154LA

The refined structures of goose lysozyme and its complex with a bound trisaccharide show that the "goose-type lysozymes lack a catalytic aspartate
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
185
structure length
185
Chain Sequence
RTDCYGNVNRIDTTGASCKTAKPEGLSYCGVSASKKIAERDLQAMDRYKTIIKKVGEKLCVEPAVIAGIISRESHAGKVLKNGWGDRGNGFGLMQVDKRSHKPQGTWNGEVHITQGTTILINFIKTIQKKFPSWTKDQQLKGGISAYNAGAGNVRSYARMDIGTTHDDYANDVVARAQYYKQHGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The refined structures of goose lysozyme and its complex with a bound trisaccharide show that the "goose-type" lysozymes lack a catalytic aspartate residue.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords GOOSE LYSOZYME
total genus 76
structure length 185
sequence length 185
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01464 SLT Transglycosylase SLT domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 154lA00
1C08C 3A34A 4HJVA 4O34A 1HNLA 1SLYA 1IO5A 1UIFA 1T6VL 2YBJA 3N9CA 4NGKA 4U3XB 1OUAA 4BS7A 5LAGA 5LIOA 1BWJA 1IY4A 2RSCA 5KXKA 2EQLA 1AT5A 1BWIA 4GCDA 2EPEA 1WQNA 2YDGA 3ATNA 1JTOL 2YBMA 3EXDA 4Z98A 5LYTA 1LJJA 1IWWA 3TXFA 1GFGA 3CQLA 5APFA 2MEGA 1LSNA 5B59A 3LZ2A 3G3AB 1IWTA 1LJNA 3LYMA 3TXKA 1ZV5L 135LA 1KXXA 3WH1A 1F6RA 1IIZA 1AKIA 1HEOA 4I8SA 2YBNA 1H87A 4W96A 5HMJA 5I54A 1XSFA 5D5CA 1AM7A 3OJPA 1D0LA 4NY5A 3TXIA 5LVJA 1DKKA 3CSRA 1GEVA 1JJ0A 5FDJA 3TMWA 1LSBA 1BVXA 1CKFA 4NGLA 1C43A 4DD3A 1FBIX 1TEWA 3LN2A 2DQIY 3ZEKA 1I56A 1JUGA 3BKHA 4H91A 1YAMA 2H9KA 1KIQC 1OUGA 1LMNA 1OP9B 4G9SA 4NGIA 2MEAA 2F4AA 5C6LA 4ZEEA 4NEBA 3AB6A 1EQ4A 3OK0A 3B0OA 2PC2A 3F6ZA 1LJFA 4B0DA 1JISA 1REXA 4H9IA 3TXJA 5T3FA 4H92A 4QDNA 1GF3A 1LSDA 1FLWA 3WXUA 2ZWBA 4H9HA 2BLXA 4UWNA 1BB5A 3BKVA 4XENA 5LA5A 5FHWA 1LZNA 2ZIKA 4XN6A 1HFZA 1GD6A 1IOSA 4GCFA 4P2EA 1HFYA 2BQDA 1GF8A 2MEEA 3ATOA 5APCA 1DPWA 1VDTA 1YKYX 5L3IA 4RW2A 2BQJA 5A3ZA 1VDQA 1HSWA 5B05A 1IOCA 2BQHA 3P68A 4N5RA 4TUNA 4UWVA 4WM4A 1IWYA 3M18B 4PHIA 4XJFA 1G7JC 3T36A 1YILA 1FKQA 1CNSA 1LSZA 4XJBA 1JKDA 1GE0A 2GV0A 1B0DA 4B49A 1TBYA 1YIKA 1EL1A 4NWHA 4DC4A 4OWHA 1G7HC 1IOQA 1B5WA 2DQJY 4J7VA 4DD2A 3D9AC 3K3TA 3W6BA 1IP5A 1DZBX 1DXJA 1LOZA 1OUEA 2CDSA 2D6BA 4UWUA 3WYHA 4YF2A 4EOFA 2CWIA 1YL1X 8LYZA 3A67Y 1D6PA 3CT5A 4CGEA 1GFEA 4PGJB 4LYOA 1IC4Y 1HC0A 1GFUA 3J4GA 2MEBA 2AUBA 1B7NA 1CJ9A 1GB8A 1IY3A 4H90A 2ZQ4A 1LZ6A 4H93A 1FKVA 1DKJA 1GB2A 5LVKA 4CFOA 1DI4A 1GFVA 1JWRA 1LHJA 1IORA 5DN5A 3ZVQB 5KXRA 1GF6A 1LYOA 4NHSA 3AGHA 1DQJC 1OUBA 4C3WA 4N8ZA 1J1XY 4AGAA 1WQOA 1LTMA 1NQIA 1UUZC 1B5UA 1I1ZA 1WQMA 4GN3A 4NSIA 4XJDA 2WARA 1HEWA 3MGWA 2BQMA 4G4HA 3TMXA 1AZFA 3TMVA 4MR1A 4AXTA 1RI8B 1GF0A 3A96A 3IWRA 5F9XA 4ZIXA 3WVXA 1HMKA 4XYYA 3N9AA 1REZA 1LZBA 1LSCA 1B5XA 1GE4A 1I20A 4H1PA 3WU8A 4GLAA 6LYTA 3A8ZA 4XJGA 1B5VA 1NWGA 4XADA 2W1YA 5I53A 1B7QA 1JEFA 4WG7A 1RCMA 4LT0A 5HNLA 5A3EA 4TSBA 2XBRA 5JENB 2BQOA 4NGWA 1LZCA 1LKRA 4YM8A 132LA 2D91A 1GXXA 4J1AA 4YEMA 3LZTA 4LYTA 1YKZX 3GXKA 2YSSC 1KXYA 5KXMA 4H9EA 1Z55A 1IP6A 1GFAA 5B1FA 1LZ9A 2F30A 3WUAA 3WMKA 1JKCA 4CHXA 1GPQC 5EBHA 1UIDA 4KT3A 1A4VA 1J1PY 1B9OA 1GWDA 2H9JA 1W6ZA 4TX7A 4DDAA 4B1AA 1EQ5A 3LYTA 1EQEA 1XFPL 1HHLA 4NSJA 3GXRA 1CKCA 3EO5A 5DL9A 4WO6A 1IR8A 1VDSA 2Z12A 1UIHA 3A6CY 4GN5C 4NFVA 5C6JA 1LSEA 2I25L 2EIZC 4L41A 1VDPA 2HECA 2Z2FA 1UICA 2Y8PA 4HPEA 4LFXA 5HNCA 5KXOA 4LYCA 3IJUA 1G7LC 3WUMA 3TXHA 1XEKA 1REYA 2HEAA 4LYMA 1CKHA 1GBYA 3A92A 4HTQA 4IASA 1QTEA 4H9CA 1UIGA 1ZVYB 3TXBA 3AGIA 4J0LA 1CJ6A 208LA 2BQCA 4NHPA 1DI5A 4I0CA 4NWEA 1UIEA 1IP3A 1JKBA 1NF5A 1JITA 4OOTA 1XEJA 2ZNXY 3ZVQA 1LJHA 2BLYA 2FBDA 3A3QA 4GLVA 4BAPA 9LYZA 1LMQA 2W1XA 4NSHA 5KKJA 4YOPA 1H6MA 1PZYA 4H9FA 2EKSC 4LT1A 4WM5A 2D4JA 4FDYA 3WU7A 1B5YA 1B7LA 1LZTA 1OUJA 4ETDA 1JKAA 3CSZA 4HSFA 1LJGA 3W6CA 1UC0A 1W08A 4LT3A 1ALCA 4NGVA 1HERA 4DWXA 194LA 1IWXA 2W1LA 4DD7A 1N4FA 4QGZA 5KXSA 4PRUA 1F10A 4HV1A 2DKVA 4WLYA 7LYZA 2DQDY 3QY4A 1LZ8A 1QSAA 5F9UA 4G4BA 3WPJA 1JPOA 3CT0A 1C46A 1BB4A 4OW1A 1LHHA 2HEEA 5LYMA 5E9RA 2BPUA 2IFFY 4LGKA 5C6IA 2YVBA 1HEQA 1LSGA 2LYZA 2MEDA 4KL7A 4KPMA 4OOOA 3WULA 1FN5A 1C7PA 5LVGA 1F0WA 1GFKA 2LZ2A 1DI3A 207LA 1LJ4A 1ZMYL 2Z38A 1GF7A 5LXWA 2FYCA 5AMYA 1IP1A 1IWUA 1GFJA 4DD9A 1C10A 5KJ9A 2DQCY 3AW6A 1TDYA 3FI7A 1UCOA 1HELA 1JSFA 1IX0A 5LYZA 1B7OA 1REMA 1LSAA 1IP7A 2BQEA 2VB1A 1BVKC 5ILCA 1DPXA 4DD0A 5I5QA 1D0KA 1YAPA 1YKXX 1JJ1A 3N9EA 4N9RA 3AJNA 3P4ZA 3A95A 3WPKA 5F16A 2CJLA 1XGPC 3A90A 2MEFA 2LYOA 2Z39A 4NSGA 5KKIA 4ETAA 1LHKA 1LAAA 3RU5A 2C8OA 1HMLA 1QIOA 3AYQA 1YQVY 1HENA 1NBZC 1NBYC 4B4IA 3EBAB 2I6ZA 3W3EA 5I4WA 1VATA 4NGOA 4OWEA 3RNXA 1V7TA 1CKGA 1GAYA 2B5ZA 1XEIA 4NG8A 1WQQA 2BQAA 4NGZA 4GN4A 4RW1A 4Z3MA 4HJYA 4GCEA 1KXWA 1LMTA 2XBSA 4QEQA 1WTNA 4H8YA 3ULRA 1GFTA 1LZRA 1GE3A 5DM9A 4CFPA 2BQNA 4WOAA 4ANRA 1BHZA 1G7IC 4QY9A 1YANA 2FYDA 1ZVHL 3B72A 3EMSA 5HLLA 4C5FA 5I4XA 2Z19A 4PJ2C 5LVIA 5L9JA 1GE2A 1GDWA 2CGIA 2HTXA 2BQKA 2Z2EA 3WW5A 2YBIA 2DQFC 4DT3A 3W6FA 4YENA 2X0AA 4G49A 3WW6A 5DLAA 1LJKA 3TXDA 1LZGA 4ET8A 1LZSA 5LVHA 1OUCA 4G4CA 2BQFA 2ZYCA 3G3BB 1LHLA 1BB6A 3AZ5A 3W6DA 1UA6Y 1XGRC 3VWOA 1LZEA 3AZ6A 4OWCA 1GF9A 2XJWA 1LZ4A 4N1EI 4WLXA 3RW8A 1GBXA 1HEPA 3W6EA 5APEA 1GAZA 1B5ZA 1RE2A 2YBLA 4PRQA 3CT1A 4H8ZA 4TTDA 4WM6A 4DD1A 1QDTA 1CJ8A 1LSFA 1OUHA 4ET9A 1BB7A 4TSCA 4HTNA 1NHEA 1NDMC 3CB7A 1GB3A 1GFRA 4NHIA 1XGTC 1OUIA 1GBZA 1YAQA 2YBHA 4DDCA 4LFPA 3P65A 1GE1A 1IP2A 1IR9A 4NHQA 4D9ZA 1HF4A 1LMOA 1RJCB 5DN4A 1G7MC 4LT2A 2Z37A 4WLTA 1UIAA 5B07A 5B06A 4WL6A 2ZQ3A 1PS5A 1OQMA 5HQ1A 2G4NA 4WM3A 193LA 1INUA 1WTMA 1IEEA 1XGQC 1QUSA 1GBSA 3D3DA 4XJIA 5APDA 2ZIJA 4HP0A 1BQLY 1LMAA 4WO9A 2Z18A 3LYOA 4HTKA 5FEKA 5KXLA 1GBWA 1WQRA 4HPIA 4J1BA 1BGIA 4RLNA 1F6SA 3M3UA 4XJHA 3WUNA 2HEBA 4H8XA 5FELA 1OUDA 5F14A 1LCNA 5KXWA 1JTTL 2G4PA 3WXTA 6LYZA 3FE0A 2MEHA 3T6UA 1HEMA 1J1OY 2ZNWY 4OWBA 5KXXA 2C8PA 1YROA 1JJ3A 4CJ2A 1GF4A 2DQAA 2BQGA 2A7DA 154LA 3AZ4A 3AZ7A 1LZ5A 2HU3A 2BQIA 3RT5X 1QUTA 1XGUC 1LZAA 4NGYA 4OWAA 2I26L 1VEDA 5J7CA 1NMMA 1GXV2 2F2NA 4WMGA 2ZILA 4LYBA 4A7DA 3QNGA 1IP4A 1YAOA 3QE8A 2BAAA 4LZTA 4R6CA 3WPLA 4B4JA 5I4YA 5ILFA 1RFPA 3A6BY 1FLYA 1E8LA 1IC5Y 2Q0MX 5KY1A 4W94A 1IVMA 2D4IA 1A2YC 1KIPC 4E3UA 133LA 5D5FA 2FBBA 2LYMA 4WM2A 1B7MA 4BAFA 4H9BA 3A93A 2DBTA 1VFBC 5IELA 1GBOA 1LJEA 1LMCA 1WQPA 3KAMA 4M6DA 1O23A 1IC7Y 1D6QA 2HU1A 2ZYPA 1D0MA 2IHLA 3J6KA 5KXPA 3AGGG 1T3PA 3HBHA 1LKSA 2DQGY 5LINA 5LA8A 1LYSA 2N5ZA 1B7PA 1UACY 3LYZA 1UBZA 4II8A 4GCBA 2HEFA 4DDBA 1AT6A 1LHMA 3RZ4A 5LAFA 4H9AA 4MCKA 4ETBA 5M1YA 1CKDA 1LYYA 1YL0X 1LJ3A 1GB0A 3TXEA 4MSTA 3B0KA 4TWSA 1FLQA 4PPOA 2LZTA 1LZYA 5B1GA 1HSXA 3P66A 1P2CC 2D4KA 1JSEA 2F4GA 1LHIA 1BWHA 1D9UA 1VAUA 3TMUA 1LSMA 4RLMA 3P64A 2BQBA 5KXZA 1LSYA 4DYGA 1GB5A 4IATA 1QDRA 4H94A 4X3BA 4R0FA 4YEOA 1FLUA 2XTHA 2MEIA 2DQHY 1LSPA 3WVYA 2MECA 4WLDA 1CJ7A 2HEDA 1GEZA 1GB9A 2G4QA 1B7SA 4BADA 4Z41A 1B7RA 1BB3A 1JIYA 1NDGC 5HMVA 1LMPA 5II3A 1WVUA 3SP3A 2BQLA 1LYZA 1MLCE 3CSQA 5L3HA 1IR7A 4KXIA 3B0IA 4NIJA 3TXGA 4WL7A 2HUBA 5K7OA 1LZDA 4Z46A 1UIBA 1TCYA 4HJZA 4ETCA 1LZ1A 5IDDA 3LHMA 4M4OA 1FDLY 2LHMA 1B2KA 4N0JA 4RDSA 5KXYA 5KXTA 4NGJA 3WL2A 1TAYA 4LYZA 4WM1A 1GF5A 1V7SA 1SQ2L 3E3DA 153LA 1JHLA 1C45A 3W6AA 1GDXA 3HBDA 1NKHA 1QSWA 2DQEY 4ETEA 3A94A 4NHTA 1QTKA 3AW7A 3IJVA 4WG1A 1IWZA 4NG1A 5F81A 4HV2A 3HBEX 2A7FA 5FCPA 1GB7A 1IOTA 1MELL 1GFHA 5KXNA 1KIRC 5IHGA 4ZFPA 4IJ4A 1GB6A 4N1CC 5E4PA 134LA 4ML7A 1GHLA 1QQYA 1WVVA 4EMNA 1OUFA 3A3RX 1LJIA 2NWDX 4FJRA 1HFXA 1LPIA 2H5ZA 1JTPL 3HFMY 5FSTA 3A91A 3B6LA 2W1MA 3WU9A 1IWVA 4GCCA 4B4EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CX7A 4LDOA 4O34A 1IO5A 1UIFA 4NGKA 247LA 1L29A 177LA 1C6KA 2RSCA 1DYDA 145LA 1WQNA 4I7TA 2YBMA 3EXDA 4LDLA 3CQLA 1LSNA 1IWTA 255LA 1C6GA 135LA 1KXXA 3L2XA 1AKIA 4I8SA 178LA 4I7QA 4W56A 3HT6A 169LA 3TXIA 3CSRA 1L64A 3TMWA 1BVXA 2LZMA 4NGLA 1C63A 144LA 3HH5A 3ZEKA 233LA 3LZMA 1QTCA 4NGIA 2MEAA 5C6LA 1LYFA 3OK0A 1L65A 2PC2A 1JISA 3TXJA 1P5CA 114LA 1L32A 1QT7A 1IOSA 252LA 2BQDA 175LA 3ATOA 5B05A 1IOCA 1IWYA 1G7JC 3T36A 1LSZA 1JKDA 4PK0A 4B49A 1YIKA 1CX6A 3DNAA 4DC4A 3GUJA 2DQJY 3W6BA 222LA 1OUEA 4YF2A 2CWIA 1IC4Y 3CDRA 1GFUA 3J4GA 1IY3A 109LA 1FKVA 1L23A 5KXRA 1L33A 1LYOA 1L07A 1L58A 4C3WA 1J1XY 1G1WA 1L80A 2WARA 2BQMA 1L92A 4MR1A 4ARMA 5F9XA 184LA 3WVXA 102LA 3OE8A 3N9AA 1LZBA 1LSCA 3WU8A 4S0WA 1B5VA 4XADA 1B7QA 2XBRA 1D2WA 1LGWA 2D91A 1YKZX 1L44A 3HH6A 1KXYA 5KXMA 1ZWNA 2RBPA 2F30A 3WUAA 241LA 1G07A 190LA 4W53A 5EBHA 1UIDA 1A4VA 1J1PY 1GWDA 2H9JA 1W6ZA 5DL9A 1IR8A 3PDSA 5C6JA 2EIZC 4HPEA 172LA 2Y8PA 2F32A 2B74A 1G7LC 1L31A 1PQMA 1CKHA 4IASA 1L47A 4PJZA 4NHPA 4I0CA 1NF5A 1KNIA 1L40A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C08 C;  3A34 A;  4HJV A;  4O34 A;  1HNL A;  1SLY A;  1IO5 A;  1UIF A;  1T6V L;  2YBJ A;  3N9C A;  4NGK A;  4U3X B;  1OUA A;  4BS7 A;  5LAG A;  5LIO A;  1BWJ A;  1IY4 A;  2RSC A;  5KXK A;  2EQL A;  1AT5 A;  1BWI A;  4GCD A;  2EPE A;  1WQN A;  2YDG A;  3ATN A;  1JTO L;  2YBM A;  3EXD A;  4Z98 A;  5LYT A;  1LJJ A;  1IWW A;  3TXF A;  1GFG A;  3CQL A;  5APF A;  2MEG A;  1LSN A;  5B59 A;  3LZ2 A;  3G3A B;  1IWT A;  1LJN A;  3LYM A;  3TXK A;  1ZV5 L;  135L A;  1KXX A;  3WH1 A;  1F6R A;  1IIZ A;  1AKI A;  1HEO A;  4I8S A;  2YBN A;  1H87 A;  4W96 A;  5HMJ A;  5I54 A;  1XSF A;  5D5C A;  1AM7 A;  3OJP A;  1D0L A;  4NY5 A;  3TXI A;  5LVJ A;  1DKK A;  3CSR A;  1GEV A;  1JJ0 A;  5FDJ A;  3TMW A;  1LSB A;  1BVX A;  1CKF A;  4NGL A;  1C43 A;  4DD3 A;  1FBI X;  1TEW A;  3LN2 A;  2DQI Y;  3ZEK A;  1I56 A;  1JUG A;  3BKH A;  4H91 A;  1YAM A;  2H9K A;  1KIQ C;  1OUG A;  1LMN A;  1OP9 B;  4G9S A;  4NGI A;  2MEA A;  2F4A A;  5C6L A;  4ZEE A;  4NEB A;  3AB6 A;  1EQ4 A;  3OK0 A;  3B0O A;  2PC2 A;  3F6Z A;  1LJF A; 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 1HSX A;  3P66 A;  1P2C C;  2D4K A;  1JSE A;  2F4G A;  1LHI A;  1BWH A;  1D9U A;  1VAU A;  3TMU A;  1LSM A;  4RLM A;  3P64 A;  2BQB A;  5KXZ A;  1LSY A;  4DYG A;  1GB5 A;  4IAT A;  1QDR A;  4H94 A;  4X3B A;  4R0F A;  4YEO A;  1FLU A;  2XTH A;  2MEI A;  2DQH Y;  1LSP A;  3WVY A;  2MEC A;  4WLD A;  1CJ7 A;  2HED A;  1GEZ A;  1GB9 A;  2G4Q A;  1B7S A;  4BAD A;  4Z41 A;  1B7R A;  1BB3 A;  1JIY A;  1NDG C;  5HMV A;  1LMP A;  5II3 A;  1WVU A;  3SP3 A;  2BQL A;  1LYZ A;  1MLC E;  3CSQ A;  5L3H A;  1IR7 A;  4KXI A;  3B0I A;  4NIJ A;  3TXG A;  4WL7 A;  2HUB A;  5K7O A;  1LZD A;  4Z46 A;  1UIB A;  1TCY A;  4HJZ A;  4ETC A;  1LZ1 A;  5IDD A;  3LHM A;  4M4O A;  1FDL Y;  2LHM A;  1B2K A;  4N0J A;  4RDS A;  5KXY A;  5KXT A;  4NGJ A;  3WL2 A;  1TAY A;  4LYZ A;  4WM1 A;  1GF5 A;  1V7S A;  1SQ2 L;  3E3D A;  153L A;  1JHL A;  1C45 A;  3W6A A;  1GDX A;  3HBD A;  1NKH A;  1QSW A;  2DQE Y;  4ETE A;  3A94 A;  4NHT A;  1QTK A;  3AW7 A;  3IJV A;  4WG1 A;  1IWZ A;  4NG1 A;  5F81 A;  4HV2 A;  3HBE X;  2A7F A;  5FCP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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