147LA

Role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of t4 lysozyme
Total Genus 60
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMMQQKRWDEAAVNVAKSRWYNQTPNRAKRVITTLRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)3H1 (159-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)AH9 (137-141)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH6 (108-113)O1 (113-115)AH7 (115-123)AH8 (126-134)AH10 (143-155)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title The role of backbone flexibility in the accommodation of variants that repack the core of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 147lA00
1L60A 1CUQA 1QSQA 1D2WA 184LA 1C64A 2QARC 4W59A 110LA 3DMVA 1L14A 230LA 212LA 1L22A 3SB6A 2RBNA 3SBBC 1SWYA 2RH1A 4LDEA 3PBLA 3HWLA 198LA 2RAZX 5I14A 1CX7A 219LA 225LA 2HUKA 130LA 4I7JA 143LA 3JR6A 1P7SA 1PQJA 1T8AA 3DN3A 3HDEA 162LA 3DN0A 4ARMA 1P37A 1CVKA 1L57A 3SB8A 1QTBA 1LGWA 2A4TA 1L09A 192LA 1G06A 220LA 223LA 3SB5A 1QTHA 1QT6A 1L12A 6LZMA 251LA 235LA 1KNIA 1L69A 1L84A 2RBRA 1C61A 1L48A 1T8FA 4AQNA 123LA 4ARQB 3V2WA 1PQOA 1L17A 1WTHA 4I7PA 3HUKA 260LA 4W52A 250LA 1L21A 3DN4A 2OU9A 1OVJA 2OE7X 1L19A 1L88A 1L51A 3C8SA 1C6JA 3C8QA 240LA 1L73A 4YX7C 1D3FA 1LW9A 232LA 118LA 215LA 1C6DA 178LA 1C6TA 1C6KA 1T6HA 1L80A 1C6BA 1L54A 1C6MA 1L30A 4PK0A 1P64A 102LA 1CV5A 228LA 129LA 109LA 1OWZA 226LA 1L72A 172LA 4W53A 1P56A 4PJZA 3HUAA 131LA 1C6HA 1D3MA 1L34A 3DMXA 181LA 170LA 1L77A 195LA 2NTHA 125LA 157LA 1CV0A 1DYAA 187LA 1L96A 1T8GA 1G0GA 2Q9DA 1XJTA 3RZEA 1LYDA 259LA 107LA 196LA 159LA 210LA 4GRVA 141LA 1L36A 253LA 3GUJA 3NYAA 2OU0X 127LA 142LA 3HT7A 1L07A 4DAJA 2B75A 2B7XA 1SX7A 175LA 2HULA 2B72A 262LA 2L78A 1C69A 1L18A 2OU8A 4I7MA 4W54A 1QS9A 4I7LA 233LA 166LA 4LDOA 1G0MA 1L75A 3HU9A 1XEPA 1P36A 1L55A 1L24A 1L49A 3DNAA 222LA 5LZMA 2OTZX 4EKPA 3CDOA 3GUOA 173LA 199LA 4ARLA 2O7AA 2OEAX 147LA 103LA 1LWGA 2B73A 1PQDA 1G0QA 186LA 160LA 1L74A 1L35A 2B70A 182LA 171LA 1L47A 1L65A 1C6FA 3CDRA 4I7SA 3V2YA 1QTDA 2Z6BA 104LA 2LCBA 217LA 1L03A 2F2QA 3L64A 1CU3A 1JQUA 3F8VA 1SX2A 3FA0A 1L87A 227LA 3HTFA 4W55A 1TLAA 211LA 1KS3A 2ANVA 2B6ZA 152LA 168LA 1LYIA 3C82A 1LYGA 4ARJA 1I6SA 4I7TA 2LC9A 1LYJA 1ZURA 1L04A 1L13A 4I7RA 4GBRB 3K2RA 4EPIA 1QT5A 200LA 111LA 3DN8A 1G1VA 4EKSA 1L20A 3G3XA 1LPYA 3SB7A 3NY8A 4I7KA 1DYFA 247LA 239LA 1QTVA 248LA 1SSYA 1L90A 1T97A 1C6EA 2B6YA 1L86A 165LA 3GUIA 1L46A 1L39A 1LYEA 1C62A 254LA 3GUMA 1QT3A 3G3VA 1LYFA 3GUPA 1L92A 4LDLA 3OE9A 3C80A 4IAPA 1C6GA 1L94A 148LE 1L62A 4OO9A 4EKRA 1L76A 2O4WA 1L25A 4I7OA 1L52A 1CU5A 1L40A 242LA 112LA 236LA 1C6AA 1KW5A 1L97A 1L00A 1QTCA 119LA 3OE0A 229LA 1L26A 4EKQA 1C6QA 1L02A 1CV1A 209LA 1L16A 2HUMA 167LA 2Q9EA 4EJ4A 138LA 3SB9A 189LA 1L32A 3NY9A 241LA 176LA 1DYBA 2B6TA 1L58A 1L81A 1L29A 2RAYX 1D3NA 249LA 1QTZA 3G3WA 1KY1A 252LA 1CV6A 1L43A 1QUHA 3SN6R 1L42A 2IGCA 246LA 1L82A 1PQMA 180LA 201LA 1L05A 1OVHA 4YXAC 1C68A 1PQIA 237LA 205LA 4S0WA 4YXCA 3DN6A 2LZMA 183LA 1OVKA 1P46A 3HH3A 1L0JA 3GULA 1G07A 1KW7A 1QT4A 4DJHA 1OWYA 4K5YA 161LA 1D3JA 3FI5A 1C6LA 2B74A 261LA 197LA 3HH5A 1NHBA 3SBAA 137LA 1LGXA 1C60A 1QUOA 1CU6A 1KY0A 3C7WA 1L93A 3VW7A 3PDSA 1L45A 177LA 1L44A 2RBOA 216LA 115LA 1LI2A 2NTGA 3HUQA 4ARQA 2ANXA 1L06A 149LA 1L33A 3HTGA 1L08A 113LA 1L10A 120LA 1LWKA 1L38A 1LI6A 7LZMA 1L28A 4I7NA 1OYUA 1LLHA 4E97A 3HT6A 3CDTA 150LA 4EXMA 1G0KA 169LA 1CV4A 2RB0X 2RBQA 206LA 3C7YA 2OTYX 1JTNA 3LZMA 3DN2A 188LA 255LA 1G0PA 2QB0B 3C8RA 1DYDA 1L27A 3HT9A 1L37A 3GUNA 4W57A 1L71A 1L15A 1D2YA 1P5CA 146LA 3FADA 4LZMA 2CUUA 3GUKA 1L99A 2RBSA 1CV3A 257LA 3DKEX 3L2XA 2F47A 191LA 1C6IA 3OE8A 224LA 3HTBA 1L01A 4EPFA 1L70A 1G0LA 1CX6A 2RBPA 3CDVA 3F9LA 1C66A 1L85A 1QT8A 3QAKA 2F32A 1XJUA 1ZYTA 1PQKA 174LA 3ODUA 1QT7A 2RB2X 1P2RA 4ARMB 164LA 3RUNA 1LYHA 213LA 1B6IA 4W58A 1C6PA 139LA 1L98A 145LA 1L64A 1G1WA 2B6XA 1C65A 3CDQA 128LA 1L59A 3C81A 3HH4A 1DYGA 1QUDA 1QUGA 114LA 2OE9X 1L11A 4W51A 3HH6A 1LI3A 1L50A 4I7QA 221LA 3DN1A 163LA 231LA 1L95A 1G0JA 1C63A 1L31A 1L67A 1L61A 214LA 4ARPA 151LA 1QSBA 1JTMA 1P3NA 3UONA 1CU0A 1C6CA 1CU2A 122LA 126LA 1SWZA 1EPYA 1L68A 4DKLA 1D9WA 1C6NA 1QS5A 3D4SA 190LA 1L91A 3HDFA 2O79A 1L0KA 256LA 1P2LA 245LA 1L53A 3EMLA 4ZPUA 1L56A 1SSWA 158LA 3DMZA 1OV5A 2OE4X 218LA 1L83A 1ZWNA 234LA 1DYEA 238LA 1P6YA 258LA 1CTWA 3C83A 1L23A 1L66A 2B6WA 1LGUA 1L89A 2RB1X 4W56A 1C67A 3HTDA 1L41A 3C7ZA 3OE6A 3HT8A 244LA 185LA 243LA 140LA 1K28A 144LA 1OV7A 1L79A 3HU8A 1DYCA 108LA 155LA 1L63A 156LA 1CUPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L60A 1QSQA 110LA 4W94A 4NHIA 1QDRA 4GN3A 1WQNA 1I1ZA 4YEOA 1IP5A 4NY5A 3HWLA 1JSEA 198LA 5I14A 3A93A 1CX7A 225LA 5LAGA 4I7JA 4NIJA 1REZA 3JR6A 1PQJA 1DPWA 1UIAA 3HDEA 162LA 1D0KA 1CVKA 1QTBA 5I54A 3CB7A 4LT1A 4DYGA 1L09A 220LA 3SB5A 1O23A 3WU8A 1UIBA 1XGPC 3AZ4A 5HNLA 4HSFA 3A3RX 1L84A 3TXEA 1C61A 5A3ZA 5LA8A 1WQRA 4ARQB 4HTNA 260LA 1UIFA 5L9JA 1L21A 3DN4A 1HSWA 4LGKA 3W6FA 4U3XB 1Z55A 1YROA 4OOTA 4TSBA 1CJ6A 1LW9A 2Z18A 2Z12A 4C5FA 1T6HA 4HJYA 153LA 1BQLY 5KXKA 1C6MA 4PK0A 1CV5A 4CGEA 1BVXA 2ZIJA 2G4NA 3A92A 1BVKC 2LZTA 1D3MA 5LVHA 3J6KA 181LA 1GF8A 1UIHA 2NTHA 3LZ2A 1DYAA 187LA 2BQIA 4TX7A 1XJTA 259LA 107LA 2DBTA 159LA 253LA 2BQGA 1IOCA 142LA 1TDYA 1L07A 5M1YA 2YVBA 2L78A 1JJ0A 1C10A 4I7MA 2FBBA 2HEFA 4H91A 1IEEA 1G0MA 1L75A 1DI3A 2F4AA 1GB3A 222LA 1HF4A 1LJJA 2OTZX 2N5ZA 5APEA 173LA 3TXGA 103LA 1LWGA 1FN5A 186LA 1L74A 1REMA 1FKVA 1L65A 4KL7A 1LSAA 3RT5X 1BB7A 2I26L 2ZYPA 3L64A 1JQUA 1AT6A 1SX2A 3FA0A 1LZDA 2ZQ3A 1NHEA 1JUGA 3AZ6A 227LA 5F81A 3HTFA 4HTQA 1B9OA 3AZ5A 4AXTA 4XJHA 1KS3A 1REYA 2B6ZA 2NWDX 1I6SA 4CJ2A 2CWIA 1ZURA 1L04A 1L13A 4I7RA 4PJ2C 4XJGA 2GV0A 200LA 1IP6A 3DN8A 1IR7A 1LJGA 1G1VA 4EKSA 1IY4A 2DQEY 1GE4A 5B06A 1LZNA 1NBZC 3EMSA 1L20A 1LPYA 1FBIX 248LA 1T97A 1L90A 3T6UA 1C6EA 3A90A 3GUIA 1L46A 4A7DA 3GUMA 4ZFPA 2DQFC 1L92A 4IAPA 4XJDA 148LE 4OO9A 1GF4A 4YM8A 1L25A 207LA 1CU5A 5DM9A 1G7MC 1WVVA 5FSTA 3HBEX 236LA 4PRUA 1C6AA 1L00A 2YBHA 4QEQA 3LYZA 4ET8A 4EKQA 1GB2A 3M18B 1CV1A 1NBYC 1LZ1A 1JIYA 4EJ4A 1B5ZA 1LZRA 1P2CC 1JKCA 3SB9A 3BKVA 5IHGA 3NY9A 1IP4A 1L58A 1I20A 4B4EA 1B5YA 1C7PA 1TAYA 5LAFA 3VWOA 1L05A 3AGIA 1C68A 4YXCA 132LA 1TBYA 1G07A 5EBHA 1OWYA 5L3HA 161LA 3FI5A 3AGHA 2ZILA 2DQHY 2BQNA 261LA 1HELA 197LA 154LA 1QUOA 4H94A 1VAUA 1IOSA 1KY0A 4II8A 1L93A 3PDSA 177LA 4N9RA 4CHXA 4NGVA 2MEHA 1IWUA 3B72A 4LFPA 193LA 1L06A 1L33A 5DN4A 2WARA 1OYUA 4EXMA 4WMGA 4XN6A 3LZMA 1GF7A 3DN2A 4G49A 255LA 1GFHA 1JWRA 1L27A 3HT9A 3HBHA 1SLYA 4W57A 2D4KA 1L15A 1D2YA 4OWBA 146LA 4OWCA 1D6QA 1B5WA 257LA 4I0CA 3L2XA 2F47A 191LA 1L01A 1N4FA 7LYZA 2RBPA 1YIKA 3W6AA 1C66A 1YAPA 4BAFA 1JISA 3WPJA 1GFTA 5ILFA 1XJUA 2DQCY 164LA 4FDYA 1GEVA 1LYHA 1B6IA 2H9JA 1UCOA 5HQ1A 1HERA 1G1WA 1OUGA 4DDBA 4H8XA 1LZTA 1HNLA 2BQLA 5II3A 5KKJA 2Z39A 4G9SA 1L95A 1L67A 5HMVA 3G3AB 3N9EA 2DQDY 4Z41A 4DQJA 151LA 1LZ8A 1LSZA 1P3NA 3WPLA 3A96A 4MCKA 1L68A 1LMNA 1LOZA 1LYYA 1QS5A 1WTNA 1GB8A 3TMUA 3D4SA 190LA 1F6SA 1AZFA 3CT5A 245LA 3EMLA 3DMZA 2OE4X 1BWHA 3A6CY 1DYEA 1P6YA 1CTWA 3J4GA 2B6WA 2LYZA 2PC2A 5LVGA 3QNGA 1LZAA 3C7ZA 244LA 1ZVYB 185LA 1YKZX 3TXDA 1OV7A 1YAQA 2YSSC 4YEMA 156LA 1CUPA 1XGUC 1HSXA 1W08A 2YDGA 4HV2A 3DMVA 4NSGA 1L14A 230LA 3SBBC 4G4HA 4AGAA 2F30A 1GBXA 1QSWA 5F9UA 1LMQA 1P7SA 3A67Y 1EQ4A 1B7OA 1CKHA 4L41A 4HPIA 4G4BA 1BB3A 2IHLA 4KT3A 3IWRA 1LMOA 5FEKA 192LA 1G06A 223LA 1IWZA 251LA 4UWVA 3LN2A 235LA 1GF0A 2D91A 1L69A 5DLAA 2RBRA 3A91A 1LSDA 3ATNA 1PQOA 1MLCE 1KXXA 3K3TA 3HUKA 3WVXA 1GFJA 250LA 1OVJA 5KY1A 1LYZA 5LYMA 1B7NA 1L19A 1L88A 3C8SA 1C6JA 3C8QA 1NQIA 1L73A 194LA 4ML7A 232LA 215LA 2BQKA 1C6DA 1BB5A 1C6TA 1C6KA 1QUTA 1L54A 4M4OA 4TTDA 1P64A 228LA 1VEDA 226LA 5C6JA 4NSIA 4PJZA 3EBAB 4UWUA 1L77A 1F6RA 195LA 125LA 1CV0A 1T8GA 2Q9DA 5LIOA 9LYZA 1BB6A 1JKDA 141LA 1L36A 1FDLY 3NYAA 3A34A 1FLWA 1TEWA 4CFOA 2B7XA 1LKSA 4W54A 5E9RA 4RLMA 3A6BY 233LA 1GFRA 3HU9A 5LZMA 4EKPA 3CDOA 3GUOA 1IP7A 1IWXA 1LSMA 4ARLA 1CJ9A 5LVKA 4OOOA 2O7AA 1QIOA 2CJLA 1YKXX 3TMWA 5FCPA 5I4XA 1PQDA 1G0QA 160LA 2B70A 182LA 4B4IA 5B07A 1WQQA 4ETCA 2F4GA 1GBWA 2F2QA 1CU3A 3F8VA 1KIPC 3EO5A 1L87A 4WLDA 1DZBX 4XENA 2CGIA 3LYMA 4NGLA 168LA 3AB6A 3C82A 1LYGA 2HEEA 1G7HC 2I6ZA 2DQGY 1HEQA 1LYJA 4DWXA 3K2RA 4EPIA 5F14A 3TXBA 111LA 2YBLA 1GXV2 4WG7A 1YL0X 3SB7A 3NY8A 247LA 3QE8A 5KXXA 3FE0A 1SSYA 2B6YA 4GLVA 1C62A 2EQLA 3GUPA 4GLAA 5F9XA 4LDLA 5FDJA 3RW8A 2FYDA 4NSJA 1FLYA 4WL7A 1HEPA 1L94A 1B7PA 4EKRA 1AM7A 1L76A 4I7OA 1L52A 1JEFA 2RSCA 2W1LA 3CSRA 2LZ2A 229LA 1CKDA 3P66A 1L26A 4RW2A 3LZTA 2BLYA 209LA 5F16A 2YBNA 2EKSC 4WL6A 1VDQA 1DYBA 3TXJA 1IC7Y 4B0DA 133LA 1L81A 3P4ZA 1L29A 1D3NA 1TCYA 6LYZA 1QTZA 1KY1A 1CV6A 1L43A 3CSQA 2LYOA 1LSEA 2BQBA 3AW6A 1L82A 1LZCA 2C8OA 201LA 4ETEA 5LINA 237LA 5KXMA 4ETDA 3DN6A 1LSFA 4UWNA 3HH3A 3W6CA 1FLQA 4DJHA 1GPQC 4RLNA 3HH5A 2YBMA 5LYZA 1A4VA 1C60A 2VB1A 4H9IA 1L45A 1L44A 2I25L 1LI2A 2A7DA 1OUCA 4TWSA 3HUQA 1KIQC 3HTGA 1L10A 7LZMA 4FJRA 4LYMA 1L28A 4I7NA 5KXNA 1LLHA 1GB0A 169LA 1CV4A 2RB0X 3C7YA 1J1OY 1JTNA 1LJKA 1T6VL 2QB0B 5APDA 1JTOL 4HPEA 4OWHA 3IJVA 4DQ5A 3GUNA 1LSYA 4WM2A 4NGYA 1AT5A 3FADA 1INUA 1L99A 2RBSA 2W1YA 1CV3A 1GFKA 1HFXA 1OUDA 3OE8A 3HTBA 3ATOA 4WO9A 1L70A 1EQEA 1QT8A 4ZIXA 3ODUA 4ARMB 5LYTA 1BHZA 3N9CA 4DDCA 4W58A 4H8ZA 1C6PA 139LA 1L98A 4DD2A 4MR1A 1IWYA 1QUGA 114LA 4W51A 1B7LA 1GB9A 1XFPL 5KXYA 163LA 231LA 2EPEA 1LZ9A 3CQLA 3ZVQB 1C63A 1L31A 1LMAA 2BLXA 5I53A 1IVMA 1QSBA 1JTMA 3WU9A 1CU0A 2MEFA 1CU2A 126LA 1SWZA 4DKLA 1C6NA 5D5CA 1J1PY 3HDFA 1IOTA 3FI7A 3WXTA 5ILCA 1L56A 4XADA 158LA 1GEZA 2MECA 1GFUA 5KJ9A 218LA 1L83A 1ZWNA 1GBSA 234LA 2XBRA 1UA6Y 5APFA 258LA 1IC4Y 1GF3A 1LGUA 4GN5C 3MGWA 1C67A 4LYOA 3OE6A 5FELA 3HT8A 2YBIA 1LSBA 3AYQA 4H9AA 2Z2FA 1JITA 3HU8A 4R0FA 1G7JC 4WM3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L60 A;  1QSQ A;  110L A;  4W94 A;  4NHI A;  1QDR A;  4GN3 A;  1WQN A;  1I1Z A;  4YEO A;  1IP5 A;  4NY5 A;  3HWL A;  1JSE A;  198L A;  5I14 A;  3A93 A;  1CX7 A;  225L A;  5LAG A;  4I7J A;  4NIJ A;  1REZ A;  3JR6 A;  1PQJ A;  1DPW A;  1UIA A;  3HDE A;  162L A;  1D0K A;  1CVK A;  1QTB A;  5I54 A;  3CB7 A;  4LT1 A;  4DYG A;  1L09 A;  220L A;  3SB5 A;  1O23 A;  3WU8 A;  1UIB A;  1XGP C;  3AZ4 A;  5HNL A;  4HSF A;  3A3R X;  1L84 A;  3TXE A;  1C61 A;  5A3Z A;  5LA8 A;  1WQR A;  4ARQ B;  4HTN A;  260L A;  1UIF A;  5L9J A;  1L21 A;  3DN4 A;  1HSW A;  4LGK A;  3W6F A;  4U3X B;  1Z55 A;  1YRO A;  4OOT A;  4TSB A;  1CJ6 A;  1LW9 A;  2Z18 A;  2Z12 A;  4C5F A;  1T6H A;  4HJY A;  153L A;  1BQL Y;  5KXK A;  1C6M A;  4PK0 A;  1CV5 A;  4CGE A;  1BVX A;  2ZIJ A;  2G4N A;  3A92 A;  1BVK C;  2LZT A;  1D3M A;  5LVH A;  3J6K A;  181L A;  1GF8 A;  1UIH A;  2NTH A;  3LZ2 A;  1DYA A;  187L A;  2BQI A;  4TX7 A;  1XJT A;  259L A;  107L A;  2DBT A;  159L A;  253L A;  2BQG A;  1IOC A;  142L A;  1TDY A;  1L07 A;  5M1Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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