139LA

Rapid crystallization of t4 lysozyme by intermolecular disulfide crosslinking
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFCQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDCVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rapid crystallization of T4 lysozyme by intermolecular disulfide cross-linking.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 139lA00
164LA 1L62A 2NTHA 3K2RA 1CU6A 1C6JA 1L75A 2HUKA 1L59A 262LA 159LA 254LA 3GUPA 168LA 2B6WA 1L27A 3G3VA 3OE8A 1L76A 1SSYA 3NYAA 1LLHA 1P36A 183LA 192LA 1L84A 3DN1A 3RUNA 1QUGA 1L47A 3HTBA 4YXAC 1L21A 196LA 1XJUA 2B6YA 129LA 3L64A 3L2XA 5LZMA 3SB7A 3SB9A 1G0KA 104LA 130LA 1QT6A 1QT7A 214LA 4I7KA 1CUPA 1JTMA 126LA 1CX7A 249LA 3DMVA 1B6IA 1QT4A 1LYHA 1LI2A 4YXCA 1L46A 1LI3A 1L0JA 1LYGA 1T8FA 177LA 110LA 3DN8A 1L53A 6LZMA 1LYEA 1L01A 1QTCA 1C6MA 1L17A 4W59A 1JQUA 2QARC 4W51A 3DMXA 1DYCA 1TLAA 260LA 2F2QA 1L50A 1QTHA 251LA 1PQOA 7LZMA 4I7OA 235LA 3OE0A 172LA 1L32A 2ANXA 115LA 236LA 3HH3A 1L86A 1C69A 1QT3A 222LA 1CU0A 112LA 3GUJA 244LA 1LYIA 1L23A 257LA 2B6ZA 247LA 1DYDA 1KS3A 1LGWA 1OV5A 1L94A 1OWZA 199LA 1L37A 4W52A 1CV1A 213LA 2OU9A 4I7NA 3SB8A 1LYFA 163LA 4DKLA 174LA 1L91A 1L74A 2CUUA 2OE4X 1L57A 1QSQA 4W55A 1T97A 1L34A 224LA 2RBOA 241LA 2ANVA 3SB5A 1CU5A 1K28A 137LA 123LA 3EMLA 4W58A 3DN6A 2RB1X 1SX2A 1C6AA 3HUQA 1QT5A 1KNIA 1L22A 230LA 4EKSA 1L93A 4ARQA 217LA 5I14A 1P56A 245LA 1L70A 2IGCA 1C67A 3F9LA 1L00A 1PQIA 150LA 1C65A 4EKRA 3C8SA 3HTFA 1L35A 1L26A 2RB2X 2B70A 261LA 1C6EA 2RAYX 3HU8A 4EKPA 4S0WA 1L04A 2NTGA 2LC9A 205LA 109LA 2RBSA 1C6KA 1L64A 1OVHA 4W56A 215LA 1OWYA 152LA 2B73A 1LWKA 1QUOA 197LA 1L20A 1QUHA 1ZURA 1L56A 1L97A 2Q9EA 219LA 248LA 1OVKA 4OO9A 3DN3A 218LA 149LA 142LA 1CX6A 3V2WA 2RBQA 255LA 120LA 151LA 1L80A 2L78A 2RB0X 4DJHA 2HUMA 1DYFA 4EKQA 4EJ4A 3GUIA 1L43A 102LA 1PQKA 144LA 3D4SA 195LA 1I6SA 198LA 4ARMA 1PQJA 4PK0A 3SN6R 122LA 2OTYX 3GUOA 3GULA 4YX7C 1SX7A 3G3XA 1T8AA 1ZWNA 1P6YA 237LA 1L45A 184LA 1QUDA 2HULA 3HUAA 1QS5A 1CV6A 141LA 147LA 2OE9X 2OE7X 4I7TA 108LA 231LA 4LDOA 4E97A 143LA 103LA 3DNAA 3FI5A 191LA 1L63A 4ZPUA 1L98A 125LA 2RBNA 3V2YA 3HU9A 1L0KA 1LYDA 209LA 140LA 3LZMA 1L38A 1DYGA 3CDOA 1P5CA 1L15A 1L83A 2O7AA 1C6QA 1QTBA 187LA 3C8QA 1L42A 1PQMA 3DKEX 157LA 226LA 128LA 239LA 3F8VA 2RH1A 4GRVA 1P3NA 1QT8A 234LA 1L02A 252LA 3PBLA 1P46A 4I7LA 1OYUA 145LA 188LA 2RBPA 1LW9A 1L60A 225LA 2B6XA 4LZMA 1L87A 1L06A 165LA 139LA 3SBBC 1L55A 146LA 1L51A 3CDVA 1C62A 3UONA 1L12A 2F32A 1CVKA 1SWZA 1C6IA 1G0QA 131LA 1C6HA 1L30A 1C60A 3GUKA 158LA 3OE6A 242LA 4ARPA 4EXMA 1L79A 233LA 1XJTA 2RBRA 3SB6A 1C6LA 1QTDA 1L07A 4LDLA 160LA 1G07A 1L67A 181LA 1D9WA 1L52A 1P37A 1WTHA 1C6CA 3C82A 1L05A 1L33A 1NHBA 227LA 2Q9DA 1L96A 3G3WA 1L41A 185LA 1L54A 3C80A 3RZEA 3GUMA 1L28A 4ARLA 1C6NA 4DAJA 1L25A 4PJZA 1C63A 1OV7A 1L16A 1DYEA 4IAPA 220LA 3HH6A 107LA 156LA 3HDEA 1L49A 1L11A 1L73A 246LA 1L13A 1L88A 1LGXA 1L18A 1SSWA 1D2WA 1KW5A 1L08A 162LA 3FA0A 1LYJA 1L89A 232LA 3PDSA 1G0JA 189LA 1C64A 2OU0X 182LA 228LA 1QTZA 1G0GA 2Z6BA 3HDFA 1P64A 170LA 1C61A 3HT9A 1L10A 3HH5A 1SWYA 1L71A 2OEAX 4ARQB 1L95A 4I7PA 3FADA 259LA 1L92A 4AQNA 210LA 1L72A 169LA 1C66A 1D3FA 1L85A 4ARJA 1L90A 216LA 1LWGA 4EPFA 1KW7A 1C6PA 1L82A 2LZMA 243LA 190LA 3CDQA 1OVJA 4I7RA 175LA 3HTGA 1CV3A 2RAZX 3OE9A 1L81A 256LA 2LCBA 1D2YA 1L31A 3C7WA 155LA 1L19A 1L69A 118LA 1L03A 1ZYTA 258LA 148LE 229LA 3HT8A 3HUKA 238LA 2QB0B 2OTZX 1CV5A 1L14A 3NY8A 3C83A 1QTVA 1KY0A 3QAKA 1CV0A 2B7XA 2O4WA 1L39A 114LA 4K5YA 1L58A 1L61A 1LPYA 2B6TA 3C7ZA 1G1WA 1L77A 1L48A 2B74A 3GUNA 1C6TA 1L29A 3DN0A 1L36A 3DN4A 4I7MA 211LA 1G1VA 4I7SA 1L24A 1L99A 2F47A 1QS9A 1JTNA 3C81A 1QSBA 3HTDA 1PQDA 1G06A 119LA 206LA 2B75A 240LA 1L66A 178LA 4ARMB 200LA 1C68A 1CU2A 1C6GA 1DYAA 223LA 127LA 1D3MA 161LA 4W57A 1T8GA 1D3JA 3SBAA 1CUQA 186LA 1DYBA 1D3NA 166LA 4W54A 3C7YA 1P2RA 3ODUA 138LA 3HWLA 4W53A 1G0PA 4I7JA 2B72A 1C6DA 3NY9A 1P2LA 4LDEA 1KY1A 3C8RA 3JR6A 1L09A 3HH4A 176LA 3CDTA 1L40A 1XEPA 201LA 3HT6A 2OU8A 1CTWA 173LA 1CV4A 2O79A 1G0LA 2A4TA 3VW7A 4EPIA 1L44A 113LA 167LA 1EPYA 3HT7A 253LA 250LA 1L68A 4I7QA 212LA 221LA 180LA 1C6FA 1LI6A 3DMZA 1P7SA 4GBRB 1T6HA 3CDRA 111LA 1L65A 1LGUA 1CU3A 1G0MA 3DN2A 171LA 1C6BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2MEIA 4OW1A 262LA 159LA 3GUPA 4HJVA 4NHQA 2BLXA 1P36A 1QUSA 3J4GA 4DD2A 1L84A 3A8ZA 4DQJA 4TX7A 4DC4A 2W1MA 1VATA 4GN5C 5FELA 2BQIA 1IWXA 2MECA 1EQ4A 249LA 3DMVA 1B6IA 1QT4A 1LJFA 1LI2A 4NFVA 5C6IA 1L0JA 1LYGA 2BQBA 4TWSA 3DN8A 2XBRA 1LYEA 1L01A 1YL1X 1QTCA 1C6MA 4W51A 1NKHA 3DMXA 4ETCA 1DYCA 1LHIA 1UIGA 1OUEA 4H90A 235LA 5LVIA 1L32A 2ANXA 4H9CA 5HMVA 1IWVA 3HH3A 4EMNA 1P2CC 3AZ4A 3GUJA 1L23A 1F6RA 257LA 5LINA 4OOOA 1GB6A 4HJYA 2ZIJA 1B5XA 4BAFA 6LYTA 1GE1A 1GFKA 1CKHA 2OU9A 3A6CY 4I7NA 4WG1A 5I4YA 1L91A 1L74A 2CUUA 2XJWA 1T97A 2Q0MX 2CGIA 1B7OA 1JTOL 2RBOA 2ANVA 4IJ4A 3RNXA 2D91A 1LSNA 1GBSA 3EMLA 4W58A 3D9AC 1LSZA 3GXRA 2RB1X 5KXLA 1IP5A 1GFVA 1L22A 3ULRA 4CJ2A 4B4JA 5KY1A 5I4WA 1CJ7A 3F9LA 1UIBA 1B5VA 1REXA 1YAOA 150LA 1GEVA 4EKRA 1L35A 2HEEA 4NHIA 2EQLA 5HNCA 1OUFA 2RAYX 3HU8A 4QGZA 3CT5A 4EKPA 4S0WA 2NTGA 109LA 1GFUA 1JITA 4W56A 1NBZC 1HFXA 1AM7A 1OWYA 152LA 4WLDA 4AGAA 1LWKA 5I53A 197LA 4WM1A 1L56A 3IWRA 2FYCA 4XJFA 4OOTA 1YIKA 1Z55A 1OVKA 2LHMA 1LZCA 1INUA 4OO9A 3HBDA 1WQRA 255LA 1LZ8A 1A4VA 2L78A 3W6EA 1VDTA 1YKZX 4HPEA 2HUMA 4EJ4A 3LZTA 1E8LA 144LA 1IC7Y 2H9JA 1XSFA 2W1LA 154LA 1WTNA 4PK0A 122LA 3GUOA 1UA6Y 3GULA 4YX7C 1SX7A 2X0AA 3G3XA 1ZWNA 1L45A 184LA 2ZNXY 1HNLA 1G7LC 1QS5A 1IORA 2BPUA 1IWUA 4CFOA 4E97A 143LA 103LA 1HMLA 4LFXA 4DDCA 1B7LA 4B0DA 2FBDA 1IP6A 1XEKA 1QTBA 1GB2A 4H9BA 3C8QA 1YAPA 1L42A 3AZ7A 4R0FA 1MLCE 1B7SA 4NGLA 1KXYA 1GB9A 234LA 1P46A 2N5ZA 5ILCA 1LW9A 4J7VA 225LA 1QSWA 2B6XA 4LZMA 2DQIY 139LA 3T36A 2F2NA 4DDAA 146LA 1L51A 1CVKA 3A95A 2MEEA 4I8SA 4C5FA 3RW8A 1L79A 2RBRA 1XJTA 1UIAA 1LSEA 1LZRA 3AJNA 1C6CA 1L33A 1NHBA 1JJ1A 185LA 5B1FA 1L25A 1YQVY 220LA 4G4HA 1F0WA 4HTNA 3T6UA 3TMUA 1L49A 4WLXA 1L13A 1LGXA 1REMA 1OUHA 162LA 1HEWA 3FA0A 1LYJA 1TBYA 1C64A 1QTEA 2Z6BA 1IOCA 170LA 1IWZA 3HT9A 2HEBA 4PJ2C 2OEAX 4XJBA 1LSYA 1IOTA 3EXDA 2PC2A 4NGIA 1HEQA 1XEIA 1L90A 3E3DA 1LWGA 1NWGA 2YVBA 1L82A 3IJUA 2C8PA 4HSFA 1LZTA 1BB6A 2LCBA 1KXWA 5DL9A 1LJKA 4GCCA 3MGWA 1EQEA 258LA 1B5ZA 148LE 2YDGA 5I5QA 5IDDA 1CV5A 3WU7A 1CV0A 1L39A 1IR9A 2B6TA 1L48A 2B74A 1BWIA 1REYA 1C6TA 4WL6A 5DN5A 208LA 2DKVA 3DN4A 1LZNA 1L24A 1QS9A 1JTNA 1QSBA 4WO6A 1PQDA 178LA 1IP7A 4D9ZA 3QNGA 3WW6A 1C68A 3AW7A 1B7MA 1DYAA 223LA 2Z12A 1IR8A 4OWCA 5F16A 161LA 1CUQA 1DYBA 4R6CA 1LMAA 3C7YA 3ODUA 138LA 4DD0A 3HWLA 1H87A 1G0PA 4DQ7A 2B72A 3NY9A 1LZYA 2FBBA 1KY1A 3JR6A 1XEPA 201LA 4NEBA 2OU8A 4WM4A 173LA 2A4TA 4EPIA 1L44A 113LA 4ML7A 1EPYA 4XJDA 3CB7A 250LA 1WQQA 1LI6A 1P7SA 4GBRB 1IWTA 1CU3A 1C6BA 5LA8A 1UIFA 1QUTA 1JKAA 3K2RA 1C6JA 1L75A 2Y8PA 2BQFA 2MEDA 4ZFPA 1B5WA 1D0KA 1LLHA 183LA 1XGQC 1JKDA 4NY5A 4J1AA 4NGJA 1L47A 2XTHA 4WOAA 3HTBA 5AMYA 3RU5A 4YXAC 1GDXA 196LA 1FLQA 2B6YA 129LA 3TMVA 3L64A 3L2XA 3TXFA 4GCBA 3SB9A 3LYZA 4N1CC 4NSGA 1NDMC 2AUBA 1UCOA 130LA 1CKFA 4I7KA 1GB8A 4O34A 1L46A 4LYTA 3W6BA 4E3UA 4W59A 1TEWA 1JQUA 3B6LA 1TLAA 1OP9B 2IFFY 1L50A 1QTHA 251LA 7LZMA 1LJJA 2RSCA 1LYZA 4Z3MA 172LA 1CJ6A 1QIOA 236LA 4GN4A 3BKHA 1QT3A 2F30A 1BGIA 3RT5X 1BWHA 1CU0A 4H9IA 244LA 1LYIA 1QDRA 247LA 1GDWA 5A3EA 1DYDA 3N9EA 1L94A 1OWZA 2DQHY 199LA 213LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2MEI A;  4OW1 A;  262L A;  159L A;  3GUP A;  4HJV A;  4NHQ A;  2BLX A;  1P36 A;  1QUS A;  3J4G A;  4DD2 A;  1L84 A;  3A8Z A;  4DQJ A;  4TX7 A;  4DC4 A;  2W1M A;  1VAT A;  4GN5 C;  5FEL A;  2BQI A;  1IWX A;  2MEC A;  1EQ4 A;  249L A;  3DMV A;  1B6I A;  1QT4 A;  1LJF A;  1LI2 A;  4NFV A;  5C6I A;  1L0J A;  1LYG A;  2BQB A;  4TWS A;  3DN8 A;  2XBR A;  1LYE A;  1L01 A;  1YL1 X;  1QTC A;  1C6M A;  4W51 A;  1NKH A;  3DMX A;  4ETC A;  1DYC A;  1LHI A;  1UIG A;  1OUE A;  4H90 A;  235L A;  5LVI A;  1L32 A;  2ANX A;  4H9C A;  5HMV A;  1IWV A;  3HH3 A;  4EMN A;  1P2C C;  3AZ4 A;  3GUJ A;  1L23 A;  1F6R A;  257L A;  5LIN A;  4OOO A;  1GB6 A;  4HJY A;  2ZIJ A;  1B5X A;  4BAF A;  6LYT A;  1GE1 A;  1GFK A;  1CKH A;  2OU9 A;  3A6C Y;  4I7N A;  4WG1 A;  5I4Y A;  1L91 A;  1L74 A;  2CUU A;  2XJW A;  1T97 A;  2Q0M X;  2CGI A;  1B7O A;  1JTO L;  2RBO A;  2ANV A;  4IJ4 A;  3RNX A;  2D91 A;  1LSN A;  1GBS A;  3EML A;  4W58 A;  3D9A C;  1LSZ A;  3GXR A;  2RB1 X;  5KXL A;  1IP5 A;  1GFV A;  1L22 A;  3ULR A;  4CJ2 A; 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