131LA

Structures of randomly generated mutants of t4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYSIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of randomly generated mutants of T4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 131lA00
3G3XA 2O79A 1SSWA 251LA 156LA 1CV0A 2OTYX 170LA 1OVJA 6LZMA 1C6IA 5I14A 3C8SA 138LA 1L81A 1C6TA 152LA 1JTMA 4YXAC 1C69A 1L66A 1C6QA 3SB8A 1L47A 1ZURA 1L98A 1G0GA 3V2WA 1LYGA 1DYCA 3F8VA 118LA 1LYEA 184LA 1LWKA 4EPFA 2RAZX 4W58A 1JQUA 2NTGA 3G3WA 109LA 3DN0A 1L08A 130LA 1CU5A 1L33A 3G3VA 1C6PA 3SB7A 3NY8A 1QUHA 1P56A 242LA 1QTCA 1C63A 120LA 3DNAA 1L89A 261LA 1C6FA 1L54A 4LDLA 1P3NA 1P37A 142LA 1KY0A 1L27A 1L92A 1L00A 147LA 3FADA 122LA 113LA 162LA 3HT7A 1C6CA 1L57A 1L64A 1L11A 2B7XA 1L76A 4W59A 1L42A 1KNIA 2O4WA 112LA 4GBRB 1G0KA 2B6TA 1L07A 1L41A 1OWZA 157LA 1QS9A 102LA 2CUUA 1T8FA 144LA 2RBNA 1G1VA 1C6MA 2RAYX 3HTDA 104LA 1D2YA 1L21A 3HU9A 3L2XA 231LA 1CU2A 1CV4A 164LA 4W56A 1L95A 1L79A 1L16A 1D2WA 2Z6BA 219LA 1L28A 4ARLA 1C6LA 1G06A 155LA 1ZWNA 4YXCA 180LA 1P7SA 1CU6A 1L88A 125LA 2RBSA 3C8RA 3DN3A 1L69A 3FA0A 171LA 2RB1X 244LA 3V2YA 4ARJA 198LA 1L03A 4EKQA 1L26A 1QUOA 3SB9A 1L05A 185LA 174LA 2B6ZA 1G0LA 224LA 128LA 1L15A 3C82A 1QSQA 256LA 1T8AA 1L99A 2B70A 110LA 1QTVA 4I7TA 3CDRA 249LA 1L0KA 1ZYTA 1QTBA 4LDEA 2OTZX 3ODUA 1L24A 1SWYA 1L50A 1I6SA 228LA 234LA 1L75A 2RB2X 1OVKA 140LA 221LA 1L85A 1QT6A 3DN1A 212LA 2B72A 4I7JA 2B6XA 1XJTA 3HDFA 1L0JA 2ANVA 1LI6A 1C66A 1D9WA 114LA 3GUIA 1L14A 2RH1A 4DJHA 1L61A 183LA 108LA 168LA 190LA 1L32A 253LA 1PQIA 1L77A 3CDTA 232LA 1DYDA 1SSYA 1G0JA 1L49A 4EPIA 165LA 1C6JA 248LA 2IGCA 3GUPA 1L90A 2ANXA 4EXMA 1LI3A 1L46A 1LYJA 3RUNA 1L63A 3DMVA 2F32A 4LDOA 129LA 1XEPA 1L51A 1KW7A 4K5YA 1XJUA 1L56A 1L30A 3CDVA 226LA 1C65A 2RBRA 3NYAA 237LA 175LA 1QT5A 1L86A 2QARC 1L18A 3EMLA 4ARQA 236LA 1QUGA 214LA 197LA 4W52A 1L59A 1C6DA 3PDSA 3SN6R 213LA 2HUKA 1P36A 246LA 1P2RA 199LA 3JR6A 3HUKA 1CUPA 1L43A 1L60A 4I7NA 1L10A 131LA 196LA 1LYHA 3K2RA 7LZMA 161LA 2RBOA 3HT6A 2RBPA 3HT9A 127LA 1D3FA 1G07A 1K28A 1L06A 3HTGA 137LA 1OYUA 1L23A 1WTHA 148LE 1CTWA 1C6AA 2Q9DA 107LA 1LYDA 3VW7A 145LA 3GUKA 3SB5A 1P64A 3FI5A 3DMZA 4DAJA 239LA 4EKSA 1L45A 1QUDA 2B6YA 3GUJA 1L72A 1L53A 3GUMA 1P5CA 1SX2A 4PK0A 1P6YA 1L52A 158LA 215LA 3OE0A 4W55A 260LA 1G0PA 3DMXA 3C81A 2HUMA 150LA 1LWGA 1L55A 2B74A 1CV6A 1L82A 4I7PA 1LYIA 1P46A 211LA 1L62A 1L44A 3CDQA 2RBQA 1L38A 4W53A 4ARPA 223LA 3PBLA 177LA 241LA 187LA 4ARMA 1OV5A 160LA 1L71A 200LA 1L58A 222LA 3CDOA 3DN4A 235LA 1KY1A 2Q9EA 3OE9A 186LA 4I7QA 3DN8A 1LGXA 4I7MA 4LZMA 1PQJA 1C67A 259LA 1CX7A 5LZMA 4ZPUA 2B6WA 4OO9A 4I7RA 1L48A 252LA 3C83A 1L40A 1T97A 3D4SA 3RZEA 195LA 111LA 3HU8A 1QS5A 1T8GA 258LA 1CV1A 2L78A 3DKEX 3OE6A 1C6EA 1QTZA 2HULA 1NHBA 3HDEA 2OE7X 1KS3A 209LA 3SBAA 4EJ4A 1LW9A 1L22A 2LCBA 3GUNA 233LA 245LA 3HWLA 1L97A 262LA 4PJZA 216LA 1L37A 2F47A 2NTHA 3GULA 205LA 4I7LA 1G1WA 1C6KA 3HUAA 4E97A 115LA 1L13A 1KW5A 4ARQB 1L83A 103LA 1SX7A 220LA 163LA 1CVKA 1D3JA 1L34A 189LA 4YX7C 2RB0X 1CU0A 1QT7A 210LA 192LA 2QB0B 149LA 182LA 188LA 4GRVA 191LA 119LA 1L12A 1C6GA 1JTNA 1L73A 181LA 1TLAA 1C68A 3HT8A 1DYGA 243LA 1L84A 1L74A 1QTDA 141LA 3DN6A 4I7OA 1QTHA 2OEAX 3DN2A 1L68A 4W54A 1L39A 1L70A 1CV5A 1L01A 1T6HA 1C64A 1LGWA 1C60A 230LA 2OE4X 1L65A 1C62A 3C7WA 126LA 1L80A 4EKPA 167LA 4W57A 1L20A 2B73A 218LA 1CX6A 1D3MA 2OU9A 3HH6A 225LA 173LA 3HTBA 123LA 4W51A 1P2LA 1PQMA 1PQKA 176LA 4I7SA 1L04A 3C7ZA 250LA 3QAKA 3UONA 1C6NA 2LZMA 1PQDA 1CUQA 4S0WA 3L64A 1L67A 3OE8A 1D3NA 3HTFA 1L94A 3SB6A 240LA 1DYAA 1L36A 1LGUA 159LA 247LA 3F9LA 3HH4A 255LA 1L96A 1PQOA 2B75A 3GUOA 151LA 1QSBA 1L93A 3C7YA 4ARMB 1OV7A 2A4TA 3C8QA 1L25A 1G0QA 229LA 139LA 1L09A 3LZMA 1L87A 1B6IA 1DYEA 1L17A 1CU3A 1DYFA 1DYBA 146LA 1L19A 1QT4A 3HH3A 201LA 1LYFA 3HUQA 3HH5A 1L02A 227LA 4I7KA 217LA 1C6BA 1LLHA 178LA 1OWYA 3SBBC 143LA 1L29A 1EPYA 1QT8A 1L31A 257LA 1QT3A 166LA 1C61A 1G0MA 2OU0X 1CV3A 1L91A 169LA 4DKLA 206LA 1SWZA 1LI2A 238LA 2OU8A 1LPYA 1L35A 2OE9X 4IAPA 2F2QA 2LC9A 2O7AA 3NY9A 1OVHA 254LA 4AQNA 3C80A 172LA 4EKRA 1C6HA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3G3XA 1GB0A 2O79A 2HU3A 4O34A 170LA 4XENA 1C6IA 1WQRA 3P65A 2HEDA 1C6TA 1L66A 4ZIXA 1L47A 4YM8A 4A7DA 3CSZA 1DYCA 3F8VA 184LA 4EPFA 3AZ5A 2XJWA 2RAZX 2ZYCA 4W58A 2ZQ3A 3D9AC 3CQLA 1CU5A 1C6PA 1UIEA 1C6FA 5LYMA 1IC4Y 1L92A 1CKHA 1L00A 122LA 162LA 1LYZA 3ATNA 3HT7A 2YBJA 5KXPA 1C6CA 4CJ2A 1L76A 3P66A 1CKGA 5LYZA 4XJGA 1T3PA 3HBDA 6LYTA 2B6TA 4M6DA 102LA 1T8FA 1VATA 4N1CC 3CT5A 104LA 1L21A 3L2XA 231LA 4ANRA 164LA 1B7RA 1CNSA 5LVHA 3QE8A 219LA 1QIOA 1ZVYB 1G06A 1ZWNA 125LA 1OUJA 3C8RA 4J1AA 4XN6A 1CKCA 1HSWA 4WLXA 3CSRA 3FA0A 4QGZA 2RB1X 1GBWA 5LXWA 2BLXA 4DD1A 4C5FA 4LT3A 1GBZA 2C8PA 174LA 2B6ZA 1G7LC 1L15A 3C82A 1QSQA 1L99A 1GD6A 3RU5A 1QTVA 4ETBA 4I7TA 8LYZA 3M18B 3WUMA 1L0KA 3TMVA 5KXTA 2OTZX 3ODUA 4LYTA 1L24A 1L75A 1RFPA 140LA 5I53A 1L85A 3P68A 1IP2A 2B72A 1CJ8A 1ZV5L 5KKJA 3HDFA 1GB6A 1KXWA 2XBSA 1IY3A 1C66A 4GCFA 1I56A 5KXXA 1L14A 3HFMY 2Q0MX 2BLYA 108LA 168LA 1LZRA 5L3IA 3WPLA 1G0JA 4WO6A 1L49A 2YVBA 4WG7A 1QUSA 2HEFA 4I8SA 5F14A 165LA 3W6AA 3GUPA 2IGCA 1FBIX 2ANXA 1LI3A 1FLWA 1LYJA 3RUNA 2F32A 129LA 4K5YA 2FYCA 1L30A 3CDVA 1B7LA 4WO9A 1EQEA 2QARC 1HEPA 4Z98A 5KXYA 1QSAA 2BQLA 2ZWBA 1OUAA 3A34A 2G4QA 3WXTA 1YL1X 1LYHA 2CGIA 3K2RA 2RBPA 3HT9A 1D3FA 1K28A 3HTGA 1LSBA 5HMVA 5E9RA 148LE 107LA 1P64A 1IOCA 3FI5A 1QDRA 2Z37A 3DMZA 3LZTA 5KXSA 1W6ZA 2LHMA 1LZCA 1P5CA 3OE0A 4W55A 1MLCE 1G0PA 5FDJA 5F9XA 3WXUA 2B74A 4TSCA 1CV6A 4I7PA 211LA 1L62A 3CDQA 2G4NA 1L38A 2Z2FA 187LA 2XTHA 4DYGA 3B0KA 2DQJY 1RE2A 4WM1A 1G7HC 1KY1A 4LT0A 3TMUA 186LA 3B6LA 4I7MA 4LZMA 1PQJA 1IC5Y 259LA 2B6WA 4OO9A 1FLQA 1GBOA 2MEIA 1B5WA 1OUIA 4H8YA 1OUDA 3D4SA 5KXKA 195LA 1OQMA 1CV1A 3OE6A 1QTZA 1QTKA 1NHBA 3HDEA 4U3XB 4NSJA 3SBAA 1LZDA 233LA 3AZ4A 4PGJB 4OWEA 245LA 5T3FA 5HNLA 3LYZA 4PJZA 1J1OY 5JENB 1UIDA 2BQAA 3B0OA 1G1WA 1LMTA 1FN5A 4H91A 1DI4A 1KW5A 4RW2A 3W3EA 4XJFA 1B7SA 2DQHY 4OWCA 1SX7A 4YX7C 1JSEA 5APDA 5A3EA 2RB0X 4OWHA 1GB3A 188LA 4GRVA 1JTTL 5L3HA 1TLAA 3HT8A 1YIKA 1L84A 3D3DA 5F9UA 2Z38A 5LVKA 1CV5A 1L01A 1W08A 1B7NA 3AB6A 1B5XA 4KPMA 2BPUA 2F4GA 2XQOA 1WTNA 167LA 1L20A 1DXJA 4HJVA 1D3MA 1V7SA 225LA 4L41A 3HTBA 4J7VA 4W51A 4BAPA 5LYTA 1C08C 2DBTA 3TMWA 4LYZA 3C7ZA 1C6NA 1QUTA 1ZVHL 5LVIA 3W6CA 1L67A 3EMSA 2C8OA 2FYDA 3TXJA 4B49A 1KIQC 3HH4A 2H9KA 3W6BA 1PQOA 1REZA 5LINA 1H87A 3GUOA 151LA 1LJHA 1H6MA 3C7YA 5KJ9A 1L25A 5C6LA 4NGZA 2Z39A 1L19A 4GLVA 3WL2A 3B0IA 4NHIA 3HUQA 1SLYA 1C6BA 1LSNA 1L29A 1EPYA 4WLTA 1QT8A 2W1YA 1UIBA 1QT3A 1C61A 1G0MA 1LMCA 1CV3A 1L91A 1B7MA 1LI2A 238LA 2OU8A 2YBIA 1D0MA 2F2QA 2O7AA 4UWVA 254LA 1DI3A 4LYBA 4P2EA 1BHZA 5IDDA 1SSWA 251LA 156LA 1CV0A 6LZMA 4HSFA 3C8SA 4UWNA 138LA 4NGWA 2A7FA 5DN5A 4ML7A 1GB8A 118LA 1LYEA 1YAPA 1JQUA 2YSSC 3BKHA 109LA 3WH1A 1DKJA 3DN0A 3GXRA 1UIAA 1YQVY 1L33A 3G3VA 4NG1A 1QUHA 4BADA 1QTCA 4NGVA 4N9RA 5B1FA 1P3NA 4XJDA 4XJHA 1KY0A 1L27A 4XADA 1DZBX 147LA 3FADA 1DPXA 1HF4A 3G3BB 5K7OA 1JPOA 4FJRA 1JSFA 2BQMA 5KXRA 1LSMA 1LYOA 1KNIA 112LA 1OUFA 5E4PA 1L41A 1BB5A 1FKVA 5A3ZA 3TMXA 1GXV2 1B5UA 144LA 1G1VA 1C6MA 2MEEA 3HTDA 4WM4A 3RNXA 3HU9A 4G9SA 2N5ZA 1L95A 1L79A 1L16A 1D2WA 1HEWA 1BWIA 1IIZA 4HTQA 1C6LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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