140LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 140lA00
3RUNA 246LA 3PBLA 1C62A 3OE8A 1OVJA 1L40A 5I14A 122LA 1DYGA 1L48A 1L58A 1C69A 3G3XA 205LA 126LA 1P46A 3DN1A 227LA 3F9LA 1DYDA 125LA 1SSWA 155LA 3DN6A 1L61A 1JTMA 174LA 1SX7A 4EPIA 3HTBA 1T8FA 2B6TA 1SX2A 1CV3A 3L2XA 1C6EA 1L18A 230LA 248LA 1D9WA 2O4WA 1L88A 3C80A 185LA 240LA 258LA 1C6LA 3HH5A 3C7YA 206LA 1LWGA 1WTHA 1QUHA 2QB0B 1DYFA 166LA 4YX7C 3V2YA 1OWYA 1L47A 3CDOA 3CDVA 1L10A 3NY8A 150LA 1L97A 1QTHA 1C6NA 3DN0A 1L74A 1PQIA 1B6IA 260LA 1L66A 2RBQA 1C67A 3GUOA 1L79A 4EPFA 219LA 3EMLA 1L41A 3HDFA 4I7SA 1LGUA 1T8AA 1L20A 1XJTA 4GBRB 2QARC 2Q9EA 3OE9A 4GRVA 1L03A 223LA 3DN3A 2B6ZA 1G0GA 1L81A 4LDEA 170LA 2NTHA 1L42A 1QT5A 111LA 1P3NA 3C82A 156LA 1CV6A 1KY0A 1LYEA 226LA 147LA 2B6WA 4YXAC 195LA 261LA 131LA 175LA 182LA 3C8SA 252LA 1L30A 1L69A 1L19A 1L87A 1P7SA 115LA 1L01A 1L57A 2F47A 3PDSA 1L06A 1LGXA 1OV7A 1C60A 2OEAX 1G0MA 1CV0A 3OE6A 1LYIA 2ANVA 4PJZA 229LA 1L90A 3K2RA 3SB9A 4PK0A 3HT9A 6LZMA 1CVKA 1LI6A 209LA 3HWLA 1L33A 1L08A 110LA 1L12A 3GUMA 1G1VA 1KY1A 1PQJA 107LA 244LA 164LA 2Q9DA 1L25A 103LA 1L60A 4I7TA 3DN4A 1L45A 108LA 141LA 1DYAA 3HT7A 1C68A 1L80A 1L14A 1ZWNA 4DAJA 1L63A 148LE 140LA 2ANXA 1L09A 169LA 1LYGA 1D2YA 1KS3A 3HU9A 1C65A 120LA 3C8RA 4LZMA 1OVHA 1L67A 3DKEX 4ZPUA 1KW5A 1D2WA 1L44A 1CU2A 172LA 199LA 1QUOA 3SBBC 1L36A 113LA 3SBAA 236LA 1L49A 2OU0X 1L07A 1C61A 3DMXA 1L16A 3SB6A 3GUNA 1L64A 3DMVA 3HUQA 183LA 1L55A 3NYAA 1OYUA 1C6HA 231LA 215LA 2OE7X 1L84A 1LI3A 1CU0A 1D3FA 1L28A 4EJ4A 1QUDA 137LA 142LA 1L70A 2RBNA 1JTNA 1LW9A 1G0QA 1L91A 130LA 1EPYA 196LA 1L32A 1CV1A 165LA 1QTCA 1L89A 1G0PA 254LA 128LA 1G06A 138LA 3FADA 109LA 180LA 1CUQA 191LA 1L26A 3OE0A 7LZMA 3GUIA 1XEPA 3NY9A 242LA 2CUUA 1L56A 224LA 4I7RA 1L29A 1C6BA 2RB0X 1L00A 1TLAA 1G1WA 2RAYX 222LA 1QSBA 218LA 186LA 1CTWA 144LA 3FA0A 190LA 221LA 1QTZA 1C66A 1L37A 249LA 4K5YA 1LWKA 1XJUA 1DYEA 255LA 1LGWA 4E97A 1LLHA 1SSYA 192LA 1KW7A 1OV5A 3UONA 4AQNA 1G0JA 2O7AA 1C6JA 1ZURA 2OU9A 2RAZX 3GUJA 1LYJA 1G0KA 200LA 4YXCA 197LA 157LA 1L46A 3L64A 1QUGA 4ARMB 234LA 1L53A 1L94A 1L04A 4W53A 1C6GA 3C8QA 173LA 4ARQB 1CV4A 188LA 3GUPA 1KNIA 253LA 167LA 1QT6A 1OWZA 1C6QA 1DYCA 1D3NA 177LA 211LA 1OVKA 4ARPA 2O79A 118LA 3HTDA 1PQKA 1L23A 1QTVA 3JR6A 1C6FA 3C7ZA 1L11A 3GULA 3CDQA 2B73A 2B6YA 1NHBA 4I7KA 149LA 1L51A 262LA 2OE4X 2A4TA 4I7OA 1P36A 123LA 176LA 189LA 3C7WA 1L99A 1L17A 1CUPA 161LA 4OO9A 4W54A 3C83A 3HT8A 228LA 1SWZA 232LA 168LA 2LC9A 1L39A 114LA 1L02A 235LA 1L86A 198LA 1T97A 250LA 160LA 2IGCA 213LA 1ZYTA 1LYFA 2B72A 3HH4A 1L92A 1L96A 1LYHA 4EKSA 2HUKA 1D3JA 4W56A 3HTFA 220LA 3SB7A 212LA 3GUKA 1JQUA 2RBRA 4I7QA 1LI2A 1C6IA 256LA 2RBSA 3HUAA 162LA 3SB8A 4W55A 4W52A 181LA 3G3VA 238LA 1QT3A 3HTGA 4W59A 1L0JA 1L27A 2OTYX 2F32A 1L0KA 3SN6R 243LA 2RB1X 1L13A 1QTBA 4I7MA 1P64A 1L54A 2B7XA 1C6TA 143LA 251LA 1L77A 2L78A 163LA 2LZMA 233LA 3V2WA 1QTDA 4ARLA 3ODUA 178LA 3VW7A 1CU3A 1L22A 152LA 1L43A 1LPYA 3FI5A 4I7LA 2RH1A 1L72A 3C81A 2B70A 214LA 1G0LA 1I6SA 1PQMA 3HDEA 1C6CA 1L75A 1P6YA 3F8VA 1T8GA 1QT4A 1QSQA 1LYDA 1L98A 3HU8A 1QS5A 171LA 1P37A 119LA 139LA 225LA 1C6MA 4ARMA 1DYBA 1P56A 1P2LA 4DKLA 159LA 1L38A 4ARQA 4EKPA 1P2RA 2RB2X 3DN8A 2RBPA 3G3WA 3RZEA 4LDOA 112LA 1QT7A 1C64A 1L82A 241LA 257LA 201LA 1G07A 1L05A 259LA 2OU8A 1CU5A 3CDRA 158LA 237LA 129LA 1L50A 1PQOA 1L62A 146LA 104LA 1L93A 2Z6BA 4I7NA 2F2QA 1C63A 3DN2A 4EXMA 1P5CA 2LCBA 4ARJA 4DJHA 247LA 245LA 1C6AA 1C6DA 239LA 1L76A 1K28A 1CX6A 1L31A 4I7JA 3HT6A 1L73A 1L15A 2HULA 2B75A 1L24A 3HH6A 2NTGA 1L68A 4IAPA 4W51A 1L21A 210LA 1QS9A 5LZMA 4EKQA 3CDTA 102LA 1CU6A 145LA 1L34A 2B6XA 1CX7A 216LA 3QAKA 4EKRA 2B74A 2RBOA 1QT8A 217LA 1L65A 184LA 2OE9X 3SB5A 1C6KA 1D3MA 1L85A 3D4SA 1C6PA 2HUMA 1L59A 4I7PA 4S0WA 3HUKA 4LDLA 3LZMA 2OTZX 1L95A 1L83A 3DNAA 1CV5A 151LA 1L35A 1L71A 1L52A 1SWYA 1T6HA 4W58A 3HH3A 3DMZA 187LA 1PQDA 4W57A 127LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FSTA 3PBLA 1GFVA 3OE8A 2YBIA 1GXV2 1L48A 1E8LA 126LA 1XGRC 3F9LA 2HEFA 1DYDA 4RLNA 2LYMA 4EPIA 3HTBA 2BQBA 2B6TA 1B7MA 1HENA 1I20A 5HMJA 4OWAA 1D9WA 1LSZA 1HC0A 1UA6Y 1TEWA 1C6LA 4ETAA 3C7YA 1VEDA 206LA 3AGIA 1WTHA 3W6EA 1LZSA 2QB0B 2XJWA 4HTNA 1B7PA 1REZA 3CDVA 1L97A 1G7HC 2C8OA 4XJIA 2RBQA 3W6AA 5ILFA 1INUA 4UWVA 4EPFA 5F14A 1BWHA 2BLXA 4I7SA 5LINA 223LA 1OUCA 1NKHA 1GF9A 1L42A 1QT5A 1UIDA 111LA 1XEJA 2A7DA 156LA 5HLLA 2B6WA 261LA 2EKSC 2BQAA 1V7SA 115LA 4RDSA 3PDSA 4G4HA 4GN4A 1CKCA 2HEAA 1CV0A 4Z46A 3BKHA 1GB8A 1JUGA 1LJJA 4PJZA 1OUEA 4NG8A 1L90A 1JTOL 5LYTA 1FKVA 3HT9A 5LVHA 1GF4A 1L08A 1OUAA 1G1VA 1HEOA 1UUZC 1IY4A 1IR7A 4RW1A 1L25A 108LA 3WW6A 1DYAA 2D6BA 3HT7A 5LVKA 5KXLA 4HJYA 2F4GA 1ZWNA 3TMVA 2W1LA 1L63A 4MSTA 4LYOA 3CQLA 1C65A 120LA 4LZMA 3CSRA 4L41A 3FI7A 3LZTA 4LZTA 1D2WA 172LA 5K7OA 4BS7A 1CJ8A 1EQ5A 199LA 4XJFA 1QUOA 1G7LC 2OU0X 4NSHA 1L07A 2I25L 3DMXA 1YILA 3ZEKA 1L64A 1LMCA 1ALCA 3NYAA 1OYUA 1C6HA 231LA 1WQNA 4H9IA 1L84A 4IASA 137LA 1B7RA 4YEMA 2ZWBA 4LT0A 1WQMA 5KXTA 1G0QA 5A3ZA 1EPYA 4R0FA 196LA 1LZAA 1GE0A 3IJVA 254LA 4OWEA 2Z37A 4RLMA 138LA 3OE0A 3WYHA 2LYZA 3B6LA 3NY9A 1F6RA 2EIZC 1TLAA 3RNXA 2MEGA 3AW7A 3WUMA 222LA 3A95A 4BAPA 1CKDA 190LA 1C08C 1D0KA 1CKGA 1L37A 4NSGA 4K5YA 1LWKA 2BQKA 4BADA 2CJLA 2XTHA 5C6IA 1SSYA 1BGIA 1WTNA 4AQNA 1G0JA 1C6JA 1ZURA 4UWNA 1LZ5A 2RAZX 1DXJA 1G0KA 4NWHA 200LA 2BQJA 5F16A 157LA 3L64A 4W53A 4NGZA 1CV4A 1KNIA 253LA 167LA 1QT6A 1D3NA 1V7TA 1LZ4A 211LA 4NHIA 4QGZA 4QEQA 1GBXA 1YROA 3ATOA 4GLVA 4N1EI 1D6QA 1C6FA 5KXMA 4B49A 1VDQA 1IP2A 2HU1A 1NDGC 4I7KA 1GHLA 149LA 2LZTA 4CFOA 4ETBA 1OUIA 123LA 3C7WA 2Z2FA 4ETEA 1JJ0A 3HT8A 3T36A 2LC9A 1L02A 5HQ1A 1RCMA 1AZFA 3TXGA 1ZYTA 1L96A 3A96A 4PPOA 3TMUA 5LIOA 4ZIXA 1D3JA 3EMSA 4ET8A 1ZV5L 220LA 2RBRA 3D9AC 1C6IA 4DQJA 162LA 3SB8A 3ATNA 3G3VA 2DQHY 1GB5A 1L27A 2BQDA 2DQCY 2RB1X 2B7XA 1C6TA 143LA 251LA 2L78A 2LZMA 1NWGA 3G3BB 3WPJA 1CU3A 1LHHA 1QTKA 4B0DA 1G0LA 1LJHA 1LJNA 1B0DA 4WOAA 1QS5A 171LA 3LYOA 1LSBA 1CJ7A 1IWTA 4ANRA 159LA 1L38A 1GFJA 5L9JA 1HEMA 4YM8A 1IO5A 2HECA 1IOQA 241LA 201LA 3J6KA 4NHQA 1CU5A 158LA 4EMNA 1L62A 2F2QA 1IP7A 3DN2A 4ARJA 4TWSA 1GPQC 4I7JA 3HT6A 3KAMA 3HH6A 2NTGA 2EPEA 4IAPA 4YEOA 5LZMA 3CDTA 1QSAA 5I4YA 1UBZA 1CX7A 4M4OA 4J1BA 4EKRA 1YKXX 2HEDA 4XJGA 4XJHA 1BHZA 1RJCB 2MECA 2HUMA 5DM9A 153LA 3HUKA 3LZMA 1GBWA 1HEWA 1B7NA 3LYZA 1L71A 5A3EA 3DMZA 4Z3MA 154LA 5M1YA 187LA 5F81A 3TXHA 3B0IA 4W57A 1H6MA 1LHLA 4XADA 5I14A 1UICA 1L58A 2Z38A 205LA 1GE2A 1IP5A 5DLAA 1GBZA 2DQEY 1QUTA 4DC4A 1LSPA 4WO6A 2LZ2A 1SSWA 4MR1A 2DKVA 3CT1A 1XSFA 5APDA 174LA 4DD2A 1GFUA 4DYGA 3P64A 4DD0A 1T8FA 1ZVYB 3L2XA 1XEIA 1YL0X 1LSFA 1LZBA 5FHWA 230LA 248LA 3EBAB 2O4WA 1L88A 3C80A 4NGYA 240LA 4NHPA 1GF6A 4M6DA 5KY1A 3WULA 1GAYA 1DYFA 166LA 4YX7C 1IOCA 1I56A 2FBDA 3NY8A 1L10A 1VDPA 1BB6A 4PGJB 4G49A 5F9UA 1B6IA 1L66A 3QNGA 3GXRA 1LJKA 3EMLA 1L41A 2IHLA 3HDFA 4ET9A 1L20A 1D6PA 2QARC 2Q9EA 5KXYA 3OE9A 1KIRC 1G0GA 4NGVA 1CV6A 1EQ4A 226LA 147LA 4YXAC 5FEKA 3OJPA 208LA 1G7JC 4GCFA 1LZ1A 5B59A 1AT6A 3C8SA 1JSEA 3P4ZA 2FYDA 4GCDA 1T3PA 1L06A 1C60A 1LYIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5FST A;  3PBL A;  1GFV A;  3OE8 A;  2YBI A;  1GXV 2;  1L48 A;  1E8L A;  126L A;  1XGR C;  3F9L A;  2HEF A;  1DYD A;  4RLN A;  2LYM A;  4EPI A;  3HTB A;  2BQB A;  2B6T A;  1B7M A;  1HEN A;  1I20 A;  5HMJ A;  4OWA A;  1D9W A;  1LSZ A;  1HC0 A;  1UA6 Y;  1TEW A;  1C6L A;  4ETA A;  3C7Y A;  1VED A;  206L A;  3AGI A;  1WTH A;  3W6E A;  1LZS A;  2QB0 B;  2XJW A;  4HTN A;  1B7P A;  1REZ A;  3CDV A;  1L97 A;  1G7H C;  2C8O A;  4XJI A;  2RBQ A;  3W6A A;  5ILF A;  1INU A;  4UWV A;  4EPF A;  5F14 A;  1BWH A;  2BLX A;  4I7S A;  5LIN A;  223L A;  1OUC A;  1NKH A;  1GF9 A;  1L42 A;  1QT5 A;  1UID A;  111L A;  1XEJ A;  2A7D A;  156L A;  5HLL A;  2B6W A;  261L A;  2EKS C;  2BQA A;  1V7S A;  115L A;  4RDS A;  3PDS A;  4G4H A;  4GN4 A;  1CKC A;  2HEA A;  1CV0 A;  4Z46 A;  3BKH A;  1GB8 A;  1JUG A;  1LJJ A;  4PJZ A;  1OUE A;  4NG8 A;  1L90 A;  1JTO L;  5LYT A;  1FKV A;  3HT9 A;  5LVH A;  1GF4 A;  1L08 A;  1OUA A;  1G1V A;  1HEO A;  1UUZ C;  1IY4 A;  1IR7 A;  4RW1 A;  1L25 A;  108L A;  3WW6 A;  1DYA A;  2D6B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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