151LA

Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 48

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLAAAASLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
AH1 (3-11)AH5 (93-106)TIV7 (158-161)EMPTYS1 (14-19)TI'1 (54-57)TIV1 (20-23)AH3 (60-80)S3 (31-33)AH2 (40-50)TI1 (33-36)TIV4 (36-39)TI2 (81-84)AH4 (84-90)AH7 (115-123)AH9 (137-141)AH6 (108-113)O1 (113-115)O2 (124-126)TI3 (133-136)AH10 (143-150)TIV5 (150-153)TIV6 (152-155)S2 (25-28)AH8 (127-133)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Conservation of solvent-binding sites in 10 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 48
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 151lA00
1KW5A 112LA 1L41A 1T97A 3FA0A 1T8FA 228LA 181LA 1L43A 3CDTA 187LA 4I7RA 1L79A 1L19A 3HWLA 1CV6A 4I7MA 4W53A 2RBPA 180LA 113LA 3HT8A 3V2WA 4EKPA 227LA 1L29A 3HT6A 217LA 3DNAA 2F32A 1QT3A 126LA 1L25A 1JTMA 2B72A 2B73A 1JTNA 2OEAX 1C6CA 1L84A 2B75A 182LA 3HU9A 209LA 1LYFA 1ZYTA 152LA 3DMVA 1L01A 1C65A 1C6BA 1L07A 158LA 160LA 249LA 172LA 1CU0A 206LA 219LA 3EMLA 4ZPUA 1L14A 1L56A 2B70A 2B6TA 260LA 246LA 4PK0A 1WTHA 176LA 3HH6A 169LA 1G0PA 1G0LA 3DKEX 1LWGA 4I7SA 1P3NA 1QT7A 190LA 2RBQA 1C6EA 131LA 4W55A 1ZWNA 214LA 7LZMA 3SN6R 1C6MA 218LA 3F9LA 3HU8A 3C7ZA 1L63A 1PQKA 2RB2X 1L73A 4IAPA 2HULA 248LA 1QTBA 201LA 4ARQA 2RH1A 3SB5A 119LA 1L94A 3DN0A 1QUHA 195LA 162LA 1L86A 1B6IA 1L24A 3GUJA 1C68A 3F8VA 174LA 1L49A 3GUPA 1KS3A 4EKSA 2B6XA 220LA 1XJTA 1C63A 224LA 1G0QA 1L71A 115LA 2RB1X 1L27A 111LA 142LA 1C67A 1G0MA 4S0WA 1PQMA 3G3VA 3C7YA 3SB7A 1L04A 257LA 3DN6A 118LA 4EPIA 157LA 197LA 1QS9A 1XEPA 238LA 139LA 1L40A 1QT8A 1QT4A 253LA 1L12A 5LZMA 177LA 3OE9A 1D9WA 215LA 234LA 233LA 4W57A 144LA 1OYUA 1L97A 130LA 1L15A 120LA 4I7PA 239LA 3DN3A 3DMXA 1LYHA 1CVKA 3L2XA 185LA 1P56A 1L33A 4I7KA 178LA 1DYCA 4ARJA 4OO9A 1CU2A 1L44A 2Q9DA 250LA 1L88A 1L65A 1QTVA 2OTYX 156LA 1L85A 125LA 1L96A 1L68A 3DN4A 3SB8A 183LA 2O7AA 1LI6A 1L90A 1OWYA 4LDEA 2OU0X 159LA 167LA 1QSQA 2F47A 192LA 1C6GA 1L10A 3GULA 3C8RA 262LA 3HT7A 4E97A 1L53A 191LA 1L0JA 1L98A 2B6ZA 104LA 1KY0A 1L81A 1L82A 1G0JA 229LA 1L57A 3C80A 1C6NA 2OE9X 4DKLA 4K5YA 4YX7C 245LA 1L13A 1LW9A 1L87A 4I7QA 2RBNA 149LA 2Q9EA 1NHBA 4W54A 1C6QA 1LYDA 150LA 3C7WA 2HUKA 2RBRA 1CV0A 1L62A 1P37A 1LGXA 3D4SA 3HT9A 236LA 1L69A 1C6KA 1SSWA 1CTWA 2B6YA 4LZMA 1C6TA 173LA 145LA 1OVHA 2ANXA 1OWZA 1KNIA 137LA 1LYEA 3NYAA 2CUUA 1L03A 3HDFA 1PQDA 2L78A 1QTHA 223LA 1L00A 3FI5A 1PQIA 4DAJA 242LA 1L64A 143LA 148LE 251LA 1L28A 1L80A 211LA 1L30A 3C8SA 1L75A 2RBSA 4I7OA 1C6DA 241LA 3C82A 3QAKA 2A4TA 232LA 2B74A 1QT6A 1I6SA 151LA 3ODUA 3HUKA 2OE7X 3V2YA 1L61A 4W59A 2Z6BA 2NTGA 1EPYA 1L50A 1G06A 1G1WA 1C66A 1D2WA 3SB9A 1LI2A 221LA 1QT5A 4LDLA 1L17A 1L66A 1L54A 1QS5A 256LA 2OTZX 4EKRA 1L83A 3JR6A 1L42A 2NTHA 247LA 3GUMA 4W51A 163LA 1L16A 1QUOA 1CU3A 161LA 186LA 254LA 3GUIA 3SB6A 4EJ4A 2ANVA 138LA 4I7LA 1L09A 1L32A 147LA 225LA 168LA 230LA 4DJHA 210LA 3SBBC 1QTCA 2O79A 1G0GA 1KW7A 1LYJA 244LA 212LA 166LA 1CU6A 3K2RA 4I7NA 189LA 1C6LA 1D3MA 3G3WA 1SWZA 1T6HA 102LA 1CV4A 261LA 1L31A 2QARC 205LA 1P5CA 3G3XA 1L37A 1G0KA 127LA 2RBOA 175LA 3L64A 3GUOA 1LGWA 1QTDA 1QSBA 1L23A 1L02A 1SSYA 235LA 1K28A 3DN2A 1SX7A 122LA 141LA 109LA 1L59A 3PDSA 3HTDA 4YXCA 1P2LA 1D3NA 3GUKA 1L26A 1L58A 3C81A 1C6JA 3CDOA 1L08A 3OE6A 237LA 1L52A 4ARPA 2LCBA 1LWKA 258LA 243LA 2OU8A 3DN8A 1XJUA 4EKQA 4I7TA 216LA 3VW7A 1L18A 1OV7A 3SBAA 200LA 1L38A 3HH3A 1OVJA 1ZURA 4PJZA 1P6YA 3FADA 114LA 1C6PA 3HH4A 1DYAA 1OVKA 1CU5A 3NY9A 4AQNA 1SX2A 3HTGA 1L91A 2B7XA 259LA 2QB0B 1DYEA 1LLHA 4ARMA 1L92A 1C6AA 1L76A 3HTFA 252LA 1L74A 1L45A 1L35A 4YXAC 1D2YA 171LA 165LA 1QUDA 1L39A 1PQOA 2HUMA 1L89A 129LA 4GRVA 1CX6A 4EPFA 1C6IA 1T8AA 1C69A 1LGUA 107LA 188LA 1C60A 1P64A 1P46A 1PQJA 1L48A 3HUAA 1JQUA 1P2RA 4ARLA 198LA 146LA 4ARMB 1TLAA 222LA 4EXMA 1CV3A 1L60A 199LA 1L51A 2RAYX 1C62A 155LA 255LA 226LA 3CDRA 1L22A 2LZMA 1P7SA 1L0KA 1QTZA 3RUNA 4W58A 2RAZX 213LA 108LA 1CUPA 3DMZA 2OU9A 1C6HA 1SWYA 4GBRB 3OE8A 1G1VA 3LZMA 1L21A 1CUQA 164LA 1T8GA 1L47A 3HUQA 1L36A 184LA 1DYDA 4ARQB 3HH5A 1L46A 3NY8A 1P36A 3C8QA 3HTBA 3PBLA 103LA 1L11A 1LI3A 3C83A 1D3JA 1C6FA 4I7JA 6LZMA 1QUGA 1C61A 4W56A 1LYGA 1KY1A 1CV1A 1DYFA 1L70A 1OV5A 1C64A 2OE4X 196LA 1L06A 1CX7A 1CV5A 1L67A 1L95A 3CDQA 1DYGA 1DYBA 3OE0A 1L55A 1L72A 2RB0X 110LA 1L77A 2B6WA 5I14A 2O4WA 3UONA 240LA 4W52A 1L93A 170LA 1LPYA 1L20A 1LYIA 1G07A 1L05A 1D3FA 2LC9A 2IGCA 128LA 1L34A 3DN1A 3GUNA 2F2QA 231LA 3CDVA 4LDOA 3HDEA 140LA 3RZEA 123LA 1L99A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KW5A 112LA 4NSGA 3AGIA 3CDTA 4HP0A 3A67Y 4DT3A 3HWLA 2RBPA 180LA 3CSRA 2BQJA 4EKPA 2F32A 126LA 1L25A 1LCNA 4PRQA 2B73A 1IP7A 1OUHA 3CT5A 3DMVA 1L07A 219LA 1GWDA 4ZPUA 1L14A 3A90A 4H91A 2B6TA 260LA 246LA 176LA 4XYYA 5KXMA 4I7SA 2RBQA 1B7MA 5DL9A 1WTNA 1F6SA 2Z39A 1JJ3A 4NHPA 3QY4A 1JSEA 3AYQA 1LHLA 3HU8A 2MECA 1L63A 2RB2X 4NWEA 208LA 4HPIA 1QUHA 2LYMA 1L86A 2CJLA 1B6IA 1C68A 1BQLY 1KS3A 4DQ5A 1B5YA 1XJTA 1YKZX 3RNXA 115LA 1G0MA 4WLYA 3C7YA 1L04A 4A7DA 1GFEA 1QUTA 4EPIA 157LA 1QS9A 1GF7A 4H9AA 1LAAA 139LA 2MEEA 1QT4A 2WARA 1L12A 5F14A 177LA 3OE9A 1LSCA 4KXIA 1D9WA 1NHEA 5FEKA 1GB6A 1LYHA 1J1OY 3IJVA 2BLYA 4B1AA 185LA 2DBTA 4ZEEA 2AUBA 1BHZA 1HFYA 4TX7A 4OO9A 1L44A 2Q9DA 250LA 3W6BA 1RFPA 1XGQC 1QTVA 2HECA 1VFBC 3DN4A 5J7CA 183LA 2O7AA 3D9AC 4WM1A 1LI6A 1L90A 1EQ4A 3TXEA 1LMPA 5F9UA 4BAPA 1ZMYL 4LYCA 4J0LA 167LA 1QSQA 3HBHA 192LA 3GULA 2H9KA 4UWVA 1GFRA 3HT7A 1B7LA 1L53A 1REXA 1L0JA 3TMXA 5F16A 1LJNA 1IOQA 1HEPA 4WL7A 2B6ZA 104LA 4E3UA 5L3IA 1HMLA 1L82A 4AGAA 1IIZA 1G0JA 1G7MC 4CGEA 193LA 1G7IC 4K5YA 1L13A 2HU1A 4FDYA 4RW1A 2DQDY 1REZA 4DD2A 1LZ5A 2A7FA 4HTNA 1YQVY 1GF6A 2FBBA 4NHSA 2HUKA 5A3ZA 4B49A 1LSBA 4I0CA 1VATA 3AGGG 2D4JA 1LGXA 1F10A 3AB6A 1WQNA 236LA 1L69A 3W6AA 3SP3A 3J6KA 4LYTA 3AZ6A 4BADA 3P64A 2ANXA 1WVUA 3EO5A 5FELA 4C3WA 1L03A 1LSYA 3HDFA 1PQDA 2L78A 2YVBA 3AZ7A 1L00A 3FI5A 4DAJA 143LA 148LE 211LA 1LSAA 1L30A 1L75A 2RBSA 1LHJA 1GFHA 1UC0A 3WYHA 2LYOA 2G4QA 4WL6A 1I6SA 3ODUA 1B0DA 3A6CY 2NTGA 5KXYA 1G06A 1G1WA 1C66A 3SB9A 1IR9A 4J1BA 221LA 1YAPA 1L54A 256LA 2OTZX 1LZRA 4IATA 3TXFA 3LYZA 1L83A 1W08A 4KL7A 1J1PY 161LA 1IR7A 254LA 3GUIA 1GBWA 4NGVA 3SB6A 5KKIA 1LMNA 4DD0A 5HQ1A 1L32A 4NHIA 3WVXA 4DJHA 6LYZA 2O79A 1KW7A 1LYJA 3K3TA 2ZWBA 212LA 1G7HC 1UICA 1CU6A 3K2RA 1DXJA 2BQNA 1B2KA 2QARC 3A6BY 3TXJA 4MCKA 1L37A 4NGOA 3GUOA 1WTMA 2D4KA 5ILFA 1WVVA 3DN2A 1SX7A 122LA 141LA 3HTDA 3P68A 3HBEX 1D0LA 1L58A 8LYZA 1HENA 1L08A 3TMVA 1D0KA 237LA 4GLVA 1YKYX 1XJUA 4EKQA 5HLLA 1D9UA 5B59A 1IC5Y 3A93A 2ZYCA 3FADA 114LA 3HH4A 1UIFA 2PC2A 1OVKA 1CU5A 1F0WA 5LA8A 4NG1A 1YL0X 259LA 1L92A 1LSDA 1C6AA 1IP3A 252LA 4KPMA 1L45A 1L35A 4YXAC 1QUDA 1L39A 1UIBA 4WO9A 1GB3A 1P64A 4XN6A 1P46A 2Z19A 1YAOA 1JQUA 4ARLA 3WUNA 134LA 4ARMB 2LZ2A 1L51A 1UIAA 1B5XA 2RAYX 1C62A 155LA 1LJ3A 4NG8A 4R6CA 3N9CA 4W58A 213LA 1LZ4A 4ZFPA 108LA 1CUPA 1LHHA 1IWVA 4NSHA 3OE8A 1L21A 2BQMA 1T8GA 3HUQA 1L36A 184LA 1DYDA 1BWJA 3NY8A 154LA 4HPEA 1T3PA 1JTOL 1GFTA 1TBYA 2B5ZA 3WU9A 4W56A 1BWIA 1LYGA 1KY1A 1CV1A 1LYZA 2OE4X 1LJJA 1L06A 1L95A 1DPWA 1DYGA 2HEEA 3OE0A 1HERA 3CQLA 1LHKA 110LA 4I8SA 5I14A 1L93A 1JKAA 1VDQA 2CWIA 1IX0A 5DM9A 2ZNXY 2DQIY 2LC9A 3W6EA 1I1ZA 231LA 3MGWA 3CDVA 3LN2A 3HUKA 123LA 2EPEA 1GAYA 4N9RA 228LA 181LA 2MEDA 1GE3A 4I7RA 1L79A 5B1GA 2G4PA 4I7MA 1FLQA 4W53A 2F4AA 1GB2A 3V2WA 217LA 3DNAA 4PJ2C 1REMA 1JHLA 1L84A 2HU3A 4DD9A 4G4HA 2B75A 4WLTA 5LVJA 1RCMA 1C6BA 5LYMA 4RLNA 158LA 2LYZA 160LA 194LA 4WOAA 1L56A 1LMQA 2B70A 2FYDA 3HH6A 4PRUA 1G0LA 5L9JA 1IEEA 1QT7A 190LA 1JISA 1AM7A 1Z55A 1ZWNA 214LA 3SN6R 1G7JC 1C6MA 5DN5A 3C7ZA 1YIKA 3FI7A 4IAPA 2HULA 2MEIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1KW5 A;  112L A;  4NSG A;  3AGI A;  3CDT A;  4HP0 A;  3A67 Y;  4DT3 A;  3HWL A;  2RBP A;  180L A;  3CSR A;  2BQJ A;  4EKP A;  2F32 A;  126L A;  1L25 A;  1LCN A;  4PRQ A;  2B73 A;  1IP7 A;  1OUH A;  3CT5 A;  3DMV A;  1L07 A;  219L A;  1GWD A;  4ZPU A;  1L14 A;  3A90 A;  4H91 A;  2B6T A;  260L A;  246L A;  176L A;  4XYY A;  5KXM A;  4I7S A;  2RBQ A;  1B7M A;  5DL9 A;  1WTN A;  1F6S A;  2Z39 A;  1JJ3 A;  4NHP A;  3QY4 A;  1JSE A;  3AYQ A;  1LHL A;  3HU8 A;  2MEC A;  1L63 A;  2RB2 X;  4NWE A;  208L A;  4HPI A;  1QUH A;  2LYM A;  1L86 A;  2CJL A;  1B6I A;  1C68 A;  1BQL Y;  1KS3 A;  4DQ5 A;  1B5Y A;  1XJT A;  1YKZ X;  3RNX A;  115L A;  1G0M A;  4WLY A;  3C7Y A;  1L04 A;  4A7D A;  1GFE A;  1QUT A;  4EPI A;  157L A;  1QS9 A;  1GF7 A;  4H9A A;  1LAA A;  139L A;  2MEE A;  1QT4 A;  2WAR A;  1L12 A;  5F14 A;  177L A;  3OE9 A;  1LSC A;  4KXI A;  1D9W A;  1NHE A;  5FEK A;  1GB6 A;  1LYH A;  1J1O Y;  3IJV A;  2BLY A;  4B1A A;  185L A;  2DBT A;  4ZEE A;  2AUB A;  1BHZ A;  1HFY A;  4TX7 A;  4OO9 A;  1L44 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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