143LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEVAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 143lA00
141LA 3SB7A 1L0KA 3DMXA 1P56A 175LA 3DN3A 3GUIA 1SX7A 3HT9A 1C6EA 4K5YA 2B6ZA 1CVKA 180LA 127LA 4I7JA 1L67A 3G3VA 2CUUA 1LI6A 3L64A 4YXCA 1L26A 1L54A 2OTYX 1L72A 3HU8A 1D9WA 231LA 241LA 3SB5A 1CV1A 1L19A 4EKSA 1L83A 3G3XA 1L76A 1L06A 1L04A 2OU8A 3EMLA 1KY1A 195LA 1XEPA 128LA 129LA 1CU3A 1L21A 184LA 160LA 1C69A 1B6IA 1PQMA 4PK0A 2OE7X 1L17A 1DYAA 1QTBA 3SB8A 151LA 237LA 189LA 1L62A 1LYDA 1C6GA 225LA 3NY9A 3PBLA 1L44A 3CDTA 4GRVA 3F8VA 1PQIA 4W54A 3SBAA 1T8FA 4YXAC 167LA 1L89A 1NHBA 3PDSA 3NYAA 1CU5A 1L37A 3VW7A 170LA 1L24A 2RBOA 1LPYA 1I6SA 253LA 211LA 4I7RA 168LA 185LA 238LA 1L25A 1L84A 4PJZA 1L69A 230LA 1L96A 1G0QA 1P36A 3K2RA 191LA 1SSYA 1SX2A 1SWYA 162LA 1D3JA 1CV3A 4S0WA 3FA0A 1D3NA 1C6JA 240LA 1D2WA 1T97A 157LA 2ANXA 156LA 1C60A 219LA 4EKRA 1L87A 2B75A 3DN2A 125LA 4I7SA 4OO9A 166LA 1L97A 3F9LA 196LA 1QT8A 200LA 2B70A 1L94A 4W53A 1OWZA 1L48A 1C6KA 1CUPA 3HTGA 1C6HA 259LA 1JTMA 173LA 4W59A 1L46A 1P64A 4I7KA 2F32A 1C6LA 4W58A 3V2WA 3HWLA 1QUGA 1L45A 1QT7A 1L32A 1G07A 261LA 4LDLA 1L11A 209LA 245LA 1L73A 1L13A 114LA 214LA 143LA 1P7SA 1L51A 1L90A 2LZMA 3GUNA 4ZPUA 1C63A 172LA 1LI2A 1L71A 1QT3A 1L59A 1WTHA 4EKQA 4EJ4A 115LA 2LC9A 1JQUA 1L63A 2OE4X 244LA 1L29A 255LA 4DJHA 1L09A 1G0GA 2HUKA 217LA 1L36A 3JR6A 1L02A 1ZWNA 2B6XA 1C6DA 242LA 2L78A 4AQNA 206LA 246LA 120LA 1C66A 1L61A 1QTVA 131LA 3DN4A 3NY8A 150LA 2RB1X 232LA 188LA 2RBRA 3OE9A 4LDEA 1DYDA 1L57A 1T8AA 1CUQA 109LA 3C7WA 229LA 2RB0X 1L82A 1LYHA 1C6QA 1G0JA 198LA 1LGUA 2B6TA 1LLHA 4ARMA 147LA 1QTHA 1L81A 2B73A 1C62A 223LA 1T6HA 4DAJA 1C6BA 1TLAA 1QTDA 1OVJA 2B6YA 3HTDA 1C6PA 1L70A 1G1WA 1L66A 1L53A 4GBRB 1C61A 1C65A 4EPFA 252LA 228LA 2OEAX 4LDOA 1LYEA 4ARLA 1L60A 2OTZX 4ARMB 1L80A 164LA 3G3WA 1L68A 3L2XA 113LA 183LA 1L75A 3GUPA 2Z6BA 2IGCA 3OE6A 4I7QA 213LA 1C64A 1LWGA 1P2RA 1L39A 3HH4A 1LYFA 1L00A 4W56A 1K28A 122LA 1PQJA 126LA 148LE 1L86A 1L08A 1L33A 222LA 2A4TA 1D3FA 205LA 187LA 1P3NA 4EPIA 254LA 1L05A 250LA 1D2YA 181LA 1L52A 235LA 3D4SA 3DMZA 4ARQA 3HU9A 233LA 1L07A 171LA 2Q9DA 3FI5A 130LA 2O79A 1OYUA 3HUQA 1L23A 1L55A 4I7TA 2RAYX 1L40A 3HH6A 3RUNA 4EXMA 197LA 1LYIA 2RBNA 1OVHA 2OU9A 2B74A 3HUAA 3C8SA 1C68A 123LA 1P5CA 155LA 3HT8A 1QS9A 1L56A 2B7XA 1L14A 1L18A 163LA 1L98A 247LA 3C80A 1DYCA 1QSQA 4EKPA 3SB6A 2Q9EA 1LYGA 102LA 139LA 1XJUA 3HUKA 1QT5A 4ARQB 1PQKA 258LA 3HDEA 146LA 5LZMA 2B72A 2O7AA 1QTZA 176LA 1JTNA 1C6CA 3DNAA 4W57A 236LA 144LA 1G0LA 4W51A 1C6AA 220LA 108LA 1P2LA 190LA 2F47A 224LA 4ARPA 4LZMA 3CDOA 1OV5A 3FADA 118LA 4IAPA 1L64A 1L95A 1QT4A 1D3MA 262LA 1KNIA 1OWYA 2RB2X 1G0PA 234LA 215LA 1L0JA 1QUHA 1CV5A 3HH3A 1C67A 3ODUA 1L22A 182LA 1C6MA 1L85A 3HTFA 111LA 1P46A 161LA 1L38A 221LA 1KS3A 4W55A 1PQDA 3GULA 2OE9X 1L58A 158LA 1L20A 1QS5A 216LA 186LA 4I7LA 137LA 227LA 251LA 1G1VA 3HT7A 4I7OA 248LA 3RZEA 5I14A 3GUJA 2QARC 2NTHA 119LA 110LA 2RAZX 3GUOA 107LA 1L10A 1P37A 3SB9A 3DMVA 1KY0A 4YX7C 3C8QA 7LZMA 249LA 1C6NA 3LZMA 4ARJA 1CU2A 256LA 1L16A 1L42A 178LA 1L47A 2O4WA 3DKEX 199LA 2LCBA 1CV6A 2RH1A 140LA 1CX7A 1T8GA 1LWKA 2RBPA 2B6WA 3SN6R 1ZURA 174LA 3C7YA 2RBQA 3CDRA 2RBSA 1L03A 3DN6A 1C6FA 149LA 1CV4A 4W52A 1L65A 1XJTA 1G06A 3V2YA 104LA 4I7PA 4I7MA 159LA 3HT6A 1DYGA 1L79A 142LA 212LA 4I7NA 1DYBA 3OE8A 210LA 4E97A 1ZYTA 2HULA 1LW9A 2QB0B 1CTWA 1L35A 257LA 3GUKA 177LA 218LA 1L01A 1C6TA 1L92A 1L41A 1P6YA 1CU0A 3HH5A 1QTCA 226LA 3CDVA 1LI3A 3CDQA 1SWZA 1OVKA 1L74A 3HTBA 3QAKA 4DKLA 1L28A 2NTGA 1LYJA 1L88A 138LA 112LA 1L99A 1LGXA 239LA 3DN1A 169LA 3GUMA 1L15A 3UONA 3OE0A 145LA 1QT6A 1L43A 1PQOA 1KW7A 1L50A 1CX6A 3C7ZA 6LZMA 1CU6A 3SBBC 2OU0X 1CV0A 165LA 1C6IA 1G0KA 1QSBA 1DYEA 1L12A 1QUOA 2F2QA 3DN8A 3C83A 1L49A 1DYFA 1L27A 1L93A 1L30A 2HUMA 1QUDA 103LA 3C82A 3C81A 1OV7A 152LA 1LGWA 1L77A 1L91A 192LA 260LA 3C8RA 1L31A 3HDFA 1G0MA 2ANVA 1SSWA 1EPYA 1KW5A 201LA 243LA 1L34A 3DN0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1XEKA 1GAZA 4ETEA 1P56A 3GUIA 2XJWA 4PJ2C 1LCNA 180LA 5HNLA 4I7JA 3G3VA 1UIAA 1LI6A 3W6AA 1GAYA 1L72A 1B7OA 241LA 1QTEA 4EKSA 1L83A 4TX7A 3A6BY 3G3XA 1L06A 1CJ9A 1KY1A 3WH1A 1EL1A 128LA 4B4JA 2F30A 1GFRA 160LA 1B6IA 3A96A 1JSEA 2I25L 3SB8A 237LA 1LYDA 3NY9A 2LZ2A 4GRVA 4I0CA 1FKVA 4DT3A 1L89A 3CT1A 1NHBA 3NYAA 4MCKA 4KXIA 5FDJA 3WVYA 5LYTA 3P64A 1LSFA 4I7RA 238LA 1L25A 1LMOA 1L69A 230LA 3K2RA 4AXTA 1LZNA 4NWEA 1LZ5A 1IY3A 5KXLA 5AMYA 4YENA 4WO9A 1D2WA 1JKCA 1IORA 1LMTA 5DM9A 3A3RX 1L87A 2NWDX 2A7FA 1EQEA 200LA 3TXEA 1BHZA 3WXUA 4LYCA 173LA 1CKDA 2F32A 4W58A 3V2WA 2YSSC 1BGIA 1GBSA 1L45A 1OUEA 1LJKA 1G07A 4LDLA 1GE2A 4HJZA 245LA 3OK0A 114LA 1P7SA 1UIGA 4NGZA 172LA 1LI2A 1QDTA 1L71A 2FBDA 1L59A 1WTHA 3WW5A 115LA 4FDYA 1FLYA 4GCCA 2H5ZA 4NGJA 4DJHA 4LFPA 3T6UA 5L9JA 2HU3A 2HUKA 1L02A 4OWCA 2C8OA 2C8PA 1LAAA 5D5CA 242LA 1JKAA 1LSZA 120LA 1GF5A 1NMMA 1ZMYL 1IVMA 2YBMA 3TMVA 1LZ9A 188LA 3OE9A 3B0IA 4BAPA 1L57A 1LSMA 3LYZA 1B7NA 4G4BA 2HEDA 1VDSA 4WLYA 4ARMA 1LZYA 5LAFA 1GFTA 1BB7A 1QTHA 1IP4A 1LJ3A 1HHLA 4QY9A 3AGIA 1DZBX 2B73A 1I20A 1C62A 4KPMA 1LZBA 1TLAA 1XGTC 4CFPA 1LZTA 4GCDA 1GDXA 4OWBA 4H9FA 1W08A 2F4GA 1LTMA 1L60A 1YANA 4XADA 1L80A 113LA 1Z55A 1QSAA 4I7QA 213LA 2IHLA 4WLDA 4H90A 1D0MA 1GPQC 1GBZA 1GE1A 1L86A 1L33A 1D3FA 1L05A 4QDNA 1D2YA 3D4SA 1T6VL 3HU9A 1GDWA 2Q9DA 3FI5A 4DD0A 1CKHA 1OYUA 1VEDA 1QUSA 4GLAA 3F6ZA 4EXMA 3CSRA 3M18B 1BVXA 3A3QA 1C45A 5KXNA 1RFPA 4FJRA 1DI5A 1XEIA 2B7XA 4NSGA 1HC0A 4EKPA 3WULA 3HUKA 1PQKA 3HDEA 3E3DA 1UIBA 1BWHA 4DDAA 4DDCA 1B7PA 5LZMA 2B72A 2MEHA 3WW6A 2CDSA 3AJNA 1V7TA 4IJ4A 1UIFA 3LHMA 1C6AA 1OQMA 3RT5X 6LYTA 1OUAA 1P2LA 190LA 5KKJA 1AT5A 1L95A 1QT4A 1D3MA 262LA 4H9EA 1KNIA 4TWSA 3AW6A 1L0JA 2BQMA 1QUHA 2A7DA 3G3BB 4WM2A 1PQDA 4H9IA 2DQHY 158LA 216LA 1GFVA 137LA 3B0KA 4NGWA 3HT7A 5LVGA 1D6QA 1YKXX 5I14A 119LA 1JTPL 3GUOA 4C5FA 3SB9A 3DMVA 4YX7C 2HEEA 4LT0A 4WM1A 5KXRA 256LA 2O4WA 3N9CA 1CV6A 2CJLA 3HBEX 3A94A 5HMJA 149LA 1UICA 3A91A 104LA 4I7MA 5I4WA 159LA 3HT6A 2DQEY 2VB1A 2IFFY 1LW9A 4MSTA 257LA 1JPOA 218LA 1JJ0A 4II8A 1L41A 133LA 1YKYX 1NQIA 1KXYA 2MEAA 1LSAA 2DQIY 2LYOA 1AKIA 1B7MA 2D4IA 1GB9A 1SWZA 4IATA 3QAKA 4NHPA 1LSPA 1L99A 1LGXA 1YIKA 3A90A 3UONA 1GD6A 145LA 4OOOA 3M3UA 1PQOA 5HMVA 4XJFA 1CU6A 2WARA 1JWRA 4LT3A 1OUDA 4AGAA 1GB5A 1G0KA 4DQ5A 193LA 1L93A 4N1CC 1QUDA 3C82A 4J1AA 1VATA 1IX0A 134LA 1L91A 260LA 3C8RA 2DQDY 1KW5A 4NEBA 4B4IA 2LYZA 2MEBA 4HPIA 1L0KA 4QGZA 1F6SA 4UWVA 3HT9A 175LA 1IC7Y 1CKFA 2BPUA 4W96A 1TEWA 1QDRA 4ET9A 2CUUA 1BWJA 2ZIJA 1GFKA 1L26A 4HV2A 1L54A 5KXXA 3HU8A 4WG7A 1D9WA 231LA 3SB5A 1LZ6A 1UBZA 1CV1A 4DD2A 2G4QA 1HERA 1L04A 4YM8A 1UUZC 1KIRC 5T3FA 1C69A 4PK0A 4DWXA 1DYAA 4D9ZA 2HEFA 1LJNA 1L62A 1OUFA 2PC2A 1REXA 2I26L 4GN4A 3PBLA 5II3A 4LFXA 1LZ1A 4RLMA 4O34A 2N5ZA 3D3DA 4NHIA 1FLQA 2RBOA 4ZEEA 1LKRA 3VWOA 1L96A 4H8ZA 191LA 4NG8A 1SSYA 3WPJA 2BAAA 2MEIA 1D3JA 4H91A 1C6JA 240LA 3ZVQB 157LA 156LA 1C60A 1GE0A 219LA 4DD7A 1BB3A 2B75A 3DN2A 3CT0A 4OO9A 8LYZA 4GCEA 2B70A 1GB3A 4W53A 4C3WA 1L48A 3WXTA 3HTGA 5LVHA 5KXZA 4W59A 1C6LA 3QE8A 3B6LA 3HWLA 1QUGA 5KXMA 5F81A 1H87A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3DN1 A;  169L A;  3GUM A;  1L15 A;  3UON A;  3OE0 A;  145L A;  1QT6 A;  1L43 A;  1PQO A;  1KW7 A;  1L50 A;  1CX6 A;  3C7Z A;  6LZM A;  1CU6 A;  3SBB C;  2OU0 X;  1CV0 A;  165L A;  1C6I A;  1G0K A;  1QSB A;  1DYE A;  1L12 A;  1QUO A;  2F2Q A;  3DN8 A;  3C83 A;  1L49 A;  1DYF A;  1L27 A;  1L93 A;  1L30 A;  2HUM A;  1QUD A;  103L A;  3C82 A;  3C81 A;  1OV7 A;  152L A;  1LGW A;  1L77 A;  1L91 A;  192L A;  260L A;  3C8R A;  1L31 A;  3HDF A;  1G0M A;  2ANV A;  1SSW A;  1EPY A;  1KW5 A;  201L A;  243L A;  1L34 A;  3DN0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XEK A;  1GAZ A;  4ETE A;  1P56 A;  3GUI A;  2XJW A;  4PJ2 C;  1LCN A;  180L A;  5HNL A;  4I7J A;  3G3V A;  1UIA A;  1LI6 A;  3W6A A;  1GAY A;  1L72 A;  1B7O A;  241L A;  1QTE A;  4EKS A;  1L83 A;  4TX7 A;  3A6B Y;  3G3X A;  1L06 A;  1CJ9 A;  1KY1 A;  3WH1 A;  1EL1 A;  128L A;  4B4J A;  2F30 A;  1GFR A;  160L A;  1B6I A;  3A96 A;  1JSE A;  2I25 L;  3SB8 A;  237L A;  1LYD A;  3NY9 A;  2LZ2 A;  4GRV A;  4I0C A;  1FKV A;  4DT3 A;  1L89 A;  3CT1 A;  1NHB A;  3NYA A;  4MCK A;  4KXI A;  5FDJ A;  3WVY A;  5LYT A;  3P64 A;  1LSF A;  4I7R A;  238L A;  1L25 A;  1LMO A;  1L69 A;  230L A;  3K2R A;  4AXT A;  1LZN A;  4NWE A;  1LZ5 A;  1IY3 A;  5KXL A;  5AMY A;  4YEN A;  4WO9 A;  1D2W A;  1JKC A;  1IOR A;  1LMT A;  5DM9 A;  3A3R X;  1L87 A;  2NWD X;  2A7F A;  1EQE A;  200L A;  3TXE A;  1BHZ A;  3WXU A;  4LYC A;  173L A;  1CKD A;  2F32 A;  4W58 A;  3V2W A;  2YSS C;  1BGI A;  1GBS A;  1L45 A;  1OUE A;  1LJK A;  1G07 A;  4LDL A;  1GE2 A;  4HJZ A;  245L A;  3OK0 A;  114L A;  1P7S A;  1UIG A;  4NGZ A;  172L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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