169LA

Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDAAAAALAAAAWAAATPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 51
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 169lA00
107LA 1PQIA 1T8AA 3DN2A 1CV5A 211LA 200LA 191LA 1L26A 1QT3A 1D9WA 2LZMA 1LYEA 1ZWNA 184LA 1L96A 129LA 1L67A 3HDFA 214LA 149LA 1OVKA 1CV1A 3CDQA 165LA 1DYEA 1C6NA 1G07A 1L88A 4E97A 174LA 1SSWA 3DMVA 4K5YA 3DNAA 1L22A 1QUDA 3HH4A 3CDVA 178LA 1L49A 1L16A 4ARLA 4ARJA 4EXMA 1C6CA 234LA 1L83A 1LI2A 166LA 1C64A 1L47A 1XJTA 2CUUA 2RBQA 1K28A 1OWYA 1C6HA 1D3MA 147LA 249LA 3OE8A 4YXAC 2RBOA 2Q9EA 102LA 1L48A 1EPYA 1L64A 1L46A 4GRVA 1LYGA 1QSQA 167LA 159LA 1DYCA 1QTDA 1KY1A 4I7KA 1L82A 3SB9A 176LA 1ZURA 1LGUA 1QT4A 4LDLA 112LA 1L11A 3OE9A 155LA 251LA 2OU8A 248LA 1NHBA 3L2XA 7LZMA 2ANXA 1P36A 170LA 2RBSA 4ARPA 4S0WA 1L98A 1QTZA 1C6LA 4LZMA 3C7YA 4DKLA 4PJZA 4IAPA 1QTHA 1L76A 226LA 3OE6A 1D2YA 1KY0A 1L54A 4I7QA 2RB0X 1QT6A 3SB6A 1L45A 219LA 1C67A 1T6HA 192LA 1L01A 111LA 3PBLA 260LA 1DYDA 4ARMA 1QT5A 1SWYA 1C6BA 1G1WA 255LA 1L24A 259LA 196LA 2LC9A 2HULA 3SBBC 4I7MA 5I14A 245LA 4OO9A 3C83A 1JTNA 3HTDA 1TLAA 1G06A 3DN0A 3RZEA 1CV4A 2F47A 1L42A 4I7SA 1T8FA 3QAKA 2OE4X 1SX2A 4I7NA 3FADA 2B6XA 4W51A 3V2WA 1L09A 1P37A 3CDTA 2B74A 1L63A 1CV0A 1L25A 1C66A 115LA 1L05A 146LA 236LA 4W52A 2B6YA 1L38A 1LWGA 3FI5A 2O79A 3HUKA 1L27A 2F32A 2IGCA 1L12A 257LA 164LA 4EPIA 143LA 1L36A 144LA 3C8RA 3G3XA 4I7PA 213LA 1L39A 2RB2X 150LA 152LA 4I7JA 3HH3A 1CV6A 222LA 1L52A 1CU2A 1L29A 108LA 1L51A 168LA 131LA 6LZMA 3HT6A 3C82A 1P2LA 188LA 1XJUA 1P46A 1LYIA 1PQKA 2B75A 1LPYA 189LA 1L66A 142LA 1QUHA 4PK0A 3GUOA 4EKRA 1L80A 4ARMB 3HTGA 1L56A 1D3JA 3NY8A 201LA 1ZYTA 1QTCA 1LYFA 3GUNA 246LA 157LA 2B6WA 2A4TA 2Q9DA 3DN4A 1CU5A 1L14A 3JR6A 1C6KA 1L04A 110LA 182LA 177LA 4I7OA 1L10A 1L95A 1L74A 3VW7A 2RAYX 1L03A 1KS3A 1C6IA 2B6ZA 3OE0A 238LA 1L50A 104LA 3HWLA 1D2WA 223LA 2RBPA 2OE9X 1SWZA 1L41A 242LA 2LCBA 240LA 4LDEA 1QUGA 1C62A 2HUMA 183LA 2B6TA 3C7WA 3GUIA 1KW7A 4EPFA 148LE 3C8QA 1G0GA 3K2RA 1L73A 1P56A 3GULA 1C6GA 3CDOA 1L84A 198LA 1SSYA 3C80A 4ZPUA 3HDEA 1L86A 113LA 1LLHA 1L62A 1L61A 138LA 1T8GA 169LA 122LA 1L68A 1CU6A 1L00A 3FA0A 3GUKA 235LA 1L31A 2OU0X 171LA 1CX6A 1L30A 161LA 3PDSA 256LA 4W58A 1L94A 3HH5A 1L32A 1C6EA 243LA 1L93A 3GUJA 1L40A 3F9LA 175LA 262LA 1C69A 1QUOA 1L81A 4W59A 187LA 3DMXA 145LA 3HH6A 1C6PA 1I6SA 1OVHA 1D3FA 1C6QA 254LA 1DYBA 1L13A 218LA 2L78A 247LA 4LDOA 244LA 239LA 1CX7A 1QT8A 206LA 2RAZX 209LA 3HT8A 2OEAX 250LA 3DN1A 3RUNA 2OTZX 1C6FA 1L59A 231LA 180LA 3ODUA 181LA 1LYDA 1T97A 3NYAA 3HUQA 1G0KA 228LA 2NTHA 1P5CA 3SBAA 1C6DA 1CU0A 3G3WA 162LA 2RBNA 1C6MA 1P2RA 4GBRB 139LA 1L21A 1G0MA 1DYGA 1L71A 1DYAA 221LA 1OYUA 1L72A 215LA 1L33A 3G3VA 1C63A 2B70A 4I7LA 233LA 4EJ4A 1L37A 1C68A 3HT9A 4DJHA 1SX7A 1G0LA 1CVKA 195LA 3HTFA 1C6JA 261LA 2QARC 103LA 1L23A 232LA 4ARQB 4EKPA 3D4SA 3NY9A 3HU9A 1QS5A 1C65A 4AQNA 1L75A 126LA 4I7RA 3HTBA 185LA 1OVJA 258LA 1L92A 1PQMA 1L57A 130LA 1L85A 3SB7A 3V2YA 3DN3A 3C8SA 4W57A 1L35A 2ANVA 1QTBA 141LA 237LA 2HUKA 1C6AA 3GUMA 1L99A 1QSBA 109LA 2RB1X 4W56A 1CTWA 1L58A 1G0PA 2QB0B 3HUAA 1P64A 1L19A 1CU3A 217LA 3L64A 1PQDA 225LA 2NTGA 1L43A 1L17A 253LA 3DN6A 2OE7X 1B6IA 1LI6A 1CUPA 1L55A 1C61A 227LA 230LA 199LA 1L08A 1LWKA 2B7XA 1G0QA 1LGXA 118LA 1L53A 120LA 1CV3A 3DKEX 1L87A 4I7TA 163LA 1JTMA 1L20A 119LA 1G1VA 1L28A 197LA 1KW5A 1L65A 3C81A 1G0JA 1L77A 114LA 1L0KA 1L89A 216LA 1WTHA 1LW9A 1QTVA 173LA 1DYFA 2O7AA 4ARQA 1QS9A 1LYHA 1C6TA 3DN8A 123LA 1LGWA 1PQJA 3EMLA 1L18A 252LA 1L90A 1OV7A 1LYJA 212LA 3SN6R 210LA 4DAJA 190LA 1L60A 205LA 1JQUA 1KNIA 137LA 4YX7C 1L15A 1L44A 2RH1A 1L34A 1OV5A 2Z6BA 1PQOA 4EKQA 158LA 1CUQA 220LA 3SB5A 224LA 1L07A 160LA 151LA 4W55A 1L79A 4W53A 1QT7A 1XEPA 3SB8A 2B72A 3DMZA 3HT7A 156LA 4W54A 3GUPA 1OWZA 186LA 1D3NA 1LI3A 2F2QA 2OTYX 2B73A 3LZMA 4YXCA 125LA 2OU9A 1P3NA 1C60A 5LZMA 1L70A 241LA 2O4WA 127LA 4EKSA 3CDRA 1L02A 1L06A 3HU8A 2RBRA 3C7ZA 1L97A 3UONA 229LA 128LA 1P7SA 3F8VA 172LA 1P6YA 1L0JA 140LA 1L91A 1L69A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PQIA 1CV5A 211LA 1GWDA 4CHXA 1SQ2L 4WOAA 4KL7A 1AKIA 4Z46A 4H9HA 4YEMA 184LA 129LA 1L67A 1D6PA 2DBTA 3LHMA 5JENB 214LA 1JHLA 3CDQA 1W6ZA 1DYEA 1C6NA 3GXKA 3DMVA 5HMJA 1XEKA 1L22A 1OUEA 207LA 3W6CA 2XBRA 1LHMA 4L41A 1LJHA 3CT5A 4ARLA 5HNLA 4ARJA 1YAPA 1LI2A 166LA 3WU9A 3LYZA 1D3MA 2Z12A 4WL7A 1LZNA 5DN4A 102LA 1L48A 1YL1X 3AZ5A 1LYGA 5B1GA 2F4AA 1DZBX 1GB0A 1A2YC 1LSAA 3SB9A 1UUZC 1OUGA 1LGUA 4DD1A 1GDXA 248LA 5APFA 4ARPA 4RW1A 1WTNA 4WLYA 1UICA 2EKSC 4LZMA 5F16A 4PJZA 194LA 1QTHA 226LA 2RB0X 1HELA 1LHLA 4QDNA 192LA 2G4NA 2BQIA 2XQOA 2G4PA 4PHIA 4WO6A 1SWYA 1HFXA 4H93A 1XGTC 2BQMA 4OWAA 2HULA 3AJNA 5I14A 4GCBA 4OO9A 3HTDA 1TLAA 4LYTA 1G06A 3RZEA 3WUNA 1B5XA 2B6XA 1L09A 1LSPA 1DQJC 2MEGA 3W3EA 5KXWA 3CDTA 3EXDA 1IORA 1CV0A 1L25A 4QEQA 1L05A 2BQDA 4HTNA 3FI5A 1JIYA 1B7MA 1L12A 4W94A 5I4XA 1HFYA 4NGWA 1L36A 4W96A 1LSZA 2D91A 1JWRA 2RB2X 4H92A 1KIPC 3WU8A 1LZ1A 1DPXA 1GXXA 222LA 1L52A 1IWTA 2D6BA 2FBBA 131LA 3LZTA 1NWGA 1P2LA 1P46A 1GFGA 2LYMA 189LA 1L66A 4WLDA 3LYTA 4ARMB 1IOQA 1G7LC 1LMOA 1ZYTA 4OOOA 3GUNA 3M18B 1W08A 3SP3A 2Q9DA 1CU5A 1AT5A 182LA 177LA 1L95A 1L74A 1LSMA 1KS3A 1WQPA 3J6KA 5LVGA 4H9FA 4R0FA 1VATA 1L50A 1FN5A 104LA 223LA 1FLQA 242LA 1QUGA 1C62A 1OUJA 3TXFA 2HUMA 1GFEA 2DQFC 4EPFA 3C8QA 1LZGA 1WQOA 1L73A 5LA5A 1ZV5L 3C80A 4ZPUA 3OK0A 1DI4A 1VFBC 4HPIA 4OWCA 1CU6A 4ET8A 1LSDA 3A8ZA 2ZQ4A 1CX6A 256LA 3IWRA 1YILA 2HUBA 1L32A 1L93A 1L40A 3HBDA 1QDRA 5B1FA 1L81A 1B7LA 3WMKA 1UIAA 1C6PA 1I6SA 1OVHA 1F6SA 1EQEA 218LA 2L78A 3P68A 4LDOA 4BADA 239LA 4FJRA 206LA 5FDJA 2MEEA 3HT8A 1AM7A 5KXKA 1C6FA 1LMTA 2YBHA 1HNLA 180LA 3VWOA 3HUQA 1G0KA 1P5CA 3IJVA 1CU0A 4AXTA 5B05A 5LIOA 3A6CY 1L21A 1REMA 1DYGA 1L71A 1DYAA 1QUTA 1OYUA 3G3VA 4H9BA 1VAUA 233LA 1LZEA 1SX7A 1CVKA 3HTFA 1C6JA 261LA 2HU1A 2QARC 1P2CC 3RT5X 3WW5A 1GB3A 1XGQC 1GB2A 1JEFA 4NIJA 1CKDA 1QS5A 4CJ2A 3A3RX 3MGWA 1L75A 3K3TA 1OVJA 3DN3A 4W57A 1QTBA 4ETBA 1L99A 109LA 1CTWA 3B72A 2QB0B 1CKCA 1PQDA 4GCCA 5K7OA 5F9UA 1L55A 1LHKA 2B7XA 2BQGA 2W1MA 4H9CA 3TMUA 1NMMA 3DKEX 1I56A 2BLYA 1LZRA 1G1VA 1L28A 1QIOA 1L77A 1NHEA 5A3ZA 216LA 1IR9A 2MEAA 3P4ZA 1LW9A 2O7AA 2HTXA 1AT6A 1IWUA 1QS9A 4LYOA 4NG1A 3F6ZA 2VB1A 252LA 1LSCA 5DN5A 210LA 4DAJA 1O23A 4NSIA 1HMLA 2ZILA 4J1AA 4KT3A 1L15A 1L44A 1OV5A 2I25L 4XJGA 3RU5A 1CUQA 4G4BA 1NKHA 3WXTA 4ZEEA 2ZWBA 1LJEA 151LA 4II8A 4LYBA 4W53A 3BKHA 1AZFA 2B72A 3HT7A 156LA 1HSWA 3GUPA 3RZ4A 3LZMA 5KKIA 125LA 3LN2A 1P3NA 4Z3MA 1L70A 241LA 127LA 5LINA 3C7ZA 4NGJA 1L97A 4ZFPA 3UONA 1IP1A 3AZ7A 229LA 1GFHA 3WUAA 1BB4A 1LHIA 5HLLA 1L91A 1Z55A 1H87A 107LA 3D3DA 1T8AA 3ATNA 1YANA 3WPLA 1IY4A 5B59A 2CWIA 1QT3A 1D9WA 2BAAA 2LZMA 1LYEA 1ZWNA 4NGKA 4MR1A 1LJ4A 1SLYA 4MCKA 2C8OA 5HQ1A 1XGUC 1QSAA 1QUDA 3HH4A 135LA 4NGZA 1HHLA 3QE8A 5LAGA 1C6CA 1NF5A 1IEEA 2D4KA 4H91A 1C64A 1XJTA 2Z18A 4A7DA 147LA 1HEQA 249LA 2I26L 4YXAC 3W6AA 1L64A 1EPYA 1GFJA 4MSTA 1B5UA 4HSFA 4NSGA 4I7KA 4DDAA 1HERA 2OU8A 1GBWA 1FBIX 7LZMA 1P36A 134LA 2EPEA 1BQLY 4S0WA 5T3FA 1C6LA 4DKLA 5I53A 3LZ2A 1NDMC 1L76A 1B5YA 1KY0A 1GB7A 2HU3A 1GBYA 4TUNA 3A93A 3HBHA 2CGIA 3CT1A 111LA 2H9KA 260LA 1DYDA 4ARMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1PQI A;  1CV5 A;  211L A;  1GWD A;  4CHX A;  1SQ2 L;  4WOA A;  4KL7 A;  1AKI A;  4Z46 A;  4H9H A;  4YEM A;  184L A;  129L A;  1L67 A;  1D6P A;  2DBT A;  3LHM A;  5JEN B;  214L A;  1JHL A;  3CDQ A;  1W6Z A;  1DYE A;  1C6N A;  3GXK A;  3DMV A;  5HMJ A;  1XEK A;  1L22 A;  1OUE A;  207L A;  3W6C A;  2XBR A;  1LHM A;  4L41 A;  1LJH A;  3CT5 A;  4ARL A;  5HNL A;  4ARJ A;  1YAP A;  1LI2 A;  166L A;  3WU9 A;  3LYZ A;  1D3M A;  2Z12 A;  4WL7 A;  1LZN A;  5DN4 A;  102L A;  1L48 A;  1YL1 X;  3AZ5 A;  1LYG A;  5B1G A;  2F4A A;  1DZB X;  1GB0 A;  1A2Y C;  1LSA A;  3SB9 A;  1UUZ C;  1OUG A;  1LGU A;  4DD1 A;  1GDX A;  248L A;  5APF A;  4ARP A;  4RW1 A;  1WTN A;  4WLY A;  1UIC A;  2EKS C;  4LZM A;  5F16 A;  4PJZ A;  194L A;  1QTH A;  226L A;  2RB0 X;  1HEL A;  1LHL A;  4QDN A;  192L A;  2G4N A;  2BQI A;  2XQO A;  2G4P A;  4PHI A;  4WO6 A;  1SWY A;  1HFX A;  4H93 A;  1XGT C;  2BQM A;  4OWA A;  2HUL A;  3AJN A;  5I14 A;  4GCB A;  4OO9 A;  3HTD A;  1TLA A;  4LYT A;  1G06 A;  3RZE A;  3WUN A;  1B5X A;  2B6X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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