130LA

Structures of randomly generated mutants of t4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVISTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of randomly generated mutants of T4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 130lA00
3C8QA 149LA 4EKSA 2OE4X 1L23A 254LA 3C82A 1QT4A 1L89A 174LA 1PQKA 245LA 1C6MA 1L03A 4GRVA 3GUKA 3GUJA 3HT6A 3HH3A 1DYEA 1LYFA 1L16A 1LWGA 4LDEA 2B7XA 2HULA 192LA 3HTGA 1L22A 2Q9EA 1LI6A 1C62A 3G3WA 262LA 2B74A 1L36A 1G0PA 2LZMA 2OE9X 1LGWA 1LYJA 1QUDA 1L45A 209LA 1XEPA 3L2XA 221LA 232LA 181LA 1OVJA 3C81A 3CDOA 238LA 1C69A 2L78A 1L40A 1QS9A 1SSYA 224LA 4I7KA 1L90A 167LA 255LA 1CU6A 140LA 2RBSA 147LA 1LYDA 1KW7A 4I7NA 3UONA 1D3NA 1QTDA 1DYCA 3CDQA 4S0WA 3SBBC 1L70A 1JTMA 1QUOA 1CU5A 260LA 1JQUA 1OV7A 2RBNA 1P37A 1L79A 1L60A 1OVHA 169LA 3GULA 4YXCA 259LA 7LZMA 142LA 1LW9A 225LA 3DMXA 2OU8A 113LA 216LA 253LA 1G0MA 1K28A 3LZMA 3OE8A 150LA 3G3VA 1CV1A 2O4WA 2B6XA 1QT5A 1L56A 1QTZA 1CV6A 4PK0A 4I7MA 4W57A 1T8GA 3HH5A 1L84A 1C6CA 1L82A 3EMLA 2HUMA 170LA 1L54A 1G0LA 127LA 139LA 123LA 184LA 2RBPA 1L81A 3K2RA 1L32A 1P6YA 1WTHA 2RH1A 1L30A 3NY9A 237LA 1C6IA 138LA 1SWZA 4YXAC 2RB2X 1L42A 3CDTA 5LZMA 2O7AA 1L77A 3HDFA 3DNAA 1L63A 1SX7A 107LA 3HWLA 1KNIA 3L64A 189LA 2RBOA 4ARLA 3DN8A 2RB0X 4EPFA 206LA 1L08A 1C6NA 1QT3A 1LI2A 1L29A 1QS5A 1CV0A 103LA 3DKEX 1L48A 231LA 3C80A 1QT6A 1LI3A 233LA 196LA 3VW7A 2ANVA 4ARJA 3SB8A 1LYIA 112LA 143LA 188LA 4I7TA 4PJZA 3PBLA 1L38A 3HTDA 4W58A 2OU0X 1C66A 1C6FA 1G0QA 217LA 1L0JA 163LA 1OV5A 4I7SA 248LA 3GUNA 1L80A 173LA 182LA 1CTWA 1C6LA 261LA 1L98A 102LA 243LA 2B6TA 3QAKA 2NTHA 4W51A 1D2WA 4EKRA 1QTVA 1LWKA 1L51A 234LA 1PQDA 4EJ4A 145LA 1L61A 1L04A 4ARQB 2A4TA 3FA0A 3HU9A 223LA 1LLHA 156LA 1L28A 1L55A 1PQIA 1C65A 1LPYA 4EKQA 119LA 3C8RA 256LA 1QT8A 198LA 6LZMA 3DN3A 1L31A 3HH4A 1L88A 1L24A 2B6ZA 3RZEA 4AQNA 1L71A 1P2RA 3C8SA 1ZURA 1CX6A 1L68A 1QTBA 240LA 165LA 1L72A 220LA 3CDVA 214LA 120LA 1P7SA 1P64A 4EPIA 4EXMA 1DYAA 1L00A 1L66A 1L64A 1L74A 4ARMB 258LA 197LA 3SB7A 246LA 4IAPA 1CUQA 162LA 2Z6BA 1CV3A 3OE6A 1L19A 1KW5A 2OEAX 3DN4A 1CU0A 186LA 3NYAA 1L35A 1OWZA 4W55A 3DMVA 1C60A 1L20A 175LA 1P2LA 104LA 1L52A 1LYEA 4LZMA 4ARPA 3C7YA 1G1VA 1L93A 1C6PA 3G3XA 1L0KA 166LA 1L26A 1L69A 1KY0A 244LA 4I7PA 108LA 1L99A 1LYGA 235LA 4GBRB 1G0KA 4ARQA 4W54A 1LGXA 2B72A 3DN6A 250LA 1OVKA 1L02A 2OTZX 1P56A 1D9WA 2B6WA 1PQOA 1G06A 2Q9DA 1SWYA 1C61A 3JR6A 183LA 4OO9A 1OWYA 1CX7A 1CV5A 4W56A 1L39A 157LA 131LA 1LYHA 3OE9A 1DYGA 1L97A 1L46A 3SB5A 228LA 148LE 1C67A 4ARMA 2F32A 3GUMA 1C6GA 1L06A 3FADA 1CV4A 1L50A 2CUUA 1P46A 1D3MA 2F47A 211LA 1QSBA 1DYFA 1SSWA 1L10A 1L13A 1KY1A 239LA 3D4SA 130LA 4W59A 1C6QA 1I6SA 1L07A 1L43A 161LA 1L85A 219LA 1TLAA 2RBRA 1L57A 218LA 1L92A 1L75A 2QARC 227LA 5I14A 1L33A 1L96A 4DJHA 212LA 1QTCA 152LA 4E97A 125LA 3F8VA 241LA 3ODUA 1QUHA 2NTGA 1G07A 1L86A 185LA 4I7QA 199LA 226LA 1C6TA 190LA 1L01A 155LA 3DN1A 3GUOA 2LCBA 1EPYA 3HUAA 172LA 3PDSA 111LA 1L91A 257LA 4I7JA 2B6YA 3HDEA 1C68A 1QSQA 164LA 168LA 2B70A 1L37A 4W53A 1LGUA 114LA 151LA 1L14A 229LA 3HT9A 1KS3A 2OE7X 171LA 1L15A 1C64A 1C6EA 1L65A 210LA 1DYDA 4YX7C 3V2WA 110LA 1C6BA 3OE0A 3V2YA 129LA 159LA 1L41A 1CU2A 1QUGA 3SB6A 1L27A 2QB0B 4W52A 160LA 249LA 1ZYTA 3CDRA 1C6JA 1G0JA 2O79A 1L83A 1L53A 1T8FA 178LA 1L62A 1L17A 1P5CA 1JTNA 3SBAA 1L58A 3F9LA 187LA 1CU3A 1T97A 247LA 2HUKA 3SB9A 2RAYX 2RBQA 1D3JA 1XJUA 1L11A 1L25A 230LA 3RUNA 128LA 3FI5A 141LA 1NHBA 2IGCA 201LA 177LA 3HUKA 109LA 1SX2A 4I7RA 1ZWNA 251LA 3HT8A 1L67A 1XJTA 2F2QA 4LDLA 1C63A 1T6HA 1L95A 1L94A 3HT7A 3SN6R 144LA 1L34A 1L76A 3HU8A 4I7LA 1L21A 236LA 1D2YA 3GUPA 3NY8A 4K5YA 215LA 3DMZA 3DN0A 3HUQA 4EKPA 158LA 3C7WA 1L73A 252LA 1B6IA 205LA 176LA 1C6AA 3GUIA 2ANXA 242LA 1G0GA 1L59A 4DAJA 2RAZX 1T8AA 2B75A 1P3NA 222LA 1D3FA 1QT7A 1CUPA 1C6KA 2LC9A 1L18A 1DYBA 1PQMA 1G1WA 4LDOA 122LA 1CVKA 3HH6A 4DKLA 1L05A 126LA 1OYUA 1PQJA 3HTBA 1C6HA 3C7ZA 4I7OA 200LA 3C83A 1L44A 118LA 1L49A 2RB1X 115LA 1C6DA 2B73A 3HTFA 1P36A 180LA 1L87A 4ZPUA 195LA 3DN2A 2OU9A 1QTHA 191LA 146LA 1L47A 213LA 137LA 2OTYX 1L12A 1L09A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C8QA 5A3ZA 2OE4X 1L23A 4J1BA 1TDYA 5D5FA 254LA 1UIBA 174LA 1PQKA 245LA 1L03A 4TSBA 1F10A 2BQFA 3BKHA 1DPXA 1B0DA 1LYFA 1GBOA 1L16A 4LDEA 3A3QA 4LT3A 3HTGA 1HSXA 1LTMA 1G7IC 1C62A 2B74A 4ZEEA 1LYJA 1QUDA 209LA 1XEPA 1CJ6A 4ML7A 1SLYA 1HHLA 3C81A 1GAYA 1UBZA 2DQHY 2BQBA 3RT5X 2MEFA 1QS9A 3TXKA 5LIOA 5HNCA 255LA 1CU6A 4QGZA 140LA 147LA 1KW7A 4I7NA 3WW6A 1QTDA 4NHPA 3CDQA 1L70A 5I5QA 1OV7A 1LOZA 2RBNA 1P37A 1L79A 1OVHA 3GULA 1MELL 4YXCA 5HMVA 1NF5A 1LYZA 4NGJA 3A8ZA 1XGQC 1K28A 150LA 4ETCA 1QT5A 1XGRC 1CV6A 4PK0A 5IHGA 1T8GA 2ZYCA 5C6IA 1L84A 4NSHA 4LYOA 170LA 1FN5A 4TWSA 2H9JA 1G0LA 1UIGA 2DKVA 2Z37A 184LA 4Z46A 1P6YA 2RH1A 1ALCA 1L30A 134LA 5DN4A 1SWZA 3FE0A 3LYMA 5KXYA 2HU3A 4HP0A 1L42A 1LHMA 2O7AA 4RW1A 5APFA 3DNAA 1IOSA 5LVKA 3LZ2A 1KNIA 3L64A 1B5XA 2RB0X 1GF3A 1QT3A 2XQOA 4LYMA 3DKEX 1LYYA 3TXDA 1L48A 231LA 2BQJA 3C80A 4KXIA 4GLVA 3VW7A 4HV2A 2ANVA 4H91A 3W3EA 3M3UA 3PBLA 3P68A 2MEHA 4GN3A 1OV5A 1D6QA 3IJVA 1CTWA 1L98A 1VATA 4ETEA 1LWKA 4KT3A 1L04A 1LLHA 156LA 3C8RA 2MEGA 1QT8A 198LA 1LZAA 1CNSA 3DN3A 1RE2A 1L31A 1LKSA 5J7CA 3RZEA 1L71A 4LYCA 1QTEA 1QTBA 5B1FA 165LA 2HEAA 1L72A 3CDVA 6LYTA 1IWYA 4GN5C 4PRQA 3TXEA 1L64A 4ARMB 197LA 3AW7A 1LAAA 2VB1A 3SB7A 246LA 4IAPA 5HLLA 1CUQA 4PPOA 3OE6A 1KW5A 3DN4A 186LA 4W94A 1BHZA 1L35A 1CKCA 5E4PA 2G4QA 1L20A 5DL9A 1B7NA 4LGKA 2BQNA 2ZILA 1G1VA 1L93A 4OWEA 4WM6A 4OOTA 1L0KA 5L3IA 4I7PA 108LA 4N8ZA 1G7LC 235LA 2C8PA 5LYMA 4NSJA 4QEQA 2Y8PA 2IFFY 4ARQA 3TXGA 4W54A 3DN6A 5LVHA 4XJBA 250LA 1OVKA 4ET8A 4B4JA 2YBNA 1PQOA 4H1PA 3AGHA 4OO9A 1BGIA 1GFVA 1L46A 5FEKA 1DKKA 3SB5A 4E3UA 148LE 1LSPA 2F32A 4HV1A 1LMAA 2EPEA 1GDWA 2CUUA 1LHLA 1GFRA 2YBHA 4OWHA 1FLUA 4G4CA 1SSWA 3OK0A 1L13A 1XEIA 239LA 4KPMA 5KJ9A 1YL0X 4DQ7A 1HMLA 1HSWA 153LA 161LA 219LA 1L92A 4QY9A 1LZ4A 3OJPA 3CSRA 1IR7A 212LA 4DD0A 152LA 125LA 5LINA 3QE8A 1L86A 2YVBA 226LA 4XJGA 5HQ1A 5FCPA 155LA 3DN1A 3LYZA 8LYZA 111LA 5K7OA 1Z55A 4LT2A 4NEBA 1GFUA 1LGUA 4Z3MA 1UCOA 2OE7X 1NHEA 4H9AA 4YX7C 1C6BA 4CFOA 3V2YA 159LA 1CU2A 2YSSC 1LZBA 3A6BY 1L27A 2QB0B 4W52A 5DLAA 4WG1A 3QY4A 1P2CC 4H9EA 1C6JA 1XGTC 1LJEA 1L83A 4GN4A 3FI7A 178LA 1FLWA 3F9LA 1GE4A 187LA 1CU3A 1OUEA 4H8XA 3ULRA 3SB9A 1WQQA 1D3JA 1JKAA 4RDSA 1IC7Y 2FYDA 1IY3A 5D5CA 2HEEA 5DM9A 1LZTA 2IGCA 1EQEA 109LA 4II8A 4H8ZA 1ZWNA 3EXDA 3A34A 2F2QA 2G4PA 4DD1A 3HT7A 4W96A 3ZEKA 1BVKC 144LA 4I7LA 4LZTA 4YEOA 2YBMA 3WH1A 4XJFA 5DN5A 4WO6A 252LA 4NGYA 3AYQA 3A91A 1C6AA 2ANXA 3A96A 4GCDA 222LA 2BQDA 1L18A 1PQMA 1F6SA 4YF2A 1CJ7A 4LDOA 3WU8A 2HEBA 4DQ5A 4H92A 4NG1A 126LA 1OYUA 5LXWA 1C6HA 3AZ6A 3C7ZA 4NHIA 4H8YA 4I7OA 4NFVA 118LA 5KXLA 2XBRA 1C6DA 3HTFA 180LA 1L87A 4ZPUA 3DN2A 2OU9A 2ZWBA 3A6CY 4N1CC 4WLYA 4G49A 213LA 3A90A 1C45A 4NGOA 1L12A 4EKSA 3B72A 4ANRA 3C82A 1QT4A 4ETBA 3WPLA 4OWAA 1JKDA 1JIYA 3HT6A 3WXUA 3RU5A 2HULA 2F2NA 192LA 2Q9EA 2XJWA 3G3WA 1D9UA 1G0PA 2OE9X 1L45A 3J6KA 3WU7A 1OUAA 221LA 232LA 181LA 1ZVYB 1IWTA 1C69A 1BQLY 3K3TA 1SSYA 1B5ZA 2W1YA 5FDJA 2BQMA 3UONA 1JTMA 4LT1A 4LT0A 260LA 4H9CA 1D0MA 1OUBA 7LZMA 1GFJA 3DMXA 2OU8A 5KXMA 1G0MA 3LZMA 3CQLA 5I54A 3G3VA 4NGLA 2O4WA 3A92A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3C8Q A;  5A3Z A;  2OE4 X;  1L23 A;  4J1B A;  1TDY A;  5D5F A;  254L A;  1UIB A;  174L A;  1PQK A;  245L A;  1L03 A;  4TSB A;  1F10 A;  2BQF A;  3BKH A;  1DPX A;  1B0D A;  1LYF A;  1GBO A;  1L16 A;  4LDE A;  3A3Q A;  4LT3 A;  3HTG A;  1HSX A;  1LTM A;  1G7I C;  1C62 A;  2B74 A;  4ZEE A;  1LYJ A;  1QUD A;  209L A;  1XEP A;  1CJ6 A;  4ML7 A;  1SLY A;  1HHL A;  3C81 A;  1GAY A;  1UBZ A;  2DQH Y;  2BQB A;  3RT5 X;  2MEF A;  1QS9 A;  3TXK A;  5LIO A;  5HNC A;  255L A;  1CU6 A;  4QGZ A;  140L A;  147L A;  1KW7 A;  4I7N A;  3WW6 A;  1QTD A;  4NHP A;  3CDQ A;  1L70 A;  5I5Q A;  1OV7 A;  1LOZ A;  2RBN A;  1P37 A;  1L79 A;  1OVH A;  3GUL A;  1MEL L;  4YXC A;  5HMV A;  1NF5 A;  1LYZ A;  4NGJ A;  3A8Z A;  1XGQ C;  1K28 A;  150L A;  4ETC A;  1QT5 A;  1XGR C;  1CV6 A;  4PK0 A;  5IHG A;  1T8G A;  2ZYC A;  5C6I A;  1L84 A;  4NSH A;  4LYO A;  170L A;  1FN5 A;  4TWS A;  2H9J A;  1G0L A;  1UIG A;  2DKV A;  2Z37 A;  184L A;  4Z46 A;  1P6Y A;  2RH1 A;  1ALC A;  1L30 A;  134L A;  5DN4 A;  1SWZ A;  3FE0 A;  3LYM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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