120LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNSAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 120lA00
1DYBA 1P37A 3GUOA 1G0QA 5I14A 4EXMA 1CU3A 1PQOA 1P56A 1L18A 224LA 123LA 1L90A 3K2RA 185LA 3GUKA 4GBRB 1C6QA 1CV3A 4EJ4A 1L14A 2RB0X 143LA 111LA 1C6MA 103LA 114LA 1G0GA 232LA 1C69A 2HULA 1L48A 1LI2A 246LA 4W54A 3OE6A 1L05A 1C6JA 157LA 2HUKA 1L58A 228LA 4ARMB 142LA 3DN8A 1L28A 1CV6A 3G3WA 1L86A 4EKPA 1L49A 1L54A 180LA 2F2QA 3GUIA 1L22A 244LA 2HUMA 1ZYTA 211LA 1L88A 1P7SA 2RBNA 4K5YA 2O79A 184LA 1XJUA 170LA 4YXCA 1QT3A 1L83A 3PDSA 2CUUA 190LA 1L15A 3DMVA 4LZMA 3DN6A 1PQMA 1G07A 1QTBA 1G1VA 235LA 1L24A 138LA 262LA 2RB1X 259LA 1CU6A 1L91A 4W58A 3SB7A 1LGUA 4IAPA 118LA 1T6HA 3OE8A 120LA 1L70A 1L62A 3G3XA 6LZMA 198LA 2A4TA 1C6TA 2O7AA 1L10A 1QTCA 2NTHA 2Z6BA 1JTMA 1LGXA 4YX7C 216LA 3HUKA 1C60A 1L0JA 1L57A 1L39A 4DJHA 4I7NA 1JQUA 222LA 1C6DA 1C6PA 3RUNA 1L99A 3SB8A 1P46A 1L73A 1WTHA 3HUQA 1L42A 3DMZA 205LA 1L96A 112LA 1P2LA 1CUQA 1L20A 1L61A 3L2XA 1PQDA 1L67A 201LA 3G3VA 3DN2A 199LA 3C7ZA 3DN3A 3HH3A 1KW7A 1CV0A 152LA 2B75A 4DKLA 144LA 260LA 3SB5A 1QSQA 1DYCA 1D9WA 3HTGA 1L06A 2OU9A 1CTWA 1L04A 1L00A 1OV7A 1LW9A 104LA 109LA 4ARPA 1C6KA 4W51A 1SSYA 1QT8A 249LA 1CX7A 3GUJA 1L33A 1OYUA 1L36A 145LA 1LGWA 4EKRA 1L17A 1L26A 3C81A 165LA 1CV1A 4W56A 206LA 1KW5A 2RBPA 1L50A 200LA 1L13A 1QT5A 1L30A 4I7OA 1PQIA 1LYEA 226LA 1L12A 108LA 167LA 2OTZX 3C7WA 3DKEX 131LA 1L40A 3C83A 3DNAA 1D3JA 1LWKA 2B70A 3SBBC 4S0WA 5LZMA 209LA 160LA 1C62A 1PQJA 1L16A 1LYFA 219LA 3C7YA 233LA 2B6TA 1EPYA 1CUPA 4ARQB 173LA 191LA 107LA 1QTHA 1C64A 1QTZA 1L56A 137LA 1G0JA 3UONA 1LYJA 3FADA 4W57A 1P36A 2L78A 169LA 3HT7A 236LA 1QUGA 1C63A 1QT4A 258LA 1QTDA 215LA 2Q9EA 1C6CA 1OWYA 2OU8A 178LA 1QUOA 1L02A 4I7PA 127LA 3HH5A 3HTBA 217LA 1OVJA 3CDRA 4I7KA 4I7RA 1L97A 1KS3A 1L25A 1DYGA 1L32A 3DN4A 240LA 1K28A 1C6HA 1C6LA 1G0PA 3HH6A 231LA 3OE9A 181LA 1KNIA 2B6XA 139LA 1LI3A 1CX6A 1C6IA 115LA 3HDEA 2B74A 1T97A 3NY9A 1L68A 149LA 4I7JA 4GRVA 1C65A 250LA 252LA 1CVKA 1L51A 4LDLA 1I6SA 2ANVA 2ANXA 128LA 1L31A 1C68A 1L0KA 2RBSA 188LA 1SWYA 4EPIA 3HT6A 1CV4A 1LI6A 140LA 161LA 3CDQA 1DYAA 1L64A 1D2YA 3C8RA 2Q9DA 129LA 1CU5A 1L11A 213LA 192LA 1G0KA 3FI5A 1L53A 1QUDA 1G06A 1C6NA 1L63A 197LA 4I7SA 148LE 110LA 1L34A 150LA 168LA 155LA 119LA 1C6BA 1LYGA 1D3NA 1XEPA 3NY8A 1T8AA 1LYHA 221LA 225LA 189LA 4ARMA 171LA 3VW7A 4EPFA 3GULA 1L43A 1TLAA 1L46A 3OE0A 1KY1A 1T8GA 176LA 3C80A 125LA 7LZMA 257LA 1L66A 229LA 1L45A 164LA 1OVHA 1L52A 3DN1A 1B6IA 174LA 255LA 3LZMA 2LC9A 1P6YA 4EKQA 1QS5A 4OO9A 159LA 248LA 1OV5A 1L80A 3NYAA 4DAJA 1L95A 1L82A 3RZEA 182LA 256LA 1L41A 3FA0A 3V2WA 1L60A 1C66A 4W52A 3GUMA 126LA 1P2RA 3SB6A 3PBLA 1L35A 4PJZA 3DMXA 2RBOA 1LYDA 3C8QA 3HH4A 237LA 1OVKA 1L75A 3F9LA 210LA 122LA 195LA 1L23A 234LA 3ODUA 245LA 1OWZA 2B6YA 1L01A 1QT7A 4I7MA 1L89A 2F47A 1SX7A 1G0LA 1SSWA 2F32A 4LDOA 1KY0A 1T8FA 1L38A 3HT8A 2B7XA 242LA 3SN6R 1D3FA 2LCBA 1L37A 3HT9A 130LA 1C6EA 4I7LA 2OTYX 1L72A 1L77A 227LA 1SWZA 212LA 1C6AA 2RAYX 1L08A 239LA 1P5CA 3CDVA 3HWLA 1C67A 1L81A 1DYFA 4ARLA 1CU0A 141LA 1LYIA 1L29A 3V2YA 2RBQA 1L27A 1L03A 243LA 1L55A 1DYEA 3SB9A 147LA 3HU8A 4ARJA 1L76A 2LZMA 1CV5A 1L71A 2OE7X 4I7QA 1P3NA 186LA 4ZPUA 196LA 1L94A 3CDTA 1L74A 2OU0X 1D2WA 3QAKA 1L19A 3C82A 4PK0A 163LA 1L98A 1LPYA 3C8SA 158LA 1QUHA 261LA 2OE4X 223LA 102LA 1QS9A 1LLHA 3SBAA 4EKSA 3L64A 1G1WA 113LA 187LA 172LA 4W53A 3JR6A 253LA 1PQKA 1L92A 4YXAC 1L07A 4AQNA 162LA 1NHBA 4W59A 4W55A 1L69A 2OEAX 1C6FA 1ZURA 3D4SA 3HUAA 4LDEA 1L44A 2RH1A 3HDFA 1XJTA 241LA 166LA 1ZWNA 183LA 1C6GA 2QARC 3GUNA 1DYDA 2O4WA 2RB2X 238LA 4ARQA 2OE9X 1G0MA 156LA 1L47A 3EMLA 1L87A 3DN0A 1L21A 254LA 146LA 2NTGA 1LWGA 1D3MA 220LA 4E97A 177LA 1L59A 2IGCA 3F8VA 1QT6A 3GUPA 247LA 3HU9A 3HTDA 1L65A 214LA 175LA 1L85A 2QB0B 2RAZX 218LA 1QTVA 1SX2A 3HTFA 1L09A 1P64A 2B6WA 2B72A 251LA 230LA 1L84A 1C61A 1L79A 1JTNA 1L93A 4I7TA 1CU2A 2B6ZA 2RBRA 1QSBA 2B73A 3CDOA 151LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LFPA 132LA 1I1ZA 1CU3A 1JTTL 2CDSA 1GDWA 123LA 1D6QA 3HBEX 1UIAA 4J0LA 3IWRA 1BHZA 4N9RA 1YAQA 1AT6A 3RNXA 1HF4A 4MR1A 1G0GA 4WM3A 1C69A 2HULA 4DD0A 3CB7A 2DQGY 3KAMA 1C6JA 157LA 1IWYA 1XEIA 1HSWA 1L58A 4B49A 1IWVA 4WMGA 2F4AA 4H92A 5F9XA 4DYGA 3G3WA 1A4VA 1JUGA 1L49A 1B5ZA 1D6PA 2F2QA 3GUIA 1GD6A 4NG8A 2HUMA 2ZIJA 4KPMA 1ZYTA 211LA 1BWJA 2A7FA 1F6SA 4DQ5A 1P7SA 2RBNA 4K5YA 4Z3MA 2DQFC 170LA 1FLQA 2H9JA 1CNSA 1XGRC 4WL7A 2CUUA 1IP2A 1L15A 2ZQ4A 3DMVA 4ET9A 5LVGA 2H9KA 2Z39A 2RB1X 259LA 3AGGG 4W58A 1LJIA 3SB7A 1LGUA 1MLCE 3N9CA 4EOFA 1LJKA 1IEEA 2DQCY 2ZNXY 2W1YA 5I5QA 2NTHA 2Z6BA 1LGXA 4DD3A 5EBHA 1JQUA 4B4EA 3RUNA 1OP9B 1A2YC 1P46A 3HUQA 1B7OA 1LMNA 1CJ8A 3B6LA 112LA 133LA 1L61A 3L2XA 201LA 1GXV2 199LA 5APDA 1DI3A 144LA 3SB5A 1QSQA 4H9AA 3N9EA 3EXDA 3HTGA 4WM1A 4WM2A 3RU5A 1CTWA 1KXXA 104LA 4QY9A 4FJRA 1SSYA 1HFXA 2HU1A 1PZYA 249LA 2DKVA 1XGTC 1L33A 5KXXA 1LJGA 3WMKA 4EMNA 1GDXA 4WG7A 1SLYA 3TMWA 145LA 1GB2A 1HMKA 1L17A 5I4XA 1LJJA 4A7DA 2VB1A 165LA 2MEBA 3WXTA 1LJEA 1L50A 1L30A 3B72A 1LJHA 1L40A 2LHMA 1LWKA 4S0WA 3RZ4A 160LA 1C62A 3C7YA 1GBOA 4DDAA 4QEQA 1EPYA 4ARQB 1NQIA 4DD1A 3B0IA 5APCA 1NHEA 5KKIA 3FE0A 2BLXA 5I4WA 2L78A 1TDYA 236LA 1UBZA 1C63A 1OWYA 178LA 1QUOA 207LA 3EBAB 3HH5A 217LA 2F2NA 1L97A 3P68A 4Z46A 5KXTA 3HH6A 231LA 1LSMA 3P65A 3ZVQB 3WULA 4GN5C 4HTKA 4XJGA 1HENA 115LA 3FI7A 5HMJA 2B74A 2PC2A 1T97A 3EMSA 4N5RA 1GWDA 4J1BA 2B5ZA 252LA 3TXJA 1GF0A 5JENB 1I6SA 2ANVA 2ANXA 2Z2FA 1LZCA 154LA 4IATA 4EPIA 3CDQA 5KXRA 3LZ2A 1L64A 5IELA 1DXJA 129LA 3FI5A 4HV2A 4B4IA 1GE3A 5DN5A 3CT1A 110LA 1L34A 1JEFA 1LYGA 1D3NA 3NY8A 4WO6A 4R6CA 4ARMA 1VAUA 1WQOA 3HBHA 1L43A 1TLAA 3W6DA 1YQVY 3C80A 7LZMA 2HEBA 1QIOA 2BQNA 4GCBA 1GB5A 164LA 2D6BA 3DN1A 1B6IA 5LAGA 1LHLA 3M18B 4EKQA 3CT5A 4OO9A 4RLMA 1OV5A 1L80A 3ZEKA 3B0KA 4DAJA 1DPXA 3WW5A 1CKCA 4H9FA 4W96A 1C66A 4XYYA 4XADA 1LZRA 1P2RA 3B0OA 1L35A 4PJZA 5II3A 1GBZA 1QQYA 1LYDA 1H6MA 5LYMA 4WL6A 1LYZA 122LA 195LA 4J1AA 1J1XY 2BQMA 4ZIXA 5I53A 234LA 9LYZA 4M4OA 1L89A 1UIDA 1G0LA 1FKQA 2BQIA 4B1AA 4ANRA 2F32A 4NSJA 4OWHA 1REMA 2B7XA 242LA 1L37A 3HT9A 1C6EA 1LHIA 2GV0A 1UIEA 1IWZA 4OW1A 1VDSA 3OK0A 1CU0A 2MEFA 141LA 3V2YA 4NHIA 243LA 1L03A 1LYYA 1P2CC 3SB9A 1LMAA 2MEGA 4NY5A 3OJPA 1CV5A 1BGIA 1P3NA 4WLXA 5FHWA 2BQKA 1BB5A 4H8XA 163LA 5A3ZA 1JJ0A 1TCYA 3P4ZA 4GLVA 4GCFA 4IASA 1GFGA 102LA 1LLHA 3SBAA 3L64A 1G1WA 1BQLY 1GBWA 187LA 1NDMC 5KXLA 5IDDA 1PQKA 1L92A 2Z18A 2YBMA 4W55A 3IJUA 5J7CA 1C6FA 4QDNA 1QSAA 3HUAA 3HDFA 183LA 1I56A 2HECA 1C6GA 5M1YA 1LJ4A 3GUNA 1HC0A 4PPOA 2O4WA 2OE9X 2BQAA 1L47A 5HNCA 3TXGA 5KY1A 3WL2A 5E4PA 4LGKA 1LWGA 1IOQA 4E97A 4PGJB 2HU3A 3F8VA 1IX0A 1QT6A 2CWIA 4GCEA 1ZMYL 1L65A 175LA 1IOSA 2RAZX 2I25L 1SX2A 3RT5X 1P64A 2B6WA 4TUNA 2B72A 251LA 1LMPA 1L79A 1LHJA 2RSCA 4H93A 4NGLA 2B73A 1GAZA 4NFVA 1GXXA 1LCNA 1E8LA 2EKSC 1P37A 3AB6A 1G0QA 4NGWA 4H8ZA 1GFKA 4ETCA 224LA 1KIRC 185LA 4GBRB 1IC7Y 1GF3A 1XGQC 4DQJA 4EJ4A 1LZ6A 4PRQA 2RB0X 143LA 3W6CA 3AW6A 1NMMA 1LZYA 3ULRA 5KXSA 3OE6A 3WYHA 1B7NA 2HUKA 1LSAA 1KIQC 228LA 1JJ1A 142LA 4WLYA 1GBSA 1L86A 4EKPA 1RI8B 1GE2A 1GF9A 1L54A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4YX7 C;  216L A;  3HUK A;  1C60 A;  1L0J A;  1L57 A;  1L39 A;  4DJH A;  4I7N A;  1JQU A;  222L A;  1C6D A;  1C6P A;  3RUN A;  1L99 A;  3SB8 A;  1P46 A;  1L73 A;  1WTH A;  3HUQ A;  1L42 A;  3DMZ A;  205L A;  1L96 A;  112L A;  1P2L A;  1CUQ A;  1L20 A;  1L61 A;  3L2X A;  1PQD A;  1L67 A;  201L A;  3G3V A;  3DN2 A;  199L A;  3C7Z A;  3DN3 A;  3HH3 A;  1KW7 A;  1CV0 A;  152L A;  2B75 A;  4DKL A;  144L A;  260L A;  3SB5 A;  1QSQ A;  1DYC A;  1D9W A;  3HTG A;  1L06 A;  2OU9 A;  1CTW A;  1L04 A;  1L00 A;  1OV7 A;  1LW9 A;  104L A;  109L A;  4ARP A;  1C6K A;  4W51 A;  1SSY A;  1QT8 A;  249L A;  1CX7 A;  3GUJ A;  1L33 A;  1OYU A;  1L36 A;  145L A;  1LGW A;  4EKR A;  1L17 A;  1L26 A;  3C81 A;  165L A;  1CV1 A;  4W56 A;  206L A;  1KW5 A;  2RBP A;  1L50 A;  200L A;  1L13 A;  1QT5 A;  1L30 A;  4I7O A;  1PQI A;  1LYE A;  226L A;  1L12 A;  108L A;  167L A;  2OTZ X;  3C7W A;  3DKE X;  131L A;  1L40 A;  3C83 A;  3DNA A;  1D3J A;  1LWK A;  2B70 A;  3SBB C;  4S0W A;  5LZM A;  209L A;  160L A;  1C62 A;  1PQJ A; 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 1L38 A;  3HT8 A;  2B7X A;  242L A;  3SN6 R;  1D3F A;  2LCB A;  1L37 A;  3HT9 A;  130L A;  1C6E A;  4I7L A;  2OTY X;  1L72 A;  1L77 A;  227L A;  1SWZ A;  212L A;  1C6A A;  2RAY X;  1L08 A;  239L A;  1P5C A;  3CDV A;  3HWL A;  1C67 A;  1L81 A;  1DYF A;  4ARL A;  1CU0 A;  141L A;  1LYI A;  1L29 A;  3V2Y A;  2RBQ A;  1L27 A;  1L03 A;  243L A;  1L55 A;  1DYE A;  3SB9 A;  147L A;  3HU8 A;  4ARJ A;  1L76 A;  2LZM A;  1CV5 A;  1L71 A;  2OE7 X;  4I7Q A;  1P3N A;  186L A;  4ZPU A;  196L A;  1L94 A;  3CDT A;  1L74 A;  2OU0 X;  1D2W A;  3QAK A;  1L19 A;  3C82 A;  4PK0 A;  163L A;  1L98 A;  1LPY A;  3C8S A;  158L A;  1QUH A;  261L A;  2OE4 X;  223L A;  102L A;  1QS9 A;  1LLH A;  3SBA A;  4EKS A;  3L64 A;  1G1W A;  113L A;  187L A;  172L A;  4W53 A;  3JR6 A;  253L A;  1PQK A;  1L92 A;  4YXA C;  1L07 A;  4AQN A;  162L A;  1NHB A;  4W59 A;  4W55 A;  1L69 A;  2OEA X;  1C6F A;  1ZUR A;  3D4S A;  3HUA A;  4LDE A;  1L44 A;  2RH1 A;  3HDF A;  1XJT A;  241L A;  166L A;  1ZWN A;  183L A;  1C6G A;  2QAR C;  3GUN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4LFP A;  132L A;  1I1Z A;  1CU3 A;  1JTT L;  2CDS A;  1GDW A;  123L A;  1D6Q A;  3HBE X;  1UIA A;  4J0L A;  3IWR A;  1BHZ A;  4N9R A;  1YAQ A;  1AT6 A;  3RNX A;  1HF4 A;  4MR1 A;  1G0G A;  4WM3 A;  1C69 A;  2HUL A;  4DD0 A;  3CB7 A;  2DQG Y;  3KAM A;  1C6J A;  157L A;  1IWY A;  1XEI A;  1HSW A;  1L58 A;  4B49 A;  1IWV A;  4WMG A;  2F4A A;  4H92 A;  5F9X A;  4DYG A;  3G3W A;  1A4V A;  1JUG A;  1L49 A;  1B5Z A;  1D6P A;  2F2Q A;  3GUI A;  1GD6 A;  4NG8 A;  2HUM A;  2ZIJ A;  4KPM A;  1ZYT A;  211L A;  1BWJ A;  2A7F A;  1F6S A;  4DQ5 A;  1P7S A;  2RBN A;  4K5Y A;  4Z3M A;  2DQF C;  170L A;  1FLQ A;  2H9J A;  1CNS A;  1XGR C;  4WL7 A;  2CUU A;  1IP2 A;  1L15 A;  2ZQ4 A;  3DMV A;  4ET9 A;  5LVG A;  2H9K A;  2Z39 A;  2RB1 X;  259L A;  3AGG G;  4W58 A;  1LJI A;  3SB7 A;  1LGU A;  1MLC E;  3N9C A;  4EOF A;  1LJK A;  1IEE A;  2DQC Y;  2ZNX Y;  2W1Y A;  5I5Q A;  2NTH A;  2Z6B A;  1LGX A;  4DD3 A;  5EBH A;  1JQU A;  4B4E A;  3RUN A;  1OP9 B;  1A2Y C;  1P46 A;  3HUQ A;  1B7O A;  1LMN A;  1CJ8 A;  3B6L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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