153LA

The refined structures of goose lysozyme and its complex with a bound trisaccharide show that the "goose-type lysozymes lack a catalytic aspartate
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
185
structure length
185
Chain Sequence
RTDCYGNVNRIDTTGASCKTAKPEGLSYCGVSASKKIAERDLQAMDRYKTIIKKVGEKLCVEPAVIAGIISRESHAGKVLKNGWGDRGNGFGLMQVDKRSHKPQGTWNGEVHITQGTTILINFIKTIQKKFPSWTKDQQLKGGISAYNAGAGNVRSYARMDIGTTHDDYANDVVARAQYYKQHGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The refined structures of goose lysozyme and its complex with a bound trisaccharide show that the "goose-type" lysozymes lack a catalytic aspartate residue.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GOOSE LYSOZYME
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Anser anser anser
total genus 75
structure length 185
sequence length 185
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01464 SLT Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 153lA00
5APFA 1AT5A 2MECA 1RJCB 1I56A 1LZ5A 4GN4A 1LSPA 1KXYA 4RDSA 2HU3A 4YM8A 1B9OA 4H8XA 1LYOA 5LYTA 2ZQ4A 5E9RA 2I25L 4G4CA 4ETDA 1GFTA 8LYZA 4OW1A 2HU1A 1VDTA 4LYMA 4NHPA 2YBHA 1DI4A 2FBDA 1IWVA 2BLYA 3CSQA 3N9AA 1HSWA 1LJ3A 2EKSC 3GXKA 1HEQA 3B72A 4OOOA 3W6BA 1EQEA 2HEDA 3D3DA 5FELA 1DI3A 5LYMA 1LZCA 4HJVA 3CT5A 4UWUA 2W1LA 4U3XB 1GAYA 4WOAA 1J1PY 2ZNWY 4NY5A 4NHTA 4C5FA 1G7IC 1HMLA 1WQMA 1REMA 1WTMA 5FHWA 5KXLA 3WUAA 1XGPC 4H9HA 5C6JA 4P2EA 4Z41A 2FYCA 5KXKA 1HHLA 4W96A 5D5CA 2DQAA 1CJ9A 4BADA 5LXWA 1DZBX 1LMOA 2HEBA 1F10A 2LYMA 5A3ZA 4C3WA 1CJ6A 4CFPA 4R0FA 1YIKA 3EMSA 4OOTA 4HJZA 4RLNA 4TWSA 1GB3A 4AXTA 3IJVA 2C8OA 3WL2A 4G49A 5KJ9A 1NMMA 1GFRA 1GE3A 2BQIA 5EBHA 1JUGA 1LJIA 1CJ8A 1GFAA 2BQCA 5FEKA 1INUA 4LT3A 1HSXA 4WM6A 2RSCA 2Z39A 4ET9A 4H90A 1LZGA 2YSSC 4NGWA 4OWCA 4TX7A 1GDWA 1TDYA 4PRUA 3ATOA 3P64A 1IP3A 4ETAA 4WLXA 2YBNA 3FE0A 4NSGA 5II3A 1B2KA 1YAOA 3RZ4A 1BVKC 4H9BA 1TEWA 4WMGA 1CKHA 4HJYA 4LYBA 3T6UA 4X3BA 2DKVA 5B05A 2BQOA 1LZ1A 1WVUA 4DD0A 1B0DA 1CKFA 1GXXA 1ZV5L 1BWHA 2DQGY 2D6BA 2BQGA 2MEHA 5LAFA 1A2YC 1JIYA 1IORA 1IIZA 1JWRA 1KXXA 1RI8B 5J7CA 1LYZA 5ILFA 1KXWA 4H93A 2ZNXY 1GFHA 1WQPA 1OUAA 4NHSA 1W6ZA 4ETEA 3QNGA 4RW1A 2LYOA 1B7MA 3QE8A 2ZQ3A 4NG1A 4PRQA 5KXMA 4QEQA 3SP3A 4XADA 1G7HC 1YL1X 3WVXA 4H9CA 3WH1A 4WM3A 2Y8PA 4WL7A 5KKJA 4LZTA 1LJJA 1NHEA 4CGEA 3TMUA 1CKCA 1GEVA 1C10A 1GFKA 1IC5Y 3G3AB 4DDBA 4LYCA 1GFGA 5DL9A 1GBOA 4Z98A 4B4JA 4Z46A 4DYGA 4YEOA 1LSYA 2C8PA 1D6QA 2Z12A 1LZ9A 4UWNA 1HERA 1LJEA 5KXNA 4NGVA 5LVKA 3A3QA 5IELA 1G7MC 1IOQA 4NEBA 1AM7A 3AGIA 1QTEA 5B1GA 1GB5A 2VB1A 1IP7A 4HPIA 1GF8A 2XJWA 1FN5A 4WG1A 5LVIA 1QUSA 4ETCA 2I26L 4YEMA 1OUCA 4G4BA 4OWAA 1QIOA 1C08C 1XEJA 2IHLA 2NWDX 4NGJA 3TXDA 1LAAA 1NBZC 3B0KA 1BVXA 2ZWBA 3CB7A 4I8SA 1GF6A 2MEBA 1REYA 1ZMYL 1HELA 2CGIA 4WM1A 1DQJC 2Z2EA 1BHZA 1FLWA 2F2NA 5KXSA 1GB7A 1T6VL 3LZ2A 1AT6A 3CSZA 2EQLA 2DQDY 3LHMA 4H8YA 4QGZA 4WM5A 1IEEA 4ET8A 1KIRC 1UIHA 4LGKA 1YKXX 3LYOA 1OUHA 2XBSA 1IP4A 1VAUA 4NHQA 1WTNA 1LMNA 2A7FA 1BB4A 2DQHY 3BKHA 1BGIA 1XSFA 2DQCY 1D6PA 5M1YA 1C7PA 2CDSA 3AJNA 5IHGA 2D4JA 2DQFC 1D9UA 1GF0A 1GF4A 1YKYX 2MEFA 4IASA 4DD2A 1LZRA 1LSCA 1LKRA 1LZ4A 3W6EA 1REZA 1GBSA 2HEFA 4H94A 3HBHA 3CSRA 1GBYA 1GF7A 1JKCA 4NGKA 4XN6A 5KXPA 2YBIA 1XFPL 1JJ0A 1GBWA 1B5VA 1GD6A 5C6IA 132LA 193LA 1YILA 1LZSA 5LAGA 1V7TA 2BPUA 2ZILA 4TSBA 4L41A 4LT2A 4GN3A 4NGIA 4QDNA 1YL0X 4J1BA 3WU8A 1HFZA 2G4QA 2XTHA 1H87A 1PZYA 2W1YA 1E8LA 4ZFPA 1H6MA 1N4FA 4M6DA 5DLAA 5HNLA 3HFMY 4GLVA 1OUIA 4GLAA 1IOTA 2WARA 3EBAB 1JSEA 1MELL 2HUBA 1LHHA 2MEAA 3M3UA 4WLDA 4FDYA 3RW8A 1UIAA 3A3RX 4XJBA 1LTMA 1UBZA 3LYTA 3QY4A 4EOFA 133LA 1QTKA 3A6CY 1JEFA 3P66A 3WMKA 5B59A 2Z18A 5HQ1A 4IATA 4OWEA 4R6CA 1P2CC 4HPEA 1UIGA 3TXFA 3WW5A 3CT1A 1QDRA 1OP9B 4ETBA 4EMNA 1VDQA 1GAZA 3ATNA 3WUMA 2GV0A 1UUZC 3IJUA 4PHIA 5IDDA 4DD9A 3A6BY 5KXXA 3AW7A 4IJ4A 5I4WA 1JTOL 1LMPA 3RU5A 2BQFA 1HF4A 3TMVA 1KIPC 2YBJA 1FDLY 4HTKA 5LVHA 1IX0A 1XGQC 2YDGA 2H9JA 5LVJA 3LN2A 1LHKA 4GCEA 5AMYA 2F4AA 2W1XA 3AZ6A 2AUBA 4WG7A 3AYQA 1T3PA 1GF3A 4B4IA 4RW2A 5HNCA 1LSGA 1JJ1A 5DN4A 1UICA 3A91A 1B7PA 1JKAA 4LT1A 4E3UA 1IC4Y 1VDPA 1VEDA 3A8ZA 1GPQC 4WL6A 1CJ7A 3WU7A 1RE2A 4DD7A 4GCCA 1B5YA 1GWDA 3TXGA 1G7LC 1GFUA 2BQAA 1GB2A 1IO5A 3A95A 1RCMA 3VWOA 1UIDA 5A3EA 5L9JA 3A34A 5I53A 2YBLA 1NQIA 1BWIA 1LHJA 4TUNA 1VFBC 4WLTA 3WW6A 3TXEA 5LA5A 1IR7A 3N9CA 4KPMA 5LYZA 1BWJA 1HC0A 4NSIA 2A7DA 1LMCA 1MLCE 6LYTA 2IFFY 1LSDA 1LJGA 4LYZA 5APDA 4DD3A 4DDCA 5HLLA 1DPXA 1JSFA 2HEEA 3A67Y 3CT0A 1JISA 4UWVA 1QSAA 3OK0A 3TMXA 1JKDA 2Z19A 1GXV2 1HMKA 3WYHA 4NWHA 1YROA 2F4GA 2N5ZA 3WU9A 1LPIA 4LT0A 5HMJA 3TXJA 3B0OA 1UC0A 4PJ2C 1HFYA 1W08A 2DBTA 4OWHA 1NDGC 3HBEX 4H92A 5F9XA 1LHIA 1LYYA 4A7DA 3WUNA 4NGOA 5ILCA 1QQYA 1YAMA 3M18B 1XEKA 4I0CA 3W3EA 4CHXA 154LA 1IWZA 5JENB 1LZBA 1WQQA 5B1FA 2BLXA 5APEA 1WQOA 1LMTA 4H9AA 4KT3A 4XJFA 1LCNA 3AW6A 1D0MA 1I1ZA 4HV2A 2BQJA 3GXRA 1LSBA 4WO6A 1LSAA 9LYZA 1LZYA 1D0KA 4B49A 1IWTA 4B4EA 4GCFA 4LYTA 4OWBA 4H9IA 5B06A 2H9KA 1I20A 3AZ4A 3N9EA 1NDMC 4LFXA 1DI5A 1WVVA 4TSCA 1XGTC 1B5WA 2DQJY 2EIZC 4BS7A 1SLYA 4N1CC 3WULA 1B5XA 1HENA 4J1AA 3A94A 1IC7Y 3LYZA 1GB0A 4XJIA 1V7SA 2ZYCA 5C6LA 1DXJA 1OUEA 1UIEA 3A90A 4HTNA 4NIJA 1GHLA 4NGLA 4CJ2A 3P68A 1DPWA 1FKQA 1B7RA 1VDSA 1AKIA 1HEOA 4G9SA 2I6ZA 1IOCA 1LKSA 3A96A 1LOZA 3TXHA 1F0WA 3TXBA 4YOPA 1LZ8A 1YANA 3W6CA 1JITA 1JJ3A 1LSMA 1B7NA 4O34A 1DKJA 5LA8A 1HNLA 1F6SA 1LYSA 4NGYA 4N0JA 2BAAA 4KL7A 4BAPA 1GEZA 4WLYA 3P65A 1GFVA 4WO9A 5F81A 5KXZA 3G3BB 4Z3MA 1YAPA 1LZEA 4N5RA 2PC2A 1F6RA 1GBXA 2X0AA 5KXWA 4XYYA 1B7LA 1BB7A 5APCA 1GDXA 4H9EA 3WPLA 4ZEEA 5LIOA 4DD1A 1BB5A 1HEWA 3ZEKA 4N9RA 153LA 3AGGG 1LSZA 208LA 1NF5A 4WM2A 1IY4A 1EQ4A 1WQRA 1HFXA 3TXKA 2F30A 5B07A 2CJLA 5FSTA 1LJNA 2LHMA 3A93A 3B0IA 4MR1A 1GE2A 3RNXA 1BB3A 1ALCA 5KXRA 1OUBA 4NHIA 2HTXA 4MCKA 1WQNA 4PGJB 4DT3A 2HECA 1NBYC 1QSWA 4CFOA 1FLQA 1A4VA 4NFVA 4NGZA 5L3HA 4AGAA 1TBYA 2W1MA 1JKBA 7LYZA 2XBRA 2H5ZA 1IP1A 2DQIY 2ZIJA 5I54A 3OJPA 4W94A 3AZ5A 2MEGA 1GE0A 1IP5A 5LVGA 1BB6A 2MEDA 1JPOA 1LJHA 1IP2A 2FBBA 5I4YA 1XEIA 5KKIA 1CKDA 1DKKA 2BQLA 207LA 1IR8A 1LZNA 4TTDA 1IOSA 3TMWA 1EQ5A 5KXTA 1O23A 1XGRC 2Z37A 2BQDA 1GF9A 1AZFA 4M4OA 3TXIA 1OUJA 3D9AC 6LYZA 5HMVA 1LZDA 1C45A 1RFPA 2D4KA 2LZ2A 3EXDA 4HSFA 1B7SA 1OUFA 1OQMA 3CQLA 3ZVQB 4B0DA 1J1XY 1YAQA 1LJ4A 1JHLA 2ZYPA 4NSJA 3EO5A 5F9UA 4HV1A 2Z2FA 4GN5C 3FI7A 3AGHA 2HEAA 1PS5A 1GF5A 3J4GA 5KY1A 4H9FA 1LSEA 1EL1A 5I4XA 1SQ2L 4H1PA 2MEIA 2BQBA 2G4PA 4RLMA 2D91A 2LZTA 5LINA 3IWRA 1XGUC 4ML7A 5F14A 1UCOA 135LA 4D9ZA 1GE1A 1J1OY 1B5ZA 4WM4A 4XENA 3A92A 1TCYA 4GCDA 3W6AA 4II8A 3KAMA 5T3FA 1LSNA 4KXIA 1IWYA 1QDTA 3E3DA 3WPKA 2YBMA 3BKVA 1FLYA 1GB8A 4N8ZA 4XJDA 3WXUA 1ZVYB 4GCBA 5K7OA 4H8ZA 3P4ZA 4NG8A 3WVYA 2B5ZA 1LMQA 3B6LA 1LMAA 3LZTA 4QY9A 2BQHA 2BQNA 4HP0A 1GBZA 1OUGA 1GFEA 3J6KA 4LYOA 4NWEA 4N1EI 3AZ7A 3W6DA 1IWWA 1LZTA 4B1AA 4HTQA 3MGWA 1GFJA 1GB6A 1VATA 5D5FA 1HEPA 1IWUA 3RT5X 3WXTA 4ZIXA 2Q0MX 2ZIKA 1LHMA 2BQEA 3AB6A 3WPJA 1UIFA 4DWXA 2MEEA 194LA 1Z55A 1IP6A 1ZVHL 4NSHA 3LYMA 2D4IA 4H91A 4DC4A 3W6FA 5KXYA 4MSTA 2EPEA 3T36A 1FKVA 1B5UA 1G7JC 1KIQC 2BQMA 2CWIA 1C43A 1UACY 2Z38A 1FBIX 1NKHA 1OUDA 1B7QA 1LSFA 1TAYA 1JTPL 2G4NA 4G4HA 4LFPA 5L3IA 4DDAA 4J0LA 1FLUA 4YENA 5F16A 5FDJA 3ZVQA 4YF2A 1IR9A 1IVMA 2DQEY 5KXOA 3F6ZA 5FCPA 2FYDA 5E4PA 3ULRA 4J7VA 4ANRA 4XJGA 1IWXA 134LA 2LYZA 1QUTA 1CNSA 4PPOA 2BQKA 1IY3A 1GB9A 3K3TA 3HBDA 4BAFA 1GE4A 1NWGA 1CKGA 1UIBA 4XJHA 1D0LA 1BQLY 1LJKA 1LZ6A 1C46A 1HEMA 2YVBA 1JTTL 1REXA 4FJRA 1LJFA 5DM9A 1YQVY 1LHLA 1UA6Y 5DN5A 1B7OA 1LZAA 5I5QA 1YKZX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1T6HA 3CDQA 128LA 1I56A 3UONA 1SSWA 3GUMA 4DAJA 1T8AA 2HU3A 8LYZA 111LA 2HU1A 2RBQA 131LA 3PDSA 1DI4A 1HSWA 1HEQA 1EPYA 2HEDA 3D3DA 1D9WA 3CT5A 4W57A 2ZNWY 4NHTA 1L18A 5FHWA 5KXLA 4P2EA 4Z41A 2FYCA 4ARMB 5D5CA 1CJ9A 227LA 1F10A 1L83A 1SWZA 1YIKA 3EMSA 1C63A 4RLNA 1GB3A 4AXTA 2HULA 4G49A 5FEKA 1LJIA 1GFAA 165LA 4W56A 1JQUA 1INUA 1L42A 2RSCA 2Z39A 4H90A 4ET9A 4TX7A 3ATOA 1IP3A 4ETAA 4WLXA 4NSGA 1B2KA 1QT5A 1BVKC 4H9BA 1LZ1A 1WVUA 1GXXA 1C6QA 1DYGA 2BQGA 3FA0A 3GUNA 1A2YC 1RI8B 1KXXA 1LYZA 5ILFA 2NTHA 1GFHA 1L57A 4AQNA 1P46A 2OEAX 5KXMA 3CDVA 5I14A 4H9CA 2Y8PA 5KKJA 4CGEA 2QB0B 3G3AB 4DDBA 4Z46A 1GBOA 4YEOA 2C8PA 1D2WA 1CV0A 4I7RA 4UWNA 1HERA 1LJEA 2RB2X 5IELA 2RBRA 1C6AA 4ARMA 1QTEA 1GB5A 147LA 2VB1A 152LA 1L21A 1CTWA 1QUSA 2I26L 1L30A 1OUCA 4G4BA 4OWAA 1XEJA 1C08C 2CUUA 180LA 3TXDA 1NBZC 1JTNA 2ZWBA 1HELA 2CGIA 1T8FA 1DQJC 1L46A 2Z2EA 1IEEA 4ET8A 1KIRC 1L23A 3HTBA 2XBSA 1IP4A 1VAUA 1BB4A 1QTBA 1C6PA 2RBNA 3AJNA 2D4JA 2DQFC 1D9UA 4I7SA 4DD2A 1LSCA 3W6EA 4H94A 4LZMA 1GBYA 1CV5A 4XN6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5APF A;  1AT5 A;  2MEC A;  1RJC B;  1I56 A;  1LZ5 A;  4GN4 A;  1LSP A;  1KXY A;  4RDS A;  2HU3 A;  4YM8 A;  1B9O A;  4H8X A;  1LYO A;  5LYT A;  2ZQ4 A;  5E9R A;  2I25 L;  4G4C A;  4ETD A;  1GFT A;  8LYZ A;  4OW1 A;  2HU1 A;  1VDT A;  4LYM A;  4NHP A;  2YBH A;  1DI4 A;  2FBD A;  1IWV A;  2BLY A;  3CSQ A;  3N9A A;  1HSW A;  1LJ3 A;  2EKS C;  3GXK A;  1HEQ A;  3B72 A;  4OOO A;  3W6B A;  1EQE A;  2HED A;  3D3D A;  5FEL A;  1DI3 A;  5LYM A;  1LZC A;  4HJV A;  3CT5 A;  4UWU A;  2W1L A;  4U3X B;  1GAY A;  4WOA A;  1J1P Y;  2ZNW Y;  4NY5 A;  4NHT A;  4C5F A;  1G7I C;  1HML A;  1WQM A;  1REM A;  1WTM A;  5FHW A;  5KXL A;  3WUA A;  1XGP C;  4H9H A;  5C6J A;  4P2E A;  4Z41 A;  2FYC A;  5KXK A;  1HHL A;  4W96 A;  5D5C A;  2DQA A;  1CJ9 A;  4BAD A;  5LXW A;  1DZB X;  1LMO A;  2HEB A;  1F10 A;  2LYM A;  5A3Z A;  4C3W A;  1CJ6 A;  4CFP A;  4R0F A;  1YIK A;  3EMS A;  4OOT A;  4HJZ A;  4RLN A;  4TWS A;  1GB3 A;  4AXT A;  3IJV A;  2C8O A;  3WL2 A;  4G49 A;  5KJ9 A;  1NMM A;  1GFR A;  1GE3 A;  2BQI A;  5EBH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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