126LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRTITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 126lA00
125LA 1L00A 4K5YA 239LA 185LA 3HT8A 2OU8A 113LA 2B73A 246LA 1QS9A 234LA 201LA 4I7KA 4S0WA 4W55A 1LYIA 1D3JA 219LA 3OE9A 1QTBA 1L31A 3SB6A 161LA 212LA 3QAKA 1D3NA 228LA 225LA 4ARQA 1L12A 152LA 1L85A 3C7WA 4I7QA 4W54A 237LA 3SB5A 1C6LA 107LA 174LA 1L80A 3HTBA 3DN2A 2RBNA 3GULA 143LA 1PQMA 2LC9A 151LA 1CX6A 3HH6A 172LA 109LA 144LA 1QS5A 1L75A 1L26A 1WTHA 3HDEA 2L78A 1QTCA 3F8VA 221LA 4I7OA 1L19A 1L97A 1OWYA 1L50A 241LA 190LA 211LA 2NTHA 170LA 3GUNA 247LA 3FADA 4PJZA 2RBRA 1CUQA 180LA 139LA 1G06A 1DYBA 1L86A 130LA 1L35A 1QT3A 164LA 1SSWA 2F32A 4ARMA 1SWYA 209LA 262LA 3GUIA 1SX7A 168LA 259LA 1D2YA 140LA 3GUOA 123LA 3HH4A 1P5CA 1PQIA 1DYEA 4W53A 1L42A 232LA 173LA 183LA 1C62A 176LA 182LA 226LA 1L62A 1C6JA 4DAJA 166LA 187LA 4W57A 2O7AA 146LA 1CU3A 4YXCA 1C6QA 112LA 1L96A 1QT4A 3GUKA 1L87A 1C63A 4W58A 4AQNA 1CV4A 3L64A 1QUHA 3NY8A 1P2RA 4E97A 2LZMA 1CUPA 1OVJA 1P56A 1C60A 2OU9A 2RB0X 1L94A 158LA 1L01A 4ARJA 1L46A 1L03A 2B75A 1KY1A 3HTDA 165LA 3CDQA 128LA 200LA 3HWLA 1C69A 3HUKA 4ARPA 3CDTA 1L66A 2Z6BA 7LZMA 2ANVA 1C66A 240LA 1CV1A 3UONA 1L40A 2B72A 1L53A 1L72A 1L90A 2B74A 1C6FA 1CVKA 1DYGA 1DYDA 157LA 3CDVA 1DYAA 1LGXA 1JTMA 3CDOA 4I7NA 1L65A 171LA 1CU5A 245LA 2RBSA 167LA 255LA 4LDEA 1TLAA 1L54A 1C6BA 1PQDA 3C81A 3SB9A 1L43A 159LA 2RB2X 2RAYX 1L36A 4I7RA 3FI5A 3GUJA 1L91A 1LI3A 4I7JA 1L11A 1SX2A 213LA 1L79A 3G3XA 1JTNA 3HT9A 1G0PA 1L32A 261LA 1L08A 119LA 3SB8A 1LYFA 3HT7A 1CV0A 3HU8A 1KS3A 1L89A 1LWKA 1QT6A 3EMLA 2B6WA 224LA 175LA 1L48A 1JQUA 5LZMA 1L74A 1SSYA 2NTGA 4YXAC 3HUAA 1CU2A 3OE8A 210LA 1L24A 1L83A 1CV3A 2B7XA 4EKPA 220LA 1L14A 1QUGA 1ZWNA 1G0MA 1P46A 3DN8A 3PDSA 1L0JA 1LGUA 3NY9A 251LA 3G3WA 3C8SA 2A4TA 1L10A 254LA 217LA 2Q9DA 3V2YA 1LYJA 1KW5A 1QUDA 3RZEA 1D2WA 2B6ZA 231LA 1LYEA 1LGWA 118LA 2LCBA 103LA 1C67A 2HULA 1L39A 1L29A 1D3MA 242LA 1C6NA 4I7TA 1SWZA 1ZYTA 1C6TA 229LA 3F9LA 2Q9EA 3D4SA 1L84A 1L56A 186LA 110LA 1P2LA 3C8QA 3HT6A 1L02A 3PBLA 248LA 199LA 1PQOA 1LYDA 1NHBA 3DN0A 3SB7A 1QTDA 260LA 1L49A 4W56A 2OEAX 2F2QA 1L38A 233LA 1T6HA 3SBAA 1PQJA 3C7ZA 3DMVA 1QT7A 1L71A 4ZPUA 238LA 6LZMA 2O4WA 3FA0A 1G0QA 1C6HA 3GUPA 3HUQA 141LA 227LA 1D3FA 3DN1A 1C6MA 4YX7C 1G07A 2RB1X 1T8GA 4W59A 4DKLA 1L58A 138LA 102LA 3DMZA 3HH5A 1T8FA 1L61A 2OTYX 1L18A 1LI2A 3V2WA 1CV6A 218LA 1P7SA 4IAPA 1L68A 3ODUA 2B6YA 4ARMB 1QT5A 1L37A 4I7LA 104LA 4I7SA 156LA 3CDRA 2CUUA 258LA 2OTZX 4LZMA 3K2RA 2RBPA 1C6EA 4ARLA 1CX7A 1L44A 1L51A 2OE4X 192LA 3GUMA 181LA 1C65A 3RUNA 5I14A 1OYUA 145LA 2RBOA 108LA 1KY0A 1P64A 1L92A 1L60A 3DN6A 2QB0B 3C7YA 2B70A 2HUMA 1G0KA 1L16A 126LA 150LA 1L05A 1L41A 3C8RA 184LA 3HH3A 142LA 1DYCA 215LA 1L77A 1L57A 115LA 1L95A 206LA 1LYGA 1XJUA 1C6DA 1L13A 1L33A 1P37A 1L47A 235LA 3HTGA 1C64A 1L70A 1C6CA 1L30A 4EXMA 196LA 1L25A 1P3NA 1LW9A 2QARC 3HDFA 1LYHA 1B6IA 1L45A 162LA 1XJTA 1L93A 4LDOA 2F47A 148LE 189LA 1LLHA 4OO9A 122LA 1P6YA 1QTZA 3VW7A 1QUOA 2B6TA 1T8AA 216LA 4W52A 1L52A 4EKRA 4GBRB 1L69A 1QT8A 1L76A 1QSBA 1G1WA 2OU0X 4LDLA 149LA 129LA 1C6PA 1L34A 1C6KA 3HU9A 3DMXA 3C80A 1CU0A 1I6SA 3SBBC 256LA 1G0LA 3OE0A 137LA 2IGCA 1L55A 1L82A 1L0KA 244LA 2O79A 1L59A 1L81A 1L98A 1XEPA 3LZMA 2OE7X 1LWGA 1L22A 1LPYA 195LA 4ARQB 2HUKA 3HTFA 236LA 2RAZX 257LA 3SN6R 1OVHA 1LI6A 4W51A 198LA 4EKSA 1OV5A 1KNIA 1L06A 1CU6A 1L67A 1C6AA 1C6IA 4EKQA 1L04A 1C6GA 1OWZA 4EPIA 4DJHA 2RH1A 3DNAA 222LA 1P36A 114LA 249LA 120LA 178LA 223LA 1CTWA 3DN3A 1L07A 1C61A 253LA 1DYFA 2RBQA 169LA 197LA 1L23A 1T97A 1L17A 3G3VA 4GRVA 188LA 1EPYA 1L99A 1KW7A 1ZURA 1L21A 4EJ4A 155LA 1L88A 3C83A 2ANXA 3NYAA 3DKEX 3DN4A 1L63A 205LA 1OVKA 2B6XA 1L15A 214LA 1PQKA 160LA 1G0GA 1OV7A 1QSQA 250LA 4I7PA 4EPFA 1G1VA 252LA 1L20A 4I7MA 191LA 1D9WA 131LA 127LA 1L27A 1L64A 147LA 111LA 1L28A 1QTVA 243LA 3JR6A 1CV5A 1K28A 1L09A 3OE6A 163LA 3L2XA 1L73A 177LA 1C68A 2OE9X 3C82A 230LA 4PK0A 1QTHA 1G0JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4U3XB 2F4GA 113LA 4HJVA 1QTKA 2FYDA 1JJ3A 219LA 1D3JA 5KXXA 3SB6A 2CGIA 3LHMA 4GCDA 3M3UA 5LAFA 3W6BA 4W94A 2F4AA 1IWYA 1BQLY 4J1AA 4W54A 3EO5A 3OK0A 3SB5A 3TMVA 107LA 3HTBA 3DN2A 3GULA 1I1ZA 2LC9A 4NSGA 172LA 1WQPA 1QS5A 2L78A 4I7OA 1L19A 1L97A 1BVXA 1OUCA 3WU8A 1L50A 1QIOA 4NGKA 1LJIA 4PJZA 2LYZA 3SP3A 1JSEA 3MGWA 1L86A 3D9AC 2HEAA 1OUAA 5B05A 1SWYA 209LA 2DKVA 5II3A 4WLXA 2Z37A 1PQIA 1DYEA 4W53A 3HBHA 1V7SA 183LA 226LA 1L62A 1C6JA 1I56A 3W6AA 4KXIA 2GV0A 5B1FA 1CU3A 2AUBA 2ZYCA 2CJLA 4AQNA 1CV4A 5KKIA 1GWDA 5FEKA 2LZMA 4RLNA 1CUPA 3AGGG 3IWRA 4ARJA 3WYHA 1L03A 1JISA 1G7IC 1UIAA 3AJNA 3HUKA 2BQFA 1L66A 2Z6BA 5M1YA 1INUA 1ZV5L 2ANVA 1CV1A 1BB6A 5F9XA 4YF2A 4DDCA 1UIEA 5D5FA 5LINA 1NDMC 1OUHA 1DYAA 4NGZA 1GB2A 5KJ9A 1L54A 1IR8A 1H6MA 1BVKC 2A7FA 3CT0A 4DD9A 4H93A 1A4VA 4BAPA 4OWEA 5F16A 1B7MA 2LZ2A 1XSFA 159LA 2RB2X 3WUMA 4DT3A 4I7RA 5F9UA 1LI3A 4BAFA 1SX2A 1LSEA 3GXKA 3G3XA 1JTNA 1JPOA 3SB8A 1LMTA 4PPOA 3B0OA 5LVHA 4NSJA 1IWTA 1J1XY 1CKCA 5DN5A 1NDGC 1WQOA 5LZMA 3A67Y 5LXWA 2NTGA 1L24A 1L83A 4IJ4A 1YQVY 1ZWNA 4OWCA 1G0MA 1J1PY 1XEIA 3DN8A 3PDSA 1L0JA 2MEFA 1EL1A 3C8SA 1W6ZA 1IC5Y 2Q9DA 1B5WA 3V2YA 1KW5A 3RZEA 1JIYA 1EQ4A 1GDXA 1QSWA 4H94A 1YROA 4DD0A 103LA 1GBZA 3A6CY 1GFRA 5KXZA 3N9AA 1D3MA 242LA 5C6JA 1C6NA 1UIFA 3WPLA 1B7SA 4M6DA 4FDYA 2Q9EA 1LMOA 1JHLA 4N8ZA 4DD2A 3C8QA 1IX0A 2BAAA 248LA 199LA 1PQOA 193LA 3SB7A 1D0KA 2BQOA 5KXYA 3RNXA 2A7DA 1UA6Y 4NHTA 1BB3A 5APDA 2OEAX 2F2QA 1L38A 5APCA 1T6HA 1LJEA 4QY9A 1QUSA 1GAYA 2HEDA 3WU7A 3FI7A 1OUJA 3A96A 5B59A 3J6KA 238LA 1BGIA 1QUTA 1GBXA 1G0QA 3QY4A 1C6HA 3T36A 1WVVA 2MEGA 3HUQA 3RZ4A 1IR7A 3IJVA 5DN4A 2D4KA 2Z19A 4KT3A 3DMZA 1LYSA 1JKBA 4XJDA 1L18A 4IAPA 1LZCA 3D3DA 1YKYX 4XJHA 4CFOA 4ARMB 1LKSA 104LA 156LA 1CNSA 2CUUA 2EIZC 1HF4A 3K2RA 1C10A 2RBPA 4DD7A 1HFXA 1L51A 2HU1A 2WARA 2H9KA 3GUMA 1C65A 1OYUA 5B06A 145LA 2RBOA 1G7MC 1P64A 5KXOA 1F6SA 1TDYA 1L92A 1L60A 2QB0B 1REMA 4LYTA 4NGIA 5HMJA 2B70A 1L05A 3A92A 2MEEA 4XADA 2ZIKA 4TUNA 5HNCA 1L77A 1L57A 115LA 206LA 1L13A 1B7OA 1LJHA 3ZVQB 3WW6A 1L30A 4WG7A 1JTTL 1OUEA 1LW9A 1HEWA 1BB5A 1LYHA 1GE2A 1L93A 1LKRA 1IWVA 4MCKA 1IO5A 1B9OA 2XBRA 1NBZC 216LA 1L52A 3A8ZA 1IP2A 4GBRB 2DQJY 1JJ1A 4B4IA 1LJJA 1YILA 1HFZA 4H9HA 3DMXA 137LA 1DI4A 1L0KA 2O79A 1L59A 1LHLA 1UBZA 1L22A 1LPYA 4ZIXA 2EKSC 1ALCA 2ZYPA 2HUKA 2FBDA 257LA 2I6ZA 1LI6A 2IHLA 4NGWA 2BQEA 3M18B 4HJYA 5KXTA 1C6IA 4Z41A 1C6GA 3AW7A 1P36A 1LHJA 249LA 178LA 1L07A 1C61A 197LA 4GRVA 1D6PA 1KXXA 1LAAA 4NGJA 3ZVQA 1FLYA 3DN4A 3TXGA 1XGRC 214LA 3RU5A 1QSQA 3TXDA 3B0IA 3OJPA 1LSAA 131LA 1L27A 2MEIA 4OOTA 5I4XA 1GF0A 1JKAA 2W1XA 1L09A 3W6EA 3OE6A 1LZAA 1QSAA 1L73A 4XYYA 5KXSA 230LA 3P66A 4K5YA 5C6LA 1LJKA 2B73A 246LA 3AZ4A 1YIKA 3OE9A 212LA 3QAKA 4NHSA 4H92A 1YKZX 4H9BA 1LZBA 1LZNA 1RI8B 1WTMA 4EMNA 2YBHA 4ET9A 1LZ4A 4E3UA 4NWHA 3QE8A 3C7WA 2X0AA 2NWDX 1WQNA 2YDGA 2MEDA 2IFFY 1IOQA 1PQMA 1HSXA 4NG8A 1CX6A 2Z18A 1L75A 1WTHA 1DZBX 1IIZA 211LA 3TXJA 2DQDY 170LA 247LA 3FADA 2RBRA 4WM6A 1CUQA 180LA 2BQHA 1DYBA 3WXUA 4H8ZA 4HTNA 1HEPA 1FLUA 1SX7A 4N0JA 3AB6A 5LVGA 168LA 259LA 1D2YA 3GUOA 1HHLA 123LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4U3X B;  2F4G A;  113L A;  4HJV A;  1QTK A;  2FYD A;  1JJ3 A;  219L A;  1D3J A;  5KXX A;  3SB6 A;  2CGI A;  3LHM A;  4GCD A;  3M3U A;  5LAF A;  3W6B A;  4W94 A;  2F4A A;  1IWY A;  1BQL Y;  4J1A A;  4W54 A;  3EO5 A;  3OK0 A;  3SB5 A;  3TMV A;  107L A;  3HTB A;  3DN2 A;  3GUL A;  1I1Z A;  2LC9 A;  4NSG A;  172L A;  1WQP A;  1QS5 A;  2L78 A;  4I7O A;  1L19 A;  1L97 A;  1BVX A;  1OUC A;  3WU8 A;  1L50 A;  1QIO A;  4NGK A;  1LJI A;  4PJZ A;  2LYZ A;  3SP3 A;  1JSE A;  3MGW A;  1L86 A;  3D9A C;  2HEA A;  1OUA A;  5B05 A;  1SWY A;  209L A;  2DKV A;  5II3 A;  4WLX A;  2Z37 A;  1PQI A;  1DYE A;  4W53 A;  3HBH A;  1V7S A;  183L A;  226L A;  1L62 A;  1C6J A;  1I56 A;  3W6A A;  4KXI A;  2GV0 A;  5B1F A;  1CU3 A;  2AUB A;  2ZYC A;  2CJL A;  4AQN A;  1CV4 A;  5KKI A;  1GWD A;  5FEK A;  2LZM A;  4RLN A;  1CUP A;  3AGG G;  3IWR A;  4ARJ A;  3WYH A;  1L03 A;  1JIS A;  1G7I C;  1UIA A;  3AJN A;  3HUK A;  2BQF A;  1L66 A;  2Z6B A;  5M1Y A;  1INU A;  1ZV5 L;  2ANV A;  1CV1 A;  1BB6 A;  5F9X A;  4YF2 A;  4DDC A; 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