146LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMMQQKRWDELAVNMAKSRWYNQTPNRAKRIITTWRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 146lA00
165LA 1L01A 145LA 190LA 2B6TA 4EPIA 3HT7A 1P2LA 3C8QA 4GBRB 2RBPA 1L49A 1C6HA 220LA 1L48A 1L56A 1C6BA 2RBSA 261LA 2RH1A 1L69A 1L31A 114LA 4I7SA 1PQMA 1QTBA 1L32A 235LA 4I7JA 3DNAA 1L24A 1L76A 1L65A 3EMLA 123LA 2RBQA 234LA 198LA 225LA 1SX2A 1L25A 4ARPA 229LA 1L33A 1OVKA 102LA 1L29A 223LA 3G3VA 4W55A 113LA 1KS3A 1L50A 4I7QA 4W53A 7LZMA 4ARJA 2QB0B 1CU0A 167LA 4I7MA 1ZURA 1L27A 1L97A 110LA 1G07A 1CUQA 1G0QA 216LA 1C69A 1L26A 3G3XA 2F47A 1QTDA 4OO9A 1L80A 1QUOA 254LA 262LA 4W57A 2RB0X 226LA 1OVJA 1KW7A 1L88A 2B75A 171LA 162LA 1CU5A 1CV3A 1L74A 1OV5A 2HUKA 1L85A 1G0GA 251LA 3HT9A 3OE8A 1L86A 3C7ZA 1P7SA 1G0PA 244LA 1L81A 1QUDA 3RUNA 1L06A 1QUGA 3C81A 1T8GA 241LA 1K28A 187LA 3DMXA 4W51A 242LA 1L40A 1L95A 3K2RA 1NHBA 3HH3A 164LA 143LA 1QS9A 3DN2A 2OU9A 2OTYX 2RAZX 178LA 1G0JA 1C6NA 4ARMA 160LA 231LA 1C6LA 257LA 141LA 166LA 4DKLA 186LA 1C6QA 2RBRA 103LA 3HWLA 1L02A 1D2WA 1LI2A 140LA 2RB2X 137LA 196LA 1QTVA 1L07A 144LA 1L68A 3GUOA 3DN0A 1L84A 1L35A 1ZYTA 3GUIA 1LI6A 3F8VA 1DYCA 107LA 1QTCA 1L87A 2LZMA 1P6YA 2B73A 1DYEA 1L05A 1LYIA 1PQDA 3V2YA 3L2XA 1G1VA 1C61A 1LWGA 1L17A 205LA 3GUKA 177LA 3V2WA 1QT5A 128LA 1LGWA 1L72A 1L23A 1CU2A 1L77A 1L96A 4EPFA 1G06A 4LDEA 2OE7X 4W56A 212LA 112LA 1L16A 1L98A 149LA 1QT4A 148LE 1KY1A 1L71A 259LA 3OE6A 1ZWNA 1L20A 3DMVA 1P37A 1T97A 4W54A 252LA 157LA 1C68A 3ODUA 192LA 158LA 1L28A 1L43A 2Q9EA 4EKPA 1QT3A 1PQKA 1XJUA 2F2QA 3SBAA 245LA 1T8AA 238LA 1L63A 188LA 4GRVA 1T8FA 1L82A 4YXCA 260LA 1OYUA 2B72A 2IGCA 184LA 1L62A 3NYAA 1LLHA 1KY0A 3C80A 1PQJA 1QS5A 1LYDA 2B7XA 139LA 1CTWA 1PQOA 1SX7A 1L67A 2LC9A 3C7YA 4PK0A 2LCBA 1L19A 1DYBA 1L42A 3HUKA 1G1WA 4LDOA 176LA 6LZMA 3D4SA 1CX6A 3CDRA 255LA 233LA 1L14A 2O4WA 1C6TA 249LA 1L55A 1D3FA 3HH4A 4ZPUA 2Z6BA 3QAKA 3SB6A 1L61A 221LA 1L58A 4ARQA 1L90A 2O79A 3DN6A 1I6SA 3RZEA 1L64A 3HDFA 1L0JA 1L30A 151LA 3SB7A 3SB8A 2B70A 1LYEA 5LZMA 1L46A 142LA 1P36A 4W59A 1L54A 1DYAA 3C82A 3HH6A 2RBNA 1P56A 2OE4X 1L04A 1C6GA 4ARLA 1L60A 2F32A 108LA 1LYJA 4EJ4A 219LA 4EKRA 1L34A 1L39A 3PBLA 1OVHA 1C6AA 210LA 1LGXA 1C6FA 3SN6R 1L89A 3HT8A 1L15A 172LA 1D3NA 1PQIA 230LA 3PDSA 1C66A 3CDOA 2HUMA 1QT8A 3DMZA 1L44A 1L12A 2B6WA 1LW9A 109LA 122LA 4I7KA 1CU6A 119LA 246LA 1P46A 1LGUA 1L47A 3DN4A 4EKSA 1L0KA 3GUMA 1QTZA 3GULA 1QTHA 3HUAA 3GUJA 152LA 1LPYA 3OE9A 3HH5A 1L57A 3CDVA 1EPYA 1C6MA 161LA 4I7TA 1L91A 4LDLA 3HT6A 1L18A 1CV5A 1CVKA 256LA 156LA 1LI3A 1L94A 227LA 1C6CA 1L93A 1XEPA 4EKQA 159LA 1L22A 1SSYA 258LA 5I14A 3CDQA 4ARMB 1L73A 1L75A 2B6ZA 146LA 1L41A 1QT6A 111LA 1L11A 3DN3A 214LA 3SB9A 1C6EA 1OWZA 1SWYA 150LA 1LYFA 1CUPA 2RB1X 3CDTA 104LA 3HUQA 1CV6A 3C83A 2B6YA 1G0KA 1C67A 3L64A 2CUUA 1LYHA 4LZMA 1C60A 1C65A 3HDEA 4I7PA 4S0WA 1C6JA 3GUPA 4E97A 1L66A 181LA 1TLAA 183LA 3G3WA 2ANVA 1L08A 1C6PA 1C6DA 189LA 120LA 213LA 200LA 195LA 4YX7C 125LA 4I7OA 1L79A 4YXAC 4W58A 239LA 2RBOA 2O7AA 4IAPA 3DN8A 1L53A 1L13A 222LA 1SSWA 1JTNA 3HU9A 3FA0A 3HU8A 4AQNA 131LA 1QSQA 3FADA 3OE0A 1L59A 1JTMA 1D9WA 2NTHA 2OE9X 4I7LA 237LA 1DYGA 1DYDA 247LA 2B6XA 1G0LA 1CV0A 3SB5A 1LYGA 3UONA 209LA 248LA 1D3MA 1C6KA 240LA 3DKEX 1P64A 4W52A 211LA 191LA 3VW7A 2HULA 232LA 1B6IA 1QUHA 1L83A 1L09A 1OWYA 3HTBA 1L21A 3NY8A 1LWKA 206LA 2OU0X 1C63A 1CV1A 118LA 2OEAX 4I7RA 224LA 1L36A 1L00A 1C6IA 2Q9DA 1KNIA 129LA 1T6HA 1C64A 1CU3A 243LA 4ARQB 1JQUA 3DN1A 1QSBA 175LA 1L37A 138LA 3C8RA 1C62A 180LA 2RAYX 3LZMA 215LA 1DYFA 228LA 1KW5A 3C8SA 185LA 1L70A 3HTDA 4PJZA 2QARC 2NTGA 3F9LA 4DJHA 1L99A 2OU8A 3HTFA 1CX7A 4K5YA 1D2YA 3GUNA 155LA 250LA 2A4TA 4I7NA 2L78A 1CV4A 1L10A 1G0MA 217LA 2ANXA 1L52A 1P2RA 3JR6A 197LA 3C7WA 115LA 173LA 1SWZA 199LA 201LA 130LA 1L92A 126LA 168LA 4DAJA 163LA 170LA 1L51A 236LA 1L03A 3NY9A 1P5CA 1QT7A 1D3JA 1P3NA 1L38A 1XJTA 3SBBC 4EXMA 2OTZX 218LA 3HTGA 1L45A 182LA 3FI5A 174LA 1WTHA 147LA 127LA 253LA 2B74A 1OV7A 169LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DWXA 3WPLA 4U3XB 3LZ2A 1YAPA 2B6TA 4EPIA 1BB7A 3C8QA 4HJYA 1L49A 4MCKA 1LSMA 4N1EI 4DDCA 1NKHA 1C6BA 1VDPA 4NGZA 1REMA 1L69A 1L31A 1QTBA 3TMUA 1JTOL 1B0DA 1L65A 3EMLA 3MGWA 1H87A 2HU1A 1DXJA 1XGRC 1OUAA 1SX2A 1WTMA 229LA 5LVJA 4D9ZA 3LHMA 102LA 1L29A 2Q0MX 2ZNWY 2CWIA 1JEFA 7LZMA 3F6ZA 1LSFA 4OOTA 1GFGA 216LA 2FYDA 4Z98A 1C69A 1L26A 1GE0A 1LZ1A 2CGIA 2RB0X 1OVJA 1KW7A 2BQCA 4LT1A 1L74A 3VWOA 251LA 3HT9A 3WVYA 1KIQC 1HENA 3WPJA 1HEQA 1P7SA 1G0PA 1G7MC 1BB5A 1T8GA 4EOFA 1K28A 187LA 3DMXA 1HELA 3K2RA 1NHBA 1QS9A 1OUDA 3B72A 3DN2A 1G0JA 1HHLA 5EBHA 1C08C 3QY4A 1GBOA 186LA 4TWSA 3TXBA 1LSGA 2MEAA 4FJRA 4GCCA 1C46A 1ZV5L 1L35A 3A91A 1GEVA 5APEA 3ZVQB 4NSGA 1HFXA 2B73A 1L05A 1LYIA 2DQDY 3B0OA 5LINA 3LN2A 128LA 1LZ5A 1LGWA 1L72A 1L77A 2EQLA 2Z38A 3OK0A 1G06A 4DQ5A 1IOSA 4B49A 1TAYA 149LA 2MEGA 3AB6A 1L20A 4QEQA 1P37A 1T97A 1LHHA 1XEIA 3ODUA 2Q9EA 5DN5A 1QT3A 1PQKA 3AZ7A 3WU9A 2F2QA 1OUEA 1IORA 4HPIA 188LA 4GRVA 1OYUA 1LLHA 2I25L 4LT2A 1IOCA 3C80A 1QS5A 1AZFA 1GHLA 1IOQA 3SP3A 4DD9A 1GDWA 1PQOA 2LC9A 1L19A 1QIOA 2BQJA 1DYBA 4ZIXA 6LZMA 3AZ6A 4XJHA 255LA 233LA 2O4WA 1LHJA 1D3FA 1GE4A 1QDRA 4UWNA 3J4GA 1L58A 1D9UA 1GB2A 3DN6A 1LZDA 5LXWA 2ZYCA 4NHQA 1L0JA 3CB7A 3N9EA 3SB7A 3SB8A 3P65A 2B70A 1XFPL 4WM1A 1P36A 2BQKA 2ZNXY 6LYZA 2OE4X 1L60A 2F32A 1VDQA 1LYJA 3W6DA 3TXIA 2MEHA 2MEBA 1L39A 3TMWA 3A6CY 1JJ1A 1HNLA 1LSZA 3SN6R 3HT8A 4NGIA 1GF5A 1LW9A 4WO9A 5B07A 2EPEA 1YANA 4EKSA 1IP2A 1L0KA 3TXDA 2MEIA 1QTHA 3HUAA 3GUJA 1EQ4A 4R0FA 3OE9A 1BVXA 3WYHA 4OWEA 3D3DA 1L57A 3CDVA 1C6MA 161LA 4OWAA 1KIPC 3BKVA 4LDLA 3HT6A 4W94A 1CV5A 1CVKA 1LZNA 1V7TA 1LI3A 1LZ9A 3WUAA 1NBYC 3N9CA 5FDJA 4ARMB 1L75A 3HBEX 4HV2A 1XGPC 1L11A 2FYCA 3A95A 4LFPA 1WQRA 1OWZA 3A67Y 2RB1X 1FN5A 2ZIKA 1CV6A 1G0KA 1JKAA 2CJLA 5LVHA 4LZMA 3HDEA 4I7PA 1C6JA 3GUPA 5C6IA 2H5ZA 4O34A 2HEEA 1TLAA 183LA 1OUFA 1HFYA 2ANVA 1C6DA 1DKJA 189LA 213LA 1D0KA 1GEZA 3EMSA 4NGWA 4W58A 4NGOA 1LJEA 1UIAA 2Z2EA 4H8YA 1JTNA 1XGQC 1I56A 3FA0A 1FBIX 1LCNA 1LMCA 3W6BA 1JTMA 1B5XA 1JJ3A 3ATOA 4J0LA 4B4EA 2EIZC 2BQEA 4XJIA 4BAPA 3A94A 1LYGA 209LA 4M4OA 1D3MA 3DKEX 1UICA 1VDSA 4LYMA 2LHMA 4W52A 2DQGY 1CKFA 1LZCA 211LA 5HMVA 5KXLA 5I4WA 4RW1A 4HTKA 1L83A 3LYMA 1QTKA 4ETAA 1IWZA 1IWXA 3W6EA 2Z2FA 1JITA 4DDAA 3P64A 4WO6A 4YEOA 5FSTA 5FELA 4OOOA 4WMGA 1L00A 4ETBA 4NHTA 1YIKA 1KNIA 1GF7A 3AGIA 1JQUA 4OW1A 3W6CA 180LA 2G4NA 3LZMA 1DYFA 1HEOA 1KW5A 3CSRA 4FDYA 1CKHA 4DJHA 2C8PA 4LGKA 4NWHA 155LA 250LA 1IEEA 2A7FA 3RZ4A 4GCBA 4CHXA 3A92A 4ET9A 217LA 1LJ4A 1L52A 3AW7A 1P2RA 1GB7A 1GF6A 1SWZA 199LA 1T6VL 4LFXA 4YEMA 163LA 4WM4A 1P5CA 5II3A 1GFTA 4ZEEA 1VDTA 3FI5A 3W6FA 1CJ9A 5JENB 127LA 1B5WA 1OV7A 2XBSA 169LA 1Z55A 1L01A 1JSFA 5M1YA 3HT7A 4ZFPA 2RBPA 3TXEA 1C6HA 261LA 4XN6A 1JJ0A 1L32A 1GF4A 4I7JA 1L24A 1LPIA 1MLCE 113LA 4I7QA 5HQ1A 4ARJA 1GPQC 4H94A 1L27A 4PRUA 3RU5A 2DBTA 4DC4A 2F47A 3AZ5A 1L80A 1QUOA 254LA 2I26L 2N5ZA 1GBXA 4LYOA 4KT3A 171LA 1CU5A 5KXXA 3HFMY 1B7PA 3HBDA 2DQCY 4GCEA 244LA 1L81A 1L06A 1LKSA 1QUGA 2RSCA 1OUJA 1LJGA 4W51A 1LZTA 242LA 1BWJA 3HH3A 1LSBA 4XJGA 5F9UA 4DD1A 4J7VA 2OU9A 2RAZX 2A7DA 178LA 4C5FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4DWX A;  3WPL A;  4U3X B;  3LZ2 A;  1YAP A;  2B6T A;  4EPI A;  1BB7 A;  3C8Q A;  4HJY A;  1L49 A;  4MCK A;  1LSM A;  4N1E I;  4DDC A;  1NKH A;  1C6B A;  1VDP A;  4NGZ A;  1REM A;  1L69 A;  1L31 A;  1QTB A;  3TMU A;  1JTO L;  1B0D A;  1L65 A;  3EML A;  3MGW A;  1H87 A;  2HU1 A;  1DXJ A;  1XGR C;  1OUA A;  1SX2 A;  1WTM A;  229L A;  5LVJ A;  4D9Z A;  3LHM A;  102L A;  1L29 A;  2Q0M X;  2ZNW Y;  2CWI A;  1JEF A;  7LZM A;  3F6Z A;  1LSF A;  4OOT A;  1GFG A;  216L A;  2FYD A;  4Z98 A;  1C69 A;  1L26 A;  1GE0 A;  1LZ1 A;  2CGI A;  2RB0 X;  1OVJ A;  1KW7 A;  2BQC A;  4LT1 A;  1L74 A;  3VWO A;  251L A;  3HT9 A;  3WVY A;  1KIQ C;  1HEN A;  3WPJ A;  1HEQ A;  1P7S A;  1G0P A;  1G7M C;  1BB5 A;  1T8G A;  4EOF A;  1K28 A;  187L A;  3DMX A;  1HEL A;  3K2R A;  1NHB A;  1QS9 A;  1OUD A;  3B72 A;  3DN2 A;  1G0J A;  1HHL A;  5EBH A;  1C08 C;  3QY4 A;  1GBO A;  186L A;  4TWS A;  3TXB A;  1LSG A;  2MEA A;  4FJR A;  4GCC A;  1C46 A;  1ZV5 L;  1L35 A;  3A91 A;  1GEV A;  5APE A;  3ZVQ B;  4NSG A;  1HFX A;  2B73 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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