D9WA 4LZMA 166LA 1SSWA 1CX7A 1L73A 148LE 1LLHA 4EKSA 1SSYA 168LA 1L67A 2QB0B 2CUUA 156LA 1L10A 1T6HA 1PQJA 1DYFA 1L66A 1K28A 1QT5A 110LA 1QTZA 1T97A 3HTBA 1G0QA 1L51A 2O79A 144LA 1DYAA 1L64A 4IAPA 3C8QA 4EPIA 1P2LA 1L69A 160LA 1L03A 107LA 4DJHA 4I7QA 192LA 1C6EA 1L93A 1OWYA 3HTGA 139LA 2HULA 1P64A 1L34A 1OV5A 1PQKA 113LA 2OE4X 171LA 243LA 3C81A 238LA 1L91A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YSSC 4KPMA 1EQ5A 3TMVA 1P6YA 169LA 1L74A 3DMZA 2BQKA 2IHLA 1L40A 1IP4A 1GE4A 2XJWA 4I7SA 5LZMA 1PZYA 3C8RA 205LA 4DKLA 1JSEA 4GCFA 1YIKA 2D4KA 1LSFA 1KXYA 1JQUA 3HUQA 1L86A 4B4JA 3LN2A 3A3QA 3BKVA 4DT3A 4GCBA 4LT1A 5T3FA 1BWIA 4DD1A 2OU0X 4AGAA 4EKPA 5A3EA 5F9XA 3B0IA 1L33A 3B72A 5LVHA 1LYIA 1C64A 4L41A 2NTHA 4HTQA 135LA 3A90A 3DN8A 1KIRC 3AZ5A 5HMVA 1CU6A 2RBQA 198LA 1UIGA 1LSNA 2YBMA 1GBYA 2BQNA 3CT0A 3P64A 5KKIA 5C6IA 4I7KA 1L30A 3GUPA 1C45A 248LA 1J1XY 5M1YA 1UIDA 1LPIA 162LA 4Z3MA 245LA 1LZYA 2MEAA 4HPEA 4HTKA 141LA 1L45A 1P46A 1VEDA 158LA 4ETDA 219LA 1IR9A 1BB3A 1H6MA 1QSBA 1D3NA 2BQLA 2BQHA 2Y8PA 2LCBA 152LA 4NHIA 1UC0A 183LA 4MR1A 181LA 3HT8A 4RLMA 4R0FA 123LA 1CV4A 3NY9A 3ATOA 1GFKA 2BQGA 140LA 1WQQA 2O4WA 4LYBA 4LT0A 1UACY 3C7YA 4DC4A 1BWJA 1IWUA 1UICA 2CJLA 1L53A 3EBAB 1KIPC 164LA 1UIFA 1F6SA 4PJZA 1UIAA 1L08A 2DQDY 2H9JA 1P36A 1I56A 4Z98A 1YROA 3RZ4A 104LA 1B9OA 1L71A 4I7PA 4NFVA 1RCMA 1VDSA 3HUKA 1LJEA 1B5UA 1QQYA 3A67Y 1YAQA 1IR7A 1GWDA 2XTHA 3SP3A 1LSAA 1HMLA 1IOTA 1W6ZA 2HUKA 4OOOA 2B74A 1YKYX 1BGIA 7LZMA 3ZVQB 208LA 1LZ8A 1CUQA 1L65A 1XJTA 1IP6A 1WTMA 5IELA 1GB7A 1HERA 3C83A 4H9FA 3WUMA 4OO9A 211LA 4CJ2A 1ZYTA 2F2QA 2MEIA 1L90A 1LMCA 2Z6BA 1GEZA 4HJYA 188LA 5HNCA 1XEPA 1HSWA 1L01A 1HENA 218LA 4ZPUA 1WQRA 231LA 2RBPA 143LA 4QEQA 3WH1A 3QAKA 1QIOA 3CDOA 3OK0A 1L12A 3ATNA 1L77A 5LYZA 3HBDA 1VDTA 3WPKA 1LJ4A 2BQEA 1IY3A 4E3UA 246LA 1OV7A 174LA 1KW7A 1G7MC 3DN4A 1GFRA 3W6AA 1AT5A 1D3JA 1LSCA 2AUBA 1L61A 1GBWA 4NGLA 1G7JC 180LA 1P3NA 3WW6A 3RT5X 3SBBC 5B59A 1C6FA 1DYDA 1LGWA 1LJGA 3AGIA 4BAPA 1XEJA 153LA 1GFUA 2O7AA 1PQMA 4RW1A 1LWKA 2Z38A 1L20A 3HBEX 4CGEA 1L44A 5KXSA 2ZQ4A 1LYDA 200LA 4H8ZA 4W94A 170LA 1L36A 1L88A 1JPOA 4N0JA 134LA 4GN3A 5LAFA 1CKCA 2B70A 3WUAA 1L76A 4J1AA 5KXRA 4DD0A 3P65A 1L89A 3C80A 3A92A 5F9UA 1L50A 1QS9A 2IGCA 1GB2A 2DQHY 1I6SA 4YENA 1L55A 1WQNA 1BB4A 4TUNA 3CT1A 1XGQC 1IWZA 1C6GA 1WQMA 4H90A 1CUPA 125LA 2Z37A 1LYJA 3QE8A 4B4EA 4NGOA 1F0WA 4OW1A 1LZ1A 3HDFA 3HDEA 3OE9A 1B5WA 1GBZA 4H9BA 4YEMA 1HELA 5A3ZA 1L0KA 1EQEA 1HFZA 5DLAA 2ZNXY 1ALCA 1ZVHL 4O34A 5D5FA 3CSZA 3TXJA 1IY4A 1BVXA 2F47A 3OE6A 4LT3A 2YBIA 220LA 2QARC 3DNAA 4QGZA 3A95A 2BQMA 210LA 2L78A 1C6AA 1A2YC 1YQVY 4DYGA 4NGKA 1B7RA 1XEIA 1L84A 2B6YA 3F6ZA 4DQ5A 3W6BA 1IOCA 1C6IA 4DD7A 5APCA 114LA 3WXTA 237LA 3CDRA 197LA 4XENA 1YAMA 1B6IA 1FLYA 1I1ZA 1QUOA 4KXIA 1OVKA 1L58A 1QUGA 1QUTA 1SSYA 1L67A 3IWRA 1T6HA 2Z12A 4QY9A 3EXDA 5KKJA 1K28A 1GXXA 5C6JA 4H9IA 4RLNA 144LA 1DYAA 3C8QA 3W6FA 4IATA 160LA 4NGJA 3TXHA 4I7QA 194LA 1IOQA 4KL7A 5LVGA 2HULA 2W1XA 1P64A 1OV5A 4H1PA 3C81A 4XYYA 4H9AA 1JTNA 1L82A 1ZVYB 2C8OA 3WMKA 111LA 1WVVA 1IVMA 5LAGA 1P2RA 3LHMA 3DMXA 2MECA 2LHMA 3G3VA 1LYFA 4DWXA 1DPWA 3DN0A 4WLTA 1RI8B 2FBBA 1L43A 3A6CY 4ML7A 2MEGA 3TXBA 4LDLA 3LYZA 1C65A 2DQEY 2MEFA 1LJKA 3CB7A 4CFPA 1BVKC 1GF0A 2FYDA 3UONA 1KNIA 2HEEA 1AT6A 1LHKA 1QDTA 1L99A 3CDTA 1LI2A 4DQJA 4XJFA 5FCPA 1YAOA 3A34A 1LKRA 126LA 3WULA 2RH1A 2ANVA 1LI6A 1G1VA 1HFXA 5EBHA 1DYGA 4YX7C 1LHLA 2BQCA 3AGGG 1B7QA 5LVIA 3D9AC 4YXCA 4YM8A 4NG1A 5B05A 1REZA 4ETCA 1GFHA 4HTNA 3T36A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2YSS C;  4KPM A;  1EQ5 A;  3TMV A;  1P6Y A;  169L A;  1L74 A;  3DMZ A;  2BQK A;  2IHL A;  1L40 A;  1IP4 A;  1GE4 A;  2XJW A;  4I7S A;  5LZM A;  1PZY A;  3C8R A;  205L A;  4DKL A;  1JSE A;  4GCF A;  1YIK A;  2D4K A;  1LSF A;  1KXY A;  1JQU A;  3HUQ A;  1L86 A;  4B4J A;  3LN2 A;  3A3Q A;  3BKV A;  4DT3 A;  4GCB A;  4LT1 A;  5T3F A;  1BWI A;  4DD1 A;  2OU0 X;  4AGA A;  4EKP A;  5A3E A;  5F9X A;  3B0I A;  1L33 A;  3B72 A;  5LVH A;  1LYI A;  1C64 A;  4L41 A;  2NTH A;  4HTQ A;  135L A;  3A90 A;  3DN8 A;  1KIR C;  3AZ5 A;  5HMV A;  1CU6 A;  2RBQ A;  198L A;  1UIG A;  1LSN A;  2YBM A;  1GBY A;  2BQN A;  3CT0 A;  3P64 A;  5KKI A;  5C6I A;  4I7K A;  1L30 A;  3GUP A;  1C45 A;  248L A;  1J1X Y;  5M1Y A;  1UID A;  1LPI A;  162L A;  4Z3M A;  245L A;  1LZY A;  2MEA A;  4HPE A;  4HTK A;  141L A;  1L45 A;  1P46 A;  1VED A;  158L A;  4ETD A;  219L A;  1IR9 A;  1BB3 A;  1H6M A;  1QSB A;  1D3N A;  2BQL A;  2BQH A;  2Y8P A;  2LCB A;  152L A;  4NHI A;  1UC0 A;  183L A;  4MR1 A;  181L A;  3HT8 A;  4RLM A;  4R0F A; 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