128LA

The energetic cost and the structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from ala to ser and val to thr substitutions in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPTYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Energetic cost and structural consequences of burying a hydroxyl group within the core of a protein determined from Ala-->Ser and Val-->Thr substitutions in T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 128lA00
1L40A 1L60A 3EMLA 2NTGA 1L95A 3DNAA 2OE7X 170LA 3RUNA 1KS3A 182LA 1L07A 1LYEA 2RBNA 4W58A 122LA 1LI2A 2HULA 3C7YA 1L29A 3HH4A 3OE0A 1L51A 246LA 4I7TA 1QTDA 3SB8A 1L26A 1G0LA 4ARLA 1L44A 2OU0X 1L91A 178LA 3GUJA 237LA 1L65A 1KW7A 3C8RA 169LA 163LA 1DYCA 1L85A 1LI3A 238LA 4I7JA 3GUKA 130LA 114LA 111LA 1SWZA 3HH3A 1LPYA 245LA 123LA 4I7NA 1CU2A 242LA 252LA 3HTDA 1P56A 3HT8A 1L90A 4YXAC 4EKPA 1L45A 1L87A 3HTBA 3L64A 4ARJA 3NY9A 1QUOA 2F2QA 1L73A 1LGWA 1L02A 4I7KA 2RBOA 3HUQA 3SN6R 1L97A 1ZWNA 4E97A 1L72A 2B6YA 2B6TA 2RH1A 1L00A 1CUQA 1L74A 1L96A 115LA 4PK0A 1L04A 1L76A 209LA 1OWZA 257LA 3C82A 1C6CA 113LA 206LA 3HU8A 2L78A 3HWLA 1C6AA 1L05A 1L88A 1LYGA 1JTMA 5LZMA 4I7PA 1D3NA 1L17A 1C6GA 227LA 2RBSA 2NTHA 3DN1A 4EPIA 3G3VA 3FA0A 4K5YA 4EKQA 1QT4A 212LA 138LA 4W53A 4YXCA 3DN3A 253LA 4EJ4A 248LA 1C6FA 3DMVA 3OE6A 148LE 1L83A 241LA 1I6SA 2O7AA 1L89A 258LA 3NY8A 1L35A 1L71A 1LYIA 1CU3A 126LA 4ARMB 260LA 1PQKA 1L08A 2LCBA 3OE8A 1D9WA 2RB2X 3G3WA 1JTNA 1L30A 3C81A 2OTZX 251LA 3NYAA 1C6PA 1T8GA 155LA 1C6QA 1OVKA 142LA 5I14A 3SB6A 3GUOA 4W56A 1C6MA 4I7SA 196LA 1L66A 2LZMA 1G1WA 141LA 2OE4X 1D2YA 1D3MA 2OU8A 119LA 1G07A 213LA 1QUHA 4YX7C 1P2LA 2B6XA 1QTHA 3SB7A 1L25A 164LA 1QSQA 3HT6A 4PJZA 184LA 129LA 1KY0A 1L38A 225LA 2B72A 2F47A 4ZPUA 1QSBA 102LA 3C8QA 4LZMA 131LA 191LA 1L42A 2ANXA 2RBRA 4I7MA 2B73A 104LA 3SBBC 145LA 1OV7A 210LA 1T8FA 1WTHA 1QTZA 226LA 1L64A 1PQOA 1LYFA 4W51A 3D4SA 2RAZX 1C6KA 4S0WA 149LA 3HH5A 1TLAA 3V2WA 1D3FA 1L98A 3C83A 2CUUA 147LA 1LYHA 1CV3A 1C61A 1L39A 1QTCA 2O4WA 1LGUA 1QTBA 4I7LA 2ANVA 1CV0A 1L56A 190LA 1CU0A 3GUPA 1L80A 1QS9A 2RB0X 2RAYX 187LA 1DYEA 1L13A 1L0KA 168LA 197LA 161LA 4I7QA 3C80A 185LA 1C6TA 4GBRB 1DYFA 1C6BA 261LA 221LA 4LDEA 1L31A 2B70A 1L54A 2A4TA 1CV1A 3GUMA 1LGXA 3F9LA 1P7SA 219LA 3DMXA 3SB9A 1L18A 1L36A 1C6LA 2RBPA 1XJUA 1L33A 1G06A 4W59A 1L92A 4LDLA 4DKLA 139LA 3F8VA 1L99A 239LA 4IAPA 1CU5A 199LA 2OTYX 1L70A 3G3XA 249LA 2B7XA 1CV6A 1L49A 1SX7A 1L19A 3HT7A 1C68A 1C6HA 1L79A 1L41A 1P37A 1OVJA 1L77A 1KNIA 166LA 110LA 1L59A 3LZMA 1C62A 229LA 254LA 1L34A 240LA 1QS5A 2O79A 1PQMA 1CV4A 107LA 1SX2A 127LA 216LA 1C6IA 1OV5A 3SBAA 4ARPA 4ARMA 1G0MA 214LA 201LA 1L22A 183LA 3CDQA 4W52A 1L37A 3SB5A 1OVHA 2B6WA 1C69A 4AQNA 256LA 3GUIA 4ARQB 143LA 3HUKA 1L09A 3PDSA 1L58A 1PQDA 1G0QA 3HT9A 1DYAA 1NHBA 1L94A 1L11A 215LA 2RBQA 3HUAA 244LA 1L10A 1QTVA 172LA 160LA 1L69A 3HTFA 1L86A 1C65A 1T97A 150LA 4EPFA 1P64A 2IGCA 165LA 262LA 1L28A 230LA 198LA 1G0JA 140LA 1QUGA 2QARC 217LA 223LA 3OE9A 1SSYA 188LA 3CDTA 174LA 1KW5A 181LA 250LA 4W54A 1LYJA 255LA 2B6ZA 1P3NA 1C6JA 1P36A 4EXMA 2Q9EA 158LA 231LA 1LWKA 3DN4A 1P6YA 4EKSA 1JQUA 3FADA 1C66A 137LA 1L61A 247LA 4GRVA 4DAJA 1L43A 3CDRA 1DYDA 1L23A 211LA 1P5CA 3UONA 1L06A 162LA 1L84A 3HDEA 144LA 1CX6A 1QT7A 3CDVA 1D2WA 1QT3A 1ZYTA 1EPYA 2RB1X 1XEPA 3HDFA 4LDOA 3L2XA 200LA 2HUMA 3JR6A 192LA 1QT6A 1CTWA 259LA 157LA 1L24A 1L48A 205LA 4DJHA 233LA 1C67A 1L81A 108LA 1G0PA 1L32A 186LA 1CVKA 1OYUA 1T8AA 1L52A 1L14A 1P46A 1G1VA 4W55A 109LA 156LA 1CU6A 1KY1A 1L93A 176LA 1C60A 1C64A 1C6NA 3C7ZA 3DN6A 4I7RA 1QUDA 1L16A 175LA 2B74A 2Q9DA 1L0JA 4I7OA 4EKRA 1C6DA 1DYBA 3DN0A 3DMZA 1G0KA 120LA 1L63A 1G0GA 1LYDA 112LA 232LA 243LA 3PBLA 3FI5A 1L53A 224LA 1PQJA 3QAKA 180LA 3GULA 1L46A 1SWYA 218LA 6LZMA 1ZURA 236LA 3CDOA 195LA 146LA 2OEAX 1L68A 3HTGA 3ODUA 159LA 1CUPA 1LWGA 1PQIA 1L03A 2LC9A 1QT8A 1L75A 1CX7A 152LA 1L82A 118LA 173LA 3C8SA 1L50A 3V2YA 1P2RA 1SSWA 220LA 2HUKA 3HU9A 4ARQA 7LZMA 189LA 1LI6A 1LLHA 1L62A 1XJTA 1K28A 167LA 1C6EA 2B75A 1L21A 228LA 1OWYA 1L20A 1CV5A 3GUNA 4W57A 1L01A 3VW7A 2QB0B 1L15A 1L12A 1L47A 128LA 234LA 3DN8A 1QT5A 1T6HA 151LA 1L55A 3DN2A 1B6IA 1D3JA 235LA 3RZEA 1L67A 1LW9A 125LA 2OE9X 222LA 3DKEX 3HH6A 4OO9A 1L27A 2Z6BA 2F32A 1DYGA 1C63A 103LA 177LA 3C7WA 2OU9A 1L57A 3K2RA 171LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D6BA 1VFBC 2NTGA 1JIYA 2OE7X 1IWUA 2RBNA 1LZEA 2D91A 5JENB 4NG8A 5HQ1A 246LA 4WLDA 3N9CA 1GHLA 1G0LA 4NHTA 1L91A 3T36A 4ANRA 1LZYA 1CJ6A 1G7HC 4NWEA 1LJJA 1KW7A 5A3ZA 1L85A 1HENA 3W6DA 4AXTA 1CU2A 242LA 3HTDA 1P56A 4ZIXA 4ARJA 3G3BB 4NSGA 1B7PA 4OOTA 4M4OA 3WVXA 1BVKC 3SN6R 4YEOA 2D4JA 1L00A 4NFVA 4PK0A 209LA 1OWZA 2GV0A 5HMVA 3ATOA 4R6CA 1D0MA 1NBZC 1BB7A 4WLXA 1HFXA 1JTMA 1LMOA 3TXJA 1LJNA 4NSHA 3FA0A 3A94A 1QT4A 1FLQA 138LA 4G9SA 3W6FA 2CWIA 2Z19A 4EJ4A 3DMVA 3OE6A 258LA 4P2EA 5APCA 1WQMA 1GFKA 5FEKA 7LYZA 126LA 1LMTA 1L08A 4N1EI 4DDCA 1OP9B 1FBIX 1LSBA 2MEIA 4DQ5A 2OTZX 3NYAA 1C6PA 2F30A 2BLYA 142LA 3OK0A 3GUOA 1C6MA 1B7RA 4I7SA 1L66A 3M3UA 141LA 2OE4X 1D2YA 1D3MA 2LYZA 1G7IC 154LA 1JKAA 3WXTA 1EQ5A 4WM3A 3TXKA 1VDQA 1L25A 3A95A 2F47A 1L38A 2DBTA 2B72A 4ZPUA 4H9AA 2CGIA 1G7MC 3C8QA 5DN4A 1H6MA 1HEOA 1DQJC 3WVYA 1LSEA 4I7MA 4LYBA 210LA 5KXYA 1L64A 1IOSA 1UA6Y 208LA 3D4SA 2RAZX 1C6KA 6LYTA 1I20A 149LA 1TLAA 4C3WA 3C83A 4HTQA 2BPUA 1XGQC 4Z46A 3WULA 1C61A 4RW1A 1I1ZA 1QTBA 1UCOA 1L56A 1IVMA 3WU8A 2RB0X 1DYEA 1YKYX 1LJFA 4I7QA 1OUAA 3ZVQB 1GBYA 221LA 4LDEA 3WPLA 2A4TA 1B5ZA 4DD3A 3F9LA 5APDA 3SB9A 1HEQA 1L36A 2RBPA 1XJUA 2ZYCA 1GE2A 1G06A 1GF4A 4DKLA 1BWHA 1VDSA 1GF0A 1IR7A 1L70A 2Z38A 249LA 2B5ZA 1CV6A 1L49A 1LYZA 1WVVA 1L79A 2HEEA 1BQLY 1L77A 1YL1X 1CNSA 1L59A 3LZMA 1C62A 4CHXA 254LA 5L3HA 5I53A 2Z18A 2DQIY 3A67Y 1CV4A 2BQOA 3W6CA 2CJLA 1SX2A 216LA 2YDGA 4ARMA 1G0MA 3WPKA 1NHEA 3CDQA 1L37A 3SB5A 1OVHA 1YAMA 2B6WA 4AQNA 1L09A 1GDWA 3PDSA 2Z12A 1G0QA 3LYMA 1UUZC 5C6JA 1FLWA 5LVJA 4J7VA 1NQIA 2ZYPA 1BGIA 1L86A 2BQMA 150LA 5HNLA 1P64A 4H8YA 5LAFA 2BQLA 3AZ6A 1L28A 230LA 4PRUA 1CJ8A 5LINA 5KKIA 140LA 3P64A 3RT5X 2H9KA 3OE9A 4GCEA 1QSAA 174LA 1KW5A 181LA 1VATA 4DD1A 4DD7A 3W3EA 1LYOA 1EQEA 1LWKA 2HEFA 3DN4A 4IATA 1P6YA 5LVGA 1JQUA 3FADA 2Z2EA 3VWOA 1L61A 137LA 4DD2A 1C10A 3CDRA 1GF8A 1GFTA 4LGKA 162LA 3TXIA 1L84A 3HDEA 144LA 1CX6A 5B59A 5DLAA 1XEPA 1YKXX 3BKHA 1PZYA 2EPEA 6LYZA 1QT6A 1HNLA 2N5ZA 1NDGC 4W96A 4NGOA 4IASA 3CSQA 1C67A 1CKDA 4EOFA 1L32A 1L52A 5LVIA 1P46A 2BAAA 1G1VA 1GDXA 1CU6A 1KY1A 4G49A 4NHPA 1ALCA 1C64A 2BQDA 1L16A 175LA 3TXBA 1LSAA 2B74A 1LCNA 4OWEA 2BQNA 3AYQA 4H8ZA 243LA 1QDTA 1LZ9A 1L53A 1QUTA 224LA 180LA 3GULA 3WUMA 1L46A 1SWYA 4NGYA 4H9IA 2DQHY 1UIDA 2DQDY 1HSWA 3E3DA 2H9JA 1L03A 1LJIA 3RU5A 1LHIA 1TAYA 1L82A 1GBOA 3C8SA 1L50A 3V2YA 3HU9A 1CJ7A 3A3QA 1C7PA 1LI6A 4NWHA 1B7NA 5I54A 1K28A 5HLLA 1GD6A 1L21A 4W94A 3WXUA 2YBMA 1OWYA 5F81A 1LSFA 4WO6A 3DN8A 1VDTA 3A6BY 5AMYA 1T6HA 1L55A 1IEEA 3WYHA 1XFPL 1B6IA 4GCDA 1RCMA 4ETBA 1LW9A 3HH6A 1XEIA 1IIZA 2DKVA 4DQJA 2Z6BA 2F32A 1C63A 2BQJA 177LA 3C7WA 2OU9A 3K2RA 4MCKA 171LA 3T6UA 4L41A 2G4QA 1HELA 2HTXA 5LVKA 2HU3A 182LA 1L07A 1LYEA 3HH4A 1NWGA 1JTPL 1G7JC 4I7TA 1DKKA 4LYZA 2FBDA 4ARLA 1LMAA 2OU0X 178LA 3P68A 3GUJA 2D4KA 3WUAA 3AZ5A 163LA 1LI3A 4BAPA 238LA 1GF5A 2H5ZA 3AGGG 130LA 114LA 111LA 1GFUA 3N9EA 1LPYA 3HT8A 1L90A 4YXAC 1L45A 3P4ZA 3HTBA 1QIOA 1UIGA 2F2QA 1REXA 1GAYA 4NEBA 2YSSC 1F10A 2CDSA 4RDSA 1AZFA 5A3EA 5FCPA 4B49A 3CT0A 3IWRA 115LA 5ILCA 2NWDX 1GB5A 2L78A 1C6AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2D6B A;  1VFB C;  2NTG A;  1JIY A;  2OE7 X;  1IWU A;  2RBN A;  1LZE A;  2D91 A;  5JEN B;  4NG8 A;  5HQ1 A;  246L A;  4WLD A;  3N9C A;  1GHL A;  1G0L A;  4NHT A;  1L91 A;  3T36 A;  4ANR A;  1LZY A;  1CJ6 A;  1G7H C;  4NWE A;  1LJJ A;  1KW7 A;  5A3Z A;  1L85 A;  1HEN A;  3W6D A;  4AXT A;  1CU2 A;  242L A;  3HTD A;  1P56 A;  4ZIX A;  4ARJ A;  3G3B B;  4NSG A;  1B7P A;  4OOT A;  4M4O A;  3WVX A;  1BVK C;  3SN6 R;  4YEO A;  2D4J A;  1L00 A;  4NFV A;  4PK0 A;  209L A;  1OWZ A;  2GV0 A;  5HMV A;  3ATO A;  4R6C A;  1D0M A;  1NBZ C;  1BB7 A;  4WLX A;  1HFX A;  1JTM A;  1LMO A;  3TXJ A;  1LJN A;  4NSH A;  3FA0 A;  3A94 A;  1QT4 A;  1FLQ A;  138L A;  4G9S A;  3W6F A;  2CWI A;  2Z19 A;  4EJ4 A;  3DMV A;  3OE6 A;  258L A;  4P2E A;  5APC A;  1WQM A;  1GFK A;  5FEK A;  7LYZ A;  126L A;  1LMT A;  1L08 A;  4N1E I;  4DDC A;  1OP9 B;  1FBI X;  1LSB A;  2MEI A;  4DQ5 A;  2OTZ X;  3NYA A;  1C6P A;  2F30 A;  2BLY A;  142L A;  3OK0 A;  3GUO A;  1C6M A;  1B7R A;  4I7S A;  1L66 A;  3M3U A;  141L A;  2OE4 X;  1D2Y A; 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