140LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 140lA00
1L51A 1L26A 1L70A 1JQUA 3HT6A 4GRVA 1L76A 3HT9A 1L08A 3C8SA 1CV5A 2Q9EA 4EXMA 1L09A 1KNIA 108LA 1C6HA 123LA 240LA 230LA 1C6KA 242LA 192LA 1C6GA 1L06A 1C6FA 3FA0A 1L83A 186LA 178LA 1L64A 213LA 1LI2A 2HUMA 3GUKA 4YXCA 249LA 3PDSA 112LA 1P3NA 1LYGA 169LA 144LA 1LYDA 2OTZX 1C6JA 1XJUA 3DN3A 1T8AA 1C69A 2B6YA 1L38A 3HT8A 3SB9A 3RZEA 198LA 3V2YA 3OE8A 3L64A 1L39A 1CU3A 209LA 1L95A 161LA 1T6HA 4W54A 1CV3A 2Q9DA 1G0MA 1DYCA 2RBRA 4EKSA 4EJ4A 215LA 1XEPA 2B75A 3DN4A 261LA 1L81A 1L59A 122LA 1C6LA 1L15A 1L92A 2Z6BA 2L78A 2OE4X 4DAJA 1LWKA 236LA 1L53A 211LA 159LA 155LA 176LA 1L01A 1SSYA 2OEAX 1L28A 1L0KA 1TLAA 2RB1X 1QTZA 1XJTA 1L61A 210LA 231LA 3HDEA 1L14A 238LA 3HU9A 3SB5A 190LA 1C64A 3SBBC 5I14A 4LDEA 251LA 1L27A 3HUQA 1L48A 1L84A 3DN8A 1C6CA 1CV4A 1DYGA 1L67A 232LA 1L62A 1QT6A 7LZMA 4PJZA 1L23A 1QT7A 1L82A 170LA 2B73A 2IGCA 174LA 1L94A 1OWYA 115LA 1C6MA 3C83A 3SBAA 1WTHA 1L30A 220LA 1L71A 1QTCA 4EPFA 235LA 3HTBA 1CV6A 1C6TA 1L29A 1QTDA 143LA 168LA 2B6WA 1L99A 184LA 3GUNA 1L45A 2CUUA 4I7LA 1QS9A 1PQKA 4GBRB 1KS3A 1CU2A 3HTFA 141LA 3DN6A 2QARC 1L32A 3NY9A 1ZURA 181LA 1L35A 125LA 1QSBA 3GUIA 3F8VA 2RBOA 1PQJA 200LA 3D4SA 1D3MA 3SB8A 156LA 243LA 1L87A 2OU8A 1L24A 4ARMA 1D3JA 1P64A 1CU5A 4K5YA 129LA 260LA 1SSWA 4EKRA 259LA 1CX7A 1DYDA 110LA 1QTHA 3GUJA 3FI5A 248LA 4PK0A 224LA 1L63A 148LE 3CDVA 3QAKA 3G3VA 1L31A 1L20A 1L18A 2F32A 1C62A 1D3NA 1G0QA 3G3WA 4ARMB 1L54A 2F47A 4W52A 180LA 229LA 139LA 1D2WA 1LYHA 1L17A 1QS5A 2OU9A 2RH1A 140LA 3CDQA 256LA 1L96A 219LA 1L79A 4YX7C 2QB0B 4I7RA 113LA 1QSQA 102LA 164LA 1CU0A 1G0KA 246LA 3ODUA 3DN1A 1C6IA 157LA 3C7WA 3HUAA 1L42A 239LA 187LA 1L72A 1OV5A 3V2WA 1G1VA 2B74A 4I7SA 127LA 237LA 4W58A 1L03A 150LA 1G0LA 3F9LA 118LA 212LA 1D3FA 1L77A 1CUQA 1L98A 4S0WA 4I7TA 1L47A 188LA 1LLHA 1PQOA 228LA 1G0JA 3DKEX 109LA 257LA 1G06A 253LA 1CVKA 201LA 3RUNA 1G1WA 1SWYA 1L10A 4OO9A 262LA 1L46A 114LA 1NHBA 2B70A 3HH6A 1L88A 1QT4A 1OYUA 1L80A 1C63A 1L91A 1LYIA 2LC9A 1L57A 4I7PA 2O7AA 233LA 3C8RA 2OTYX 163LA 2F2QA 128LA 4I7KA 4ARLA 247LA 1L25A 1QUGA 1EPYA 137LA 1OWZA 2LZMA 1C6BA 1L21A 1G0PA 2RBQA 3HTDA 1CX6A 1L04A 1LGXA 4W59A 1T97A 3UONA 1KY1A 2NTGA 5LZMA 182LA 254LA 2ANXA 1L69A 3DN0A 1LI3A 3C81A 1PQDA 1L65A 1SX2A 1L22A 3K2RA 1L12A 1C67A 1P46A 1L02A 3HT7A 3HWLA 149LA 1P37A 1SX7A 199LA 1L44A 1OV7A 3HH5A 142LA 1L34A 146LA 3GUPA 3HH3A 4W53A 172LA 1PQMA 217LA 4DKLA 1L75A 2HUKA 131LA 1C6DA 1JTNA 2RAYX 4I7MA 1C6QA 1CTWA 4YXAC 258LA 4I7QA 151LA 103LA 1CV0A 1CV1A 2A4TA 1I6SA 1L74A 1L0JA 1P2RA 3DMVA 3HH4A 3HTGA 1LGUA 197LA 2NTHA 226LA 255LA 4LDOA 1OVHA 177LA 1LYFA 167LA 1T8FA 2LCBA 4ARJA 4EPIA 173LA 221LA 2RB2X 3C7YA 1JTMA 1PQIA 3OE9A 4DJHA 165LA 2B6TA 3SB6A 3FADA 4W55A 245LA 4I7NA 1SWZA 206LA 1C6EA 1C61A 1LYJA 1L90A 3GUMA 1C68A 4ARQA 1B6IA 3DN2A 3CDOA 3VW7A 1P7SA 1C6PA 3EMLA 4ZPUA 3JR6A 3DNAA 107LA 234LA 111LA 2RBSA 214LA 1QT8A 2B7XA 1LI6A 191LA 225LA 152LA 3C80A 4I7JA 3OE0A 216LA 1LGWA 1L33A 2RBNA 4I7OA 1L13A 1CUPA 1KW7A 166LA 2ANVA 1L86A 120LA 4LZMA 104LA 3CDTA 1LW9A 4ARQB 185LA 4ARPA 1G0GA 3C7ZA 1QUHA 1L97A 1L56A 175LA 4W51A 1LWGA 1DYAA 3OE6A 1T8GA 1CU6A 1L05A 1C6NA 1L60A 189LA 3C82A 223LA 2RBPA 2RAZX 4E97A 3SB7A 160LA 195LA 1L40A 1L50A 3GUOA 3HDFA 1D9WA 4W56A 244LA 1L66A 147LA 2B6ZA 1L41A 3HU8A 1L89A 1C66A 3NYAA 162LA 158LA 2O4WA 2OU0X 1L52A 1L49A 1C6AA 1OVKA 1P2LA 250LA 1L55A 171LA 196LA 2O79A 3LZMA 3GULA 1QTBA 2B6XA 1QUDA 1KW5A 1KY0A 1LYEA 1D2YA 138LA 1L73A 3DMXA 1L36A 205LA 252LA 3C8QA 1L37A 1DYEA 222LA 3PBLA 6LZMA 1C60A 4EKPA 1L11A 1P36A 1L85A 1QTVA 3SN6R 3G3XA 227LA 1ZWNA 1P5CA 119LA 1DYFA 2OE9X 1L93A 241LA 1L58A 1DYBA 1P56A 3NY8A 1OVJA 1QT3A 1L43A 3L2XA 1QUOA 4AQNA 126LA 2RB0X 3DMZA 1G07A 1L16A 1L07A 4W57A 4EKQA 2B72A 4LDLA 130LA 1L68A 3HUKA 1ZYTA 1L19A 1C65A 1QT5A 1L00A 2OE7X 3CDRA 1LPYA 4IAPA 218LA 1P6YA 2HULA 145LA 1K28A 183LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L51A 1L26A 1IR8A 4H92A 1JQUA 1L76A 3QNGA 3HT9A 1LYSA 4NHTA 2Q9EA 2D91A 4B0DA 1HEOA 4WG1A 242LA 2XBSA 4TSBA 3CT5A 3FE0A 4WM1A 4H9CA 3ATOA 4YOPA 1LMNA 1LI2A 4NGWA 249LA 1LYYA 1LYDA 4LFPA 4XYYA 1XJUA 1T8AA 2B6YA 3SB9A 3RZEA 3V2YA 3OE8A 5F14A 3L64A 1GFUA 4DDAA 1TDYA 4W54A 4NGOA 1JUGA 1B5WA 1TCYA 1ALCA 1XGTC 1JKAA 1RI8B 3A67Y 5KXYA 1NDGC 4XJFA 2Z6BA 1LWKA 236LA 1UUZC 4GN3A 1A4VA 2OEAX 5DL9A 1FLQA 1L28A 4RW1A 2D4IA 1BHZA 1TLAA 4DD0A 3BKVA 3SB5A 3HU9A 4GN5C 1C64A 4NHSA 4HSFA 1QUSA 1OUCA 2HEFA 1REXA 4N9RA 1C6CA 1CV4A 1DYGA 1CKDA 2XJWA 2DQDY 154LA 4DD3A 4Z98A 5F16A 1L82A 2HTXA 5EBHA 174LA 3A3RX 3T36A 4LFXA 1GBWA 1WTHA 4OOOA 1YAQA 5JENB 1L29A 2BPUA 4RLNA 4HTNA 4XJIA 4TSCA 1BB7A 4I7LA 1KS3A 4LT0A 2QARC 3NY9A 1FKVA 181LA 1HEPA 1CJ6A 3GUIA 4C5FA 1D6PA 1SQ2L 1L87A 1VDQA 1L24A 1LYZA 4NG8A 5F9XA 2Z18A 260LA 3TMXA 1IVMA 1UICA 2HEAA 1CX7A 1FBIX 3GUJA 3FI5A 248LA 1VEDA 1SLYA 2CGIA 4H8XA 2F32A 1LSNA 1LJKA 1G7JC 1H87A 1IP2A 1LZYA 5A3ZA 1G0QA 1JTTL 1UACY 1V7TA 3G3WA 1G7LC 1L17A 1KXYA 256LA 1AM7A 219LA 4YF2A 4LT3A 2QB0B 1LKRA 1LZ1A 1UIGA 4ET8A 246LA 3HUAA 1L42A 239LA 4B4EA 1L72A 1GF6A 5B1GA 1OV5A 1OUGA 1G0LA 3EO5A 118LA 212LA 2YBNA 1LCNA 1C46A 1D3FA 1GHLA 1L77A 4Z41A 1L98A 1IOCA 188LA 4H9HA 5KXZA 1G0JA 257LA 4NWEA 1YROA 4Z3MA 3RUNA 1G1WA 1SWYA 5LINA 4XN6A 1NHBA 1GB9A 1L88A 1JIYA 1QT4A 4WL6A 5KXXA 1OYUA 1C63A 2IHLA 4H8ZA 1UCOA 2LC9A 4I7PA 2ZNXY 3CT0A 2O7AA 4LYOA 5KXWA 1LZNA 1OUEA 2BQHA 3WPLA 4HV2A 3LZ2A 1IX0A 2IFFY 1QUGA 1OWZA 2LZMA 1C6BA 5HMVA 1T97A 1KY1A 1B7MA 2BQGA 1LSDA 1HMKA 2DKVA 3TXBA 3DN0A 3RW8A 1C08C 4H91A 1BWIA 1L65A 4OWEA 1LJGA 5D5CA 4ETDA 4P2EA 1IWVA 1SX7A 3HH5A 1OV7A 1IO5A 146LA 3GUPA 2H5ZA 1PQMA 1GBOA 1C6DA 2RAYX 3AB6A 1C6QA 1CTWA 4YXAC 4I7QA 4H8YA 2A4TA 4CFOA 3DMVA 3HH4A 2MEBA 1RJCB 1LGUA 1VFBC 2NTHA 1GFAA 4GN4A 4LDOA 4ML7A 1OVHA 177LA 1LZ8A 4ARJA 221LA 4LGKA 2B6TA 3FADA 4EOFA 2I26L 4H93A 1GE3A 1SWZA 4NSIA 2DQGY 1L90A 3B6LA 4OOTA 1B6IA 3CDOA 5LYZA 4YEMA 1P7SA 2YVBA 3JR6A 4LYCA 4DT3A 214LA 2B7XA 4NHIA 1IR7A 1LSCA 3A94A 152LA 4I7JA 4M4OA 1HSWA 4PJ2C 216LA 2RBNA 4I7OA 1L13A 2ANVA 1IC5Y 1I20A 104LA 1G0GA 5L3HA 3C7ZA 2HUBA 2LYOA 1L56A 1YKXX 4NEBA 5D5FA 175LA 1LWGA 1DYAA 1JKDA 1INUA 1GB2A 1T8GA 4CJ2A 3A3QA 1IOTA 1NBZC 1UIBA 1BB5A 5ILCA 3A96A 3C82A 1IWUA 2RAZX 3SB7A 3N9EA 4PRQA 1B0DA 3HDFA 1IEEA 1L89A 158LA 1HHLA 1L52A 1L49A 4AGAA 1C6AA 2GV0A 1GBSA 5FHWA 1LSZA 1KW5A 1XGQC 3DMXA 205LA 5I54A 4DQJA 1NKHA 222LA 2HECA 3B0IA 1B9OA 6LZMA 1LSMA 1ZWNA 1XEJA 1GEVA 1UIHA 2OE9X 2DQHY 1L93A 1L58A 1XEKA 1XSFA 1LMOA 1JKCA 1GFHA 1L07A 1QDTA 1VATA 4W57A 1LSAA 1VDTA 4ZFPA 3F6ZA 1C65A 1G7HC 1L00A 2OE7X 4IAPA 3ATNA 2HULA 2EIZC 1REYA 1K28A 183LA 4MSTA 2ZILA 2NWDX 4GRVA 1J1OY 2EKSC 3C8SA 1LZAA 2RSCA 1KNIA 1C6HA 123LA 1F6RA 4KXIA 3A93A 1WQNA 192LA 3K3TA 1C6GA 4ET9A 1L06A 1L83A 178LA 2G4NA 1HMLA 1L64A 213LA 1G7MC 1T6VL 2F4AA 2HUMA 1MLCE 4BAFA 1OUFA 1LYGA 4HJZA 4BADA 144LA 1LZTA 4H1PA 1C7PA 1FKQA 1AKIA 1D0LA 5IHGA 1C69A 3T6UA 1LSEA 3HT8A 1IOQA 198LA 1L95A 161LA 3N9AA 2Q9DA 2MEEA 1G0MA 1DYCA 1FLUA 1I56A 4EJ4A 215LA 3AGGG 3WU7A 122LA 1C6LA 2ZQ3A 2DQAA 159LA 155LA 1L01A 5J7CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L51 A;  1L26 A;  1IR8 A;  4H92 A;  1JQU A;  1L76 A;  3QNG A;  3HT9 A;  1LYS A;  4NHT A;  2Q9E A;  2D91 A;  4B0D A;  1HEO A;  4WG1 A;  242L A;  2XBS A;  4TSB A;  3CT5 A;  3FE0 A;  4WM1 A;  4H9C A;  3ATO A;  4YOP A;  1LMN A;  1LI2 A;  4NGW A;  249L A;  1LYY A;  1LYD A;  4LFP A;  4XYY A;  1XJU A;  1T8A A;  2B6Y A;  3SB9 A;  3RZE A;  3V2Y A;  3OE8 A;  5F14 A;  3L64 A;  1GFU A;  4DDA A;  1TDY A;  4W54 A;  4NGO A;  1JUG A;  1B5W A;  1TCY A;  1ALC A;  1XGT C;  1JKA A;  1RI8 B;  3A67 Y;  5KXY A;  1NDG C;  4XJF A;  2Z6B A;  1LWK A;  236L A;  1UUZ C;  4GN3 A;  1A4V A;  2OEA X;  5DL9 A;  1FLQ A;  1L28 A;  4RW1 A;  2D4I A;  1BHZ A;  1TLA A;  4DD0 A;  3BKV A;  3SB5 A;  3HU9 A;  4GN5 C;  1C64 A;  4NHS A;  4HSF A;  1QUS A;  1OUC A;  2HEF A;  1REX A;  4N9R A;  1C6C A;  1CV4 A;  1DYG A;  1CKD A;  2XJW A;  2DQD Y;  154L A;  4DD3 A;  4Z98 A;  5F16 A;  1L82 A;  2HTX A;  5EBH A;  174L A;  3A3R X;  3T36 A;  4LFX A;  1GBW A;  1WTH A;  4OOO A;  1YAQ A;  5JEN B;  1L29 A;  2BPU A;  4RLN A;  4HTN A;  4XJI A;  4TSC A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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