150LA

Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEILRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 54
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 150lA00
1P2RA 1L49A 3RUNA 219LA 1L20A 1L72A 206LA 103LA 1LWGA 3CDRA 1QT7A 1QS9A 2O7AA 1L97A 3GUPA 1G0GA 1QS5A 247LA 4GRVA 255LA 1L64A 3G3WA 1NHBA 1G07A 249LA 1CX7A 199LA 2OU8A 147LA 4EJ4A 107LA 158LA 196LA 1L0JA 3HDFA 4ARQA 2B6WA 189LA 125LA 1D2YA 1LGXA 1QUDA 1KW7A 3DKEX 250LA 1DYDA 1L19A 4LDLA 3HT9A 1L90A 252LA 2RBOA 2OU9A 145LA 232LA 262LA 146LA 170LA 2HUMA 1L46A 1OWZA 1L91A 4LDEA 3F9LA 2B73A 1D9WA 3C80A 1OVJA 1QTHA 1LW9A 2OTZX 243LA 4DAJA 129LA 1SSWA 4I7QA 4EKRA 1LI3A 1JQUA 257LA 1L23A 1P6YA 178LA 3GUKA 137LA 1L37A 230LA 4EKQA 1XJTA 201LA 149LA 4PK0A 2OTYX 3EMLA 4LDOA 139LA 186LA 3SN6R 3PDSA 3FI5A 3HUQA 1L22A 1L30A 6LZMA 2NTHA 1PQDA 7LZMA 1LI6A 171LA 1LYIA 1T8FA 1CTWA 1OWYA 2RAYX 1C6TA 1OVHA 4EXMA 1G1VA 3HT7A 246LA 1L15A 1DYBA 1P64A 215LA 3DMVA 3VW7A 4IAPA 1C6AA 3SB8A 3SB5A 166LA 1C67A 3HTGA 224LA 1L59A 3DN0A 1P2LA 1G0QA 1T6HA 4W59A 2RBQA 241LA 3FA0A 114LA 1C6MA 2F2QA 1L73A 217LA 222LA 3HTFA 3OE9A 1L76A 1C68A 1I6SA 221LA 181LA 108LA 1G0PA 1PQOA 3SBBC 1C6FA 1C6KA 2LZMA 143LA 1L35A 1P36A 1L33A 1QUHA 2B7XA 4OO9A 4PJZA 2RBRA 4ZPUA 3DN8A 2LC9A 3HT8A 1QTBA 2Q9EA 4YXAC 3GUNA 1PQMA 195LA 1C6BA 138LA 192LA 1L07A 211LA 3HH4A 126LA 1C63A 3SBAA 1C6EA 177LA 175LA 216LA 4W52A 104LA 169LA 180LA 237LA 1SX2A 1KY0A 3CDTA 1CV3A 3GUMA 1CU5A 2RBPA 3HU8A 1QT3A 1DYEA 2RBNA 112LA 1KS3A 218LA 236LA 102LA 1QTZA 172LA 3GUJA 1L67A 2B6ZA 3D4SA 4EPIA 2B6TA 3C7ZA 1DYAA 226LA 1PQKA 1G0LA 4YXCA 2O79A 2OEAX 115LA 1L54A 1L04A 1DYCA 4GBRB 3DMZA 4I7NA 1L79A 1G0JA 3C81A 2RAZX 254LA 1L25A 2B70A 3FADA 3HTDA 3L64A 1D3JA 1QT6A 5LZMA 4W54A 3CDOA 1L41A 119LA 141LA 1DYFA 1C64A 1L17A 209LA 1L38A 1T97A 1L75A 1OYUA 2F47A 3C7YA 1L42A 1C6DA 2RBSA 220LA 1LYEA 1P3NA 2Z6BA 1L69A 1L81A 3GUIA 1L39A 235LA 2QB0B 4K5YA 1G06A 131LA 165LA 4LZMA 2ANXA 140LA 3LZMA 1QSQA 4W55A 225LA 1C6LA 4I7OA 1QT4A 1LYHA 2B6YA 3C8SA 3DN3A 1L40A 182LA 1LGUA 2OE7X 4AQNA 1L57A 162LA 3HU9A 176LA 3HUKA 1C6NA 2HUKA 3NY9A 253LA 3DN4A 1L74A 3UONA 1B6IA 191LA 1OV5A 1CV5A 1LYDA 130LA 1JTNA 210LA 239LA 1D3MA 1ZURA 1CV1A 3HWLA 4EPFA 167LA 2F32A 3CDQA 1C6PA 3DN6A 1QUGA 184LA 3G3XA 1L87A 2L78A 1C6QA 2LCBA 4ARLA 160LA 4EKPA 1L86A 110LA 1C6CA 2B75A 1L36A 4I7MA 1CU0A 238LA 1L63A 1LYJA 1CU2A 1KNIA 1L12A 1L65A 1LGWA 3F8VA 1CVKA 1CV4A 3OE0A 1PQJA 212LA 2NTGA 197LA 2RB0X 2CUUA 200LA 3G3VA 1C6JA 1L53A 3OE8A 1L55A 1L16A 3ODUA 3C8RA 3V2YA 1CX6A 155LA 1SWZA 1L58A 1D3FA 3HDEA 245LA 163LA 1L89A 1LYFA 1L48A 2OU0X 4EKSA 1C6GA 1P56A 2ANVA 227LA 190LA 1LI2A 1P7SA 128LA 185LA 228LA 142LA 231LA 1L94A 183LA 3DNAA 1QTCA 174LA 2O4WA 1C60A 4I7PA 1QTDA 1L47A 3NY8A 3GUOA 1L14A 3HH3A 1L77A 3JR6A 1LPYA 1D2WA 1L51A 1L95A 144LA 1L66A 1L32A 1C62A 4I7KA 3DN1A 157LA 205LA 3C8QA 1KW5A 159LA 4W53A 223LA 1L26A 214LA 150LA 1OV7A 3DN2A 229LA 1TLAA 4ARMB 4W57A 4I7SA 3DMXA 1C6HA 1C61A 3NYAA 1EPYA 1L80A 1DYGA 2A4TA 1L92A 3SB6A 3L2XA 152LA 1L24A 4W51A 151LA 2RB1X 198LA 1T8AA 4ARPA 1L44A 1L84A 261LA 3PBLA 1CV6A 4W58A 3HUAA 148LE 1KY1A 1D3NA 258LA 1T8GA 2OE9X 1L01A 1L34A 3C82A 3HH5A 4I7TA 1L70A 1L27A 127LA 173LA 1L29A 1L93A 161LA 1CV0A 1L43A 1L56A 118LA 168LA 1CUQA 3QAKA 1QUOA 242LA 248LA 2Q9DA 1L45A 3V2WA 1WTHA 1L60A 3SB9A 1QSBA 1QTVA 1SSYA 3CDVA 4ARQB 1C6IA 233LA 113LA 244LA 111LA 1L88A 3HTBA 1L68A 5I14A 1L31A 1L28A 1L82A 122LA 260LA 4YX7C 4I7LA 1L06A 4DKLA 188LA 1XEPA 1PQIA 1SX7A 2RH1A 3SB7A 3HH6A 1L52A 156LA 4E97A 1CUPA 1L98A 1L99A 1ZWNA 2RB2X 1L50A 1P5CA 4ARJA 4I7JA 1LWKA 1L0KA 2OE4X 164LA 1L21A 1L08A 1L10A 1C65A 1L00A 1L11A 3C7WA 1L83A 1QT8A 1C66A 2QARC 1L13A 3GULA 259LA 2B72A 4DJHA 1L62A 123LA 187LA 1L85A 1LLHA 1G1WA 4I7RA 4W56A 2IGCA 1L09A 2B6XA 1L05A 1L03A 1LYGA 1L96A 1SWYA 240LA 234LA 2B74A 1ZYTA 1L71A 3HT6A 1CU6A 1G0KA 3OE6A 1P37A 3C83A 120LA 3RZEA 4ARMA 109LA 1CU3A 2HULA 1C69A 1P46A 1QT5A 1L18A 4S0WA 256LA 1XJUA 1JTMA 1L02A 251LA 1OVKA 3K2RA 1L61A 1K28A 1G0MA 213LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSCA 4TSCA 1IP2A 1HEWA 1L72A 4WG1A 103LA 1LZ4A 5IELA 4XJDA 1G0GA 1LMQA 1FKVA 4CFOA 2OU8A 147LA 4EJ4A 2BQCA 1B7SA 3MGWA 4ARQA 3CT0A 125LA 5APFA 250LA 1DYDA 2X0AA 5KXWA 3HT9A 1L90A 4RDSA 2RBOA 2OU9A 170LA 3E3DA 4G4HA 1BGIA 3N9EA 4YEOA 1CKCA 1L91A 3F9LA 1D9WA 3C80A 1OVJA 1QTHA 1LSZA 1SSWA 2BQNA 3A96A 4NY5A 5LVJA 1CKGA 178LA 4NGLA 1L37A 230LA 4EKQA 5B1GA 1B9OA 139LA 1NBYC 3W6DA 2LZ2A 3FI5A 3HUQA 1GWDA 1GB2A 4WL7A 3P65A 2I26L 3LZTA 4BAPA 1YL1X 1LYIA 1OWYA 1QDRA 2DQFC 2Y8PA 3ZEKA 246LA 1L15A 215LA 4EMNA 3SB5A 3WXTA 1LAAA 224LA 3A92A 4DD1A 1GB5A 1LSMA 5APDA 1C43A 1JJ1A 1G0QA 1T6HA 3FA0A 1C6MA 3OE9A 1L76A 1C68A 1I6SA 221LA 5APCA 3B72A 2MEGA 1J1OY 2LZMA 133LA 4M6DA 4OO9A 4YOPA 3WU7A 4ZPUA 2Q9EA 4YXAC 4NSJA 195LA 1C6BA 1LZGA 1GXXA 2W1YA 4X3BA 216LA 4HP0A 1LJ3A 2Z12A 1LSGA 4Z3MA 3M3UA 3AGIA 1KY0A 1CV3A 1CU5A 1IC5Y 1QT3A 2D91A 1AT5A 1KS3A 218LA 4HTQA 4ETBA 4NGJA 5LXWA 2BQHA 1G0LA 4DWXA 2O79A 3LZ2A 3QE8A 1JITA 3B0OA 1DYCA 4GBRB 3DMZA 4I7NA 1L79A 1C08C 1ZVHL 2EIZC 2RAZX 3B6LA 1L25A 1TCYA 2B70A 2HU1A 3HTDA 3L64A 5A3ZA 5B05A 4W54A 1LZBA 3AYQA 1DYFA 1L38A 2BQMA 1L75A 1L42A 1C6DA 4TX7A 2RBSA 1P3NA 5B07A 4K5YA 1HEOA 1UIGA 1G06A 131LA 1XGRC 4LZMA 1PZYA 4XJFA 1QSQA 1UACY 4I7OA 1LYHA 4NGKA 2OE7X 4Z46A 2G4NA 1JTTL 1WVUA 1J1PY 5KXZA 1DPWA 1C6NA 2HUKA 4B1AA 1L74A 3FE0A 1BWHA 1B6IA 191LA 1OV5A 4OOOA 1JTNA 210LA 239LA 4NSHA 1N4FA 3HWLA 4RW2A 4IATA 3WUAA 4WMGA 4NSIA 3W6EA 1B0DA 1QUGA 1DI3A 2L78A 1JUGA 4B4EA 5LINA 1L86A 1C6CA 2B75A 4I7MA 3RNXA 1KNIA 3AGHA 4LFXA 4XJHA 4G49A 197LA 4J1AA 2XBSA 2RB0X 4RLNA 1L53A 5KKIA 1JJ0A 3OE8A 3ODUA 3C8RA 4LYCA 3V2YA 5KXNA 1LMPA 2RSCA 4HPIA 1IX0A 2A7DA 3CSRA 1KIRC 4AXTA 1LYFA 2OU0X 1C6GA 1P56A 5FHWA 3LYTA 1HENA 1REXA 4H92A 4NWEA 1L94A 4I7PA 3GUOA 3WPKA 2C8PA 1DI4A 1HSXA 1LKSA 1GXV2 1L95A 144LA 1YAOA 1MLCE 1L32A 3CB7A 4I7KA 1KW5A 4LYZA 1KXYA 1INUA 1L26A 214LA 2MEHA 5B59A 1IR8A 1LZSA 1LSFA 1C61A 1L92A 4XJBA 3L2XA 1L24A 1XGQC 1T6VL 3TXIA 1L44A 1L84A 261LA 5F16A 2H5ZA 4DD0A 1GF4A 1J1XY 3HH5A 4I7TA 3C82A 3A3RX 1OUCA 1L27A 1AZFA 4H94A 5I4XA 1LZRA 4ETCA 1L29A 194LA 161LA 1CV0A 2D6BA 4NHPA 5K7OA 3QAKA 118LA 1CUQA 2Q9DA 2CJLA 4ETAA 1WTHA 4TUNA 1L60A 3SB9A 1QSBA 1ZVYB 1QTVA 1SSYA 3CDVA 113LA 1IR7A 4NGOA 1L88A 3HTBA 3TMXA 1LZDA 4BAFA 9LYZA 1L82A 4YX7C 1YL0X 4I7LA 188LA 3SB7A 1OUEA 1DI5A 2RB2X 1D0LA 3WL2A 1CJ6A 3EO5A 1L11A 1G7LC 4HJZA 1D0MA 3GULA 4NGIA 1ZV5L 3W3EA 132LA 1L85A 1I20A 2YBLA 1REMA 7LYZA 208LA 1A4VA 4WO9A 1CU6A 4OWBA 1GFUA 120LA 2H9JA 2HULA 1UIHA 1P46A 8LYZA 3A6CY 5KXOA 1OUDA 4S0WA 4DD9A 1JPOA 4DDAA 256LA 5HNCA 1OUHA 1OVKA 1FLQA 1QTEA 206LA 3CDRA 1QT7A 2Z19A 1QS9A 5FELA 1LJEA 1L97A 3GUPA 1IY4A 247LA 255LA 1L64A 1WTNA 1NHBA 5KXYA 1G07A 4BADA 1IY3A 199LA 4C3WA 1HELA 4OWEA 4B4IA 196LA 3N9AA 189LA 1JTOL 3P66A 1KW7A 1L19A 5EBHA 1IORA 154LA 145LA 1XFPL 232LA 262LA 2Z37A 1OWZA 2B73A 1XSFA 2MECA 5KJ9A 4DD7A 1LW9A 129LA 1BVXA 1TBYA 4KL7A 1LI3A 1D6QA 1JQUA 2HEAA 257LA 4TSBA 4HV1A 4GLAA 137LA 4DD3A 1RE2A 3EMSA 3EMLA 4HV2A 3PDSA 2YVBA 1HMLA 2DQGY 4ETEA 1L30A 3P68A 3ULRA 193LA 1GE2A 2NTHA 1JSFA 1PQDA 3OK0A 171LA 1T8FA 1CTWA 1GE0A 4EXMA 1GAYA 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3A6BY 1GF9A 2CUUA 200LA 3G3VA 1LSYA 1BB5A 1GFVA 4E3UA 1LZAA 1LSEA 1VATA 1WTMA 1YKYX 1IWVA 1GB3A 1LJ4A 1SWZA 1L58A 3HDEA 3FI7A 245LA 4NGZA 4WM4A 1GEVA 1B5XA 2G4PA 4EKSA 4WM1A 5KXXA 2ANVA 185LA 228LA 142LA 2EKSC 3VWOA 4LZTA 2XTHA 174LA 2O4WA 1V7TA 4H9CA 1GF6A 3NY8A 4OWAA 3HH3A 4NHQA 2HEFA 1LPYA 1D2WA 1D9UA 1HNLA 2MEBA 1UIBA 3DN1A 1LYOA 1RCMA 1OV7A 3DN2A 4ARMB 3EBAB 5M1YA 1C6HA 2LYMA 5IDDA 4DYGA 2YBIA 1GFHA 151LA 1T8AA 4ARPA 153LA 1REZA 3WVYA 1CV6A 1IP3A 1JSEA 1LHHA 148LE 1KY1A 3IWRA 1D3NA 258LA 1T8GA 2CWIA 1L34A 2BQAA 1L70A 1GF5A 5JENB 1CKDA 1L43A 1L56A 1JISA 3D9AC 3ZVQB 1C6IA 1YKXX 4LYOA 1YANA 4II8A 1LZCA 1L28A 3A67Y 122LA 2YBMA 3B0KA 5DN5A 3HH6A 156LA 3LYZA 5HNLA 2GV0A 1P5CA 4ARJA 4I7JA 2BQDA 1L21A 1JKDA 5L3HA 1L00A 1VFBC 2B72A 1L62A 1IWXA 4PRQA 1G1WA 4W56A 1H6MA 5I4YA 4WO6A 2CDSA 1L09A 2B6XA 4Z98A 4N1CC 3W6BA 1SWYA 234LA 5E4PA 5I53A 4J0LA 1IOQA 1P37A 3LHMA 4ARMA 1VAUA 1LPIA 4R6CA 1OUBA 1CU3A 1C69A 4H9BA 1QT5A 1OUJA 1GFTA 1B7QA 4YENA 1LHKA 4H93A 1XJUA 4EOFA 251LA 3CQLA 4QY9A 5KXTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LSC A;  4TSC A;  1IP2 A;  1HEW A;  1L72 A;  4WG1 A;  103L A;  1LZ4 A;  5IEL A;  4XJD A;  1G0G A;  1LMQ A;  1FKV A;  4CFO A;  2OU8 A;  147L A;  4EJ4 A;  2BQC A;  1B7S A;  3MGW A;  4ARQ A;  3CT0 A;  125L A;  5APF A;  250L A;  1DYD A;  2X0A A;  5KXW A;  3HT9 A;  1L90 A;  4RDS A;  2RBO A;  2OU9 A;  170L A;  3E3D A;  4G4H A;  1BGI A;  3N9E A;  4YEO A;  1CKC A;  1L91 A;  3F9L A;  1D9W A;  3C80 A;  1OVJ A;  1QTH A;  1LSZ A;  1SSW A;  2BQN A;  3A96 A;  4NY5 A;  5LVJ A;  1CKG A;  178L A;  4NGL A;  1L37 A;  230L A;  4EKQ A;  5B1G A;  1B9O A;  139L A;  1NBY C;  3W6D A;  2LZ2 A;  3FI5 A;  3HUQ A;  1GWD A;  1GB2 A;  4WL7 A;  3P65 A;  2I26 L;  3LZT A;  4BAP A;  1YL1 X;  1LYI A;  1OWY A;  1QDR A;  2DQF C;  2Y8P A;  3ZEK A;  246L A;  1L15 A;  215L A;  4EMN A;  3SB5 A;  3WXT A;  1LAA A;  224L A;  3A92 A;  4DD1 A;  1GB5 A;  1LSM A;  5APD A;  1C43 A;  1JJ1 A;  1G0Q A;  1T6H A;  3FA0 A;  1C6M A;  3OE9 A;  1L76 A;  1C68 A;  1I6S A;  221L A;  5APC A;  3B72 A;  2MEG A;  1J1O Y;  2LZM A;  133L A;  4M6D A;  4OO9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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