144LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMIQQKRWDELAVNMAKSRWYNQTPNRAKRVITTWRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 144lA00
239LA 2IGCA 1L02A 2B72A 1L11A 155LA 1C6QA 4W53A 4EKPA 3SB8A 3DN4A 3GUMA 4I7TA 1LGUA 3VW7A 3K2RA 1LYGA 1NHBA 1QT3A 1QSQA 3SBAA 1PQJA 1KW5A 200LA 3NY8A 1C6DA 173LA 1LLHA 1L03A 1C61A 209LA 1OYUA 3CDVA 1C6GA 1L64A 218LA 226LA 3RZEA 1L70A 1G1VA 1L22A 1L05A 232LA 1QT6A 107LA 1L49A 1L53A 4LDOA 4AQNA 1D3FA 1XJUA 3C81A 3L2XA 1L97A 242LA 2B7XA 3QAKA 1D2WA 1DYDA 1C67A 3HTDA 4W54A 174LA 112LA 2B73A 3HT6A 1L01A 222LA 3HUAA 1P46A 1QT4A 2B75A 1L82A 1L04A 1L59A 4YX7C 1PQIA 1C6MA 245LA 1L61A 2OE7X 108LA 1L30A 4EPIA 3HT9A 223LA 2CUUA 1G0GA 1L29A 1D3JA 3OE8A 1L73A 1DYFA 4YXCA 1L76A 4ARPA 3G3VA 1L87A 123LA 1QS9A 1L14A 3HDEA 1L09A 241LA 237LA 3SN6R 2LCBA 2OTZX 172LA 1C6AA 140LA 2HULA 186LA 3HTGA 1XEPA 103LA 1QUHA 1OVHA 201LA 4YXAC 3DN8A 198LA 1L57A 1C6BA 1SSYA 3HTBA 3G3XA 1G0JA 234LA 224LA 2Q9DA 1CU5A 1ZYTA 1L39A 1C6IA 3FA0A 138LA 1L48A 1L26A 1L52A 159LA 240LA 1QUOA 1LI6A 2Q9EA 1L65A 233LA 2HUKA 1PQMA 114LA 3DKEX 1LWGA 3SBBC 160LA 1DYAA 1QTZA 167LA 4GRVA 180LA 4ZPUA 176LA 2LC9A 2RAYX 1P36A 1L28A 4I7SA 261LA 162LA 3UONA 1LYIA 113LA 4PK0A 1L74A 3HH4A 3CDOA 187LA 4ARMA 110LA 1CVKA 1LYDA 3C8QA 1L69A 236LA 3D4SA 1L32A 4ARJA 1C6TA 1QSBA 1C60A 4ARQA 1L10A 1LYEA 1D3NA 3C8SA 3C8RA 1I6SA 3DN2A 184LA 151LA 1L20A 118LA 4W51A 1JTNA 4I7PA 4DJHA 168LA 1L0JA 170LA 3DN3A 221LA 102LA 126LA 1T8AA 1CUPA 1L89A 1JTMA 220LA 2ANVA 1C63A 2NTGA 1C6CA 3FADA 4I7QA 3HH6A 1C68A 1L51A 3ODUA 2ANXA 3C7ZA 3FI5A 4ARQB 244LA 1L55A 235LA 212LA 1L84A 1L68A 1C6JA 7LZMA 3DMZA 1K28A 213LA 3DMXA 4I7RA 1QTVA 3SB9A 1L77A 1CTWA 3GUPA 249LA 4GBRB 2B6TA 4W57A 1OV5A 1OWYA 3OE9A 131LA 4K5YA 1C6FA 206LA 1L58A 2HUMA 2OU9A 1L12A 4I7MA 4W55A 2RBQA 1D9WA 4OO9A 1CU0A 1L24A 1B6IA 1L13A 1L72A 1D3MA 4ARLA 125LA 4W52A 1LI2A 2B6YA 1JQUA 4LDLA 1L34A 2RB1X 259LA 4S0WA 2A4TA 252LA 3DN0A 230LA 1L80A 181LA 2L78A 3DN1A 1C6LA 1L27A 2RH1A 146LA 4LZMA 1C66A 1L17A 1CU6A 243LA 3F9LA 1KW7A 1L33A 3HU8A 3C80A 1L75A 1L0KA 1OWZA 1L96A 3GUJA 205LA 247LA 3CDRA 137LA 1CUQA 2F2QA 1C6KA 3HUQA 1L23A 3HH5A 1PQDA 2OU0X 1L08A 2RB0X 250LA 1LPYA 1C69A 1L83A 1L19A 2B6WA 1L56A 1SX7A 2Z6BA 2OE4X 3C82A 1ZURA 1L95A 4I7OA 3C83A 1L60A 1KNIA 1SSWA 2RBPA 1L62A 3L64A 256LA 4I7JA 1QTCA 210LA 3GUKA 1L18A 1L44A 120LA 1CU3A 3HTFA 2B6XA 145LA 1CV6A 1DYCA 157LA 185LA 1SWYA 3SB6A 164LA 189LA 1ZWNA 178LA 163LA 152LA 228LA 2OEAX 1LYJA 1QUDA 2OTYX 2B74A 1KY0A 2O79A 169LA 2QB0B 4EXMA 182LA 1L38A 156LA 1L66A 1P37A 2F32A 3HUKA 1TLAA 1L16A 1DYEA 1L31A 5LZMA 1LGWA 1L99A 216LA 111LA 144LA 1PQOA 219LA 1QT8A 2B70A 3HU9A 175LA 1DYBA 1G06A 1CV3A 1L00A 4IAPA 4E97A 215LA 2OE9X 1QT5A 147LA 1OVJA 1LYHA 2RBRA 1L36A 1T8FA 3LZMA 4EKRA 1C62A 4ARMB 1G1WA 251LA 127LA 1P7SA 1L15A 4DAJA 1DYGA 1L40A 1G0LA 246LA 4W56A 1L79A 2RBNA 1CU2A 1CV4A 1SX2A 143LA 1XJTA 2RAZX 1QTHA 109LA 3SB5A 4DKLA 1P3NA 227LA 2OU8A 5I14A 1LYFA 148LE 3PDSA 1L94A 165LA 142LA 1L43A 3DNAA 1C6EA 3SB7A 1QTBA 1CV5A 4EPFA 1CV0A 238LA 1L45A 3JR6A 257LA 3F8VA 1L46A 188LA 1L81A 1G0MA 2NTHA 3CDQA 3GUNA 1LI3A 4EKQA 231LA 3OE0A 1L54A 3HWLA 211LA 3HDFA 192LA 2F47A 2QARC 3GUOA 4W58A 171LA 3C7WA 158LA 1L85A 1T6HA 1P64A 3G3WA 253LA 6LZMA 141LA 258LA 161LA 1L42A 2O4WA 130LA 3OE6A 1C64A 3EMLA 3HH3A 150LA 1L63A 1P2LA 1LWKA 1L67A 3NY9A 1OVKA 217LA 3HT8A 229LA 1P5CA 129LA 1KY1A 4W59A 2RBSA 3PBLA 1L93A 1PQKA 199LA 1L07A 255LA 3V2YA 4PJZA 1L50A 2O7AA 1T8GA 115LA 183LA 1QUGA 225LA 3CDTA 139LA 104LA 166LA 1G0QA 3NYAA 4EKSA 195LA 1G0KA 1C6NA 1L88A 4I7NA 190LA 1C6PA 4I7KA 197LA 1SWZA 1LW9A 1L37A 1L90A 260LA 3C7YA 262LA 191LA 149LA 1L98A 1D2YA 4LDEA 4EJ4A 1L47A 214LA 1QS5A 1CX7A 1CV1A 3RUNA 1QT7A 1L71A 3DMVA 2LZMA 1KS3A 1L35A 1C6HA 128LA 3GUIA 1OV7A 1L92A 1L06A 2RB2X 254LA 1L41A 248LA 1EPYA 1WTHA 1L21A 1P56A 1L91A 3DN6A 122LA 119LA 2RBOA 177LA 1L25A 3GULA 1T97A 2B6ZA 196LA 1P6YA 3HT7A 4I7LA 1G0PA 1QTDA 1P2RA 1CX6A 1LGXA 1L86A 1C65A 3V2WA 1G07A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
239LA 3QNGA 5LVHA 1C6QA 1QQYA 4NGIA 1LGUA 2YBHA 3K2RA 4QEQA 4YOPA 3NY8A 173LA 3B0KA 1CJ6A 1LMAA 226LA 3B6LA 3RZEA 1L22A 1AKIA 232LA 107LA 1L53A 2BPUA 4LYMA 1D3FA 1XJUA 3C81A 4OWAA 4NSGA 3QAKA 1D2WA 4XJHA 2XQOA 2B73A 5HLLA 2A7FA 8LYZA 1P46A 2B75A 1GBWA 2DQFC 2AUBA 5LVGA 1L59A 4YX7C 1WQMA 1L30A 1YAMA 3HT9A 223LA 1GAYA 2CUUA 3OE8A 1CJ9A 1L73A 4HV1A 3G3VA 2G4NA 1BB4A 2LCBA 4GCCA 172LA 4KPMA 1LSAA 2Z12A 4OOOA 1GE4A 4HV2A 1EQ4A 3B72A 4YXAC 3DN8A 4H9AA 1REYA 1B7RA 1SSYA 4W94A 1UCOA 1CU5A 3FA0A 4B49A 1D9UA 159LA 1GF8A 1QUOA 240LA 4XYYA 3TXEA 4OWBA 5KXTA 1LWGA 1IP6A 3SBBC 1GFVA 4WG1A 2F30A 1QTZA 1IP3A 1OUFA 176LA 2LC9A 1IWTA 1GBSA 5LIOA 4GCDA 162LA 3T36A 4YENA 4PK0A 4XENA 1L74A 1IR9A 2Z39A 3CDOA 4DD1A 4BAPA 3P64A 236LA 3D4SA 1FLWA 1L10A 1AT6A 1A2YC 1F0WA 1D3NA 2MEAA 4DC4A 151LA 2MEIA 118LA 4I7PA 4Z3MA 1L0JA 221LA 2MEHA 1QTEA 3HH6A 1LKSA 2ANXA 4HPEA 2BQDA 3FI5A 4ARQB 1LMNA 3D9AC 4NIJA 2D4IA 1GFKA 1IVMA 1FLUA 1LHLA 3AGIA 7LZMA 1B7MA 4WM1A 1K28A 213LA 3RU5A 4TSCA 3GUPA 2B6TA 4TSBA 1O23A 5FDJA 206LA 1L58A 2HUMA 4I7MA 1LZBA 1D9WA 1L24A 1DXJA 1B6IA 1L72A 4H1PA 1D3MA 5C6JA 1LI2A 1IX0A 2B6YA 4EOFA 4LDLA 1QSAA 1OUBA 3A90A 1QDTA 134LA 230LA 4TTDA 181LA 1FKQA 4NGVA 2RH1A 1L17A 1CU6A 3WW6A 1JTOL 4IJ4A 5T3FA 243LA 4XJBA 4PHIA 1KW7A 4L41A 1NBZC 1INUA 3CDRA 1LSGA 1J1OY 3KAMA 1KIQC 4WOAA 2F2QA 1NMMA 1LPYA 4ZIXA 4DDBA 3C82A 2Z2EA 1KNIA 1FBIX 2HEAA 3CB7A 1SSWA 1LMQA 210LA 1TAYA 3GUKA 1L44A 4TWSA 3MGWA 1NKHA 1DYCA 1LHKA 3SB6A 4WL7A 3HBHA 1G7MC 178LA 228LA 2OEAX 5FHWA 2OTYX 5F81A 3AZ5A 2O79A 5F9XA 2QB0B 4EXMA 1L38A 2F32A 3HUKA 1DYEA 4AXTA 4YF2A 144LA 1PQOA 4PRQA 219LA 4NGLA 1QT8A 1JEFA 3HU9A 175LA 6LYTA 2OE9X 147LA 3W6DA 5DN4A 1DI5A 1LYHA 4C3WA 3TXBA 1VATA 1IP4A 1G1WA 1JKCA 3W6BA 127LA 5I4WA 1FLYA 4DAJA 2RBNA 1IC5Y 1C46A 143LA 2Z18A 4DKLA 1P3NA 4Z46A 2MEEA 1GE0A 3PDSA 165LA 1LZTA 3SB7A 1J1PY 1CV5A 1BVKC 1CV0A 4B0DA 1XGUC 1GEZA 3JR6A 257LA 5KXPA 1L46A 4HP0A 188LA 3GUNA 3N9CA 1IR7A 3GUOA 4W58A 5LVJA 1GAZA 2ZWBA 1P64A 3WPJA 253LA 1HENA 1NF5A 6LZMA 2O4WA 3AGHA 3SP3A 1BWHA 1BB7A 2MEBA 1B7PA 3AW6A 5KXZA 4DD7A 1LWKA 3NY9A 129LA 1IOCA 3CSRA 4WM5A 4XADA 2ZYCA 1TBYA 4NWEA 4W59A 3PBLA 1PQKA 4GN4A 4LFXA 4Z41A 199LA 4PGJB 4PJZA 1L50A 2O7AA 1T8GA 115LA 183LA 1YKZX 1QUGA 1GEVA 1JSFA 225LA 1G0QA 166LA 4EKSA 195LA 2CJLA 3A8ZA 3VWOA 4I7NA 190LA 4H94A 3WL2A 2RSCA 6LYZA 1L37A 3C7YA 3QY4A 191LA 1G7LC 1D2YA 4LDEA 2BQGA 4EJ4A 3TMUA 1L47A 2I25L 2XJWA 3LYZA 4LYTA 1QS5A 2C8PA 4H91A 3RUNA 2HU1A 1GBYA 2DQIY 1C6HA 2HU3A 4H8YA 1L92A 1L06A 4BADA 3TXHA 248LA 4R6CA 1FKVA 1H87A 1P56A 122LA 3TXGA 119LA 1GFAA 5KXNA 1UUZC 3GULA 2B6ZA 1EQEA 1GPQC 1NDMC 4I7LA 1QTDA 5B1FA 1CX6A 1L86A 2ZYPA 3EXDA 3V2WA 1OUJA 2IGCA 2BQFA 4DT3A 155LA 4W53A 1BB6A 1EL1A 3GUMA 1OQMA 4I7TA 1QT3A 9LYZA 4RLNA 1PQJA 1KW5A 5M1YA 1LLHA 5I53A 5A3ZA 1L05A 2ZIJA 1LCNA 4J7VA 242LA 3HTDA 4W54A 4NHQA 1GB3A 1L01A 4HJYA 222LA 1QIOA 1HFZA 1GF4A 5HNLA 1YILA 5KJ9A 1KIRC 1QUTA 4LFPA 5LXWA 108LA 1ZVYB 4EPIA 1HEOA 193LA 4WLYA 5LAGA 5IELA 1L29A 5ILFA 1DYFA 2HEBA 4YXCA 1L87A 1YL1X 1L14A 2BQKA 4DQ5A 1A4VA 1L09A 241LA 4HTQA 4WL6A 5LA8A 186LA 1LMCA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 239L A;  3QNG A;  5LVH A;  1C6Q A;  1QQY A;  4NGI A;  1LGU A;  2YBH A;  3K2R A;  4QEQ A;  4YOP A;  3NY8 A;  173L A;  3B0K A;  1CJ6 A;  1LMA A;  226L A;  3B6L A;  3RZE A;  1L22 A;  1AKI A;  232L A;  107L A;  1L53 A;  2BPU A;  4LYM A;  1D3F A;  1XJU A;  3C81 A;  4OWA A;  4NSG A;  3QAK A;  1D2W A;  4XJH A;  2XQO A;  2B73 A;  5HLL A;  2A7F A;  8LYZ A;  1P46 A;  2B75 A;  1GBW A;  2DQF C;  2AUB A;  5LVG A;  1L59 A;  4YX7 C;  1WQM A;  1L30 A;  1YAM A;  3HT9 A;  223L A;  1GAY A;  2CUU A;  3OE8 A;  1CJ9 A;  1L73 A;  4HV1 A;  3G3V A;  2G4N A;  1BB4 A;  2LCB A;  4GCC A;  172L A;  4KPM A;  1LSA A;  2Z12 A;  4OOO A;  1GE4 A;  4HV2 A;  1EQ4 A;  3B72 A;  4YXA C;  3DN8 A;  4H9A A;  1REY A;  1B7R A;  1SSY A;  4W94 A;  1UCO A;  1CU5 A;  3FA0 A;  4B49 A;  1D9U A;  159L A;  1GF8 A;  1QUO A;  240L A;  4XYY A;  3TXE A;  4OWB A;  5KXT A;  1LWG A;  1IP6 A;  3SBB C;  1GFV A;  4WG1 A;  2F30 A;  1QTZ A;  1IP3 A;  1OUF A;  176L A;  2LC9 A;  1IWT A;  1GBS A;  5LIO A;  4GCD A;  162L A;  3T36 A;  4YEN A;  4PK0 A;  4XEN A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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