176LA

Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHTLKVDGNSNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 176lA00
3C7YA 1LI6A 225LA 4EPIA 1L97A 2HUMA 1L0KA 4I7LA 1G0LA 4PJZA 1P64A 3HTGA 3FI5A 1L50A 3FADA 259LA 1OV5A 3CDQA 4OO9A 2B6XA 1L75A 1L89A 104LA 260LA 3GUJA 3DMVA 3HDEA 119LA 1C62A 1C63A 1L08A 1L41A 250LA 3PDSA 1L84A 3L64A 3GUIA 218LA 196LA 1L58A 1QTCA 2Q9EA 3VW7A 3DMXA 1L83A 1L66A 1L80A 1SWZA 3SB9A 1QUHA 1QUOA 169LA 3DNAA 125LA 4GBRB 139LA 1D9WA 1L72A 4LDLA 128LA 1C6QA 166LA 2F47A 1L20A 1QS5A 2B70A 1LYEA 226LA 210LA 168LA 2RH1A 3LZMA 1T8FA 252LA 2OE4X 236LA 1L61A 3HTBA 247LA 1DYEA 1L30A 161LA 2B74A 1L64A 1DYBA 1C66A 1C6EA 1L81A 2OE7X 1L67A 1L98A 1KS3A 2B75A 4ARMA 118LA 1LGWA 3HUQA 164LA 1L21A 1L35A 1P2RA 171LA 174LA 1C6JA 3OE0A 157LA 2B6ZA 191LA 1QTHA 156LA 237LA 2B72A 1L74A 1SSYA 1C6GA 4I7JA 4YXAC 1CTWA 1LW9A 2RAZX 1L29A 4LDEA 2L78A 3NY8A 190LA 1L52A 103LA 1KY0A 5I14A 1L33A 1L54A 1SX7A 1OVHA 3OE8A 1CVKA 137LA 1L68A 3HUAA 113LA 2OU9A 2RBPA 200LA 2OU0X 1L86A 1KNIA 1L92A 1L06A 1C69A 1L99A 2Q9DA 1L26A 165LA 2HULA 1L73A 1L79A 1QS9A 1QT7A 2B73A 205LA 1L57A 3D4SA 1G1VA 1L46A 3HH5A 1L76A 228LA 1D3MA 183LA 235LA 1D3NA 160LA 176LA 4EKRA 122LA 155LA 1T97A 1C67A 3EMLA 1DYDA 1C6IA 3SB7A 1JTMA 4EKQA 4I7OA 2NTGA 3HT8A 102LA 1QSQA 2O7AA 3QAKA 1C6NA 3OE6A 1I6SA 2O4WA 3SN6R 151LA 231LA 243LA 3F9LA 1L40A 1QT8A 4ARLA 1ZYTA 1XEPA 2RBOA 180LA 1L15A 1D3FA 4EJ4A 3RZEA 1QT4A 1LI3A 4ARQA 230LA 3HDFA 1C6KA 3HU9A 4DJHA 2QARC 1L96A 1L95A 1LGUA 123LA 1L12A 1PQJA 1KW5A 257LA 1CX6A 167LA 1L60A 4LZMA 1C6AA 1L28A 1LWGA 110LA 1P3NA 1L39A 1T8GA 2ANXA 1P7SA 1L77A 4I7SA 1L91A 1ZWNA 1LLHA 1LYJA 2LCBA 187LA 1G0MA 3G3VA 3DMZA 217LA 1CV0A 4LDOA 4ARMB 4EKPA 219LA 244LA 1L37A 214LA 2HUKA 1PQOA 4ARPA 127LA 1LYGA 3HT7A 3DKEX 3C8QA 1G0QA 2OU8A 1OV7A 1OVJA 129LA 1CV1A 1QTBA 2O79A 3JR6A 1OWYA 241LA 3HH3A 3SBAA 1L05A 1QUDA 2OEAX 4EXMA 1SWYA 147LA 1C61A 3HT6A 141LA 172LA 1L70A 220LA 2F2QA 195LA 256LA 1LYHA 1KY1A 2RB0X 2IGCA 114LA 2RB2X 1QUGA 1XJUA 1CUQA 1PQIA 1JTNA 4YX7C 2OTZX 109LA 1LYFA 6LZMA 1G0KA 3DN1A 1P5CA 1QTZA 2LZMA 1LYIA 1L34A 2RBSA 4GRVA 3DN4A 1G06A 1CU2A 1L0JA 1SX2A 216LA 2B6TA 2OTYX 261LA 3HH4A 1L42A 1C65A 1OYUA 1L49A 222LA 2F32A 2B6WA 1QT3A 1PQDA 1C68A 3F8VA 1L00A 3CDTA 3RUNA 3FA0A 3NY9A 4I7KA 1QTVA 2ANVA 227LA 3C80A 1T6HA 251LA 209LA 215LA 4W56A 3HTDA 2RBNA 229LA 1L93A 3DN0A 4I7PA 1OVKA 112LA 1CU0A 3C7WA 1L71A 1PQKA 246LA 199LA 3HU8A 4I7NA 2RBRA 1L65A 233LA 1JQUA 223LA 1DYFA 145LA 1DYAA 3G3XA 1L10A 1P36A 1K28A 1G1WA 1L48A 1L85A 4I7MA 3GUPA 1L32A 1NHBA 3CDVA 3K2RA 192LA 143LA 149LA 3HT9A 1L51A 4W54A 4W52A 1ZURA 3SBBC 201LA 1L01A 1L14A 1L88A 1L82A 1C60A 1P37A 2RBQA 1P56A 4W57A 1L22A 234LA 4DAJA 1CU3A 3L2XA 1D2WA 2RAYX 1T8AA 189LA 1L45A 1D3JA 1OWZA 163LA 1C6MA 212LA 1CX7A 120LA 1C6TA 249LA 4EPFA 3C81A 1P46A 1L04A 1LI2A 3GUKA 3DN6A 224LA 1L23A 158LA 1QT5A 1LYDA 3UONA 1LGXA 1D2YA 3SB8A 197LA 2OE9X 3HWLA 146LA 3HTFA 1L87A 1QT6A 4K5YA 138LA 3C8SA 1L27A 2A4TA 3NYAA 253LA 3V2WA 3SB6A 1L90A 178LA 185LA 3G3WA 255LA 184LA 1L38A 3C82A 242LA 1L53A 1CV3A 4AQNA 1PQMA 3C7ZA 1SSWA 1CU5A 1C6CA 4DKLA 4I7RA 1C6BA 3SB5A 4S0WA 1CV6A 181LA 186LA 4EKSA 1C6HA 2LC9A 198LA 1CU6A 1TLAA 4I7TA 2CUUA 1L69A 1C64A 4ZPUA 115LA 1XJTA 4IAPA 1L63A 1L11A 126LA 4I7QA 159LA 130LA 1DYGA 1C6DA 4W58A 1KW7A 3V2YA 1P2LA 4W59A 1LPYA 1L07A 3C83A 3OE9A 140LA 1QTDA 211LA 1LWKA 1EPYA 240LA 3C8RA 206LA 2QB0B 1G07A 1L36A 1L25A 3HH6A 239LA 3GUOA 1L31A 258LA 4W55A 3GUMA 2NTHA 2RB1X 1L02A 1CV5A 3PBLA 1C6FA 1CUPA 142LA 1L03A 1L47A 4YXCA 245LA 108LA 232LA 7LZMA 4PK0A 1QSBA 1L43A 3CDRA 152LA 1CV4A 1L94A 173LA 111LA 213LA 1C6LA 188LA 1DYCA 1L59A 2B7XA 3DN3A 4ARJA 4E97A 1P6YA 131LA 238LA 221LA 1WTHA 148LE 144LA 2Z6BA 1L13A 254LA 4W53A 3CDOA 162LA 4ARQB 175LA 1B6IA 1L56A 1L55A 182LA 1G0PA 3HUKA 1L17A 262LA 1L09A 4W51A 170LA 1L19A 3GULA 3ODUA 1L16A 3GUNA 1G0GA 2B6YA 1G0JA 150LA 248LA 1L24A 177LA 3DN8A 1L44A 1C6PA 5LZMA 1L18A 107LA 1L62A 3DN2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2H9JA 2DKVA 1IWUA 1L0KA 2Z19A 3WULA 3W3EA 259LA 3E3DA 1REZA 4H8ZA 2HEFA 3WUMA 1IOQA 1L89A 5KXZA 1C62A 3A92A 5HNCA 1KIPC 1OP9B 3QNGA 218LA 4ETEA 4RLMA 1CJ8A 3LYOA 2H9KA 2Q9EA 5IHGA 1L66A 5KXLA 5FDJA 1CJ6A 1LSYA 4GBRB 1DKKA 4UWNA 1C6QA 1L20A 1QS5A 5K7OA 1T8FA 2OE4X 1UIBA 1VDSA 3WU8A 1GEZA 1L61A 3HTBA 1DYEA 1LMPA 4J1AA 3B6LA 1LJKA 4B4EA 1V7SA 1DYBA 5ILFA 1C66A 1OUJA 4QGZA 1OUAA 4N5RA 1L81A 1B5ZA 1FKQA 1L67A 3GXKA 118LA 3HUQA 1F0WA 1HSWA 1LKSA 1L21A 171LA 3J6KA 1C6JA 1JEFA 2YDGA 191LA 1SSYA 3D3DA 1LSEA 1BQLY 4G49A 1LW9A 1L29A 4LDEA 2BLYA 5C6JA 3NY8A 1FLQA 103LA 1L33A 4LFPA 1GD6A 5LYTA 3HUAA 2HU3A 1LZSA 200LA 2OU0X 1L92A 4WM5A 3CB7A 1L06A 1LSMA 3W6EA 2HULA 2LYOA 1L79A 1DQJC 205LA 3D4SA 1L46A 3AZ7A 4WLXA 4WM2A 1NHEA 235LA 2Z12A 3FI7A 1GB9A 4MSTA 155LA 1T97A 4P2EA 1C67A 1JTMA 4I7OA 3W6BA 1QSQA 2O7AA 3QAKA 3OE6A 1I6SA 3SP3A 1MELL 3SN6R 3TMVA 1IOTA 1XFPL 1FKVA 2D6BA 1F10A 2YBIA 3WPJA 4ETCA 193LA 1L15A 3ATNA 1GF4A 1N4FA 3A3RX 230LA 3MGWA 1LZEA 4DJHA 3RU5A 4DD7A 1L96A 1LGUA 2ZILA 4OW1A 1FBIX 123LA 4C3WA 1PQJA 2EIZC 4DQJA 1L60A 2LHMA 3WMKA 5AMYA 4J0LA 1T8GA 1P7SA 2BQMA 4H9BA 1LLHA 1GF3A 5ILCA 4DYGA 2BQBA 3CSZA 2YBJA 4LDOA 4ARMB 4EKPA 5I4YA 219LA 2A7FA 1L37A 1PQOA 2XTHA 2PC2A 127LA 1LYGA 1QTKA 1IP6A 5KXYA 1FDLY 3WH1A 2OU8A 4H94A 1LZNA 1B7MA 2O79A 1UIFA 1UACY 3EBAB 2G4NA 3RZ4A 5A3EA 1IR8A 4WG7A 241LA 3VWOA 3AW6A 2OEAX 3HT6A 1GF8A 172LA 220LA 2F2QA 195LA 4KPMA 1LYHA 5LXWA 1DI4A 3AJNA 1XJUA 4MCKA 4DT3A 1PQIA 1GWDA 2OTZX 6LZMA 1QTZA 5APEA 1G7JC 2OTYX 4NY5A 4WM6A 1OYUA 3W6CA 5LAFA 1L49A 2F32A 2RSCA 3F8VA 3B0IA 3NY9A 1GF0A 5T3FA 3WL2A 1NF5A 4NHIA 3QE8A 4IATA 1IORA 229LA 1OVKA 5B1GA 1IIZA 2BQDA 1L65A 1B7LA 1LSBA 3OJPA 1JQUA 4CGEA 1DYAA 2BPUA 1LJGA 1K28A 1GB6A 1L48A 1JIYA 1L32A 5I54A 4H9EA 192LA 149LA 4HTNA 1L51A 1D0MA 5D5FA 4RW2A 1BWJA 1L01A 1L14A 1RJCB 1LMAA 4GN4A 1UUZC 1GBWA 2RBQA 1B7PA 234LA 3L2XA 1D2WA 2I6ZA 4H9CA 2RAYX 1HEPA 3WUNA 1IWTA 2DQGY 5E9RA 1YL0X 2FBDA 3N9CA 4LYZA 2BQJA 3C81A 8LYZA 1L04A 4BS7A 1LI2A 3DN6A 1L23A 1VDTA 1C45A 1LYDA 3SB8A 3HWLA 3HTFA 1L27A 2A4TA 3ZEKA 1FLWA 1EQEA 4X3BA 3F6ZA 3G3WA 1L38A 1YAOA 1B7NA 4NSJA 1JJ0A 1I56A 1YILA 5B05A 1G7IC 1YKXX 2ZQ4A 1CV6A 1Z55A 1LJIA 1TLAA 4R6CA 4LYBA 4M6DA 1C64A 2IFFY 115LA 1DI3A 4IAPA 2XJWA 126LA 4I7QA 3QY4A 2AUBA 1RCMA 1KW7A 1JISA 4W59A 1IOCA 1LZAA 3C83A 4W94A 1LMTA 1C43A 4MR1A 3TMWA 4I8SA 1A4VA 2QB0B 4Z3MA 1G07A 1FN5A 3HH6A 3G3BB 2ZNWY 3GUOA 3TXKA 3GUMA 4NSGA 5IDDA 1CV5A 1CUPA 142LA 108LA 1I1ZA 232LA 4D9ZA 3CDRA 2VB1A 4G4HA 4OOOA 4LT1A 1L94A 1L59A 1LPIA 4ARJA 1LZYA 1WTHA 1GBSA 4NWEA 1HEQA 4W53A 2YBMA 175LA 3P65A 1G0PA 1LHLA 3HUKA 2W1LA 1IC7Y 262LA 5FEKA 5IELA 1L16A 3GUNA 4IASA 4CJ2A 1LZRA 150LA 1L24A 1JJ1A 5FCPA 3DN8A 1KXYA 1GFRA 1FLUA 1RI8B 3C7YA 3ZVQB 225LA 4L41A 1G0LA 1D9UA 3FI5A 2G4PA 4GN5C 1BVKC 4OO9A 2MEAA 1L75A 3CT1A 4NG8A 5I5QA 3HDEA 1L08A 250LA 3PDSA 1L84A 2G4QA 1JJ3A 4KL7A 3HFMY 1L58A 1QTCA 1LHJA 4NGWA 3CSRA 1L83A 4HSFA 1IWXA 3SB9A 1GFHA 1HELA 2FBBA 4NGLA 1LZDA 3WW6A 1QUOA 3DNAA 1D9WA 1L72A 4LDLA 4WLDA 166LA 3P68A 1IP5A 2B70A 226LA 3LZMA 2RH1A 1ZV5L 4DQ7A 247LA 3P4ZA 161LA 4NEBA 5KJ9A 4HTKA 4ETBA 4YOPA 1DI5A 4LYOA 2OE7X 1L98A 2B75A 1LGWA 1YANA 3P64A 1L35A 1XEIA 4G4CA 3OE0A 1LAAA 2B72A 237LA 2BQOA 4W96A 4XADA 2D4JA 4AGAA 1C6GA 5DLAA 3LYMA 1GFVA 4BAFA 4R0FA 1GFUA 1OVHA 1LJJA 3OE8A 5L3HA 1LSNA 4XJDA 3AGIA 137LA 1CNSA 135LA 3IWRA 5E4PA 2HEAA 1OUBA 4ANRA 2Q9DA 1CKFA 1G7HC 2DQEY 1QT7A 4NWHA 4DDBA 2B73A 4HJYA 1L57A 1PZYA 3HH5A 1L76A 228LA 1LYYA 4TUNA 1NMMA 122LA 1XGPC 1DYDA 4BADA 1HC0A 4PHIA 4OOTA 4XJBA 4TSCA 1NBZC 1RE2A 1L40A 1QT8A 4HJVA 4DWXA 1XEPA 1BB3A 2Z39A 1OUIA 3AGGG 1HFZA 1LYZA 1QSAA 1ALCA 2MECA 1QT4A 4ARQA 1G7LC 3HDFA 1C6KA 3CSQA 4GCFA 1WQRA 3HU9A 5LIOA 1OUEA 1L95A 4DQ5A 1L12A 257LA 207LA 167LA 1B5VA 1C6AA 4NHPA 1HMLA 4ZEEA 2HTXA 1L77A 1ZWNA 3WVYA 187LA 1G0MA 1IEEA 4B49A 4ARPA 1HMKA 1CKGA 2ZYPA 1G0QA 1OVJA 3JR6A 1ZMYL 1D0LA 4DD2A 1T6VL 3SBAA 4EXMA 1SWYA 1C61A 4GCBA 1KY1A 3FE0A 2RB2X 5KXNA 1QUGA 4WO6A 1CUQA 4YX7C 1LYFA 2ZIKA 4HV1A 1VATA 2LZMA 4ET9A 5KXTA 1LYIA 2RBSA 4GRVA 1SX2A 1BVXA 261LA 4N9RA 1L42A 1W08A 1XEKA 1C65A 1UIEA 2Z37A 3RW8A 9LYZA 4WOAA 1JTTL 3CDTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2H9J A;  2DKV A;  1IWU A;  1L0K A;  2Z19 A;  3WUL A;  3W3E A;  259L A;  3E3D A;  1REZ A;  4H8Z A;  2HEF A;  3WUM A;  1IOQ A;  1L89 A;  5KXZ A;  1C62 A;  3A92 A;  5HNC A;  1KIP C;  1OP9 B;  3QNG A;  218L A;  4ETE A;  4RLM A;  1CJ8 A;  3LYO A;  2H9K A;  2Q9E A;  5IHG A;  1L66 A;  5KXL A;  5FDJ A;  1CJ6 A;  1LSY A;  4GBR B;  1DKK A;  4UWN A;  1C6Q A;  1L20 A;  1QS5 A;  5K7O A;  1T8F A;  2OE4 X;  1UIB A;  1VDS A;  3WU8 A;  1GEZ A;  1L61 A;  3HTB A;  1DYE A;  1LMP A;  4J1A A;  3B6L A;  1LJK A;  4B4E A;  1V7S A;  1DYB A;  5ILF A;  1C66 A;  1OUJ A;  4QGZ A;  1OUA A;  4N5R A;  1L81 A;  1B5Z A;  1FKQ A;  1L67 A;  3GXK A;  118L A;  3HUQ A;  1F0W A;  1HSW A;  1LKS A;  1L21 A;  171L A;  3J6K A;  1C6J A;  1JEF A;  2YDG A;  191L A;  1SSY A;  3D3D A;  1LSE A;  1BQL Y;  4G49 A;  1LW9 A;  1L29 A;  4LDE A;  2BLY A;  5C6J A;  3NY8 A;  1FLQ A;  103L A;  1L33 A;  4LFP A;  1GD6 A;  5LYT A;  3HUA A;  2HU3 A;  1LZS A;  200L A;  2OU0 X;  1L92 A;  4WM5 A;  3CB7 A;  1L06 A;  1LSM A;  3W6E A;  2HUL A;  2LYO A;  1L79 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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