129LA

Structures of randomly generated mutants of t4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDTVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structures of randomly generated mutants of T4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 129lA00
1QTVA 3DN2A 224LA 1CV1A 1L92A 216LA 2Q9EA 3HUAA 2RBOA 1L96A 3CDOA 1LYEA 2RBSA 1PQIA 2RBQA 1LI6A 223LA 1C64A 1L16A 1L54A 1QT6A 4EXMA 1L40A 4W54A 1C6HA 1L03A 206LA 1L47A 240LA 1C6BA 1L05A 1L80A 1P46A 2L78A 4IAPA 1L46A 1LYHA 252LA 253LA 1PQKA 3GUJA 1L26A 231LA 1L19A 172LA 1L32A 112LA 2ANVA 3HTBA 4DKLA 3DKEX 3PBLA 177LA 183LA 2RB2X 175LA 4YXAC 141LA 3DMXA 168LA 2OE9X 2RH1A 1LI3A 1C6MA 1QTCA 1C6AA 110LA 1L71A 1OYUA 1C6IA 4E97A 4DAJA 221LA 1LGXA 1P36A 2QARC 1T6HA 1L28A 3DNAA 1L62A 261LA 196LA 3CDVA 2OTZX 1P37A 1K28A 1L98A 176LA 3FA0A 3F8VA 198LA 1PQDA 4I7SA 219LA 2A4TA 226LA 2RB1X 229LA 1L17A 3C8RA 1L23A 1L70A 1PQOA 3GUIA 1L52A 4ARJA 138LA 2OEAX 3DN8A 4K5YA 3GUOA 3RUNA 2HUKA 2Q9DA 2F32A 1L00A 1OVHA 3DN6A 2RAYX 1QTZA 2OE4X 164LA 3OE8A 1C6LA 104LA 4DJHA 174LA 1LGWA 152LA 1C6QA 1JTNA 254LA 1L73A 113LA 3CDRA 1QSBA 1KY0A 158LA 1QUHA 5I14A 2B6TA 107LA 2Z6BA 6LZMA 3NY8A 2HUMA 1C66A 127LA 1L02A 1QSQA 4LZMA 220LA 3SBAA 1L83A 1ZYTA 3SB9A 1P7SA 1L56A 3HH5A 123LA 2OTYX 2LC9A 4LDOA 4W57A 4I7MA 1G1WA 1G0LA 3SB6A 1L45A 1L35A 1L51A 1P56A 1L25A 1L81A 1XJUA 1L14A 1C6FA 2LCBA 4ARLA 1L88A 3L2XA 1C65A 178LA 3JR6A 1L76A 103LA 1L75A 1L89A 3NY9A 4EKQA 1CTWA 244LA 187LA 1L59A 5LZMA 257LA 251LA 1CU5A 4EKSA 3C83A 3DN1A 181LA 1SSYA 2O4WA 3SBBC 4EPFA 1L12A 1DYFA 1SWZA 1L64A 4W51A 170LA 1LGUA 1L94A 171LA 1L84A 1T8GA 1L55A 1L41A 1WTHA 4ARQA 210LA 213LA 1CVKA 1L11A 2B74A 2O79A 3RZEA 1L18A 3HT7A 4ARMA 1D3MA 1L30A 2HULA 1L66A 1QT3A 185LA 1ZURA 3HH4A 3C82A 129LA 1C6EA 4I7JA 1LI2A 2B7XA 1L82A 1CV4A 1L0JA 1L06A 1LW9A 3DMZA 1ZWNA 7LZMA 1T8AA 1G0KA 3DMVA 1L93A 4EKPA 1L24A 1L31A 1JQUA 126LA 114LA 1CU6A 3HTFA 2RBPA 1DYEA 2B6YA 246LA 1L39A 1QUOA 1G0MA 199LA 215LA 225LA 142LA 1C61A 192LA 167LA 200LA 3HUQA 2B6WA 1CUQA 1L90A 1C6DA 2B73A 3V2WA 3DN3A 119LA 118LA 1EPYA 1LPYA 1L77A 1L21A 1QTBA 3D4SA 2B6XA 162LA 1L86A 148LE 1QT4A 3C7WA 1CV3A 182LA 190LA 260LA 160LA 1C68A 1KS3A 1L04A 2LZMA 2O7AA 259LA 3G3WA 1L79A 3HT6A 3HDFA 1LWGA 195LA 1L50A 239LA 3DN0A 139LA 242LA 2IGCA 3V2YA 255LA 1DYCA 122LA 1QTDA 1DYAA 1C63A 209LA 1CV6A 217LA 1L34A 2F47A 3HT8A 1C67A 2OU9A 2RB0X 150LA 3L64A 1P5CA 3HH6A 188LA 1LYIA 137LA 1I6SA 1L97A 1KY1A 3C80A 4OO9A 1L43A 1T8FA 249LA 3C8SA 3G3XA 1TLAA 1XJTA 1OWZA 4PK0A 1L48A 3C7YA 1OWYA 1P2RA 145LA 214LA 248LA 120LA 1L65A 3HTGA 3LZMA 1D3JA 3OE0A 1L91A 3ODUA 1DYGA 4I7LA 1D2WA 3VW7A 1QUDA 1DYDA 1SX7A 1CV0A 3F9LA 234LA 4W58A 4PJZA 155LA 3GUMA 1T97A 1P6YA 184LA 1L37A 3GULA 1CUPA 238LA 1C6TA 1QT5A 232LA 3SB8A 1C6CA 4YXCA 1B6IA 1JTMA 3GUKA 1D3NA 159LA 1L63A 1CU0A 3OE6A 3K2RA 1C69A 2RAZX 205LA 4AQNA 3FI5A 1L67A 1L44A 4GBRB 3QAKA 3OE9A 3C81A 111LA 156LA 243LA 1CU2A 4YX7C 212LA 151LA 1QT8A 2B6ZA 4ARPA 1L10A 1LYFA 128LA 1D3FA 201LA 236LA 3UONA 4LDEA 189LA 4S0WA 1L09A 233LA 3FADA 4I7NA 1C6JA 1L01A 1SX2A 2OE7X 247LA 228LA 3G3VA 161LA 241LA 4I7KA 1L53A 2F2QA 3HUKA 1KW7A 1L74A 2B72A 3HU8A 1D2YA 115LA 1C6KA 211LA 4EJ4A 1C62A 1G1VA 197LA 4I7OA 1L69A 2B75A 3SB7A 1L33A 1L95A 1CX6A 1KNIA 4W52A 163LA 1C6NA 1L08A 235LA 1L27A 4I7PA 1G0PA 3GUPA 1L61A 1L36A 1LLHA 2OU0X 2ANXA 3CDTA 108LA 147LA 1LYJA 1XEPA 237LA 4W55A 1OVKA 2NTGA 169LA 250LA 4GRVA 1LYGA 3DN4A 3PDSA 1CX7A 4EPIA 143LA 1P64A 3CDQA 4EKRA 130LA 1L58A 166LA 1L07A 3EMLA 173LA 3HTDA 2B70A 140LA 146LA 191LA 1G06A 1LWKA 1L15A 1L72A 1OVJA 256LA 157LA 230LA 3HDEA 2OU8A 1C60A 1L13A 2CUUA 144LA 1L29A 1PQJA 4W56A 1G0GA 131LA 1L49A 1L87A 1PQMA 3C7ZA 4LDLA 262LA 1L68A 3SB5A 1G07A 109LA 1G0QA 1DYBA 125LA 1NHBA 4ARQB 2NTHA 3HH3A 1L99A 227LA 1QTHA 1OV7A 1KW5A 4ARMB 3HWLA 1P2LA 1L60A 180LA 4ZPUA 245LA 218LA 222LA 2RBRA 1SWYA 3NYAA 4I7RA 4W59A 1G0JA 1P3NA 4I7QA 1C6GA 1D9WA 2QB0B 1L0KA 258LA 3SN6R 165LA 1L42A 1QS5A 1CU3A 102LA 1L20A 1L22A 1L57A 1QS9A 3HU9A 186LA 3GUNA 3C8QA 4I7TA 1OV5A 3HT9A 1L85A 1L38A 1CV5A 1SSWA 1LYDA 149LA 4W53A 1QUGA 2RBNA 1C6PA 1QT7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1EL1A 1IWZA 224LA 3HUAA 1L96A 2RBSA 1XEKA 1B5YA 1C64A 1L54A 4EXMA 1L40A 1LZRA 1L47A 1TDYA 253LA 5KKIA 1IIZA 4XJBA 1L32A 1AZFA 4ET8A 2BQLA 3DKEX 2EPEA 3CT5A 4NHQA 2ZILA 1F6RA 3DMXA 2OE9X 2RH1A 1FN5A 1QTCA 3WXUA 4RW2A 1C6IA 1EQ5A 4E97A 3MGWA 5EBHA 1LAAA 1LGXA 3A67Y 4WM1A 1IP3A 1L28A 3DNAA 5APEA 2DQEY 4WLTA 1GF4A 198LA 4X3BA 2A4TA 2RB1X 3W6AA 1L23A 1L70A 2IHLA 1VDSA 1B7QA 3W6BA 1HSWA 154LA 1YL0X 2MEBA 2OEAX 1LTMA 5C6JA 3GUOA 4NGZA 3J6KA 1UACY 5B59A 3DN6A 4XJDA 3D3DA 3EBAB 1IOTA 1C6LA 104LA 1C6QA 1YROA 1WVVA 1XEJA 1C7PA 1F0WA 1HF4A 107LA 3WW5A 3NY8A 2HUMA 3SBAA 4CFOA 2YSSC 3SB9A 1IY4A 3HH5A 2DQAA 4AGAA 3LN2A 1HMLA 4I7MA 1INUA 1Z55A 2HEAA 2F2NA 4CFPA 3B0KA 1V7TA 4GN5C 1L35A 2ZYCA 1GFUA 1L51A 1P56A 2ZNWY 1JPOA 1SQ2L 1LMAA 4ARLA 2XJWA 1C65A 3WPJA 3A94A 103LA 1HHLA 1CKFA 2HEEA 1CTWA 4DD1A 1L59A 1IWUA 1GE1A 5LZMA 257LA 251LA 1CU5A 4XJGA 4YM8A 3DN1A 3WXTA 3W6CA 4AXTA 1SSYA 1LJ3A 3OJPA 1YIKA 4EPFA 1DYFA 3WYHA 1L64A 4YF2A 1L94A 2YBMA 1T8GA 1LZNA 3RZEA 5IDDA 4DD3A 1L18A 3HT7A 1D0KA 1GAYA 3W6FA 3T6UA 2BLYA 4GCBA 129LA 2MECA 3A8ZA 1L06A 7LZMA 1LZ1A 3LZTA 1GEZA 1KXYA 4UWVA 3HTFA 1BWIA 246LA 4MCKA 1GE2A 225LA 1ZVYB 2ZIKA 192LA 4IASA 5L3HA 1J1XY 1L90A 1VAUA 3AZ6A 5B1FA 1ZVHL 2B73A 3V2WA 1GDXA 1GF0A 1FBIX 1LPYA 1L77A 3D4SA 162LA 1L86A 4OWBA 1QT4A 3C7WA 3A3QA 1B5WA 5KY1A 260LA 2Z12A 2Z19A 2LZMA 5F81A 1L79A 5I4XA 3HDFA 239LA 2IGCA 4PHIA 1IC7Y 4NHSA 122LA 1EQEA 1DYAA 209LA 1L34A 1UCOA 4Z3MA 1C67A 2LHMA 4DD9A 4Z41A 150LA 2CDSA 3L64A 3HH6A 137LA 3A90A 1OUDA 1TAYA 4GLAA 1JKCA 153LA 3C80A 3J4GA 5L9JA 2BQCA 249LA 3C8SA 1XJTA 2LYMA 5I4WA 145LA 214LA 248LA 2MEEA 3B0OA 4WM3A 1JTTL 3ODUA 1DYGA 4J1AA 3ULRA 1D2WA 3VW7A 1HFXA 1T3PA 4N8ZA 4XN6A 4DQJA 2A7DA 1IORA 5HQ1A 1DYDA 3P68A 234LA 155LA 1T97A 1L37A 3KAMA 1CJ7A 3SB8A 1YL1X 1GFVA 2D4JA 1LZTA 3K2RA 1C69A 5KXNA 4NGWA 4ETCA 3QNGA 5E4PA 4ETAA 1D0LA 2EKSC 5II3A 5IELA 4L41A 156LA 243LA 4LYBA 4CJ2A 5C6LA 2D91A 151LA 1GWDA 5HNCA 1LHJA 2FBBA 128LA 1G7HC 201LA 3WUAA 1UIGA 4LDEA 4CGEA 1JWRA 233LA 3EMSA 4I7NA 4LYTA 1FLYA 1SX2A 228LA 3G3VA 2DQHY 1D6PA 241LA 3HBDA 2BQFA 2F2QA 2BQAA 3HUKA 2HUBA 2YBJA 2B72A 1BGIA 1D2YA 4EJ4A 4QGZA 1OUGA 197LA 2MEFA 4I7OA 5KKJA 1L69A 1L95A 1B7SA 1IWXA 1CX6A 3ATNA 4TTDA 1DKKA 1JSFA 1L08A 3CQLA 1L61A 4OOTA 1HEMA 1SLYA 2CJLA 3BKHA 4XYYA 2NTGA 250LA 4P2EA 1LJFA 1CJ6A 1LYGA 3DN4A 3PDSA 1LSMA 5FELA 5LIOA 2G4QA 3CDQA 1BVKC 2BQKA 1FKQA 1UIHA 166LA 1CKCA 1L07A 4RW1A 3EMLA 1JISA 173LA 2B70A 4B4IA 5D5FA 4WL6A 1L15A 2HEBA 1JJ3A 1QDRA 3IWRA 1LKRA 144LA 1PQJA 1G0GA 1L49A 1L87A 2BAAA 1DPWA 262LA 1F6SA 2CGIA 1DYBA 1NHBA 4ARQB 5KXXA 3HH3A 1FLWA 1KIQC 3WVXA 208LA 2F4AA 2XBSA 1OV7A 4ARMB 2GV0A 1P2LA 1NHEA 1B5XA 3TXEA 245LA 218LA 222LA 2RBRA 4HSFA 3NYAA 3AW7A 5HLLA 1B2KA 4N9RA 5DLAA 4QY9A 7LYZA 1L38A 149LA 5KXPA 1VFBC 1PS5A 3DN2A 1L92A 1O23A 1GFEA 2RBOA 1LYEA 1PQIA 1UIFA 1GF3A 4ETDA 4DD2A 4N5RA 2I6ZA 4LZTA 1UIDA 1L80A 2L78A 4IAPA 1LYHA 3WU9A 1DZBX 1L26A 1OUCA 3AZ7A 2FYCA 1UBZA 172LA 4HV1A 2ANVA 4H1PA 1LZ9A 5LYZA 4YXAC 141LA 4FDYA 2DQDY 3WU7A 1LI3A 5LVIA 1GFAA 2C8PA 110LA 4LFXA 1OYUA 4DAJA 1KXWA 221LA 2QARC 1L62A 2BLXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1EL1 A;  1IWZ A;  224L A;  3HUA A;  1L96 A;  2RBS A;  1XEK A;  1B5Y A;  1C64 A;  1L54 A;  4EXM A;  1L40 A;  1LZR A;  1L47 A;  1TDY A;  253L A;  5KKI A;  1IIZ A;  4XJB A;  1L32 A;  1AZF A;  4ET8 A;  2BQL A;  3DKE X;  2EPE A;  3CT5 A;  4NHQ A;  2ZIL A;  1F6R A;  3DMX A;  2OE9 X;  2RH1 A;  1FN5 A;  1QTC A;  3WXU A;  4RW2 A;  1C6I A;  1EQ5 A;  4E97 A;  3MGW A;  5EBH A;  1LAA A;  1LGX A;  3A67 Y;  4WM1 A;  1IP3 A;  1L28 A;  3DNA A;  5APE A;  2DQE Y;  4WLT A;  1GF4 A;  198L A;  4X3B A;  2A4T A;  2RB1 X;  3W6A A;  1L23 A;  1L70 A;  2IHL A;  1VDS A;  1B7Q A;  3W6B A;  1HSW A;  154L A;  1YL0 X;  2MEB A;  2OEA X;  1LTM A;  5C6J A;  3GUO A;  4NGZ A;  3J6K A;  1UAC Y;  5B59 A;  3DN6 A;  4XJD A;  3D3D A;  3EBA B;  1IOT A;  1C6L A;  104L A;  1C6Q A;  1YRO A;  1WVV A;  1XEJ A;  1C7P A;  1F0W A;  1HF4 A;  107L A;  3WW5 A;  3NY8 A;  2HUM A;  3SBA A;  4CFO A;  2YSS C;  3SB9 A;  1IY4 A;  3HH5 A;  2DQA A;  4AGA A;  3LN2 A;  1HML A;  4I7M A;  1INU A;  1Z55 A;  2HEA A;  2F2N A;  4CFP A;  3B0K A;  1V7T A;  4GN5 C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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