119LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLSKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 119lA00
1G0MA 2F32A 4ARLA 6LZMA 1L65A 239LA 2O79A 197LA 1QSBA 167LA 1WTHA 243LA 1L42A 1CU5A 2OE9X 1G0KA 210LA 1PQIA 1C6MA 3GUIA 1D3JA 231LA 3C83A 3DMVA 2IGCA 145LA 1L96A 2OE7X 142LA 227LA 2F2QA 230LA 1G0GA 1L81A 4ARPA 152LA 1PQKA 3DN2A 1C6HA 3SBAA 1C6LA 1LWGA 2B6ZA 3CDTA 2LC9A 139LA 1D3NA 2NTHA 3V2WA 3G3XA 1L41A 1LPYA 2B75A 3C8RA 108LA 2A4TA 3K2RA 3SB7A 1QSQA 1L61A 3LZMA 257LA 1L92A 1OWYA 1L0JA 1L53A 1LYIA 102LA 118LA 1L31A 1QUGA 1L93A 1QUHA 216LA 1DYDA 4W57A 3RZEA 1B6IA 1QTDA 2RB2X 1DYFA 1C61A 1DYAA 3UONA 2LCBA 138LA 109LA 3NY9A 1LLHA 2CUUA 1L52A 3GUNA 176LA 3GULA 1QS5A 3PBLA 4DJHA 3JR6A 4I7QA 4I7TA 125LA 3FADA 2B6WA 4YX7C 151LA 1L56A 1CUPA 218LA 1L36A 2B7XA 1SX2A 1G1WA 201LA 225LA 2L78A 249LA 1L69A 250LA 2QARC 2LZMA 3GUJA 1OVKA 1JTNA 1L71A 2RAZX 1KS3A 123LA 146LA 131LA 1CX6A 245LA 143LA 4W53A 1L75A 2ANXA 256LA 238LA 3C80A 1CVKA 1L80A 183LA 1DYBA 1CV5A 147LA 1L22A 1DYGA 4K5YA 198LA 1P37A 3DN0A 1L00A 1QTCA 1ZYTA 3OE6A 1L70A 4I7SA 1QTBA 2QB0B 205LA 240LA 1XEPA 212LA 1L19A 4EXMA 253LA 213LA 1L76A 1OWZA 1D2YA 1LYJA 1OVJA 1KNIA 3DN3A 126LA 1C6DA 3HTDA 166LA 1KY1A 226LA 2OU8A 1SWYA 3HT9A 2B6TA 1L03A 149LA 1G0QA 1C65A 2OU9A 4I7LA 157LA 1L49A 4W54A 4ARMA 1C6PA 1L02A 1L67A 1SSYA 1QTHA 215LA 168LA 4OO9A 1QS9A 3HT7A 4PJZA 3NY8A 3F9LA 1L08A 3SN6R 1C6IA 2B73A 3HTBA 1C6TA 3GUKA 260LA 1G0PA 1PQJA 1L26A 1G07A 1L77A 241LA 235LA 2Q9EA 4I7OA 1C6CA 1L88A 1L12A 2RBPA 1QTZA 3CDOA 1L27A 1QT8A 3OE9A 4ARJA 1LI3A 3C8SA 1L57A 1L86A 2RBQA 2Q9DA 2RBOA 184LA 1L34A 1CX7A 1KW7A 236LA 1T8GA 1JTMA 3PDSA 171LA 178LA 1C6GA 1C6EA 103LA 3HU8A 4ARMB 4DKLA 4EJ4A 1ZURA 4W52A 3HH5A 4EPFA 160LA 211LA 1L44A 4W58A 1CV1A 2HUKA 252LA 1LYDA 2O7AA 1G0JA 1L38A 2RB0X 104LA 1XJUA 1D3FA 1C60A 3NYAA 4I7PA 3C8QA 1L98A 1LYFA 1L15A 127LA 1CU0A 3SBBC 169LA 247LA 3HUAA 1LGUA 1G0LA 4YXAC 1LYHA 1L01A 1LI2A 1L48A 199LA 1C66A 1L25A 1L74A 217LA 244LA 3D4SA 173LA 175LA 4W55A 1T6HA 4PK0A 1L20A 1L63A 1L39A 2ANVA 2RB1X 262LA 3OE0A 4I7RA 1DYEA 1L94A 161LA 1QUOA 2B70A 3HDFA 1L87A 1I6SA 3C7WA 1CU3A 3SB8A 1G06A 1SSWA 3HT6A 1CV6A 3GUOA 159LA 3HH3A 2RBNA 3HWLA 1C6JA 1L64A 1L97A 2NTGA 2OU0X 1OYUA 4ARQA 191LA 1QTVA 112LA 1KY0A 1T8AA 1L58A 261LA 1L84A 1D9WA 1L54A 1G1VA 1C64A 2OE4X 1CU2A 3QAKA 111LA 223LA 1P6YA 3G3WA 1L40A 1L59A 3G3VA 5LZMA 114LA 3DNAA 1C69A 3CDQA 1L11A 1QT4A 1XJTA 1L79A 4LDEA 3ODUA 1P46A 1L60A 3C7YA 1C6BA 3CDRA 1L99A 182LA 4LZMA 4EKQA 1L28A 1KW5A 1L90A 1DYCA 1L16A 4I7KA 220LA 3VW7A 122LA 3DKEX 3HH4A 1QUDA 3FI5A 1JQUA 5I14A 1L89A 1C62A 2O4WA 3HTGA 1L47A 1L18A 258LA 1C6AA 107LA 1LWKA 1L82A 4IAPA 1SX7A 1L45A 1L04A 254LA 2B6YA 4GRVA 3DMXA 1LYEA 3V2YA 1L29A 4ARQB 3L64A 1T8FA 3HUQA 4YXCA 1C67A 3C81A 113LA 3HH6A 3OE8A 3RUNA 172LA 4EKRA 1C6QA 1L13A 1L17A 248LA 3HT8A 3DMZA 1EPYA 3HTFA 119LA 1PQDA 156LA 214LA 120LA 1ZWNA 162LA 2B6XA 1TLAA 4LDLA 234LA 1CUQA 3C82A 177LA 115LA 1L23A 1L83A 4W51A 1SWZA 1L30A 1CV0A 224LA 164LA 163LA 181LA 1QT3A 4ZPUA 2RH1A 3HUKA 1L68A 259LA 2F47A 3DN4A 3HDEA 155LA 2RBSA 1L05A 206LA 1OVHA 3CDVA 158LA 1C68A 2HUMA 1CV3A 1QT7A 1L33A 1CTWA 1L55A 2RAYX 1C6NA 1L09A 1L62A 4W56A 1LYGA 1LGXA 190LA 222LA 1P3NA 1L32A 2OTZX 4DAJA 4LDOA 251LA 187LA 174LA 1L66A 192LA 4I7MA 229LA 233LA 1L07A 4AQNA 7LZMA 185LA 1PQOA 200LA 1P64A 1C6KA 1P2RA 1T97A 140LA 2HULA 1C6FA 3DN8A 2B74A 3C7ZA 3HU9A 228LA 1L50A 1PQMA 1L24A 1D3MA 219LA 1P5CA 1L46A 3F8VA 180LA 4GBRB 209LA 1L73A 1LGWA 3DN6A 1L43A 3SB5A 1OV7A 1K28A 128LA 150LA 1P36A 232LA 1NHBA 1P7SA 1QT5A 1L85A 137LA 1LI6A 4I7NA 4W59A 1L10A 148LE 2Z6BA 1L72A 130LA 1P2LA 3FA0A 255LA 4EKPA 1L21A 1L14A 242LA 3GUPA 1C63A 4E97A 4S0WA 141LA 196LA 1L51A 1L0KA 189LA 1L06A 1L91A 186LA 165LA 2OTYX 221LA 3DN1A 1CV4A 1D2WA 2B72A 4I7JA 1L95A 3L2XA 3EMLA 110LA 195LA 1P56A 1CU6A 3SB9A 4EPIA 4EKSA 188LA 1LW9A 144LA 1OV5A 1L37A 2OEAX 3SB6A 1L35A 237LA 1QT6A 3GUMA 129LA 2RBRA 246LA 170LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RI8B 2F32A 6LZMA 1L65A 4HJVA 4LGKA 3EBAB 1LJEA 2HECA 4NGVA 2OE9X 210LA 1PQIA 2MEHA 4EMNA 1YL0X 1REXA 3GUIA 1D3JA 1LZNA 3B6LA 1DXJA 2DQEY 145LA 227LA 4IATA 230LA 1DKKA 1G0GA 3W6CA 4ARPA 3SBAA 1FLQA 1LWGA 1GBSA 3A90A 2LC9A 2NTHA 1D3NA 3V2WA 3B0IA 108LA 4Z41A 1L61A 2H5ZA 1L0JA 1L53A 1LYIA 118LA 1DYDA 1XGTC 2A7FA 4J7VA 138LA 109LA 3NY9A 4WOAA 1LSZA 5AMYA 4HSFA 1NF5A 1BB7A 1L52A 1FKQA 3PBLA 1UICA 2B6WA 151LA 1D6QA 4DQ7A 1L36A 5B07A 4W94A 2B7XA 5C6LA 1H87A 4PRUA 1N4FA 3N9EA 1B7RA 1CX6A 1GFUA 3G3BB 1CVKA 1E8LA 1CJ8A 2F30A 4OWEA 1DYBA 9LYZA 147LA 1L22A 2BQEA 2BQKA 5B05A 1XGPC 1LSEA 4BS7A 3WW5A 132LA 3CSRA 1ALCA 1O23A 1GFEA 1P2CC 1XEPA 3A95A 2Z37A 253LA 213LA 1OUEA 1L76A 1OVJA 1JJ1A 1LZ8A 1FN5A 1KY1A 2ZQ3A 2LYOA 1KXWA 1SWYA 3HT9A 2B6TA 1CJ6A 1HHLA 1G0QA 1L03A 4N5RA 1DQJC 5I5QA 7LYZA 1L49A 1BVXA 4ARMA 1VDQA 5HQ1A 1L02A 3AZ6A 1L67A 1NDGC 1LJJA 3K3TA 1JKAA 3AYQA 5B1GA 4PJZA 4H9EA 3HBHA 3QE8A 4DWXA 1C6IA 1NQIA 1LHMA 3GUKA 4XJHA 1WVVA 1G0PA 241LA 1L77A 1G07A 3A91A 1C6CA 2AUBA 1A2YC 4NSJA 5B1FA 2CDSA 2YBJA 1QT8A 1UIAA 1CKHA 5LA8A 2Q9DA 4NSIA 2DQAA 184LA 5LAGA 1L34A 1CX7A 2HEFA 171LA 1C6GA 1NKHA 1YL1X 3HU8A 2XBRA 5K7OA 4DD2A 5KXXA 1NHEA 4C5FA 3HH5A 1DI5A 252LA 4ZFPA 4G49A 1G0JA 1XJUA 1JISA 1D3FA 3NYAA 4WO6A 4I7PA 1DI4A 1L98A 4II8A 2W1YA 5FHWA 1GBYA 4WMGA 1F10A 1TCYA 4KPMA 1L48A 1GFHA 199LA 1L25A 3WU7A 1LZEA 4LT0A 5HNCA 2IHLA 244LA 1I20A 4DD3A 3TMVA 1WQMA 5KXNA 1WQOA 2YBLA 1L20A 1L63A 1LMAA 4H8YA 2ANVA 2RB1X 4XJBA 262LA 4I7RA 3LYZA 1DYEA 1L94A 1IP5A 1LMQA 3N9CA 1IOCA 4N8ZA 1B5XA 1G06A 1SSWA 5C6JA 3GUOA 3HH3A 1NMMA 1OUHA 1C10A 1C6JA 2OU0X 4LT2A 2N5ZA 1QTVA 1B0DA 1B2KA 2FBDA 1UA6Y 1LOZA 8LYZA 4MSTA 1G1VA 1C64A 1CU2A 1LJHA 5LZMA 1QTKA 3DNAA 1NBYC 1JKDA 2BQFA 4DD0A 3CDRA 1QIOA 1B5VA 4LZMA 5KXYA 1L28A 1KW5A 2G4NA 5KXMA 122LA 3HH4A 5LYMA 2YBHA 2EIZC 1AKIA 1L89A 2O4WA 1GF3A 1INUA 258LA 1HFYA 3WPLA 4H9AA 5F16A 4J1AA 3DMXA 4ML7A 5APCA 5LA5A 5LVGA 4NIJA 1GF0A 1GF4A 113LA 1WTMA 3HH6A 172LA 1DPXA 1FLYA 3MGWA 1IR8A 1LSDA 3VWOA 4NSHA 5KXLA 1LHJA 1CUQA 4NGOA 177LA 1L23A 4XN6A 3WU8A 1SWZA 1D0KA 4E3UA 4PPOA 2BQCA 4BADA 1CKCA 3HUKA 1L68A 155LA 2RBSA 1VFBC 206LA 1OVHA 2BQLA 1LYSA 4H9FA 1BB6A 1LSYA 5APEA 2RAYX 1C6NA 4W56A 2NWDX 190LA 1P3NA 2OTZX 4DAJA 4UWVA 1GFVA 2HEDA 1L07A 194LA 5LYZA 1C6KA 3WUNA 1DKJA 2Z39A 3WPJA 1BHZA 2H9JA 4NGWA 4C3WA 3CQLA 3DN8A 3C7ZA 3WU9A 1GF6A 3N9AA 3ZEKA 1L24A 2DQGY 1IP2A 3BKVA 4GBRB 2MEBA 4NWHA 1LGWA 1Z55A 1DZBX 1K28A 4Z3MA 2I6ZA 1HERA 4B0DA 3CT5A 1QT5A 4YOPA 1LZYA 3CB7A 1CKFA 1C43A 4RLMA 1IOSA 3GXRA 1P2LA 3FA0A 4GCEA 4H90A 4EKPA 1GB3A 1L14A 1D0MA 1L51A 1L0KA 4ANRA 1TAYA 165LA 1HMLA 1LZ6A 2LYZA 1UC0A 3B0OA 4IJ4A 5LIOA 5LVHA 1NBZC 1L95A 1LHKA 1CU6A 1GB8A 4EPIA 2HUBA 4RW1A 4HTNA 3SB6A 1QT6A 4GLAA 129LA 2GV0A 3A93A 1W08A 239LA 1QSBA 243LA 1CU5A 4XJFA 2WARA 231LA 3C83A 2IGCA 4H8ZA 4H94A 142LA 5DL9A 2ZNXY 1C6HA 2B6ZA 4WM3A 1GB2A 3CDTA 4WLTA 5HNLA 139LA 5B06A 1LZTA 5KXKA 1L41A 3C8RA 4PHIA 3W6AA 2A4TA 2FYCA 3B0KA 4H91A 1QSQA 3LZMA 4DQJA 4NG8A 2BQIA 1OWYA 2I25L 1QUSA 1LHLA 102LA 3RZEA 5I54A 1YKYX 1B6IA 4DT3A 1DYAA 1BB5A 4LZTA 2ZYCA 1GXXA 4CFPA 1UIHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1RI8 B;  2F32 A;  6LZM A;  1L65 A;  4HJV A;  4LGK A;  3EBA B;  1LJE A;  2HEC A;  4NGV A;  2OE9 X;  210L A;  1PQI A;  2MEH A;  4EMN A;  1YL0 X;  1REX A;  3GUI A;  1D3J A;  1LZN A;  3B6L A;  1DXJ A;  2DQE Y;  145L A;  227L A;  4IAT A;  230L A;  1DKK A;  1G0G A;  3W6C A;  4ARP A;  3SBA A;  1FLQ A;  1LWG A;  1GBS A;  3A90 A;  2LC9 A;  2NTH A;  1D3N A;  3V2W A;  3B0I A;  108L A;  4Z41 A;  1L61 A;  2H5Z A;  1L0J A;  1L53 A;  1LYI A;  118L A;  1DYD A;  1XGT C;  2A7F A;  4J7V A;  138L A;  109L A;  3NY9 A;  4WOA A;  1LSZ A;  5AMY A;  4HSF A;  1NF5 A;  1BB7 A;  1L52 A;  1FKQ A;  3PBL A;  1UIC A;  2B6W A;  151L A;  1D6Q A;  4DQ7 A;  1L36 A;  5B07 A;  4W94 A;  2B7X A;  5C6L A;  1H87 A;  4PRU A;  1N4F A;  3N9E A;  1B7R A;  1CX6 A;  1GFU A;  3G3B B;  1CVK A;  1E8L A;  1CJ8 A;  2F30 A;  4OWE A;  1DYB A;  9LYZ A;  147L A;  1L22 A;  2BQE A;  2BQK A;  5B05 A;  1XGP C;  1LSE A;  4BS7 A;  3WW5 A;  132L A;  3CSR A;  1ALC A;  1O23 A;  1GFE A;  1P2C C;  1XEP A;  3A95 A;  2Z37 A;  253L A;  213L A;  1OUE A;  1L76 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1RI8 B;  2F32 A;  6LZM A;  1L65 A;  4HJV A;  4LGK A;  3EBA B;  1LJE A;  2HEC A;  4NGV A;  2OE9 X;  210L A;  1PQI A;  2MEH A;  4EMN A;  1YL0 X;  1REX A;  3GUI A;  1D3J A;  1LZN A;  3B6L A;  1DXJ A;  2DQE Y;  145L A;  227L A;  4IAT A;  230L A;  1DKK A;  1G0G A;  3W6C A;  4ARP A;  3SBA A;  1FLQ A;  1LWG A;  1GBS A;  3A90 A;  2LC9 A;  2NTH A;  1D3N A;  3V2W A;  3B0I A;  108L A;  4Z41 A;  1L61 A;  2H5Z A;  1L0J A;  1L53 A;  1LYI A;  118L A;  1DYD A;  1XGT C;  2A7F A;  4J7V A;  138L A;  109L A;  3NY9 A;  4WOA A;  1LSZ A;  5AMY A;  4HSF A;  1NF5 A;  1BB7 A;  1L52 A;  1FKQ A;  3PBL A;  1UIC A;  2B6W A;  151L A;  1D6Q A;  4DQ7 A;  1L36 A;  5B07 A;  4W94 A;  2B7X A;  5C6L A;  1H87 A;  4PRU A;  1N4F A;  3N9E A;  1B7R A;  1CX6 A;  1GFU A;  3G3B B;  1CVK A;  1E8L A;  1CJ8 A;  2F30 A;  4OWE A;  1DYB A;  9LYZ A;  147L A;  1L22 A;  2BQE A;  2BQK A;  5B05 A;  1XGP C;  1LSE A;  4BS7 A;  3WW5 A;  132L A;  3CSR A;  1ALC A;  1O23 A;  1GFE A;  1P2C C;  1XEP A;  3A95 A;  2Z37 A;  253L A;  213L A;  1OUE A;  1L76 A; 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