114LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKTELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 114lA00
143LA 1L82A 3G3XA 142LA 1QUDA 3FI5A 1C6HA 3GUKA 235LA 3C80A 170LA 1T8AA 1L41A 182LA 228LA 2CUUA 1L47A 3OE0A 3C82A 1L76A 3SB7A 238LA 214LA 1LGWA 4ARQB 240LA 1PQMA 3RUNA 245LA 2L78A 1C60A 1SX7A 3GULA 1LYGA 2RBQA 3CDTA 150LA 1LGXA 168LA 1QT6A 1G07A 4EPFA 1LWKA 1L05A 141LA 1C6JA 1L64A 4I7RA 1C6LA 1PQKA 1PQIA 1L48A 1L51A 220LA 1L24A 1L83A 1OVKA 201LA 2RB0X 1QUHA 2QARC 1LYEA 1QT4A 6LZMA 236LA 218LA 3HUKA 1QTDA 1XEPA 4I7NA 1C6IA 1P36A 3ODUA 4AQNA 1T6HA 3HT8A 257LA 3SB5A 1CUQA 1L32A 1P3NA 1CV5A 1QT3A 1L21A 223LA 1L85A 216LA 115LA 172LA 1L31A 219LA 1L06A 261LA 1P6YA 1XJUA 1QT5A 1L56A 3EMLA 103LA 2B73A 233LA 1SX2A 262LA 3V2WA 1C65A 3C81A 1PQJA 1C6GA 111LA 3D4SA 1L90A 2F2QA 120LA 148LE 217LA 2B72A 1LI3A 215LA 169LA 246LA 3GUOA 166LA 2OTZX 152LA 190LA 186LA 3DN4A 1ZWNA 3DN6A 1CX7A 1L55A 1L52A 3HUQA 4W55A 1L33A 140LA 239LA 3RZEA 3HWLA 2RBPA 1JTMA 1L04A 1LI2A 1QTVA 1L99A 129LA 1L25A 1QTBA 3HH4A 4ZPUA 1OWZA 222LA 1P2LA 1CV6A 3NY8A 113LA 1L71A 3C7YA 1C6PA 3G3VA 4I7QA 2OE4X 199LA 1C64A 1OYUA 1L45A 1CU6A 1L53A 2OE7X 1DYGA 102LA 1L18A 1C6EA 1L68A 155LA 4ARPA 3G3WA 2RBRA 108LA 250LA 1DYFA 4W53A 2RB1X 1KW5A 1P5CA 1C6KA 1G0JA 1L28A 112LA 230LA 3C8RA 4LDOA 3SB9A 4I7MA 2B74A 2O4WA 1D3JA 1CU0A 1T8GA 1C66A 3CDVA 3HDFA 1LYHA 231LA 1LLHA 2RAZX 1L91A 1OWYA 3HDEA 1L74A 1L96A 1DYBA 130LA 147LA 1L97A 1T97A 1L20A 4YXCA 1L38A 3HTDA 4DKLA 1L19A 4I7OA 1L16A 123LA 2B6XA 1EPYA 3C83A 1L36A 1L77A 161LA 251LA 1KY1A 4OO9A 180LA 158LA 1L57A 137LA 1L08A 2LCBA 1G1WA 4I7PA 196LA 1L0JA 256LA 1C6FA 3L2XA 1CU2A 2NTGA 1D2WA 1D3FA 1P2RA 1CUPA 149LA 255LA 104LA 3CDRA 3HH3A 1C6TA 2Z6BA 3PBLA 234LA 110LA 1L66A 1XJTA 260LA 1L34A 125LA 146LA 1L88A 1G0LA 109LA 3HTGA 162LA 1CV3A 1TLAA 165LA 2OTYX 1LWGA 2B70A 1DYCA 1L11A 253LA 2RBSA 3VW7A 2F32A 1L73A 1SSWA 156LA 126LA 1CX6A 114LA 1L02A 248LA 1C6MA 5I14A 1QS9A 2HUMA 1L81A 3SN6R 4W52A 1QTHA 157LA 2RH1A 1P37A 128LA 1L54A 4DJHA 1L93A 2QB0B 1ZURA 175LA 241LA 1L59A 1QSBA 1LPYA 1G0KA 1KS3A 237LA 243LA 3DN8A 4ARLA 254LA 1G06A 1LI6A 213LA 4IAPA 2ANVA 1P46A 1I6SA 178LA 4I7TA 3F8VA 1CV1A 2A4TA 2B6YA 2LC9A 1K28A 3JR6A 3L64A 1P56A 258LA 1CU5A 4DAJA 144LA 1L80A 211LA 1P7SA 1LYJA 1L67A 1L43A 2IGCA 118LA 4I7JA 1B6IA 3K2RA 3DMZA 1G0MA 3HU9A 3NYAA 1L26A 1C6NA 1C63A 1D3NA 1L89A 2O79A 3HT9A 3DN1A 212LA 1QTZA 227LA 4EKSA 1D3MA 195LA 4EPIA 1QSQA 1L29A 191LA 4ARMB 4W51A 3DMXA 3HUAA 3C7WA 1L46A 1OVJA 1CU3A 1L75A 4EKQA 3OE8A 197LA 252LA 4LDEA 198LA 1L63A 171LA 1C6BA 127LA 164LA 1L40A 145LA 1L13A 1SWYA 1C68A 1L44A 221LA 122LA 1QT7A 3SBAA 119LA 200LA 1L92A 1L58A 3GUPA 1JTNA 3CDQA 1L17A 2Q9EA 1CV0A 1SSYA 3QAKA 1L79A 163LA 1L07A 1NHBA 2NTHA 1L30A 2LZMA 1SWZA 3C8QA 247LA 3OE6A 1L12A 1L61A 2B6WA 1LYFA 2O7AA 1DYEA 3HTFA 2OU8A 1L22A 2OU9A 244LA 1G0QA 1L00A 4LZMA 1P64A 1L60A 1QT8A 1L95A 1C6CA 1LYDA 1L42A 1OVHA 187LA 1DYDA 4EKRA 3HT6A 1L69A 3HH6A 4W57A 2B6TA 2B75A 2Q9DA 1C6AA 4W58A 1L65A 1OV5A 226LA 1L86A 160LA 1CVKA 1L01A 189LA 1C61A 1QUGA 1L03A 1WTHA 4YX7C 139LA 1G1VA 3LZMA 159LA 2OE9X 4YXAC 3V2YA 4W59A 1L14A 2RBNA 259LA 1CV4A 1DYAA 4GBRB 4GRVA 4W56A 1L0KA 3SB6A 4I7SA 3GUNA 1PQOA 3OE9A 1QS5A 2OU0X 4I7LA 3HT7A 4S0WA 3PDSA 1C62A 210LA 3SBBC 3NY9A 1QTCA 174LA 1L72A 1OV7A 184LA 2RAYX 1L87A 1L49A 167LA 176LA 4LDLA 107LA 4ARMA 1L27A 3HTBA 242LA 1KW7A 1L50A 1L98A 185LA 229LA 206LA 1QUOA 3C8SA 2B7XA 2HULA 4I7KA 151LA 4W54A 1D2YA 4EJ4A 1L23A 1L37A 2RBOA 1CTWA 224LA 1L09A 3CDOA 177LA 1C69A 3GUMA 1KY0A 3DN2A 3UONA 4PK0A 131LA 4EXMA 1L10A 3SB8A 2HUKA 1PQDA 192LA 3HH5A 1C6QA 232LA 1C6DA 1L35A 1L94A 7LZMA 3FA0A 3GUJA 3DN3A 209LA 3DKEX 249LA 4PJZA 1L70A 1G0GA 1L84A 1ZYTA 3C7ZA 3DN0A 2RB2X 181LA 1LYIA 2ANXA 3GUIA 1C67A 173LA 225LA 3HU8A 5LZMA 3DNAA 3FADA 1LGUA 1KNIA 4E97A 2OEAX 2F47A 4ARQA 138LA 1D9WA 1LW9A 4K5YA 4EKPA 3F9LA 205LA 1L39A 2B6ZA 1L62A 3DMVA 1G0PA 188LA 1T8FA 183LA 1JQUA 4ARJA 1L15A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LZBA 4NGLA 2MEAA 4LT0A 4ETEA 4W94A 2MEBA 4YENA 3FI5A 4DC4A 1QIOA 4H8ZA 1AT5A 4LFXA 170LA 3CSQA 1XGUC 1L47A 3OE0A 1GF6A 3SP3A 3SB7A 4RDSA 4OWAA 3WW6A 4XJDA 4OW1A 2MECA 2I26L 1JHLA 2L78A 3B0OA 3HBDA 1F6SA 1QUSA 2D4KA 1JKCA 1IOQA 1G07A 4EPFA 3B0IA 141LA 1IR8A 2H9KA 1UIBA 1CKGA 1PQIA 2EQLA 1DKKA 4XJGA 3ODUA 1P36A 4AQNA 3CB7A 1T6HA 4XJFA 3HT8A 1P2CC 1WQNA 257LA 2C8PA 2W1XA 1GB0A 3SB5A 153LA 3QNGA 4NHTA 1CUQA 4H90A 1IP1A 5LAGA 1E8LA 4N1EI 1L85A 216LA 219LA 1LHLA 1QT5A 1L56A 1YKXX 4GN3A 4NHPA 4UWNA 5KXYA 1C65A 1JJ0A 2XBSA 1ZMYL 4L41A 1G7HC 1B7QA 2B72A 2HEAA 169LA 246LA 6LYTA 2DQDY 4WM5A 152LA 1WVVA 4IATA 1GHLA 5LYZA 4XJBA 3N9AA 2YDGA 3HWLA 4XJHA 2RBPA 1JTMA 1EL1A 1GB3A 1QTVA 1BVXA 1L25A 3G3BB 1JEFA 1NMMA 3HH4A 4H8YA 4H94A 1P2LA 113LA 1BWJA 3G3VA 4NGZA 1LYYA 4ETCA 3A67Y 1VDQA 4B4IA 1NF5A 1PS5A 1L45A 2OE7X 4H9FA 1L18A 2HEDA 5KXOA 1LZCA 155LA 1DZBX 2RBRA 4W53A 4TWSA 5KXWA 3CT0A 1G0JA 112LA 230LA 1T3PA 2O4WA 1C66A 4H91A 1HEQA 1LYHA 1B7PA 1OWYA 1LSNA 1T97A 4YXCA 4O34A 3HTDA 4HJYA 1GFAA 2GV0A 1EPYA 3C83A 1G7JC 251LA 3CQLA 2ZQ4A 1L08A 2LCBA 1NBZC 2D6BA 1L0JA 1C6FA 2NTGA 255LA 3HH3A 2Z6BA 5KXRA 110LA 1INUA 2BQHA 1XJTA 4HV2A 260LA 3TMUA 125LA 4LYOA 4J7VA 4NSJA 2LHMA 3HTGA 4WOAA 162LA 4HPEA 2ZWBA 1RCMA 2OTYX 1KXXA 1LWGA 3VW7A 1CJ8A 1L73A 156LA 1CX6A 114LA 3B72A 1AT6A 2BQLA 1LYOA 1HC0A 5C6JA 1DI4A 2HUMA 3SN6R 4DJHA 1L93A 175LA 2MEDA 1G0KA 4LT3A 4HJZA 3WL2A 4X3BA 2AUBA 132LA 1P46A 3D3DA 1CV1A 1T6VL 1QTEA 2WARA 1LMCA 1P56A 1VDTA 1LZAA 1D0MA 4QDNA 1D9UA 133LA 1CJ6A 2BQEA 4NWHA 2DQJY 1B6IA 3K2RA 2BQDA 3BKHA 1L26A 1L89A 1YKYX 1IP4A 1BB5A 2CDSA 212LA 4FJRA 195LA 3AZ7A 1LZ5A 4GCCA 4I8SA 3HUAA 1MLCE 1DI5A 5D5FA 1C10A 1OVJA 3IJUA 198LA 1IY4A 1L63A 171LA 127LA 4DQ7A 2ZYCA 3TXEA 1HF4A 3G3AB 1HMKA 3OK0A 1LZSA 1L44A 1YKZX 119LA 1L58A 5T3FA 4NGVA 3GUPA 5B07A 4HJVA 2Q9EA 1SSYA 1YILA 2NTHA 1NDGC 2BQMA 3KAMA 247LA 4QEQA 1L61A 3WUMA 1DYEA 1DKJA 3HTFA 1L22A 1BQLY 2OU9A 244LA 3AYQA 4GLVA 4LZMA 1LSDA 1L95A 2Z2EA 1OVHA 4NFVA 1L69A 4H93A 2B6TA 2B75A 1HEPA 1L86A 3AGHA 5B59A 1CVKA 1C7PA 189LA 1C61A 3P66A 1QUGA 5LIOA 3K3TA 1XEKA 4WG1A 1HFXA 139LA 2ZILA 3V2YA 1GWDA 1LJ3A 1BB7A 1L14A 1LCNA 1IP7A 1DYAA 1L0KA 1WQOA 3TXFA 4C3WA 2PC2A 3P68A 4II8A 5KKIA 4ET9A 4S0WA 3BKVA 3ULRA 2ZYPA 1QTCA 174LA 3P65A 2RAYX 1IX0A 3RZ4A 1IOTA 4M6DA 185LA 9LYZA 2Z18A 5L3HA 3C8SA 4I7KA 2HTXA 1L37A 2RBOA 2BQBA 5C6IA 5ILCA 1L09A 177LA 3A93A 4PK0A 1YQVY 3WYHA 2Z38A 3HH5A 1C6QA 1GF4A 1C6DA 1EQ4A 1L35A 1L94A 4N0JA 249LA 3VWOA 5LVHA 1G0GA 3C7ZA 3DN0A 193LA 5LA8A 4DD3A 1W08A 1MELL 1VATA 181LA 3GUIA 3A3QA 173LA 3TXJA 1LGUA 3TXDA 1WVUA 1LJJA 4ARQA 138LA 1XGPC 4K5YA 4KT3A 4P2EA 4EKPA 3F9LA 205LA 1L39A 1TDYA 4W96A 1L62A 1IWYA 1IWVA 3LYMA 1KIPC 2W1YA 4LZTA 183LA 4XN6A 1GFRA 2MEFA 4NHSA 3P4ZA 4ETAA 3A34A 4NGJA 1GBXA 1JKAA 142LA 1OUHA 1D0KA 3WH1A 1L41A 1JISA 2CUUA 2MEIA 3C82A 5KXKA 1L76A 7LYZA 4DDBA 1YIKA 3WUNA 2BQCA 1LSGA 3CDTA 150LA 2H5ZA 168LA 4DD2A 3FI7A 2BAAA 4HTNA 1L05A 5LVKA 208LA 1C6LA 4ZFPA 4DQJA 4LFPA 220LA 1L51A 4OWBA 1L24A 1OVKA 1UIDA 1GEVA 4DYGA 2XBRA 2RB0X 1QUHA 1Z55A 1TEWA 3F6ZA 1C6IA 1GBZA 5HLLA 1D6QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LZB A;  4NGL A;  2MEA A;  4LT0 A;  4ETE A;  4W94 A;  2MEB A;  4YEN A;  3FI5 A;  4DC4 A;  1QIO A;  4H8Z A;  1AT5 A;  4LFX A;  170L A;  3CSQ A;  1XGU C;  1L47 A;  3OE0 A;  1GF6 A;  3SP3 A;  3SB7 A;  4RDS A;  4OWA A;  3WW6 A;  4XJD A;  4OW1 A;  2MEC A;  2I26 L;  1JHL A;  2L78 A;  3B0O A;  3HBD A;  1F6S A;  1QUS A;  2D4K A;  1JKC A;  1IOQ A;  1G07 A;  4EPF A;  3B0I A;  141L A;  1IR8 A;  2H9K A;  1UIB A;  1CKG A;  1PQI A;  2EQL A;  1DKK A;  4XJG A;  3ODU A;  1P36 A;  4AQN A;  3CB7 A;  1T6H A;  4XJF A;  3HT8 A;  1P2C C;  1WQN A;  257L A;  2C8P A;  2W1X A;  1GB0 A;  3SB5 A;  153L A;  3QNG A;  4NHT A;  1CUQ A;  4H90 A;  1IP1 A;  5LAG A;  1E8L A;  4N1E I;  1L85 A;  216L A;  219L A;  1LHL A;  1QT5 A;  1L56 A;  1YKX X;  4GN3 A;  4NHP A;  4UWN A;  5KXY A;  1C65 A;  1JJ0 A;  2XBS A;  1ZMY L;  4L41 A;  1G7H C;  1B7Q A;  2B72 A;  2HEA A;  169L A;  246L A;  6LYT A;  2DQD Y;  4WM5 A;  152L A;  1WVV A;  4IAT A;  1GHL A;  5LYZ A;  4XJB A;  3N9A A;  2YDG A;  3HWL A;  4XJH A;  2RBP A;  1JTM A;  1EL1 A;  1GB3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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