149LA

Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 59
204060801001201401600102030405060
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNLFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-112)3H1 (159-161)S1 (13-19)EMPTYTI'1 (54-57)TIV1 (20-23)S2 (25-29)TIV2 (27-30)AH3 (60-79)S3 (31-34)AH2 (39-50)AH8 (137-141)AH6 (115-123)AH7 (126-134)AH9 (143-155)AH4 (83-90)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 149lA00
3ODUA 4DJHA 177LA 2O7AA 244LA 3NYAA 4ARPA 1C6NA 3G3XA 1SSWA 4LZMA 251LA 2RBSA 1L07A 1L73A 2ANXA 2RB1X 168LA 161LA 1T97A 1D3NA 1C64A 3NY8A 210LA 3D4SA 2RB0X 142LA 1L0JA 1L56A 1L89A 2B6XA 1LYHA 3OE6A 1D3JA 1L08A 1CV3A 1L05A 1LPYA 4LDOA 1LGUA 1DYBA 2F2QA 1L77A 1L96A 1PQOA 2OE9X 1L81A 1CU3A 1LYEA 214LA 126LA 1LWGA 1DYGA 1L95A 1L52A 4ARJA 4W58A 3HTGA 4ARMB 1C6CA 3FADA 146LA 4W51A 249LA 192LA 190LA 260LA 1QUDA 3HT9A 1CV5A 2B6ZA 4W53A 1L51A 1G0KA 1QT8A 127LA 1C67A 1L02A 1QTHA 1LYFA 3DN0A 3HWLA 1L15A 1C6BA 1P7SA 232LA 2B70A 7LZMA 186LA 1L63A 1QT3A 104LA 1C6EA 212LA 3C7YA 1L42A 3HTBA 2LC9A 1OVKA 3HDEA 1L76A 3OE0A 181LA 245LA 2B6YA 2B72A 1L65A 1G1WA 1XJTA 1K28A 182LA 1T8AA 4ZPUA 3UONA 2RAZX 1C6IA 2OEAX 209LA 1LYIA 242LA 3GUIA 1C68A 1L64A 248LA 166LA 1KW7A 1PQIA 1C62A 178LA 3C8QA 243LA 1SWYA 1QUHA 2OTZX 4I7LA 206LA 1L38A 219LA 3HT6A 1SX7A 1L03A 1KW5A 149LA 1CUPA 3F9LA 3JR6A 217LA 223LA 1LI3A 4I7MA 3FI5A 4EJ4A 1G0PA 2B6WA 2RAYX 2O4WA 175LA 1L93A 3VW7A 172LA 255LA 3LZMA 4EXMA 3DKEX 162LA 1P56A 1L85A 4I7RA 4W56A 1QTCA 3V2YA 2RBRA 1G0GA 2RH1A 3L2XA 174LA 234LA 3SB6A 224LA 3HU8A 3HTFA 1L20A 1LI2A 213LA 1QT6A 2F32A 4I7SA 1JTMA 1L35A 3GUJA 4EKPA 252LA 3HUKA 1L00A 226LA 1L28A 1LLHA 1CU0A 1QSBA 158LA 1G0QA 1G0LA 1D3MA 1P2LA 1L41A 1L97A 4PJZA 148LE 1C66A 4GBRB 108LA 200LA 3V2WA 1L36A 159LA 1QS9A 2HULA 3OE8A 4I7NA 235LA 1L25A 1L70A 3CDTA 3OE9A 1L59A 3L64A 1L99A 120LA 3DN2A 258LA 3GUKA 205LA 160LA 1LWKA 1OYUA 2LCBA 110LA 1OWYA 4I7KA 3HUQA 1C6QA 102LA 1L66A 1C65A 131LA 141LA 2B73A 1C6DA 1QTZA 1B6IA 1L40A 3DN1A 1CV0A 262LA 4W59A 3DN3A 3GULA 125LA 4EKRA 1DYCA 3DN4A 218LA 3CDVA 107LA 1DYEA 1L47A 1L71A 1L49A 1KY1A 1WTHA 3HH6A 1L01A 4YXAC 3C8SA 1G0MA 3GUNA 4YXCA 1L83A 111LA 1L0KA 1L21A 5LZMA 122LA 129LA 1CX7A 1L61A 1TLAA 4ARMA 1G0JA 1SWZA 230LA 1ZWNA 3DN8A 4E97A 1L57A 1L32A 1L87A 1QS5A 2O79A 1CU6A 1L27A 4EKQA 4YX7C 247LA 196LA 3RZEA 1G06A 2CUUA 167LA 1C6PA 1L92A 2OU8A 4I7OA 1L37A 4I7PA 2RBOA 222LA 1C6GA 118LA 140LA 1L86A 1C61A 1C6FA 3SB9A 1OVJA 2HUMA 1L18A 2B74A 1P2RA 183LA 1ZYTA 246LA 176LA 3C7WA 156LA 3F8VA 1L12A 3HU9A 112LA 4EPIA 1P3NA 1L55A 3CDRA 1L98A 1QT5A 143LA 1C6HA 227LA 3NY9A 157LA 1L50A 2IGCA 189LA 195LA 147LA 1CX6A 1OV5A 164LA 1C6AA 1L30A 1C69A 1CU2A 1G1VA 254LA 1I6SA 3SBBC 2OE4X 1L19A 3HUAA 191LA 130LA 1OWZA 152LA 1L11A 1L62A 1L79A 250LA 1L22A 236LA 4ARQB 1LYJA 239LA 1JTNA 4EPFA 1P37A 1CU5A 1P36A 1P6YA 1C6JA 238LA 4I7QA 144LA 1L69A 4EKSA 1P46A 201LA 1L53A 261LA 3HDFA 1PQKA 1L17A 3G3VA 4AQNA 1L26A 1SSYA 3DN6A 1DYAA 187LA 1QTDA 2Z6BA 1XJUA 1LYDA 2RBQA 1L91A 184LA 4LDEA 2NTHA 3DMXA 1XEPA 1L68A 231LA 257LA 1CVKA 1KNIA 3PBLA 240LA 1L06A 228LA 1T8FA 119LA 1CV1A 1L45A 1EPYA 2L78A 1L43A 1L88A 1L75A 3SB7A 2B7XA 221LA 5I14A 171LA 1QUGA 1T6HA 1QUOA 3GUPA 1DYFA 211LA 3SBAA 2OE7X 1L23A 3GUOA 198LA 1D3FA 4W57A 4S0WA 2QB0B 1PQDA 6LZMA 1L39A 1KS3A 2ANVA 3FA0A 1L84A 3DNAA 1L04A 237LA 1L94A 1L80A 1LW9A 188LA 115LA 3EMLA 1L72A 220LA 4PK0A 1L54A 2RBPA 3C83A 1PQMA 2OTYX 1NHBA 137LA 4DAJA 4IAPA 1DYDA 1LI6A 253LA 169LA 3C80A 1LGWA 1JQUA 256LA 4W52A 233LA 4W55A 1L09A 151LA 2OU0X 3HH4A 2Q9DA 216LA 1L48A 3QAKA 1L31A 1L29A 3PDSA 1L90A 4K5YA 1LGXA 2B6TA 199LA 180LA 3K2RA 1L46A 4I7TA 139LA 3HH5A 3HTDA 197LA 1CV6A 2HUKA 1L67A 2B75A 1LYGA 2Q9EA 3G3WA 4ARLA 109LA 1L82A 3SB5A 185LA 1C6KA 1L60A 138LA 114LA 241LA 113LA 1C6TA 215LA 225LA 3HT8A 3C82A 3C7ZA 1G07A 3CDOA 259LA 1C60A 1QTVA 2RBNA 1C63A 1P64A 173LA 3SB8A 1L33A 3CDQA 4DKLA 1C6MA 3HT7A 1L44A 1D2YA 1C6LA 2QARC 3RUNA 4LDLA 145LA 1PQJA 165LA 150LA 4ARQA 1CV4A 170LA 128LA 3C81A 1L34A 123LA 1KY0A 1QTBA 163LA 1L58A 3DMVA 2RB2X 1CTWA 2F47A 3C8RA 4W54A 1OVHA 1SX2A 155LA 1QT7A 2LZMA 3HH3A 1D9WA 1QT4A 2NTGA 103LA 1QSQA 1ZURA 2A4TA 1L24A 1OV7A 1T8GA 3SN6R 2OU9A 1D2WA 1L10A 1L74A 3GUMA 1P5CA 4GRVA 1L16A 4OO9A 1L14A 4I7JA 3DMZA 1L13A 229LA 1CUQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NYAA 1C6NA 1G7JC 1QUSA 1KXYA 4DD7A 1SSWA 5APDA 3OK0A 4C3WA 251LA 1TBYA 2ANXA 1B7SA 168LA 161LA 3WUNA 5L9JA 4KXIA 1C64A 3D4SA 2RB0X 2YBNA 1L56A 1L89A 1TEWA 1G7LC 3B0IA 1L77A 126LA 1DYGA 1LJFA 4H8XA 1LHHA 4ARMB 4D9ZA 3FADA 1JKAA 190LA 1XEJA 4H8ZA 260LA 1QUDA 3LZTA 1L51A 1LJ4A 1L02A 2BQHA 153LA 2BQNA 1IP7A 7LZMA 186LA 1H6MA 3LYMA 3WMKA 1HEOA 1CJ6A 104LA 1C6EA 3HDEA 1L76A 2F30A 1GBXA 4R0FA 1GF8A 182LA 134LA 4ZPUA 1LSAA 209LA 242LA 3GUIA 5C6LA 1C68A 1LZ4A 2ZNWY 5LYZA 1JISA 4NG1A 1HFYA 1PQIA 1QDRA 178LA 1GFEA 3C8QA 2OTZX 1LHIA 3LYTA 1L03A 149LA 5KXWA 2MEDA 1LI3A 1EQ5A 3FI5A 2BQDA 4QEQA 4PJ2C 1L93A 5I53A 1NHEA 4H90A 3DKEX 5LINA 4QGZA 1P56A 4WOAA 1L85A 5KXSA 1QTCA 1G0GA 3L2XA 3LZ2A 234LA 4B49A 3HU8A 3TXJA 213LA 1QT6A 2F32A 2YBLA 5A3EA 4EKPA 1HEQA 226LA 3TXEA 4PJZA 1PS5A 1L41A 1HEMA 4WLDA 1HSWA 2HULA 1BHZA 3OE8A 1IWTA 1B5WA 4B1AA 3L64A 4IATA 1L99A 4LYBA 1GBYA 2BQKA 258LA 1YL1X 2I25L 3E3DA 5HNCA 4TUNA 5IELA 2LCBA 3RW8A 5KJ9A 3D3DA 102LA 1LZEA 1PZYA 141LA 3HFMY 1REYA 4NHTA 5HQ1A 1LZNA 5D5CA 1FKQA 3GULA 3D9AC 125LA 3AGIA 1DYCA 3CDVA 107LA 1DYEA 3J6KA 4P2EA 1TAYA 1WTHA 1GFRA 1ZMYL 4PRQA 5LZMA 2W1YA 1CX7A 1JKDA 1L61A 2DQDY 4ARMA 4DD1A 4OWHA 2LYZA 3DN8A 1GFKA 1L57A 193LA 1QS5A 1LZRA 4BS7A 5FEKA 3W6EA 1CU6A 4XYYA 4YX7C 3T36A 5LVHA 167LA 2OU8A 4I7OA 4I7PA 4OOTA 2RBOA 3FI7A 3A3RX 1IP6A 1DKJA 1IOCA 1JWRA 1WQQA 4KT3A 2B74A 1P2RA 183LA 1LOZA 3C7WA 156LA 4ETEA 154LA 112LA 5FCPA 1L55A 2HEFA 1IC5Y 3CDRA 1QT5A 1L50A 189LA 1CX6A 1C6AA 1L30A 1I6SA 4UWNA 2OE4X 1L19A 191LA 1B7OA 1L62A 1L79A 1OUBA 250LA 1GEVA 1BGIA 1FN5A 4GLAA 5KXOA 3LYOA 1GB0A 1P36A 1C43A 1LHMA 1L69A 1GXXA 1P46A 1JJ1A 201LA 261LA 1PQKA 2MEAA 3G3VA 4AQNA 4NEBA 1GWDA 1VDPA 5II3A 1QTDA 3W6FA 4CGEA 4GN5C 1GB6A 1GBZA 4DYGA 1B9OA 1IP4A 4ET8A 2Y8PA 1LZGA 3DMXA 1L68A 1B7PA 257LA 1GE0A 1KNIA 1F6RA 1J1XY 3PBLA 1T8FA 1WQPA 1REMA 2D4IA 4NGVA 1L75A 4HTNA 4GCFA 5I14A 1LMQA 171LA 2YBMA 6LYTA 1T6HA 1QUOA 1A2YC 1VFBC 1JKBA 5HNLA 4W57A 2QB0B 208LA 2MEIA 1PQDA 2YBIA 6LZMA 1KS3A 1ALCA 3DNAA 3BKHA 2W1LA 2D91A 1XFPL 2C8PA 4LFXA 1GD6A 4NG8A 5FHWA 1AT6A 1SLYA 1YKZX 1LSZA 1LSFA 1PQMA 3WPKA 2OTYX 137LA 2MEFA 169LA 2MEHA 3HBEX 1LSCA 4WO9A 3CT5A 1A4VA 1LCNA 3ATNA 3AB6A 3HH4A 2Q9DA 1L48A 1J1PY 4J0LA 4NGJA 1L29A 4J7VA 1L90A 4K5YA 1LGXA 3K2RA 1L46A 139LA 3HTDA 2HUKA 2B75A 4KL7A 3N9CA 2Q9EA 1GE1A 4NSJA 109LA 3SB5A 185LA 1L60A 138LA 5KKIA 2H9KA 1NF5A 241LA 1IOQA 2BPUA 4B4JA 1C60A 4NGZA 5LYMA 4HJYA 4N8ZA 1L44A 2MEEA 1LJJA 1UIEA 150LA 4WL7A 3C81A 1KY0A 1LYZA 1WQNA 1L58A 2RB2X 1IOTA 3CB7A 3C8RA 1FDLY 1JTOL 1SX2A 155LA 4DDBA 1QT7A 1HFZA 2DQHY 4ZEEA 4XJFA 1L24A 1T8GA 2N5ZA 4HP0A 2OU9A 1HELA 2LHMA 4HTKA 1HERA 3K3TA 132LA 3AJNA 1L16A 1DQJC 2C8OA 1L14A 1IWUA 229LA 1CUQA 244LA 1LSYA 1YAMA 2YSSC 1LKRA 1O23A 4DD9A 4ETBA 2RBSA 4ETCA 1D0LA 1L73A 5APEA 2RB1X 4H91A 5FELA 210LA 5F81A 1UACY 1F10A 4TSCA 5HMVA 4GCDA 1INUA 1L08A 3EMSA 1KIQC 1DYBA 2F2QA 3N9EA 3ZEKA 4H8YA 1OUIA 1PQOA 1L81A 1LYEA 214LA 1LWGA 2HU1A 1L52A 3AW6A 4W58A 5KXMA 1VAUA 1C6CA 1GFGA 2GV0A 3CSQA 4MR1A 3CSZA 5I54A 1GEZA 1GFVA 1LYSA 1QT8A 4CFPA 4AGAA 1LZYA 232LA 1GE2A 2B70A 1L63A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3NYA A;  1C6N A;  1G7J C;  1QUS A;  1KXY A;  4DD7 A;  1SSW A;  5APD A;  3OK0 A;  4C3W A;  251L A;  1TBY A;  2ANX A;  1B7S A;  168L A;  161L A;  3WUN A;  5L9J A;  4KXI A;  1C64 A;  3D4S A;  2RB0 X;  2YBN A;  1L56 A;  1L89 A;  1TEW A;  1G7L C;  3B0I A;  1L77 A;  126L A;  1DYG A;  1LJF A;  4H8X A;  1LHH A;  4ARM B;  4D9Z A;  3FAD A;  1JKA A;  190L A;  1XEJ A;  4H8Z A;  260L A;  1QUD A;  3LZT A;  1L51 A;  1LJ4 A;  1L02 A;  2BQH A;  153L A;  2BQN A;  1IP7 A;  7LZM A;  186L A;  1H6M A;  3LYM A;  3WMK A;  1HEO A;  1CJ6 A;  104L A;  1C6E A;  3HDE A;  1L76 A;  2F30 A;  1GBX A;  4R0F A;  1GF8 A;  182L A;  134L A;  4ZPU A;  1LSA A;  209L A;  242L A;  3GUI A;  5C6L A;  1C68 A;  1LZ4 A;  2ZNW Y;  5LYZ A;  1JIS A;  4NG1 A;  1HFY A;  1PQI A;  1QDR A;  178L A;  1GFE A;  3C8Q A;  2OTZ X;  1LHI A;  3LYT A;  1L03 A;  149L A;  5KXW A;  2MED A;  1LI3 A;  1EQ5 A;  3FI5 A;  2BQD A;  4QEQ A;  4PJ2 C;  1L93 A;  5I53 A;  1NHE A;  4H90 A;  3DKE X;  5LIN A;  4QGZ A;  1P56 A;  4WOA A;  1L85 A;  5KXS A;  1QTC A;  1G0G A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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