153LA

The refined structures of goose lysozyme and its complex with a bound trisaccharide show that the "goose-type lysozymes lack a catalytic aspartate
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
185
structure length
185
Chain Sequence
RTDCYGNVNRIDTTGASCKTAKPEGLSYCGVSASKKIAERDLQAMDRYKTIIKKVGEKLCVEPAVIAGIISRESHAGKVLKNGWGDRGNGFGLMQVDKRSHKPQGTWNGEVHITQGTTILINFIKTIQKKFPSWTKDQQLKGGISAYNAGAGNVRSYARMDIGTTHDDYANDVVARAQYYKQHGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The refined structures of goose lysozyme and its complex with a bound trisaccharide show that the "goose-type" lysozymes lack a catalytic aspartate residue.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GOOSE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Anser anser anser
total genus 75
structure length 185
sequence length 185
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01464 SLT Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 153lA00
1QTKA 1LZAA 1BB5A 2DQEY 4KPMA 2ZYCA 4OW1A 4B0DA 6LYTA 1B7SA 4L41A 4ETEA 1UUZC 2DQGY 5D5CA 1P2CC 1LZNA 2D91A 1JWRA 1GE1A 1XFPL 4NGJA 3WU7A 4BADA 1JTOL 1AT5A 1T6VL 207LA 4WLXA 4XJDA 1FLQA 2DQCY 3WPKA 4G4HA 1GB3A 1CKHA 2BQDA 1JSEA 1LZRA 1IOCA 2DQIY 4H90A 4WG7A 1GEVA 2HTXA 3WL2A 4A7DA 4UWVA 2HECA 4RLMA 4ETAA 1IWZA 2F30A 1D9UA 4NIJA 1HNLA 1XGUC 4B1AA 1BVXA 3TXDA 4DD7A 1Z55A 2RSCA 5F16A 1XEJA 2ZIKA 5II3A 3AZ6A 2X0AA 4NSJA 4GCBA 3SP3A 3QE8A 3LZTA 4QY9A 5HMVA 4WLYA 4XJIA 1B7PA 1JITA 1GEZA 2DQHY 4HSFA 1GB5A 4H9FA 4CFOA 4PHIA 1LSDA 1VFBC 1GFUA 3G3AB 4TSBA 3RW8A 193LA 1DPXA 4WLDA 1GE2A 1NDMC 1WQMA 2DQFC 4LT0A 3A95A 4HTKA 1KXXA 4WM6A 1LSAA 1MLCE 1KIQC 2BQCA 2BQGA 2EQLA 4I0CA 1JUGA 2YBMA 1EQ5A 3AGHA 1OUGA 5ILCA 1IX0A 1LSPA 1IP6A 1HEOA 5KXPA 2D4IA 4KT3A 1GXV2 1GE0A 1LJIA 1V7TA 1ZVYB 1GBWA 1GB8A 1JSFA 1CJ9A 1LSYA 2ZILA 1KXWA 3AW7A 3AJNA 1IEEA 5C6IA 3TXFA 3A93A 4ETCA 4N8ZA 4B49A 5I54A 5K7OA 2MEIA 2DQDY 3N9AA 1IC5Y 5FEKA 2N5ZA 4H9IA 5I4WA 5KKJA 2A7FA 4H9BA 4WLTA 4GCFA 4OWAA 3WYHA 2EKSC 2Y8PA 1UIHA 1C08C 1IR7A 1JPOA 2YBJA 5I53A 4CJ2A 1JEFA 1OQMA 2BQJA 4HV1A 3TXIA 4HTNA 2ZQ3A 153LA 1E8LA 1J1PY 1YAMA 3D3DA 4P2EA 1UIGA 3LYTA 1HEMA 1LJFA 4D9ZA 3TMXA 1ZV5L 4NG8A 4PRUA 1BWHA 1XEKA 1IC7Y 2F4GA 3CQLA 5B06A 1AM7A 4NGLA 3RNXA 1HEWA 1HSXA 1IWUA 1FBIX 1I20A 2I6ZA 1IOQA 4O34A 1UICA 4HP0A 1I56A 2BLYA 4MR1A 2YBIA 4HPEA 1RI8B 4TSCA 1IIZA 132LA 5KXNA 3HFMY 3A91A 3A8ZA 1BHZA 1JJ0A 2W1MA 135LA 1QUSA 2BQFA 3CT0A 1NHEA 3LZ2A 3W6FA 5F14A 1B7QA 1OP9B 1LJEA 5B07A 4NGKA 2FYCA 1IVMA 3A6CY 4NHTA 4GN3A 1GB2A 2HUBA 3A92A 1UIEA 2HU1A 3AZ4A 4R0FA 5LVKA 5J7CA 4G4CA 5KXTA 4XYYA 1LZ4A 1YKXX 2LYMA 1LHMA 4OWBA 1J1XY 1LMCA 4NHIA 4GN4A 4WMGA 5LIOA 4E3UA 1OUHA 1IP1A 1YAQA 3F6ZA 3RT5X 1JKAA 3TMUA 1LJHA 2H9KA 1VDQA 4GCEA 1OUBA 2NWDX 4XJFA 3W6DA 4B4JA 3P65A 1NKHA 2BQOA 3BKHA 5T3FA 4Z41A 1UACY 3N9EA 3HBEX 4N1EI 2BQBA 4R6CA 1WQOA 2BPUA 4I8SA 2H5ZA 4NHSA 1GF5A 2HEDA 1NBZC 2BAAA 2LZTA 1IY4A 5LA8A 3A3RX 1LYSA 1B0DA 1DI5A 4NFVA 3LYZA 1HMLA 1LSMA 3QY4A 1GF9A 1RJCB 3AZ5A 1GF0A 3EXDA 3IJUA 4DWXA 4KL7A 1D6QA 5M1YA 5IDDA 1EQEA 2ZNXY 1W6ZA 4TX7A 1LSNA 1QSWA 1DZBX 1VDPA 1JISA 2FBBA 2MECA 4XJHA 1GF7A 1B5ZA 3WW6A 4ZEEA 5A3EA 1MELL 5KXYA 5L3HA 1J1OY 4XJBA 3EBAB 1B7OA 4GLVA 1H87A 1O23A 5I5QA 3LHMA 4H9HA 1GE4A 1TEWA 1BB3A 1IOTA 1V7SA 3ZVQA 2PC2A 4HJVA 1HHLA 5LYTA 1LZ8A 3OJPA 2W1YA 4LFXA 4Z98A 3WVXA 4DD1A 5DN4A 5JENB 1LZDA 5KXLA 1GB7A 2HEAA 2Z2FA 4IJ4A 1HMKA 1PZYA 1RFPA 1WVVA 2BQMA 2HEEA 3AB6A 3B0IA 3GXRA 5HNCA 1LHIA 1UIAA 1GHLA 1FKVA 4EMNA 1IP4A 2D4KA 1IWYA 2Z18A 2F2NA 1GF4A 4TWSA 3BKVA 1GBYA 1LZ9A 4EOFA 9LYZA 1IWWA 1FN5A 5B59A 5LYMA 3A90A 1BQLY 4BAFA 2DQJY 5FELA 2XBSA 3A67Y 5LYZA 4DT3A 4HJYA 1BB7A 2Z39A 4MCKA 1D0LA 4QEQA 1BWIA 1WTNA 3P66A 5B1GA 4N1CC 3J6KA 5FSTA 5F9XA 1LKRA 4DD3A 1SLYA 1LJGA 2MEEA 1GXXA 1G7IC 1B7RA 1GFHA 2ZQ4A 1RCMA 4LYMA 133LA 1GFVA 4J1AA 1LJNA 8LYZA 5D5FA 4WM5A 3WVYA 3CSQA 1CKDA 4ETDA 5KXXA 1YL1X 4OWCA 2XTHA 4M6DA 5LVJA 5KXSA 4C5FA 2CJLA 2G4PA 4PGJB 2G4QA 1B5WA 3B0OA 1GB6A 1HSWA 1FLUA 2FYDA 1UIBA 1UBZA 5APEA 1GF6A 4G4BA 4LGKA 1NMMA 5KXZA 1LSFA 3CSZA 4CGEA 2EIZC 2BLXA 2YBLA 1XGQC 4YEOA 1YAOA 3P64A 1LMQA 1PS5A 4WM4A 3TXEA 4DD9A 1GPQC 4H94A 4H8YA 1OUEA 1DPWA 1XGTC 1IWTA 1HEPA 1IWVA 154LA 4B4EA 1LTMA 1GWDA 1QIOA 1VDTA 2ZIJA 208LA 2F4AA 5KXMA 1ALCA 5LVHA 1GFJA 1LMNA 2CDSA 194LA 5APFA 5F9UA 3CT1A 2DBTA 1F10A 4AGAA 4YOPA 5HNLA 5KXKA 1N4FA 4QGZA 1LZ6A 2C8OA 1C7PA 2BQNA 3W6CA 3WU9A 1OUAA 2CGIA 1XSFA 3WXUA 3TXJA 1A2YC 4HJZA 1GBZA 2DQAA 1KXYA 3K3TA 5L9JA 1G7HC 1HERA 2WARA 1B5XA 1QSAA 1JKCA 2CWIA 3KAMA 4H1PA 5FHWA 3A3QA 2BQEA 3LYOA 1B7NA 4MSTA 4LYZA 4C3WA 2YDGA 4H8XA 1GFAA 4H8ZA 4LFPA 4NWEA 3A6BY 1NF5A 5B1FA 3AGGG 2LHMA 4WO9A 5C6JA 2C8PA 4WO6A 1B9OA 1LHLA 1WQRA 1G7LC 1IO5A 4J1BA 1DQJC 1LMPA 4H93A 1VAUA 1LJ3A 2Z37A 3LYMA 1BB6A 2BQIA 1QTEA 1UA6Y 2G4NA 1LZTA 1LZCA 1TAYA 1JJ3A 1LYZA 1FKQA 1AZFA 1LMOA 1WTMA 3J4GA 3W3EA 5LVGA 1W08A 2LYZA 4XADA 1G7JC 4NGWA 4DDAA 1LZ1A 4NGIA 4H9EA 1HF4A 5AMYA 4H9AA 4OOOA 3WUNA 3OK0A 4FJRA 4G9SA 4PPOA 2MEFA 1LSEA 2IHLA 1LSGA 1KIRC 4Z46A 1LYYA 4ZIXA 2H9JA 1CJ8A 1JHLA 1OUIA 1I1ZA 4H91A 4X3BA 5LVIA 1BWJA 1JJ1A 1EQ4A 1YAPA 4NHQA 3EO5A 1IP3A 3GXKA 2W1LA 1CJ7A 2XJWA 1D6PA 1OUJA 1YKYX 1B7LA 1YILA 1H6MA 1XGPC 4GN5C 4LT2A 3WW5A 3WUMA 4BS7A 1IOSA 5LXWA 4XJGA 1HFZA 3A94A 4N0JA 4LT3A 1XGRC 3B0KA 4CFPA 4DC4A 3WPJA 4NHPA 3CT5A 4RW1A 2A7DA 4NSGA 3B72A 2IFFY 3N9CA 4YENA 1LMAA 3ZEKA 4HPIA 3AW6A 5EBHA 1IP5A 3HBHA 1FLYA 1QDTA 4WG1A 4CHXA 1KIPC 4LT1A 4M4OA 2ZYPA 1BGIA 1GFGA 1AT6A 2ZNWY 2HEFA 4IASA 1GBXA 4XENA 1REYA 1LAAA 1IWXA 3MGWA 4WL6A 1LZBA 1YKZX 4LYBA 4PJ2C 5LA5A 1F0WA 4G49A 4W96A 3WXTA 1IR8A 1YL0X 4WM2A 4II8A 1JIYA 1B7MA 1RE2A 3A96A 2GV0A 2LZ2A 3HBDA 6LYZA 3RU5A 5KXRA 1JKDA 1FLWA 4NY5A 1LJJA 1YROA 2BQHA 4YF2A 2ZWBA 4NG1A 5C6LA 5KJ9A 1GDXA 4NSIA 4PRQA 4XN6A 5FDJA 4U3XB 1GFKA 1LZSA 4IATA 1GB9A 1REXA 1WQPA 3TXKA 2Q0MX 4TUNA 4OOTA 4DDCA 4KXIA 3FI7A 1JKBA 4DD2A 4OWEA 4YM8A 1C45A 2VB1A 1UIDA 1GAYA 4W94A 1REMA 2DKVA 4WL7A 5F81A 1SQ2L 4GCCA 1LZ5A 4NGOA 1LSCA 4TTDA 1HELA 4FDYA 1BVKC 5IHGA 4AXTA 3TXGA 5I4XA 1CNSA 3ULRA 2I25L 3LN2A 1T3PA 4QDNA 1NWGA 1GFTA 2Z38A 1GB0A 2I26L 1HFXA 3CSRA 1HFYA 1UIFA 1C46A 4ETBA 4GLAA 1ZVHL 1DI3A 2BQAA 2MEGA 1GAZA 4WM3A 1VATA 3TXHA 1LZYA 2B5ZA 1HC0A 2Z12A 3W6BA 3IJVA 1INUA 1LHJA 3TXBA 5B05A 2AUBA 2YVBA 2D6BA 3ATNA 1ZMYL 1GF8A 2MEBA 1NQIA 3WMKA 5HQ1A 4ANRA 1TCYA 1EL1A 1YQVY 1OUDA 3T36A 3WUAA 3B6LA 5HLLA 2Z2EA 4HV2A 1GFEA 3RZ4A 5DM9A 1C10A 3AYQA 3VWOA 1B2KA 3WU8A 4DDBA 1CKFA 1LPIA 2YBNA 5FCPA 3E3DA 4N5RA 1NDGC 4DYGA 2BQLA 5DL9A 5HMJA 3ZVQB 4DD0A 2FBDA 1B5YA 2MEDA 4ML7A 4OWHA 2YSSC 5ILFA 1LSBA 1B5VA 1DI4A 5KY1A 4YEMA 4UWUA 1LYOA 1FDLY 1TBYA 4RLNA 5LAFA 1DKKA 1F6SA 1B5UA 1JTTL 2W1XA 1AKIA 134LA 4Z3MA 3W6EA 1F6RA 1VDSA 3TMVA 4N9RA 1QDRA 7LYZA 1LHHA 4GCDA 1UC0A 1IY3A 3M3UA 1CKCA 1LKSA 3FE0A 2Z19A 1GF3A 1GBOA 1WVUA 3A34A 2YBHA 2MEAA 4LYTA 4ET8A 1GFRA 1WQQA 4WOAA 1CJ6A 1LJ4A 3TMWA 2HU3A 1CKGA 3WPLA 2D4JA 5APDA 1DKJA 5KKIA 1LJKA 1GBSA 1VEDA 2MEHA 4LZTA 1NBYC 4NGZA 1GDWA 1A4VA 2BQKA 4RW2A 1QUTA 4NWHA 5E9RA 5IELA 4NSHA 3WULA 4ZFPA 3T6UA 1XEIA 1QQYA 5A3ZA 5L3IA 3EMSA 4H92A 4J7VA 3AZ7A 4NGVA 1IP7A 3P68A 3CB7A 4UWNA 3P4ZA 3M18B 4HTQA 1WQNA 5APCA 1GD6A 3QNGA 5I4YA 1REZA 3G3BB 1D0KA 3ATOA 2LYOA 1HEQA 1OUCA 1YANA 5DLAA 4H9CA 2XBRA 3W6AA 4B4IA 1IORA 4NGYA 5KXOA 1GE3A 3D9AC 2HEBA 5LINA 1LMTA 1YIKA 4ET9A 1LHKA 3AGIA 1LZGA 2EPEA 1C43A 5E4PA 4WM1A 1BB4A 1JTPL 1OUFA 5LAGA 4RDSA 3IWRA 4LYCA 5DN5A 1D0MA 5KXWA 4NEBA 1IP2A 1LCNA 4J0LA 1DXJA 1UCOA 1HENA 1TDYA 1LZEA 4LYOA 1IR9A 1LSZA 3WH1A 4BAPA 1G7MC 1IC4Y 1LOZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QTKA 1PQKA 4KPMA 2DQEY 2ZYCA 6LYTA 1B7SA 1UUZC 1L25A 5D5CA 1P2CC 225LA 4BADA 1GE1A 1JTOL 207LA 4WLXA 1CV3A 4G4HA 189LA 3CDTA 1CU2A 2BQDA 1IOCA 1GEVA 1L82A 3C82A 4B1AA 1XEJA 3SP3A 2HULA 5HMVA 4E97A 210LA 1GEZA 1JITA 3C7WA 161LA 4CFOA 3G3AB 1QSQA 2OU9A 1QTBA 1DPXA 4WLDA 1NDMC 4LT0A 2DQFC 4HTKA 1LSAA 2B73A 2BQCA 4I0CA 151LA 1JUGA 5ILCA 2Q9DA 4I7PA 2ZILA 2B6YA 3AW7A 3TXFA 1XJUA 1L92A 3N9AA 1L33A 4WLTA 4OWAA 4CJ2A 2Y8PA 153LA 4EPFA 1YAMA 1L09A 4PRUA 1LYHA 159LA 201LA 4MR1A 2YBIA 4TSCA 1JJ0A 2W1MA 4ARMB 1NHEA 1LJEA 3G3VA 4NGKA 2FYCA 3A6CY 4NHTA 5KXTA 4ARJA 1LZ4A 1C6IA 2LYMA 4E3UA 1OUHA 3CDOA 3F6ZA 1L42A 1LJHA 4DJHA 1L74A 2NWDX 3HTBA 5LZMA 164LA 4N1EI 3HBEX 4R6CA 4NHSA 168LA 3A3RX 1LYSA 4NFVA 3LYZA 1HMLA 1LSMA 3HDEA 1LI2A 1GF9A 3EXDA 1GF0A 199LA 2FBBA 4XJHA 1B5ZA 1MELL 2OE7X 1B7OA 4H9HA 1BB3A 1V7SA 1L15A 1LZ8A 1L05A 2W1YA 3OJPA 4I7MA 3WVXA 1L98A 3AB6A 1RFPA 1WVVA 1LHIA 222LA 130LA 1IVMA 3BKVA 1GBYA 9LYZA 236LA 5FELA 4DT3A 4LZMA 3K2RA 4QEQA 3P66A 3C80A 3G3XA 3J6KA 5FSTA 1LKRA 1SLYA 2RAZX 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QTK A;  1LZA A;  1BB5 A;  2DQE Y;  4KPM A;  2ZYC A;  4OW1 A;  4B0D A;  6LYT A;  1B7S A;  4L41 A;  4ETE A;  1UUZ C;  2DQG Y;  5D5C A;  1P2C C;  1LZN A;  2D91 A;  1JWR A;  1GE1 A;  1XFP L;  4NGJ A;  3WU7 A;  4BAD A;  1JTO L;  1AT5 A;  1T6V L;  207L A;  4WLX A;  4XJD A;  1FLQ A;  2DQC Y;  3WPK A;  4G4H A;  1GB3 A;  1CKH A;  2BQD A;  1JSE A;  1LZR A;  1IOC A;  2DQI Y;  4H90 A;  4WG7 A;  1GEV A;  2HTX A;  3WL2 A;  4A7D A;  4UWV A;  2HEC A;  4RLM A;  4ETA A;  1IWZ A;  2F30 A;  1D9U A;  4NIJ A;  1HNL A;  1XGU C;  4B1A A;  1BVX A;  3TXD A;  4DD7 A;  1Z55 A;  2RSC A;  5F16 A;  1XEJ A;  2ZIK A;  5II3 A;  3AZ6 A;  2X0A A;  4NSJ A;  4GCB A;  3SP3 A;  3QE8 A;  3LZT A;  4QY9 A;  5HMV A;  4WLY A;  4XJI A;  1B7P A;  1JIT A;  1GEZ A;  2DQH Y;  4HSF A;  1GB5 A;  4H9F A;  4CFO A;  4PHI A;  1LSD A;  1VFB C;  1GFU A;  3G3A B;  4TSB A;  3RW8 A;  193L A;  1DPX A;  4WLD A;  1GE2 A;  1NDM C;  1WQM A;  2DQF C;  4LT0 A;  3A95 A;  4HTK A;  1KXX A;  4WM6 A;  1LSA A;  1MLC E;  1KIQ C;  2BQC A;  2BQG A;  2EQL A;  4I0C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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