129LA

Structures of randomly generated mutants of t4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDTVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of randomly generated mutants of T4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 129lA00
3C8RA 1L25A 1OVJA 1L71A 3K2RA 156LA 1L21A 5LZMA 3GUJA 1SWYA 2OTZX 151LA 1L07A 1CUPA 108LA 150LA 1L04A 1C61A 109LA 234LA 4ARMB 3HT6A 2B7XA 3HTFA 1PQIA 1QT3A 1G0LA 1L51A 1L67A 1DYBA 1L46A 243LA 1L29A 1L45A 2HULA 3GULA 1SWZA 110LA 1LGWA 4ARPA 1C65A 1L56A 1L92A 1SX7A 4PK0A 3OE8A 219LA 1LI2A 2LZMA 1L94A 1L0KA 125LA 1LGXA 3GUOA 191LA 3OE9A 188LA 3HT8A 1L58A 5I14A 107LA 255LA 1L44A 1L02A 1C6FA 2NTGA 2RBNA 1L19A 4I7MA 1L18A 1D3NA 3VW7A 2OE7X 1L87A 1G06A 140LA 4W55A 223LA 3HTDA 1XJUA 3CDTA 1OVHA 2HUKA 131LA 241LA 1QS5A 236LA 2OU9A 1L79A 3HU9A 1CV6A 3CDRA 3DN0A 186LA 1L86A 3G3WA 1L57A 1L35A 3HT9A 3F8VA 152LA 1CU3A 3HH6A 1L48A 4EKQA 1L39A 3CDVA 1QSQA 1L91A 1T97A 1DYGA 4LZMA 1KNIA 3HDEA 1C63A 4S0WA 2O4WA 256LA 104LA 163LA 1D2YA 1L16A 1P6YA 213LA 2B70A 1L31A 1L14A 239LA 4W54A 1L84A 160LA 146LA 1L60A 4I7QA 1L85A 118LA 2OE9X 197LA 174LA 1QT6A 4ARLA 261LA 235LA 1JQUA 3C8QA 2Z6BA 1C64A 2B72A 2RBSA 1L82A 2OU8A 1CV0A 1I6SA 1LW9A 1LYJA 262LA 115LA 228LA 4ARQA 2RAYX 1L24A 1C6DA 1L40A 1L54A 4EKSA 1LI3A 2HUMA 2RBQA 119LA 1L50A 2B6WA 3PBLA 3DMXA 3FA0A 189LA 3EMLA 1L27A 4GRVA 4DAJA 4PJZA 1D3FA 1L09A 1L26A 1C6CA 185LA 3DN2A 159LA 162LA 1XJTA 1L23A 1P56A 1C6HA 1CU5A 1LI6A 254LA 200LA 4W52A 1T8AA 1L06A 1QTVA 4ARMA 1LLHA 240LA 114LA 209LA 1L61A 3DN4A 4I7JA 1CX7A 1L13A 3OE6A 231LA 7LZMA 165LA 1C62A 2RB0X 1L88A 1XEPA 4EXMA 1CTWA 1OVKA 3GUNA 1L42A 251LA 3DMZA 1LPYA 3HTBA 139LA 1EPYA 1L72A 173LA 4LDEA 214LA 4W56A 4I7TA 1JTMA 4IAPA 111LA 3C82A 3G3VA 3ODUA 141LA 1L59A 220LA 1QTCA 3DKEX 2B73A 1LYHA 206LA 3HTGA 1L73A 3OE0A 4I7OA 4ARJA 180LA 1OWZA 1L17A 215LA 1L99A 2B6ZA 1C6IA 2QB0B 4AQNA 199LA 3C7WA 196LA 3DMVA 3SN6R 252LA 249LA 1DYEA 1L15A 1QUHA 1G0GA 1L11A 1T8GA 2LCBA 1P2RA 181LA 142LA 222LA 238LA 1CUQA 1CU0A 3RZEA 211LA 4EJ4A 1C6GA 2F32A 2RB2X 161LA 2Q9EA 3DNAA 1L03A 1QUDA 232LA 3F9LA 1KW7A 4LDLA 3GUPA 3L64A 3LZMA 4LDOA 1P36A 1C6EA 1K28A 1D9WA 3GUMA 1C6KA 2RB1X 1L53A 3NY8A 3PDSA 126LA 2O79A 2A4TA 1OV7A 1L12A 3HWLA 3RUNA 245LA 1QTDA 4W59A 3C8SA 1L89A 1NHBA 164LA 1L74A 1KY1A 195LA 1C67A 2Q9DA 2CUUA 1L30A 1P46A 169LA 3SBBC 3V2WA 233LA 3SB5A 1DYAA 1LYIA 2F2QA 1B6IA 1L77A 1OYUA 205LA 3HH4A 3L2XA 253LA 3HUQA 1C6PA 4E97A 1QTBA 1QT7A 1L49A 1P64A 218LA 1DYCA 2IGCA 246LA 1QTHA 1KY0A 250LA 1JTNA 4I7KA 2L78A 3UONA 4W57A 4DJHA 1C6QA 224LA 1C6MA 1L34A 4I7NA 4OO9A 1QT4A 137LA 149LA 1L52A 1DYFA 1L32A 1L65A 1LYGA 127LA 3FI5A 248LA 1L93A 120LA 4EPIA 1QTZA 183LA 3CDQA 1P3NA 1CV1A 1QUGA 3SB9A 172LA 1L90A 3SBAA 4YXCA 1PQJA 1WTHA 1ZYTA 175LA 122LA 4EKRA 2ANVA 1G0QA 226LA 3SB8A 168LA 1C60A 1SSYA 221LA 1CX6A 155LA 1L69A 210LA 1L70A 1QT8A 1QT5A 1CV3A 1G07A 2RH1A 1L75A 1CU2A 4I7LA 1L28A 2F47A 1LYDA 130LA 1KS3A 1L38A 1L98A 237LA 260LA 2ANXA 2OTYX 2RBRA 4GBRB 1T8FA 216LA 3QAKA 2B6TA 3V2YA 1ZWNA 1L43A 3HUKA 1L66A 1C6LA 3HUAA 1QSBA 1C6NA 2B75A 1L01A 2OEAX 1L36A 1LWGA 1L20A 1L47A 1KW5A 1G1WA 1G0JA 2LC9A 148LE 3HH5A 1L76A 1P5CA 1CV4A 247LA 1OV5A 112LA 212LA 138LA 1G1VA 157LA 1PQOA 3CDOA 1TLAA 2RBOA 3GUKA 1C69A 1LGUA 167LA 1PQMA 1L41A 3C81A 4DKLA 1ZURA 2B6XA 1L95A 229LA 3C7ZA 4W53A 1D3MA 4YXAC 1CVKA 3HH3A 4YX7C 1C6BA 147LA 178LA 3HT7A 3DN8A 182LA 3SB6A 1G0PA 1SSWA 3D4SA 1C66A 1L97A 1C6TA 1L05A 1L22A 4I7SA 1L64A 1PQDA 1T6HA 4W58A 190LA 1LYEA 1L10A 171LA 257LA 1CV5A 258LA 3NYAA 1C6AA 4EPFA 4ZPUA 1D3JA 6LZMA 3GUIA 244LA 1C68A 129LA 1L80A 2B74A 3JR6A 3HDFA 1P2LA 158LA 187LA 1D2WA 166LA 3FADA 143LA 176LA 1OWYA 1P7SA 1L55A 102LA 1L63A 3DN6A 3NY9A 1CU6A 198LA 170LA 230LA 123LA 1L62A 1L00A 3C80A 192LA 217LA 2B6YA 177LA 1L68A 1C6JA 3DN1A 4W51A 4K5YA 1LWKA 2NTHA 2OE4X 1L83A 1L33A 145LA 227LA 113LA 3SB7A 3C83A 1PQKA 2RBPA 2O7AA 2OU0X 4I7RA 4EKPA 1L08A 1L0JA 3HU8A 4I7PA 1QUOA 1DYDA 1L96A 201LA 1QS9A 2QARC 3G3XA 3C7YA 242LA 3DN3A 1LYFA 1L81A 144LA 128LA 184LA 1SX2A 225LA 2RAZX 1G0MA 259LA 1L37A 1P37A 103LA 1G0KA 4ARQB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L25A 1OVJA 1L71A 2BLYA 3A91A 3K2RA 3A8ZA 5I4XA 2OTZX 1IC4Y 5APEA 3WVXA 1CKCA 3ULRA 234LA 208LA 3HT6A 2B7XA 1XEKA 1B7SA 1QT3A 1GFTA 2XBSA 5FEKA 2G4PA 2LYOA 1LCNA 1DYBA 1L29A 1L45A 5DLAA 5HNCA 110LA 1LGWA 1XGPC 1JJ3A 5KXNA 4ARPA 5ILFA 219LA 1KIRC 2EKSC 1LGXA 1L0KA 1LAAA 1VFBC 4HTNA 3OE9A 188LA 3HT8A 4OW1A 5I14A 255LA 1L44A 153LA 1L02A 1C6FA 2MEDA 2RBNA 4WG1A 4I7MA 1NHEA 2HEAA 3CSZA 4G9SA 1NF5A 4GN5C 4TWSA 4OOOA 3W6AA 2DQHY 3HBHA 1XJUA 4J1AA 3A67Y 4YM8A 2HUKA 131LA 1GD6A 3HBEX 1ALCA 186LA 1QTEA 1IR8A 1L57A 1JJ1A 2HEEA 1LJNA 3G3WA 152LA 1F6RA 3HH6A 4WLTA 4Z3MA 1L39A 3W6BA 1JTOL 3CDVA 1L91A 2C8OA 1DYGA 1LJKA 2FBDA 2ZIKA 2O4WA 213LA 2G4NA 1BQLY 1L31A 4NGJA 4NHSA 239LA 1L84A 160LA 1LZEA 4C3WA 118LA 1IP6A 1GE2A 2XBRA 1QT6A 1IP1A 5JENB 4Z46A 1I6SA 2VB1A 2FBBA 262LA 4ZIXA 1LI3A 1IOTA 2RBQA 2A7FA 1B7MA 5I4YA 3DMXA 189LA 5KXSA 1DKJA 2C8PA 4N8ZA 185LA 4H91A 1P56A 4W52A 1T8AA 4NGYA 3WH1A 5I4WA 1LLHA 1IP3A 1L61A 3LYTA 5LVGA 4HP0A 1CX7A 2F2NA 3WU9A 1XFPL 3P65A 3TXHA 165LA 2RB0X 1L88A 1XEPA 2I6ZA 5IHGA 3WULA 3WUMA 6LYZA 1NBYC 4WLYA 1L42A 1LPYA 3WW6A 1ZVHL 1REXA 4ANRA 4W56A 1I56A 4IAPA 141LA 1MELL 1L59A 1B9OA 1GBYA 220LA 2B73A 1IP2A 4DQ7A 2BQNA 3WPLA 1OWZA 1L17A 1REZA 5APFA 5FHWA 1HEOA 4AXTA 1IWTA 1IP5A 199LA 3C7WA 196LA 252LA 1DYEA 2EIZC 1QUHA 4LFPA 4NGZA 4OWEA 4QY9A 1CUQA 3RZEA 211LA 1L03A 1SLYA 1KW7A 4WL6A 4H9EA 3L64A 2BQIA 4ET9A 3EMSA 4YEMA 1D9WA 3GUMA 1YQVY 5DM9A 3NY8A 2A4TA 3A3RX 3WMKA 245LA 5FSTA 1IX0A 4B4IA 1YKZX 1YANA 3ZVQA 3C8SA 1NHBA 4DWXA 1VATA 4ETEA 2Q9DA 1P46A 1HEPA 233LA 3GXRA 1B6IA 253LA 3P66A 3HUQA 1QTBA 4DQ5A 2L78A 1AT5A 2BQMA 1C6QA 3B0KA 1LHIA 3AYQA 1QT4A 2Z18A 3B6LA 1GE0A 4M4OA 1L65A 4GCDA 1LYGA 1D0KA 4EPIA 2W1LA 3TXFA 5LYTA 1CV1A 1JWRA 5KXZA 3A90A 3N9EA 3LYZA 4PGJB 122LA 9LYZA 2MEAA 1B5ZA 1LZ6A 4U3XB 194LA 226LA 3FE0A 168LA 1C60A 1SSYA 4H9HA 2ZNXY 1L70A 2G4QA 1CV3A 2RH1A 4QGZA 5KKJA 4I7LA 1HMKA 1LYDA 1KS3A 237LA 4NGVA 1OP9B 2RBRA 1T8FA 1GXXA 3V2YA 3HUKA 1L66A 4HJYA 3WUNA 5HLLA 1WVVA 3N9AA 3W6DA 2ZNWY 1G0JA 1LHHA 2CJLA 1I1ZA 1QSWA 1OV5A 5B1FA 1EQEA 1GF4A 1DQJC 1TLAA 1VDPA 167LA 5LIOA 1UC0A 5LVHA 4WL7A 1HMLA 1L95A 1OUCA 4W53A 1D3MA 1VDSA 5B05A 4YX7C 1YAMA 1C6BA 178LA 5ILCA 2MEIA 1G0PA 5LAGA 3B72A 3D4SA 1YILA 1C6TA 1MLCE 1L22A 1L64A 4QEQA 1GFRA 1T6HA 4TUNA 171LA 257LA 4HV2A 4N5RA 1C6AA 1C68A 4OWCA 1AZFA 5J7CA 4WOAA 1JHLA 1LKSA 1IOQA 1GFGA 5FELA 1F0WA 3LZ2A 4GN4A 1UIBA 4RLMA 1HEMA 1P7SA 1LSGA 2Q0MX 102LA 3NY9A 3SP3A 1C08C 4RDSA 170LA 123LA 4RW2A 2DQDY 1REMA 1L62A 1W6ZA 4BS7A 2DQIY 1GF0A 2B6YA 3CT1A 2MEFA 1UIFA 3QE8A 1BHZA 4W51A 4K5YA 5A3EA 3TMWA 1YAPA 2OE4X 1GFAA 227LA 1LZ9A 4YENA 4GCBA 1GHLA 2RBPA 1XGUC 1LZ1A 1OQMA 3HU8A 4I7PA 1B7OA 1L96A 242LA 1GWDA 1L81A 2YBMA 128LA 1JKAA 1GB8A 3FI7A 1D0LA 1BB4A 3AGIA 3C8RA 1LKRA 2DQGY 2Z2EA 156LA 5APCA 5KXYA 3GUJA 1IOSA 5LINA 151LA 4BAPA 5LVIA 1DXJA 4CFOA 1QUSA 1L04A 1C61A 2FYCA 1F10A 4ARMB 1LMQA 4WLXA 3TXEA 2XJWA 1L46A 3LYOA 243LA 5C6IA 2XTHA 1XEJA 1B7NA 1B5YA 2HTXA 3RT5X 1HFXA 1L56A 1SX7A 4PK0A 3OE8A 1SQ2L 2LZMA 3GUOA 1IY4A 1DI3A 2HU1A 2BQLA 1HNLA 1L58A 107LA 1GEZA 1JSEA 4PJ2C 1J1PY 1L19A 1FLWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L25 A;  1OVJ A;  1L71 A;  2BLY A;  3A91 A;  3K2R A;  3A8Z A;  5I4X A;  2OTZ X;  1IC4 Y;  5APE A;  3WVX A;  1CKC A;  3ULR A;  234L A;  208L A;  3HT6 A;  2B7X A;  1XEK A;  1B7S A;  1QT3 A;  1GFT A;  2XBS A;  5FEK A;  2G4P A;  2LYO A;  1LCN A;  1DYB A;  1L29 A;  1L45 A;  5DLA A;  5HNC A;  110L A;  1LGW A;  1XGP C;  1JJ3 A;  5KXN A;  4ARP A;  5ILF A;  219L A;  1KIR C;  2EKS C;  1LGX A;  1L0K A;  1LAA A;  1VFB C;  4HTN A;  3OE9 A;  188L A;  3HT8 A;  4OW1 A;  5I14 A;  255L A;  1L44 A;  153L A;  1L02 A;  1C6F A;  2MED A;  2RBN A;  4WG1 A;  4I7M A;  1NHE A;  2HEA A;  3CSZ A;  4G9S A;  1NF5 A;  4GN5 C;  4TWS A;  4OOO A;  3W6A A;  2DQH Y;  3HBH A;  1XJU A;  4J1A A;  3A67 Y;  4YM8 A;  2HUK A;  131L A;  1GD6 A;  3HBE X;  1ALC A;  186L A;  1QTE A;  1IR8 A;  1L57 A;  1JJ1 A;  2HEE A;  1LJN A;  3G3W A;  152L A;  1F6R A;  3HH6 A;  4WLT A;  4Z3M A;  1L39 A;  3W6B A;  1JTO L;  3CDV A;  1L91 A;  2C8O A;  1DYG A;  1LJK A;  2FBD A;  2ZIK A;  2O4W A;  213L A;  2G4N A;  1BQL Y;  1L31 A;  4NGJ A;  4NHS A;  239L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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