109LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKKELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 109lA00
1C6QA 218LA 4GBRB 1L89A 1OWZA 1LYDA 3QAKA 1L38A 1QT5A 2ANXA 184LA 181LA 3HUKA 187LA 2B6WA 130LA 2B7XA 3G3WA 1L26A 1C60A 4EKQA 1L29A 1L33A 1D2YA 1CX6A 195LA 232LA 1L84A 1L98A 151LA 1D3FA 1L66A 242LA 2RB2X 1C62A 1L60A 1L28A 3C81A 2B73A 1C6MA 1CV3A 1L45A 1KY0A 1T8GA 3CDOA 3DKEX 3FADA 1L73A 249LA 237LA 228LA 1C66A 1L05A 2IGCA 1PQJA 1KS3A 210LA 1G1VA 1QSBA 4EPIA 2O79A 1L03A 2B6TA 4I7NA 1L21A 1P46A 1SSWA 200LA 167LA 1L58A 156LA 4EJ4A 2OTZX 162LA 1KY1A 4W55A 171LA 1C6IA 1C6HA 220LA 3C8QA 149LA 4EKSA 3UONA 3JR6A 4DAJA 147LA 1L64A 170LA 191LA 199LA 1L57A 1C6AA 1DYDA 1D3MA 1TLAA 178LA 3GUJA 4LDOA 145LA 1L48A 1B6IA 1CUPA 3DN1A 1I6SA 1LYEA 1L50A 1SWZA 2OE9X 262LA 3HT6A 1CV6A 1P37A 3FA0A 1XJTA 1L53A 1WTHA 3F8VA 173LA 248LA 1L0JA 1QT3A 1L75A 2B6YA 3G3VA 4ARMB 1P5CA 1T6HA 1P2RA 2B72A 2B6ZA 1L88A 131LA 1G1WA 1L83A 258LA 1L32A 175LA 164LA 4I7SA 1CV1A 3HTBA 118LA 114LA 1L72A 1JQUA 1LI6A 4IAPA 1L17A 1P2LA 1DYGA 1LYGA 253LA 3V2YA 1C6LA 3VW7A 1L23A 4I7OA 4LDLA 1G07A 1L10A 1T8FA 3HH6A 4ARQA 1C67A 3RZEA 109LA 1P7SA 3NY9A 1P64A 4K5YA 1OVKA 1L65A 2LZMA 2RAZX 3HU9A 3HH4A 2L78A 3OE6A 4W52A 2OU0X 3HT7A 1G0JA 152LA 3HT9A 257LA 2NTHA 192LA 2B6XA 1L19A 1L16A 125LA 255LA 4ARJA 3C7YA 1CU5A 1L09A 1D2WA 1PQIA 238LA 127LA 3OE0A 3F9LA 197LA 1L22A 111LA 1L25A 1KNIA 2B74A 144LA 1SWYA 1K28A 1QTDA 3NYAA 225LA 1EPYA 142LA 1CV5A 3SB9A 4E97A 251LA 1C61A 216LA 1C6PA 2OE4X 1C6NA 157LA 1P3NA 2QARC 3OE8A 129LA 3SBAA 1QT6A 212LA 2Q9EA 110LA 1SX2A 215LA 3CDVA 245LA 234LA 3CDTA 165LA 2LCBA 1L99A 143LA 169LA 1C6GA 1D3NA 2QB0B 3GUNA 1L40A 5I14A 4ARMA 146LA 4EPFA 185LA 1L46A 1L85A 4ZPUA 1LYHA 230LA 2OEAX 1L43A 3SB7A 183LA 1C6CA 123LA 1LYFA 1L52A 1DYAA 1QTHA 1OVHA 4I7RA 2F32A 4YX7C 2HUKA 236LA 4W57A 3C7WA 2RBRA 1L13A 1L01A 1CV0A 1G06A 198LA 1L70A 260LA 3LZMA 3ODUA 3HH3A 1L02A 3DNAA 166LA 1KW5A 1CU2A 3GUPA 3DMZA 1G0MA 1PQKA 2A4TA 3V2WA 1L55A 3GUOA 182LA 1L69A 1L80A 1L96A 4DJHA 2B70A 4I7KA 1CX7A 1G0LA 1LI3A 259LA 3DN4A 223LA 4W59A 1L15A 4GRVA 244LA 2RBOA 1CV4A 1L61A 2OE7X 1L59A 233LA 120LA 1LGWA 158LA 1JTMA 1L39A 3HDFA 256LA 250LA 3HDEA 189LA 3DN2A 188LA 168LA 4W51A 1L87A 1DYBA 1L74A 1L94A 1C6JA 241LA 5LZMA 1L31A 1QTCA 1LWKA 1L95A 1L81A 4PK0A 1L91A 2RAYX 2B75A 2F2QA 1L04A 1LWGA 3C82A 3L2XA 3DN3A 1L92A 3EMLA 1LGUA 1CU6A 201LA 3HT8A 1CU0A 4PJZA 102LA 1L0KA 1L18A 1L11A 1CTWA 137LA 4LDEA 1L82A 1L35A 140LA 1L14A 222LA 4EKPA 1D9WA 3HTDA 2OU8A 1QTBA 1L76A 161LA 213LA 1C6KA 172LA 1KW7A 119LA 163LA 2RBPA 1L67A 1PQMA 4ARLA 138LA 4I7QA 1OVJA 2RBSA 246LA 4W54A 4EXMA 247LA 1XJUA 229LA 3DMXA 1C65A 177LA 1DYCA 1LYJA 226LA 2OTYX 1QTZA 2RB1X 2RH1A 3GUKA 1L79A 1P56A 1D3JA 1XEPA 112LA 115LA 4S0WA 1L49A 4I7MA 1L62A 190LA 1L54A 139LA 3OE9A 4EKRA 1QUDA 159LA 1L36A 104LA 3K2RA 3C8SA 1QT4A 3NY8A 1L90A 1LI2A 4YXAC 160LA 3HUAA 1L34A 1CVKA 4ARPA 1L30A 1C6BA 1L08A 176LA 1OV5A 174LA 2O4WA 1L37A 1L42A 1QUGA 2HULA 1P36A 211LA 1L86A 4ARQB 4AQNA 1QT7A 1G0GA 4DKLA 1ZYTA 1L07A 2O7AA 1L71A 2HUMA 1C69A 1L20A 1CU3A 1QS9A 2OU9A 6LZMA 1CUQA 1NHBA 113LA 1QS5A 231LA 206LA 1C6EA 1C64A 1L00A 1LPYA 3C80A 4LZMA 107LA 2NTGA 1L51A 4OO9A 3RUNA 3GULA 141LA 224LA 3HWLA 3CDRA 214LA 1L47A 1L93A 3FI5A 2ANVA 209LA 4W56A 4W58A 235LA 4I7JA 3PDSA 1L56A 3G3XA 1OV7A 1G0KA 3SN6R 205LA 3HU8A 3C7ZA 180LA 3PBLA 2F47A 3SBBC 1L24A 239LA 2CUUA 150LA 3C83A 1C6DA 1T97A 227LA 3HH5A 4YXCA 126LA 148LE 3HTFA 1LYIA 252LA 217LA 1QTVA 1QUOA 1L06A 3GUIA 155LA 1C6FA 1P6YA 1OYUA 3CDQA 1OWYA 1L44A 221LA 3DN0A 3SB6A 2RBQA 1L97A 4I7PA 1L27A 1C63A 1ZWNA 254LA 1PQOA 1QSQA 1ZURA 1L77A 1QT8A 243LA 1L12A 3HUQA 4I7LA 240LA 103LA 1DYEA 108LA 4W53A 2Z6BA 1LW9A 3D4SA 1G0QA 3SB5A 1L68A 1PQDA 2Q9DA 3DN6A 1L63A 122LA 3DMVA 3L64A 128LA 1C68A 3HTGA 1G0PA 2RB0X 1JTNA 7LZMA 1L41A 1LLHA 196LA 1QUHA 3SB8A 1DYFA 1T8AA 3GUMA 3DN8A 186LA 1SSYA 1C6TA 3C8RA 1LGXA 2RBNA 261LA 2LC9A 219LA 4I7TA 1SX7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6QA 1XGUC 2CJLA 4PHIA 1OWZA 4LT2A 1LYDA 1L38A 4NSJA 2ANXA 181LA 3HUKA 5KXOA 130LA 3CQLA 2B7XA 1OP9B 5KXYA 1L29A 1GFRA 1CX6A 3ATOA 1PS5A 1LJHA 1DKJA 232LA 1L98A 2CWIA 4Z3MA 1B7SA 5FCPA 3AZ5A 1T8GA 4MR1A 2YBLA 3CDOA 249LA 5LVJA 1KS3A 4OWAA 3IJUA 2O79A 1L03A 4I7NA 1L21A 4R6CA 1NDGC 3CSZA 167LA 156LA 2Z18A 1O23A 1KY1A 220LA 2MEGA 4OWBA 3A6CY 1L64A 191LA 1GEZA 1L57A 1C6AA 4II8A 2FBBA 3M18B 3W6AA 4NEBA 1B6IA 4J1BA 5FEKA 4LYMA 1L50A 2XBRA 4RW1A 1P37A 4ETBA 1L53A 3HFMY 1WTHA 1GFGA 2H9JA 2XJWA 1BB7A 4DQ7A 1F0WA 4WG7A 2B6ZA 5T3FA 1G1WA 1IIZA 4GN5C 4PJ2C 193LA 1GF8A 2YBMA 4NSGA 3HBDA 3T36A 2D4JA 1LZ1A 3VW7A 4I7OA 4LDLA 4DT3A 1LMTA 1G07A 5APCA 5L3HA 3CT1A 5F81A 109LA 3NY9A 2LYOA 1OVKA 2LZMA 2F4GA 3HU9A 4KXIA 3OE6A 5KKIA 3HT7A 2Z38A 4BS7A 1HEOA 255LA 1G7LC 4G9SA 1IX0A 2VB1A 2BQOA 1D2WA 3WUNA 2B74A 2BQAA 5B1FA 1GE4A 1VAUA 1B7MA 1EQ5A 4LT3A 3SB9A 1C61A 1C6PA 1IC5Y 2BAAA 2A7FA 1GE3A 2D4KA 1GB3A 1C6NA 1LZ8A 4WLTA 3OE8A 1GB0A 1QT6A 1CJ8A 2Q9EA 4HV2A 245LA 2PC2A 165LA 169LA 3WVYA 2FYCA 4YOPA 3GUNA 1CKGA 2I25L 185LA 1L46A 1YROA 1L85A 5D5FA 5LA5A 1LYHA 2OEAX 5ILCA 4QEQA 4NG8A 2Z12A 3LYOA 1L52A 5I53A 2F32A 4X3BA 2HUKA 3C7WA 2RBRA 1HENA 1G06A 4NFVA 4E3UA 1GBXA 4WM4A 1YL1X 1UACY 1L70A 260LA 1DKKA 3WMKA 1KXXA 1CU2A 3GUPA 3AJNA 3A8ZA 4UWVA 1G0LA 1LI3A 223LA 2RBOA 1CV4A 2OE7X 233LA 158LA 3DN2A 1DYBA 1UIFA 1L74A 1C6JA 241LA 5LZMA 4YF2A 1IP3A 4NIJA 2BQJA 1LMOA 1GBOA 1VEDA 4PK0A 2I26L 2F2QA 3L2XA 1LWGA 2F4AA 1L92A 3EMLA 4NG1A 3HT8A 102LA 2BQFA 5F16A 1CTWA 1F6SA 1FDLY 2HUBA 140LA 1LMPA 1IY3A 1OUEA 1LZAA 1IP5A 1QTBA 3W6BA 4DDCA 161LA 2ZILA 5KXWA 1WTMA 1TAYA 1C6KA 1BB3A 4TTDA 4NSHA 2LZ2A 5FSTA 2W1XA 2RBPA 2BQMA 1GFHA 4I7QA 2LHMA 1YAQA 1LSZA 2W1YA 4DYGA 4EXMA 1TDYA 1DYCA 5HNLA 2OTYX 1GFEA 2HEAA 3AW6A 3LYMA 3A67Y 1XEJA 1QSWA 1UIDA 3EBAB 4I7MA 1GBWA 2DQEY 3OE9A 4EKRA 1LMCA 1HNLA 2BQNA 159LA 1C43A 3C8SA 3NY8A 3OJPA 3TXBA 1LI2A 3HUAA 1L34A 4LYOA 4H9AA 1C6BA 3D9AC 5B1GA 174LA 5C6JA 1REXA 4ARQB 1BB5A 4FDYA 1T3PA 1IC4Y 4ZFPA 3ZVQB 208LA 133LA 1LYOA 4ETAA 1CUQA 3WU9A 2W1MA 1C6EA 1AZFA 1LPYA 4LZMA 214LA 4W58A 9LYZA 1JIYA 2YBIA 1L56A 3A6BY 3SN6R 1OV7A 1G0KA 1C08C 3C7ZA 3PBLA 3VWOA 4NHSA 3EMSA 3WL2A 1KXWA 150LA 1DXJA 3AB6A 148LE 3BKVA 3HTFA 252LA 5C6LA 1HMKA 1LJ3A 4Z46A 1BVXA 3LN2A 1G7MC 2YDGA 3AYQA 1L27A 1C63A 254LA 4EOFA 4KL7A 3BKHA 1JJ3A 1L77A 1QT8A 4I7LA 3W6EA 4OW1A 2Q0MX 3IWRA 3E3DA 1DYEA 2C8PA 1YILA 3FE0A 3ZEKA 2W1LA 4W96A 1LW9A 4XJBA 3P4ZA 3TXFA 1WQNA 1YIKA 3DMVA 1A4VA 128LA 4XENA 3WULA 4G4HA 5KJ9A 1GFJA 2MEEA 4PRUA 5KXRA 2RB0X 3ZVQA 1I1ZA 1LZCA 4NSIA 1WVVA 1B7RA 1CKHA 4M6DA 186LA 3WH1A 132LA 2ZIKA 1IEEA 4WM5A 3C8RA 1LGXA 261LA 4RLNA 1YKZX 2D4IA 4GBRB 1XEKA 5LINA 1CNSA 1HHLA 4RW2A 1FLWA 1JTTL 2B6WA 1WVUA 5DM9A 5FDJA 4EKQA 4N1CC 2FYDA 4QDNA 1L84A 151LA 1D3FA 2RB2X 1C7PA 1OUDA 1VDPA 5KXXA 1XSFA 3WXTA 3DKEX 237LA 1LJ4A 2Z2FA 3RNXA 1GWDA 1G1VA 1QSBA 4EPIA 4HSFA 4ML7A 4WLYA 4GCDA 1L58A 1ZV5L 1SQ2L 4EJ4A 4W55A 171LA 1C6HA 3UONA 4DAJA 4DD9A 170LA 2YVBA 1UICA 1DYDA 1D3MA 1TLAA 3P64A 178LA 1WTNA 145LA 1L48A 3DN1A 1I6SA 1Z55A 4DC4A 2MEDA 2OE9X 1BWJA 2G4QA 1INUA 2F2NA 1GB5A 3TMVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1C6Q A;  1XGU C;  2CJL A;  4PHI A;  1OWZ A;  4LT2 A;  1LYD A;  1L38 A;  4NSJ A;  2ANX A;  181L A;  3HUK A;  5KXO A;  130L A;  3CQL A;  2B7X A;  1OP9 B;  5KXY A;  1L29 A;  1GFR A;  1CX6 A;  3ATO A;  1PS5 A;  1LJH A;  1DKJ A;  232L A;  1L98 A;  2CWI A;  4Z3M A;  1B7S A;  5FCP A;  3AZ5 A;  1T8G A;  4MR1 A;  2YBL A;  3CDO A;  249L A;  5LVJ A;  1KS3 A;  4OWA A;  3IJU A;  2O79 A;  1L03 A;  4I7N A;  1L21 A;  4R6C A;  1NDG C;  3CSZ A;  167L A;  156L A;  2Z18 A;  1O23 A;  1KY1 A;  220L A;  2MEG A;  4OWB A;  3A6C Y;  1L64 A;  191L A;  1GEZ A;  1L57 A;  1C6A A;  4II8 A;  2FBB A;  3M18 B;  3W6A A;  4NEB A;  1B6I A;  4J1B A;  5FEK A;  4LYM A;  1L50 A;  2XBR A;  4RW1 A;  1P37 A;  4ETB A;  1L53 A;  3HFM Y;  1WTH A;  1GFG A;  2H9J A;  2XJW A;  1BB7 A;  4DQ7 A;  1F0W A;  4WG7 A;  2B6Z A;  5T3F A;  1G1W A;  1IIZ A;  4GN5 C;  4PJ2 C;  193L A;  1GF8 A;  2YBM A;  4NSG A;  3HBD A;  3T36 A;  2D4J A;  1LZ1 A;  3VW7 A;  4I7O A;  4LDL A;  4DT3 A;  1LMT A;  1G07 A;  5APC A;  5L3H A;  3CT1 A;  5F81 A;  109L A;  3NY9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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