123LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNSKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 123lA00
1QUHA 148LE 119LA 237LA 4EKQA 162LA 206LA 1T97A 218LA 102LA 1L55A 4I7LA 3VW7A 1C6DA 1KY0A 1C6JA 1K28A 115LA 1L61A 1QTZA 1XJUA 1C6MA 151LA 232LA 1CU0A 3SB8A 1L56A 4LDLA 1D3FA 216LA 3HUKA 4ARQA 4I7OA 2RBNA 3QAKA 1C6FA 1DYAA 7LZMA 125LA 2F47A 1L97A 1C67A 1LW9A 241LA 1CV5A 240LA 1SX2A 1D3JA 1C6AA 1QUGA 250LA 2RBRA 1CTWA 112LA 1LYGA 2Z6BA 225LA 209LA 1LYIA 184LA 1ZURA 183LA 201LA 3C81A 1L84A 191LA 1L02A 2O7AA 3C7WA 1C6EA 140LA 167LA 158LA 1C65A 111LA 3HDEA 2O4WA 1L26A 3HTGA 1L51A 4I7RA 1L47A 1L96A 1C6NA 2Q9EA 1L65A 1OVHA 2OE7X 2OU0X 4DJHA 3CDTA 1QTVA 1P3NA 1CU6A 3SBAA 1QT5A 1QT4A 1L28A 1C64A 1L20A 2RB1X 259LA 130LA 3DN8A 3F8VA 3HT8A 3L2XA 1PQOA 3HU9A 1D9WA 1L91A 1L77A 1P2LA 1QS5A 3SB6A 103LA 1L08A 1G06A 4I7TA 1DYBA 4I7SA 180LA 1PQIA 3HU8A 1L60A 1L0JA 1OVJA 2B70A 3HTFA 1L76A 4I7JA 1G0QA 2RBOA 3HTBA 1B6IA 1T6HA 107LA 1KS3A 3HT7A 1QTBA 219LA 214LA 254LA 1LPYA 1L30A 1SSWA 2B73A 3SN6R 3RUNA 1CVKA 195LA 1L70A 249LA 1G0KA 3DMVA 4AQNA 3CDVA 2OU9A 1L25A 190LA 1ZYTA 175LA 4K5YA 1C61A 1L67A 1CV3A 4IAPA 2HUKA 229LA 1KW5A 1P36A 1L95A 246LA 3HDFA 2B6YA 1L22A 1L50A 3NY8A 2B6ZA 248LA 2ANXA 2L78A 4E97A 1C6LA 4I7QA 1PQMA 3NYAA 3RZEA 261LA 108LA 3GUJA 1QTDA 150LA 3C8QA 1P46A 1G1WA 256LA 2LZMA 1CU5A 3UONA 1T8GA 152LA 3HH6A 2OE9X 3G3VA 4PK0A 4EPFA 1P7SA 3GUKA 1L43A 1C6GA 1L06A 1G0MA 1C6HA 3DMXA 1PQKA 2HULA 1P64A 4ZPUA 1L94A 1OWYA 142LA 3HH4A 1L0KA 4LZMA 4W51A 1XEPA 1OV7A 2B6TA 3PDSA 2QARC 2LC9A 2OE4X 137LA 2IGCA 1L42A 109LA 1L58A 234LA 3HUQA 6LZMA 176LA 1L80A 1CV1A 1L98A 4I7MA 1L03A 4ARMB 1QUOA 215LA 118LA 3JR6A 243LA 235LA 1L16A 1OWZA 226LA 1C6PA 3DN2A 4ARJA 145LA 3CDOA 4S0WA 1TLAA 1L87A 4W54A 1QT7A 1D3MA 1L86A 186LA 3GULA 3C8RA 211LA 2CUUA 4W52A 1L92A 2NTGA 2RAZX 122LA 260LA 1L73A 2RB2X 1CUPA 1PQDA 1L27A 1L90A 1QS9A 2B75A 1L83A 4ARMA 3DN4A 2OEAX 1C62A 197LA 1D2WA 189LA 1JTMA 252LA 138LA 1LYHA 257LA 143LA 1L00A 5I14A 239LA 1L34A 3G3XA 1L41A 3HT6A 4EXMA 2RH1A 1L85A 262LA 1LGUA 1CU3A 1T8FA 1ZWNA 1I6SA 1L36A 2ANVA 1XJTA 1QTHA 187LA 1QUDA 1P56A 251LA 120LA 1L54A 1DYEA 1LGXA 247LA 1C69A 159LA 3C7ZA 164LA 2RBSA 1L05A 172LA 2NTHA 3CDRA 163LA 177LA 1L69A 104LA 3C83A 127LA 1P6YA 3EMLA 123LA 146LA 1C6CA 126LA 1CUQA 1L72A 4LDOA 3OE0A 1C68A 4I7NA 1QT3A 3HUAA 2B72A 1L11A 131LA 139LA 1L13A 1L75A 3HTDA 1SWZA 1LWKA 228LA 1L29A 1C6KA 3C82A 1PQJA 1L62A 1T8AA 1L14A 114LA 5LZMA 3HH5A 4W55A 1QSQA 3HT9A 3FADA 4LDEA 2F2QA 217LA 3LZMA 3NY9A 3HH3A 2Q9DA 3V2YA 3HWLA 212LA 2B74A 1G0JA 1L59A 1L48A 3DN6A 244LA 4GRVA 3FI5A 155LA 1L09A 1KY1A 1QTCA 1EPYA 1L99A 4EKSA 165LA 198LA 147LA 200LA 4EKPA 3DN3A 2A4TA 3OE9A 141LA 110LA 129LA 1L82A 1LYFA 196LA 1L35A 3DKEX 1CV6A 2B7XA 1L12A 1KW7A 1OYUA 231LA 1LYEA 1P2RA 1G0PA 255LA 3SB9A 3SBBC 2LCBA 3GUMA 3CDQA 1KNIA 156LA 174LA 224LA 2RB0X 3DN1A 1L64A 1LI2A 1NHBA 213LA 1JTNA 1L10A 1QSBA 4GBRB 205LA 1C6TA 1L19A 4EPIA 1L21A 4ARPA 1QT8A 1JQUA 1L89A 3ODUA 1LWGA 1LI6A 3DNAA 1DYFA 2RBQA 1L04A 170LA 222LA 157LA 1L63A 161LA 238LA 4W59A 3GUPA 1OVKA 1LYJA 3F9LA 1LI3A 3C80A 160LA 1SX7A 1C6BA 2B6XA 1P37A 245LA 2OU8A 3C7YA 1L53A 4I7KA 2B6WA 188LA 1CV4A 3GUOA 1L37A 3K2RA 1L81A 185LA 1L17A 1L44A 1L57A 2OTYX 3GUNA 1L45A 230LA 178LA 1L66A 169LA 168LA 1CX6A 1LYDA 1LLHA 1SWYA 221LA 1P5CA 4YXCA 1G0LA 1C6IA 3SB7A 3D4SA 1DYGA 166LA 171LA 1G07A 1C6QA 4YX7C 4EKRA 236LA 1L15A 4EJ4A 3DN0A 1C66A 1L52A 1CV0A 4W56A 1G1VA 1C60A 3L64A 1L74A 1LGWA 2OTZX 173LA 1L39A 1L18A 3OE8A 3FA0A 4DKLA 210LA 2QB0B 1L33A 1L93A 3OE6A 4I7PA 182LA 1DYDA 1L23A 1D2YA 4OO9A 227LA 1DYCA 2RAYX 2F32A 181LA 1WTHA 1G0GA 1CX7A 1L32A 4W58A 1L88A 2O79A 233LA 1QT6A 4PJZA 4W53A 1L01A 2RBPA 1C63A 1L07A 1L68A 1CU2A 1L71A 3PBLA 128LA 1L38A 1OV5A 220LA 3G3WA 3GUIA 242LA 1D3NA 144LA 199LA 1L79A 2HUMA 4W57A 258LA 1L24A 1L46A 4ARLA 1L40A 192LA 1SSYA 253LA 4YXAC 4ARQB 3SB5A 223LA 149LA 3DMZA 1L49A 3C8SA 3V2WA 113LA 4DAJA 1L31A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C6JA 5KKJA 1UIAA 148LE 237LA 102LA 1IEEA 4I7LA 1JHLA 4J7VA 1K28A 1L61A 1LSPA 1LHMA 1XJUA 3EXDA 1L56A 1D3FA 1AZFA 1LYSA 3G3AB 4B49A 4I7OA 4G4HA 7LZMA 125LA 1CV5A 2ZQ4A 1D3JA 1HELA 4ZEEA 4KPMA 1QUGA 112LA 5F9UA 1LYIA 4HTQA 5FSTA 1NKHA 4RW1A 191LA 4LYTA 1T3PA 1LZ8A 1C08C 2O7AA 4H8XA 3D3DA 2O4WA 1A2YC 1YROA 1L96A 1RJCB 5EBHA 1DZBX 1ZVYB 3CDTA 1CU6A 2RB1X 259LA 130LA 1IP6A 5KXZA 3HT8A 1JIYA 1DKKA 3L2XA 3HU9A 1LYOA 1GFRA 1EQEA 4NG8A 1L08A 4I7TA 1LPIA 1PQIA 3HU8A 1L0JA 1L76A 1LYZA 1B6IA 1HMLA 5D5FA 3HT7A 3T36A 214LA 3AGGG 254LA 3TXFA 1CNSA 2B73A 4G4CA 1JSFA 195LA 1WTMA 249LA 1SQ2L 2OU9A 190LA 1ZYTA 3A92A 3MGWA 1L67A 1TDYA 1GFVA 1KXXA 229LA 4LYBA 2CWIA 3TXIA 1LJGA 3HBDA 1C6LA 1LAAA 3RZEA 5A3ZA 4HJYA 2WARA 1G1WA 4WMGA 4CFPA 1TAYA 4NWEA 1VFBC 2LZMA 5LXWA 1LKRA 3A3RX 5DN5A 2BQNA 4PK0A 1XGUC 1CKHA 4ZPUA 1OWYA 4M6DA 4G49A 1BB4A 2LYMA 1OUHA 1D6QA 1KIPC 3A94A 3WW5A 2OE4X 137LA 1PS5A 2IGCA 1B7QA 1L42A 3GXKA 1IWWA 1L80A 1G7LC 4FJRA 4WLYA 5KXSA 235LA 4KL7A 4LYMA 1GEVA 2XBSA 4H93A 4S0WA 1TLAA 1L87A 1WVVA 1GF0A 4H8YA 4W54A 186LA 1IWZA 5HNLA 1L92A 260LA 1QIOA 1L27A 2Z38A 2A7DA 1L83A 3DN4A 1IP5A 1IOTA 138LA 257LA 1L00A 3G3XA 3WXTA 1UUZC 2XJWA 1L36A 1HF4A 1Z55A 1J1PY 1QUDA 251LA 4XJIA 1L54A 4NEBA 1HHLA 4NHPA 1OP9B 5APDA 3TMWA 3RT5X 164LA 194LA 4XJHA 1FLQA 1L69A 123LA 146LA 1C6CA 126LA 1UCOA 2LZTA 4PJ2C 2CJLA 1LJNA 4ET9A 3CT1A 1HSWA 4LT2A 1GB6A 1IO5A 4WLDA 1T8AA 1B5VA 4W55A 3HT9A 3HFMY 1CKFA 3FADA 4LDEA 5DM9A 4LYZA 5L3IA 217LA 4Z3MA 4KXIA 4HTKA 1BWJA 1GWDA 1B5YA 2D4KA 2B74A 2NWDX 2Z2EA 155LA 3A6CY 1JEFA 208LA 1GFTA 1QTCA 1L99A 4H9BA 5DL9A 165LA 198LA 4NGZA 1C10A 4DD3A 4ANRA 4PPOA 1LYFA 1CV6A 1LZ1A 1L12A 231LA 1ZMYL 4H9IA 1W6ZA 3WUNA 1P2RA 3B0KA 2H5ZA 1GE2A 3SB9A 1D0KA 3CDQA 174LA 1GBZA 224LA 3DN1A 4RW2A 5DN4A 1LI2A 1HERA 2VB1A 1JJ0A 4GN4A 5LAGA 4EPIA 1DPWA 1GF3A 1LI6A 4WO6A 157LA 161LA 1IC5Y 3F9LA 4XENA 5LVGA 2BQKA 1WQQA 4YEMA 4UWUA 245LA 3C7YA 3TXJA 1XGQC 1LSBA 5B1FA 1LZNA 1DXJA 1GE1A 4DD7A 188LA 3K3TA 4NHQA 1TBYA 1L81A 178LA 2HUBA 2F30A 1CX6A 1LYDA 1LLHA 2Z37A 1G7JC 1FBIX 5HMVA 221LA 3CSQA 3A3QA 1G0LA 1VDTA 1B9OA 5KXLA 171LA 1J1XY 4J1AA 4DT3A 4EKRA 1L15A 3DN0A 1CV0A 3WVYA 3L64A 1L74A 1HEQA 2I6ZA 1LTMA 1L18A 2B5ZA 5KXOA 1FLUA 5APEA 1XEJA 1DYDA 1QQYA 4XYYA 1BB5A 1D2YA 4RLNA 1DYCA 2F32A 1G0GA 1E8LA 2O79A 4DYGA 5DLAA 1LHJA 4D9ZA 3LHMA 1LZAA 4GN5C 3TXBA 2HECA 3G3WA 3GUIA 242LA 144LA 2HUMA 4AXTA 4ET8A 4ARLA 1FKVA 2BQGA 4R0FA 1JJ3A 4ARQB 223LA 1A4VA 1GBYA 4GCEA 1IC7Y 1QUHA 4DWXA 4W96A 3A93A 1IP7A 1GAYA 3W6DA 1GBWA 1YKZX 1AKIA 206LA 218LA 2YDGA 1KY0A 1C6JA 1F0WA 115LA 1LZCA 3AW7A 1IY3A 1LHKA 151LA 1JTTL 2N5ZA 4LDLA 4GCDA 4I0CA 1B0DA 1C6FA 1B7NA 4N8ZA 2F47A 1LMOA 1C67A 2HEBA 1YAQA 3QY4A 3VWOA 1OUIA 5F9XA 3WPLA 2RBRA 2AUBA 5LVIA 2Z6BA 5C6LA 1LMAA 4RLMA 201LA 7LYZA 3AW6A 3FI7A 3C7WA 3LYOA 3A96A 1JKCA 4B4JA 1L65A 1O23A 1OVHA 2OE7X 2MEBA 2OU0X 2G4QA 4DJHA 1C46A 1C64A 1CKCA 4ZFPA 5LYZA 133LA 4GLVA 4NSHA 1LJIA 1PZYA 1PQOA 5F81A 1D9WA 1L91A 3SB6A 1FDLY 1G06A 1DYBA 4I7SA 3HTFA 3WW6A 1LZ4A 4TTDA 1GB3A 4WLTA 107LA 1KS3A 3A8ZA 1LSAA 3SN6R 4GLAA 1CVKA 3LZ2A 5IELA 1UC0A 1C61A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5C6J A;  5KKJ A;  1UIA A;  148L E;  237L A;  102L A;  1IEE A;  4I7L A;  1JHL A;  4J7V A;  1K28 A;  1L61 A;  1LSP A;  1LHM A;  1XJU A;  3EXD A;  1L56 A;  1D3F A;  1AZF A;  1LYS A;  3G3A B;  4B49 A;  4I7O A;  4G4H A;  7LZM A;  125L A;  1CV5 A;  2ZQ4 A;  1D3J A;  1HEL A;  4ZEE A;  4KPM A;  1QUG A;  112L A;  5F9U A;  1LYI A;  4HTQ A;  5FST A;  1NKH A;  4RW1 A;  191L A;  4LYT A;  1T3P A;  1LZ8 A;  1C08 C;  2O7A A;  4H8X A;  3D3D A;  2O4W A;  1A2Y C;  1YRO A;  1L96 A;  1RJC B;  5EBH A;  1DZB X;  1ZVY B;  3CDT A;  1CU6 A;  2RB1 X;  259L A;  130L A;  1IP6 A;  5KXZ A;  3HT8 A;  1JIY A;  1DKK A;  3L2X A;  3HU9 A;  1LYO A;  1GFR A;  1EQE A;  4NG8 A;  1L08 A;  4I7T A;  1LPI A;  1PQI A;  3HU8 A;  1L0J A;  1L76 A;  1LYZ A;  1B6I A;  1HML A;  5D5F A;  3HT7 A;  3T36 A;  214L A;  3AGG G;  254L A;  3TXF A;  1CNS A;  2B73 A;  4G4C A;  1JSF A;  195L A;  1WTM A;  249L A;  1SQ2 L;  2OU9 A;  190L A;  1ZYT A;  3A92 A;  3MGW A;  1L67 A;  1TDY A;  1GFV A;  1KXX A;  229L A;  4LYB A;  2CWI A;  3TXI A;  1LJG A;  3HBD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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