139LA

Rapid crystallization of t4 lysozyme by intermolecular disulfide crosslinking
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFCQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDCVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rapid crystallization of T4 lysozyme by intermolecular disulfide cross-linking.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 139lA00
1L55A 1QTCA 102LA 246LA 4GBRB 4ARPA 123LA 1QTHA 2RH1A 7LZMA 1L81A 1P46A 1L03A 137LA 232LA 4E97A 220LA 3DN4A 1LYJA 1P64A 4YXCA 1OWYA 1L91A 139LA 1CU3A 245LA 1L72A 151LA 4PK0A 183LA 2B6YA 1L83A 4I7QA 2OE7X 3GUNA 2QB0B 3C7WA 1L62A 4I7NA 1L76A 113LA 3GUJA 1EPYA 2Q9EA 1SSWA 1L12A 4EKQA 1G1WA 1C6KA 1CV6A 2OU0X 4I7KA 1CUPA 249LA 1L84A 4ARMA 3SBAA 236LA 1G0GA 4EXMA 4LDEA 1L26A 126LA 112LA 1C61A 1L86A 3OE8A 3DN8A 4ARQB 1JTMA 4W51A 1G07A 1L63A 150LA 2B6ZA 152LA 1L10A 115LA 1L34A 1QSBA 3HT9A 147LA 1LI3A 1QTVA 1C6JA 1T8AA 2LZMA 1QTBA 1C67A 3VW7A 1P2LA 4W53A 176LA 4EJ4A 1L70A 1L05A 1L01A 215LA 244LA 1QTZA 2NTGA 1L37A 1L59A 1KW5A 1L36A 4W55A 1D3NA 1C68A 216LA 3V2YA 1L19A 4K5YA 206LA 1CU5A 1C60A 1SWZA 1L87A 3CDVA 3SB5A 1L47A 1L51A 1C69A 237LA 146LA 1QT3A 201LA 1CV3A 1LYGA 163LA 140LA 4ARMB 191LA 3C80A 1OYUA 104LA 1DYEA 2OE9X 250LA 2OU9A 1ZWNA 1LGWA 3DNAA 1P2RA 1L20A 3C7ZA 178LA 1OVKA 3GUIA 4LDOA 1L57A 1G0LA 2RB0X 3HUQA 1OVHA 1L48A 3C82A 1LYDA 1L41A 3HWLA 1CTWA 1KW7A 3SB6A 3SB8A 1L31A 143LA 1G0QA 3RZEA 1L07A 229LA 141LA 1B6IA 1C63A 4EPIA 4W54A 4YXAC 1L75A 1P36A 158LA 180LA 1ZYTA 248LA 1C66A 3FADA 1L43A 1L54A 1L42A 1L88A 205LA 1C6FA 107LA 3LZMA 1D3JA 3OE0A 1ZURA 234LA 253LA 1L79A 2RBNA 2RBPA 1L53A 148LE 138LA 1L14A 1P56A 2OU8A 1CV1A 221LA 4I7LA 1L56A 131LA 3C7YA 161LA 3HT8A 1L95A 2Q9DA 1PQMA 239LA 127LA 213LA 1L71A 231LA 228LA 1PQOA 2CUUA 3HT7A 1C6TA 1QS5A 3OE9A 1L77A 2OTYX 109LA 3GUOA 4I7SA 1CU2A 129LA 1CUQA 240LA 1L99A 2RB2X 1P37A 4I7MA 1L29A 4I7JA 261LA 167LA 1QT7A 4LZMA 4W59A 1C6MA 1XJTA 1L98A 2RBQA 4ZPUA 186LA 1XJUA 1SX2A 4W56A 1L21A 1PQDA 218LA 3G3XA 2QARC 3EMLA 1QTDA 3DN3A 1L85A 4I7RA 1G0MA 149LA 3DN2A 1L38A 4EKPA 1L73A 1L82A 1PQKA 1SX7A 1G0KA 181LA 1CV0A 1L80A 225LA 2RB1X 3NY9A 2B6XA 3C81A 6LZMA 1OV7A 189LA 1QUOA 142LA 1DYCA 1LGUA 1L50A 262LA 235LA 1QT6A 1L44A 3GUMA 1PQIA 1CVKA 230LA 3SB7A 4ARLA 1C6EA 1L24A 1QT5A 1L17A 1L15A 118LA 157LA 188LA 1DYDA 2B72A 1L90A 1LPYA 2Z6BA 3SBBC 3HU8A 122LA 3RUNA 1CV5A 1C6QA 1L49A 1C6BA 2L78A 1L45A 3L2XA 1OWZA 1T8FA 3HH6A 1L09A 3HH5A 1PQJA 2RAZX 119LA 3GULA 159LA 1L61A 4GRVA 1L22A 3FI5A 165LA 3F9LA 4DAJA 1D3FA 1LWGA 2A4TA 3HDFA 3HTGA 4S0WA 1L94A 1G06A 4LDLA 1JQUA 1L27A 2HULA 219LA 1K28A 2F32A 1CX6A 1D2WA 199LA 192LA 224LA 227LA 2B6TA 1P7SA 1TLAA 2F47A 4EKSA 2ANVA 3QAKA 2RBRA 4I7PA 1C6NA 2O7AA 223LA 3GUPA 1C6GA 212LA 3HU9A 242LA 214LA 3HTDA 254LA 3DN1A 1LI2A 1LYFA 1C6HA 155LA 3HTBA 1C64A 1SSYA 1C6AA 3DN0A 3CDRA 190LA 1WTHA 1L18A 2LCBA 130LA 1DYAA 1LLHA 3GUKA 3HH4A 156LA 2RBOA 1P6YA 2OEAX 1L11A 1G1VA 4OO9A 2B70A 1D2YA 238LA 2B7XA 1L69A 3DN6A 3JR6A 1CX7A 4ARQA 1L39A 2HUMA 1C62A 1T6HA 1KNIA 1L00A 210LA 162LA 175LA 1SWYA 255LA 222LA 258LA 1QT4A 4I7TA 2NTHA 3CDOA 1P3NA 1L04A 1L02A 177LA 1P5CA 164LA 4EKRA 256LA 1L40A 1G0PA 2RBSA 4YX7C 103LA 1OV5A 257LA 2O79A 1D3MA 1L25A 3HT6A 1L74A 197LA 1NHBA 1QUDA 259LA 3SN6R 1L52A 2OTZX 3C83A 2ANXA 1L28A 260LA 217LA 1L67A 3G3WA 233LA 3C8QA 1L06A 1L92A 1CV4A 1L32A 170LA 1L64A 1L93A 226LA 111LA 200LA 209LA 3G3VA 3DKEX 120LA 2B74A 4W58A 1KY1A 1T8GA 1L16A 1L58A 3D4SA 4I7OA 168LA 5I14A 1L89A 2LC9A 3HH3A 1LWKA 4PJZA 1D9WA 171LA 3DMXA 166LA 160LA 5LZMA 1C6LA 3L64A 4W57A 2IGCA 1L68A 1T97A 1CU0A 1L35A 3DMVA 185LA 1L60A 2F2QA 1DYGA 3OE6A 1QUGA 3DMZA 1CU6A 1L13A 1C6PA 3PDSA 172LA 198LA 1LI6A 1LYHA 1L66A 2RAYX 3HTFA 128LA 2B6WA 4EPFA 4DKLA 1L30A 1L65A 3V2WA 144LA 4W52A 1OVJA 174LA 1L0JA 2B75A 247LA 1XEPA 1L96A 3FA0A 4DJHA 1C6IA 1QSQA 1G0JA 3ODUA 195LA 3UONA 1LYEA 252LA 1C6CA 187LA 3HUAA 3C8RA 114LA 1C6DA 1L23A 2OE4X 2O4WA 251LA 3SB9A 4IAPA 1DYFA 1C65A 1QS9A 1QUHA 108LA 241LA 3NYAA 182LA 1I6SA 1LYIA 3HDEA 3NY8A 1JTNA 145LA 184LA 243LA 1LW9A 1KY0A 169LA 173LA 2B73A 2HUKA 4ARJA 3PBLA 196LA 110LA 1DYBA 3CDQA 1L97A 1L0KA 1L08A 1KS3A 125LA 4AQNA 1L33A 3F8VA 3K2RA 3C8SA 1L46A 211LA 1LGXA 1QT8A 3CDTA 3HUKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QTCA 102LA 2XTHA 2MEDA 1YKYX 4LGKA 3DN4A 1LYJA 4DD3A 2MEFA 3W6FA 1L91A 5D5FA 1JKDA 1L72A 151LA 1L83A 4I7QA 4D9ZA 2DQEY 5KJ9A 4I7NA 5B59A 3GUJA 4YEMA 1LHMA 1LJFA 1EPYA 2Q9EA 1CV6A 1WVVA 5FEKA 1J1OY 249LA 1L84A 1WTNA 4HPIA 2F4GA 4WOAA 1HEMA 1GB9A 1IP7A 1LHIA 1L26A 1B7RA 4DD0A 1HSXA 1CNSA 1L63A 1L34A 1QSBA 1IP6A 1QTBA 2RSCA 1P2LA 176LA 5DN4A 4EJ4A 215LA 4WM3A 1HEPA 1QTZA 1L59A 1LZ4A 1LHJA 3W6CA 2MEAA 4H9IA 4H92A 1CU5A 2CJLA 3CDVA 2YSSC 1C69A 1QT3A 5KXYA 1CV3A 4TX7A 1LYGA 163LA 3CT5A 4I8SA 1OYUA 5T3FA 1B5XA 1ZWNA 1L20A 1MELL 2ZNWY 5I4XA 178LA 4LDOA 4J1BA 1LCNA 1NQIA 2F2NA 5LAGA 1LYDA 4R6CA 3WW6A 1WQMA 5A3ZA 1CKGA 2NWDX 4WG7A 3AZ7A 4EPIA 1LZ1A 2X0AA 2D91A 4NGWA 4YXAC 1L75A 3WU8A 1XGUC 1XGTC 3KAMA 1G7JC 1IY4A 1HMLA 1L54A 1L88A 3B6LA 4UWVA 5KXNA 1E8LA 1LZEA 1C6FA 4WG1A 4M4OA 253LA 2BLYA 1L79A 1L53A 2OU8A 131LA 4LYCA 2IFFY 1LMOA 239LA 2BAAA 3BKVA 127LA 4X3BA 1PQOA 3OE9A 1D0LA 1QS5A 4I7SA 1LZ6A 1L99A 1JTOL 2RB2X 4BAPA 3HFMY 3LYTA 4N8ZA 4Z41A 4I7JA 2ZYPA 4NFVA 2RBQA 1XJTA 1IR8A 4HJVA 1SX2A 4W56A 5LXWA 1L21A 2QARC 3W3EA 1G0MA 1RFPA 1L38A 3WU7A 1PQKA 1LTMA 3T36A 5KXMA 1JUGA 4DDCA 1LHKA 1IEEA 1DXJA 2HU1A 189LA 5KXZA 1QUOA 1C46A 1LGUA 1L50A 1KIPC 4WM4A 3OJPA 2Z37A 2HECA 3GUMA 1LSEA 1P2CC 2EKSC 4G49A 1LJ4A 1CVKA 1GF4A 230LA 4ARLA 1L17A 1L15A 1NF5A 1HC0A 3W6DA 1GB6A 1A4VA 2B72A 3N9AA 1AKIA 3SBBC 3HU8A 4ETEA 5HLLA 5APCA 2L78A 1L45A 1HEOA 5EBHA 1L09A 3HH5A 1WQOA 1PQJA 4LT3A 1L22A 2Z38A 5B05A 4DAJA 1D3FA 1GBWA 4CGEA 1LWGA 3HDFA 1L94A 1LMAA 219LA 1AZFA 1VATA 2FYCA 3LZTA 1CX6A 2LHMA 1ALCA 3TMWA 1J1PY 1GF7A 1TLAA 1FDLY 2RBRA 1C6NA 4RLNA 2MEHA 212LA 242LA 4LT2A 3HTDA 1LYFA 1LHHA 3G3AB 155LA 1HF4A 3HTBA 3DN0A 190LA 1XEJA 1YQVY 4ZEEA 1AT5A 4NEBA 5IELA 2DQAA 2OEAX 1JWRA 3SP3A 1LZ5A 1G1VA 1WQPA 2XQOA 1L69A 208LA 3CT1A 3DN6A 4ARQA 1GFAA 5IDDA 4HTKA 1BGIA 4WM5A 1HFYA 2EIZC 2CDSA 162LA 1GB8A 2Z18A 2NTHA 1P3NA 1L04A 1L02A 3B0IA 3WW5A 1GAZA 3CB7A 1G0PA 1BWIA 257LA 1LJGA 1D3MA 197LA 1UACY 2CGIA 1JITA 1D0MA 1L28A 260LA 1QQYA 1GF3A 1L67A 1YILA 4DD2A 3C8QA 1DKJA 4XJHA 1IY3A 226LA 1OP9B 111LA 3EO5A 3FI7A 1JHLA 120LA 1T8GA 1GB3A 4I7OA 168LA 1L89A 5APDA 2BQIA 3A90A 1B7QA 166LA 1C6LA 1B5YA 4IATA 1L60A 1GBOA 3OE6A 1QUGA 198LA 4XJGA 4H9AA 5HNCA 5KXPA 2DQGY 4B4IA 1B5UA 4QDNA 1L65A 3V2WA 1VDQA 4I0CA 1L0JA 5KXSA 247LA 1LYOA 1C6IA 2AUBA 3ODUA 1IVMA 5HQ1A 1CJ6A 3P65A 2OE4X 3W6AA 1LZBA 2O4WA 3TMUA 4IAPA 1IWWA 1B5VA 1TAYA 108LA 1QSAA 3CSQA 1REMA 4OWHA 5A3EA 1JKBA 1NHEA 3F6ZA 1HEWA 4NGIA 1GB0A 2BQBA 4XYYA 3ZVQA 1LYSA 1LW9A 1IWYA 169LA 173LA 2BQGA 3PBLA 1LZYA 4NSGA 1EQEA 3LYZA 1DYBA 1L97A 4GCDA 4HV1A 4GLVA 3K2RA 1G7IC 211LA 3CDTA 3AJNA 3M3UA 246LA 4GBRB 4ARPA 2HEAA 7LZMA 1C43A 3N9EA 5I54A 4L41A 137LA 4CFPA 232LA 4E97A 2Q0MX 1OWYA 183LA 1LSFA 2QB0B 3RW8A 5LVJA 5HMJA 5LYZA 4LT1A 4HSFA 5AMYA 3B72A 1REZA 4WO6A 4ARMA 1XFPL 2ZIKA 1XEKA 4GLAA 1JTMA 4W51A 4H90A 2ZQ3A 4B49A 1LSMA 1VDSA 1L37A 4W55A 2BQLA 1AM7A 1BB4A 1SWZA 1UIFA 1L87A 1L51A 1I20A 237LA 2B5ZA 1TEWA 133LA 2YBMA 1RE2A 4EOFA 1LYYA 2HU3A 104LA 3A34A 5KXLA 1CJ9A 2BLXA 4WM1A 1OVKA 2FYDA 2RB0X 2FBDA 1VDPA 1CKDA 3C82A 1KW7A 3SB8A 1L31A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QTC A;  102L A;  2XTH A;  2MED A;  1YKY X;  4LGK A;  3DN4 A;  1LYJ A;  4DD3 A;  2MEF A;  3W6F A;  1L91 A;  5D5F A;  1JKD A;  1L72 A;  151L A;  1L83 A;  4I7Q A;  4D9Z A;  2DQE Y;  5KJ9 A;  4I7N A;  5B59 A;  3GUJ A;  4YEM A;  1LHM A;  1LJF A;  1EPY A;  2Q9E A;  1CV6 A;  1WVV A;  5FEK A;  1J1O Y;  249L A;  1L84 A;  1WTN A;  4HPI A;  2F4G A;  4WOA A;  1HEM A;  1GB9 A;  1IP7 A;  1LHI A;  1L26 A;  1B7R A;  4DD0 A;  1HSX A;  1CNS A;  1L63 A;  1L34 A;  1QSB A;  1IP6 A;  1QTB A;  2RSC A;  1P2L A;  176L A;  5DN4 A;  4EJ4 A;  215L A;  4WM3 A;  1HEP A;  1QTZ A;  1L59 A;  1LZ4 A;  1LHJ A;  3W6C A;  2MEA A;  4H9I A;  4H92 A;  1CU5 A;  2CJL A;  3CDV A;  2YSS C;  1C69 A;  1QT3 A;  5KXY A;  1CV3 A;  4TX7 A;  1LYG A;  163L A;  3CT5 A;  4I8S A;  1OYU A;  5T3F A;  1B5X A;  1ZWN A;  1L20 A;  1MEL L;  2ZNW Y;  5I4X A;  178L A;  4LDO A;  4J1B A;  1LCN A;  1NQI A;  2F2N A;  5LAG A;  1LYD A;  4R6C A;  3WW6 A;  1WQM A;  5A3Z A;  1CKG A;  2NWD X;  4WG7 A;  3AZ7 A;  4EPI A;  1LZ1 A;  2X0A A;  2D91 A;  4NGW A;  4YXA C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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