141LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEMAVNLAKSRWYNQTPNRAKRIITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 141lA00
1CTWA 3DN8A 1KS3A 3DMXA 4I7RA 1L43A 1L54A 1L18A 1L44A 234LA 1LI3A 3V2YA 1JTNA 1L10A 1LYIA 2NTHA 2HUKA 167LA 1C6CA 129LA 3CDOA 1L17A 188LA 1DYDA 1L01A 3GUMA 1L04A 262LA 1LW9A 125LA 145LA 3HUQA 168LA 122LA 1L20A 1LGWA 3SB5A 1L87A 2B70A 196LA 1L34A 1L90A 1P6YA 2OU8A 4W56A 1L22A 235LA 221LA 3HTFA 1JTMA 1L86A 2RH1A 1C6IA 1ZYTA 3DNAA 244LA 2ANVA 182LA 1L13A 1C6FA 252LA 1C6PA 1C67A 2OTZX 258LA 137LA 231LA 170LA 1C61A 2RBQA 2RB1X 240LA 104LA 1L95A 250LA 1D2YA 4YX7C 1L97A 1PQMA 237LA 218LA 3F8VA 155LA 3LZMA 3GULA 1L46A 4LDLA 1LPYA 2B6YA 3QAKA 1QTVA 1CU0A 1P2RA 230LA 1G1VA 1OYUA 1LI6A 3FI5A 3HU8A 4K5YA 1C6JA 4I7NA 150LA 1P36A 169LA 256LA 1L02A 123LA 2CUUA 3NY8A 1SX2A 3NYAA 130LA 1L03A 1LYHA 3F9LA 3GUJA 3HH5A 1L76A 1QTDA 3GUIA 2LC9A 1L91A 4I7PA 1L84A 1SX7A 1C62A 190LA 148LE 3HTGA 1L71A 1OWYA 3OE6A 219LA 239LA 215LA 1L37A 1KW7A 1L05A 1L63A 1L92A 1G0QA 2Q9EA 1L56A 3DN6A 1L42A 1L80A 1PQJA 1CUQA 2B7XA 2OE7X 3C80A 140LA 112LA 3HT9A 1C6DA 2NTGA 1CX7A 1L33A 4EKQA 241LA 3DN3A 138LA 197LA 1LWGA 1C60A 1CV6A 1LGUA 4ARMA 1PQIA 1OV7A 3HUKA 1QUHA 3C82A 1C6EA 1XEPA 1C66A 4ARLA 3CDRA 3HT7A 3G3WA 4E97A 2RBSA 1C6MA 1L29A 1L65A 1B6IA 1CV1A 1L58A 212LA 225LA 1L52A 1OVHA 206LA 172LA 3HDEA 1T8AA 1OVKA 164LA 2HULA 1C6AA 176LA 3HWLA 115LA 2B6WA 4EKSA 1LWKA 1L47A 3DN4A 1LYGA 1QUOA 1K28A 157LA 4EJ4A 184LA 1D9WA 2RBOA 201LA 249LA 211LA 4I7JA 257LA 2LZMA 3NY9A 199LA 4W58A 151LA 1L74A 3SBAA 1QS5A 3PBLA 1G0MA 1I6SA 1L68A 3DN1A 4PJZA 4DAJA 4EKPA 1G0LA 1L79A 144LA 4W52A 2IGCA 2B6ZA 2RAZX 1P56A 251LA 3PDSA 1SSYA 175LA 4S0WA 1LGXA 238LA 227LA 3FA0A 4GRVA 189LA 3UONA 4EKRA 1QSBA 1L48A 1P37A 2QB0B 177LA 4LZMA 111LA 1PQKA 4YXAC 1L88A 149LA 198LA 4DKLA 191LA 1D3JA 3GUKA 1KY1A 3SN6R 3DKEX 1L16A 1L96A 5LZMA 4ARQA 1L83A 1L64A 1C69A 1QTZA 113LA 1CVKA 3HDFA 1C63A 3HUAA 1G0JA 1D2WA 1LLHA 1L99A 3HH4A 3GUNA 103LA 2RAYX 3C8SA 4ARPA 1C6NA 4I7MA 162LA 1L94A 245LA 1P2LA 6LZMA 1QT3A 1C6TA 1ZURA 1G0GA 1OWZA 1L93A 1C64A 1L32A 2O4WA 163LA 1L0KA 1LYEA 3FADA 2B75A 1L60A 243LA 160LA 1OVJA 7LZMA 1P64A 1L66A 223LA 3G3XA 119LA 152LA 3GUPA 1P46A 1CU6A 1SWYA 1JQUA 1ZWNA 128LA 3SB9A 1DYFA 1L53A 1L36A 4YXCA 1C68A 3CDTA 1SWZA 1L23A 4W59A 4LDOA 1L61A 1C6KA 3DMVA 1QT6A 205LA 242LA 1QUDA 2RB2X 2OE9X 213LA 259LA 2F2QA 1CX6A 1L67A 1LI2A 178LA 1L85A 3HH6A 2B74A 1L98A 1L51A 224LA 1L21A 1P3NA 4LDEA 2OU9A 3GUOA 1L49A 2B72A 3ODUA 181LA 4EPIA 1TLAA 141LA 3C7YA 126LA 3CDQA 254LA 1CU5A 1L08A 3HT8A 1CV3A 1WTHA 1C6BA 3C7ZA 3VW7A 2RBNA 1QT8A 200LA 1L55A 5I14A 159LA 1NHBA 1L24A 1L07A 3L64A 1C6LA 1LYDA 1PQDA 1L59A 156LA 1C6QA 1T8GA 1L69A 4I7OA 1QTCA 4W55A 102LA 2B6TA 214LA 1L38A 3SB7A 161LA 165LA 1PQOA 1D3MA 1L15A 3V2WA 1L09A 109LA 248LA 1L25A 226LA 1D3FA 3SBBC 1L06A 2B73A 1G0KA 1L27A 2RBRA 1CV4A 186LA 4EPFA 2L78A 1L14A 1QTBA 1G06A 4W57A 1XJUA 233LA 185LA 1L50A 1QTHA 2RBPA 195LA 222LA 3DMZA 232LA 2HUMA 3C81A 192LA 1C6HA 3C83A 236LA 1L41A 1CV0A 1L45A 2F47A 158LA 1DYBA 3C8QA 3RUNA 1P7SA 2B6XA 1L57A 1P5CA 3HTDA 4ARMB 1DYEA 1L77A 173LA 120LA 127LA 4W53A 1SSWA 253LA 108LA 1KW5A 4I7TA 1XJTA 2O79A 4I7QA 1QUGA 4I7SA 3SB6A 114LA 3HTBA 1L30A 1L73A 2Z6BA 4DJHA 166LA 131LA 2RB0X 110LA 171LA 4IAPA 3SB8A 1D3NA 4AQNA 1EPYA 1CUPA 1L89A 210LA 3C7WA 180LA 1DYGA 1DYAA 1CV5A 4ARJA 1T8FA 2F32A 1L35A 3CDVA 1LYFA 216LA 3HH3A 255LA 1G1WA 3OE8A 4PK0A 1QT4A 1L12A 107LA 3L2XA 1L81A 3G3VA 1L00A 143LA 2OE4X 2OEAX 4I7KA 1QSQA 4OO9A 1L40A 3HT6A 220LA 1LYJA 246LA 1KNIA 1OV5A 217LA 1L28A 1CU2A 1C65A 187LA 1L0JA 174LA 1L72A 1G07A 1KY0A 1DYCA 1L62A 229LA 3HU9A 1L11A 2OTYX 1QT7A 3OE9A 1L31A 3DN0A 3JR6A 4W51A 142LA 1L39A 4I7LA 1L70A 146LA 2O7AA 2OU0X 1L26A 3C8RA 1CU3A 1T97A 2A4TA 1G0PA 228LA 209LA 1L19A 4GBRB 139LA 118LA 1L82A 1L75A 261LA 1T6HA 3K2RA 4ARQB 4EXMA 3EMLA 2Q9DA 2QARC 4W54A 3OE0A 4ZPUA 2ANXA 1QS9A 3RZEA 183LA 3DN2A 147LA 247LA 2LCBA 3D4SA 1QT5A 1C6GA 260LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DN8A 1QTKA 3DMXA 3OK0A 3A94A 1GB3A 1L18A 1UUZC 234LA 1GFGA 3A8ZA 1JSEA 4GCDA 4KPMA 4PGJB 1GBZA 1LYIA 2NTHA 4EOFA 1LZBA 1VDSA 3CDOA 1L17A 1ZVHL 1L01A 4GN4A 5B59A 3HUQA 1UIEA 1GE3A 1VATA 1GFKA 1LGWA 1GB0A 2LZ2A 1CJ8A 2B70A 1GBOA 1L90A 1P6YA 1LMAA 1LJIA 7LYZA 4Z98A 3WU7A 3LYZA 1WTMA 1L86A 1IWTA 182LA 1IP3A 3T6UA 1C67A 2OTZX 1G7JC 170LA 2RBQA 4OOTA 1LMOA 1L95A 4YX7C 1L97A 4B0DA 1PQMA 237LA 1QTEA 4LYBA 155LA 1L46A 1IWUA 1C43A 2F30A 4FJRA 1REYA 2B6YA 3QAKA 5KXMA 1CU0A 1P2RA 2BQFA 1G1VA 3HU8A 3E3DA 1DKJA 3FI5A 1OUFA 1C6JA 1UC0A 2F4GA 1L02A 3NYAA 1LJ4A 1L03A 4XJBA 3AJNA 1RFPA 4M6DA 3HH5A 1CKHA 1L76A 2VB1A 4HTNA 1LCNA 1NWGA 2A7FA 1L91A 2Z18A 4TSCA 1SX7A 1E8LA 2LZTA 148LE 1QUSA 1G7IC 5APFA 5KY1A 1L71A 2BPUA 3OE6A 219LA 1B5VA 1L37A 2FBBA 1G0QA 1IOTA 1PS5A 1KIQC 3DN6A 4QGZA 2F2NA 2HEEA 3B0IA 3AGHA 1LHKA 5FEKA 1BVKC 1C6DA 4EKQA 241LA 1LWGA 1C60A 3G3AB 4CFPA 2F4AA 1QUHA 2AUBA 3B0KA 3BKVA 5F81A 2RBSA 1L29A 1L58A 1GBXA 2Z2FA 1L52A 1GF6A 206LA 1RE2A 3HWLA 4OWCA 2B6WA 4CFOA 4H9HA 184LA 5KXYA 3HBEX 201LA 211LA 2N5ZA 257LA 2Y8PA 3SP3A 1FLWA 4TWSA 1L74A 4G4HA 5FHWA 1LSGA 1I6SA 1L68A 1GDWA 4EKPA 1L79A 4N9RA 5KKJA 2HEBA 3PDSA 227LA 1OUDA 1FLUA 2MEEA 4WG7A 177LA 4YXAC 4DKLA 4NHTA 1JWRA 1L16A 1KIPC 1GWDA 4WLXA 2DQDY 1NDGC 2LHMA 4ARQA 1C69A 1B9OA 1FLYA 1G0JA 4C3WA 3P64A 1XGUC 3J6KA 2EKSC 3C8SA 1GB6A 1C6NA 1J1OY 4HJVA 162LA 1INUA 1L94A 4H1PA 1C6TA 1B5YA 3A91A 4NGVA 4L41A 4WG1A 5HNCA 4HP0A 2G4NA 1HEWA 4WL6A 1LMNA 1LYEA 2EQLA 2B75A 1YKZX 4IATA 2DQEY 3TXJA 3WPJA 3WU9A 223LA 3G3XA 1JQUA 1DYFA 3TXGA 1IP4A 1C68A 1CKFA 4R0FA 3DMVA 3WUAA 205LA 2RB2X 1OUHA 3A3RX 8LYZA 1JKCA 259LA 4II8A 6LYTA 178LA 1L85A 3HH6A 2W1XA 2OU9A 3A90A 181LA 3TMVA 1B2KA 1O23A 1ALCA 4C5FA 2BQJA 1D0MA 4OWEA 1LYOA 4WOAA 4N5RA 4ZEEA 4DQ5A 1TEWA 3C7ZA 200LA 1L55A 1LSDA 1NHBA 2YVBA 1JSFA 5KXTA 1RCMA 1L69A 4I7OA 1HFYA 4W55A 3CSRA 2HEAA 2BLYA 2LYZA 3EBAB 1L15A 1CKCA 1IP6A 2MEDA 109LA 1H6MA 248LA 2YDGA 4N1CC 1LJFA 226LA 2ZQ4A 3SBBC 1G0KA 3B72A 1L27A 1CV4A 4EPFA 2L78A 1VDQA 1A2YC 2A7DA 3TXFA 2HUBA 1HERA 1QTHA 195LA 1C6HA 3C83A 236LA 1L45A 3C8QA 1L57A 4N1EI 5LINA 1P5CA 1JHLA 2Z38A 1IWYA 127LA 1BB6A 4B1AA 1LYYA 1IC7Y 4I7TA 1WVVA 1XJTA 2BQMA 3HTBA 4G4BA 2Z6BA 4P2EA 1IX0A 166LA 1VAUA 1YILA 2RB0X 4NWHA 171LA 4PHIA 1EPYA 210LA 4B4IA 1DYGA 3AGIA 1CV5A 1T8FA 4U3XB 1L35A 1WVUA 5KJ9A 3D3DA 1BB3A 1J1PY 4I7KA 3CT1A 1QSQA 1L40A 4GCBA 1KXWA 220LA 5II3A 1DI3A 1GF0A 1QUTA 2BQHA 1LSFA 187LA 174LA 1G07A 1L62A 3HU9A 4HV2A 1RI8B 1LOZA 4J1AA 3JR6A 3W6AA 1CU3A 1T97A 1G0PA 1LZTA 4GBRB 5KXLA 139LA 1L75A 261LA 4ARQB 4EXMA 2FBDA 3AGGG 1QS9A 247LA 4G4CA 1UCOA 2MEFA 2MEIA 2HUMA 1C6GA 260LA 1JKBA 4OO9A 1BB4A 1DXJA 1EQ4A 3HBHA 1LZNA 4I7RA 1L43A 1L54A 1LI3A 1JUGA 1F0WA 5J7CA 4AGAA 1TAYA 3TMUA 2HUKA 4DD7A 4UWNA 5C6LA 167LA 129LA 2YBMA 1GFEA 1L04A 125LA 145LA 5JENB 122LA 4NIJA 3SB5A 1L87A 2MECA 1BWHA 1IO5A 2BQLA 4W56A 1L22A 235LA 2CDSA 4GCEA 221LA 1GB2A 1IOSA 1LSYA 1HMLA 2RH1A 1GF9A 1C6IA 3EO5A 1L13A 252LA 1C6PA 1LMPA 2YBNA 208LA 2RB1X 240LA 4DT3A 104LA 1C10A 1D2YA 1GF5A 218LA 3F8VA 3GULA 3CSQA 4LDLA 4DD1A 4H9IA 230LA 1OYUA 4NGYA 1HEOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DN8 A;  1QTK A;  3DMX A;  3OK0 A;  3A94 A;  1GB3 A;  1L18 A;  1UUZ C;  234L A;  1GFG A;  3A8Z A;  1JSE A;  4GCD A;  4KPM A;  4PGJ B;  1GBZ A;  1LYI A;  2NTH A;  4EOF A;  1LZB A;  1VDS A;  3CDO A;  1L17 A;  1ZVH L;  1L01 A;  4GN4 A;  5B59 A;  3HUQ A;  1UIE A;  1GE3 A;  1VAT A;  1GFK A;  1LGW A;  1GB0 A;  2LZ2 A;  1CJ8 A;  2B70 A;  1GBO A;  1L90 A;  1P6Y A;  1LMA A;  1LJI A;  7LYZ A;  4Z98 A;  3WU7 A;  3LYZ A;  1WTM A;  1L86 A;  1IWT A;  182L A;  1IP3 A;  3T6U A;  1C67 A;  2OTZ X;  1G7J C;  170L A;  2RBQ A;  4OOT A;  1LMO A;  1L95 A;  4YX7 C;  1L97 A;  4B0D A;  1PQM A;  237L A;  1QTE A;  4LYB A;  155L A;  1L46 A;  1IWU A;  1C43 A;  2F30 A;  4FJR A;  1REY A;  2B6Y A;  3QAK A;  5KXM A;  1CU0 A;  1P2R A;  2BQF A;  1G1V A;  3HU8 A;  3E3D A;  1DKJ A;  3FI5 A;  1OUF A;  1C6J A;  1UC0 A;  2F4G A;  1L02 A;  3NYA A;  1LJ4 A;  1L03 A;  4XJB A;  3AJN A;  1RFP A;  4M6D A;  3HH5 A;  1CKH A;  1L76 A;  2VB1 A;  4HTN A;  1LCN A;  1NWG A;  2A7F A;  1L91 A;  2Z18 A;  4TSC A;  1SX7 A;  1E8L A;  2LZT A;  148L E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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