150LA

Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 54

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEILRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)TI2 (158-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TI1 (20-23)S2 (25-28)AH3 (60-80)S3 (31-34)O1 (36-38)AH2 (39-50)AH4 (83-90)AH6 (108-112)AH7 (115-123)AH9 (137-141)TIV3 (112-115)AH10 (143-155)AH8 (126-135)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 54
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 150lA00
1LPYA 1P36A 189LA 255LA 2OE9X 3C7ZA 4ARQB 1C62A 3RUNA 224LA 3ODUA 104LA 166LA 1L47A 2O4WA 4EJ4A 1CU0A 113LA 1SWYA 162LA 170LA 4I7OA 1XEPA 1DYGA 1QT4A 220LA 1CV5A 1WTHA 2LC9A 1ZURA 4I7RA 3C8SA 3HDFA 1C6GA 2A4TA 165LA 4W57A 215LA 1C68A 219LA 3HT6A 1L29A 1LYFA 152LA 1T97A 3HTBA 1CU5A 2B72A 1C60A 1L27A 3K2RA 1P2LA 3GUIA 1L56A 1OYUA 1T8GA 3GUJA 1D3JA 1L63A 242LA 1LI6A 1LGUA 1QTHA 211LA 3FA0A 248LA 169LA 1EPYA 1L95A 146LA 168LA 3GUKA 3HH3A 2B75A 3L64A 2HUKA 4LDOA 1JQUA 2B6WA 1L11A 123LA 1OVKA 1L83A 1D3NA 4LDLA 3UONA 1CV4A 177LA 1G07A 260LA 1L02A 103LA 149LA 1L15A 1L26A 1P64A 1QS9A 4K5YA 254LA 1QSQA 2RBNA 161LA 2RBSA 1L58A 4GBRB 3SB8A 1L90A 206LA 210LA 1QSBA 7LZMA 258LA 2RB0X 3CDVA 4I7JA 197LA 240LA 3C8RA 209LA 1OWYA 1L04A 2OU8A 2B73A 1B6IA 110LA 1C6QA 2ANVA 4W53A 178LA 1QTZA 1C65A 1QS5A 1OVHA 1L43A 233LA 4EPIA 1L87A 3G3WA 4I7QA 238LA 184LA 1CV1A 1SSYA 3C7YA 1OVJA 256LA 1C6HA 3SB6A 112LA 3CDOA 1L12A 1G0QA 2OU0X 126LA 1C6BA 1L73A 2NTHA 3DNAA 164LA 1L55A 4I7LA 2RAYX 1G0KA 1C6JA 115LA 1G1WA 3DN1A 1L14A 1CV3A 1L76A 2OE7X 199LA 241LA 1P3NA 2B7XA 4W51A 253LA 1OWZA 2ANXA 1G0MA 2OEAX 1L61A 138LA 1JTNA 3CDQA 4EKPA 4I7NA 1L35A 120LA 213LA 1OV5A 1LYDA 3SBAA 223LA 175LA 1DYEA 1QTDA 1L22A 1L48A 2IGCA 4LZMA 3GUPA 144LA 3OE0A 1CX7A 1L09A 4S0WA 1C6FA 1XJTA 261LA 2L78A 2Z6BA 1C67A 3DN0A 1LGXA 1DYAA 1L16A 1C6KA 250LA 1CV0A 1L98A 249LA 1SX7A 1L44A 2B6XA 4EPFA 3V2YA 1L08A 1DYBA 3C8QA 235LA 142LA 3HT8A 1LYIA 1ZYTA 3QAKA 4E97A 1LGWA 4ARLA 1CU2A 1L18A 1L97A 1CVKA 1CTWA 1L96A 3F9LA 3VW7A 2RBRA 1D9WA 1KY1A 4I7MA 1L80A 4IAPA 1KY0A 3HTGA 3G3XA 1L60A 155LA 1L53A 2RB2X 4ARMB 239LA 236LA 181LA 1QUHA 1OV7A 3LZMA 6LZMA 1D3FA 3NY9A 3HH4A 2RAZX 247LA 3RZEA 3C82A 108LA 3DN6A 176LA 1L77A 1L93A 3PDSA 1L51A 1T8FA 2LZMA 2RB1X 1LYJA 225LA 200LA 1C63A 1C6AA 1L42A 214LA 1L37A 3HWLA 1D3MA 3FADA 2OE4X 180LA 1L50A 1PQJA 139LA 3DMZA 4EXMA 3HDEA 1C6IA 5I14A 188LA 1L71A 2B74A 195LA 1DYDA 1CUPA 119LA 3HUQA 3OE8A 158LA 4DJHA 1G0JA 3HUKA 1L85A 1SX2A 1L13A 151LA 1L94A 4W58A 1L67A 143LA 2F47A 3GUNA 1LYEA 1C6PA 3OE9A 1L70A 137LA 1L0KA 1L01A 1QT6A 2RBPA 4ARQA 2QB0B 1L88A 4ARJA 1C6DA 1KNIA 1L33A 3DN8A 3EMLA 1QT5A 228LA 2F32A 3DKEX 3G3VA 3PBLA 4YX7C 3C81A 1TLAA 3GUOA 1L07A 160LA 1L46A 5LZMA 3HU8A 2LCBA 1L75A 3HU9A 196LA 231LA 1PQOA 205LA 251LA 2QARC 3HH6A 1C6EA 216LA 1L92A 118LA 1P6YA 3D4SA 3GUMA 1P46A 1L54A 232LA 2O7AA 2B6ZA 1SSWA 1LLHA 4AQNA 4EKRA 1G0GA 1QUGA 1C69A 4I7TA 4W59A 2OTYX 1QUDA 1L34A 230LA 1LYGA 1L72A 122LA 1QT8A 259LA 1L21A 4PJZA 109LA 1C64A 1L74A 1L19A 1L86A 218LA 3SBBC 185LA 1L23A 131LA 1C66A 172LA 1L05A 245LA 4I7KA 212LA 3HUAA 159LA 1L84A 1QTCA 4ARPA 1L68A 190LA 1PQDA 4YXCA 221LA 125LA 1ZWNA 4LDEA 1L03A 1L20A 1L99A 2B6TA 3HH5A 1L49A 2HULA 186LA 2NTGA 1QT7A 3CDRA 4W55A 198LA 1QT3A 191LA 226LA 2RBQA 3SB7A 1L39A 163LA 1P2RA 3SB9A 1L45A 3DN4A 1CV6A 4W54A 1L52A 1K28A 1LYHA 1L17A 1L06A 1PQMA 243LA 2O79A 150LA 1C6TA 1P5CA 1PQIA 2CUUA 1P56A 3OE6A 1L00A 201LA 1G0LA 1C6MA 1QUOA 229LA 1XJUA 1C61A 3CDTA 1L89A 130LA 262LA 2Q9EA 1LI2A 1L79A 4EKSA 252LA 1L64A 1L41A 1L25A 237LA 111LA 1CUQA 1L81A 128LA 147LA 4I7SA 2OTZX 129LA 3NY8A 127LA 187LA 3HTFA 1I6SA 1L0JA 1L65A 3HT7A 4I7PA 173LA 1KW7A 1JTMA 1C6CA 1L36A 227LA 1T6HA 2B70A 2RBOA 1LW9A 3FI5A 1L59A 217LA 2HUMA 4DAJA 1L30A 1L24A 171LA 1DYFA 3NYAA 3JR6A 107LA 1C6NA 3DMXA 114LA 1C6LA 1KS3A 1QTVA 246LA 3F8VA 4EKQA 3DN2A 3GULA 4OO9A 102LA 1LI3A 3C80A 4GRVA 156LA 1L66A 1D2YA 2B6YA 1D2WA 3DN3A 2RH1A 1LWGA 1P37A 1L38A 3C7WA 182LA 1G1VA 4ZPUA 1P7SA 1L31A 1L91A 1L10A 3HTDA 157LA 141LA 192LA 1L28A 1L40A 1PQKA 4DKLA 1L82A 140LA 1SWZA 3C83A 3V2WA 244LA 1L69A 167LA 1G06A 174LA 1L57A 148LE 1L32A 2Q9DA 1LWKA 1CX6A 1T8AA 1DYCA 1L62A 1NHBA 2OU9A 3HT9A 3SN6R 1KW5A 4W56A 4ARMA 1CU3A 3L2XA 222LA 183LA 4YXAC 3SB5A 3DMVA 2F2QA 1CU6A 4PK0A 257LA 234LA 4W52A 145LA 1QTBA 1G0PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMPA 4P2EA 1E8LA 1GFRA 2OE9X 3C7ZA 5DLAA 4ARQB 1REMA 1KIPC 1TBYA 4UWVA 1CU0A 1LZ5A 1BB4A 4I7OA 1EQ4A 4WLTA 1LJ4A 4M4OA 1ZURA 4I7RA 1C6GA 4YF2A 193LA 1WQRA 1LMOA 3E3DA 3HTBA 1CU5A 4NGJA 2B72A 1L27A 1P2LA 3GUIA 1B7SA 4BAPA 1LHHA 1GB8A 1T8GA 1YAOA 3GUJA 1D3JA 5LYZA 1KXXA 1LJ3A 1GBSA 1QTHA 4DDAA 1BQLY 3FA0A 3W6FA 1EPYA 1L95A 4O34A 5LVKA 4XJIA 3L64A 1JQUA 1GE1A 1L83A 4QEQA 2Z39A 4LDLA 3UONA 4RW1A 1IC4Y 1G07A 5HMJA 1JUGA 2ZQ3A 1L02A 103LA 2F4GA 4GN5C 1YIKA 1GD6A 1LJGA 2Z12A 2RBNA 161LA 1GFVA 1L58A 1LHMA 1DI4A 2HEDA 4GBRB 206LA 1QSBA 1LHIA 4LT1A 2I26L 2FYDA 2DQAA 1GE0A 208LA 1LZDA 3BKHA 4LYCA 3C8RA 5L9JA 1OWYA 5C6JA 4W53A 1QS5A 1YL0X 1L87A 3CB7A 2DQDY 4I7QA 2BQMA 1J1PY 1OVJA 1JHLA 6LYTA 4KPMA 4J1BA 4LFPA 1L55A 1GBZA 4TWSA 3DN1A 3B0KA 199LA 1LPIA 1HFYA 4PHIA 1P3NA 2B7XA 253LA 4XJDA 138LA 4MCKA 4EKPA 1RJCB 4NWEA 120LA 2EQLA 5KXSA 1QTDA 2IGCA 3TXJA 4NHPA 1CX7A 3WL2A 4XJFA 4ZFPA 261LA 3B72A 2L78A 4N5RA 1LGXA 1GBYA 1VFBC 1TAYA 1VDQA 2MEEA 249LA 1L44A 2BQHA 5APCA 3WUAA 4PRUA 4Z98A 1LYIA 4ARLA 1CU2A 2BQLA 4ET9A 1B7PA 1XGQC 1CVKA 3F9LA 1LKRA 2RBRA 2H9KA 1B7LA 1KY1A 1REYA 1KY0A 1L60A 236LA 181LA 3LYMA 3LZMA 3MGWA 1D3FA 3NY9A 247LA 2Z19A 1GF3A 4DD1A 4NGOA 1QUTA 1LZCA 4H9IA 4KXIA 4PJ2C 2LZMA 4LZTA 1LYJA 1G7JC 3WYHA 1D3MA 2OE4X 4YM8A 2MECA 4EXMA 1C6IA 2EIZC 2B74A 1GF5A 3WH1A 1DYDA 158LA 1G0JA 1REXA 2YBJA 5D5FA 1L85A 4TTDA 4NGKA 151LA 4W58A 143LA 2ZWBA 3WPLA 1L0KA 3A90A 3P4ZA 3WVXA 1L33A 1V7TA 1LZGA 3WXTA 2F32A 5LA5A 4YX7C 3C81A 4AXTA 4I0CA 5ILCA 2AUBA 4WM3A 1GFJA 1L75A 1KXYA 196LA 3HH6A 1C6EA 216LA 118LA 2CGIA 2MEGA 3GUMA 2B6ZA 2HEFA 4EKRA 5I4WA 1QUGA 1IP3A 5KKJA 1LSNA 230LA 1L72A 1NBZC 122LA 3W6AA 1BVXA 1F6RA 1LJJA 1L21A 4NHSA 1JIYA 4PJZA 4R0FA 1L74A 1DKKA 3HUAA 1L84A 1XEIA 1L68A 4YEMA 4YXCA 5IHGA 221LA 125LA 3AGHA 4H1PA 1L03A 1L99A 5KY1A 5M1YA 1RCMA 186LA 1JTOL 1LMCA 1OUJA 4FDYA 2BQDA 3CT0A 1L39A 1BWJA 1CV6A 1XGUC 4W54A 150LA 1PZYA 4WM4A 1LZ4A 2G4PA 1QUOA 229LA 1C61A 130LA 2Q9EA 1LI2A 4J7VA 3EO5A 1BWIA 4B1AA 4WMGA 237LA 1C10A 5E9RA 3RT5X 1CUQA 1UIEA 4I7SA 4TSCA 1OUGA 1N4FA 1LCNA 3AZ6A 187LA 2Z37A 4C5FA 3HT7A 1GFTA 1L65A 1KW7A 227LA 1KIQC 1T6HA 2RBOA 1UACY 1IORA 1L59A 2H9JA 3CT1A 2HUMA 4IJ4A 1UIGA 1L30A 1JISA 4OOTA 2DQFC 3DMXA 3RW8A 5LYMA 1QTVA 4EKQA 3GULA 4GRVA 2W1XA 2ZYCA 1L38A 3TMXA 1OUBA 182LA 1G1VA 3IJVA 4ZPUA 1L31A 1W6ZA 1L28A 4WL6A 4RLMA 140LA 1LAAA 1L69A 4DDBA 4NEBA 1LSYA 2BQOA 1G06A 5B06A 1L57A 148LE 2D4JA 1D0KA 1A4VA 1DYCA 3W3EA 1PS5A 3SN6R 4ARMA 1LZNA 1CU3A 5HLLA 3L2XA 222LA 183LA 3LHMA 1H6MA 2HEAA 2F2QA 257LA 1B5YA 2YDGA 1LPYA 3P68A 5LAFA 4DD0A 255LA 3LZ2A 1IOQA 224LA 3ODUA 2YBMA 2PC2A 4EJ4A 1GFGA 113LA 1SWYA 2D6BA 170LA 1LYOA 1YAPA 1YILA 1WTHA 2LC9A 4J0LA 3WUMA 3HDFA 4GCCA 4WG7A 3AB6A 1C43A 4W57A 3W6DA 3BKVA 1L29A 1LYFA 3AW7A 4H9AA 3WXUA 1C60A 5KKIA 2IFFY 1HMKA 1YAQA 1LJEA 1IR9A 1OYUA 4LFXA 242LA 2BLYA 1LI6A 1JWRA 3A94A 2BQIA 248LA 2H5ZA 169LA 5IELA 168LA 1IP1A 2HUKA 2B6WA 1D3NA 1CV4A 3D9AC 1QQYA 2HECA 1LZSA 149LA 1L15A 4K5YA 1QDRA 1GHLA 1I56A 2RBSA 5F16A 3ZVQB 210LA 258LA 3CDVA 4I7JA 4ANRA 209LA 3M3UA 1UA6Y 110LA 1C6QA 2ANVA 1QTZA 1OVHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LMP A;  4P2E A;  1E8L A;  1GFR A;  2OE9 X;  3C7Z A;  5DLA A;  4ARQ B;  1REM A;  1KIP C;  1TBY A;  4UWV A;  1CU0 A;  1LZ5 A;  1BB4 A;  4I7O A;  1EQ4 A;  4WLT A;  1LJ4 A;  4M4O A;  1ZUR A;  4I7R A;  1C6G A;  4YF2 A;  193L A;  1WQR A;  1LMO A;  3E3D A;  3HTB A;  1CU5 A;  4NGJ A;  2B72 A;  1L27 A;  1P2L A;  3GUI A;  1B7S A;  4BAP A;  1LHH A;  1GB8 A;  1T8G A;  1YAO A;  3GUJ A;  1D3J A;  5LYZ A;  1KXX A;  1LJ3 A;  1GBS A;  1QTH A;  4DDA A;  1BQL Y;  3FA0 A;  3W6F A;  1EPY A;  1L95 A;  4O34 A;  5LVK A;  4XJI A;  3L64 A;  1JQU A;  1GE1 A;  1L83 A;  4QEQ A;  2Z39 A;  4LDL A;  3UON A;  4RW1 A;  1IC4 Y;  1G07 A;  5HMJ A;  1JUG A;  2ZQ3 A;  1L02 A;  103L A;  2F4G A;  4GN5 C;  1YIK A;  1GD6 A;  1LJG A;  2Z12 A;  2RBN A;  161L A;  1GFV A;  1L58 A;  1LHM A;  1DI4 A;  2HED A;  4GBR B;  206L A;  1QSB A;  1LHI A;  4LT1 A;  2I26 L;  2FYD A;  2DQA A;  1GE0 A;  208L A;  1LZD A;  3BKH A;  4LYC A;  3C8R A;  5L9J A;  1OWY A;  5C6J A;  4W53 A;  1QS5 A;  1YL0 X;  1L87 A;  3CB7 A;  2DQD Y;  4I7Q A;  2BQM A;  1J1P Y; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1LMP A;  4P2E A;  1E8L A;  1GFR A;  2OE9 X;  3C7Z A;  5DLA A;  4ARQ B;  1REM A;  1KIP C;  1TBY A;  4UWV A;  1CU0 A;  1LZ5 A;  1BB4 A;  4I7O A;  1EQ4 A;  4WLT A;  1LJ4 A;  4M4O A;  1ZUR A;  4I7R A;  1C6G A;  4YF2 A;  193L A;  1WQR A;  1LMO A;  3E3D A;  3HTB A;  1CU5 A;  4NGJ A;  2B72 A;  1L27 A;  1P2L A;  3GUI A;  1B7S A;  4BAP A;  1LHH A;  1GB8 A;  1T8G A;  1YAO A;  3GUJ A;  1D3J A;  5LYZ A;  1KXX A;  1LJ3 A;  1GBS A;  1QTH A;  4DDA A;  1BQL Y;  3FA0 A;  3W6F A;  1EPY A;  1L95 A;  4O34 A;  5LVK A;  4XJI A;  3L64 A;  1JQU A;  1GE1 A;  1L83 A;  4QEQ A;  2Z39 A;  4LDL A;  3UON A;  4RW1 A;  1IC4 Y;  1G07 A;  5HMJ A;  1JUG A;  2ZQ3 A;  1L02 A;  103L A;  2F4G A;  4GN5 C;  1YIK A;  1GD6 A;  1LJG A;  2Z12 A;  2RBN A;  161L A;  1GFV A;  1L58 A;  1LHM A;  1DI4 A;  2HED A;  4GBR B;  206L A;  1QSB A;  1LHI A;  4LT1 A;  2I26 L;  2FYD A;  2DQA A;  1GE0 A;  208L A;  1LZD A;  3BKH A;  4LYC A;  3C8R A;  5L9J A;  1OWY A;  5C6J A;  4W53 A;  1QS5 A;  1YL0 X;  1L87 A;  3CB7 A;  2DQD Y;  4I7Q A;  2BQM A;  1J1P Y; 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