130LA

Structures of randomly generated mutants of t4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVISTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of randomly generated mutants of T4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 130lA00
1B6IA 1XEPA 1L28A 1C6GA 1G0JA 3DMVA 1ZURA 2OTYX 4ARLA 2Z6BA 1L67A 1SWYA 2LZMA 3DN6A 1L84A 1LYFA 1L88A 192LA 4EKPA 180LA 1DYAA 1SX2A 1LI3A 1P2RA 139LA 155LA 4YXAC 4I7OA 1CU3A 182LA 4ARMB 1L86A 4LZMA 113LA 1P6YA 213LA 3G3XA 1C60A 198LA 157LA 129LA 1LGUA 1G0MA 1L17A 1L97A 231LA 1OVHA 2B74A 1C66A 147LA 3HTBA 2B6YA 2RH1A 3C7WA 4I7NA 255LA 2F2QA 110LA 2RBQA 1QUGA 1QT5A 3GUIA 2OEAX 1L48A 4PK0A 1L44A 1L21A 4I7QA 1C6MA 1L50A 4W59A 235LA 1CU2A 145LA 1C6BA 3HUQA 2O79A 1L09A 1L74A 1L42A 1L72A 2OU0X 1T8FA 2QB0B 3C83A 1L93A 1P5CA 4ARQA 1SX7A 1L59A 2HUKA 1LGXA 1L51A 1KS3A 211LA 239LA 3HH3A 3HUAA 4EKRA 262LA 1L46A 1L89A 3HTFA 1QSBA 3NY9A 191LA 1D9WA 229LA 111LA 1QS5A 3HH5A 2HUMA 1LYEA 2OTZX 1L24A 1QUOA 4W54A 195LA 1OWYA 1CU6A 1LPYA 122LA 1L40A 120LA 3VW7A 2QARC 1QTHA 2RB2X 233LA 3CDOA 177LA 1G0QA 244LA 1C6KA 1DYEA 237LA 238LA 1L30A 1C6LA 3PDSA 3C7YA 250LA 5LZMA 3SB6A 242LA 1L85A 1LYHA 1OVKA 1P37A 2RB1X 1L25A 126LA 1QSQA 3HT9A 1G0LA 2OU8A 1KW7A 1L01A 3JR6A 1LW9A 3C81A 1PQDA 1QTZA 1KW5A 151LA 1I6SA 2RAYX 1L95A 3SB9A 3HT7A 2F32A 256LA 4S0WA 2LCBA 1L75A 175LA 1XJUA 1K28A 4YX7C 257LA 4PJZA 4W51A 3FA0A 3SB7A 4LDEA 1CUPA 1L41A 1TLAA 1L65A 1D2YA 2ANXA 172LA 1L94A 1L79A 1L0KA 3C80A 3SBBC 4EJ4A 1LWKA 1OV7A 236LA 1D3NA 1C6JA 1L92A 149LA 3V2YA 109LA 1OVJA 1LI6A 3L2XA 2RBOA 218LA 2B6TA 1L77A 3G3VA 3HWLA 4I7SA 118LA 1L08A 186LA 1QUDA 209LA 3FI5A 1L49A 166LA 245LA 259LA 125LA 215LA 4EPIA 3DKEX 1L29A 1CV6A 1L34A 1L76A 1L99A 1L71A 1P64A 4W56A 1L33A 3UONA 1C63A 1LGWA 2RB0X 1QS9A 1L87A 1PQIA 2B6WA 226LA 3OE6A 3G3WA 1L52A 1QUHA 1L0JA 4ARMA 205LA 3HH4A 1SSWA 3PBLA 1C6PA 1LYJA 1L54A 1C6IA 3GUJA 158LA 3HT6A 1LYIA 4EKQA 1L39A 227LA 3DMXA 1L43A 1C6DA 1CV4A 3CDQA 3DN4A 221LA 2B75A 1CTWA 169LA 1WTHA 4IAPA 1LYDA 1L38A 1D3MA 232LA 3SN6R 2B6XA 210LA 112LA 3GUOA 3K2RA 4EKSA 190LA 1L35A 5I14A 178LA 1L63A 2RAZX 4I7KA 1QTDA 3EMLA 2ANVA 2HULA 4I7RA 3GUKA 4EXMA 1QTCA 185LA 1G06A 1L53A 1LLHA 3RUNA 1D2WA 2OE4X 4E97A 123LA 241LA 206LA 4EPFA 3NYAA 108LA 222LA 1L81A 1L19A 4W52A 1C6QA 119LA 3RZEA 1P46A 2L78A 230LA 3LZMA 3SB5A 2OE9X 1PQMA 1L20A 104LA 1L91A 1QT8A 1L32A 196LA 1ZWNA 4I7PA 1CU5A 4I7MA 2Q9EA 181LA 127LA 1C6AA 1JTNA 4I7JA 216LA 160LA 3DN3A 1D3FA 201LA 140LA 199LA 1C65A 1OV5A 1L83A 1JTMA 176LA 3NY8A 1DYFA 2OE7X 1XJTA 4AQNA 247LA 1L58A 2NTHA 3HT8A 1KY0A 1CV0A 4K5YA 1QT4A 1DYCA 3SBAA 1L55A 4ARJA 1C69A 1L22A 3C7ZA 1P7SA 2O4WA 3HU9A 1CV1A 2B73A 159LA 1G07A 188LA 4DKLA 1L73A 1L14A 1P56A 1L37A 248LA 223LA 2B6ZA 3F9LA 1C6FA 4OO9A 1T8AA 6LZMA 1NHBA 3DN8A 1L70A 254LA 1L64A 1ZYTA 1L05A 102LA 165LA 1T97A 4GBRB 1G0KA 1P3NA 225LA 130LA 1L13A 2LC9A 3DN2A 183LA 173LA 1SWZA 1L82A 1P36A 1QT3A 2RBNA 107LA 1DYDA 1L15A 4I7LA 3C82A 1D3JA 150LA 251LA 3CDTA 3ODUA 1PQOA 144LA 4W53A 3C8SA 1L04A 3HDFA 4LDLA 1L16A 1L07A 2F47A 7LZMA 1DYGA 2RBPA 1C64A 3SB8A 197LA 1C67A 1C6NA 1G0PA 246LA 3QAKA 3V2WA 1L23A 3HH6A 1QT7A 3CDRA 114LA 3F8VA 1QTVA 1L10A 128LA 4ARPA 146LA 1L98A 219LA 3OE0A 2B7XA 4ARQB 1L90A 3DN0A 1L00A 1LWGA 1C6HA 1EPYA 4W57A 189LA 171LA 4LDOA 1L47A 1L06A 1C6EA 3GUPA 3HTDA 4W55A 1P2LA 163LA 164LA 115LA 2RBRA 3HDEA 1CU0A 1C62A 1T8GA 3GUMA 1CV3A 3DMZA 1T6HA 1L66A 1CVKA 224LA 1C68A 3DN1A 4ZPUA 2NTGA 1SSYA 1C6TA 1L27A 1L26A 1CX7A 156LA 161LA 3CDVA 3HTGA 143LA 1C6CA 258LA 1L11A 1CV5A 1L12A 1L45A 3HUKA 137LA 1L18A 1L57A 1L60A 2IGCA 187LA 1L31A 252LA 1OWZA 261LA 3C8RA 148LE 1L02A 220LA 3OE8A 3C8QA 1JQUA 2OU9A 141LA 3D4SA 234LA 243LA 3GULA 1L36A 1PQJA 168LA 1LYGA 4YXCA 1L03A 1PQKA 2Q9DA 138LA 3FADA 103LA 1DYBA 1L68A 249LA 253LA 184LA 2A4TA 2CUUA 3DNAA 3HU8A 4I7TA 4DAJA 3L64A 1QTBA 174LA 1OYUA 1QT6A 212LA 1G1WA 217LA 2B70A 1KY1A 4DJHA 3GUNA 228LA 214LA 152LA 167LA 1CX6A 200LA 1L56A 170LA 3OE9A 4GRVA 1L62A 162LA 1L61A 1G1VA 1KNIA 1C61A 131LA 1CUQA 2RBSA 1L80A 260LA 1G0GA 240LA 1L69A 2B72A 142LA 4W58A 2O7AA 1L96A 1LI2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L28A 4ETDA 5J7CA 2D6BA 4H9EA 1SX2A 4NGKA 1OP9B 1B7PA 182LA 1GFAA 1NBYC 4WLTA 3G3XA 1C60A 1GFEA 1LSZA 198LA 2BQNA 2B74A 5KXNA 1C66A 3HTBA 2EIZC 3HBHA 4NFVA 2YBHA 1GF3A 3TXJA 1YAOA 110LA 2RBQA 1IY4A 2F4AA 2OEAX 4PK0A 4I7QA 3TXGA 2Z2EA 1L50A 235LA 1CU2A 4PRUA 1IC5Y 5IDDA 1NDMC 3HUQA 1JTPL 1L09A 1L74A 1G7MC 1KIPC 2F30A 4WM6A 3WW5A 4WO6A 4LYTA 3AZ7A 2OU0X 1IY3A 1GEVA 1SX7A 4WM5A 1LGXA 4NGOA 1L51A 2RSCA 1KS3A 4YEOA 5KXMA 1V7SA 4W94A 1BQLY 1CU6A 1LPYA 3VWOA 4YENA 2WARA 1WVUA 122LA 1ZMYL 3TXKA 2BQAA 1BWIA 2H5ZA 1GPQC 3FE0A 3A90A 3OJPA 242LA 4N0JA 1L85A 1UIFA 4C3WA 5DN5A 1L25A 1G0LA 4WM4A 2OU8A 1L01A 1PQDA 2BLYA 5LAGA 1I6SA 4S0WA 4NGZA 2Z38A 1G7LC 1K28A 3IJVA 1QDTA 5KXXA 4KT3A 4W51A 3FA0A 4LDEA 1CUPA 1L41A 2BQEA 1L65A 2FBDA 172LA 1GBOA 1L0KA 1HEQA 4EJ4A 3CT1A 1HNLA 1GD6A 1L92A 1HF4A 3B0KA 2LYZA 4FJRA 3LZTA 5HMVA 1AKIA 4NHQA 6LYZA 1AZFA 1XGUC 3A6CY 1BB4A 3GXKA 5FELA 4HPIA 3WW6A 4LYMA 5LVKA 4EPIA 1L29A 2LYOA 3EBAB 1BB3A 1C63A 1LOZA 2RB0X 1JJ3A 2DQFC 1C7PA 1FN5A 133LA 2MECA 1D9UA 1LSFA 1IX0A 3HT6A 2HEEA 1L43A 5B1FA 1C6DA 1CV4A 4H93A 3B0IA 4ANRA 1LMOA 1W08A 2B75A 232LA 2Z2FA 112LA 3K2RA 4WL7A 4EKSA 1BGIA 4CFOA 3A67Y 4DD3A 190LA 1L35A 5I14A 2Q0MX 2RAZX 1QTDA 3CB7A 2W1LA 1KIRC 4EXMA 185LA 4LGKA 4RW1A 1JJ0A 4HTQA 222LA 3AW6A 4AGAA 4W52A 1C6QA 1SLYA 4UWUA 4TX7A 1OUBA 2L78A 5E9RA 5HNLA 1ALCA 1PQMA 1D6QA 1L20A 4NSIA 1EQ4A 2Q9EA 1IOQA 1C6AA 3A96A 160LA 4NHIA 1D3FA 201LA 4XJHA 1L83A 5ILFA 1JTMA 2IHLA 4NG8A 3HT8A 1CV0A 1T3PA 1G7HC 2BQFA 3P64A 3C7ZA 1P7SA 3HU9A 1QDRA 2ZWBA 4R6CA 4HJYA 4DKLA 4G4HA 1L73A 4BS7A 248LA 1Z55A 4BAPA 2ZYPA 1DI5A 1T8AA 3FI7A 3KAMA 6LZMA 1L64A 1JKCA 1T97A 1NBZC 1LZ8A 225LA 130LA 1IWZA 1L13A 1GE1A 183LA 173LA 1SWZA 1L82A 1P36A 1TDYA 2YBLA 2RBNA 107LA 1D3JA 1JKDA 251LA 3WYHA 1IP4A 1LZ5A 4KPMA 3ODUA 4NGYA 1EL1A 4NSJA 4XENA 1B7RA 3C8SA 1HSWA 4LDLA 194LA 4WM3A 1LZGA 1DYGA 2RBPA 1IP5A 1KXXA 246LA 3V2WA 1QTVA 4ARPA 146LA 3OE0A 4CGEA 1GAYA 3K3TA 3WU8A 1DZBX 3DN0A 1RI8B 171LA 1OUJA 3IWRA 3GUPA 4ETCA 4W55A 1P2LA 5APEA 2BPUA 3IJUA 2CGIA 5JENB 3WU7A 2MEDA 4PJ2C 4MR1A 4DD1A 1SSYA 1MLCE 1C6TA 5DN4A 1L27A 1GBZA 5C6LA 1C6CA 3A92A 1HFYA 1OUGA 1L18A 1L57A 3WUNA 1GF5A 2BQLA 4DT3A 3D3DA 3LYOA 1HEWA 1OUCA 220LA 4LT2A 4P2EA 4PRQA 234LA 1TBYA 243LA 3GULA 3RNXA 1B7SA 1PQKA 4Z98A 103LA 249LA 253LA 2A4TA 3TXFA 4I7TA 4QDNA 1ZVHL 1UA6Y 4DDCA 1QT6A 2G4PA 1GF8A 1CJ6A 1KY1A 5D5FA 1L56A 3W6FA 4HV1A 1RJCB 162LA 1L61A 5APCA 1KNIA 1C61A 131LA 4WM2A 1L80A 5FCPA 1JTTL 142LA 1CKDA 1LKRA 1GDXA 1B6IA 1IOTA 4B49A 3DMVA 1G0JA 2XBRA 2Z6BA 4LFXA 3DN6A 1L84A 1L88A 4BAFA 192LA 1DYAA 1LI3A 4I7OA 5I4YA 4B4JA 113LA 1P6YA 213LA 3B72A 3P4ZA 129LA 4B4IA 1L17A 5L3IA 4M4OA 231LA 1IP3A 4RDSA 1F6SA 1LJNA 2F2QA 2HECA 2I6ZA 3J6KA 1JEFA 1QUGA 3ULRA 1JKBA 1BB6A 1IWXA 3RT5X 4DWXA 6LYTA 5F81A 1C6MA 5T3FA 1C6BA 2O79A 1NMMA 1GB6A 1LMAA 4U3XB 3C83A 1L93A 4ARQA 1XEKA 5KXWA 1HEPA 4H90A 4N1EI 239LA 1LSDA 4N9RA 4XJIA 1P2CC 3LYMA 4CJ2A 262LA 3ZVQB 4ET8A 1L46A 1QSBA 3NY9A 1UUZC 5K7OA 1LZSA 1QS5A 3M3UA 3G3BB 1GAZA 1L24A 5LXWA 4W54A 4R0FA 2PC2A 4NGWA 3A93A 1GBSA 3QY4A 120LA 3VW7A 2RB2X 233LA 3CDOA 3A8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L28 A;  4ETD A;  5J7C A;  2D6B A;  4H9E A;  1SX2 A;  4NGK A;  1OP9 B;  1B7P A;  182L A;  1GFA A;  1NBY C;  4WLT A;  3G3X A;  1C60 A;  1GFE A;  1LSZ A;  198L A;  2BQN A;  2B74 A;  5KXN A;  1C66 A;  3HTB A;  2EIZ C;  3HBH A;  4NFV A;  2YBH A;  1GF3 A;  3TXJ A;  1YAO A;  110L A;  2RBQ A;  1IY4 A;  2F4A A;  2OEA X;  4PK0 A;  4I7Q A;  3TXG A;  2Z2E A;  1L50 A;  235L A;  1CU2 A;  4PRU A;  1IC5 Y;  5IDD A;  1NDM C;  3HUQ A;  1JTP L;  1L09 A;  1L74 A;  1G7M C;  1KIP C;  2F30 A;  4WM6 A;  3WW5 A;  4WO6 A;  4LYT A;  3AZ7 A;  2OU0 X;  1IY3 A;  1GEV A;  1SX7 A;  4WM5 A;  1LGX A;  4NGO A;  1L51 A;  2RSC A;  1KS3 A;  4YEO A;  5KXM A;  1V7S A;  4W94 A;  1BQL Y;  1CU6 A;  1LPY A;  3VWO A;  4YEN A;  2WAR A;  1WVU A;  122L A;  1ZMY L;  3TXK A;  2BQA A;  1BWI A;  2H5Z A;  1GPQ C;  3FE0 A;  3A90 A;  3OJP A;  242L A;  4N0J A;  1L85 A;  1UIF A;  4C3W A;  5DN5 A;  1L25 A;  1G0L A;  4WM4 A;  2OU8 A;  1L01 A;  1PQD A;  2BLY A;  5LAG A;  1I6S A;  4S0W A;  4NGZ A;  2Z38 A;  1G7L C;  1K28 A;  3IJV A;  1QDT A;  5KXX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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