128LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 60
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPTYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH4 (83-90)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH2 (39-50)AH6 (108-113)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 128lA00
3GUNA 250LA 4LDOA 3V2YA 3DN6A 1QTBA 3D4SA 1CU3A 185LA 2RBOA 1LWKA 3HUKA 1JTNA 1L61A 1QTHA 2Q9DA 1L75A 1L24A 3LZMA 1LGXA 1QUDA 197LA 1DYAA 1WTHA 1L96A 147LA 187LA 1CTWA 214LA 1L50A 2B75A 2L78A 2RBSA 4YX7C 3HDFA 160LA 176LA 1L93A 243LA 2RBRA 1CUQA 1I6SA 2B72A 3FA0A 3HH3A 1G0MA 173LA 1QTVA 3NY9A 1L94A 215LA 3OE0A 2O79A 1CV1A 109LA 4W56A 218LA 4I7QA 1L65A 1C61A 2HUMA 1T6HA 1LYHA 2OU8A 144LA 1L30A 1L67A 1L0KA 1L77A 3F8VA 175LA 159LA 1C6NA 220LA 4PJZA 165LA 1L99A 190LA 1QUGA 3QAKA 4EKQA 1PQOA 1C6BA 2A4TA 1L35A 1L68A 256LA 198LA 1LWGA 216LA 1L66A 1QS5A 1P6YA 4I7RA 4ARLA 1C6KA 213LA 1L07A 1KNIA 4I7MA 3OE9A 3GUKA 1L58A 255LA 4W54A 1EPYA 1L06A 1OWZA 1L76A 195LA 2O4WA 1L00A 115LA 1KY1A 1PQIA 157LA 2O7AA 3OE8A 102LA 1OYUA 1G0JA 4ARJA 2ANXA 3C7YA 1L53A 158LA 258LA 228LA 140LA 196LA 1L11A 237LA 3DN0A 3SB8A 3DKEX 217LA 1CVKA 167LA 1L38A 1L29A 1OVKA 3SB7A 4AQNA 1L17A 1P56A 3SBAA 155LA 1L69A 206LA 3DN3A 108LA 227LA 1L81A 3NY8A 1LLHA 1ZWNA 2ANVA 1L72A 2RBNA 4PK0A 1C63A 4DAJA 2B74A 3C81A 107LA 246LA 236LA 2RB1X 3HWLA 3GUOA 1DYGA 1C67A 1L88A 3V2WA 1T8AA 1L74A 1L22A 1LW9A 1G06A 1LPYA 1JQUA 1CX7A 4GBRB 103LA 1L39A 127LA 1G0PA 4I7JA 1D3JA 1P2LA 3EMLA 1G0GA 111LA 1L86A 6LZMA 1L57A 4DKLA 4EJ4A 4I7PA 4YXCA 4GRVA 1L03A 3HT8A 1SWZA 1XJUA 3SB9A 201LA 261LA 1C6QA 233LA 2NTGA 137LA 4ZPUA 1D2WA 1C6LA 1QT7A 2OE7X 3C7WA 2RBQA 141LA 186LA 1ZURA 1CU2A 1C6JA 244LA 4E97A 1LYIA 251LA 1QTDA 1OVHA 3DN2A 1L46A 3CDOA 2OE9X 130LA 1L26A 1QT8A 4LZMA 2B6TA 3DN8A 139LA 184LA 1XEPA 1L47A 1LGUA 1QT6A 1L70A 2CUUA 1QTZA 119LA 110LA 1C6DA 1CV6A 1L28A 3C8QA 3GUMA 1L05A 1QUOA 238LA 2HULA 2OE4X 1CU6A 1LI3A 1L21A 222LA 2B70A 171LA 166LA 234LA 1SSYA 3SB6A 4W53A 3CDRA 181LA 1L25A 1L09A 2B73A 156LA 3HT7A 1P2RA 104LA 229LA 2F47A 3G3XA 1L48A 2QARC 1C68A 3L64A 199LA 1LYJA 1DYFA 3SBBC 1CU0A 1TLAA 1L98A 1LYGA 1D2YA 2OEAX 210LA 4I7OA 1CU5A 1LYFA 1P46A 3CDVA 3F9LA 3HT9A 3DN4A 1L37A 3ODUA 138LA 1C6FA 113LA 1QUHA 3C8SA 3HTGA 2B6WA 1CV5A 262LA 172LA 1L79A 151LA 3HDEA 189LA 118LA 2LCBA 1CX6A 4YXAC 2RAYX 231LA 1L49A 1SX7A 3C8RA 4ARMB 1QT5A 1L64A 1OVJA 4I7KA 4W58A 1L14A 123LA 209LA 3CDQA 2RH1A 1L56A 1L23A 112LA 191LA 2OU0X 1L10A 1C6HA 1JTMA 1QT4A 1C6CA 1QTCA 1QT3A 1C6MA 1L31A 145LA 4I7SA 1L40A 1L32A 3JR6A 1L34A 131LA 1C64A 2B6XA 3DNAA 3G3WA 152LA 1B6IA 1L73A 4OO9A 1L33A 257LA 1P36A 2B6YA 224LA 164LA 1C66A 3OE6A 149LA 188LA 232LA 3SN6R 1L95A 177LA 183LA 4EKPA 1L82A 3K2RA 114LA 3PDSA 1L59A 1C6PA 3HTBA 1OWYA 1C60A 253LA 3GUJA 1L63A 3C83A 4ARQB 1C6IA 1L16A 219LA 240LA 3C7ZA 1G0QA 4W59A 3NYAA 1NHBA 1QSBA 3FADA 4LDEA 1L87A 1L71A 1LYDA 1G0LA 1CV0A 1L91A 3HH6A 2OU9A 212LA 142LA 1LI2A 3CDTA 125LA 4DJHA 4I7LA 3RUNA 1L0JA 248LA 1PQJA 3HTFA 1KY0A 1L27A 170LA 1L45A 1L52A 2NTHA 239LA 120LA 1ZYTA 2F2QA 241LA 4EXMA 3HUQA 1T8FA 2Q9EA 3C82A 2Z6BA 252LA 1L42A 1DYBA 5I14A 1L83A 1SSWA 1L02A 4ARPA 2RB0X 1LYEA 4S0WA 1C6AA 3DMZA 4EPFA 1L20A 4W57A 1L44A 4W52A 3HUAA 2RAZX 180LA 1C65A 2QB0B 1G1VA 182LA 129LA 3UONA 226LA 3RZEA 1DYEA 7LZMA 1P3NA 2IGCA 4K5YA 1C6GA 1L04A 4W51A 3GUIA 221LA 4ARMA 1G07A 1CV3A 200LA 1L12A 1L19A 4I7TA 1L01A 1T8GA 1K28A 1QSQA 1PQMA 1P5CA 1D3MA 1LI6A 1L90A 150LA 1DYCA 1L51A 2OTYX 3VW7A 3FI5A 1KW7A 1PQKA 1L85A 3DN1A 1QS9A 1C6EA 1CV4A 1P37A 1C6TA 1G0KA 1L92A 1L84A 1T97A 1L89A 3DMVA 1OV7A 235LA 2OTZX 4W55A 223LA 260LA 3HTDA 2RB2X 4ARQA 1P64A 1L08A 1PQDA 1CUPA 5LZMA 1L15A 259LA 126LA 174LA 2HUKA 3HH5A 146LA 1L43A 3HH4A 4I7NA 4EKSA 143LA 178LA 1L18A 1KW5A 2LZMA 1C69A 3DMXA 2B7XA 1XJTA 3HT6A 4EKRA 168LA 3GULA 1C62A 2LC9A 1DYDA 230LA 2F32A 3L2XA 4IAPA 122LA 3G3VA 1G1WA 4LDLA 1SX2A 1SWYA 3HU8A 128LA 1L62A 1L97A 3SB5A 211LA 1L41A 245LA 192LA 1KS3A 1L54A 1D3FA 163LA 1P7SA 162LA 242LA 1LGWA 1L80A 1OV5A 205LA 2B6ZA 3GUPA 1L60A 161LA 1D3NA 2RBPA 169LA 3PBLA 1D9WA 3HU9A 249LA 148LE 254LA 1L55A 1L36A 3C80A 4EPIA 247LA 1L13A 225LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
250LA 4LDOA 4CJ2A 3DN6A 1QTBA 1CU3A 2ZILA 4MSTA 1QTHA 2Q9DA 5L3IA 1L75A 3LZMA 1LGXA 3TMUA 197LA 1L96A 147LA 4HTQA 214LA 4LT0A 1C7PA 2RBSA 3EMSA 1LJNA 1QDTA 160LA 3LZ2A 2IFFY 1L93A 1CUQA 1I6SA 1GBZA 3ATNA 3LN2A 4EOFA 1CJ9A 1LJ3A 4DWXA 133LA 1B5ZA 3WYHA 3OE0A 2O79A 4W56A 1LSDA 1D9UA 4MCKA 4H8ZA 1LSMA 2OU8A 1REMA 3TXGA 1L30A 1L67A 1L77A 1CNSA 3F8VA 4XJBA 4H9BA 1GEZA 175LA 1D0MA 4G9SA 1HEQA 220LA 2BQJA 1H87A 4NHIA 3N9AA 2BQMA 4NWHA 1GB6A 1L35A 1IWTA 1JTOL 1L68A 256LA 4NG8A 216LA 1LZRA 4I7RA 4ARLA 1C6KA 1GF6A 1KXWA 1L58A 1BVXA 1EPYA 3T36A 1YIKA 3A96A 1N4FA 1KY1A 1I56A 1LZ5A 2LYMA 4M4OA 3AJNA 1T3PA 158LA 140LA 196LA 1LHIA 5DM9A 1B5XA 1CVKA 1UIBA 167LA 1L38A 1L29A 3SB7A 1IX0A 1HMLA 1L17A 1P56A 155LA 4WM2A 1HFYA 1HEOA 4W94A 1IORA 1L81A 1LLHA 4Z3MA 1ZWNA 7LYZA 4DAJA 2B74A 3C81A 1IWYA 1B9OA 246LA 4DQ5A 3GUOA 1DYGA 5IELA 4XN6A 3V2WA 1T8AA 1LSCA 1L22A 1LPYA 4OWAA 2BAAA 1GXXA 1P2LA 1L86A 4EJ4A 2IHLA 4GRVA 1L03A 2F4GA 3HT8A 3FE0A 1SWZA 4DD9A 1GEVA 3SB9A 261LA 1PZYA 137LA 3A91A 1KIPC 4CFPA 1QT7A 2LZTA 3WVXA 1YKZX 141LA 186LA 4E97A 251LA 3GXKA 1YAPA 2BQAA 1FLYA 1L46A 1YAMA 4WOAA 3TXHA 3CT5A 1CJ6A 2Q0MX 1BHZA 1QQYA 4YM8A 3A92A 2OE4X 1CU6A 1B7MA 1L21A 2B70A 171LA 1B7PA 234LA 1I20A 181LA 1L09A 1VAUA 4B1AA 156LA 5LYTA 229LA 1ZV5L 2QARC 3L64A 1XEIA 1LYJA 1LYGA 4N1CC 1D2YA 4ML7A 1LZYA 1J1OY 5HMVA 113LA 1QUHA 3QY4A 3HTGA 2DQAA 151LA 5AMYA 1IP4A 3CSZA 4YEOA 3C8RA 5LAFA 3AZ7A 4RW1A 4ARMB 4W58A 209LA 5I54A 4B4EA 1JJ0A 3CB7A 4I7SA 1L40A 1LMQA 1YILA 3IWRA 1GB2A 2XBSA 3G3WA 4NGKA 1L73A 1P36A 5II3A 4OOTA 188LA 232LA 3SN6R 2ZNXY 1RE2A 3WUNA 1XGUC 114LA 1L59A 3HTBA 1C60A 5FEKA 1E8LA 1JKAA 1QSAA 4P2EA 2Z39A 1BVKC 4UWVA 240LA 2ZIKA 3ZVQB 1GAYA 3EBAB 4WM4A 4W59A 3LYMA 1XGRC 4HPIA 1NHBA 4HJVA 2X0AA 1L87A 4WLTA 1LYDA 5DL9A 2N5ZA 4NGWA 1LI2A 5J7CA 125LA 2HUBA 4DJHA 2D91A 3WL2A 248LA 1PQJA 2F2NA 4H92A 1L27A 1L45A 120LA 2F2QA 2D4IA 3A6BY 1T8FA 5HMJA 5KXYA 1L83A 1GB7A 4ARPA 2RB0X 1LYEA 4S0WA 1GBYA 4OWEA 1L44A 1GF8A 1GF5A 3B0OA 2YDGA 1LZAA 1LHMA 1DQJC 129LA 4QY9A 2C8PA 3RZEA 1P3NA 1LMPA 2GV0A 3TXDA 1L04A 221LA 3WULA 4DD0A 1EQ4A 1G07A 1L12A 5LVKA 2BQDA 4NSGA 1L01A 1WVVA 1D3MA 1LZ9A 1L90A 4ZIXA 1IR7A 150LA 2Z12A 3DN1A 2HEAA 4ETEA 4M6DA 4WL6A 1C6TA 1LZDA 135LA 5KJ9A 4J1AA 2RSCA 1ZVHL 4W55A 3HTDA 4H90A 4ARQA 1PQDA 1UIFA 1OUAA 2MEEA 1VEDA 4N5RA 1B7LA 146LA 1L43A 3HH4A 5KXZA 143LA 1NF5A 3LZTA 1KW5A 2LZMA 1HEMA 4CGEA 1O23A 3DMXA 5KXXA 4TTDA 3W6BA 2W1MA 2H5ZA 1C62A 4II8A 5I4XA 4LGKA 4IAPA 122LA 3G3VA 4LDLA 128LA 1CKHA 5IHGA 5I5QA 163LA 1F10A 1GFKA 1UIGA 5I53A 1OUIA 4NHQA 1JISA 2CWIA 3B0KA 2B6ZA 3B0IA 1L60A 2DKVA 3G3AB 3WPLA 1IWUA 169LA 2DQDY 4GCDA 254LA 1GE3A 1IOSA 1IWVA 3LYOA 5C6JA 3QNGA 1OUGA 1XEKA 1VATA 1J1XY 4NEBA 4DDAA 185LA 2RBOA 3HUKA 4QGZA 1HEWA 4YENA 1L61A 1L24A 3RZ4A 4WMGA 1QUDA 1WTHA 4LT2A 1IWXA 4WLYA 1LSFA 4TX7A 1GF7A 1L50A 1A4VA 3EO5A 3EXDA 4H9CA 2DQEY 243LA 5LAGA 1IP7A 2B72A 4H1PA 1LSYA 4YF2A 5E4PA 3P4ZA 1GPQC 215LA 109LA 218LA 1LZ4A 2LYOA 2LHMA 1C61A 2HUMA 1T6HA 1IC7Y 3TMVA 144LA 1TDYA 1L0KA 4O34A 1VDTA 1FBIX 1C6NA 3LYTA 4PJZA 165LA 1L99A 1LZ6A 4GCFA 1JEFA 1PQOA 2FYCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 250L A;  4LDO A;  4CJ2 A;  3DN6 A;  1QTB A;  1CU3 A;  2ZIL A;  4MST A;  1QTH A;  2Q9D A;  5L3I A;  1L75 A;  3LZM A;  1LGX A;  3TMU A;  197L A;  1L96 A;  147L A;  4HTQ A;  214L A;  4LT0 A;  1C7P A;  2RBS A;  3EMS A;  1LJN A;  1QDT A;  160L A;  3LZ2 A;  2IFF Y;  1L93 A;  1CUQ A;  1I6S A;  1GBZ A;  3ATN A;  3LN2 A;  4EOF A;  1CJ9 A;  1LJ3 A;  4DWX A;  133L A;  1B5Z A;  3WYH A;  3OE0 A;  2O79 A;  4W56 A;  1LSD A;  1D9U A;  4MCK A;  4H8Z A;  1LSM A;  2OU8 A;  1REM A;  3TXG A;  1L30 A;  1L67 A;  1L77 A;  1CNS A;  3F8V A;  4XJB A;  4H9B A;  1GEZ A;  175L A;  1D0M A;  4G9S A;  1HEQ A;  220L A;  2BQJ A;  1H87 A;  4NHI A;  3N9A A;  2BQM A;  4NWH A;  1GB6 A;  1L35 A;  1IWT A;  1JTO L;  1L68 A;  256L A;  4NG8 A;  216L A;  1LZR A;  4I7R A;  4ARL A;  1C6K A;  1GF6 A;  1KXW A;  1L58 A;  1BVX A;  1EPY A;  3T36 A;  1YIK A;  3A96 A;  1N4F A;  1KY1 A;  1I56 A;  1LZ5 A;  2LYM A;  4M4O A;  3AJN A;  1T3P A;  158L A;  140L A;  196L A;  1LHI A;  5DM9 A;  1B5X A;  1CVK A;  1UIB A;  167L A;  1L38 A;  1L29 A;  3SB7 A; 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