126LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRTITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 126lA00
1G0JA 1LW9A 1D3NA 171LA 1D2YA 1QTVA 1ZWNA 1T8AA 1LWGA 2B75A 169LA 3G3XA 1L22A 3GUPA 1LI3A 1QTCA 1L08A 1G0GA 4I7PA 1C6LA 3ODUA 2RBNA 4E97A 139LA 163LA 1CV4A 213LA 2B70A 104LA 1C6MA 1L16A 2ANVA 1C6EA 1OVHA 1DYAA 1L29A 4W57A 4ARLA 1G0KA 2RB2X 1L28A 1L98A 4K5YA 1L24A 1LYEA 4W55A 1I6SA 1KNIA 164LA 240LA 1SX7A 1L39A 119LA 2OTYX 210LA 1LYFA 1CUQA 1L13A 1DYEA 1C6CA 1L77A 1L61A 2QB0B 4ARQA 2LZMA 1G1WA 150LA 258LA 152LA 1SSYA 3HU8A 1T97A 242LA 1OV5A 2OTZX 212LA 1LYHA 1QT7A 130LA 245LA 3DNAA 1SX2A 142LA 1L38A 2RBOA 4EJ4A 1OYUA 241LA 3SB6A 180LA 189LA 1L35A 162LA 1P3NA 137LA 238LA 1L21A 1L97A 1OV7A 177LA 195LA 1KY1A 209LA 1L79A 3HT8A 1L03A 1JTNA 3C82A 1L15A 1SWYA 261LA 1L11A 1QSBA 1G0PA 158LA 1C6TA 1D3MA 1L81A 2OE7X 3SB8A 232LA 2HUMA 1P6YA 2OE4X 255LA 206LA 129LA 2RBRA 2F32A 3HUKA 1L20A 1L07A 3DKEX 3C7WA 1CVKA 3NY9A 4EPFA 221LA 4GRVA 1T6HA 123LA 1CV3A 1K28A 1LI6A 1L70A 3DN8A 217LA 1C66A 215LA 1LYDA 1KY0A 1L59A 3HDFA 1L17A 184LA 1C67A 173LA 2B73A 3PBLA 125LA 1G0MA 1PQKA 4PK0A 1L14A 1L43A 3V2YA 161LA 1L02A 3OE9A 115LA 3F8VA 4ZPUA 2RBQA 2Q9DA 226LA 4I7TA 1L50A 1L57A 233LA 1CV6A 244LA 3DMVA 3HH6A 4DKLA 3DN2A 3CDVA 1C6HA 228LA 1L27A 1L85A 2Z6BA 1P37A 1C6IA 3QAKA 1L56A 1QT6A 3CDOA 3GUNA 1L40A 3HTDA 1L84A 2OU0X 3OE6A 1C65A 1L49A 1L92A 1L96A 1P46A 4I7LA 114LA 243LA 191LA 3HT6A 178LA 175LA 1G0QA 1L88A 1L52A 2NTHA 1L0KA 187LA 4EPIA 188LA 1C60A 1NHBA 1LLHA 113LA 1DYFA 1D3FA 4YXAC 1LYIA 148LE 1ZURA 1CV0A 196LA 183LA 1PQDA 1G1VA 1L65A 2RAYX 4EKQA 250LA 1JQUA 3SB5A 214LA 1L37A 1P56A 235LA 7LZMA 1T8GA 167LA 200LA 262LA 1L76A 3SB7A 1C62A 3DN4A 3HDEA 1OWYA 3HUQA 3C7YA 1JTMA 1L10A 3NYAA 1L53A 3HH5A 2QARC 4I7OA 1L72A 186LA 1L44A 2RBPA 1G07A 2ANXA 211LA 2O79A 3C81A 3RZEA 251LA 1L51A 1L75A 3HUAA 1L0JA 1L34A 1LGUA 3EMLA 166LA 1L04A 1OVJA 165LA 199LA 1QS5A 3LZMA 4YX7C 4ARMA 1L46A 4I7NA 3C80A 1L58A 1QTHA 1PQIA 253LA 140LA 3DMXA 1CU3A 4LZMA 1C68A 1L25A 3C8RA 110LA 1L63A 1L36A 1L87A 1L42A 145LA 1T8FA 230LA 3HWLA 1D2WA 4W56A 4W51A 2RAZX 1G0LA 1L95A 1L91A 4EKRA 1P36A 197LA 248LA 219LA 1L86A 1LI2A 1LYJA 1DYDA 198LA 5LZMA 1P7SA 3SN6R 3HH4A 4I7JA 1L05A 3OE8A 3C8SA 1PQMA 3L2XA 1L48A 1L80A 1QT3A 3DN1A 4LDOA 2F47A 1LGWA 260LA 1OWZA 185LA 151LA 1ZYTA 190LA 1QT5A 147LA 3F9LA 1CU5A 1L26A 1L62A 1C63A 1C6DA 1LYGA 2B6WA 3V2WA 1TLAA 127LA 4I7QA 111LA 216LA 2B74A 4W53A 4GBRB 1D9WA 157LA 182LA 3GUKA 2B7XA 1L73A 3G3WA 1C6QA 227LA 4AQNA 3DN3A 3NY8A 4DAJA 1L09A 174LA 2HUKA 1L33A 2RBSA 247LA 1L67A 1L31A 3FA0A 1CU6A 3HTBA 3HTFA 1L83A 201LA 259LA 1QTZA 2B6XA 3FADA 4I7RA 1CU0A 1LWKA 1QTDA 2B6ZA 1QTBA 239LA 1L90A 103LA 1QUOA 3L64A 1D3JA 107LA 1CUPA 1QT4A 2RB1X 168LA 1P2RA 4PJZA 2CUUA 3D4SA 192LA 2O7AA 144LA 1L30A 1QUDA 1SWZA 131LA 3GULA 2OU8A 4ARPA 1L68A 1PQJA 1XEPA 237LA 1C6AA 1L54A 1KW5A 1C6NA 1L06A 1L55A 1L18A 1C69A 3SB9A 3GUMA 246LA 2B6YA 3RUNA 1DYBA 1EPYA 3GUOA 4LDEA 4YXCA 1CTWA 2Q9EA 1L32A 159LA 1DYGA 1CV5A 3UONA 181LA 2RH1A 3HT7A 2F2QA 3CDRA 1KS3A 1L69A 2OEAX 102LA 218LA 118LA 122LA 3HU9A 236LA 2IGCA 1CX7A 126LA 3C83A 1C6PA 3FI5A 128LA 3C8QA 257LA 229LA 4EKPA 2B72A 1L89A 3K2RA 4W54A 1LPYA 1L64A 1L60A 222LA 1L41A 1PQOA 4S0WA 3CDQA 4EKSA 1C6BA 1LGXA 1C61A 1C6GA 4W59A 141LA 149LA 3DMZA 2O4WA 1C6FA 1P2LA 3HH3A 2L78A 4DJHA 4I7KA 1L45A 231LA 3SBBC 3C7ZA 1L93A 224LA 1C6JA 223LA 108LA 1QUHA 1C64A 4LDLA 4ARJA 4W58A 146LA 3DN0A 4OO9A 2OE9X 3GUJA 4I7MA 1CX6A 1L47A 1XJTA 2OU9A 2LCBA 2LC9A 1WTHA 3JR6A 170LA 1P64A 3PDSA 1QS9A 225LA 3G3VA 1L00A 109LA 120LA 205LA 1L99A 3GUIA 176LA 3VW7A 1CV1A 1L01A 3SBAA 2RB0X 138LA 1G06A 1XJUA 1L74A 254LA 252LA 4ARQB 112LA 1L12A 3OE0A 4EXMA 1L82A 3HTGA 1QUGA 1L19A 1L71A 4W52A 2B6TA 155LA 234LA 1P5CA 1B6IA 143LA 220LA 3DN6A 1QSQA 2HULA 1KW7A 1OVKA 6LZMA 4ARMB 172LA 1QT8A 256LA 1C6KA 5I14A 4I7SA 156LA 1L94A 249LA 3CDTA 4IAPA 1L23A 2A4TA 2NTGA 1CU2A 3HT9A 1L66A 160LA 1SSWA 1DYCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3K3TA 171LA 4DDCA 2G4PA 1QTVA 3WPKA 1ZWNA 4ETEA 1CJ7A 3HBEX 3G3XA 1C46A 1L22A 1UIBA 1GPQC 1B7SA 1C6LA 3ODUA 3OJPA 2RBNA 163LA 1C45A 1C6MA 4ET9A 1OVHA 1L29A 1HELA 2DQIY 4ARLA 2BQKA 2RSCA 1L28A 1L98A 4K5YA 3IJVA 1GFTA 1LYEA 1KNIA 240LA 1SX7A 1L39A 1GWDA 4HTQA 1LYFA 3ULRA 2BQMA 1L77A 1BWHA 3LHMA 2Z37A 2QB0B 3EO5A 2MEAA 3TMVA 258LA 1C43A 242LA 1RCMA 1OV5A 4OWAA 1TDYA 1F0WA 3A96A 4OWEA 1LTMA 1OYUA 180LA 1L35A 137LA 3HBDA 1L79A 3AGIA 3C82A 4ETBA 1C08C 2D4IA 1SWYA 1XGQC 261LA 1L11A 2OE7X 1D3MA 2A7DA 4YOPA 1P6YA 5IELA 4GLAA 206LA 4R6CA 1OUDA 3B6LA 3DKEX 1T3PA 1CVKA 1LZ8A 5ILFA 123LA 217LA 1C66A 1YAQA 1LZNA 2B73A 3PBLA 4HJVA 1UACY 1REMA 3OE9A 4B4IA 1YAPA 3A3RX 1L57A 233LA 244LA 3DMVA 3CDVA 1L27A 1DI5A 1L85A 2Z6BA 2YBNA 1HEQA 1GFUA 1QT6A 5LA8A 1F10A 4WO9A 1GF5A 4D9ZA 4U3XB 4DQ5A 191LA 2XQOA 1LJJA 1L52A 2NTHA 5LAFA 3TXGA 1GF4A 188LA 1C60A 1LLHA 2MEHA 113LA 4PRQA 4H93A 1LSGA 1GDWA 3TXJA 4BADA 148LE 1IO5A 4I8SA 1CV0A 1BB7A 1DPWA 1G7JC 4EKQA 1YKZX 1GB3A 1JQUA 3SB5A 214LA 2MEFA 1L37A 7LZMA 167LA 3TXDA 1NBYC 262LA 1HFXA 3ATOA 3SB7A 1C62A 1LPIA 3DN4A 3HDEA 4KPMA 2BQOA 3C7YA 1L10A 3HH5A 5ILCA 2D91A 2O79A 4Z98A 1L75A 2HUBA 3HUAA 4XYYA 5KXMA 166LA 4YX7C 199LA 5KXPA 4X3BA 4I7NA 1L58A 3WU8A 5KXOA 4NHPA 1CU3A 1IORA 2ZQ3A 1L36A 154LA 1BWIA 1L91A 4Z46A 1IVMA 197LA 2AUBA 1UBZA 4H9HA 198LA 1IP2A 1LJFA 1JKDA 2CGIA 4WMGA 1UIDA 5I54A 5FHWA 2MEDA 1LZDA 4H1PA 1HERA 2IFFY 2Z12A 1L48A 5FEKA 1BQLY 1IWXA 1LYSA 3ZEKA 5HQ1A 1B7NA 1IIZA 260LA 1KXXA 185LA 4PPOA 2G4NA 4OOOA 5DL9A 1HMLA 2D4JA 4RDSA 147LA 3WULA 3F9LA 2WARA 1L26A 1L62A 4C5FA 4IJ4A 1LYGA 2X0AA 1NHEA 1GFJA 1TLAA 127LA 1INUA 4J7VA 1OUJA 1D9WA 1GEVA 182LA 1L73A 1LJNA 4QY9A 1B5WA 1C6QA 1LZSA 4AQNA 3AYQA 2RBSA 1L67A 1L31A 1LHKA 3HTBA 2N5ZA 1GEZA 2I26L 3W6FA 4PJ2C 1QTZA 3FADA 1JKBA 3J4GA 1FLUA 1L90A 2NWDX 3CSRA 3N9EA 1P2RA 4UWVA 4PJZA 1J1PY 2O7AA 144LA 1EQ5A 1SWZA 5APFA 1LSAA 3GULA 1AM7A 237LA 2A7FA 5HLLA 1KW5A 1C6NA 1L18A 4ZIXA 1EPYA 4LDEA 4YXCA 1QSAA 1CTWA 3OK0A 2DQEY 1BVXA 1IWTA 5KXRA 3UONA 181LA 4XN6A 2F2QA 1YAMA 4HPEA 1NKHA 1G7LC 1IP3A 3A92A 4KXIA 118LA 236LA 2IGCA 5HNCA 126LA 1B0DA 2BQLA 128LA 3C8QA 4UWNA 1CKCA 1REXA 229LA 3CB7A 3QY4A 1IC5Y 4NHTA 1GDXA 1YKXX 3A91A 1FLQA 2ZNWY 4EKSA 1C6BA 1LGXA 3A6CY 1C6GA 3M3UA 2O4WA 3HH3A 4G4HA 4DJHA 1P2CC 1YL0X 3C7ZA 1L93A 224LA 2BQHA 1QUHA 4AXTA 1C64A 2YBJA 4WG7A 3W6BA 4ARJA 4WOAA 1IR8A 1OUAA 5KY1A 4B4EA 1WTHA 5APCA 3A8ZA 1KIQC 1LYOA 1JKCA 1IC4Y 4ET8A 3T36A 5LA5A 3VW7A 1CV1A 1NF5A 2RB0X 138LA 1G06A 254LA 2XJWA 1BB4A 1L12A 1UIEA 4EXMA 1L82A 4DDAA 4W52A 2B6TA 155LA 1D0LA 4NGLA 1P5CA 4NGWA 2BQJA 172LA 1BB5A 2Q0MX 249LA 3CDTA 3AZ7A 1QQYA 2NTGA 1L66A 1SSWA 1D3NA 1G7IC 1LZ1A 1D2YA 1T8AA 4LT0A 1LWGA 2B75A 4NGOA 2W1MA 3W6AA 169LA 1YAOA 3GUPA 1LI3A 1IOQA 4N1CC 1G0GA 3F6ZA 4IASA 3WXTA 213LA 5B05A 5LYTA 104LA 1NDGC 4NGJA 4W57A 2ZWBA 1L24A 1HC0A 1I6SA 164LA 2OTYX 1OUEA 8LYZA 2FYCA 1CUQA 1VDQA 4NG1A 5I53A 4LFXA 4TX7A 1G1WA 1CJ9A 5LYZA 4Z41A 132LA 5C6JA 4RLNA 4TUNA 4N1EI 1QT7A 3LZTA 130LA 4NIJA 4HPIA 142LA 4OWCA 2RBOA 4EJ4A 2EQLA 3ZVQA 3SB6A 3B72A 1EQ4A 4HJZA 4DD0A 4IATA 3AB6A 1DZBX 5LYMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3K3T A;  171L A;  4DDC A;  2G4P A;  1QTV A;  3WPK A;  1ZWN A;  4ETE A;  1CJ7 A;  3HBE X;  3G3X A;  1C46 A;  1L22 A;  1UIB A;  1GPQ C;  1B7S A;  1C6L A;  3ODU A;  3OJP A;  2RBN A;  163L A;  1C45 A;  1C6M A;  4ET9 A;  1OVH A;  1L29 A;  1HEL A;  2DQI Y;  4ARL A;  2BQK A;  2RSC A;  1L28 A;  1L98 A;  4K5Y A;  3IJV A;  1GFT A;  1LYE A;  1KNI A;  240L A;  1SX7 A;  1L39 A;  1GWD A;  4HTQ A;  1LYF A;  3ULR A;  2BQM A;  1L77 A;  1BWH A;  3LHM A;  2Z37 A;  2QB0 B;  3EO5 A;  2MEA A;  3TMV A;  258L A;  1C43 A;  242L A;  1RCM A;  1OV5 A;  4OWA A;  1TDY A;  1F0W A;  3A96 A;  4OWE A;  1LTM A;  1OYU A;  180L A;  1L35 A;  137L A;  3HBD A;  1L79 A;  3AGI A;  3C82 A;  4ETB A;  1C08 C;  2D4I A;  1SWY A;  1XGQ C;  261L A;  1L11 A;  2OE7 X;  1D3M A;  2A7D A;  4YOP A;  1P6Y A;  5IEL A;  4GLA A;  206L A;  4R6C A;  1OUD A;  3B6L A;  3DKE X;  1T3P A;  1CVK A;  1LZ8 A;  5ILF A;  123L A;  217L A;  1C66 A;  1YAQ A;  1LZN A;  2B73 A;  3PBL A;  4HJV A;  1UAC Y;  1REM A;  3OE9 A;  4B4I A;  1YAP A;  3A3R X;  1L57 A;  233L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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