131LA

Structures of randomly generated mutants of t4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYSIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of randomly generated mutants of T4 lysozyme show that protein stability can be enhanced by relaxation of strain and by improved hydrogen bonding via bound solvent.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 131lA00
3SBBC 196LA 176LA 1ZWNA 173LA 3DMZA 1G0PA 205LA 3DN4A 3GUJA 2ANVA 1QTZA 4I7KA 3PBLA 1D3FA 2OE4X 2RH1A 1LYIA 1T97A 1KY1A 1CX6A 1L75A 3F9LA 1L90A 1L06A 3HT8A 2B70A 3HUAA 1L01A 3G3WA 168LA 172LA 3HTDA 1L92A 1L32A 1LYDA 4ARJA 2HUKA 236LA 4GRVA 3LZMA 1L68A 1P2LA 118LA 1PQDA 1T8GA 2QB0B 3DMXA 171LA 1C68A 2RBRA 2RAYX 174LA 3OE8A 1QT6A 1L98A 3DN6A 4I7NA 3G3XA 4ARQB 210LA 3GUNA 1QTBA 180LA 4I7JA 161LA 1G0JA 182LA 2HULA 227LA 4ZPUA 1C63A 229LA 1L11A 4W57A 1L44A 115LA 1C6TA 1G1WA 3L2XA 1L49A 1P5CA 211LA 112LA 1K28A 129LA 4W58A 213LA 260LA 3HTBA 1L14A 4EJ4A 1G0QA 1PQJA 1L33A 2B6YA 4LDEA 166LA 1C6GA 1QUOA 190LA 1T8AA 199LA 1CX7A 1L00A 2IGCA 3UONA 2RBPA 241LA 1PQMA 244LA 1L65A 3C8SA 240LA 4I7QA 1CV3A 4I7LA 2B6WA 3HU8A 185LA 145LA 1SX2A 1C6AA 1G1VA 230LA 1L70A 1XJUA 1L16A 1LGWA 1C6QA 1KS3A 2NTGA 3HH5A 233LA 178LA 1L31A 2B6TA 3C8QA 2RB2X 1L29A 4LDOA 1L47A 253LA 3GULA 3CDVA 3DN2A 1DYBA 3HUKA 3HUQA 3C7ZA 197LA 239LA 3SB8A 1L62A 1OWYA 1L83A 1L91A 1CV6A 3NY8A 186LA 214LA 7LZMA 1L34A 1L74A 1LYGA 218LA 1CU6A 1LGUA 109LA 1QUDA 4YXAC 170LA 2B6XA 1DYFA 3DKEX 3GUPA 3HT7A 155LA 4AQNA 4W51A 4EKRA 3OE6A 1L23A 1L36A 220LA 4W59A 1SSYA 4E97A 3SB6A 1L20A 1G07A 1OWZA 1L26A 189LA 1OYUA 1LWKA 259LA 1PQKA 1QS5A 1L09A 1L66A 1C6DA 1L60A 4DJHA 3C80A 2LCBA 1CTWA 1D2WA 257LA 1L53A 1L43A 3QAKA 4I7TA 2QARC 3D4SA 219LA 1G0KA 1LLHA 3VW7A 1C64A 3FI5A 167LA 3HDFA 1L15A 3DMVA 3HT9A 2OE9X 1QS9A 1L48A 2RBSA 1LPYA 1CV0A 1G06A 1QUHA 3CDTA 4YXCA 125LA 3SB5A 232LA 1L56A 139LA 1L17A 3GUKA 224LA 200LA 2Q9DA 255LA 1OV5A 147LA 131LA 1L04A 2OU8A 1P3NA 209LA 2B73A 169LA 1CU5A 1CV4A 183LA 1T8FA 1P56A 1G0GA 1L81A 1C6HA 3OE9A 4ARMA 2Q9EA 157LA 1C6MA 1CV1A 3CDQA 3FADA 3NYAA 1L37A 1C6FA 258LA 247LA 3RUNA 1C6LA 225LA 3HH3A 122LA 3SB7A 1C6IA 4LDLA 1C67A 1JTNA 1L86A 2B74A 215LA 4K5YA 226LA 1LYEA 5I14A 1L73A 104LA 1L64A 160LA 1L35A 1LWGA 128LA 3CDRA 108LA 163LA 1L28A 4EKSA 1T6HA 1SX7A 1SSWA 3EMLA 3HDEA 1CU3A 222LA 3HH4A 251LA 235LA 1QT4A 4IAPA 4EKPA 1L08A 102LA 2L78A 1L58A 1C6EA 2RAZX 1L18A 1DYCA 1L12A 165LA 237LA 2RBQA 1JQUA 1KW5A 4PK0A 120LA 1L46A 256LA 103LA 184LA 192LA 1C69A 1D9WA 1L82A 1LYHA 217LA 2NTHA 2RBOA 138LA 2O79A 3DN3A 3V2YA 1C6JA 1QT7A 1DYDA 1C6KA 1B6IA 1L41A 2LZMA 3HTFA 1L40A 162LA 216LA 1C6NA 3HH6A 149LA 6LZMA 3C81A 3C8RA 254LA 2OU0X 249LA 1P64A 3C7YA 142LA 1L59A 1L39A 1L45A 2LC9A 3GUOA 4DKLA 1L52A 2F47A 1L63A 1L76A 2B75A 1EPYA 1L21A 4I7MA 146LA 1OV7A 3C7WA 3SB9A 156LA 1L89A 2Z6BA 1L57A 4EPFA 151LA 3SBAA 119LA 110LA 246LA 3L64A 1L87A 4EKQA 1D3NA 2B7XA 1QTDA 2F2QA 1OVKA 2HUMA 137LA 195LA 4YX7C 1D3MA 1L25A 4ARLA 1QT3A 3NY9A 1L54A 1C66A 144LA 107LA 3OE0A 4DAJA 1P36A 201LA 1LYFA 1TLAA 1PQOA 2OTYX 5LZMA 1DYGA 1C61A 1I6SA 1QTCA 1WTHA 234LA 2B6ZA 1P46A 158LA 188LA 1QT8A 3HT6A 175LA 152LA 1L55A 4W56A 2OEAX 1LGXA 1CVKA 1XEPA 1L79A 1C6PA 2OU9A 198LA 1QSQA 231LA 2ANXA 4I7SA 1OVHA 245LA 2B72A 1P37A 4ARQA 3HWLA 1SWYA 1L19A 150LA 1C6CA 1L71A 4OO9A 1L94A 1L38A 1QSBA 3JR6A 3PDSA 3V2WA 111LA 130LA 1KY0A 1ZYTA 206LA 248LA 1D2YA 1L85A 1KNIA 242LA 1QTVA 1G0LA 187LA 4W53A 1L27A 4GBRB 4ARMB 1LYJA 159LA 1C6BA 1L03A 1D3JA 1C65A 4EXMA 1XJTA 181LA 3C83A 1L88A 1PQIA 123LA 1L10A 1LI2A 2A4TA 3DN1A 1DYAA 228LA 4W55A 143LA 1CU2A 4I7PA 252LA 1DYEA 262LA 2CUUA 1L95A 4S0WA 1L99A 3HTGA 3G3VA 1L50A 1OVJA 1L30A 1QT5A 4W52A 1KW7A 1L77A 3C82A 1CUPA 1CUQA 1L84A 1L42A 1L93A 2RB0X 1L72A 2RBNA 3RZEA 4ARPA 1L22A 1SWZA 1L24A 1LI6A 4EPIA 1QTHA 3K2RA 3DN8A 2O7AA 4LZMA 127LA 1L96A 243LA 1QUGA 1L07A 1L02A 3CDOA 3SN6R 1C62A 1CV5A 1L0JA 3F8VA 1L67A 1G0MA 212LA 4I7OA 1ZURA 140LA 261LA 1NHBA 2OE7X 4W54A 3GUMA 1L61A 164LA 3HU9A 1L05A 126LA 113LA 238LA 1L51A 223LA 177LA 3ODUA 1L13A 2OTZX 2O4WA 1LW9A 2F32A 1P6YA 1CU0A 3DN0A 1P2RA 250LA 1JTMA 1C60A 2RB1X 141LA 3DNAA 221LA 1LI3A 1L69A 148LE 1P7SA 4I7RA 1L97A 3FA0A 1L80A 3GUIA 1L0KA 114LA 191LA 4PJZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DMZA 132LA 1G0PA 3DN4A 1LJFA 2ANVA 2D4KA 1YROA 2OE4X 1IWTA 1LYIA 1T97A 1KY1A 4CHXA 2PC2A 4IASA 1L06A 3W6AA 2BQGA 2BQJA 1L01A 168LA 1LZDA 1L92A 4I0CA 4H9FA 4PRUA 236LA 1HELA 3HBEX 118LA 5L3HA 1T8GA 1B7PA 1C68A 4WM5A 3OE8A 1IC5Y 5C6LA 1GE3A 4N0JA 3GUNA 5B05A 2YVBA 180LA 1G0JA 5HNCA 2HULA 1IX0A 227LA 1GEVA 4ZPUA 1C63A 1L11A 4H91A 1LSDA 1AZFA 1C6TA 1P5CA 1JTPL 1INUA 2A7FA 129LA 2YBIA 213LA 3WXUA 1F0WA 1OUGA 1L33A 1QUOA 4AXTA 4LT3A 199LA 1L00A 3P64A 1CNSA 4HJYA 4B4EA 3C8SA 1GBXA 4RLMA 2BLXA 2YDGA 4I7LA 1SX2A 1BB4A 2MEFA 4HTKA 3TXDA 1IP6A 4J1BA 1YANA 5A3EA 4RDSA 1VATA 3GULA 3DN2A 1YAOA 3HUQA 135LA 3C7ZA 197LA 4I8SA 2XBRA 1HNLA 1LHJA 4GLAA 1JUGA 3NY8A 1LZ4A 1IP4A 1BB7A 1XEIA 5LAGA 1LHHA 4YXAC 2YBJA 3HT7A 1B7QA 3EXDA 1SSYA 1L20A 207LA 4WM3A 2HEFA 3FE0A 4LT2A 1DI4A 1L26A 1KXXA 3T36A 1LWKA 1GEZA 1LSMA 5KXWA 1J1XY 3CT5A 1REMA 3BKHA 2I6ZA 3QAKA 1G0KA 2HEEA 3DMVA 3HT9A 2OE9X 3G3AB 2RBSA 1LPYA 2MEGA 1CV0A 1G06A 3CDTA 1YIKA 4H9HA 125LA 1WQOA 4LYOA 255LA 3AW7A 4HJVA 131LA 1L04A 3LYTA 5DM9A 4NGKA 1BVXA 2OU8A 1WVUA 2Z37A 1LCNA 4XJIA 4DDAA 4WL6A 1IR9A 3HBHA 3W6BA 4NWEA 2MEHA 5APDA 2BQMA 3B0IA 1GF9A 1LZ5A 5K7OA 3HH3A 4HPIA 1HFZA 3P68A 1C6IA 3SB7A 3A91A 1L86A 3WU8A 1OUJA 1FDLY 2CDSA 1DQJC 4KPMA 4LZTA 4H1PA 1L64A 4NGOA 1D0LA 163LA 1NDMC 4TTDA 4XYYA 1T6HA 1SX7A 1WQRA 5KXTA 3EMLA 2BQAA 1T6VL 3ZEKA 1D0MA 1LSYA 4D9ZA 4GN3A 1L58A 1C6EA 2G4PA 1DYCA 1L12A 2RBQA 4LYZA 4ETEA 1JQUA 1KW5A 4PK0A 3TXHA 256LA 192LA 2ZYPA 1CJ8A 4OW1A 1LYHA 4XJBA 2RBOA 3V2YA 1IOTA 1QT7A 1KXYA 1C6KA 5B59A 1L40A 1GHLA 5LVKA 2B5ZA 1C6NA 3C81A 254LA 2BQKA 1P64A 4TX7A 3WL2A 1L59A 1L39A 4CFPA 1GB8A 2F47A 1L76A 1JKAA 2Z39A 1L21A 5F9XA 3SB9A 2FYCA 4B4JA 1QQYA 1IORA 3AB6A 1QIOA 110LA 246LA 1NBYC 3L64A 3OK0A 137LA 1GE1A 195LA 3CQLA 1D3MA 1C45A 2D4JA 1P36A 1TLAA 4GCBA 1PQOA 1WTHA 1I6SA 2XBSA 5ILFA 4C5FA 4DD1A 2N5ZA 1LZ1A 152LA 154LA 4W56A 1KIQC 4A7DA 1YQVY 4NGIA 1IWYA 1GXXA 2BQFA 1CKGA 198LA 1A2YC 3OJPA 1LSPA 2HEAA 3TMUA 4ARQA 3K3TA 1LHIA 1C6CA 1LSFA 1L38A 4CJ2A 3V2WA 1KY0A 1L85A 1QTVA 3TMVA 2RSCA 4NSIA 4W53A 4BAFA 1L27A 2BQDA 1B7MA 4ARMB 4E3UA 1C6BA 3IWRA 1C65A 4EXMA 181LA 1L88A 1FLUA 1DXJA 3A93A 2AUBA 1LZBA 4N8ZA 4N1EI 1L99A 1IP7A 1L50A 1UC0A 2YBHA 1NMMA 3WW6A 1L93A 2RB0X 2BQOA 1GF5A 4N1CC 1IR7A 1A4VA 1C10A 4RLNA 1GFTA 3DN8A 1L96A 4ETDA 243LA 1QUGA 1OUCA 1L02A 1TAYA 4G9SA 4GN4A 3A67Y 1ZURA 4LT0A 261LA 1OQMA 3AGGG 4W54A 4DC4A 2D6BA 3WVYA 1F10A 1B5ZA 5HNLA 238LA 223LA 2MEBA 2BQIA 3WPLA 1LJHA 1P6YA 1P2RA 1JKCA 4GCFA 2RB1X 2H5ZA 1LI3A 148LE 4I7RA 4NHPA 1VDSA 1L0KA 1HEWA 4PJZA 3SBBC 176LA 4G4CA 4M6DA 173LA 4NHTA 4B49A 1NDGC 4WL7A 1D3FA 4OWCA 1JSFA 1QSAA 1L75A 3F9LA 1BB6A 1L90A 2B70A 4PRQA 4NGJA 1JHLA 4H94A 2G4QA 3W3EA 1IP5A 2Z19A 1EL1A 1L32A 3HBDA 4DYGA 2CWIA 4LGKA 2HUKA 2QB0B 1DI5A 2RAYX 1QT6A 3AW6A 133LA 4I7NA 1VAUA 210LA 1QTBA 1IIZA 2ZQ4A 5AMYA 1UIEA 1JKBA 4W57A 5FEKA 5KXRA 2Q0MX 4MCKA 4ETBA 1LSAA 211LA 112LA 3WPJA 1HEQA 1IOSA 2B6YA 1GFVA 4LDEA 3AZ4A 1FKVA 1HFYA 2DQHY 1C6GA 1GF4A 1YAPA 190LA 1CX7A 2RBPA 5B1FA 3N9EA 1FBIX 1GE2A 5F14A 1PQMA 4H9EA 1L65A 4NEBA 4R0FA 1LKSA 3AZ5A 4I7QA 4CFOA 5DN5A 3QY4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DMZ A;  132L A;  1G0P A;  3DN4 A;  1LJF A;  2ANV A;  2D4K A;  1YRO A;  2OE4 X;  1IWT A;  1LYI A;  1T97 A;  1KY1 A;  4CHX A;  2PC2 A;  4IAS A;  1L06 A;  3W6A A;  2BQG A;  2BQJ A;  1L01 A;  168L A;  1LZD A;  1L92 A;  4I0C A;  4H9F A;  4PRU A;  236L A;  1HEL A;  3HBE X;  118L A;  5L3H A;  1T8G A;  1B7P A;  1C68 A;  4WM5 A;  3OE8 A;  1IC5 Y;  5C6L A;  1GE3 A;  4N0J A;  3GUN A;  5B05 A;  2YVB A;  180L A;  1G0J A;  5HNC A;  2HUL A;  1IX0 A;  227L A;  1GEV A;  4ZPU A;  1C63 A;  1L11 A;  4H91 A;  1LSD A;  1AZF A;  1C6T A;  1P5C A;  1JTP L;  1INU A;  2A7F A;  129L A;  2YBI A;  213L A;  3WXU A;  1F0W A;  1OUG A;  1L33 A;  1QUO A;  4AXT A;  4LT3 A;  199L A;  1L00 A;  3P64 A;  1CNS A;  4HJY A;  4B4E A;  3C8S A;  1GBX A;  4RLM A;  2BLX A;  2YDG A;  4I7L A;  1SX2 A;  1BB4 A;  2MEF A;  4HTK A;  3TXD A;  1IP6 A;  4J1B A;  1YAN A;  5A3E A;  4RDS A;  1VAT A;  3GUL A;  3DN2 A;  1YAO A;  3HUQ A;  135L A;  3C7Z A;  197L A;  4I8S A;  2XBR A;  1HNL A;  1LHJ A;  4GLA A;  1JUG A;  3NY8 A;  1LZ4 A;  1IP4 A;  1BB7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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