112LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKPELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 112lA00
214LA 1L22A 144LA 1CU5A 1OVHA 2F32A 162LA 1L70A 4I7KA 2L78A 2B70A 1L45A 1L49A 1ZURA 1QUHA 245LA 2Q9EA 3V2YA 4YX7C 210LA 1C60A 200LA 2OTYX 3FADA 1QS9A 1SSWA 1C6NA 221LA 1ZYTA 2F2QA 3DMXA 1DYGA 3CDTA 3DN4A 1CV4A 1L82A 157LA 3HDFA 1KNIA 1G06A 1L68A 206LA 3DN8A 1D9WA 1LYDA 4ARMA 1P37A 1C6CA 3HT9A 2LC9A 2OE7X 5LZMA 137LA 3HU8A 1L18A 1WTHA 1OVJA 2NTGA 1D2YA 3G3XA 1QT8A 3GUKA 3HTFA 1LYIA 216LA 182LA 1L89A 3HTDA 1CX7A 178LA 258LA 146LA 1L63A 3HUKA 1L05A 1CV5A 1L25A 3HTGA 4W52A 1G07A 1L97A 3L2XA 1L37A 1G0JA 1QUGA 119LA 3SB5A 4I7RA 145LA 1L07A 2RB0X 4DKLA 156LA 2B72A 218LA 1L0KA 1L03A 1OYUA 1L43A 250LA 1LGXA 177LA 1CU3A 1L15A 1P7SA 1T8AA 1KY0A 1L46A 220LA 151LA 7LZMA 1CV6A 3C8QA 2B73A 2RB1X 209LA 2RH1A 1L27A 4ARPA 230LA 1G0GA 1NHBA 4W51A 126LA 166LA 3C8SA 3DN3A 1LGUA 1L77A 128LA 252LA 2CUUA 4GBRB 240LA 237LA 4I7QA 4I7MA 251LA 4LZMA 1L30A 189LA 249LA 3HU9A 1D2WA 1L80A 1L81A 2RBNA 1KS3A 196LA 1L91A 3NYAA 1ZWNA 3DKEX 3PBLA 3RUNA 1L10A 2OE9X 2RBSA 4EKRA 1CV1A 1QTHA 1C6LA 3C7WA 167LA 1CUQA 1OWZA 1SX7A 1PQMA 1L20A 1L93A 1QT5A 247LA 107LA 2OU8A 3GUMA 3OE0A 1P64A 3HT7A 3SB8A 1L26A 1C6HA 1C6BA 1G0MA 260LA 2ANXA 1L59A 242LA 212LA 2Z6BA 1C6MA 1L55A 111LA 3C7YA 3CDQA 1LI6A 159LA 3DN1A 1L33A 3SB9A 1L47A 1L19A 4W54A 1SWYA 1L53A 1CVKA 1L51A 1C6QA 174LA 236LA 1EPYA 1L57A 3OE8A 3C80A 2B6WA 3JR6A 1P56A 2RBPA 3RZEA 192LA 1I6SA 2B74A 3CDVA 130LA 2ANVA 1DYDA 1SWZA 3HUQA 4PJZA 3C82A 1G0PA 1XJUA 4ARMB 2RBQA 131LA 1C67A 3OE9A 4ARQA 1LI3A 1PQOA 248LA 138LA 3DMZA 118LA 223LA 110LA 1C6DA 1QSBA 1PQKA 4EPIA 1OV5A 1L00A 158LA 109LA 3HDEA 219LA 1CTWA 4EKSA 3HTBA 1LYHA 3F9LA 4I7SA 1L95A 4PK0A 1L87A 1L31A 3C8RA 1QTCA 4ZPUA 160LA 1LW9A 1C64A 1QTBA 4AQNA 226LA 215LA 1DYCA 243LA 161LA 1P5CA 239LA 2A4TA 224LA 3HT8A 4LDOA 1L17A 1D3JA 1P36A 1CU0A 3GUPA 201LA 1L12A 3EMLA 1L50A 3VW7A 3ODUA 1CV0A 3UONA 2HUMA 1L14A 181LA 1L13A 1C62A 142LA 1L67A 222LA 1L88A 1L79A 139LA 3G3VA 3C7ZA 233LA 1L60A 1L61A 1L40A 1DYBA 1T97A 1L16A 108LA 2RBOA 3DMVA 254LA 1G0KA 1L62A 140LA 3D4SA 1L08A 1QUDA 2B6XA 1L32A 113LA 1C65A 1QT6A 197LA 2O7AA 1PQIA 1L56A 2OEAX 1QS5A 4W55A 2OTZX 1D3NA 1KW7A 1KW5A 1XJTA 227LA 3C81A 253LA 2QB0B 1C61A 1OVKA 2RB2X 2B75A 3DNAA 1CU2A 3OE6A 3SBAA 1L52A 2RAZX 1JTNA 3HWLA 3SB7A 1QT3A 257LA 1L04A 180LA 4I7NA 1C66A 238LA 1L28A 3HH6A 1L99A 1L41A 1L72A 1P2LA 172LA 1LYGA 1L66A 1L54A 1G1WA 231LA 1C6KA 183LA 1L98A 187LA 4EKPA 229LA 171LA 3GULA 1KY1A 169LA 1QTVA 1T8GA 232LA 104LA 1L11A 1L73A 4E97A 2OU9A 4LDEA 3HUAA 2IGCA 1LWKA 1L39A 1PQDA 2LCBA 1DYFA 4S0WA 1T8FA 175LA 1L86A 1L84A 1L0JA 120LA 1C6TA 225LA 259LA 4YXAC 3C83A 6LZMA 1QTZA 3SB6A 184LA 1C63A 1L21A 4ARQB 1L94A 143LA 3LZMA 1L92A 1L35A 3GUIA 1QT7A 3CDOA 1C6IA 1C6AA 4EJ4A 2O79A 1QUOA 114LA 2F47A 123LA 3NY8A 195LA 1T6HA 5I14A 168LA 1P2RA 1XEPA 3DN2A 1OWYA 4GRVA 1L85A 1SX2A 246LA 4I7LA 228LA 1P3NA 205LA 1LWGA 3DN6A 127LA 112LA 4LDLA 261LA 4EPFA 1L71A 2B6YA 2RBRA 4ARJA 1LYJA 3FA0A 3HH3A 217LA 1G0LA 102LA 255LA 2Q9DA 163LA 1CUPA 4I7OA 1LLHA 3G3WA 1P46A 3GUOA 165LA 2OU0X 213LA 2LZMA 3SBBC 148LE 1DYEA 4I7PA 176LA 149LA 1D3FA 1LYEA 152LA 1L58A 155LA 4EXMA 1L90A 4W56A 1C6GA 1L29A 1L64A 3F8VA 1TLAA 198LA 1D3MA 3HH4A 3NY9A 4W57A 4DAJA 3DN0A 1LGWA 4DJHA 1L24A 173LA 3FI5A 1C6PA 3SN6R 1C68A 1LPYA 1CV3A 1QSQA 115LA 2QARC 3V2WA 1G0QA 2B6ZA 1L48A 191LA 1JTMA 2NTHA 186LA 4K5YA 234LA 4YXCA 1L74A 1C6EA 2O4WA 3PDSA 2HULA 122LA 129LA 141LA 1QT4A 150LA 4W59A 1DYAA 4EKQA 2B7XA 185LA 1K28A 1L76A 3GUNA 1P6YA 147LA 1L42A 1C6JA 1L38A 1L96A 1L69A 2OE4X 2RAYX 1L06A 241LA 3HH5A 4I7TA 1CX6A 1QTDA 1LI2A 2HUKA 1L75A 1C6FA 1C69A 1SSYA 4ARLA 4W58A 3CDRA 1PQJA 3L64A 244LA 211LA 125LA 1L36A 1L02A 1G1VA 262LA 1OV7A 3GUJA 164LA 1L34A 4IAPA 3K2RA 1L09A 4W53A 1CU6A 170LA 1L83A 1B6IA 235LA 1L44A 4OO9A 3HT6A 199LA 190LA 3QAKA 1L01A 1LYFA 2B6TA 103LA 1L65A 1L23A 1JQUA 256LA 188LA 4I7JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CB7A 3RW8A 1HSXA 5F81A 1G7JC 2BLXA 1LSFA 1GBOA 4II8A 245LA 2Q9EA 1XEJA 2DQGY 1QUTA 5D5FA 3G3BB 1KXXA 4NSJA 3HDFA 4ET9A 1KNIA 4NSHA 4DQJA 1C6CA 2LC9A 1LSPA 137LA 1IP3A 5KXLA 4PJ2C 4GLVA 4I8SA 1L89A 4DDBA 1OUAA 1LHJA 1CX7A 2FYCA 1TCYA 1TAYA 1HEQA 1L63A 1L05A 4W52A 4Z98A 3TXJA 2N5ZA 1G0JA 2HU3A 2DQIY 119LA 4I7RA 145LA 2BQKA 4DKLA 156LA 1GFGA 1L0KA 250LA 135LA 4H93A 3CSRA 2RB1X 209LA 4WLYA 2F4AA 1BQLY 1L27A 1B7SA 1QDRA 5DN4A 1VDTA 5A3ZA 1L77A 4YF2A 3HBEX 1YANA 1ZMYL 2YBIA 4LZMA 4N1CC 189LA 4BS7A 1L81A 5DN5A 2X0AA 1IC7Y 1L91A 1UIDA 4U3XB 3WUMA 3RUNA 2BQDA 4EKRA 1CV1A 1P2CC 1PQMA 1L20A 3GXKA 4GLAA 107LA 3SB8A 4R0FA 4KXIA 1DXJA 1SLYA 1L59A 242LA 2Z6BA 1C6MA 1L55A 4H94A 1HNLA 3C7YA 3SB9A 3W6EA 4H9BA 1IWUA 1LZ6A 4B0DA 5LXWA 3JR6A 1LSGA 1P56A 3RZEA 192LA 4HTKA 2B74A 1REMA 1LOZA 1NQIA 1RFPA 1SWZA 5KXMA 2MEIA 4ARMB 1UUZC 2RBQA 1IP7A 5LVIA 1QSAA 1XEIA 248LA 2Z18A 1LZRA 4YM8A 4XJBA 1QSBA 5I53A 3RU5A 4AGAA 4HJZA 1L95A 1JTOL 5LA5A 1C64A 4B4IA 1P5CA 4WO9A 2A4TA 1HEPA 1L17A 4LYMA 2C8OA 1LCNA 1HSWA 1GFHA 5LYMA 4GCBA 3A6BY 1RE2A 1L79A 3C7ZA 233LA 1L40A 1LZAA 1DYBA 2Z19A 2W1YA 2LYZA 1GB5A 108LA 2RBOA 1AZFA 1L62A 154LA 2LYOA 5KXZA 9LYZA 1GE2A 5KXPA 134LA 113LA 4DYGA 1LSNA 2O7AA 1IWZA 3P65A 3WU8A 1TDYA 4ETDA 1QSWA 3C81A 4GN4A 1LZNA 2QB0B 1C61A 1OQMA 4PHIA 4NHIA 3TXBA 4NG1A 2FYDA 4XN6A 2RAZX 3HWLA 3SB7A 1LMCA 1C66A 238LA 3HH6A 1JISA 1LSAA 3N9AA 1G1WA 1L98A 5F14A 2NWDX 1KIQC 1F6RA 169LA 1QTVA 4WM3A 1T8GA 1LMQA 4E97A 1LJIA 2DQEY 1GBYA 2MEBA 2IGCA 1L39A 4S0WA 1B7OA 175LA 4GCEA 1GFEA 1L0JA 1EQEA 225LA 6LZMA 1TBYA 4NHSA 1QTZA 5F16A 184LA 2G4PA 5KXTA 3B6LA 3A8ZA 1L35A 5FCPA 3GUIA 1FLYA 4EJ4A 2O79A 2F47A 5DLAA 168LA 3DN2A 1OWYA 4XENA 3J6KA 1MLCE 1YIKA 1SX2A 3LYZA 228LA 3W6AA 3WYHA 1FLQA 1GF5A 1A4VA 4J0LA 3WPLA 261LA 3KAMA 4DC4A 4WM1A 1HC0A 1LZ8A 5IDDA 1DI3A 3QNGA 4D9ZA 4UWUA 3GUOA 165LA 5KXSA 2OU0X 213LA 4NY5A 1XSFA 4PRUA 2ZYPA 1B7NA 4HV2A 1DYEA 2ZWBA 4I7PA 2BQCA 4M6DA 1ZVYB 1L90A 1C6GA 1GPQC 3TMWA 1TLAA 1TEWA 3HH4A 4DAJA 1FN5A 1LGWA 3SN6R 1C68A 1PS5A 4QY9A 132LA 4LYOA 5I4WA 1KIRC 1CV3A 1QSQA 1DZBX 2CJLA 2HECA 4H9AA 5ILFA 4RW1A 1L74A 1C6EA 3PDSA 2HULA 4WM5A 4Z41A 5K7OA 1IP6A 3AGGG 1P6YA 4ETEA 1L42A 1C6JA 1L38A 5KXRA 1LKRA 4PGJB 2RAYX 1LHIA 153LA 4I7TA 2HUKA 1C6FA 1KXYA 5T3FA 3L64A 125LA 1L02A 262LA 1OV7A 4YEMA 1F10A 1IWTA 4TSBA 4B1AA 1L09A 3A34A 1GD6A 1LAAA 1L83A 1QQYA 2XBSA 235LA 2DQCY 190LA 1L01A 1VEDA 1QUSA 1BB4A 2B6TA 4WM4A 1L65A 1WTMA 3AJNA 214LA 5ILCA 4CGEA 1LZEA 1YKXX 1YILA 4WMGA 2GV0A 1QUHA 6LYTA 2BQFA 1C60A 1JUGA 4H8YA 3AZ6A 4HTQA 4H8ZA 1I1ZA 1J1OY 1ZYTA 3CDTA 1UIAA 1L82A 4H9FA 206LA 1NBYC 3ATOA 1CJ8A 1P37A 1E8LA 1C08C 1KIPC 2NTGA 4RDSA 4ZFPA 4WG1A 1D2YA 3GUKA 2W1MA 1BWJA 1YAQA 1JHLA 1AKIA 1LSDA 3LHMA 3HTDA 1LSEA 1IC5Y 1LYSA 1HHLA 2VB1A 1CV5A 1L25A 3HBDA 1NDGC 3L2XA 4KPMA 1SQ2L 4EMNA 3A3QA 3ZEKA 1L03A 3TXEA 177LA 2MEFA 1T8AA 1CKFA 1T6VL 151LA 3TMVA 1CV6A 2DQHY 2BQOA 1XGUC 3WH1A 4UWNA 2RH1A 4TSCA 1CJ9A 4DD9A 3CT0A 126LA 2Q0MX 3B0IA 3C8SA 1B5YA 1LGUA 3DN3A 252LA 1LZ5A 4NGYA 4GBRB 1FKQA 5M1YA 2G4NA 251LA 1L30A 2BQIA 1D2WA 1KS3A 196LA 3A3RX 5B59A 2RBSA 2W1XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CB7 A;  3RW8 A;  1HSX A;  5F81 A;  1G7J C;  2BLX A;  1LSF A;  1GBO A;  4II8 A;  245L A;  2Q9E A;  1XEJ A;  2DQG Y;  1QUT A;  5D5F A;  3G3B B;  1KXX A;  4NSJ A;  3HDF A;  4ET9 A;  1KNI A;  4NSH A;  4DQJ A;  1C6C A;  2LC9 A;  1LSP A;  137L A;  1IP3 A;  5KXL A;  4PJ2 C;  4GLV A;  4I8S A;  1L89 A;  4DDB A;  1OUA A;  1LHJ A;  1CX7 A;  2FYC A;  1TCY A;  1TAY A;  1HEQ A;  1L63 A;  1L05 A;  4W52 A;  4Z98 A;  3TXJ A;  2N5Z A;  1G0J A;  2HU3 A;  2DQI Y;  119L A;  4I7R A;  145L A;  2BQK A;  4DKL A;  156L A;  1GFG A;  1L0K A;  250L A;  135L A;  4H93 A;  3CSR A;  2RB1 X;  209L A;  4WLY A;  2F4A A;  1BQL Y;  1L27 A;  1B7S A;  1QDR A;  5DN4 A;  1VDT A;  5A3Z A;  1L77 A;  4YF2 A;  3HBE X;  1YAN A;  1ZMY L;  2YBI A;  4LZM A;  4N1C C;  189L A;  4BS7 A;  1L81 A;  5DN5 A;  2X0A A;  1IC7 Y;  1L91 A;  1UID A;  4U3X B;  3WUM A;  3RUN A;  2BQD A;  4EKR A;  1CV1 A;  1P2C C;  1PQM A;  1L20 A;  3GXK A;  4GLA A;  107L A;  3SB8 A;  4R0F A;  4KXI A;  1DXJ A;  1SLY A;  1L59 A;  242L A;  2Z6B A;  1C6M A;  1L55 A;  4H94 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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