The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
60
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sequence length |
162
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structure length |
162
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Chain Sequence |
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLAQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Alanine scanning mutagenesis of the alpha-helix 115-123 of phage T4 lysozyme: effects on structure, stability and the binding of solvent.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase(o-glycosyl)
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| source organism |
Enterobacteria phage t4
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| molecule keywords |
T4 LYSOZYME
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| total genus |
60
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| structure length |
162
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| sequence length |
162
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| ec nomenclature |
ec
3.2.1.17: Lysozyme. |
| pdb deposition date | 1994-06-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00959 | Phage_lysozyme | Phage lysozyme |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Lysozyme | Lysozyme |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1L62 A; 1L56 A; 137L A; 1LYE A; 205L A; 1L23 A; 131L A; 146L A; 2QAR C; 1L08 A; 2QB0 B; 3C8S A; 1L44 A; 1QUO A; 177L A; 260L A; 1L63 A; 3NY8 A; 1CV4 A; 2B72 A; 3HTB A; 1CV3 A; 3ODU A; 128L A; 1SSW A; 245L A; 155L A; 1L94 A; 2IGC A; 114L A; 3SBB C; 2HUM A; 1C6T A; 1CU0 A; 1L25 A; 3V2Y A; 3C81 A; 3HUQ A; 1L26 A; 3FAD A; 1KY1 A; 210L A; 182L A; 1ZWN A; 4I7P A; 1OWZ A; 1D2Y A; 3CDO A; 1L80 A; 3SN6 R; 1G0L A; 1L72 A; 4ARM A; 2A4T A; 171L A; 1L15 A; 1D3J A; 1LGW A; 1SWY A; 103L A; 192L A; 2Z6B A; 4LDO A; 1C6K A; 197L A; 170L A; 162L A; 3GUL A; 1CX6 A; 1LGX A; 1G1V A; 1T8A A; 4S0W A; 1LI6 A; 3HWL A; 200L A; 238L A; 221L A; 112L A; 1LYD A; 3GUJ A; 1LYJ A; 1C62 A; 1KW7 A; 201L A; 1CV6 A; 1ZUR A; 1XEP A; 249L A; 2B70 A; 1L99 A; 183L A; 181L A; 2OE7 X; 1G0K A; 1L22 A; 1C6M A; 3VW7 A; 1LYH A; 1L48 A; 1DYB A; 180L A; 161L A; 1L64 A; 1L03 A; 2NTG A; 1QTH A; 2B6T A; 1C6Q A; 1L28 A; 2RBN A; 4W57 A; 1OVH A; 217L A; 185L A; 1L98 A; 2B73 A; 1L35 A; 198L A; 1L59 A; 3G3W A; 1B6I A; 254L A; 1L61 A; 4W55 A; 1L37 A; 1P6Y A; 108L A; 1L33 A; 1C6A A; 1D2W A; 1CU6 A; 1DYD A; 4YX7 C; 2O7A A; 1QT7 A; 2O4W A; 120L A; 148L E; 1L60 A; 4I7M A; 4AQN A; 1L36 A; 1CVK A; 1L0J A; 2RB0 X; 1L54 A; 3SB7 A; 4EKS A; 211L A; 2RBR A; 164L A; 242L A; 4I7L A; 174L A; 190L A; 3F8V A; 3GUI A; 4W59 A; 1CUP A; 1L13 A; 1QUD A; 1L67 A; 2F32 A; 216L A; 1QTZ A; 212L A; 231L A; 1SWZ A; 235L A; 3HUA A; 3SB6 A; 1NHB A; 104L A; 3DN1 A; 2Q9D A; 4DAJ A; 3DMZ A; 3HDE A; 4W53 A; 2B6Y A; 1JQU A; 214L A; 2F47 A; 2OTZ X; 1XJU A; 1CV5 A; 129L A; 1I6S A; 2RBS A; 1C6E A; 226L A; 1LYF A; 149L A; 1CUQ A; 1L97 A; 1L79 A; 1G1W A; 4W52 A; 3CDT A; 4DKL A; 1C65 A; 4ARL A; 1C6F A; 2RH1 A; 1P7S A; 4EJ4 A; 1P3N A; 1C60 A; 1P37 A; 4ARQ B; 1L27 A; 4EPI A; 158L A; 1L70 A; 3OE0 A; 1L93 A; 246L A; 3SB8 A; 118L A; 1CX7 A; 1OVK A; 4I7S A; 4EXM A; 141L A; 3HT9 A; 145L A; 195L A; 1L16 A; 1T6H A; 4K5Y A; 1OV5 A; 1PQM A; 4W58 A; 189L A; 147L A; 2RAY X; 1C6N A; 167L A; 2OEA X; 1SX7 A; 166L A; 236L A; 152L A; 122L A; 157L A; 1LW9 A; 3DN8 A; 2RBO A; 3C7W A; 4I7R A; 1LYG A; 1L96 A; 219L A; 1C69 A; 4I7O A; 253L A; 1T97 A; 1CV0 A; 1L38 A; 143L A; 1L46 A; 4ARQ A; 173L A; 1L11 A; 3L64 A; 1L29 A; 4GBR B; 3HT7 A; 1DYC A; 241L A; 1P64 A; 1P5C A; 1P46 A; 1KNI A; 222L A; 3HTG A; 250L A; 3DMV A; 1L07 A; 178L A; 1L41 A; 4W51 A; 168L A; 1L32 A; 1L92 A; 1LLH A; 224L A; 2Q9E A; 1D3M A; 1L04 A; 1CV1 A; 1C6H A; 1JTM A; 2RBP A; 109L A; 107L A; 1C6G A; 243L A; 1LPY A; 186L A; 3SB9 A; 1L88 A; 3HH6 A; 1G0M A; 156L A; 3V2W A; 2RB2 X; 3OE6 A; 234L A; 258L A; 2F2Q A; 1L19 A; 184L A; 1QT3 A; 113L A; 3CDQ A; 1QS9 A; 257L A; 4ARJ A; 3DN3 A; 1CTW A; 115L A; 1C63 A; 4GRV A; 2OU9 A; 3C7Z A; 2LCB A; 1QUH A; 175L A; 237L A; 3JR6 A; 2NTH A; 1PQJ A; 1QTD A; 4EKP A; 1C68 A; 2ANV A; 1JTN A; 3C8Q A; 1L47 A; 220L A; 1L50 A; 3EML A; 1L75 A; 2LZM A; 3SB5 A; 3HDF A; 4ARP A; 2OU8 A; 1L57 A; 1L49 A; 1XJT A; 176L A; 3OE9 A; 5LZM A; 1L05 A; 259L A; 130L A; 4I7T A; 1L02 A; 1T8F A; 1L0K A; 223L A; 4LDE A; 1LWK A; 140L A; 1C6J A; 5I14 A; 1L42 A; 1L30 A; 1QTB A; 102L A; 3C7Y A; 3HH3 A; 3G3V A; 1L24 A; 1LWG A; 3DNA A; 1L14 A; 172L A; 239L A; 1KW5 A; 1DYG A; 1L95 A; 1L90 A; 255L A; 3RZE A; 2O79 A; 1P2L A; 1L84 A; 251L A; 3G3X A; 188L A; 1C6B A; 1LI3 A; 4EPF A; 3NYA A; 1EPY A; 127L A; 3DN0 A; 3SBA A; 3FA0 A; 151L A; 1K28 A; 163L A; 1L20 A; 1L17 A; 1D9W A; 230L A; 3L2X A; 215L A; 228L A; 1L00 A; 1C6I A; 1LGU A; 1QT5 A; 1L10 A; 3DN4 A; 1L58 A; 3CDR A; 7LZM A; 1C6C A; 1PQO A; 144L A; 1DYA A; 1G07 A; 1T8G A; 2HUK A; 3NY9 A; 218L A; 229L A; 119L A; 3DMX A; 1OWY A; 1C6P A; 1PQK A; 1P2R A; 1L39 A; 3GUN A; 1L91 A; 4I7K A; 2OE9 X; 213L A; 3HH4 A; 3HTF A; 244L A; 1L51 A; 1L53 A; 3GUM A; 1PQD A; 2B6Z A; 247L A; 3RUN A; 4E97 A; 3DN6 A; 225L A; 1L06 A; 206L A; 1L34 A; 252L A; 150L A; 1L77 A; 1C6D A; 240L A; 1L86 A; 1L89 A; 1L31 A; 142L A; 1L66 A; 4EKQ A; 1L55 A; 160L A; 4DJH A; 1CU2 A; 3GUO A; 1L45 A; 4PK0 A; 1C67 A; 1QT6 A; 110L A; 3QAK A; 1D3F A; 3CDV A; 1QTV A; 3C8R A; 1L73 A; 232L A; 1CU3 A; 3DN2 A; 1DYF A; 1QS5 A; 4OO9 A; 4LZM A; 3PBL A; 1QTC A; 209L A; 256L A; 1QT8 A; 3C80 A; 139L A; 3LZM A; 1L01 A; 1DYE A; 233L A; 3HH5 A; 3HT8 A; 4I7Q A; 4I7N A; 1OVJ A; 1P56 A; 4I7J A; 111L A; 1G0P A; 1G06 A; 2LC9 A; 3HU9 A; 1C66 A; 1LYI A; 3HU8 A; 1QT4 A; 2OU0 X; 1C61 A; 2B75 A; 1WTH A; 3C83 A; 1L43 A; 1L40 A; 1C64 A; 3GUK A; 1L68 A; 3OE8 A; 4EKR A; 3GUP A; 2HUL A; 2L78 A; 4YXC A; 1OYU A; 1ZYT A; 191L A; 3C82 A; 1L69 A; 1L87 A; 3HUK A; 1QSB A; 4IAP A; 4W56 A; 165L A; 2B6W A; 2RB1 X; 1TLA A; 3FI5 A; 1SSY A; 1D3N A; 4PJZ A; 1L21 A; 1L81 A; 1L85 A; 4W54 A; 227L A; 1L18 A; 1L65 A; 261L A; 1L83 A; 1C6L A; 4LDL A; 2CUU A; 1L82 A; 262L A; 125L A; 1L09 A; 1L74 A; 3PDS A; 3HT6 A; 1SX2 A; 1L52 A; 2B74 A; 2OE4 X; 1QUG A; 2RBQ A; 169L A; 1L12 A; 3K2R A; 3DKE X; 4YXA C; 126L A; 3HTD A; 1PQI A; 2ANX A; 196L A; 1OV7 A; 1L76 A; 3F9L A; 199L A; 2OTY X; 2B6X A; 123L A; 3D4S A; 1QSQ A; 2RAZ X; 187L A; 1P36 A; 1G0Q A; 1CU5 A; 159L A; 138L A; 3UON A; 2B7X A; 1G0G A; 248L A; 4ARM B; 1KY0 A; 4ZPU A; 6LZM A; 1L71 A; 1KS3 A; 1LI2 A; 1G0J A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2HU3 A; 1L62 A; 1CKH A; 1LYE A; 205L A; 2QAR C; 2Z37 A; 1QUO A; 2Z12 A; 3TMV A; 1IP5 A; 1KXX A; 2B72 A; 1CV3 A; 1SSW A; 245L A; 2IGC A; 1JEF A; 5FST A; 1L25 A; 1OUD A; 1LZN A; 3C81 A; 1DPW A; 1LZR A; 1LMQ A; 4L41 A; 3ZEK A; 182L A; 1LHL A; 4FDY A; 1VAU A; 3SN6 R; 1LPI A; 3TMU A; 3A94 A; 4NGJ A; 192L A; 3G3B B; 2EQL A; 4XJD A; 197L A; 4H93 A; 1CX6 A; 4N1C C; 1G1V A; 3LN2 A; 3VWO A; 4ETC A; 1TDY A; 112L A; 1ZV5 L; 1LYD A; 4H9I A; 1LYJ A; 1C62 A; 201L A; 2IHL A; 3W6B A; 135L A; 1ZUR A; 181L A; 3M3U A; 1L22 A; 1GB0 A; 4NEB A; 1C6M A; 1G7L C; 1IP3 A; 1DYB A; 1L64 A; 3E3D A; 1UIF A; 4N0J A; 4NGO A; 3AYQ A; 1HC0 A; 4H9F A; 1DPX A; 5M1Y A; 1C6Q A; 1L98 A; 2HEA A; 1L35 A; 1B6I A; 3TXE A; 2HEB A; 3A3R X; 3A8Z A; 1C6A A; 1CU6 A; 4WL7 A; 1DYD A; 1JUG A; 4YX7 C; 3HBD A; 1B7M A; 2O7A A; 5IDD A; 2O4W A; 4WO9 A; 1W08 A; 1IOS A; 1L0J A; 5APD A; 3SB7 A; 4NSH A; 211L A; 2RBR A; 6LYT A; 164L A; 190L A; 1CUP A; 3A96 A; 1IC7 Y; 1L67 A; 2F32 A; 4CGE A; 216L A; 4LYZ A; 2CDS A; 1QTZ A; 1YIL A; 4XN6 A; 2H9J A; 3W6F A; 2C8O A; 3SB6 A; 1REX A; 104L A; 3HDE A; 1LSB A; 2B6Y A; 2ZYC A; 1JQU A; 214L A; 5KXL A; 3WUL A; 1CV5 A; 4ZFP A; 1IP2 A; 1GE3 A; 1GF5 A; 1IWU A; 226L A; 4Z41 A; 1LYF A; 149L A; 1JSF A; 3K3T A; 1L97 A; 2W1L A; 4W52 A; 3CDT A; 1OUC A; 1REZ A; 1P7S A; 4EJ4 A; 4WG1 A; 1C60 A; 4ARQ B; 3T6U A; 158L A; 1GFT A; 4NGV A; 2IFF Y; 2Z2E A; 1D9U A; 4QEQ A; 3HT9 A; 195L A; 1L16 A; 2ZNW Y; 4W94 A; 1PQM A; 5KXW A; 147L A; 5I4Y A; 1OUG A; 1SX7 A; 194L A; 166L A; 1CJ8 A; 4Z46 A; 122L A; 1LW9 A; 4H9E A; 3C7W A; 5DLA A; 1L96 A; 3LYO A; 4IAS A; 4I7O A; 2ZNX Y; 4NG1 A; 3B0I A; 1NHE A; 1L46 A; 3L64 A; 1L29 A; 241L A; 3LZT A; 1IY3 A; 4A7D A; 1P46 A; 2N5Z A; 4J1B A; 3ZVQ A; 3A6C Y; 5ILF A; 1L41 A; 1LZY A; 4ETD A; 1L04 A; 1CV1 A; 1GB5 A; 5LVK A; 1BHZ A; 4NHS A; 3FE0 A; 5F16 A; 3OE6 A; 234L A; 1SLY A; 2BQO A; 3BKH A; 3ATO A; 3EO5 A; 1L19 A; 4W96 A; 1G7H C; 2XBS A; 4WL6 A; 3CDQ A; 5APC A; 3DN3 A; 1BWI A; 5DN4 A; 1VDT A; 4GRV A; 3WPK A; 1BVK C; 4WOA A; 4H9C A; 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3G3A B; 5KXN A; 1B5U A; 1QUT A; 2XTH A; 1KIR C; 4I7Q A; 4PHI A; 4DD2 A; 5LVG A; 1VAT A; 1OVJ A; 1TEW A; 1GF4 A; 3HU9 A; 1C66 A; 1IC4 Y; 3AZ5 A; 4II8 A; 1QT4 A; 1C61 A; 5HMV A; 3C83 A; 1L43 A; 1G7J C; 1L68 A; 4PJ2 C; 2HUL A; 4CHX A; 4LFX A; 1OYU A; 4OWH A; 3C82 A; 4IAP A; 3W3E A; 5IEL A; 5C6J A; 3EMS A; 1D3N A; 1L21 A; 1L81 A; 1XGT C; 1L82 A; 4LFP A; 262L A; 1L74 A; 1SX2 A; 2HU1 A; 1KXY A; 1B2K A; 2RBQ A; 5L3I A; 2ZIJ A; 4H1P A; 3HTD A; 1FDL Y; 1LSM A; 3AGG G; 196L A; 1OV7 A; 1L76 A; 5A3E A; 4N1E I; 1QSQ A; 2RAZ X; 1B5V A; 3UON A; 2B7X A; 1GFA A; 1KY0 A; 4PPO A; 4LYB A; 1LI2 A; 2ZYP A; 1GF8 A; 1L56 A; 137L A; 1DZB X; 131L A; 1LJF A; 1XSF A; 1LSA A; 4ETE A; 4WM6 A; 5IHG A; 4HJY A; 3WVY A; 1BB5 A; 4HJZ A; 1CV4 A; 155L A; 114L A; 1CU0 A; 3LYZ A; 1L26 A; 4C3W A; 210L A; 1LJ4 A; 1L72 A; 1HML A; 4ARM A; 2A4T A; 171L A; 1D3J A; 1LGW A; 2BQH A; 1XEK A; 3LYM A; 1IY4 A; 170L A; 3GUL A; 1T8A A; 4S0W A; 1GBO A; 1IP7 A; 1IWZ A; 5KXP A; 1LI6 A; 3HWL A; 200L A; 2DQF C; 4DYG A; 1LHI A; 4TWS A; 1XEP A; 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