123LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNSKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 123lA00
233LA 4ARJA 1L70A 183LA 1SSWA 1L92A 1CX6A 3C7YA 1L95A 1SWZA 1L83A 2B7XA 3UONA 1CVKA 3DN6A 1P2LA 1L97A 1L55A 1P5CA 3HT8A 250LA 1L50A 4EKQA 3RUNA 158LA 6LZMA 7LZMA 3OE9A 3G3XA 1CV6A 1P3NA 1QTDA 1L41A 4ARQB 1XEPA 1C6QA 156LA 2ANXA 131LA 4YX7C 1L21A 1ZYTA 176LA 1P56A 3EMLA 2HULA 3CDVA 235LA 1C6GA 3DN1A 3OE0A 3C80A 104LA 2NTGA 1L67A 1QUDA 3DNAA 257LA 4OO9A 1DYEA 219LA 3HUQA 3HT6A 1QTBA 1L88A 1L90A 1QT7A 3NY9A 1L52A 1L36A 144LA 1L27A 4ARQA 259LA 1JQUA 2OEAX 1C68A 228LA 1LI3A 226LA 3HDEA 163LA 215LA 227LA 4PJZA 3HH5A 1LWKA 1L01A 3F8VA 1LYEA 1C62A 1T6HA 3GUKA 177LA 1G0QA 1G0JA 1C69A 107LA 1L53A 1L08A 3G3WA 1QT3A 1CU0A 196LA 4K5YA 1CTWA 4YXAC 1D3FA 3JR6A 1D3MA 1LPYA 1L32A 109LA 1P2RA 1C6MA 3L2XA 1LGUA 4GRVA 4DJHA 167LA 2RBPA 3HTFA 1L17A 1C61A 220LA 139LA 4W56A 1L98A 1P7SA 184LA 225LA 1L58A 254LA 1C6IA 1L45A 3HUKA 1P37A 150LA 146LA 159LA 1L63A 3GUJA 4I7RA 160LA 2O4WA 1C65A 3CDQA 1G0LA 1QUHA 185LA 138LA 3PBLA 1QUGA 199LA 3C8QA 2B6YA 4PK0A 1CX7A 1PQKA 230LA 4W59A 3DN3A 5LZMA 1LYGA 2RB2X 245LA 1G0PA 1L03A 122LA 1L11A 1L46A 2OTYX 1QUOA 255LA 1G0MA 162LA 1I6SA 1L16A 3GUMA 3SB8A 1L19A 4ZPUA 242LA 4LZMA 1CU3A 4I7KA 1P64A 1G1VA 1L61A 244LA 3C8RA 1L76A 4AQNA 1T8FA 1CV5A 1LYJA 4ARMB 111LA 3F9LA 1KW7A 4I7JA 118LA 1LYHA 2B72A 1L56A 3GUIA 1C6LA 234LA 236LA 3HU9A 3CDRA 168LA 4ARLA 1K28A 1OVJA 2Z6BA 4W54A 181LA 1T8GA 4I7OA 1SWYA 1P46A 3HH3A 1PQOA 1L60A 1DYFA 1L28A 141LA 3FI5A 1SX7A 2RH1A 2L78A 164LA 1C6FA 1SSYA 165LA 1TLAA 1QT4A 251LA 1L09A 1C6NA 1L94A 180LA 1L82A 1OVHA 1QSQA 2RBQA 1LW9A 239LA 3LZMA 2B70A 128LA 103LA 1QTHA 169LA 4ARMA 2O79A 2OE9X 3DN2A 178LA 1L35A 261LA 1L44A 214LA 3V2WA 1L10A 2OE7X 2B6ZA 1LGXA 258LA 1L85A 1L33A 3C83A 260LA 4EJ4A 2B6TA 1CV3A 2F47A 1LI6A 3DMXA 1L51A 231LA 3HWLA 4I7NA 1D2YA 3C7WA 3DN4A 145LA 3GUPA 4IAPA 3FADA 1OWYA 4W53A 1ZURA 1LYDA 218LA 186LA 1CU6A 1EPYA 241LA 1L72A 3CDTA 3QAKA 147LA 1LYIA 3ODUA 1L30A 3RZEA 1G1WA 3V2YA 1NHBA 3NYAA 197LA 1C6HA 166LA 222LA 246LA 1L04A 1L43A 149LA 4GBRB 3SB6A 1L91A 1OVKA 170LA 1LLHA 4ARPA 1P6YA 119LA 3DN8A 1L22A 1L34A 3SN6R 1OV5A 200LA 3DMZA 4W52A 1C64A 2LC9A 174LA 4S0WA 161LA 1CU5A 4EXMA 211LA 1C6KA 1C60A 5I14A 1QT6A 1DYAA 3HDFA 1L59A 3L64A 3SBBC 1L20A 2RBNA 4I7SA 3HTDA 1L99A 112LA 1L42A 1L13A 1L0JA 4LDEA 1PQJA 3C82A 2OU8A 1CU2A 1KW5A 1OYUA 1PQMA 205LA 3GULA 1C6JA 1C6DA 224LA 1L65A 3VW7A 152LA 2ANVA 1L68A 1C6AA 4I7QA 4LDOA 1CUPA 247LA 1DYGA 3GUNA 1SX2A 130LA 1L79A 3G3VA 1DYCA 3HT7A 115LA 1L07A 213LA 2F32A 2IGCA 1CV0A 3HT9A 1L00A 1QTCA 1L75A 1CUQA 1L89A 243LA 192LA 4I7TA 210LA 173LA 2LCBA 140LA 1KNIA 2B74A 1L24A 1L71A 2Q9DA 175LA 3C81A 1L05A 113LA 1L06A 198LA 3HUAA 1QS9A 3HH6A 108LA 3SBAA 151LA 223LA 2NTHA 4LDLA 1C66A 3HTGA 4I7PA 4I7LA 1D3NA 1OWZA 2OTZX 1T97A 206LA 201LA 249LA 3NY8A 253LA 1C6CA 1L73A 2RBOA 1C63A 1QT5A 3DMVA 3GUOA 110LA 2RB1X 216LA 1L25A 1OV7A 1L66A 1T8AA 1DYBA 1L38A 212LA 2OU9A 1QS5A 1L26A 1C6PA 3CDOA 1KY1A 232LA 1L14A 262LA 1L15A 4EPFA 3C7ZA 3DKEX 4W55A 1XJTA 1G0KA 3SB5A 1L84A 129LA 2A4TA 1L23A 1D9WA 171LA 1JTMA 1L54A 2OE4X 195LA 2QB0B 142LA 2B6XA 3D4SA 4DKLA 4EKPA 229LA 1L77A 4W57A 1L96A 237LA 1WTHA 1L93A 1L62A 4EKSA 2B73A 155LA 1L64A 3OE8A 1L48A 1C67A 2B75A 191LA 1D2WA 148LE 3OE6A 3HU8A 240LA 1L80A 1L0KA 4I7MA 143LA 1L31A 114LA 256LA 252LA 3C8SA 1XJUA 1L18A 1L49A 2O7AA 2RBSA 1L87A 102LA 125LA 1L39A 3PDSA 209LA 1L29A 1PQDA 1C6EA 189LA 2LZMA 2F2QA 2HUMA 3K2RA 1LYFA 2CUUA 1ZWNA 1LI2A 2RBRA 1PQIA 157LA 1QTVA 1L57A 2RAYX 1KS3A 1QTZA 127LA 3SB9A 1L02A 4E97A 1B6IA 1C6BA 4EKRA 190LA 188LA 217LA 1D3JA 3FA0A 1L37A 248LA 1KY0A 4DAJA 1G0GA 1P36A 2QARC 4EPIA 238LA 1QT8A 1L40A 1LGWA 1G07A 2B6WA 3HH4A 137LA 2Q9EA 3HTBA 3SB7A 182LA 1LWGA 2HUKA 3DN0A 120LA 1L81A 1CV1A 1L86A 172LA 1DYDA 4W51A 4YXCA 1L74A 1L47A 1L12A 4W58A 2OU0X 1C6TA 187LA 1G06A 221LA 2RB0X 123LA 1L69A 1JTNA 2RAZX 126LA 1QSBA 1CV4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IHGA 1L70A 4TSCA 1OUIA 1LMCA 4WMGA 1L92A 1L95A 135LA 1LTMA 3LYZA 3D3DA 1LPIA 1L97A 4LFXA 1WVVA 1P5CA 4WM6A 1L50A 1UIEA 1BB6A 1QDRA 4XENA 3G3XA 1QTDA 1J1XY 1GAYA 4WM3A 1JPOA 6LYZA 1L21A 3RT5X 3A3QA 1GFEA 5A3ZA 1B5UA 3EMLA 5LYTA 1C6GA 1C7PA 5ILCA 1UIDA 1OUBA 1IP6A 1HEQA 2DQIY 3ULRA 1DYEA 4CJ2A 1OUCA 3HT6A 4L41A 4H9CA 1L88A 2DQCY 1L90A 4G49A 144LA 1JQUA 1DI5A 228LA 4MCKA 226LA 5B1GA 3HH5A 3W6FA 154LA 1SLYA 1C62A 3SP3A 177LA 4QGZA 1L08A 2Z19A 1IORA 1LZCA 3N9EA 2YBLA 4K5YA 5KXPA 4WLXA 3WPJA 1RJCB 2EPEA 109LA 3N9AA 3L2XA 1RFPA 2LYZA 1C61A 4B4EA 4W56A 5LIOA 1QUSA 184LA 225LA 1LAAA 254LA 1C6IA 1L45A 1XEJA 150LA 146LA 1LZ9A 4YF2A 160LA 2FYDA 2O4WA 4M6DA 1QUHA 199LA 1PQKA 1LZAA 2RB2X 1L03A 122LA 1HNLA 5KXMA 4WLDA 208LA 1G0MA 4DT3A 1I6SA 1L16A 3IJUA 5I54A 1L19A 3C8RA 1L76A 1CKHA 4PHIA 2YBJA 4HJVA 1J1OY 1MLCE 2MEHA 2BQAA 1FBIX 4LT0A 2DQDY 234LA 236LA 1BB4A 1C43A 4XYYA 4TWSA 168LA 4DD9A 1JKAA 2EQLA 1IY4A 1LMAA 2I26L 4DQJA 1GBSA 4OOOA 1SWYA 3HH3A 1PQOA 1GXXA 1L60A 3W6DA 3FI5A 1SX7A 1YANA 1TLAA 1B7SA 251LA 2A7FA 1LHIA 1UBZA 5HNCA 1OVHA 4TUNA 1LW9A 2Z39A 239LA 1GFVA 2B70A 4Z98A 128LA 1JITA 1QTHA 169LA 3CT5A 1GFGA 3HBHA 1NDMC 261LA 4GN3A 3V2WA 2F30A 5HNLA 1IO5A 3C83A 1LHHA 2HTXA 1CV3A 2MEFA 1MELL 1UIBA 231LA 1OWYA 3WMKA 2BQEA 241LA 5APDA 4HTNA 1CNSA 1RI8B 3QAKA 1H6MA 1D6PA 5B1FA 4HTKA 1IR8A 5F9UA 3NYAA 4Z41A 1C6HA 166LA 222LA 4NG8A 2Y8PA 1LZEA 1LLHA 4ARPA 3A34A 119LA 1UACY 4DQ7A 3LYOA 1L22A 1JKDA 174LA 1B5ZA 4S0WA 4NHSA 1HF4A 1C60A 5I14A 3SBBC 2Z37A 5KXLA 112LA 1UIHA 1WQOA 5E9RA 2LZ2A 5LAGA 1PQMA 1L65A 2VB1A 4XJFA 4ET9A 2FBBA 3CQLA 5I53A 4ML7A 1FLUA 2F32A 2IGCA 1REXA 2MEBA 3GXRA 3RNXA 4I7TA 1GF6A 2DQGY 2G4QA 140LA 2FBDA 1ALCA 1KXXA 1QQYA 1IWUA 4NSHA 3C81A 1JTTL 2AUBA 2CWIA 2YDGA 4UWVA 3E3DA 1OQMA 1QTKA 1D3NA 206LA 1HMKA 3NY8A 253LA 1IP1A 1IP2A 2RBOA 1QT5A 1GE0A 1A4VA 216LA 3A6BY 5LAFA 4ZIXA 1L38A 2OU9A 1REYA 1GFJA 1QS5A 4HJZA 5FELA 1GB9A 3DKEX 3SB5A 5F9XA 1IP3A 1LJJA 2A4TA 4D9ZA 1B0DA 1LZ8A 1D9WA 171LA 1JTMA 3LHMA 2OE4X 1NF5A 1LJNA 3D4SA 1IP7A 1F6RA 1LZ1A 1LSYA 2D4IA 3W6EA 4ETDA 4PRQA 8LYZA 2YBMA 1FDLY 4HJYA 4W96A 1LZSA 1KIRC 1L93A 3M3UA 1YAOA 1L64A 3J4GA 3AZ4A 3BKHA 148LE 3HU8A 1UA6Y 2A7DA 2C8OA 1IWWA 1GFTA 2F4GA 3TMUA 2RBSA 4G4HA 1L87A 1L39A 209LA 3EMSA 1C6EA 4H9EA 4GCFA 2W1MA 153LA 4EOFA 3K2RA 1D9UA 3WW5A 1LI2A 4IASA 1QTVA 1LMQA 4OWAA 2RAYX 1F0WA 1KS3A 4NWEA 1QTZA 3SB9A 1L02A 4E97A 1L37A 1GPQC 4HPEA 1HHLA 1NHEA 4DAJA 1BWIA 3TMVA 4ZEEA 4EPIA 238LA 5AMYA 3TXBA 1G07A 2CDSA 2BQDA 3HTBA 1TAYA 182LA 1LWGA 132LA 2BLYA 3A91A 120LA 1L81A 1XSFA 4W94A 1IIZA 2MEAA 3A92A 5F81A 4NGOA 4YXCA 1CKFA 2OU0X 4TSBA 2G4PA 1JTNA 2RAZX 1QDTA 1QSBA 1CV4A 1G7JC 1LZGA 2WARA 1SSWA 2HU3A 1SWZA 3G3BB 2BQLA 1TCYA 2C8PA 3DN6A 1P2LA 1L55A 4H1PA 4CFOA 1NBZC 1GWDA 6LZMA 4A7DA 4NGWA 4NWHA 1CV6A 5D5CA 2ZNXY 4R6CA 1OUEA 2PC2A 4WM4A 3CT0A 5LVGA 4YX7C 5KXOA 1ZYTA 1NDGC 207LA 176LA 3AGIA 3CDVA 235LA 3DN1A 3EBAB 1B7NA 1CJ9A 104LA 1UICA 3CSRA 1L67A 5KXRA 1QUDA 1HFZA 2YSSC 3A3RX 4TTDA 1OUJA 4XJHA 4UWNA 5KXXA 2DQJY 4H9HA 133LA 1JTPL 3NY9A 5IDDA 4DD2A 1L27A 1HEPA 2DKVA 1XFPL 2HUBA 4LYTA 3HDEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5IHG A;  1L70 A;  4TSC A;  1OUI A;  1LMC A;  4WMG A;  1L92 A;  1L95 A;  135L A;  1LTM A;  3LYZ A;  3D3D A;  1LPI A;  1L97 A;  4LFX A;  1WVV A;  1P5C A;  4WM6 A;  1L50 A;  1UIE A;  1BB6 A;  1QDR A;  4XEN A;  3G3X A;  1QTD A;  1J1X Y;  1GAY A;  4WM3 A;  1JPO A;  6LYZ A;  1L21 A;  3RT5 X;  3A3Q A;  1GFE A;  5A3Z A;  1B5U A;  3EML A;  5LYT A;  1C6G A;  1C7P A;  5ILC A;  1UID A;  1OUB A;  1IP6 A;  1HEQ A;  2DQI Y;  3ULR A;  1DYE A;  4CJ2 A;  1OUC A;  3HT6 A;  4L41 A;  4H9C A;  1L88 A;  2DQC Y;  1L90 A;  4G49 A;  144L A;  1JQU A;  1DI5 A;  228L A;  4MCK A;  226L A;  5B1G A;  3HH5 A;  3W6F A;  154L A;  1SLY A;  1C62 A;  3SP3 A;  177L A;  4QGZ A;  1L08 A;  2Z19 A;  1IOR A;  1LZC A;  3N9E A;  2YBL A;  4K5Y A;  5KXP A;  4WLX A;  3WPJ A;  1RJC B;  2EPE A;  109L A;  3N9A A;  3L2X A;  1RFP A;  2LYZ A;  1C61 A;  4B4E A;  4W56 A;  5LIO A;  1QUS A;  184L A;  225L A;  1LAA A;  254L A;  1C6I A;  1L45 A;  1XEJ A;  150L A;  146L A;  1LZ9 A;  4YF2 A;  160L A;  2FYD A;  2O4W A;  4M6D A;  1QUH A;  199L A;  1PQK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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