177LA

Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWCEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFCTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 177lA00
1C6TA 118LA 1C6NA 1L74A 1DYAA 1L62A 2CUUA 2HUMA 1C6HA 1C6JA 262LA 3HDFA 104LA 158LA 199LA 3HU9A 1T8AA 1L39A 1T8GA 1L40A 4EKQA 214LA 1OV7A 1ZYTA 240LA 3HWLA 4ARMA 4K5YA 220LA 228LA 4W55A 235LA 195LA 3HT7A 1P36A 3PBLA 4EKPA 170LA 2OE7X 1QT6A 215LA 1D9WA 1CV6A 1C6EA 1L15A 2RBOA 1LYGA 1QSQA 2IGCA 163LA 3DN2A 1DYEA 3LZMA 2HUKA 1K28A 171LA 1L81A 4EKRA 2ANXA 1L19A 1JQUA 168LA 1L72A 1QTZA 1L46A 130LA 1L60A 4GRVA 1L64A 4EPIA 1L41A 1L24A 1L56A 120LA 1L84A 1QT4A 4W57A 3SB8A 3HTFA 1L99A 1L68A 2O7AA 162LA 1ZURA 1P56A 1LI3A 151LA 159LA 232LA 2F2QA 1D3MA 1L96A 2RBPA 4ARQB 1C63A 3RUNA 3CDRA 233LA 5LZMA 1L76A 243LA 4AQNA 119LA 3UONA 1LWKA 1C6CA 103LA 1CV1A 1L79A 1KW5A 234LA 1CU5A 3CDTA 3HT6A 183LA 3C7ZA 4I7SA 221LA 1L00A 129LA 1CU3A 4PK0A 1G0PA 1L77A 1SSYA 156LA 164LA 1L0JA 4LDLA 1L02A 1QTDA 1L66A 200LA 1L55A 2B70A 2OTYX 3C82A 3OE8A 115LA 251LA 1G0QA 3HUKA 1C6KA 1L26A 1D2YA 1L87A 107LA 238LA 4I7KA 3DN4A 2B6WA 4ARQA 131LA 1L34A 173LA 249LA 4IAPA 3VW7A 3HT8A 1C6DA 2L78A 3HH4A 3HH6A 256LA 1L86A 255LA 213LA 1LI2A 3DMZA 187LA 1PQOA 210LA 1L38A 1TLAA 3HTBA 3GUNA 1QTVA 3FADA 4I7JA 219LA 4GBRB 1C6LA 1CV0A 1C62A 1PQKA 1QT8A 1ZWNA 2Q9DA 3C83A 1L13A 1OVHA 1P2LA 1KY1A 1LGUA 4I7NA 4E97A 1CU2A 1D3NA 1L57A 2NTGA 4ARLA 1L0KA 1QT3A 1L80A 1L22A 1L42A 1L65A 2B7XA 4W52A 227LA 181LA 1C6FA 2O79A 1OVJA 4EXMA 1L28A 1L20A 177LA 225LA 3NYAA 145LA 3CDOA 189LA 1QTCA 2B74A 223LA 1P3NA 3PDSA 1L73A 1L48A 2OU8A 178LA 4ARPA 3SB7A 2LCBA 1G1WA 1LPYA 250LA 1OWYA 2O4WA 246LA 1CU6A 161LA 3DN6A 110LA 1G0JA 1QSBA 1G0KA 1L53A 2LZMA 1L10A 4W56A 1L32A 4S0WA 1CX6A 217LA 3EMLA 254LA 4EPFA 1OWZA 1L16A 122LA 248LA 1T6HA 3F8VA 259LA 3HDEA 190LA 2QARC 1KW7A 1LI6A 1QUOA 241LA 236LA 1L01A 3SBBC 222LA 258LA 111LA 1D3FA 1T8FA 1DYBA 1L52A 211LA 1OVKA 2QB0B 4DAJA 1LYHA 1CU0A 2HULA 1XJTA 4W59A 127LA 141LA 1G0LA 1L75A 2RB0X 2RBQA 1L94A 3L2XA 196LA 1L11A 1L30A 1C69A 1P6YA 239LA 2F32A 4DKLA 1L93A 6LZMA 108LA 209LA 1PQIA 2OU0X 1G1VA 3K2RA 125LA 112LA 1SSWA 2Z6BA 3HTGA 1D2WA 1P46A 3G3VA 2B6XA 1LGWA 3SBAA 3HU8A 3F9LA 1L54A 4PJZA 1L98A 1L83A 1I6SA 1P64A 113LA 3V2WA 1G0MA 1LW9A 1LGXA 2RH1A 1L12A 261LA 218LA 1SWYA 1L35A 1C65A 4OO9A 1G0GA 1L90A 2RB1X 1L23A 1L43A 1OV5A 1DYFA 147LA 1KS3A 1L88A 2RBRA 152LA 1EPYA 1L31A 123LA 224LA 4I7TA 3SB5A 229LA 1WTHA 146LA 1JTNA 1CV4A 2OE9X 1QUHA 1SX7A 140LA 139LA 1L17A 1L95A 2OU9A 1D3JA 4W58A 3DNAA 165LA 1QS5A 1C67A 174LA 1LYFA 160LA 1L45A 1XJUA 1L04A 4I7LA 188LA 1G07A 3C8SA 169LA 1QUDA 1G06A 4LZMA 3FI5A 144LA 1CUQA 4EJ4A 4I7MA 1L63A 1L92A 1C6BA 4YX7C 4ARMB 247LA 2B6YA 3HH3A 1L25A 3HT9A 1CV5A 4DJHA 3G3WA 1L21A 3C8QA 1C64A 109LA 1L49A 167LA 149LA 1L07A 191LA 3DN1A 1C68A 1C6PA 1L27A 138LA 1C6GA 3SB9A 1B6IA 1P2RA 1SWZA 253LA 2OE4X 3DN0A 172LA 244LA 1L58A 4W53A 1XEPA 1C6AA 1L29A 3DN3A 1LYEA 1L14A 4W51A 4I7RA 4I7OA 4YXAC 3RZEA 3DN8A 2RB2X 1L61A 2Q9EA 1L50A 1L05A 1L03A 1C61A 1QT7A 1CX7A 3C7YA 1P7SA 166LA 102LA 1L71A 1L85A 3GULA 1KY0A 128LA 1PQDA 176LA 1CVKA 1C60A 1L51A 4YXCA 2F47A 260LA 197LA 184LA 157LA 180LA 245LA 201LA 2RAYX 3G3XA 7LZMA 1CTWA 1T97A 4W54A 5I14A 252LA 2OTZX 3FA0A 242LA 142LA 150LA 3OE6A 1LYJA 2B6ZA 175LA 1P37A 3C81A 1LWGA 3C7WA 231LA 1L08A 2B73A 1NHBA 1QTHA 2LC9A 2B6TA 3GUPA 3HUQA 3HUAA 205LA 114LA 1L67A 2NTHA 3GUJA 3SN6R 1QTBA 3NY8A 4LDOA 3D4SA 3SB6A 4I7PA 3DMXA 4LDEA 3L64A 1LYIA 216LA 1L47A 3C80A 2RBSA 4ZPUA 1L89A 3DMVA 1SX2A 185LA 2B72A 1L91A 1L33A 2OEAX 4I7QA 3NY9A 206LA 1DYGA 3C8RA 2RAZX 3ODUA 4EKSA 1LYDA 3CDVA 1L82A 155LA 1CUPA 230LA 3GUIA 137LA 1OYUA 3GUOA 1C6MA 1L06A 3DKEX 1P5CA 3JR6A 1L36A 1L18A 1L09A 1L37A 2ANVA 237LA 192LA 1PQJA 1CV3A 1LLHA 1KNIA 1QT5A 1C66A 3OE0A 3OE9A 1L44A 2B75A 1L59A 2A4TA 1DYDA 2RBNA 212LA 182LA 3CDQA 3GUKA 3V2YA 148LE 126LA 3HH5A 1C6IA 143LA 1QS9A 186LA 1JTMA 4ARJA 1PQMA 1QUGA 1DYCA 1L70A 1L69A 226LA 198LA 257LA 1L97A 3HTDA 1C6QA 3GUMA 3QAKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D0LA 1C6NA 3E3DA 1C6JA 3HU9A 4H90A 4B49A 2NWDX 3LZTA 1L40A 4EKQA 214LA 4CFPA 4RLNA 4XJDA 1GD6A 1CJ6A 4K5YA 220LA 1NWGA 4U3XB 1GB7A 2HEFA 5T3FA 1NDGC 3TXDA 1AM7A 170LA 2OE7X 1HEMA 215LA 1GFRA 2H9JA 1CV6A 1C6EA 1OUCA 163LA 1B7MA 1IOSA 3LYMA 1L72A 3B0KA 4DQJA 1O23A 1L60A 1I56A 1L24A 1GE1A 4GN4A 1L56A 120LA 1QTKA 2EQLA 3MGWA 3SB8A 2BQNA 162LA 3HBEX 4CHXA 1P56A 151LA 232LA 4RW2A 4HPEA 4ARQB 3RUNA 1VAUA 5LZMA 5HLLA 1L76A 4AQNA 1LJ4A 1YROA 1XGPC 4HTNA 1CU5A 129LA 4GLVA 4NGWA 1G0PA 4ZFPA 156LA 1DQJC 4OWHA 1L66A 2B70A 2OTYX 1N4FA 2ZYPA 1XEKA 3F6ZA 2D4KA 107LA 1LSBA 4KPMA 131LA 2LZ2A 3J4GA 173LA 5L3IA 3HT8A 4WO6A 4BS7A 255LA 213LA 1LI2A 1C45A 1IO5A 3DMZA 5LVGA 1PQOA 1L38A 1QTVA 3FADA 4W94A 1LHMA 5LVIA 4XJGA 2Q9DA 3A92A 1DZBX 4A7DA 1CU2A 1D3NA 1L57A 2DQJY 2NTGA 1L0KA 1JKAA 1G7JC 1L22A 5K7OA 3AZ5A 1TEWA 3LN2A 1IWTA 3WU8A 208LA 1T6VL 4ETEA 177LA 4D9ZA 2BQBA 1LZ5A 1LZ1A 2LCBA 1G1WA 250LA 1OWYA 194LA 4E3UA 1CU6A 1XFPL 2MEBA 1OUAA 2LZMA 1L10A 2Y8PA 1RE2A 217LA 1OWZA 1L16A 1JJ1A 1T6HA 4NGOA 1GDXA 190LA 1YKZX 4N1CC 111LA 1OVKA 4DAJA 1KXYA 4LGKA 2HECA 3TMVA 5F9XA 1ZMYL 3P65A 3A6BY 1L11A 4XJFA 3TXKA 3G3BB 1LJIA 1SLYA 4TUNA 4ET8A 125LA 1GF0A 1XGUC 3HTGA 2HEEA 5APDA 1LSFA 1P46A 4H9CA 3WPKA 2EIZC 4AXTA 1TBYA 1L83A 135LA 1HMLA 1QUTA 1WQNA 2G4QA 2MEHA 261LA 3B72A 1CKCA 1SWYA 1L35A 1HFXA 1G0GA 147LA 1JISA 152LA 4I7TA 4LT3A 4KXIA 1CV4A 3TXBA 2D6BA 1UIFA 5LIOA 4RW1A 1BB6A 1UC0A 5FSTA 1L17A 2OU9A 4W58A 1RFPA 4TX7A 174LA 2X0AA 1LYFA 2XTHA 1XJUA 188LA 1P2CC 1G07A 3CT1A 1JEFA 1G06A 1XGTC 4QDNA 1AKIA 1YILA 1FLYA 3FI5A 1CUQA 3IWRA 1C6BA 1WQPA 3WW6A 5B05A 1GB2A 247LA 3ULRA 3HH3A 1FN5A 2ZIJA 3AJNA 3TXJA 5APEA 2C8OA 4DJHA 1HMKA 1LZBA 1L07A 1QUSA 2Z39A 1L27A 138LA 3SB9A 1ZVHL 1SWZA 1GE2A 4J1BA 1C6AA 4B4EA 4ETDA 1YAPA 1LJFA 1LJHA 4MR1A 1HC0A 1WQMA 1GF6A 1GB8A 2DQHY 4N1EI 1YKXX 4M4OA 3A90A 1LZSA 2D4JA 3DN8A 4N0JA 1L50A 5LAGA 5LVHA 1P7SA 3EO5A 3KAMA 2BQMA 2XJWA 4N5RA 2ZIKA 2W1LA 4YXCA 5FHWA 3A8ZA 4W54A 252LA 4NGLA 5KXPA 2OTZX 3B6LA 4P2EA 142LA 1JTOL 4OOTA 2F4AA 3D3DA 2ZWBA 2BQGA 1CJ7A 175LA 3C81A 1HF4A 1LWGA 3C7WA 3A94A 1L08A 1NMMA 3GXKA 5A3ZA 3GUPA 4HJZA 2Z19A 3HUAA 205LA 114LA 1L67A 3N9AA 4WM1A 1WQQA 4H9AA 1QTBA 3SB6A 2XBRA 4RDSA 1JWRA 1B0DA 2RBSA 5B59A 1LSDA 4DDCA 5FELA 4NSHA 2RAZX 4Z98A 4EKSA 1LYDA 5JENB 2Z18A 1D6QA 1INUA 1VDQA 2EPEA 3QY4A 1JSFA 1FLQA 1IOCA 137LA 3GUOA 5M1YA 3JR6A 1CKDA 2LYOA 1DI3A 2H9KA 1PQJA 1KNIA 1BB4A 1UUZC 4H94A 1IP1A 3IJUA 1GEVA 3BKVA 4PGJB 1B5VA 1SQ2L 126LA 2HEDA 1C6IA 143LA 1NBZC 5KXOA 2YVBA 4TTDA 1L69A 1VEDA 226LA 2IHLA 3WPJA 1GE3A 4L41A 3GUMA 1LSGA 1LZCA 4WLYA 2CWIA 2CUUA 2BQIA 1F6RA 3WH1A 4NWEA 3HDFA 158LA 5I5QA 1T8AA 3ATNA 5LVJA 240LA 4WG7A 228LA 195LA 1JKDA 1LJNA 3PBLA 1IY3A 3VWOA 1W6ZA 2HU3A 1IP6A 4LYZA 1QSQA 1VDTA 1DYEA 3SP3A 1K28A 1REMA 4EKRA 1MLCE 168LA 1LYYA 5B06A 1J1PY 3TXHA 2D91A 1OUJA 1YL0X 1LCNA 4G4CA 1L64A 1QT4A 1L84A 2FYCA 1L68A 2O7AA 1ZVYB 5IHGA 3M3UA 1D3MA 4XYYA 6LYZA 233LA 4IATA 243LA 2PC2A 119LA 1BVKC 3UONA 5HMJA 1CV1A 1KW5A 3CDTA 4G9SA 183LA 2YBHA 4I7SA 1SSYA 2HU1A 5C6LA 5KXLA 4LDLA 1L02A 200LA 4WLDA 1L55A 1QDTA 3OE8A 1L26A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D0L A;  1C6N A;  3E3D A;  1C6J A;  3HU9 A;  4H90 A;  4B49 A;  2NWD X;  3LZT A;  1L40 A;  4EKQ A;  214L A;  4CFP A;  4RLN A;  4XJD A;  1GD6 A;  1CJ6 A;  4K5Y A;  220L A;  1NWG A;  4U3X B;  1GB7 A;  2HEF A;  5T3F A;  1NDG C;  3TXD A;  1AM7 A;  170L A;  2OE7 X;  1HEM A;  215L A;  1GFR A;  2H9J A;  1CV6 A;  1C6E A;  1OUC A;  163L A;  1B7M A;  1IOS A;  3LYM A;  1L72 A;  3B0K A;  4DQJ A;  1O23 A;  1L60 A;  1I56 A;  1L24 A;  1GE1 A;  4GN4 A;  1L56 A;  120L A;  1QTK A;  2EQL A;  3MGW A;  3SB8 A;  2BQN A;  162L A;  3HBE X;  4CHX A;  1P56 A;  151L A;  232L A;  4RW2 A;  4HPE A;  4ARQ B;  3RUN A;  1VAU A;  5LZM A;  5HLL A;  1L76 A;  4AQN A;  1LJ4 A;  1YRO A;  1XGP C;  4HTN A;  1CU5 A;  129L A;  4GLV A;  4NGW A;  1G0P A;  4ZFP A;  156L A;  1DQJ C;  4OWH A;  1L66 A;  2B70 A;  2OTY X;  1N4F A;  2ZYP A;  1XEK A;  3F6Z A;  2D4K A;  107L A;  1LSB A;  4KPM A;  131L A;  2LZ2 A;  3J4G A;  173L A;  5L3I A;  3HT8 A;  4WO6 A;  4BS7 A;  255L A;  213L A;  1LI2 A;  1C45 A;  1IO5 A;  3DMZ A;  5LVG A;  1PQO A;  1L38 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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