173LA

Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLEIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLEMLQQKRWDEAAVNLAESRWYNQTPNRAERVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 173lA00
1SSYA 3HDEA 1CUQA 143LA 195LA 3V2WA 1L56A 1L89A 258LA 254LA 1L62A 4ARMB 3G3XA 1L98A 1LYEA 3SB6A 1SWZA 1L96A 2OTZX 165LA 1C64A 3F9LA 3DMVA 120LA 1C6GA 232LA 252LA 4GRVA 3OE6A 123LA 2ANVA 2HULA 1OV7A 210LA 139LA 3HT7A 2F2QA 4W54A 197LA 3NY8A 1C68A 127LA 1L55A 2RB1X 245LA 221LA 1LLHA 3HTDA 1C6LA 4EPIA 2LC9A 1L70A 3GUKA 238LA 1C6FA 163LA 1QTZA 4I7PA 219LA 1CU5A 155LA 162LA 1L33A 2B72A 1C61A 205LA 247LA 3K2RA 1L19A 147LA 1L82A 4EKRA 239LA 5I14A 1L87A 1SWYA 186LA 2B6XA 2OE7X 3GUNA 220LA 3C82A 1T8GA 3C80A 1L88A 2RAZX 1L41A 4W55A 1L06A 1G0QA 1PQJA 1PQDA 1P5CA 1DYBA 253LA 1LI2A 1L48A 4EPFA 1L00A 1L49A 2O79A 2ANXA 1G06A 1K28A 2OU0X 1P2LA 1CV0A 2OE9X 3D4SA 1L77A 173LA 1DYAA 4IAPA 1G0PA 1C67A 1CV3A 1G0KA 1L79A 1C6QA 3DN8A 3DN4A 211LA 1KW7A 3C81A 3DN1A 3L64A 1OV5A 146LA 1P7SA 4W51A 1L27A 1P64A 1L75A 1LWKA 1LW9A 2CUUA 3HTGA 4DAJA 1CX7A 113LA 1OVJA 183LA 1QT7A 251LA 1QUDA 1C6CA 185LA 231LA 3RUNA 1L46A 1L09A 2Q9EA 1QT4A 159LA 1L10A 181LA 1C6BA 3SBAA 156LA 4EKPA 246LA 1ZWNA 129LA 4K5YA 1L02A 255LA 3HDFA 1C60A 1D3NA 2RAYX 1NHBA 1LYGA 3CDTA 4W58A 4PJZA 4EXMA 2B6WA 1L73A 2B6TA 1D2YA 1OYUA 216LA 1L53A 1L14A 180LA 144LA 1L45A 4LZMA 1L67A 1L61A 1L39A 1L01A 259LA 1CV1A 3NY9A 1G07A 3OE9A 4YXCA 1L11A 1LGXA 1TLAA 1G1WA 111LA 1L81A 4DJHA 1L34A 1LWGA 1ZURA 214LA 158LA 1L83A 1PQIA 1L95A 1G0MA 3C7ZA 1L94A 4I7SA 242LA 138LA 4I7TA 1L90A 3GUIA 3HT6A 1L22A 108LA 1KY1A 1JQUA 1G0JA 1LI3A 1P46A 4EKSA 191LA 3HUKA 244LA 130LA 4DKLA 1CU3A 3PBLA 4I7KA 4W56A 1C6AA 149LA 2RBQA 2RBOA 3L2XA 1L47A 4OO9A 128LA 1L07A 1ZYTA 4ARQA 213LA 198LA 152LA 1L84A 3V2YA 248LA 131LA 103LA 3HU8A 1KW5A 1L0KA 1T97A 3FADA 1D3FA 1PQKA 1L29A 2QARC 3GUPA 192LA 1C6TA 1L36A 1PQOA 2A4TA 3SB5A 1KY0A 3SN6R 3CDVA 1L52A 1LYDA 4I7LA 3SB9A 160LA 1D3MA 1L18A 1L59A 1L66A 140LA 1LI6A 3NYAA 4EJ4A 177LA 112LA 118LA 1P36A 1C63A 2LZMA 1QT5A 206LA 2LCBA 104LA 1L17A 4I7RA 6LZMA 182LA 1OVHA 4E97A 2B75A 2OU9A 1P6YA 3HTBA 157LA 1KS3A 261LA 1C6IA 3HWLA 3SB8A 1L42A 4ARPA 1L25A 1C6KA 1L63A 4ARQB 114LA 1D9WA 3DN2A 2RBPA 3HUAA 1LGWA 188LA 1CTWA 1G0GA 2RB0X 190LA 217LA 243LA 2RH1A 1CU0A 3LZMA 4W59A 3C83A 3DN3A 164LA 260LA 3GUOA 2OE4X 1C6EA 1L35A 249LA 1QUGA 215LA 4AQNA 196LA 1L20A 150LA 1B6IA 1QT3A 2B6ZA 1L32A 1QS9A 4I7QA 1I6SA 122LA 1LYIA 3CDQA 1QUHA 1SX7A 1P37A 170LA 1L86A 1LYJA 1JTNA 1D3JA 224LA 4W52A 1CU2A 1L68A 1L0JA 145LA 126LA 234LA 1QUOA 1L50A 1L03A 1L24A 3EMLA 107LA 1SX2A 4YXAC 1C66A 1L60A 236LA 1P3NA 262LA 109LA 1LGUA 3JR6A 3HT9A 1L76A 3G3WA 3FA0A 228LA 3FI5A 4W53A 1CUPA 1C69A 1WTHA 2RBNA 2B70A 1L30A 141LA 3C8QA 1JTMA 1XEPA 4ZPUA 3GUJA 225LA 1CX6A 1C6DA 2Q9DA 3F8VA 7LZMA 1L04A 3GULA 1CV6A 1L91A 1L71A 3GUMA 115LA 1L08A 3G3VA 3QAKA 1L58A 174LA 237LA 4I7NA 151LA 1CVKA 1L85A 1P2RA 226LA 3HUQA 1DYGA 1QTHA 1L38A 178LA 199LA 1PQMA 1T6HA 3DNAA 137LA 3OE8A 1L40A 4S0WA 1OWYA 3SBBC 172LA 2B6YA 161LA 1QTCA 1L05A 1L23A 2O7AA 125LA 1D2WA 1L15A 1QT6A 3DN6A 1LPYA 1T8AA 4GBRB 1L44A 3DKEX 166LA 4I7OA 2IGCA 1C6PA 250LA 4LDLA 1C62A 184LA 176LA 1L64A 2F47A 3CDRA 1L92A 1CU6A 169LA 1QS5A 2HUMA 2B74A 3C7WA 1L93A 1C6NA 256LA 209LA 235LA 1QT8A 142LA 3UONA 2NTGA 119LA 1L51A 227LA 1QSBA 1C65A 2HUKA 2RBSA 168LA 1L99A 212LA 240LA 171LA 3VW7A 1L28A 1LYFA 3C8SA 1L43A 1EPYA 1L31A 2O4WA 1CV5A 1C6MA 1QSQA 1L26A 3DMZA 2NTHA 4PK0A 3ODUA 1QTDA 1DYFA 1KNIA 3PDSA 110LA 1L13A 189LA 2QB0B 1XJTA 1CV4A 167LA 1C6JA 1DYCA 1L65A 201LA 1L57A 233LA 4W57A 3C8RA 2F32A 2OU8A 1L37A 4ARLA 3HTFA 1G0LA 1L72A 1DYDA 3DMXA 1C6HA 223LA 1L16A 2L78A 1L97A 1L69A 3HH3A 187LA 2Z6BA 2RB2X 1L12A 241LA 3HU9A 3SB7A 5LZMA 257LA 4I7MA 4LDEA 2B73A 222LA 4I7JA 229LA 3C7YA 4LDOA 1QTBA 3OE0A 4ARMA 1DYEA 2OTYX 3HH4A 2RBRA 175LA 1LYHA 1L80A 1OVKA 3CDOA 1L54A 218LA 4ARJA 1XJUA 1QTVA 3DN0A 1P56A 230LA 1G1VA 4EKQA 200LA 1L21A 3HT8A 102LA 4YX7C 3HH6A 148LE 1SSWA 2B7XA 1OWZA 2OEAX 3HH5A 1L74A 3RZEA 1T8FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3N9CA 1BVKC 1CJ7A 1VEDA 4NGWA 1GEVA 4QGZA 1L56A 1L89A 4NGJA 4ARMB 3LHMA 3G3XA 3J4GA 1LYEA 4H9EA 2OTZX 165LA 2ZWBA 3F9LA 5IHGA 4DYGA 3LYMA 120LA 2D91A 7LYZA 1IWYA 123LA 1HHLA 4CGEA 2I26L 5C6JA 4HP0A 3HT7A 4W54A 1B7OA 4XENA 4MR1A 4ETDA 4H9CA 127LA 2RB1X 3HTDA 1C6LA 4EPIA 3WUMA 1VAUA 3ATOA 2BQAA 1C61A 3EBAB 247LA 4EKRA 4YOPA 5I14A 4FJRA 3TXHA 1XEJA 1REMA 1OUAA 1LHHA 3TXFA 1L06A 1PQJA 2BLXA 5C6IA 1P5CA 4GLAA 2A7DA 253LA 1LI2A 4OWHA 1YAPA 3WVYA 1L49A 1KXWA 1CV0A 2OE9X 3D4SA 4IAPA 4LYCA 1G0PA 1W6ZA 2H5ZA 2BQHA 4B4IA 5KXNA 1LPIA 2HEDA 4NGIA 5LYMA 1UIGA 1HFZA 2DQFC 146LA 1GBXA 1P7SA 1L27A 2FBBA 1LW9A 4H9BA 4DAJA 113LA 4XJDA 3LN2A 4N5RA 4B4JA 2HU3A 3GXKA 1C6CA 5KXSA 185LA 231LA 3RUNA 1LSMA 1L09A 2Q9EA 4ETCA 2Z39A 1JKCA 4TUNA 3HBEX 4K5YA 1L02A 1NHBA 4W58A 4EXMA 2Z19A 2HEBA 2DKVA 9LYZA 1LSZA 4Z3MA 144LA 1L67A 1L61A 3FE0A 1L01A 4YXCA 4GN3A 1TLAA 111LA 1IX0A 3MGWA 4NSHA 1IWUA 1OUEA 1HELA 2B5ZA 1KIQC 4I7TA 3FI7A 5I4WA 3GUIA 2Z37A 4OWCA 1KY1A 1JQUA 1IIZA 4NIJA 4GLVA 1CU3A 4I7KA 4W56A 149LA 3L2XA 1GFRA 2IFFY 1ZMYL 4ARQA 198LA 103LA 4MCKA 1L0KA 2QARC 1LMTA 3GUPA 4N1CC 4KL7A 2A4TA 3SB5A 3SN6R 3CDVA 4I7LA 1LKRA 160LA 1D3MA 1L66A 2FYCA 1P36A 1LJ4A 4J1AA 1QT5A 5II3A 5KXXA 1QTEA 182LA 1OVHA 1LHLA 1IP5A 1BVXA 1KS3A 1NDGC 3GXRA 1DI5A 1WQNA 1J1XY 3HWLA 3SB8A 1GBSA 4NGLA 4J1BA 3WYHA 3HUAA 1LGWA 1UA6Y 1G7LC 217LA 2NWDX 3P66A 1JKDA 164LA 3GUOA 1YAOA 3RT5X 5AMYA 5KXMA 135LA 215LA 4AQNA 1OUGA 1L20A 1B7LA 3A34A 2B6ZA 154LA 4XADA 1NBYC 1JEFA 1LZGA 1QUHA 1SX7A 1G7JC 1IO5A 170LA 1CJ9A 4OWEA 4W52A 1CU2A 1L68A 5IELA 1N4FA 4DD0A 5KKIA 1L50A 1L24A 3EMLA 3W6EA 2Z2EA 2YBJA 3VWOA 1GFTA 3JR6A 3M18B 4BAPA 4H9AA 1HFXA 5DM9A 1UACY 3C8QA 2LYOA 4ZPUA 3GUJA 225LA 3A94A 1C6DA 2HUBA 2HU1A 4N1EI 3GULA 1LMPA 1L91A 1L71A 2BQFA 3G3VA 4I7NA 1WQPA 2VB1A 5JENB 1P2RA 1L85A 1LZNA 226LA 2MEAA 1DYGA 4WO9A 4H9FA 2B6YA 4PPOA 1LZEA 1LSGA 5J7CA 4DD3A 3A67Y 3DKEX 4HV1A 166LA 2IGCA 250LA 1LAAA 1L64A 1IY3A 1L92A 169LA 2B74A 2DQHY 256LA 3T36A 4B0DA 209LA 1LMQA 1RJCB 2NTGA 119LA 4LFPA 1C65A 2RBSA 168LA 5B07A 171LA 3P65A 5IDDA 1FDLY 3M3UA 1QQYA 3A93A 4PJ2C 1C08C 1GF7A 2XQOA 1LZDA 5T3FA 5KXYA 3QNGA 3QE8A 5B1GA 1GF4A 1LSDA 110LA 4GCCA 1XJTA 3WW6A 233LA 4W57A 4DQ7A 2OU8A 1YROA 4IASA 2D4KA 4LYOA 3HH3A 1IWWA 1GB9A 4LT0A 4J7VA 2Z6BA 3BKHA 1IWZA 4WLYA 2ZNXY 3HU9A 3SB7A 1QTKA 4C3WA 5LZMA 4LDEA 4I7JA 2LZTA 1GBZA 4XJGA 175LA 1LYHA 1HMKA 4DC4A 3WU8A 5KJ9A 1L54A 5LINA 3EO5A 1QSWA 4ARJA 5KXRA 1DKKA 2Z18A 1JTTL 3B0KA 1P56A 5HLLA 4EKQA 200LA 2EPEA 1L21A 102LA 1WQMA 5DN4A 4WM4A 148LE 1SSWA 1OWZA 1NWGA 2MEDA 1L74A 1GD6A 4AXTA 1SSYA 1GFHA 4DDCA 4AGAA 3V2WA 1BB6A 3CT1A 1B5ZA 3WXTA 1JISA 1L98A 1L96A 4PGJB 1LMAA 8LYZA 3DMVA 1JITA 2PC2A 2YBMA 252LA 3OE6A 4WLDA 1LZCA 5FCPA 2HULA 5FHWA 1BB7A 4Z46A 139LA 2Z12A 1TCYA 197LA 1C68A 2MEHA 1GFGA 1LLHA 1L70A 1C10A 1ZV5L 3GUKA 163LA 1QTZA 4I7PA 1CU5A 155LA 4GCEA 2B72A 1OUHA 3K2RA 1L19A 147LA 4TX7A 1L82A 4TSCA 1B0DA 1SWYA 2B6XA 2OE7X 5FSTA 1UIAA 220LA 1GF0A 1T8GA 1FN5A 3QY4A 3AZ6A 1YAQA 1G0QA 1B5UA 4E3UA 1JIYA 3CT0A 1IY4A 3RU5A 5LAFA 3B0OA 1HEWA 1LZ6A 1L77A 1DYAA 4DD9A 3TXIA 2DQDY 1O23A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3N9C A;  1BVK C;  1CJ7 A;  1VED A;  4NGW A;  1GEV A;  4QGZ A;  1L56 A;  1L89 A;  4NGJ A;  4ARM B;  3LHM A;  3G3X A;  3J4G A;  1LYE A;  4H9E A;  2OTZ X;  165L A;  2ZWB A;  3F9L A;  5IHG A;  4DYG A;  3LYM A;  120L A;  2D91 A;  7LYZ A;  1IWY A;  123L A;  1HHL A;  4CGE A;  2I26 L;  5C6J A;  4HP0 A;  3HT7 A;  4W54 A;  1B7O A;  4XEN A;  4MR1 A;  4ETD A;  4H9C A;  127L A;  2RB1 X;  3HTD A;  1C6L A;  4EPI A;  3WUM A;  1VAU A;  3ATO A;  2BQA A;  1C61 A;  3EBA B;  247L A;  4EKR A;  4YOP A;  5I14 A;  4FJR A;  3TXH A;  1XEJ A;  1REM A;  1OUA A;  1LHH A;  3TXF A;  1L06 A;  1PQJ A;  2BLX A;  5C6I A;  1P5C A;  4GLA A;  2A7D A;  253L A;  1LI2 A;  4OWH A;  1YAP A;  3WVY A;  1L49 A;  1KXW A;  1CV0 A;  2OE9 X;  3D4S A;  4IAP A;  4LYC A;  1G0P A;  1W6Z A;  2H5Z A;  2BQH A;  4B4I A;  5KXN A;  1LPI A;  2HED A;  4NGI A;  5LYM A;  1UIG A;  1HFZ A;  2DQF C;  146L A;  1GBX A;  1P7S A;  1L27 A;  2FBB A;  1LW9 A;  4H9B A;  4DAJ A;  113L A;  4XJD A;  3LN2 A;  4N5R A;  4B4J A;  2HU3 A;  3GXK A;  1C6C A;  5KXS A;  185L A; 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