109LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKKELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 109lA00
1CU2A 1L10A 1L83A 2B7XA 3SB7A 1L73A 3RUNA 1L82A 1CTWA 115LA 4DKLA 189LA 244LA 1JTNA 1I6SA 1C62A 1PQDA 184LA 1OWZA 1L62A 1G0MA 242LA 1G0JA 1JQUA 1L65A 235LA 1L75A 200LA 224LA 1L60A 1DYCA 1L39A 166LA 3HT8A 1L74A 2O7AA 217LA 2QB0B 3SB9A 1C63A 4EKSA 107LA 262LA 3CDVA 1XJUA 3GUIA 1C6LA 2RB2X 4ARPA 4I7PA 212LA 1OWYA 4LDOA 3HT9A 1G1WA 1T97A 1L0KA 1L52A 1L20A 1L30A 1L56A 201LA 3HTFA 175LA 3GULA 1L00A 3DN3A 1PQJA 1KY1A 2OU8A 228LA 1P5CA 252LA 1L0JA 3GUMA 1QUGA 1C6CA 1LYHA 230LA 1NHBA 206LA 1QT4A 1L91A 1C6QA 215LA 1P64A 1D3FA 183LA 158LA 1D9WA 1CU0A 1CU3A 1L11A 3C81A 239LA 2F32A 1CV3A 4EXMA 213LA 177LA 4EPFA 1L42A 1L94A 1T8AA 1C6TA 3HU8A 1ZURA 4K5YA 110LA 3G3WA 1L23A 1L34A 1QUOA 3C8SA 1KW5A 1LYJA 1L46A 3CDRA 2OEAX 1P6YA 4W56A 1D2WA 1LWGA 1OV5A 2F2QA 216LA 1L07A 1L17A 4W59A 253LA 1P37A 171LA 1L72A 1DYEA 2B75A 1P2LA 2RBNA 3V2YA 1L19A 1LYGA 174LA 186LA 2RBQA 180LA 138LA 1C6EA 2OU9A 1CV6A 1L12A 1C67A 3GUOA 1L57A 3HH4A 108LA 1L68A 123LA 1L49A 214LA 1DYBA 2RBOA 243LA 1CV1A 120LA 1C69A 2NTGA 185LA 1L05A 1SSWA 3GUJA 4W54A 1OYUA 2RBPA 2HUKA 2Q9EA 2LCBA 2RAZX 250LA 3SBAA 4W51A 1L69A 4LZMA 1C6MA 240LA 1L24A 150LA 1L21A 3NY9A 4AQNA 163LA 4PK0A 1LI3A 4EKPA 1L90A 1L59A 2ANVA 1L92A 1CV4A 143LA 2OTZX 3HTDA 109LA 1CU5A 2B6WA 1L02A 3HH5A 1C60A 1PQKA 205LA 1L55A 3PDSA 2RBRA 3GUKA 128LA 3DKEX 1P2RA 1LYFA 161LA 1C6PA 3JR6A 1P46A 1L50A 1L06A 3F9LA 145LA 1L16A 1L32A 111LA 249LA 1L14A 3OE9A 4I7RA 2LZMA 1L67A 173LA 3RZEA 4ARQB 3G3XA 1G0PA 3EMLA 4LDEA 1JTMA 1QSQA 3ODUA 3C82A 3FA0A 147LA 4YXAC 3HDFA 2OU0X 3G3VA 1CX7A 3OE6A 3HH6A 4I7SA 1PQIA 4EKQA 4I7QA 3FADA 2NTHA 130LA 1K28A 3HUKA 160LA 221LA 222LA 1LYEA 197LA 5LZMA 1CUPA 1G0QA 4ARMB 172LA 1P3NA 241LA 1DYGA 125LA 1L31A 254LA 159LA 2OE7X 1D2YA 3HT6A 256LA 3PBLA 1C6FA 1EPYA 3UONA 4ZPUA 129LA 2HULA 4ARJA 3D4SA 1L53A 182LA 260LA 3DMZA 1LYDA 3C8QA 3SB6A 3LZMA 2B72A 127LA 3K2RA 4I7MA 3C83A 113LA 114LA 1D3JA 1L85A 1T6HA 4ARLA 4W58A 1QT5A 140LA 119LA 2O79A 198LA 4GRVA 3SB5A 2B6TA 1L45A 1SWYA 3NYAA 226LA 3HTGA 1ZWNA 223LA 3C8RA 225LA 1OVHA 209LA 1D3NA 247LA 233LA 169LA 1L15A 1L27A 3HU9A 2A4TA 1L70A 1L37A 139LA 1LYIA 1KW7A 3DN6A 4ARQA 1D3MA 3SN6R 258LA 195LA 167LA 2HUMA 1P7SA 1L09A 2B73A 1L40A 238LA 3CDQA 3DN2A 245LA 4YX7C 1L81A 1L48A 1L36A 1LLHA 1KS3A 1G0LA 1C6KA 1C66A 4E97A 3CDTA 1L58A 1L93A 3V2WA 1LPYA 1OV7A 3VW7A 4EPIA 1L98A 237LA 1QUHA 3HDEA 1C6JA 1G1VA 4PJZA 4ARMA 7LZMA 162LA 1C68A 199LA 1L84A 229LA 187LA 1L64A 5I14A 146LA 190LA 2RAYX 191LA 3DNAA 3DN4A 4W57A 3F8VA 1LW9A 151LA 1LI6A 1QTBA 4W53A 1C6GA 1L47A 3SBBC 2CUUA 232LA 1L44A 1T8FA 3CDOA 1L33A 1L35A 1CVKA 1L28A 1L96A 4W55A 1L51A 4W52A 4EJ4A 1QSBA 218LA 3L2XA 1TLAA 6LZMA 122LA 1P56A 231LA 1L13A 1SWZA 2OE4X 3C80A 236LA 1WTHA 259LA 142LA 210LA 1G0GA 149LA 3C7WA 2OE9X 1QTZA 1ZYTA 1PQMA 1L97A 1L87A 1L66A 3L64A 1C6BA 1QT8A 1L89A 1QTHA 1QS9A 137LA 3HWLA 196LA 141LA 1B6IA 1KY0A 2RB1X 4I7TA 112LA 1L01A 148LE 2B6XA 1C6IA 1L88A 2OTYX 1PQOA 211LA 2ANXA 1L22A 1C6NA 1QT7A 156LA 1SX7A 1L63A 102LA 227LA 3DN1A 2B6YA 1G06A 2RBSA 103LA 2RB0X 1L41A 4OO9A 1CX6A 4I7KA 3OE8A 1KNIA 2RH1A 4IAPA 1L03A 1LI2A 1L26A 178LA 1SSYA 4DJHA 1L04A 1L61A 4S0WA 1L80A 219LA 3SB8A 1L25A 181LA 4LDLA 4GBRB 1L38A 3HUQA 188LA 1C6AA 1G07A 3DN0A 3HUAA 155LA 1DYAA 4I7NA 1L43A 1OVKA 1LGUA 192LA 1CV0A 168LA 3OE0A 1QS5A 2B74A 2LC9A 1P36A 176LA 1L71A 248LA 4I7LA 1CUQA 1DYFA 2Z6BA 1T8GA 1G0KA 1QUDA 1L18A 165LA 1LGWA 1L54A 4EKRA 3NY8A 2B6ZA 1CU6A 1SX2A 220LA 3HT7A 3HTBA 3C7YA 2O4WA 1QT6A 1L77A 3DMVA 164LA 1C61A 2F47A 1QTVA 1XEPA 261LA 118LA 1C65A 3FI5A 251LA 1DYDA 3GUPA 3DN8A 126LA 104LA 255LA 1LGXA 2Q9DA 257LA 4I7JA 2B70A 3DMXA 246LA 234LA 170LA 131LA 4YXCA 1L95A 1XJTA 1L86A 2IGCA 3GUNA 3HH3A 1C6HA 1L79A 3QAKA 152LA 1L08A 2L78A 4I7OA 1QTCA 2QARC 1QTDA 144LA 1C64A 157LA 4DAJA 3C7ZA 1L99A 1L76A 1LWKA 1OVJA 1QT3A 1CV5A 1L29A 1C6DA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XBSA 4RDSA 115LA 189LA 1C62A 5DL9A 1ZMYL 242LA 1G0JA 1L65A 1L75A 224LA 4N1CC 4HPIA 166LA 2BQEA 4NGJA 3SB9A 107LA 1GF4A 1BB4A 1KXXA 1LYOA 4ARPA 5AMYA 2YBLA 2YBJA 4LDOA 4GN5C 154LA 1L52A 1L20A 1D0MA 1AM7A 1O23A 1OUIA 3LN2A 1LSPA 1LZNA 1QUGA 1GPQC 1LYHA 1B2KA 1LJJA 1LZSA 1CU0A 4FJRA 2Z37A 4NHIA 1C6TA 3WUAA 4DQJA 4WM4A 2HEBA 4NHSA 1LYJA 4HSFA 1BB7A 3RU5A 3LHMA 1L17A 3LZTA 5F9UA 1P37A 1J1PY 1P2LA 138LA 2OU9A 1WQQA 2ZQ4A 2LZTA 1ALCA 1L68A 123LA 3TMUA 4PRUA 1GF8A 1CV1A 1BWIA 2NTGA 3AW6A 185LA 1IP4A 1SSWA 2XTHA 1OYUA 2Q9EA 2RAZX 2W1YA 1GE1A 1C6MA 240LA 1L24A 150LA 1L21A 163LA 1GB9A 5A3ZA 3B0IA 1L59A 3B0KA 1GE2A 1LSEA 2OTZX 3BKHA 3LZ2A 109LA 3HH5A 205LA 2RBRA 3WW5A 128LA 161LA 1D0LA 4FDYA 3RW8A 1BVKC 3F9LA 1GDXA 4B1AA 1DI3A 1L32A 4I7RA 2LZMA 1HNLA 1B5ZA 3RZEA 1JTOL 2W1MA 3AYQA 2BQNA 1LZ4A 3G3XA 3EMLA 2AUBA 4KT3A 1CJ7A 2H9JA 3TXBA 5LXWA 4WLTA 4G9SA 1LMAA 1QSAA 3HBDA 4LT2A 3G3VA 1CX7A 3HH6A 2NTHA 160LA 221LA 2BLYA 1YANA 1P3NA 4HTQA 1DYGA 1G7HC 2OE7X 159LA 4MR1A 1C6FA 1EPYA 3UONA 4ARJA 260LA 3DMZA 5KXLA 5DLAA 4NG1A 3B72A 3K2RA 4M6DA 1G7LC 4TTDA 3IJVA 2YBHA 4GCFA 5IDDA 4ARLA 2DQGY 2MEFA 1JIYA 3AB6A 198LA 1AT6A 4GRVA 5KXOA 4H9FA 1IX0A 226LA 223LA 3C8RA 1CNSA 3GXKA 5F16A 3N9CA 4OWHA 1LYSA 6LYTA 2A4TA 4TSCA 2EPEA 1LJKA 1YAMA 4ARQA 1D3MA 1IY4A 1NBYC 1GB7A 3DN2A 4YX7C 4H9HA 1LLHA 4NGWA 1JJ3A 1GF3A 3CDTA 3CT5A 1L58A 2ZNWY 1CKFA 1LPYA 3TXEA 1JSFA 1IP5A 3HDEA 1LSBA 4GCCA 162LA 1C68A 4B4IA 1LZ6A 1XFPL 199LA 5JENB 2ZYPA 5C6IA 2MECA 1L64A 3HBHA 9LYZA 2EKSC 3DN4A 1LW9A 151LA 4WOAA 1C08C 3WUNA 1RFPA 4G4HA 1L44A 1T8FA 3CDOA 4EMNA 1OUAA 1GFEA 1L51A 4W52A 1QDRA 3OK0A 4B49A 4OWCA 1TLAA 4WM5A 1JSEA 1L13A 1IWWA 5B1GA 142LA 149LA 3C7WA 2OE9X 1LYYA 1GBYA 1PQMA 1JITA 1L87A 1L66A 1C6BA 1QT8A 1JKDA 1QTHA 1QS9A 4GCDA 196LA 6LYZA 4W96A 1GB0A 1V7SA 2ANXA 1L22A 1LZBA 1LHHA 1LSDA 1DKKA 3WULA 4DD0A 1CKHA 2I26L 1G06A 2DQIY 4LT0A 5APEA 2RB0X 3WYHA 4I7KA 3N9EA 4IAPA 3WU8A 4NGYA 1LI2A 178LA 2F4GA 1CJ8A 4LYMA 4S0WA 5LA5A 4UWNA 1B5WA 1L25A 1G7IC 1OUCA 4NGVA 2Z18A 1L38A 188LA 5LINA 4H94A 3CSQA 2X0AA 3CT0A 1GDWA 1OVKA 2XBRA 4IATA 2XQOA 1ZV5L 2LC9A 2BQFA 176LA 4NSGA 248LA 1BVXA 1HMLA 1QUDA 4H9AA 1G7JC 5DN5A 4EKRA 1IOQA 3A92A 2ZNXY 1GB5A 3W6EA 1WQOA 1B7LA 3AZ5A 2F47A 1C61A 1XEPA 2FYDA 1LJFA 1CJ6A 4HPEA 3RNXA 1LZCA 3ZEKA 5I4XA 255LA 1LGXA 2Q9DA 3RT5X 2B70A 5FCPA 1H6MA 3A8ZA 1CKDA 2H9KA 1L86A 3WVXA 4WO9A 1LZGA 1B0DA 1UC0A 1NQIA 152LA 2L78A 5DN4A 4NY5A 1QTCA 1TAYA 5F9XA 1C64A 2LZ2A 2B7XA 1BB5A 5LVGA 3RUNA 5DM9A 153LA 1L82A 4DKLA 244LA 5KJ9A 1HSWA 193LA 184LA 1OWZA 1PQDA 2D6BA 1EQEA 1TBYA 1YAQA 2N5ZA 2HEFA 2NWDX 200LA 1GFJA 1L60A 3HT8A 217LA 2MEIA 1C63A 1IWTA 1OUDA 2RB2X 1LZ9A 1YKZX 1G1WA 1IORA 1L00A 1LJ4A 1PQJA 1C7PA 4LFXA 1NKHA 1P5CA 1HENA 1C6CA 230LA 1NHBA 1AKIA 134LA 3A93A 1C6QA 4HP0A 1P64A 1UIBA 1D3FA 4AXTA 158LA 1D9WA 3C81A 1TEWA 3AW7A 2F32A 1CV3A 177LA 2YBNA 208LA 5KXZA 1UICA 1QUOA 4OOTA 3C8SA 4L41A 4WM6A 1L46A 2YSSC 4W56A 4H1PA 4OWAA 1IP6A 1OV5A 2F2QA 207LA 1L07A 3GXRA 1DKJA 3G3BB 1L72A 5I53A 1FN5A 180LA 1CV6A 1L12A 3SP3A 3AGHA 4RW2A 5KXPA 2CJLA 1LSNA 1XSFA 1D6PA 4C5FA 2BQHA 120LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XBS A;  4RDS A;  115L A;  189L A;  1C62 A;  5DL9 A;  1ZMY L;  242L A;  1G0J A;  1L65 A;  1L75 A;  224L A;  4N1C C;  4HPI A;  166L A;  2BQE A;  4NGJ A;  3SB9 A;  107L A;  1GF4 A;  1BB4 A;  1KXX A;  1LYO A;  4ARP A;  5AMY A;  2YBL A;  2YBJ A;  4LDO A;  4GN5 C;  154L A;  1L52 A;  1L20 A;  1D0M A;  1AM7 A;  1O23 A;  1OUI A;  3LN2 A;  1LSP A;  1LZN A;  1QUG A;  1GPQ C;  1LYH A;  1B2K A;  1LJJ A;  1LZS A;  1CU0 A;  4FJR A;  2Z37 A;  4NHI A;  1C6T A;  3WUA A;  4DQJ A;  4WM4 A;  2HEB A;  4NHS A;  1LYJ A;  4HSF A;  1BB7 A;  3RU5 A;  3LHM A;  1L17 A;  3LZT A;  5F9U A;  1P37 A;  1J1P Y;  1P2L A;  138L A;  2OU9 A;  1WQQ A;  2ZQ4 A;  2LZT A;  1ALC A;  1L68 A;  123L A;  3TMU A;  4PRU A;  1GF8 A;  1CV1 A;  1BWI A;  2NTG A;  3AW6 A;  185L A;  1IP4 A;  1SSW A;  2XTH A;  1OYU A;  2Q9E A;  2RAZ X;  2W1Y A;  1GE1 A;  1C6M A;  240L A;  1L24 A;  150L A;  1L21 A;  163L A;  1GB9 A;  5A3Z A;  3B0I A;  1L59 A;  3B0K A;  1GE2 A;  1LSE A;  2OTZ X;  3BKH A;  3LZ2 A;  109L A;  3HH5 A;  205L A;  2RBR A;  3WW5 A;  128L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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