127LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAATRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 127lA00
4EXMA 3CDVA 206LA 2B6WA 3DKEX 1L07A 1G0JA 1QT5A 4I7OA 2QARC 1G0PA 4W57A 1QSBA 255LA 108LA 4I7QA 4EPFA 4W51A 2LC9A 211LA 110LA 224LA 1C6JA 1LI6A 257LA 2RBRA 200LA 3FI5A 1CTWA 246LA 4I7RA 227LA 147LA 2B6YA 3JR6A 1L80A 3OE0A 3DMZA 3C7WA 3NY8A 1LGXA 3CDOA 4EPIA 127LA 3GUOA 1L58A 4W53A 4DJHA 1C6AA 1D9WA 1L81A 3DN6A 4I7SA 3RZEA 1L36A 1L57A 1QUHA 4OO9A 3HDEA 1L48A 3SN6R 239LA 214LA 1L39A 1QTHA 1L11A 4YXCA 1L22A 1C6QA 4IAPA 2RB2X 3C7YA 1L42A 1L99A 1L93A 178LA 241LA 115LA 3HUAA 2OU9A 113LA 3SB6A 1L08A 2RBSA 197LA 140LA 1G0QA 3L2XA 4ARQB 1SWZA 240LA 3PDSA 3DN0A 4I7TA 1CV5A 1I6SA 3C83A 1L54A 225LA 1L15A 1L23A 1L65A 139LA 3D4SA 209LA 1L29A 1C63A 1L09A 1LYGA 1QT4A 2RBNA 157LA 2B70A 196LA 1EPYA 1L12A 220LA 1LYIA 1P5CA 3SBAA 1L91A 1CU3A 1L20A 256LA 2B6XA 1LLHA 4S0WA 1ZURA 3DMVA 1QS9A 1KNIA 1P46A 3HU9A 189LA 244LA 181LA 1L47A 3V2WA 253LA 2OEAX 219LA 129LA 1B6IA 1G1VA 1P2RA 175LA 2HUKA 5I14A 242LA 3CDQA 249LA 2QB0B 1CX7A 1C66A 1OVHA 1C6PA 3OE6A 4ARLA 1T8FA 217LA 1QTCA 3F8VA 145LA 2O7AA 1G06A 4W54A 3GUNA 1L89A 2OE7X 1L04A 1L13A 1L70A 213LA 226LA 4PK0A 1L64A 4LDOA 3SBBC 1OV5A 3G3XA 1L94A 259LA 3VW7A 2B72A 2LCBA 247LA 3DN2A 235LA 2F47A 1L25A 201LA 149LA 165LA 1SX7A 4LDEA 1L74A 1L50A 2RBQA 4W58A 158LA 2RBOA 1G1WA 216LA 234LA 1QTBA 170LA 1L55A 3NYAA 4DAJA 1CU6A 1L03A 1L44A 3CDTA 162LA 1L06A 3DN8A 3C8SA 192LA 1CUQA 1CV6A 233LA 4ARMB 2RB1X 1CX6A 1LI2A 1XJUA 3HWLA 1L96A 184LA 3DNAA 3FA0A 3HUQA 146LA 3C8QA 2L78A 3SB8A 1QUOA 1LYEA 5LZMA 1PQIA 1P6YA 131LA 174LA 1OWZA 1L45A 1JTMA 152LA 231LA 1LWGA 245LA 150LA 1L92A 205LA 254LA 3UONA 3GULA 2Z6BA 182LA 144LA 2RB0X 4EJ4A 168LA 155LA 258LA 1XEPA 262LA 1C6FA 4I7PA 1L61A 3HTBA 2Q9DA 1L16A 2OE4X 7LZMA 4EKRA 1L72A 1LYJA 163LA 1T97A 1C6IA 1L84A 166LA 1L97A 3PBLA 1C62A 3HH3A 4W52A 1L01A 1L17A 2F32A 1OV7A 3RUNA 3HT9A 2RH1A 1LGWA 126LA 186LA 1CV3A 128LA 143LA 4W55A 3EMLA 130LA 1C69A 4LDLA 1SX2A 3SB9A 3HUKA 1C6KA 3SB5A 2RAZX 1CUPA 230LA 2ANVA 1D3MA 1CV1A 1L37A 2IGCA 215LA 1QT6A 1KS3A 3V2YA 237LA 1T8GA 1L18A 1L75A 251LA 1L59A 1L34A 187LA 1L28A 148LE 1PQOA 1L10A 4I7NA 3HH5A 1OWYA 2O4WA 3FADA 2F2QA 151LA 3GUKA 4I7LA 1C6GA 1WTHA 1L62A 3HTFA 1L86A 1L71A 248LA 1DYDA 107LA 1T8AA 1C6TA 3OE8A 1QUGA 1KW7A 1G0MA 1L24A 188LA 1QTVA 1C6HA 1P2LA 123LA 1CU5A 2Q9EA 3G3WA 1XJTA 1C65A 3HDFA 1L14A 1DYBA 2CUUA 3C82A 1C60A 3CDRA 102LA 1L73A 1LYDA 2B75A 1L52A 3GUPA 3LZMA 2NTGA 3ODUA 1C6LA 1LI3A 4DKLA 1C6MA 3GUIA 6LZMA 1P56A 1L46A 1L49A 1L38A 161LA 1KY1A 1L02A 1PQJA 4GBRB 4YXAC 104LA 156LA 176LA 232LA 2B7XA 1P36A 1DYEA 3DN4A 1DYAA 1C6DA 2NTHA 4W59A 1D2YA 3DN1A 1L27A 1OYUA 1CVKA 173LA 1G07A 2A4TA 4ARJA 183LA 1LPYA 1L88A 198LA 138LA 1P64A 3NY9A 1L0JA 142LA 1DYFA 1L40A 1C6BA 1SSYA 2OTZX 2RAYX 1L98A 4I7MA 228LA 3G3VA 1L85A 1P3NA 160LA 1D2WA 1OVJA 2B6TA 1QS5A 1L0KA 191LA 172LA 223LA 221LA 4ARQA 1L66A 1L26A 238LA 1QTZA 1L56A 1QT3A 1PQKA 1TLAA 137LA 1C6CA 2HULA 3HT8A 1L67A 1DYGA 3SB7A 4E97A 4EKPA 1L05A 1C6NA 159LA 125LA 2B74A 2OTYX 4GRVA 1L82A 1L76A 1L69A 1PQMA 1SSWA 1C6EA 1L43A 1SWYA 109LA 1L33A 1PQDA 1ZYTA 3DN3A 3HT7A 1QTDA 4ARPA 3HH4A 1L51A 177LA 199LA 4EKQA 111LA 4PJZA 1OVKA 3HH6A 1D3FA 1C64A 119LA 1C61A 171LA 1CU2A 1L35A 3DMXA 1L87A 1KW5A 2OU0X 1T6HA 4K5YA 261LA 2B6ZA 1JQUA 4I7JA 1KY0A 4EKSA 1LW9A 1LGUA 4LZMA 3GUMA 1G0LA 1LYHA 1C67A 1QT8A 2B73A 112LA 4W56A 3L64A 1L79A 250LA 1L32A 4YX7C 3C7ZA 3C8RA 1CV4A 2OU8A 1C68A 1QSQA 1L00A 1L95A 1LYFA 252LA 260LA 1L90A 1G0KA 195LA 1L21A 1L68A 1CV0A 1L30A 1LWKA 1P7SA 2RBPA 114LA 2OE9X 122LA 1K28A 3HTDA 1D3JA 180LA 1L83A 164LA 3F9LA 243LA 1G0GA 3HT6A 1D3NA 229LA 1L77A 4ARMA 212LA 210LA 4AQNA 4I7KA 1NHBA 103LA 2HUMA 190LA 1QUDA 3C81A 2LZMA 2ANXA 3GUJA 3HU8A 222LA 1L53A 1L19A 3OE9A 3QAKA 1L60A 1L31A 236LA 4ZPUA 1JTNA 1ZWNA 1CU0A 1L41A 185LA 1L63A 3HTGA 3K2RA 1P37A 1DYCA 3C80A 141LA 120LA 2O79A 1QT7A 118LA 218LA 169LA 167LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4EXMA 2B6WA 4H8YA 1G0JA 4HPIA 1G0PA 2BAAA 1QSBA 255LA 5I4WA 3EBAB 4I7QA 5LA5A 5DL9A 4CHXA 2FBDA 4II8A 5L3HA 3CT5A 4HJYA 3T6UA 2FBBA 200LA 3FI5A 246LA 1I56A 2X0AA 147LA 2B6YA 3LYOA 193LA 3CDOA 4EPIA 4W53A 1BVXA 1LJJA 1LZ1A 1ZVYB 4H9EA 5KXOA 1LSEA 239LA 1XGUC 2NWDX 3W6FA 3CSZA 4BADA 1IOSA 2DQFC 1L11A 1C6QA 4WLXA 2RB2X 1XEJA 1L42A 4Z41A 178LA 2OU9A 3WULA 197LA 1G7JC 1GAZA 2Z18A 1SWZA 240LA 3L2XA 1B7SA 2EQLA 1CV5A 3C83A 1L54A 4NIJA 3OK0A 1L23A 4RDSA 2Z37A 1IX0A 4MCKA 5LYTA 209LA 1L29A 1C63A 1L09A 1LYGA 1MELL 5J7CA 3EO5A 1OUIA 1EPYA 1L12A 4G4HA 1AT6A 1HFYA 1GF3A 3B0KA 1P46A 3HU9A 1QDRA 1L47A 3LN2A 4TSBA 3V2WA 253LA 2OEAX 219LA 3QNGA 1B6IA 1P2RA 5I14A 1B5ZA 1G7MC 5E9RA 242LA 4X3BA 4MR1A 2O7AA 1XGPC 4W54A 1VFBC 1IVMA 3TXGA 1LSZA 1DI3A 213LA 226LA 4PK0A 2BLXA 4HTNA 4DDCA 259LA 3VW7A 247LA 3CQLA 2F47A 1L25A 1GBWA 201LA 149LA 165LA 4YEOA 1L74A 5L3IA 2RBOA 4M6DA 8LYZA 1DPWA 5FHWA 1YAOA 3CDTA 1C08C 3B0OA 3C8SA 3RU5A 233LA 4ARMB 1XJUA 3DNAA 3P64A 5LAGA 2L78A 3SB8A 1MLCE 1QUOA 1FLQA 5LZMA 4LFPA 4UWVA 4P2EA 150LA 2MEFA 1RJCB 2Z6BA 3OJPA 5LINA 1JWRA 2RB0X 1LMPA 262LA 3TXFA 3LYTA 4I0CA 3WL2A 1HEQA 5LVJA 4WL6A 1LJ4A 1HENA 1FLWA 1GFJA 4LZTA 1L84A 1HEPA 1GB0A 1OV7A 1WQNA 126LA 186LA 3EMLA 1C69A 1GE0A 4R0FA 3AJNA 4DDBA 3P65A 3W6AA 3D9AC 1LYSA 1FLUA 230LA 5KXSA 1D3MA 4LYTA 2IGCA 215LA 4WOAA 1QT6A 1NHEA 237LA 1LZGA 1IP2A 3A67Y 251LA 3AW7A 2GV0A 1GBSA 1PQOA 1ZMYL 4I7NA 1OWYA 1WTMA 3FADA 1C6GA 4KXIA 3N9CA 4CFOA 4WLYA 1LKSA 1LKRA 1L24A 3GXKA 1DXJA 1XSFA 1C6HA 1P2LA 4E3UA 123LA 1LMQA 1C60A 2AUBA 2B75A 3LZMA 4PRUA 2NTGA 1GF6A 3CT0A 4O34A 1KXYA 3ODUA 1C6LA 1ZV5L 1LI3A 1YKXX 1L46A 1PZYA 161LA 1KY1A 3N9AA 1PQJA 1REXA 4YXAC 156LA 1P36A 5JENB 1DYAA 3AB6A 1IR9A 1LYYA 4DD2A 1G07A 1LJHA 1LPYA 1LHMA 1JTTL 2F30A 3LYZA 2DQGY 1P64A 2IFFY 4BAPA 1DYFA 1L40A 3EXDA 3QE8A 1LHJA 1EQ4A 1SSYA 2OTZX 4H9BA 3A34A 1XGQC 3HFMY 3G3VA 3ATNA 4H93A 3WUAA 2B6TA 5I4XA 2W1MA 4OOTA 3W6CA 221LA 2EPEA 3MGWA 4C3WA 137LA 1LSNA 2HULA 3HT8A 1TCYA 4XADA 4ETEA 1B7QA 1DYGA 3SB7A 1UBZA 1IWWA 1C6NA 4TWSA 125LA 5DLAA 1JTPL 1L76A 2BQLA 1B7MA 1YROA 4EKSA 1L33A 3HH4A 1L51A 4N1CC 1DPXA 4FJRA 153LA 4ET8A 1VAUA 2G4QA 3RNXA 1LHKA 1LJIA 119LA 171LA 1IP1A 3DMXA 2OU0X 1GB3A 1EQEA 1KY0A 1JSEA 1OUBA 4B4IA 1TEWA 3GUMA 1D0KA 4W56A 3L64A 4XJHA 1LMCA 1LSDA 5APCA 4NG1A 1JJ1A 3A92A 4RW1A 4YX7C 4GCFA 1QSQA 1L95A 1B7RA 2YSSC 1C10A 2F4GA 5FCPA 1L21A 4HV2A 114LA 2OE9X 1K28A 1FDLY 1LHLA 1BGIA 5FDJA 1LJFA 2LYMA 3SP3A 1LZAA 4WM6A 4Z3MA 1JKAA 3F9LA 3HT6A 229LA 1L77A 4ARMA 212LA 2FYCA 210LA 1UACY 1B0DA 5AMYA 1GAYA 5A3EA 1L19A 5LA8A 4ZPUA 1JTNA 4M4OA 3M18B 3HTGA 3K2RA 4ML7A 4Z46A 1B5VA 1UUZC 1LZCA 120LA 1JJ0A 4QGZA 218LA 4TX7A 1B5YA 3CDVA 206LA 4DD0A 3CSRA 1CNSA 3WVYA 1OUCA 4NGVA 1LJKA 4XENA 1LZNA 4W51A 1WQQA 211LA 4BAFA 5KXXA 2A7DA 224LA 2ZYPA 1B7LA 3G3AB 3A91A 4CJ2A 2RBRA 1CTWA 154LA 3OE0A 3DMZA 5C6LA 127LA 1GFEA 2I25L 4DJHA 1C6AA 1L81A 4I7SA 1B5WA 3LHMA 1L57A 1QUHA 3AGIA 1BB7A 3A3QA 1D6QA 4NSHA 1IWTA 1QTHA 2XBRA 4YXCA 1BWIA 4ETCA 3P68A 4RLMA 1L93A 241LA 1QSWA 115LA 3IJUA 3SB6A 2RBSA 5KJ9A 3DN0A 4I7TA 3IWRA 225LA 1GF4A 3FI7A 4J0LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4EXM A;  2B6W A;  4H8Y A;  1G0J A;  4HPI A;  1G0P A;  2BAA A;  1QSB A;  255L A;  5I4W A;  3EBA B;  4I7Q A;  5LA5 A;  5DL9 A;  4CHX A;  2FBD A;  4II8 A;  5L3H A;  3CT5 A;  4HJY A;  3T6U A;  2FBB A;  200L A;  3FI5 A;  246L A;  1I56 A;  2X0A A;  147L A;  2B6Y A;  3LYO A;  193L A;  3CDO A;  4EPI A;  4W53 A;  1BVX A;  1LJJ A;  1LZ1 A;  1ZVY B;  4H9E A;  5KXO A;  1LSE A;  239L A;  1XGU C;  2NWD X;  3W6F A;  3CSZ A;  4BAD A;  1IOS A;  2DQF C;  1L11 A;  1C6Q A;  4WLX A;  2RB2 X;  1XEJ A;  1L42 A;  4Z41 A;  178L A;  2OU9 A;  3WUL A;  197L A;  1G7J C;  1GAZ A;  2Z18 A;  1SWZ A;  240L A;  3L2X A;  1B7S A;  2EQL A;  1CV5 A;  3C83 A;  1L54 A;  4NIJ A;  3OK0 A;  1L23 A;  4RDS A;  2Z37 A;  1IX0 A;  4MCK A;  5LYT A;  209L A;  1L29 A;  1C63 A;  1L09 A;  1LYG A;  1MEL L;  5J7C A;  3EO5 A;  1OUI A;  1EPY A;  1L12 A;  4G4H A;  1AT6 A;  1HFY A;  1GF3 A;  3B0K A;  1P46 A;  3HU9 A;  1QDR A;  1L47 A;  3LN2 A;  4TSB A;  3V2W A;  253L A;  2OEA X;  219L A;  3QNG A;  1B6I A;  1P2R A;  5I14 A;  1B5Z A;  1G7M C;  5E9R A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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