130LA

Structures of randomly generated mutants of t4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVISTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of randomly generated mutants of T4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 130lA00
3NY8A 214LA 119LA 1CV1A 1G0JA 251LA 1L96A 1D3JA 3QAKA 4DJHA 3SB8A 130LA 212LA 4I7NA 1P36A 2F32A 4K5YA 4AQNA 3OE8A 2ANXA 1CU0A 256LA 4ARMB 1KS3A 187LA 2OU8A 223LA 1L75A 4I7KA 1L79A 233LA 1G0GA 1XJUA 257LA 1QT7A 1L29A 235LA 1G06A 1D3MA 141LA 118LA 1L33A 4DKLA 1CV3A 196LA 3F8VA 3EMLA 3CDRA 6LZMA 225LA 1C63A 1LYEA 1P3NA 120LA 177LA 125LA 215LA 1KY0A 4LDOA 2RB1X 4W54A 3GUMA 1SSWA 3DN4A 161LA 1LLHA 1TLAA 4YXAC 245LA 145LA 1L02A 115LA 237LA 3SB9A 1L87A 190LA 1QTBA 1JTNA 260LA 1C60A 1CX6A 167LA 168LA 1L63A 1L69A 246LA 1L11A 1C6PA 3DMXA 1L27A 4IAPA 2RB0X 3G3XA 1L05A 3G3WA 3HDEA 1C6JA 1DYBA 220LA 239LA 164LA 3PBLA 4ARPA 185LA 192LA 1L48A 198LA 1T8FA 4W51A 3V2YA 173LA 108LA 2O79A 182LA 4GRVA 1L14A 216LA 1LPYA 1C61A 1KW5A 178LA 226LA 236LA 2HULA 2RBRA 1L0JA 2RAYX 1QUOA 2ANVA 3DN8A 3HH5A 1CU6A 248LA 1JTMA 1L37A 107LA 166LA 103LA 1L12A 2Z6BA 4GBRB 1G0KA 129LA 1P37A 3C8SA 172LA 1QTDA 1QT8A 2O4WA 3DN1A 3HU8A 3HWLA 3L2XA 1LYIA 112LA 211LA 4YXCA 1LGWA 1P2RA 1L20A 3CDQA 1L70A 3NY9A 1LWKA 1OYUA 1L60A 3HT9A 1C69A 2OU9A 1L03A 230LA 1C6LA 218LA 2OTYX 2LC9A 2RBNA 2RAZX 228LA 1QT3A 1LGUA 2NTHA 3SB5A 2B75A 1OVJA 2LZMA 1C67A 1C6KA 3CDVA 1L31A 1P56A 3DN6A 1L04A 210LA 7LZMA 109LA 206LA 3C7ZA 5I14A 2B70A 3DNAA 186LA 3HT8A 1L43A 1L64A 1D3NA 147LA 162LA 3K2RA 159LA 1C62A 2QB0B 1L01A 201LA 1L99A 2OE4X 4I7SA 143LA 1L21A 1L73A 1C6QA 1L84A 3HDFA 1QTVA 1L57A 176LA 3HH6A 3SBBC 4ARJA 1L46A 1L10A 200LA 1KNIA 1SWZA 1L58A 262LA 1L0KA 1L77A 238LA 4EKQA 1C6EA 1P6YA 1PQOA 2RBQA 104LA 2LCBA 3PDSA 1CU2A 1C6CA 1SWYA 217LA 146LA 1EPYA 111LA 1L16A 1XEPA 1DYCA 1L55A 1K28A 1C6HA 1L45A 1QTZA 180LA 1OVKA 171LA 1QT5A 4ARLA 2RBOA 1L32A 4I7PA 1LWGA 3CDOA 3DMZA 1OWZA 158LA 4W58A 1L18A 1L91A 1L98A 4EKSA 4EXMA 4LDEA 2OTZX 1C64A 1CUPA 3SBAA 1T8GA 1C6GA 175LA 3GUNA 123LA 1L97A 221LA 1L49A 2B74A 131LA 4ARQA 128LA 3OE6A 1D2YA 3SB6A 1G0MA 1L41A 1DYEA 1T8AA 1L72A 2RBPA 1T6HA 209LA 3C7WA 137LA 1C6FA 151LA 1LI6A 3HTFA 1L88A 170LA 1CVKA 1QSBA 4S0WA 197LA 3C7YA 1L81A 1L86A 3HH3A 189LA 4W52A 1L54A 2HUMA 3LZMA 1CV4A 1L93A 2B6ZA 1LYFA 3GUIA 1L47A 1CTWA 254LA 1P2LA 1LI3A 4I7QA 3C80A 3DN0A 140LA 2A4TA 1QSQA 1CU3A 2OEAX 1L65A 1L22A 3NYAA 3HTDA 3GULA 1OV5A 213LA 4ARMA 4EJ4A 1L09A 2QARC 149LA 1PQMA 1C6BA 1L66A 3D4SA 1WTHA 1L94A 3OE9A 1L00A 4I7JA 4W55A 191LA 3HTBA 1I6SA 1OVHA 2IGCA 195LA 3FADA 3VW7A 3C83A 1LYDA 241LA 138LA 242LA 1L76A 4EKRA 1L13A 1D2WA 2F47A 4ZPUA 4I7RA 1C6NA 1P7SA 1G07A 1P46A 4I7OA 1L53A 1L83A 1QT4A 3DN2A 3GUJA 1L25A 160LA 3DN3A 3GUOA 1PQKA 1JQUA 1P64A 1L07A 199LA 1PQJA 3RUNA 3SB7A 148LE 3F9LA 1QS9A 2RB2X 3HUAA 1G0LA 1L90A 3OE0A 3HUQA 1L95A 4LZMA 1L74A 1C68A 250LA 1L89A 1L92A 4I7MA 1L06A 222LA 3V2WA 114LA 224LA 259LA 3C8RA 1KY1A 244LA 2O7AA 3HUKA 2Q9DA 163LA 1C6DA 1C65A 3DMVA 3ODUA 1L08A 3GUPA 3HH4A 243LA 4W57A 1SX2A 3CDTA 1SSYA 139LA 126LA 3JR6A 1C66A 253LA 1L17A 1L56A 1L30A 231LA 1L34A 2CUUA 157LA 3SN6R 1QS5A 1PQIA 1L71A 4YX7C 4PK0A 2RH1A 1L24A 1C6IA 1L36A 4W56A 1LYHA 4W59A 2B6XA 4W53A 2Q9EA 1C6MA 1CUQA 3C8QA 1LYJA 165LA 144LA 169LA 150LA 2HUKA 3RZEA 4EKPA 3UONA 1SX7A 258LA 1L51A 127LA 1ZURA 4OO9A 1L61A 255LA 3HU9A 110LA 3HTGA 122LA 3G3VA 1B6IA 252LA 1CU5A 2OU0X 181LA 3L64A 4EPIA 1G1VA 3C82A 1G1WA 142LA 1QUGA 2F2QA 234LA 1KW7A 4PJZA 2OE9X 3DKEX 188LA 240LA 2B72A 1T97A 249LA 3GUKA 2OE7X 229LA 3HT6A 1D3FA 1DYGA 1C6AA 205LA 3C81A 4I7TA 1QT6A 1L62A 1L85A 1L82A 1LI2A 1CV0A 1L52A 102LA 1ZWNA 174LA 1L38A 1OWYA 1LGXA 1G0QA 1L59A 156LA 2NTGA 184LA 1CX7A 227LA 155LA 1QTHA 1G0PA 152LA 1L68A 1L40A 1D9WA 1DYDA 1L67A 1PQDA 1L19A 247LA 232LA 1LYGA 4LDLA 1DYFA 1QUHA 3HT7A 4ARQB 2RBSA 4DAJA 1L35A 3FA0A 261LA 1L80A 2B7XA 1CV6A 1QUDA 1L26A 1OV7A 1L44A 1NHBA 1L28A 2B6YA 2B73A 4E97A 1L42A 1ZYTA 183LA 113LA 1XJTA 219LA 1P5CA 1DYAA 1CV5A 4EPFA 1C6TA 1L23A 1QTCA 1L50A 2B6TA 5LZMA 4I7LA 1LW9A 1L15A 2B6WA 3FI5A 2L78A 1L39A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
119LA 1CV1A 1G0JA 251LA 4NGJA 1D3JA 1MLCE 3SB8A 130LA 5LAGA 1BWJA 1FDLY 1LSZA 2ANXA 3ULRA 1HEWA 3LYZA 1KXXA 4NEBA 4HTQA 2OU8A 4I7KA 4QDNA 1GE2A 1G0GA 5F9XA 1XJUA 257LA 5HQ1A 5DN4A 1LZEA 3D9AC 235LA 4LT1A 2Z2FA 4HPEA 4DKLA 196LA 5M1YA 1FLQA 3EMLA 225LA 1C63A 1P3NA 1UIBA 4DYGA 4HPIA 4LDOA 2RB1X 2HEBA 1XSFA 4W54A 3DN4A 161LA 1IWXA 4KL7A 1IR8A 1L87A 190LA 4NGYA 1C60A 5FSTA 2N5ZA 1VFBC 1B7PA 1L27A 2DKVA 1LZ8A 2HECA 5C6IA 4AGAA 4ARPA 3ATNA 192LA 4CGEA 1NBZC 4W51A 4WO9A 1FLWA 2O79A 182LA 4B4EA 3HBEX 1C61A 4FDYA 178LA 2LZ2A 1A4VA 1GFUA 2ZWBA 2ANVA 194LA 1JTMA 103LA 4N5RA 3C8SA 1DKJA 1QT8A 3HU8A 1LYIA 1CKDA 211LA 4YXCA 4H9HA 4ETBA 1L70A 1IC7Y 3W3EA 4ETEA 3HBHA 5F81A 1ZMYL 3B0OA 2IHLA 230LA 1YAOA 2LC9A 1LSYA 2RBNA 4XENA 1YKZX 2Z38A 5APEA 5K7OA 1C6KA 3DN6A 7LZMA 2HEDA 1LAAA 3WU8A 1OUCA 2LHMA 1L64A 1D3NA 2DQFC 1L01A 1L99A 1L21A 1GBXA 1QTVA 3SBBC 5T3FA 3LYOA 1KNIA 4RW1A 1L58A 262LA 1L77A 2BQDA 1GFRA 3ATOA 1CU2A 4UWUA 217LA 1EPYA 111LA 1L55A 3J6KA 1L45A 3M3UA 4I7PA 3DMZA 4CJ2A 1F10A 1L18A 3CSZA 1L98A 4EXMA 4LDEA 2OTZX 3SBAA 5E9RA 4ET9A 4QEQA 2MEGA 1OUAA 1T8GA 1BGIA 3SB6A 1G0MA 1L41A 3QNGA 3QY4A 1DYEA 1T8AA 1JTPL 1Z55A 2D4IA 2HEFA 1XEKA 137LA 1C6FA 2I26L 3D3DA 3HTFA 1L88A 1IX0A 197LA 1WQQA 3IWRA 3P65A 4W96A 3A91A 1LJNA 1YL1X 1CV4A 4WOAA 3HBDA 1LZRA 1LMCA 2B6ZA 1CKGA 4WLDA 1LZBA 1FLYA 2DQGY 3HTDA 4H9FA 5HMVA 4EJ4A 2QARC 1PQMA 4ETCA 3TXHA 4MSTA 1WTHA 1XGQC 1WQMA 3AZ7A 1UICA 4N0JA 4XJDA 2MECA 3C83A 3QE8A 1WQRA 241LA 3TMVA 5KXZA 1L13A 1CNSA 2FYCA 4LFXA 4I7RA 1C6NA 4OWAA 3IJUA 3VWOA 4I7OA 1GFGA 1L83A 4G4HA 1L25A 160LA 1LZGA 5IDDA 1L07A 199LA 5B07A 1QUTA 2D4KA 3SB7A 1IOTA 5ILFA 1L90A 1YIKA 2FBBA 2G4PA 1L74A 1LZ6A 1C68A 250LA 2PC2A 4DC4A 1E8LA 224LA 3HUKA 1C6DA 1BHZA 1RI8B 2EIZC 4YEMA 1L08A 1OUJA 3CDTA 3TXFA 1SSYA 139LA 1C66A 1H87A 2BPUA 1L56A 4TX7A 1L30A 1LZTA 157LA 3CB7A 3SN6R 1GB8A 1L71A 1L24A 4D9ZA 1L36A 4IASA 2DQAA 5FDJA 3K3TA 1DI3A 1DQJC 2BQHA 1LYJA 3RZEA 1HHLA 3AW6A 3HU9A 110LA 3HTGA 3CT1A 2RSCA 1B6IA 2F4AA 2BQLA 1UUZC 1JTOL 3B6LA 1G1WA 142LA 2F2QA 4GCDA 4NGVA 2DQHY 3DKEX 1HEQA 1HC0A 4DT3A 2A7FA 5KXKA 3GUKA 3A67Y 4FJRA 4I0CA 5B05A 2ZYPA 1F6SA 1LJ3A 2Z2EA 1L85A 3N9AA 1LI2A 4GLVA 1GFEA 1G0QA 4N1EI 4H92A 1JPOA 1LYOA 1GE4A 227LA 1L40A 1L67A 1PQDA 2W1YA 2G4NA 1GWDA 1LZAA 2HEEA 1DYFA 3HT7A 1WQPA 4AXTA 1I1ZA 3W6AA 4DAJA 3A8ZA 2B7XA 1IP4A 1QUDA 1HEPA 1OV7A 1L44A 1NHBA 1GB0A 5C6LA 1IP2A 1L42A 1ZYTA 2CGIA 5KXTA 4BS7A 219LA 1C6TA 2HTXA 1XGRC 1IIZA 1JJ3A 4I7LA 3TXGA 5KXXA 3FI5A 1KIRC 2YBHA 4H9AA 3LZ2A 1HERA 4DJHA 1FBIX 4I7NA 1OUFA 1FN5A 2F32A 5LVJA 3ZVQB 1WQNA 4ARMB 1HMLA 3WW6A 1HNLA 187LA 1L75A 5KXRA 1L79A 1AKIA 3BKHA 1F0WA 3AZ4A 4NGKA 3A94A 1BB4A 4NFVA 1D3MA 141LA 1XGUC 1LSPA 1CV3A 3F8VA 3CDRA 1GF9A 1LYEA 1IVMA 177LA 215LA 5I53A 1KY0A 3AW7A 4B4JA 1ALCA 1IY4A 2CWIA 1LLHA 1TLAA 1UIGA 145LA 1LZYA 5A3ZA 3MGWA 2XTHA 2CJLA 237LA 5LYZA 3EO5A 260LA 1JTNA 1VAUA 4H9BA 1JISA 167LA 168LA 1L63A 4QY9A 1C6PA 3LYTA 3DMXA 4NIJA 5KJ9A 1GF5A 3EXDA 4GN5C 4IAPA 5LINA 6LYZA 1YAQA 3LYMA 3G3WA 1C46A 3A3RX 5KXMA 2Z18A 220LA 4DD0A 198LA 1T8FA 1REYA 1NKHA 4RDSA 4CFOA 4GRVA 1B5VA 1LPYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 119L A;  1CV1 A;  1G0J A;  251L A;  4NGJ A;  1D3J A;  1MLC E;  3SB8 A;  130L A;  5LAG A;  1BWJ A;  1FDL Y;  1LSZ A;  2ANX A;  3ULR A;  1HEW A;  3LYZ A;  1KXX A;  4NEB A;  4HTQ A;  2OU8 A;  4I7K A;  4QDN A;  1GE2 A;  1G0G A;  5F9X A;  1XJU A;  257L A;  5HQ1 A;  5DN4 A;  1LZE A;  3D9A C;  235L A;  4LT1 A;  2Z2F A;  4HPE A;  4DKL A;  196L A;  5M1Y A;  1FLQ A;  3EML A;  225L A;  1C63 A;  1P3N A;  1UIB A;  4DYG A;  4HPI A;  4LDO A;  2RB1 X;  2HEB A;  1XSF A;  4W54 A;  3DN4 A;  161L A;  1IWX A;  4KL7 A;  1IR8 A;  1L87 A;  190L A;  4NGY A;  1C60 A;  5FST A;  2N5Z A;  1VFB C;  1B7P A;  1L27 A;  2DKV A;  1LZ8 A;  2HEC A;  5C6I A;  4AGA A;  4ARP A;  3ATN A;  192L A;  4CGE A;  1NBZ C;  4W51 A;  4WO9 A;  1FLW A;  2O79 A;  182L A;  4B4E A;  3HBE X;  1C61 A;  4FDY A;  178L A;  2LZ2 A;  1A4V A;  1GFU A;  2ZWB A;  2ANV A;  194L A;  1JTM A;  103L A;  4N5R A;  3C8S A;  1DKJ A;  1QT8 A;  3HU8 A;  1LYI A;  1CKD A;  211L A;  4YXC A;  4H9H A;  4ETB A;  1L70 A;  1IC7 Y;  3W3E A;  4ETE A;  3HBH A;  5F81 A;  1ZMY L; 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