174LA

Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLAAAADLAAAKAALAAAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 174lA00
1L67A 1L63A 1KW7A 2A4TA 1L39A 213LA 1CU3A 1L88A 3HH4A 1G1VA 1L55A 3G3VA 1C6HA 4W53A 1L61A 232LA 1L44A 152LA 1DYCA 3SB5A 2ANVA 217LA 1L26A 2B6WA 1KY0A 214LA 4I7MA 4ZPUA 1L31A 1P2LA 1QT7A 1CX6A 1L82A 216LA 3HU8A 218LA 1C6LA 3K2RA 3NY8A 1PQJA 2NTHA 3DMVA 4YXAC 2Q9DA 195LA 3NYAA 1QTBA 2HUMA 3PBLA 4S0WA 1SWYA 215LA 3C8RA 212LA 1CV1A 1T8AA 2RBNA 1LYGA 245LA 3C80A 3OE9A 1L77A 240LA 1NHBA 220LA 1L22A 155LA 1G1WA 228LA 147LA 1C6IA 126LA 3HT6A 1QUHA 1XJUA 171LA 1LPYA 1QTVA 1L98A 191LA 1C6KA 3GUNA 1CV4A 252LA 3GUOA 1P7SA 1LWGA 1WTHA 3DNAA 1L0KA 142LA 1PQIA 1LYHA 4ARPA 1CV3A 205LA 1CU5A 201LA 3HUQA 200LA 4I7SA 1C6CA 1G0PA 4W58A 1LYEA 3V2YA 176LA 174LA 2B6XA 3C8QA 4DJHA 255LA 3C82A 3DN3A 1L35A 219LA 1B6IA 1L75A 3C7WA 4I7KA 247LA 1L42A 151LA 206LA 2RH1A 177LA 1QTZA 2Q9EA 1C61A 1SX7A 1QTHA 1LI2A 1P3NA 4W52A 1DYGA 1L80A 2OE4X 4W56A 1PQKA 2RBSA 1QT4A 233LA 1LGXA 231LA 1L32A 1L29A 1L13A 3D4SA 5I14A 4GBRB 144LA 190LA 1ZURA 120LA 2CUUA 3L64A 165LA 1C6EA 2B72A 3VW7A 192LA 4LDEA 1L95A 1L70A 4EJ4A 1L12A 2QARC 3HTBA 2RB0X 1D3NA 4I7TA 2Z6BA 3FA0A 1C67A 241LA 254LA 1L27A 257LA 1KS3A 2RAZX 2F32A 1I6SA 1L18A 2B6TA 1L36A 1OYUA 199LA 2OE7X 150LA 234LA 1P64A 1L60A 1L43A 3HT9A 119LA 1L16A 1T97A 131LA 221LA 3ODUA 3QAKA 1CVKA 3V2WA 3UONA 1L96A 230LA 1L19A 3DN0A 4EKRA 172LA 1SSWA 4AQNA 1L04A 198LA 1DYFA 3GUIA 1TLAA 2OE9X 7LZMA 1C64A 2OU0X 1L53A 1L86A 248LA 4EKPA 102LA 4EPIA 1L81A 138LA 169LA 1C65A 2ANXA 3DMZA 178LA 122LA 125LA 103LA 182LA 1L71A 1KY1A 4I7JA 227LA 3HDFA 4IAPA 1G0JA 246LA 1SWZA 3C7YA 1KW5A 2LZMA 3DN2A 1T8FA 223LA 1P36A 4DAJA 4ARQB 4K5YA 4PK0A 104LA 1C6MA 4W59A 4ARMB 4EPFA 159LA 1L06A 262LA 3DN8A 225LA 189LA 1C60A 1QTCA 1P6YA 128LA 3L2XA 1L20A 3F9LA 173LA 4GRVA 163LA 1SX2A 3OE8A 1C6AA 113LA 1CV0A 1L34A 1P5CA 1OWYA 2RB1X 4W54A 145LA 3OE6A 4EKQA 1QSBA 2RBQA 1L54A 1L92A 3C83A 3LZMA 2O4WA 1LWKA 1L72A 1JQUA 1QS5A 1L03A 1L46A 2OTZX 146LA 1ZWNA 110LA 4I7QA 1C66A 1L37A 236LA 3HH5A 237LA 258LA 2B7XA 3HTGA 2B6ZA 1CV6A 224LA 185LA 158LA 4EKSA 1L79A 1LYIA 3RUNA 211LA 3G3XA 1L15A 1QT8A 1PQDA 1L05A 1L40A 1PQMA 1C6BA 1CV5A 4ARJA 1L90A 1K28A 1L59A 249LA 1D2WA 4W57A 1EPYA 1C6QA 1L94A 1D9WA 210LA 2B75A 3SB7A 1G0MA 2HULA 1XEPA 127LA 1L28A 1L68A 1C62A 130LA 251LA 3F8VA 118LA 1L00A 2RB2X 3HT8A 1L47A 1C68A 143LA 3GUKA 244LA 1L56A 3HDEA 250LA 1L62A 160LA 1L91A 2OEAX 4I7LA 1DYEA 239LA 3GUPA 1G0QA 1LYDA 1L45A 1T8GA 5LZMA 2F47A 4E97A 1JTNA 180LA 1QUOA 3FI5A 1QS9A 1L97A 2B73A 1L08A 3PDSA 3EMLA 1L83A 2RBRA 175LA 1P56A 1LGWA 3CDTA 1CUQA 3HU9A 114LA 1L66A 1DYBA 3C7ZA 1L02A 1L21A 1OWZA 2OU9A 4DKLA 2RBPA 3SBBC 184LA 1KNIA 1L50A 1CUPA 3C81A 3FADA 2B74A 222LA 3JR6A 1L10A 2IGCA 4OO9A 1P37A 1XJTA 2NTGA 1L11A 4LDOA 166LA 1L87A 1LYJA 3HH3A 1L17A 2OTYX 4I7PA 1QUGA 4LDLA 256LA 1L25A 253LA 3GULA 1G0LA 1D3FA 1C63A 1QT3A 243LA 1L23A 2O79A 108LA 1L41A 3CDQA 3HTDA 3SN6R 3CDOA 3HUKA 3HTFA 2HUKA 235LA 2LCBA 3DMXA 148LE 1CU6A 1L65A 197LA 139LA 260LA 123LA 3HH6A 4I7RA 242LA 3HT7A 3DN4A 162LA 4ARLA 3SB8A 1L69A 186LA 1QSQA 3HWLA 1C6NA 3SB9A 170LA 140LA 1C6GA 1G07A 1L38A 2LC9A 2O7AA 1ZYTA 1OV7A 1L49A 3C8SA 3DN1A 1L14A 141LA 1LLHA 1LW9A 1LI6A 2F2QA 4YXCA 1D3MA 1DYDA 161LA 261LA 3OE0A 4EXMA 2B70A 187LA 168LA 4LZMA 1L89A 1OV5A 156LA 1G0KA 3RZEA 3SBAA 1L09A 1L74A 1L52A 2L78A 1CU2A 4W55A 137LA 111LA 1L58A 1OVJA 1QT6A 2RAYX 3HUAA 1C6TA 1PQOA 1QUDA 3G3WA 1L07A 1C6PA 1G0GA 1L64A 3GUJA 1C6FA 3DKEX 1P2RA 1SSYA 181LA 1P46A 1D2YA 2OU8A 1T6HA 1OVKA 115LA 188LA 109LA 259LA 196LA 1G06A 1L99A 4I7OA 1L33A 167LA 1L84A 1CU0A 107LA 1C6JA 1LGUA 4W51A 1DYAA 3DN6A 6LZMA 1L93A 1L48A 238LA 1D3JA 4I7NA 209LA 1OVHA 112LA 3CDVA 1L30A 3NY9A 149LA 1LI3A 2QB0B 183LA 1C69A 1CX7A 229LA 1L51A 1L01A 2B6YA 164LA 1QT5A 129LA 1L76A 1CTWA 1QTDA 3GUMA 226LA 157LA 1L85A 1C6DA 4ARQA 1L24A 2RBOA 1LYFA 3CDRA 3SB6A 4ARMA 1L57A 1L73A 4YX7C 1JTMA 4PJZA 1L0JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QDRA 2I26L 1DQJC 3HH4A 2EQLA 1L55A 3G3VA 1LJ4A 1LSDA 232LA 1OUGA 1WTMA 1JTTL 4G4BA 3RNXA 4NY5A 1KY0A 214LA 1KIPC 4RW2A 2DBTA 2LYZA 1BQLY 2D91A 218LA 1GF7A 3K2RA 2NTHA 2Q9DA 3NYAA 5II3A 1F6RA 3PBLA 4XENA 2MEHA 2FYCA 215LA 2LHMA 2RBNA 1GE3A 4PHIA 1G7JC 5LVKA 1HSXA 1L22A 3B0IA 228LA 1B5ZA 1LSAA 1QUHA 4H9AA 3TMXA 1LPYA 5B07A 4KL7A 191LA 1C6KA 4BAPA 1CV4A 252LA 2W1YA 1DPWA 4NGWA 3A94A 1LWGA 3W6CA 4ET9A 1RI8B 4ETCA 1PQIA 2BPUA 4NG8A 1FLWA 5I4WA 3HUQA 3W6AA 1C6CA 1HNLA 1B5VA 4GCFA 4ZIXA 1NKHA 255LA 3C82A 1QUTA 1MLCE 2Z38A 3IJVA 4X3BA 2HEBA 206LA 2RH1A 1REYA 4HP0A 2D6BA 2Q9EA 4CGEA 4RLNA 1LZ9A 1XEJA 4W52A 1DYGA 1WVUA 2OE4X 1PQKA 1QT4A 4TTDA 233LA 231LA 1L32A 5I14A 190LA 120LA 1I56A 165LA 3B0OA 4UWNA 3TMWA 3VW7A 154LA 1L95A 4H1PA 2ZILA 3HTBA 2RB0X 4KXIA 3GXRA 254LA 2DQJY 1YAOA 1KS3A 3WU8A 1I6SA 1L18A 1LZ5A 4WM1A 3WVXA 150LA 1GE2A 4NHPA 5KKJA 1E8LA 3OK0A 1JJ1A 2Z18A 2F4GA 1BB5A 4IJ4A 1L96A 4OWAA 4II8A 1SSWA 3RU5A 3W6BA 3GUIA 4H8YA 1LHMA 1LKSA 2DQIY 1L53A 3ZEKA 5KXYA 248LA 2F30A 3WPLA 102LA 1YROA 1FLQA 1L81A 4NGOA 2ZQ4A 169LA 4YM8A 1LJEA 5KXPA 4YEOA 3IWRA 1B9OA 1G0JA 6LYTA 3AZ5A 3C7YA 1KW5A 3DN2A 1T8FA 223LA 2I6ZA 4M4OA 1GF6A 4ARMB 5KXTA 4EPFA 3BKVA 4WLTA 3DN8A 4DDAA 1O23A 4XJBA 1DZBX 5APFA 4EKQA 1OWYA 145LA 5HNCA 2RBQA 1L54A 132LA 1B7SA 2W1MA 3C83A 4NGKA 1D0LA 1LWKA 4BAFA 1ALCA 1L03A 1TEWA 236LA 3HH5A 237LA 1EQEA 3SP3A 1C45A 4B49A 3HTGA 2B6ZA 3LYOA 3QE8A 1CV6A 3A91A 4UWVA 158LA 2BQLA 3P4ZA 3LHMA 3RUNA 4NGZA 4H9EA 1L40A 1PQMA 1CKFA 4NHQA 1PZYA 1V7SA 1C6BA 4HPEA 4KPMA 1L59A 4HSFA 4HV1A 1D2WA 3W6FA 1OUDA 210LA 2B75A 3GXKA 1XEPA 130LA 1IOCA 3QY4A 1NBZC 1OUIA 1L00A 5IELA 1NDMC 1L47A 143LA 4AXTA 3GUPA 1BGIA 1WQNA 2A7FA 1LYDA 1T8GA 1LSPA 3P66A 180LA 3FI5A 1HEQA 4TX7A 4FJRA 4DQ7A 3PDSA 4RW1A 2FBDA 1XGRC 1JKDA 1BVKC 4H93A 4L41A 4D9ZA 1WQQA 3SBBC 184LA 2XBSA 5B1GA 2HUBA 1CUPA 1HSWA 4OO9A 5DN5A 1XJTA 1B7LA 4NHIA 1C08C 5LA8A 3AJNA 1LJNA 1L17A 4GLVA 2HTXA 1C63A 4B4IA 1QT3A 243LA 4EOFA 1D6PA 3HTFA 1GF9A 235LA 1BWJA 3DMXA 1OUHA 1CU6A 2NWDX 123LA 2PC2A 3HH6A 3A95A 2D4JA 3DN4A 3HWLA 1C6NA 3IJUA 4W94A 1L38A 4NSHA 5HLLA 3ATOA 1L49A 141LA 1LLHA 2LYMA 2F2QA 2MEGA 1D3MA 3HFMY 261LA 3OE0A 5KKIA 4EXMA 4WM2A 2LZTA 3G3BB 156LA 1FBIX 1G0KA 3CQLA 1L74A 2L78A 1CU2A 137LA 1QT6A 3HUAA 1C6TA 2VB1A 3G3WA 4ZEEA 1L07A 1G0GA 1L64A 2ZNWY 1P2RA 2DQGY 4HJZA 1T6HA 1BB3A 2CGIA 259LA 1L84A 1CU0A 1C6JA 1DKKA 1DYAA 5I54A 4NSGA 209LA 4N5RA 149LA 1L51A 5FEKA 1QT5A 1L76A 4G4HA 1CKGA 1CTWA 1LZYA 157LA 3WULA 1L85A 1L24A 5ILFA 4H91A 2H9JA 2BQIA 1N4FA 5F16A 1LMCA 4YX7C 4ARMA 1L73A 1IVMA 2DQCY 1L67A 4Z3MA 1L63A 4IASA 4N9RA 1C7PA 1G1VA 1IP6A 1TAYA 1LZTA 1J1XY 1GBWA 1LZGA 1JSEA 2B6WA 3AGHA 1HFXA 1YAQA 5FHWA 2HU3A 1LTMA 5DM9A 1L31A 4WG1A 1L82A 216LA 4R6CA 3NY8A 1PQJA 1QQYA 195LA 1GBYA 1QTBA 2BLYA 4WM5A 4HJYA 1IWTA 1SWYA 1QTKA 5DN4A 1WQRA 3WUMA 240LA 2Q0MX 220LA 4H8XA 5I4XA 155LA 3WUAA 3F6ZA 3HT6A 2XBRA 4HV2A 4U3XB 1XJUA 5LVJA 1GAYA 2HEDA 1P7SA 1WTHA 3DNAA 1L0KA 1GFUA 4ARPA 205LA 201LA 2Z19A 4NHSA 4W58A 3V2YA 174LA 3C8QA 4NGJA 3TXDA 1IORA 4KT3A 2I25L 1L75A 1GFAA 1JTOL 151LA 5KXMA 3TXKA 1FKVA 4OOTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QDR A;  2I26 L;  1DQJ C;  3HH4 A;  2EQL A;  1L55 A;  3G3V A;  1LJ4 A;  1LSD A;  232L A;  1OUG A;  1WTM A;  1JTT L;  4G4B A;  3RNX A;  4NY5 A;  1KY0 A;  214L A;  1KIP C;  4RW2 A;  2DBT A;  2LYZ A;  1BQL Y;  2D91 A;  218L A;  1GF7 A;  3K2R A;  2NTH A;  2Q9D A;  3NYA A;  5II3 A;  1F6R A;  3PBL A;  4XEN A;  2MEH A;  2FYC A;  215L A;  2LHM A;  2RBN A;  1GE3 A;  4PHI A;  1G7J C;  5LVK A;  1HSX A;  1L22 A;  3B0I A;  228L A;  1B5Z A;  1LSA A;  1QUH A;  4H9A A;  3TMX A;  1LPY A;  5B07 A;  4KL7 A;  191L A;  1C6K A;  4BAP A;  1CV4 A;  252L A;  2W1Y A;  1DPW A;  4NGW A;  3A94 A;  1LWG A;  3W6C A;  4ET9 A;  1RI8 B;  4ETC A;  1PQI A;  2BPU A;  4NG8 A;  1FLW A;  5I4W A;  3HUQ A;  3W6A A;  1C6C A;  1HNL A;  1B5V A;  4GCF A;  4ZIX A;  1NKH A;  255L A;  3C82 A;  1QUT A;  1MLC E;  2Z38 A;  3IJV A;  4X3B A;  2HEB A;  206L A;  2RH1 A;  1REY A;  4HP0 A;  2D6B A;  2Q9E A;  4CGE A;  4RLN A;  1LZ9 A;  1XEJ A;  4W52 A;  1DYG A;  1WVU A;  2OE4 X;  1PQK A;  1QT4 A;  4TTD A;  233L A;  231L A;  1L32 A;  5I14 A;  190L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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