149LA

Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNLFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 149lA00
3C8SA 2RAZX 1LGXA 1OWZA 160LA 1QT4A 157LA 1L57A 3HTBA 1L22A 1C6AA 1CU3A 2QB0B 4W53A 146LA 1LPYA 2OTZX 107LA 120LA 1L74A 111LA 227LA 231LA 3SB5A 1CV6A 3F8VA 1DYGA 221LA 145LA 1L65A 1C61A 1DYBA 1L96A 1L37A 3HWLA 1P5CA 228LA 2HUMA 2B75A 186LA 3VW7A 3C82A 3DMVA 175LA 1L99A 163LA 2RBQA 1L61A 150LA 3PDSA 103LA 1L87A 4I7PA 2ANVA 4I7RA 183LA 3G3VA 1L73A 1L28A 4S0WA 1QUGA 1QT7A 2B74A 155LA 1QUDA 210LA 3HT6A 1T8GA 1D3MA 1L53A 1WTHA 4OO9A 1L71A 1CV1A 3C7ZA 3HH6A 1CX7A 1L13A 1G0JA 129LA 2F47A 4EPIA 1L50A 178LA 3L64A 214LA 1L39A 1L24A 1L01A 1L35A 2OU8A 161LA 3C83A 3K2RA 1CX6A 212LA 1D3JA 2F32A 2RH1A 1LYDA 1L03A 1L59A 230LA 1QT6A 3C7YA 1P2RA 1PQIA 3GULA 1CU6A 1QT8A 1L98A 3HDEA 3L2XA 1L21A 173LA 3HT8A 3OE8A 4I7QA 1KY1A 4I7MA 4ARLA 1L94A 4ARQB 1QTDA 4LDLA 253LA 6LZMA 226LA 2OTYX 7LZMA 3HH3A 2B6WA 1KNIA 137LA 1P2LA 3HUKA 148LE 261LA 1PQDA 130LA 2NTGA 211LA 125LA 1L49A 1L12A 4DJHA 1T8FA 4GBRB 3CDOA 1QTBA 159LA 1PQMA 1P7SA 1C62A 1C63A 1C6HA 1C69A 1I6SA 1ZURA 1KY0A 1L66A 1KW5A 1LWKA 197LA 109LA 1L30A 2B6TA 169LA 1C6FA 1L11A 141LA 1P3NA 1LI6A 240LA 1C6BA 248LA 1L92A 2OE9X 1DYAA 3CDQA 4EJ4A 1L84A 246LA 199LA 218LA 3LZMA 115LA 1SSWA 1C6LA 1SX2A 138LA 4DAJA 3HT7A 1C6JA 1D2YA 1CU5A 3C8RA 2B6YA 3PBLA 166LA 229LA 128LA 1T6HA 3C81A 1G0LA 4ZPUA 2L78A 4W57A 3GUKA 1ZWNA 156LA 1L36A 2F2QA 1L90A 4E97A 4YXAC 3HTFA 1L42A 104LA 1CV4A 2B73A 3FI5A 3DN2A 1L0JA 1LW9A 3QAKA 5I14A 4ARPA 1C6KA 238LA 5LZMA 1C6TA 4YXCA 234LA 1L62A 1L93A 1L85A 3JR6A 1P36A 244LA 3RZEA 236LA 1C65A 1L38A 1LI3A 1G0PA 4ARJA 1G0KA 1CVKA 3HT9A 1C66A 4W52A 4W58A 1L04A 3V2WA 4LDEA 4EPFA 1C6EA 239LA 123LA 187LA 242LA 1QUHA 1L44A 1OV7A 1XEPA 3ODUA 4I7LA 1L58A 1DYEA 4EKPA 3DNAA 142LA 1QTZA 1QTVA 3SB6A 1L82A 2LCBA 1LYFA 1L60A 3C8QA 1L77A 3HUAA 1L08A 1C67A 1EPYA 3GUIA 152LA 1QSQA 3CDTA 143LA 2LZMA 127LA 3RUNA 1C64A 1L23A 174LA 1PQKA 2CUUA 1DYFA 3DN4A 158LA 1CV3A 1PQJA 3GUNA 3HH4A 250LA 1K28A 1L51A 3G3XA 1LYHA 1XJUA 4LDOA 4IAPA 3GUOA 3SB8A 1L17A 2O79A 4EKSA 1OVKA 188LA 258LA 1JTNA 1G1VA 198LA 1OVHA 3SN6R 165LA 1SWZA 2RBPA 3OE6A 1L86A 190LA 3OE0A 3F9LA 1L16A 1G1WA 1JTMA 2RAYX 164LA 126LA 131LA 3SB7A 4EXMA 1SX7A 1P6YA 147LA 1DYCA 4I7SA 1C60A 4ARMA 1QT3A 4W51A 1CUPA 3UONA 119LA 184LA 1L97A 182LA 195LA 1D3FA 1L25A 1L29A 200LA 1QTCA 2LC9A 3NY8A 171LA 4W55A 1L34A 1PQOA 3DN0A 1LWGA 3EMLA 185LA 1L80A 3SBAA 205LA 1P46A 2Z6BA 1L31A 191LA 2O4WA 224LA 3FADA 3HU8A 1L43A 1KS3A 241LA 2RBOA 1L06A 3HH5A 2RB0X 1G0MA 3OE9A 181LA 1L72A 4PJZA 262LA 213LA 110LA 1ZYTA 2RBSA 1L67A 3HDFA 1QS5A 3DN6A 3HU9A 1C6MA 1L54A 255LA 144LA 170LA 1T8AA 1QUOA 2RBRA 2IGCA 1L89A 2OE4X 1OWYA 1L20A 251LA 118LA 257LA 162LA 196LA 2NTHA 177LA 2HULA 1L95A 1LGUA 2B7XA 4PK0A 252LA 1CV0A 222LA 4I7TA 1C6NA 217LA 1L69A 172LA 1L79A 220LA 3G3WA 4EKQA 1L05A 4DKLA 4YX7C 1NHBA 140LA 3DN8A 2B6ZA 1L26A 2OEAX 1L00A 1CU0A 102LA 1G0QA 1L0KA 1L56A 215LA 2HUKA 4EKRA 1L91A 1L41A 1LYEA 216LA 254LA 3NY9A 1C6GA 2Q9EA 3D4SA 1D2WA 4W59A 2Q9DA 1XJTA 2RBNA 235LA 1L52A 1L83A 1L47A 1LI2A 3HTDA 259LA 232LA 4I7NA 1L48A 3CDVA 1L68A 114LA 3DMZA 1CTWA 1G06A 1C68A 1L88A 4ARMB 219LA 1LGWA 3C80A 3C7WA 1DYDA 3HTGA 3CDRA 243LA 3FA0A 4GRVA 1QS9A 1D3NA 180LA 1P37A 1QT5A 3DKEX 249LA 1SSYA 4I7KA 113LA 4K5YA 149LA 3GUJA 168LA 1L32A 1L81A 1L10A 4LZMA 2RB1X 260LA 3DN1A 3SB9A 3GUPA 233LA 2B72A 256LA 1L27A 4AQNA 1C6PA 2OU9A 1C6DA 1L15A 1T97A 1P64A 1L07A 1QTHA 1L46A 1L09A 1L33A 1L45A 2ANXA 3SBBC 3DMXA 151LA 1LYGA 4W56A 1L02A 1L75A 1LYIA 1C6CA 192LA 1G07A 1L70A 1LLHA 1OVJA 189LA 1OV5A 4I7JA 167LA 2RB2X 1KW7A 1D9WA 1L63A 3HUQA 176LA 2OE7X 1SWYA 1G0GA 122LA 1L76A 1L19A 209LA 245LA 2B6XA 1JQUA 1C6QA 1P56A 247LA 3GUMA 112LA 2QARC 4W54A 1L14A 3V2YA 139LA 201LA 2O7AA 3DN3A 1B6IA 1CU2A 206LA 1L18A 1L55A 4I7OA 1CV5A 1OYUA 225LA 1CUQA 1QSBA 1LYJA 237LA 1C6IA 4ARQA 2B70A 223LA 108LA 2A4TA 3NYAA 1TLAA 1L40A 1L64A 2OU0X
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1AKIA 1LGXA 1OWZA 4O34A 3J6KA 1GFVA 1XGUC 3HTBA 1L57A 1L22A 1C6AA 1TCYA 1B0DA 3SB5A 4YM8A 145LA 1GF0A 2Z18A 1HSXA 1P5CA 186LA 1LZNA 1B7NA 1BB3A 3TMWA 3TXEA 4DDCA 5LYMA 175LA 1L99A 1GFEA 1JUGA 1L61A 5LINA 4H91A 3PDSA 103LA 1L87A 4I7RA 1IWUA 1L73A 4S0WA 1QUGA 154LA 1GB9A 5D5FA 1D3MA 1FLYA 1WTHA 1UIDA 3EMSA 2Z39A 1L50A 178LA 1HSWA 4XN6A 3GXKA 1LOZA 2CJLA 4G4BA 1Z55A 4TUNA 5APFA 2F32A 1LPIA 1LYDA 1QT6A 3C7YA 3GULA 3AJNA 4NY5A 4G49A 1B7PA 4EMNA 1LJIA 3MGWA 4MCKA 2DQJY 1D0KA 4DQ7A 4I7MA 1ALCA 1UC0A 1QIOA 4ARQB 5LAGA 226LA 5IELA 7LZMA 3CT5A 4WLYA 1RFPA 5DM9A 1NWGA 1QSAA 4DT3A 148LE 261LA 2EPEA 130LA 3IWRA 1GBXA 1L12A 1NMMA 2RSCA 4GBRB 1GB8A 1WTNA 1QTBA 4CJ2A 1C08C 1F0WA 193LA 1PQMA 1P7SA 1C63A 4ETBA 1KY0A 1L30A 5A3EA 1C6FA 141LA 1VDSA 1LI6A 1XEIA 2OE9X 1AM7A 4NSIA 2ZIJA 1LYSA 4NEBA 1L84A 246LA 2DQGY 4AXTA 3WPLA 3LZMA 1FBIX 1SX2A 1CU5A 3PBLA 4WLTA 4HTKA 1LZTA 4W57A 4ZEEA 4XENA 3W6FA 1L36A 1B7RA 4YXAC 3B6LA 4E97A 104LA 1CV4A 3P65A 4HPEA 2DBTA 2ZNXY 3QAKA 4ARPA 4NGZA 1B2KA 1JKAA 1C6TA 4YXCA 1IO5A 1FLWA 234LA 4YEOA 1LHMA 2DQAA 4HV1A 1L93A 3JR6A 4P2EA 4UWNA 4B0DA 3B0KA 4OWEA 1LI3A 4XYYA 9LYZA 1G0KA 1NDGC 1BB6A 1C66A 2DQIY 4W58A 3V2WA 4LDEA 1LSZA 239LA 242LA 3WU7A 3ZVQA 4QY9A 5LYZA 1OV7A 3AW7A 5DL9A 4QEQA 1L58A 3SB6A 1L08A 1EPYA 1GE2A 3CDTA 3A91A 4XJIA 127LA 7LYZA 3RZ4A 174LA 3LHMA 1PQKA 132LA 1GF4A 1GB7A 4RLMA 3GUNA 1K28A 3G3XA 1LYHA 2DQEY 3GUOA 2O79A 4RDSA 2Z38A 1LJHA 1G1VA 1OVHA 2GV0A 1JIYA 3OE6A 1L86A 1GE0A 3OE0A 1G1WA 2RAYX 5B06A 4W94A 4NSJA 1CKGA 1C60A 1QT3A 1CUPA 1DI3A 119LA 4ET9A 2IFFY 1L97A 4ARMA 1D3FA 2LC9A 3NY8A 1JKBA 3CB7A 3WMKA 1QSWA 135LA 1GEZA 3EMLA 185LA 4LT1A 3SBAA 1GE4A 1W6ZA 1P46A 191LA 3HU8A 1GBSA 4CGEA 1LZ1A 1JSEA 1V7TA 2RBOA 3AZ6A 4PJZA 4WOAA 4N9RA 3WVXA 262LA 5KXLA 2PC2A 3ZVQB 1UIHA 2D4KA 3A67Y 2RBRA 2OE4X 4H9HA 3D9AC 1GE1A 2Z2EA 4DD3A 217LA 5F14A 1L05A 4LFXA 4HJYA 4DKLA 4LYBA 4TX7A 1G7JC 3DN8A 4CHXA 3CSZA 1D6PA 1CU0A 4HJVA 102LA 1G0QA 1HELA 4H90A 4OWHA 215LA 1J1OY 1EQEA 1L91A 3ZEKA 254LA 3LYZA 5LA5A 1GF6A 1LSCA 4R6CA 2RBNA 235LA 1GAYA 5KXPA 1D0LA 1EL1A 1L68A 114LA 1L88A 1C68A 2BAAA 4ARMB 1GFTA 1EQ4A 1IOQA 3C7WA 4UWVA 1LZDA 2DQHY 243LA 4ANRA 3FA0A 3HFMY 1QT5A 1C46A 113LA 1LSPA 1LJKA 3GUJA 4H94A 4K5YA 168LA 1GHLA 4WM6A 1L81A 3WXTA 1FDLY 4LZMA 1QTKA 1GBWA 2AUBA 2B72A 4NGOA 4ML7A 1C6PA 4OOOA 3TMVA 2OU9A 2MEIA 1L15A 1LSMA 1L07A 4BAPA 4DD7A 4XJDA 1QTEA 6LYTA 1GFRA 2Y8PA 3DMXA 5L3IA 1L75A 2BQMA 4B49A 1C6CA 1LLHA 1HERA 167LA 1CJ9A 4UWUA 3HUQA 1SWYA 3QE8A 1LZCA 4H9CA 1L19A 1DI5A 3AW6A 4D9ZA 3GUMA 3BKVA 139LA 201LA 5LIOA 1MLCE 3B0IA 3TMXA 1GB2A 4WO6A 1QSBA 1HF4A 2A7FA 1IWXA 2A4TA 2HTXA 2YSSC 4N5RA 4C5FA 2OU0X 3A94A 146LA 2OTZX 1GB6A 3WYHA 227LA 1B5VA 1L65A 1DYBA 4DD2A 1L37A 3WUNA 134LA 1CKFA 2B75A 4OW1A 3VW7A 3SP3A 1GB5A 2EKSC 2ZYCA 2BLXA 2CWIA 163LA 1NKHA 2RBQA 5I4XA 1I1ZA 2ANVA 4TSBA 1L28A 4KXIA 2HEFA 2EQLA 155LA 1C7PA 1QUDA 1YAMA 3HT6A 2Z12A 1L53A 4OO9A 1CV1A 3C7ZA 3HH6A 4WL6A 1G0JA 1JTOL 2F47A 4DD9A 3P4ZA 1LHHA 4PPOA 5KXTA 5APEA 1IX0A 1L01A 1L35A 3AZ5A 3K2RA 1CX6A 2W1YA 2RH1A 4WM5A 1J1PY 230LA 2MEGA 1P2RA 1PQIA 3A93A 1GF8A 2LHMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1AKI A;  1LGX A;  1OWZ A;  4O34 A;  3J6K A;  1GFV A;  1XGU C;  3HTB A;  1L57 A;  1L22 A;  1C6A A;  1TCY A;  1B0D A;  3SB5 A;  4YM8 A;  145L A;  1GF0 A;  2Z18 A;  1HSX A;  1P5C A;  186L A;  1LZN A;  1B7N A;  1BB3 A;  3TMW A;  3TXE A;  4DDC A;  5LYM A;  175L A;  1L99 A;  1GFE A;  1JUG A;  1L61 A;  5LIN A;  4H91 A;  3PDS A;  103L A;  1L87 A;  4I7R A;  1IWU A;  1L73 A;  4S0W A;  1QUG A;  154L A;  1GB9 A;  5D5F A;  1D3M A;  1FLY A;  1WTH A;  1UID A;  3EMS A;  2Z39 A;  1L50 A;  178L A;  1HSW A;  4XN6 A;  3GXK A;  1LOZ A;  2CJL A;  4G4B A;  1Z55 A;  4TUN A;  5APF A;  2F32 A;  1LPI A;  1LYD A;  1QT6 A;  3C7Y A;  3GUL A;  3AJN A;  4NY5 A;  4G49 A;  1B7P A;  4EMN A;  1LJI A;  3MGW A;  4MCK A;  2DQJ Y;  1D0K A;  4DQ7 A;  4I7M A;  1ALC A;  1UC0 A;  1QIO A;  4ARQ B;  5LAG A;  226L A;  5IEL A;  7LZM A;  3CT5 A;  4WLY A;  1RFP A;  5DM9 A;  1NWG A;  1QSA A;  4DT3 A;  148L E;  261L A;  2EPE A;  130L A;  3IWR A;  1GBX A;  1L12 A;  1NMM A;  2RSC A;  4GBR B;  1GB8 A;  1WTN A;  1QTB A;  4CJ2 A;  1C08 C;  1F0W A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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