115LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKVELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1992-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 115lA00
1CTWA 214LA 1D9WA 177LA 1L82A 1L16A 2OTZX 2QB0B 3GUPA 127LA 1G0MA 1L12A 3SB6A 1C6BA 186LA 1L44A 197LA 1OVJA 1P36A 1T8AA 232LA 2ANVA 146LA 230LA 235LA 4W54A 143LA 1L79A 4EJ4A 110LA 257LA 2OU0X 3C7WA 1ZURA 1OWYA 1L63A 1QT3A 1L38A 1L45A 2RBRA 218LA 1L33A 1K28A 3GUIA 1L52A 1T97A 156LA 1G0GA 255LA 252LA 3SB7A 3ODUA 1CX6A 1L61A 1L22A 1L96A 1CU3A 4DAJA 173LA 1DYEA 1L37A 3DNAA 3HH3A 3SB5A 142LA 1QTVA 215LA 158LA 2CUUA 225LA 1L19A 1LGWA 111LA 3FI5A 1L34A 2B72A 4ARMA 1QT4A 1D2YA 1L53A 1D3JA 1L92A 178LA 2OU8A 1LPYA 249LA 1JTMA 119LA 212LA 216LA 1C6KA 3FADA 227LA 1C66A 1CV0A 2RB2X 1L51A 4EPFA 1C65A 239LA 118LA 1C6JA 3NYAA 3HH5A 2RAZX 1LWKA 3HT8A 1L70A 3CDRA 3F9LA 4S0WA 228LA 259LA 246LA 3CDOA 148LE 2L78A 1DYCA 182LA 253LA 1JQUA 3SB9A 1C6HA 115LA 113LA 151LA 1TLAA 3DMZA 3C8SA 161LA 1L57A 4GBRB 233LA 138LA 3GULA 238LA 2RBQA 3C80A 4ARJA 2ANXA 4LDEA 2B70A 1LLHA 2NTHA 4LDOA 256LA 1L29A 1CU2A 1CV5A 2RAYX 3HTDA 1L0JA 1XEPA 2RBNA 1WTHA 2B73A 1QTDA 1G0KA 2B6ZA 1L59A 3DN6A 4ARQA 1L42A 2OU9A 4W56A 221LA 1L15A 1L95A 1L93A 1KW7A 1L71A 1D3MA 4I7RA 3G3VA 4EPIA 3UONA 3DN8A 141LA 3DMVA 1CU0A 3HH4A 140LA 1LW9A 3OE0A 163LA 6LZMA 1P56A 1KW5A 1L25A 2O79A 1C64A 2LC9A 4W55A 1LYIA 236LA 4YXAC 1LGUA 1PQIA 103LA 210LA 107LA 1QUOA 1C69A 1EPYA 4I7LA 1T8GA 3GUKA 1L10A 176LA 1L66A 229LA 1QSBA 187LA 1L90A 1KY1A 1QUDA 1LGXA 4GRVA 1L76A 3HUAA 3C83A 2O4WA 4IAPA 2F2QA 1L64A 1C6TA 4W52A 1L43A 1QS5A 185LA 247LA 2F47A 1L69A 2OEAX 1C60A 1L56A 1L02A 4ARPA 125LA 2B6TA 3K2RA 2F32A 3DN0A 3OE6A 139LA 1L08A 1L77A 1L58A 3FA0A 4OO9A 1CUQA 1P7SA 1QUGA 3HDEA 1L20A 1L80A 3NY9A 4EKQA 1L01A 237LA 3NY8A 3PBLA 3HDFA 1DYBA 4ARQB 1D2WA 1L31A 1SWZA 3JR6A 3V2WA 1ZWNA 172LA 157LA 250LA 149LA 1L84A 4I7KA 120LA 2RB1X 1L30A 1L18A 1CVKA 3HTBA 1L97A 2NTGA 224LA 1G1VA 1C6FA 1L62A 1SSYA 3RZEA 4ARLA 1L04A 4ZPUA 5I14A 3HH6A 1L36A 1L21A 1DYFA 1C61A 1L28A 258LA 1L00A 3L64A 1L73A 1L89A 1C6LA 4I7NA 155LA 1D3NA 1XJTA 196LA 1DYGA 1QSQA 3HT7A 4DKLA 242LA 211LA 4DJHA 1PQOA 1QT5A 1SWYA 248LA 3HTFA 1QT6A 3GUMA 189LA 254LA 3L2XA 2HUMA 1QT8A 3C7ZA 4I7OA 1L83A 1JTNA 1L06A 3DN3A 167LA 1G1WA 1L49A 2RBSA 3PDSA 1CX7A 4PJZA 3C8QA 3G3XA 1CV1A 2B6YA 2LCBA 213LA 2O7AA 1L46A 102LA 137LA 1C6AA 2RBPA 2HULA 3CDQA 1PQDA 3QAKA 1C6CA 2LZMA 206LA 1C6GA 4E97A 1L47A 1QTZA 4AQNA 4ARMB 1L88A 3V2YA 223LA 1G0LA 1L14A 1OWZA 188LA 4I7MA 4PK0A 4YXCA 2B75A 1L75A 234LA 3DMXA 1SSWA 3OE9A 2Z6BA 1L54A 3SB8A 3SN6R 3C8RA 1C62A 1QS9A 4W59A 1SX7A 1OVKA 3F8VA 1G06A 1LYDA 1QTBA 3C82A 231LA 1L74A 4LZMA 129LA 162LA 201LA 1CV3A 175LA 251LA 1C67A 1PQMA 1KY0A 1C6PA 3HU9A 1L99A 4K5YA 168LA 222LA 3SBAA 4LDLA 1D3FA 1KNIA 2IGCA 3DKEX 3HUQA 1QTHA 2OTYX 1LI2A 2OE9X 1C6IA 1L11A 2RH1A 1QT7A 2HUKA 1C6QA 4W58A 114LA 217LA 3HWLA 7LZMA 1PQJA 2A4TA 1P2LA 1L26A 1P37A 1LYHA 4I7TA 243LA 1L60A 3HTGA 160LA 191LA 2OE7X 1L13A 3HU8A 3CDVA 4EKPA 3SBBC 1KS3A 180LA 3VW7A 1L05A 169LA 4EXMA 1L23A 1OV7A 3D4SA 1SX2A 1LYEA 2Q9DA 3LZMA 1B6IA 170LA 3C7YA 209LA 1LI3A 1L40A 147LA 2Q9EA 1L68A 1C6MA 1G07A 1LWGA 1T6HA 2B7XA 1P46A 1P6YA 1CU6A 1C68A 145LA 3DN4A 2OE4X 159LA 1G0JA 1L48A 1L41A 1L07A 1QTCA 1L09A 1QUHA 192LA 2RBOA 1CV6A 262LA 5LZMA 1L65A 174LA 4I7QA 183LA 4I7SA 3GUOA 220LA 3GUNA 1L94A 200LA 3C81A 1LYFA 1C63A 1LI6A 240LA 1G0PA 1L24A 3RUNA 4I7PA 1P5CA 150LA 1OV5A 1P64A 2B74A 1L86A 1OVHA 1L72A 1L98A 1PQKA 3HT9A 4EKSA 4W57A 1P3NA 219LA 1C6DA 1ZYTA 244LA 1L81A 2QARC 4I7JA 1DYDA 1L27A 130LA 3HT6A 181LA 1G0QA 226LA 144LA 123LA 1T8FA 2B6WA 1L35A 1L17A 1CV4A 2B6XA 3HUKA 184LA 1L32A 199LA 3DN2A 1L67A 3EMLA 108LA 4EKRA 131LA 1XJUA 1L0KA 1P2RA 1L87A 1LYGA 260LA 166LA 126LA 3CDTA 3DN1A 4W53A 112LA 1CUPA 1L91A 1DYAA 1L39A 1LYJA 1L85A 165LA 1NHBA 4YX7C 1I6SA 4W51A 164LA 171LA 1L50A 1L55A 104LA 3GUJA 245LA 1CU5A 1C6EA 3OE8A 241LA 2RB0X 195LA 1C6NA 152LA 261LA 128LA 109LA 190LA 205LA 122LA 3G3WA 1OYUA 1L03A 198LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WVYA 1LSAA 5B06A 177LA 1DPXA 2BPUA 1L82A 4Z46A 1L16A 1L12A 5HNLA 1JJ3A 197LA 3IJVA 257LA 4NHQA 4LFPA 207LA 4H9FA 4OOTA 1MLCE 2ZQ4A 1L63A 1QT3A 5D5CA 3GXRA 2MEBA 1T97A 3J6KA 252LA 5F14A 4DD2A 5KXRA 4YEMA 2IFFY 1HHLA 4NHIA 4DAJA 1XEJA 2D91A 1G7HC 3SB5A 3HH3A 215LA 225LA 2YBHA 2B72A 4ARMA 4H90A 5HMJA 2HEAA 1FBIX 3A6CY 1LPYA 249LA 3WPKA 119LA 1LMQA 1RCMA 1XEKA 212LA 216LA 1XGUC 2DQDY 3FADA 1AT5A 2CJLA 1HMKA 2RB2X 1HNLA 239LA 1YL0X 3VWOA 2Z12A 2D6BA 3NYAA 5DLAA 2RAZX 3OK0A 4H9AA 1B7RA 3HT8A 2F30A 259LA 3RT5X 4UWUA 182LA 2VB1A 134LA 1LZYA 1REXA 1QSAA 5IELA 115LA 1LZNA 1EQ5A 5KXMA 3C8SA 4DD3A 3A8ZA 1FDLY 3C80A 1REMA 4NWEA 1LLHA 2D4JA 5A3ZA 1HFXA 4NGVA 256LA 4B4IA 1CV5A 2MEDA 1UUZC 1WTHA 4II8A 1IC5Y 1QTDA 3A94A 1L59A 4ARQA 1L42A 1LJNA 5FCPA 1L71A 6LYZA 2HU1A 1LZ5A 1IOQA 1J1XY 2XBRA 4I7RA 1YKXX 4EPIA 1WTMA 1JTOL 3UONA 4NGZA 1YQVY 141LA 1UCOA 1CU0A 1LW9A 163LA 1HFZA 1LMCA 4NEBA 2LC9A 1LZTA 4XENA 1LGUA 5KXKA 2MEGA 1EPYA 4H8ZA 4KXIA 1IVMA 4WO9A 1LGXA 4GRVA 1L76A 5E9RA 7LYZA 1CNSA 4UWNA 1L43A 1QS5A 2ZYPA 5F9UA 1IOSA 4XN6A 125LA 3DN0A 2HEDA 135LA 4OO9A 2BLYA 2ZNXY 4WLTA 1L20A 1L80A 1L01A 3NY8A 3N9EA 4ARQB 1DZBX 1I56A 1LZ8A 4ET8A 1KIPC 1ZVYB 5KXYA 4LYTA 1NDMC 1IP6A 1L30A 1L18A 3MGWA 1G1VA 3RZEA 4ARLA 1L04A 2Z18A 1QTKA 3HH6A 1C61A 1GE0A 1L28A 3CSZA 1OP9B 2BQHA 3L64A 1C6LA 1VDPA 1WQRA 1LSDA 1C7PA 1LZCA 3AZ7A 1H87A 211LA 4IASA 4NG8A 4CJ2A 1GHLA 1QT5A 2DQAA 4NGIA 4WM4A 1QT6A 1DKKA 4YM8A 1QT8A 4HJYA 4N8ZA 5APFA 4I7OA 1L83A 2IHLA 4H1PA 1G1WA 1IIZA 3PDSA 2DQJY 1GEVA 1GBWA 3EMSA 2HUBA 1IR8A 5F9XA 4YF2A 1HEOA 8LYZA 137LA 1LYSA 1NKHA 3CDQA 3AJNA 1PQDA 5APEA 1V7TA 2ZNWY 2MEFA 4GLAA 4RDSA 4NGJA 4E97A 3CT5A 1L47A 5EBHA 3ZVQA 3GXKA 1L14A 5KXOA 4CFPA 1INUA 4KPMA 3DMXA 1L54A 5J7CA 3SB8A 1OUFA 1LSGA 2CWIA 1GB9A 1LHIA 3C82A 5HLLA 1REYA 1L74A 5ILCA 251LA 1C67A 3FE0A 4CFOA 4NFVA 3K3TA 2YBMA 2N5ZA 3AW7A 1LYZA 5LA5A 1L11A 4NG1A 1JKAA 1GBSA 4W58A 3HWLA 1UACY 3BKHA 1UIBA 1P2LA 1P37A 4I7TA 4OWAA 1SQ2L 191LA 1L13A 3HU8A 3CDVA 4EKPA 3CQLA 4ANRA 5LVJA 4J7VA 3D4SA 3WU7A 4NHTA 1SX2A 1LYEA 2Q9DA 3ATNA 4HP0A 4WLDA 3C7YA 2HTXA 209LA 1LWGA 2DBTA 1OUCA 1P46A 1C68A 5K7OA 2YVBA 1A4VA 4XYYA 2OE4X 1L41A 1IP3A 1LOZA 4HTNA 3WU8A 3TMWA 1LZGA 5LZMA 1UIFA 174LA 4I7SA 220LA 3GUNA 3SP3A 200LA 5KJ9A 1IP1A 5KKJA 1C63A 1V7SA 4LT0A 4DT3A 3CB7A 3P64A 1OVHA 4EKSA 1N4FA 2YBJA 4G4BA 4W57A 1BWIA 219LA 1GE4A 244LA 1AT6A 4H92A 1JTTL 1OUGA 4LYZA 4I7JA 1DYDA 4MCKA 2W1LA 1GXV2 2ZIJA 1LSZA 1LPIA 1LSNA 1EL1A 3N9AA 184LA 5AMYA 1L67A 3EMLA 108LA 1F6RA 1QQYA 4H9CA 1LYGA 3CDTA 3TXEA 3B72A 1DYAA 4HV1A 4W51A 4C3WA 1HEPA 1JPOA 4AGAA 4A7DA 1DKJA 1L50A 1LSYA 1IWZA 4IATA 3GUJA 1HEWA 4OOOA 2C8PA 3A92A 4TX7A 3WXUA 198LA 214LA 5L3IA 132LA 4KT3A 3SB6A 1G0MA 186LA 1GD6A 2HECA 1L44A 1OVJA 2BQJA 2ANVA 1WVVA 1NMMA 5LYMA 1ZVHL 3C7WA 1ZURA 2LHMA 3P68A 1K28A 3GUIA 1L52A 1G7LC 1GF6A 156LA 2I25L 1JJ0A 1IP7A 3WUNA 1L22A 3LYTA 4BADA 1L96A 1DYEA 4EOFA 4U3XB 4B4JA 1L34A 3W6DA 3QNGA 5JENB 1LSCA 1TAYA 1GFTA 227LA 1HENA 1C66A 4H9IA 1GPQC 4NGKA 1C65A 4NSHA 1C6JA 2MEIA 1KIRC 3HH5A 2BQEA 3CDRA 4S0WA 1O23A 2HEFA 2L78A 5KXTA 4HTKA 3LN2A 1LMNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3WVY A;  1LSA A;  5B06 A;  177L A;  1DPX A;  2BPU A;  1L82 A;  4Z46 A;  1L16 A;  1L12 A;  5HNL A;  1JJ3 A;  197L A;  3IJV A;  257L A;  4NHQ A;  4LFP A;  207L A;  4H9F A;  4OOT A;  1MLC E;  2ZQ4 A;  1L63 A;  1QT3 A;  5D5C A;  3GXR A;  2MEB A;  1T97 A;  3J6K A;  252L A;  5F14 A;  4DD2 A;  5KXR A;  4YEM A;  2IFF Y;  1HHL A;  4NHI A;  4DAJ A;  1XEJ A;  2D91 A;  1G7H C;  3SB5 A;  3HH3 A;  215L A;  225L A;  2YBH A;  2B72 A;  4ARM A;  4H90 A;  5HMJ A;  2HEA A;  1FBI X;  3A6C Y;  1LPY A;  249L A;  3WPK A;  119L A;  1LMQ A;  1RCM A;  1XEK A;  212L A;  216L A;  1XGU C;  2DQD Y;  3FAD A;  1AT5 A;  2CJL A;  1HMK A;  2RB2 X;  1HNL A;  239L A;  1YL0 X;  3VWO A;  2Z12 A;  2D6B A;  3NYA A;  5DLA A;  2RAZ X;  3OK0 A;  4H9A A;  1B7R A;  3HT8 A;  2F30 A;  259L A;  3RT5 X;  4UWU A;  182L A;  2VB1 A;  134L A;  1LZY A;  1REX A;  1QSA A;  5IEL A;  115L A;  1LZN A;  1EQ5 A;  5KXM A;  3C8S A;  4DD3 A;  3A8Z A;  1FDL Y;  3C80 A;  1REM A;  4NWE A;  1LLH A;  2D4J A;  5A3Z A;  1HFX A;  4NGV A;  256L A;  4B4I A;  1CV5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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