129LA

Structures of randomly generated mutants of t4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDTVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of randomly generated mutants of T4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 129lA00
1QS5A 4I7MA 164LA 1ZURA 3QAKA 197LA 3SBAA 1C6IA 3SB5A 115LA 4I7JA 1L46A 1D3MA 1L61A 1OVJA 1PQDA 1C6HA 252LA 1G0PA 181LA 1L38A 2O79A 1EPYA 141LA 1L0KA 125LA 1D2YA 1L27A 1L19A 262LA 2RBRA 119LA 187LA 1L02A 1QSQA 1QT7A 1L20A 1QUDA 1L66A 260LA 1L54A 3HH6A 1XEPA 1L29A 3C81A 103LA 3CDQA 1L33A 4ARQB 1L88A 4GRVA 152LA 2RBNA 1QTBA 4ARPA 1KY1A 1G07A 3NY9A 183LA 1L04A 155LA 114LA 1QTCA 3GUNA 1L73A 3G3VA 1LYFA 226LA 1L44A 1LGWA 4I7RA 150LA 2RBPA 1CU3A 2IGCA 3GULA 2OTYX 1C60A 3C7ZA 1DYDA 156LA 224LA 4EXMA 173LA 1C68A 1P6YA 221LA 2B6WA 4I7LA 1CV6A 1L50A 4DJHA 5I14A 1D3NA 1L86A 3G3XA 1LYHA 1L43A 172LA 2RAZX 196LA 3GUIA 1L07A 1QT6A 1L36A 1QUHA 3GUJA 142LA 1KY0A 122LA 3DNAA 230LA 1C62A 3HU9A 1QTZA 1L96A 2F32A 4W57A 1QTDA 166LA 3L2XA 1L28A 1QTHA 1SX2A 209LA 1OVHA 3FADA 1L26A 1L69A 143LA 1G0JA 248LA 1QT4A 111LA 118LA 1G0QA 1L85A 3LZMA 2B75A 1QTVA 3HTFA 4E97A 1C6EA 223LA 2B72A 1OV5A 1SWYA 1CV3A 1L83A 1OYUA 1QT3A 1L93A 212LA 1LYEA 169LA 236LA 4I7KA 1C67A 1L39A 240LA 3VW7A 3C7WA 1LPYA 1G06A 1QUGA 1SSYA 1LLHA 2Q9DA 4ARLA 1L58A 104LA 1LYDA 1QT5A 3HH3A 1G0MA 4K5YA 3HDEA 1L92A 1JQUA 4W58A 1SX7A 1C6FA 258LA 1KNIA 3GUPA 185LA 1C6NA 2RBQA 1L76A 1C6KA 4EKPA 3NY8A 1L40A 1L71A 261LA 3SB8A 1PQJA 145LA 1L59A 1L01A 129LA 168LA 1P2LA 1G1VA 1L95A 1L90A 1C6QA 146LA 1L89A 253LA 1L55A 4EJ4A 4OO9A 1CV0A 1L17A 178LA 1PQKA 1L00A 1L11A 1XJTA 1L09A 1LWKA 3CDOA 2NTGA 2Z6BA 4I7OA 1C64A 3PBLA 1P36A 1L23A 3C83A 1LGXA 229LA 1L82A 1QSBA 1L87A 1OWZA 4LDEA 1KS3A 170LA 159LA 1G0GA 1DYEA 241LA 3C8RA 158LA 238LA 165LA 1L41A 3C8SA 1L45A 188LA 176LA 1OWYA 1LGUA 2NTHA 3OE9A 2HUMA 1L75A 3SN6R 1LI6A 1P37A 1P64A 3DN4A 1QT8A 228LA 3C7YA 3HT8A 2B6TA 1JTNA 1LWGA 1L84A 120LA 4W54A 4W53A 1L31A 1L94A 246LA 2B7XA 3DN6A 2O7AA 1L35A 2RB1X 1C6MA 1P5CA 249LA 2LC9A 189LA 2B6ZA 1L13A 3DN0A 2OTZX 1L48A 130LA 1C66A 3RZEA 1LW9A 4I7TA 1L08A 2RB0X 1CX6A 1DYBA 2HULA 1ZYTA 1L22A 233LA 3JR6A 244LA 234LA 1L12A 4EPIA 235LA 2QARC 1L91A 1L77A 167LA 113LA 1C6DA 1C6AA 3DMVA 1L65A 1CUQA 3C8QA 3HU8A 2LCBA 126LA 3L64A 107LA 1L81A 206LA 2OE7X 1L52A 1L47A 1KW7A 1C6LA 3DN3A 3HT6A 1L42A 1I6SA 4EKSA 144LA 3FA0A 237LA 2OE4X 4GBRB 171LA 1L56A 1C6JA 182LA 222LA 1L30A 255LA 1SWZA 214LA 1D3FA 4S0WA 2O4WA 4I7NA 3C80A 4W55A 232LA 4DKLA 161LA 138LA 1PQMA 3V2WA 1L68A 3GUKA 3HUQA 3HH5A 1L51A 2OEAX 192LA 1C6BA 1CV4A 1P46A 1CU0A 2OU0X 3HUAA 4LDLA 1L0JA 4W52A 112LA 190LA 1C61A 1L98A 1OV7A 4W59A 3HH4A 4EKQA 1L15A 3K2RA 219LA 2RAYX 184LA 1L60A 1L06A 211LA 1CU2A 1L80A 1C63A 1P7SA 254LA 3CDRA 1P2RA 3HT9A 1T8AA 3C82A 162LA 218LA 1G1WA 4I7PA 1L63A 3FI5A 4DAJA 4I7QA 1L99A 2ANVA 2B74A 1C6CA 3HDFA 3HTBA 4IAPA 2RB2X 128LA 2RH1A 3V2YA 3DN1A 4YXAC 1L21A 2OU8A 1T97A 3CDTA 174LA 3F8VA 3GUMA 3HUKA 186LA 4LZMA 1K28A 1KW5A 2B6XA 2HUKA 4EPFA 3D4SA 1C65A 109LA 1LI3A 2B6YA 160LA 2F47A 242LA 2ANXA 3EMLA 243LA 3NYAA 4W56A 250LA 1L74A 1L14A 7LZMA 1L18A 6LZMA 1TLAA 2RBOA 4ZPUA 1LYGA 4AQNA 3HTGA 1L53A 1NHBA 123LA 1G0KA 139LA 3SB7A 177LA 1PQOA 1L79A 3OE8A 1CV1A 231LA 199LA 1P3NA 2OU9A 1CV5A 1LYJA 225LA 1QS9A 131LA 4W51A 3DN8A 1L25A 245LA 2LZMA 3GUOA 256LA 3ODUA 1C6PA 1CUPA 1DYAA 3HTDA 2QB0B 3F9LA 1L05A 4PJZA 137LA 1C69A 1L24A 4PK0A 1L10A 1JTMA 4ARMB 1T8FA 127LA 1CTWA 1CVKA 1L57A 1L67A 1C6GA 2B73A 1L97A 1G0LA 1L70A 3RUNA 4ARQA 1B6IA 3DN2A 4YXCA 1L64A 1L62A 2A4TA 213LA 3HT7A 140LA 195LA 239LA 2Q9EA 200LA 1DYCA 102LA 175LA 1L37A 3G3WA 1D9WA 3HWLA 216LA 3DKEX 1CU6A 1L72A 4ARMA 3OE0A 1L16A 3DMXA 1XJUA 215LA 3OE6A 108LA 1CU5A 4LDOA 259LA 201LA 247LA 257LA 151LA 4YX7C 1L03A 5LZMA 1L49A 1T6HA 4I7SA 147LA 3SB9A 110LA 191LA 2CUUA 149LA 227LA 1ZWNA 1DYFA 4ARJA 157LA 3DMZA 2OE9X 180LA 251LA 1D3JA 1QUOA 1L34A 3UONA 2B70A 1T8GA 1L32A 220LA 1DYGA 1LI2A 148LE 3SB6A 1SSWA 205LA 4EKRA 1C6TA 2RBSA 198LA 163LA 1LYIA 217LA 1PQIA 2L78A 1CX7A 210LA 3PDSA 1P56A 3SBBC 2F2QA 1WTHA 1D2WA 1OVKA 3CDVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZURA 5I4YA 1IY4A 1PZYA 2MECA 4ETAA 2BQDA 2FYCA 4DQ7A 1L46A 1D3MA 2ZIJA 2BQLA 2O79A 141LA 3TXKA 1L0KA 4LFXA 3J4GA 1D2YA 5I5QA 1B5UA 5LVIA 187LA 1L02A 1GBSA 1L20A 1W08A 4MR1A 1QUDA 1LZYA 4ZFPA 3CSQA 1DXJA 1J1PY 1YKZX 4N1CC 1L88A 2BAAA 152LA 5B06A 1XFPL 4ARPA 1QTBA 5FELA 3WXTA 4H92A 5LYMA 3A96A 1L04A 4WOAA 4CFOA 1IP5A 1GBWA 1IX0A 3GUNA 2C8PA 207LA 3G3VA 1LYFA 2ZNXY 1LZ5A 4HSFA 150LA 1D6QA 2XTHA 2ZIKA 2BQFA 2IGCA 2OTYX 1LHHA 1GWDA 1ZVYB 2F30A 1LJ4A 221LA 2BPUA 4BAFA 4NSGA 1CV6A 2W1MA 3P64A 1LYYA 1LYHA 1BB6A 2RAZX 5LAGA 1TCYA 4PRUA 142LA 5I53A 2YBLA 1UC0A 3B72A 5LAFA 4LYTA 4H8ZA 166LA 1L28A 1QTHA 1GFHA 3D3DA 5K7OA 2PC2A 143LA 2CGIA 2HU3A 1EQ5A 1G0QA 4Z98A 4E97A 1C6EA 2B72A 2Q0MX 2DQCY 3MGWA 1CV3A 1JKCA 1DZBX 4WLXA 3HBDA 4WLDA 1LYEA 4NGYA 1IWWA 5D5CA 1L39A 1G7JC 1LJGA 3RT5X 1LZ1A 2DQGY 1G06A 1QUGA 2GV0A 104LA 3HH3A 4H9AA 3HDEA 3P65A 1KIPC 4W58A 258LA 1LHJA 1L76A 3NY8A 1L71A 1OUGA 1IR7A 3A92A 1PQJA 1JTPL 145LA 4H9IA 2F2NA 1UIAA 1NHEA 2BLYA 3ATNA 5KXPA 3FI7A 4DD3A 5E4PA 1JHLA 1D9UA 1CV0A 4GN5C 2DQJY 1PQKA 5ILCA 1L00A 1L11A 1XJTA 2Z6BA 4WL7A 1KS3A 1LSNA 170LA 159LA 4GN3A 1NDMC 3WVXA 241LA 158LA 3C8SA 1OUHA 1UIDA 1WQMA 2NTHA 3OE9A 4MCKA 1P37A 1D0LA 4LYBA 2B6TA 1OUCA 4W54A 120LA 4W53A 3E3DA 1L31A 1L94A 246LA 4HV1A 2B7XA 5DLAA 2O7AA 1L35A 1C6MA 1P5CA 1LZNA 1WQQA 2LC9A 1L13A 1V7SA 5HMJA 4LT2A 1FKVA 4I7TA 1L08A 1BWIA 2RB0X 5F16A 1VDQA 1HENA 1ZYTA 3JR6A 1QTEA 2A7FA 4H8YA 234LA 235LA 2QARC 1L77A 5KXKA 167LA 4DT3A 1I20A 1WTMA 3TXFA 3C8QA 1P2CC 2LCBA 126LA 2W1YA 3WPLA 1GB8A 1L81A 4J7VA 1DQJC 3QE8A 4E3UA 3ATOA 4G4HA 2MEDA 4EKSA 144LA 1G7IC 3A8ZA 1LTMA 5LYZA 171LA 1CKDA 1L56A 1UA6Y 3B0OA 1IIZA 1L30A 4IJ4A 2Z2FA 1GE0A 3WU9A 1D3FA 2ZQ4A 4NG1A 1JKAA 3C80A 2IHLA 1LZ8A 1GF5A 138LA 3J6KA 3V2WA 1IP3A 4HJVA 4LYMA 1GHLA 1BWHA 1D6PA 3OJPA 4NIJA 3WXUA 1LHLA 192LA 1C6BA 1CV4A 1P46A 1CU0A 1L98A 3HH4A 4EKQA 1JJ1A 219LA 3T36A 1VATA 1L06A 3EBAB 1CU2A 1L80A 3AB6A 3WW5A 1CKHA 5FDJA 2C8OA 1P2RA 3HT9A 1LSCA 5KXYA 3C82A 4ET8A 3IJUA 1G1WA 4NGIA 2EKSC 1L99A 1NBYC 1HEWA 5T3FA 3HTBA 1IC4Y 4DQ5A 1L21A 2OU8A 4I0CA 3HUKA 5KXTA 1GB7A 2HECA 4HTKA 2HUKA 3D4SA 4HTQA 1C65A 4KPMA 1FKQA 2F47A 1E8LA 242LA 2BQBA 2YBIA 4B4JA 1LMOA 1IORA 1LMQA 4N5RA 3WU8A 1DKKA 1L74A 1L14A 1L18A 1JKBA 1TLAA 3WW6A 3RW8A 4AQNA 3HTGA 1L53A 1NHBA 123LA 5I54A 5LA8A 5EBHA 3OE8A 231LA 199LA 1P3NA 1QS9A 3T6UA 1OUFA 1WVUA 3DN8A 1LSBA 3ODUA 3CT5A 1IVMA 1QUSA 5KXWA 5L3HA 4PK0A 4OOTA 1HF4A 1G7LC 4H9HA 127LA 1CTWA 1L67A 1C6GA 4NHTA 3RUNA 4GLAA 2W1LA 5FCPA 4YXCA 4H93A 1B7OA 3HT7A 2Q9EA 200LA 5C6IA 5KXSA 5AMYA 4WO9A 4ARMA 5KXOA 1OUEA 3OE0A 1IC5Y 1XJUA 215LA 2DQHY 2HEEA 4N1EI 1B7QA 1QSWA 1QDTA 4H9BA 5LZMA 2DQDY 1NMMA 110LA 1VAUA 4IATA 4DD9A 149LA 4HJZA 5APFA 227LA 4CFPA 157LA 4B4IA 3DMZA 1GE3A 1JWRA 180LA 1LMCA 3TXEA 1G7MC 1B5YA 1GD6A 1YILA 220LA 134LA 1LSAA 4WM5A 1UIGA 1LZAA 4NWHA 1J1XY 3LHMA 3WUMA 3TXJA 3P68A 163LA 1LYIA 2HEFA 217LA 1PQIA 2L78A 1NBZC 5FSTA 1WTHA 1GB0A 1OVKA 1QS5A 5KXZA 4DQJA 1LKRA 3QAKA 3SBAA 1IWVA 3SB5A 1XEKA 115LA 2DQFC 1IR9A 1PQDA 1G0PA 4TTDA 4KT3A 1IP4A 262LA 1JUGA 1L27A 2RBRA 119LA 1QSQA 5HQ1A 1JTTL 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ZUR A;  5I4Y A;  1IY4 A;  1PZY A;  2MEC A;  4ETA A;  2BQD A;  2FYC A;  4DQ7 A;  1L46 A;  1D3M A;  2ZIJ A;  2BQL A;  2O79 A;  141L A;  3TXK A;  1L0K A;  4LFX A;  3J4G A;  1D2Y A;  5I5Q A;  1B5U A;  5LVI A;  187L A;  1L02 A;  1GBS A;  1L20 A;  1W08 A;  4MR1 A;  1QUD A;  1LZY A;  4ZFP A;  3CSQ A;  1DXJ A;  1J1P Y;  1YKZ X;  4N1C C;  1L88 A;  2BAA A;  152L A;  5B06 A;  1XFP L;  4ARP A;  1QTB A;  5FEL A;  3WXT A;  4H92 A;  5LYM A;  3A96 A;  1L04 A;  4WOA A;  4CFO A;  1IP5 A;  1GBW A;  1IX0 A;  3GUN A;  2C8P A;  207L A;  3G3V A;  1LYF A;  2ZNX Y;  1LZ5 A;  4HSF A;  150L A;  1D6Q A;  2XTH A;  2ZIK A;  2BQF A;  2IGC A;  2OTY X;  1LHH A;  1GWD A;  1ZVY B;  2F30 A;  1LJ4 A;  221L A;  2BPU A;  4BAF A;  4NSG A;  1CV6 A;  2W1M A;  3P64 A;  1LYY A;  1LYH A;  1BB6 A;  2RAZ X;  5LAG A;  1TCY A;  4PRU A;  142L A;  5I53 A;  2YBL A;  1UC0 A;  3B72 A;  5LAF A;  4LYT A;  4H8Z A;  166L A;  1L28 A;  1QTH A;  1GFH A;  3D3D A;  5K7O A;  2PC2 A;  143L A;  2CGI A;  2HU3 A;  1EQ5 A;  1G0Q A;  4Z98 A;  4E97 A;  1C6E A; 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