177LA

Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWCEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFCTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 177lA00
1QTZA 1QTHA 180LA 2A4TA 259LA 1KY0A 3DN3A 1P64A 1QUHA 2HUKA 3HTDA 5I14A 156LA 160LA 1L95A 1SSYA 1L25A 1L10A 178LA 191LA 1D3NA 3GUKA 254LA 155LA 1OVJA 182LA 1P2RA 253LA 1L89A 1L13A 158LA 123LA 1C68A 3QAKA 1C6BA 1G0JA 4W56A 1L52A 4EKRA 200LA 3OE6A 1ZURA 3F8VA 4ZPUA 4I7JA 1JQUA 4EKSA 175LA 111LA 1L69A 252LA 4YX7C 142LA 176LA 4GBRB 1L97A 1SWZA 1JTNA 112LA 3DMXA 1QTVA 2HULA 205LA 3RUNA 1G0QA 206LA 233LA 110LA 1L31A 3C7ZA 118LA 128LA 224LA 3V2WA 2F47A 1L99A 3C83A 1C6FA 1L40A 3FA0A 1L83A 1LI2A 4AQNA 4DKLA 1L17A 1C6QA 3FI5A 2QARC 1C6IA 1SWYA 212LA 213LA 1P36A 4K5YA 210LA 1DYGA 1PQDA 1L37A 125LA 1G1VA 1L74A 104LA 2OU9A 3DMZA 1CU2A 1L15A 2HUMA 1L65A 1L55A 3CDQA 1L71A 2B6XA 3NYAA 1L80A 4I7QA 216LA 1L96A 2RBSA 4ARQB 166LA 1P3NA 1L35A 240LA 3HT6A 1L50A 1XJTA 3HTGA 1D2YA 3DN6A 234LA 1D9WA 1T8GA 218LA 1JTMA 1QS5A 2Z6BA 1G0MA 3GUPA 229LA 1C66A 187LA 1LI3A 1KW7A 3GUNA 4LDEA 1C60A 4W58A 1PQJA 4W53A 1C63A 1C6KA 4ARMB 3RZEA 114LA 127LA 119LA 3C8QA 3NY9A 239LA 258LA 2OE7X 1L44A 1CV5A 1L21A 3C8RA 130LA 1L49A 4W55A 3HU8A 1L54A 1L72A 3HU9A 1LLHA 190LA 195LA 1QT5A 3SB5A 2B6WA 3HDEA 146LA 3VW7A 1L68A 260LA 1D2WA 1C6HA 209LA 3HTFA 1L00A 3HDFA 1P5CA 120LA 3CDOA 3SB6A 2B74A 2RB2X 215LA 2B7XA 4W51A 3G3VA 1OWYA 2RBQA 4ARJA 6LZMA 1QT6A 1QTCA 4I7OA 1L39A 1QT8A 3HH6A 1WTHA 1L86A 237LA 1CV4A 164LA 3DMVA 4ARQA 1C64A 3LZMA 1SX2A 4I7KA 3DN0A 1T6HA 217LA 1L27A 2F32A 1L07A 1C6CA 1L19A 1KNIA 1QTBA 227LA 3SN6R 1L0JA 3HUQA 2RB1X 4EKPA 4LZMA 199LA 169LA 1K28A 1C6EA 2CUUA 3HT8A 4I7NA 1PQMA 3UONA 2L78A 1L30A 235LA 1TLAA 4ARMA 1L20A 3V2YA 1L63A 1G0KA 1SX7A 2B6ZA 1CU3A 1L02A 181LA 2B6YA 3OE8A 1L58A 1LWGA 1OYUA 1L26A 223LA 157LA 4EXMA 1QT3A 2O4WA 262LA 1L0KA 3CDRA 1L29A 1PQIA 1C6TA 3C7WA 1B6IA 1L04A 1L98A 1L73A 1L79A 242LA 1L87A 1T97A 3HH3A 1L93A 1CV6A 1G0GA 1C6AA 3HH5A 1L24A 1KY1A 1L92A 145LA 2Q9DA 1C6GA 2B72A 201LA 250LA 2RBRA 3G3XA 1KW5A 161LA 1L84A 1CV3A 1ZWNA 3CDVA 3DNAA 3HUAA 3GUIA 1L36A 2RAZX 1ZYTA 2OEAX 1P6YA 1L28A 1QT4A 2Q9EA 1L46A 3HWLA 3L64A 241LA 174LA 1C62A 2OTZX 3L2XA 170LA 150LA 1L88A 108LA 1C6MA 2OTYX 129LA 4PK0A 4EKQA 4S0WA 2RBOA 1OVHA 2O7AA 1P37A 1L22A 4W57A 1C67A 1CV0A 152LA 1CU0A 3JR6A 1LGWA 1C6NA 1LI6A 147LA 1G0LA 4I7TA 1L48A 4PJZA 189LA 1L81A 3GUOA 149LA 1KS3A 1C61A 3K2RA 4I7RA 3SB7A 230LA 167LA 2OU8A 4E97A 1C65A 2RAYX 1LYGA 2QB0B 221LA 4W59A 1CTWA 109LA 4I7SA 4EJ4A 222LA 243LA 220LA 249LA 2RH1A 3F9LA 1OV7A 3PBLA 251LA 1DYDA 1SSWA 177LA 1L61A 1NHBA 126LA 3SB9A 1L91A 3D4SA 1L05A 1L08A 3HT7A 3OE0A 232LA 1QUGA 2RBPA 1D3JA 140LA 1CUQA 1LYHA 1XEPA 1L32A 2NTHA 3G3WA 1CU5A 115LA 1L18A 1L45A 1L77A 255LA 3DKEX 1OV5A 122LA 1CX7A 2LZMA 159LA 1LWKA 1C69A 4YXCA 1D3FA 1L23A 1L60A 1L42A 2B70A 1PQOA 113LA 1CX6A 1I6SA 1OWZA 2OE9X 245LA 5LZMA 1L67A 1DYFA 4LDOA 2IGCA 1QT7A 1LGXA 1G07A 172LA 2O79A 1P2LA 2OU0X 148LE 1L47A 2ANVA 1L90A 1L14A 165LA 1XJUA 1LPYA 1T8FA 186LA 1L51A 1PQKA 1L82A 2F2QA 1CU6A 261LA 188LA 1QUOA 1L75A 2B73A 1QTDA 4ARPA 225LA 3C7YA 4I7LA 162LA 1T8AA 2LC9A 3C8SA 1C6LA 3EMLA 3HUKA 3CDTA 7LZMA 3HH4A 173LA 141LA 151LA 4YXAC 1L53A 1L56A 1CV1A 236LA 1CUPA 192LA 1C6DA 1DYBA 137LA 1LGUA 4LDLA 4I7MA 1L06A 1DYEA 1QSBA 246LA 103LA 184LA 1L66A 3DN1A 2B75A 1L43A 1P56A 4DJHA 4I7PA 102LA 1P46A 4W52A 1DYAA 248LA 1L09A 1L12A 2RB0X 3OE9A 3SB8A 4EPFA 168LA 3HTBA 1OVKA 1L11A 1LYJA 144LA 1L94A 1L70A 1LW9A 1L57A 4ARLA 3DN2A 107LA 2RBNA 1L33A 244LA 3FADA 1LYDA 257LA 3GUMA 3C81A 3NY8A 228LA 3DN4A 1L85A 4EPIA 183LA 1L34A 1L76A 3DN8A 1LYEA 3PDSA 2ANXA 198LA 1QS9A 3HT9A 185LA 3SBAA 139LA 214LA 3ODUA 4OO9A 1L41A 211LA 1G06A 1L59A 1LYFA 131LA 2NTGA 1CVKA 231LA 4GRVA 219LA 4IAPA 1G0PA 1L64A 1LYIA 2LCBA 1L01A 4W54A 2OE4X 1L38A 238LA 1DYCA 1G1WA 1QSQA 1EPYA 1C6PA 138LA 1P7SA 3GULA 1D3MA 1L03A 1L62A 1C6JA 163LA 3C82A 226LA 1QUDA 3GUJA 3SBBC 3C80A 256LA 143LA 196LA 1L16A 247LA 4DAJA 2B6TA 171LA 197LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QTHA 1SLYA 1FKQA 180LA 259LA 3DN3A 1P64A 4TTDA 5D5FA 3HTDA 160LA 1VDQA 4ET9A 1L25A 5APDA 1GE4A 3GUKA 4H91A 1BWHA 2I6ZA 1UCOA 3CSQA 4LZTA 1GHLA 158LA 1CKFA 3QAKA 1C6BA 1G0JA 3WULA 4H8XA 3F8VA 4C3WA 4ZPUA 3AZ6A 3GXKA 3W6EA 111LA 1L69A 1LZEA 1L97A 2BQOA 134LA 1JPOA 112LA 2N5ZA 3RUNA 2D4JA 1V7TA 2LZTA 1MLCE 4YOPA 3P64A 4KL7A 3C7ZA 1LAAA 1B9OA 4FDYA 3V2WA 3C83A 1B7MA 4OWEA 1B7RA 4ML7A 5KKJA 1P36A 4TSCA 1HEQA 5A3EA 1IWWA 210LA 1DYGA 1LJFA 1L37A 1PQDA 1DZBX 3DMZA 1HF4A 3AZ7A 1ALCA 2HUMA 1L55A 4I0CA 3EXDA 1L80A 1XGUC 1NDGC 4NHIA 1L50A 1GAZA 3DN6A 1IP7A 1GFKA 1T8GA 218LA 5J7CA 2DQFC 4OWCA 1CJ9A 1B7NA 1JJ1A 1T6VL 4U3XB 4OOOA 4GN5C 1G7HC 3RZEA 1LSGA 3B0IA 4H9AA 239LA 1LJHA 1JKBA 1L44A 1YAOA 4B1AA 1L49A 4NGIA 1GBSA 4W55A 3CT5A 1IX0A 1LLHA 190LA 1CJ6A 1QIOA 4CFPA 6LYZA 1C6HA 4NHTA 1YAPA 5B59A 209LA 2BQJA 4Z3MA 1HFXA 5LVHA 4DQ5A 3SB6A 4W51A 5HMJA 3FE0A 2BLXA 3EO5A 3G3VA 1OWYA 4YF2A 1QTCA 1WVVA 1L39A 1QT8A 3A91A 1B7SA 4TX7A 1L86A 2F30A 217LA 2W1XA 2Z18A 3A6BY 1KNIA 1NKHA 1QTBA 5LA5A 4LT2A 2RB1X 1FKVA 4YEOA 169LA 3WH1A 1O23A 1LJJA 1TLAA 3V2YA 2B6ZA 1GBXA 2B6YA 4OWAA 1OYUA 223LA 3A67Y 4WLYA 5FEKA 3HBHA 2MEFA 3TXHA 1B0DA 3CDRA 1G7MC 3LYMA 3N9AA 1CNSA 5FDJA 1L04A 4WM3A 1L73A 1L79A 1JKCA 1L93A 1CV6A 3HH5A 1C6AA 1LSYA 4NGYA 1KY1A 1L92A 145LA 2Q9DA 5LAFA 4H9IA 3G3XA 2XTHA 4HSFA 1L84A 4DD0A 1CV3A 1JITA 1RFPA 3CDVA 3DNAA 3IJVA 3GUIA 1ZYTA 2WARA 1L46A 3L64A 1ZVYB 241LA 2HEEA 2IHLA 4G4BA 4NGOA 4WO9A 5F9XA 108LA 1LJIA 1C6MA 1OUFA 4H94A 4PK0A 4S0WA 1JTOL 4H9HA 1TAYA 4OOTA 1GB6A 1CV0A 3TXIA 1XEKA 4H90A 4N1CC 1L48A 4GLAA 4ZFPA 5LYTA 3J4GA 1GB0A 5KY1A 1CJ7A 3WVYA 4II8A 230LA 1IR8A 3A3RX 1JTTL 1OUBA 1LSPA 2RAYX 1LYGA 5KXWA 5B06A 1BHZA 249LA 3F9LA 2HUBA 3E3DA 4DC4A 177LA 3W3EA 1EQ5A 1L61A 2FYCA 1L08A 1GFEA 3WUMA 2MEHA 1QUGA 3A90A 4C5FA 1LSFA 1NQIA 1XEPA 2A7DA 3K3TA 4LT0A 1CU5A 3W6BA 1B7OA 3EMSA 1IP3A 3D9AC 3DKEX 1OV5A 4WLDA 4BADA 2DQAA 2RSCA 1IC4Y 5I54A 1LWKA 1C69A 3ZVQA 3W6AA 3J6KA 1CKHA 5FHWA 4HJZA 1PQOA 1I6SA 1OWZA 3TXFA 2CDSA 1DYFA 4LDOA 5F16A 1QT7A 5IDDA 4DYGA 1BVXA 1CKDA 3EBAB 1IOSA 1G07A 2OU0X 5KXYA 2ANVA 1L90A 3AW6A 1TCYA 165LA 1XJUA 1LPYA 1LZCA 3HFMY 1PQKA 2F2QA 4J7VA 1QUOA 2XBRA 2BQGA 1HEWA 3C7YA 1LZ1A 5KXXA 1GB7A 4GN4A 1RI8B 7LZMA 3HH4A 2Y8PA 4NGJA 2YBJA 1DQJC 4HV2A 4ZIXA 2YBNA 1TBYA 1GF5A 1LHHA 1GB3A 1QSBA 1BB3A 3DN1A 1P56A 1LSCA 1NMMA 4W52A 4EPFA 5FSTA 3HTBA 1OVKA 2W1YA 1VAUA 4WO6A 4H9BA 4LYCA 1KIQC 3FADA 1LYDA 257LA 1H6MA 1B2KA 3QNGA 1KXWA 4ETBA 228LA 1HHLA 3T36A 183LA 1REYA 1GF3A 1H87A 4AXTA 5KXKA 1L76A 1VDPA 1F10A 2DQCY 3LYZA 1QS9A 185LA 1JWRA 3A6CY 3ODUA 4DD9A 1NBZC 1L41A 1JSEA 1LYFA 4GLVA 4PJ2C 4NFVA 4NGKA 1CVKA 4GRVA 2YSSC 1L64A 2C8PA 2DQEY 5KJ9A 238LA 1FLQA 1QSQA 138LA 4NG1A 5APCA 1L03A 1C45A 3C82A 226LA 2HEDA 3C80A 1GF6A 196LA 4H9CA 1IORA 1GDWA 1J1XY 4H9FA 2DBTA 1KY0A 2HUKA 5KXTA 5I14A 156LA 1A4VA 1SSYA 1UIBA 191LA 1LSZA 155LA 1HELA 4LFPA 1UA6Y 1P2RA 3TMUA 1L89A 1L13A 4UWNA 5KXZA 4RW1A 4P2EA 135LA 200LA 1LPIA 3A34A 1UIAA 4EKSA 1HENA 207LA 1G7IC 2HULA 205LA 5DM9A 1BVKC 206LA 1LHKA 5FCPA 233LA 110LA 2CGIA 1L31A 1DPWA 1RE2A 2XJWA 2MEEA 1L99A 1L40A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QTH A;  1SLY A;  1FKQ A;  180L A;  259L A;  3DN3 A;  1P64 A;  4TTD A;  5D5F A;  3HTD A;  160L A;  1VDQ A;  4ET9 A;  1L25 A;  5APD A;  1GE4 A;  3GUK A;  4H91 A;  1BWH A;  2I6Z A;  1UCO A;  3CSQ A;  4LZT A;  1GHL A;  158L A;  1CKF A;  3QAK A;  1C6B A;  1G0J A;  3WUL A;  4H8X A;  3F8V A;  4C3W A;  4ZPU A;  3AZ6 A;  3GXK A;  3W6E A;  111L A;  1L69 A;  1LZE A;  1L97 A;  2BQO A;  134L A;  1JPO A;  112L A;  2N5Z A;  3RUN A;  2D4J A;  1V7T A;  2LZT A;  1MLC E;  4YOP A;  3P64 A;  4KL7 A;  3C7Z A;  1LAA A;  1B9O A;  4FDY A;  3V2W A;  3C83 A;  1B7M A;  4OWE A;  1B7R A;  4ML7 A;  5KKJ A;  1P36 A;  4TSC A;  1HEQ A;  5A3E A;  1IWW A;  210L A;  1DYG A;  1LJF A;  1L37 A;  1PQD A;  1DZB X;  3DMZ A;  1HF4 A;  3AZ7 A;  1ALC A;  2HUM A;  1L55 A;  4I0C A;  3EXD A;  1L80 A;  1XGU C;  1NDG C;  4NHI A;  1L50 A;  1GAZ A;  3DN6 A;  1IP7 A;  1GFK A;  1T8G A;  218L A;  5J7C A;  2DQF C;  4OWC A;  1CJ9 A;  1B7N A;  1JJ1 A;  1T6V L;  4U3X B;  4OOO A;  4GN5 C;  1G7H C;  3RZE A;  1LSG A;  3B0I A;  4H9A A;  239L A;  1LJH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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