140LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH6 (108-113)O1 (113-115)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 140lA00
3DN2A 252LA 177LA 1G07A 4ARJA 1D3MA 1L54A 2O7AA 3G3VA 3HT6A 1C66A 3DN0A 205LA 3HU9A 237LA 1T6HA 2B6WA 1QUDA 1L91A 1T8FA 1L59A 1QUHA 262LA 1CTWA 3DN6A 1P5CA 1L26A 1CV1A 4W53A 1QT4A 1C6HA 1T8AA 2RB1X 1L77A 211LA 213LA 1L53A 1L84A 232LA 1ZYTA 217LA 1LYGA 1L40A 1L03A 145LA 1L80A 1P3NA 1OVKA 2RB0X 1L96A 143LA 1LYJA 219LA 2OU0X 1L63A 4W52A 128LA 1L58A 1L97A 200LA 4PJZA 3OE6A 1D3FA 3SB5A 3DN4A 1OWYA 1C6KA 3HU8A 141LA 1CX6A 1L64A 182LA 4LZMA 3FA0A 166LA 1L11A 1G0LA 1L09A 3L2XA 227LA 1QTDA 1G0GA 1PQOA 4I7OA 1G1WA 1L08A 2B6XA 238LA 4I7NA 3HUAA 1LW9A 126LA 1P2RA 3RZEA 4OO9A 4EKSA 3K2RA 4LDEA 3DKEX 4GRVA 1CUQA 4ARLA 1L07A 1LGUA 1C6CA 4W56A 150LA 1L22A 2ANVA 4W57A 260LA 3HH6A 3NY8A 4S0WA 185LA 3NY9A 168LA 212LA 147LA 192LA 1L73A 1L83A 235LA 5LZMA 1PQKA 4DKLA 1C6JA 1CX7A 3DN1A 1SWZA 3GULA 123LA 3DMZA 1L12A 1L98A 1LYHA 1LYIA 102LA 2RH1A 2OEAX 2F47A 162LA 1QS9A 148LE 3SBBC 1G0KA 110LA 4LDLA 149LA 1L18A 4DJHA 3HDEA 1QT5A 1L20A 1D2WA 1L38A 2B75A 176LA 1C67A 1QS5A 1JQUA 3C7ZA 1L19A 140LA 1C6DA 138LA 1PQMA 3HTDA 129LA 4I7LA 174LA 156LA 3NYAA 2L78A 247LA 224LA 1XEPA 1QSBA 2HUKA 1C61A 1L67A 3JR6A 1LYEA 243LA 215LA 4ARPA 1KW5A 221LA 3HWLA 3GUNA 178LA 2RAZX 3LZMA 3HTBA 1L37A 1TLAA 4ARQA 4I7MA 1D3NA 3VW7A 1L79A 1LWGA 230LA 2LZMA 3G3WA 1CV0A 191LA 1KNIA 4EPIA 1L33A 2LCBA 1D9WA 2RBRA 1LWKA 139LA 1C62A 249LA 4EKPA 218LA 1DYCA 1L75A 216LA 1PQDA 2Q9EA 1T8GA 1L0KA 3C83A 1L47A 1G06A 250LA 3OE8A 3UONA 1LYFA 3HTFA 183LA 228LA 231LA 3CDRA 1QUGA 241LA 1L34A 1QTVA 1CUPA 167LA 1XJUA 245LA 3CDVA 1L43A 1OVHA 1B6IA 1JTMA 115LA 1LYDA 161LA 1KW7A 2NTGA 1L24A 3GUMA 1QUOA 3RUNA 1L99A 1L55A 155LA 1L35A 1LGXA 122LA 1L29A 114LA 3HDFA 4GBRB 1C6AA 3CDQA 1CV5A 1L21A 2RBNA 1L13A 3HT9A 1QTHA 2B6ZA 1L65A 171LA 1C6MA 1CU6A 2OTYX 2CUUA 2F2QA 3CDOA 3HUQA 1ZURA 199LA 1CU0A 118LA 2OU9A 198LA 131LA 1L16A 1C6QA 119LA 1QTBA 3HT8A 2RB2X 1C6IA 3F9LA 1L10A 1ZWNA 108LA 3C7YA 3DNAA 1LGWA 3HTGA 7LZMA 3SB7A 1XJTA 1KS3A 107LA 1L01A 1PQJA 4I7SA 1DYDA 4PK0A 1L61A 4ARQB 1L51A 1L48A 1C65A 3C81A 1L72A 2RBPA 1SWYA 3FADA 1CU2A 4IAPA 2HULA 3GUIA 112LA 4ZPUA 1G0JA 1CV4A 1L17A 1OV7A 1QTZA 255LA 258LA 3G3XA 1L89A 1L15A 1L85A 1P46A 3SB9A 169LA 1L93A 3PBLA 1L88A 2QB0B 5I14A 4AQNA 1L45A 1L82A 3HUKA 2IGCA 164LA 187LA 4E97A 1SSWA 1C6FA 3C82A 4I7KA 1L74A 4I7QA 1L94A 165LA 1L68A 1CV6A 214LA 4W59A 1LI2A 1C6BA 201LA 4ARMA 1WTHA 4K5YA 3GUPA 236LA 1QT3A 4YXAC 3OE9A 2OE9X 1D2YA 151LA 206LA 2RBOA 3SB6A 1QT6A 1P6YA 3C8SA 160LA 1KY1A 1L92A 1L02A 4I7RA 242LA 1D3JA 1L70A 125LA 1L36A 1L39A 111LA 1QTCA 2RAYX 2ANXA 1CVKA 1P7SA 259LA 127LA 2HUMA 3L64A 1C6LA 1JTNA 1DYAA 1L32A 229LA 4DAJA 142LA 4W54A 1SX7A 1C6EA 172LA 1L86A 1OYUA 1CV3A 1QT8A 1PQIA 1L25A 233LA 2RBQA 1L87A 3F8VA 3V2WA 3DMXA 1LI3A 1L69A 103LA 1K28A 3CDTA 3HT7A 2F32A 1L27A 1OVJA 109LA 1NHBA 2A4TA 223LA 3DN3A 1C6PA 225LA 6LZMA 157LA 180LA 256LA 159LA 253LA 2QARC 2O79A 4W55A 1G1VA 120LA 1OWZA 1L76A 137LA 195LA 2Z6BA 152LA 1DYFA 3SBAA 3C8RA 4EPFA 257LA 1SSYA 1L28A 186LA 170LA 1L30A 1C69A 2B74A 1T97A 3GUKA 2OE4X 1G0MA 1L23A 3EMLA 144LA 2LC9A 1L05A 210LA 248LA 4EKRA 1LPYA 4YX7C 113LA 197LA 1L90A 1SX2A 2RBSA 4ARMB 1L31A 1DYEA 181LA 1L41A 1EPYA 4I7JA 1C6GA 1CU3A 4EXMA 234LA 3DN8A 146LA 1L60A 1QT7A 1L52A 4LDOA 2OU8A 226LA 1L62A 1QSQA 2B6YA 196LA 4EKQA 3SN6R 1LLHA 1G0QA 1P56A 4W58A 1CU5A 1L57A 2OE7X 1L42A 1P37A 1LI6A 4I7TA 254LA 3OE0A 4W51A 2Q9DA 158LA 188LA 2B70A 1L49A 2B6TA 1C68A 1G0PA 3C8QA 244LA 1L66A 220LA 1P36A 3GUOA 3ODUA 3C7WA 2B7XA 1OV5A 2B73A 3FI5A 1L71A 4I7PA 3DMVA 3HH5A 3QAKA 1L95A 1DYBA 251LA 189LA 1L81A 246LA 1L46A 3C80A 3V2YA 4YXCA 2O4WA 240LA 1L14A 1L06A 209LA 175LA 190LA 4EJ4A 173LA 1C6TA 1P2LA 1P64A 1DYGA 1L04A 1C64A 1C63A 2OTZX 1L00A 3SB8A 3D4SA 1L44A 3HH4A 104LA 1L0JA 222LA 3PDSA 1L50A 239LA 1C60A 3HH3A 130LA 261LA 3GUJA 184LA 2NTHA 1I6SA 1KY0A 1L56A 2B72A 1C6NA 163LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
177LA 3G3VA 1GAYA 3WUAA 2D91A 2CWIA 1QSAA 2B6WA 1QUDA 1L91A 1L59A 1YIKA 1CTWA 5C6IA 1L26A 3AZ7A 1CV1A 1A2YC 3TXBA 2RB1X 4P2EA 1LZAA 213LA 1L53A 4NFVA 1INUA 4L41A 1LYGA 1L03A 1JKAA 1KIPC 1LZTA 1OVKA 4NHPA 219LA 1LHHA 1GBXA 4W52A 128LA 1L97A 1D3FA 1LYOA 1OWYA 4DWXA 3HU8A 4LYOA 2W1XA 182LA 3CB7A 4MR1A 1G0LA 1L09A 1GF5A 1QTDA 1G0GA 5ILCA 1OUIA 1G1WA 4HSFA 4I7NA 4NSGA 1GDXA 2DQCY 4HPIA 3A93A 1WQMA 1HFYA 3K2RA 4PPOA 3DKEX 1G7LC 1CKCA 3TMXA 4XJFA 3GXRA 1L22A 2ANVA 4W57A 1UCOA 2DBTA 185LA 4WM3A 2YDGA 1JKBA 1CX7A 1SWZA 3GULA 3DMZA 4DDAA 1LYHA 2XBRA 3AW6A 2OEAX 2Y8PA 2D4IA 4ETAA 4MCKA 1L38A 4IATA 2B75A 4YF2A 176LA 3C7ZA 5FHWA 1PQMA 4QEQA 1XGRC 2BQMA 1H6MA 1LZ9A 9LYZA 3A3RX 2HUKA 3MGWA 3RT5X 3TXHA 1IWVA 1LYEA 4LZTA 1LHMA 1OUEA 3LN2A 1LZRA 221LA 3HWLA 3GUNA 5D5FA 3LZMA 2ZQ3A 4OOTA 4ARQA 1L79A 2LZMA 3G3WA 1TAYA 4LFPA 1CV0A 1L33A 5D5CA 1JJ1A 2D4JA 1TCYA 1XGTC 3B0IA 1D0KA 5A3EA 1GB2A 218LA 4I8SA 1JKCA 3AZ5A 1T3PA 1GB6A 4PRQA 4LYMA 3A67Y 5KXTA 1G06A 2Z39A 1IWZA 3BKHA 228LA 4H94A 1SQ2L 241LA 2BQEA 4AXTA 5KY1A 1IP7A 3W6CA 1B5XA 245LA 1HERA 1JTMA 1LYSA 1B7NA 1LPIA 4WL6A 3RUNA 1L99A 5KXKA 1LJ4A 114LA 2GV0A 5DM9A 4GBRB 4DD1A 1L13A 3AW7A 3HT9A 2G4PA 1L65A 171LA 1C6MA 1CU6A 4DC4A 2CUUA 1ZURA 199LA 118LA 3D9AC 2OU9A 4ETDA 1JJ3A 1LZCA 1C6QA 119LA 3FE0A 3A6BY 1BHZA 4N9RA 2RB2X 3WL2A 3HTGA 5A3ZA 1D9UA 4HV1A 107LA 3SP3A 3WPLA 1PQJA 2N5ZA 5KXSA 4Z3MA 1C65A 2RSCA 1TEWA 1NDMC 4NY5A 4NGOA 4N1CC 3WPKA 5KKJA 3FADA 1GBWA 5HMVA 1FDLY 3AZ4A 5F14A 4RDSA 258LA 1NBZC 1GD6A 1KIRC 2QB0B 4AQNA 5KJ9A 1EQEA 1L45A 1L82A 4N8ZA 1B7RA 4YEOA 3WXUA 1GF7A 3HUKA 1VDQA 4II8A 1L68A 5I54A 3VWOA 214LA 1HHLA 3OK0A 1LI2A 2W1YA 4B49A 1GB7A 4ARMA 1LMCA 3QY4A 1GFVA 4G4BA 1XEIA 4B4JA 3D3DA 3W6DA 4YXAC 3P66A 1B0DA 2OE9X 1D2YA 5AMYA 1BWIA 134LA 3TXJA 1C46A 1L36A 2RAYX 1L39A 5I4WA 3L64A 1JTNA 3AJNA 2EKSC 1DYAA 1L32A 4XADA 229LA 4DAJA 1GHLA 4W54A 1C6EA 1B7LA 4IASA 1IWXA 4HJVA 1IIZA 1B9OA 1CV3A 2A7FA 1PQIA 1UIFA 4H9IA 1ZVYB 4EMNA 1CJ7A 4LFXA 3DMXA 4NGYA 5FSTA 1OVJA 1REMA 3DN3A 1C6PA 3EMSA 5LVKA 3WH1A 1JKDA 4QY9A 1GFJA 6LZMA 5M1YA 3WU9A 1KXXA 2QARC 1LZ6A 1REYA 1I20A 2Z6BA 1LZ1A 3SBAA 2H9KA 3C8RA 3IJVA 1SSYA 3AZ6A 186LA 1KXWA 1C69A 2B74A 1J1OY 1G0MA 2HEAA 1L23A 2HECA 4TSCA 1LPYA 1L90A 1L31A 2LYMA 1C6GA 2Q0MX 1CU3A 226LA 1L62A 1QSQA 4HTNA 196LA 4O34A 5KXNA 3A91A 1CKDA 1P56A 4W58A 1CU5A 1YL1X 1A4VA 1LI6A 5FELA 2LZ2A 4ET8A 207LA 2B70A 1G0PA 2EIZC 4XJGA 3GUOA 3ODUA 3C7WA 2B7XA 2B73A 3WW6A 3FI5A 4I7PA 4HV2A 4RW1A 3HH5A 1L95A 2DQDY 246LA 3C80A 3V2YA 1OUHA 1BB3A 1L14A 3QNGA 175LA 4EJ4A 1P2LA 1C63A 1HF4A 1LAAA 3SB8A 1YROA 1L44A 4B4EA 4NHTA 1L50A 2DQHY 1XEJA 3GUJA 2HEBA 5KXPA 1KY0A 1C6NA 2X0AA 4G9SA 1V7SA 3DN2A 3EO5A 1D3MA 1LYZA 1IVMA 3DN0A 205LA 3HU9A 1T6HA 1UIDA 1T8FA 1B7MA 1VAUA 1QUHA 3RZ4A 5KXOA 262LA 3HBEX 1P5CA 4WMGA 5T3FA 1HFZA 1LJJA 211LA 4LYBA 1ZYTA 6LYZA 4MSTA 1L80A 4X3BA 143LA 2OU0X 2LHMA 4WOAA 4BADA 1HELA 200LA 4DD3A 141LA 1XGUC 5L3IA 2EPEA 3A92A 4LZMA 3FA0A 3FI7A 166LA 2MEFA 1PQOA 4I7OA 2B6XA 238LA 4LYZA 1LTMA 3HFMY 3RZEA 4OO9A 4LDEA 4NHQA 5LXWA 1LZBA 5FCPA 1UIGA 1RFPA 4ARLA 4W56A 2XTHA 3LYZA 5F9UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 177L A;  3G3V A;  1GAY A;  3WUA A;  2D91 A;  2CWI A;  1QSA A;  2B6W A;  1QUD A;  1L91 A;  1L59 A;  1YIK A;  1CTW A;  5C6I A;  1L26 A;  3AZ7 A;  1CV1 A;  1A2Y C;  3TXB A;  2RB1 X;  4P2E A;  1LZA A;  213L A;  1L53 A;  4NFV A;  1INU A;  4L41 A;  1LYG A;  1L03 A;  1JKA A;  1KIP C;  1LZT A;  1OVK A;  4NHP A;  219L A;  1LHH A;  1GBX A;  4W52 A;  128L A;  1L97 A;  1D3F A;  1LYO A;  1OWY A;  4DWX A;  3HU8 A;  4LYO A;  2W1X A;  182L A;  3CB7 A;  4MR1 A;  1G0L A;  1L09 A;  1GF5 A;  1QTD A;  1G0G A;  5ILC A;  1OUI A;  1G1W A;  4HSF A;  4I7N A;  4NSG A;  1GDX A;  2DQC Y;  4HPI A;  3A93 A;  1WQM A;  1HFY A;  3K2R A;  4PPO A;  3DKE X;  1G7L C;  1CKC A;  3TMX A;  4XJF A;  3GXR A;  1L22 A;  2ANV A;  4W57 A;  1UCO A;  2DBT A;  185L A;  4WM3 A;  2YDG A;  1JKB A;  1CX7 A;  1SWZ A;  3GUL A;  3DMZ A;  4DDA A;  1LYH A;  2XBR A;  3AW6 A;  2OEA X;  2Y8P A;  2D4I A;  4ETA A;  4MCK A;  1L38 A;  4IAT A;  2B75 A;  4YF2 A;  176L A;  3C7Z A;  5FHW A;  1PQM A;  4QEQ A;  1XGR C;  2BQM A;  1H6M A;  1LZ9 A;  9LYZ A;  3A3R X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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