177LA

Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWCEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFCTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 177lA00
1OVKA 1C6IA 249LA 165LA 4I7PA 2A4TA 1L36A 4I7SA 4I7JA 1ZURA 3DNAA 1L41A 1L57A 240LA 3HDEA 182LA 1L28A 3G3VA 1C6AA 1QUGA 1LW9A 3F9LA 175LA 1B6IA 2O79A 1L18A 1L09A 129LA 1L02A 261LA 3C83A 1QT7A 103LA 1XEPA 245LA 2OTYX 1D3JA 111LA 1LYDA 1G0MA 1CV0A 212LA 3LZMA 198LA 3HT7A 1L86A 2OU0X 3FA0A 1LLHA 1L0KA 1C69A 1L22A 262LA 1JQUA 1L73A 252LA 1LGUA 233LA 228LA 3GUKA 1L67A 1L27A 1LI3A 1L61A 2QB0B 4ARJA 1CUQA 1C6QA 3FI5A 4ARLA 1CU0A 4I7OA 1L35A 1G0LA 4I7KA 234LA 4EJ4A 166LA 1QSQA 2RBPA 3SBAA 4ARQA 185LA 173LA 1L0JA 2B72A 1QT8A 2RBQA 1C61A 4W57A 1T8GA 1L45A 3SB9A 2ANXA 2B6WA 1CU6A 236LA 1L33A 1QUDA 226LA 1C63A 3HH4A 1L56A 2RBOA 4W56A 205LA 1L13A 1T8AA 1L85A 1WTHA 1L63A 1L46A 230LA 3DN4A 1L53A 3D4SA 2HULA 4W58A 201LA 1L54A 3G3WA 214LA 2OE4X 3CDTA 1QTBA 4PK0A 4E97A 1P3NA 3C82A 138LA 1L58A 4DAJA 222LA 3DMXA 152LA 1L03A 1L88A 147LA 4LDEA 2RBNA 3SN6R 1OV5A 2OEAX 1EPYA 1P37A 3PDSA 160LA 3EMLA 1G0PA 1G06A 169LA 6LZMA 2F47A 1C6BA 1L37A 3NYAA 3DN6A 210LA 3HUAA 118LA 5I14A 1LYGA 190LA 1C60A 1C64A 1SX7A 1KW7A 137LA 168LA 1L76A 3C7WA 4I7MA 1LYEA 3OE6A 4IAPA 1L65A 206LA 1P7SA 110LA 1DYDA 148LE 1LYFA 239LA 4W55A 188LA 1L75A 1OWYA 2B74A 1C6LA 183LA 4ZPUA 4ARMB 3K2RA 2B73A 1L92A 1KS3A 1LYIA 1LI6A 3JR6A 1CV4A 3GUNA 1LYJA 1QSBA 2NTGA 1D2YA 1L52A 1QTZA 128LA 1L87A 130LA 1L71A 1L11A 4EKQA 3HU9A 3DN8A 3C7YA 131LA 114LA 3DN3A 1D3NA 1P5CA 238LA 1L39A 2RB2X 3HDFA 1D2WA 1C6NA 1L38A 1L95A 1LGWA 2RBSA 1L80A 3SB5A 1PQKA 1L66A 1L84A 176LA 4S0WA 1OWZA 237LA 2O7AA 3QAKA 164LA 151LA 248LA 108LA 1G0QA 1C6PA 243LA 254LA 4I7RA 1G0JA 2OU8A 4YXAC 1C6HA 2HUMA 123LA 161LA 3HT8A 4ARPA 259LA 1OVJA 3G3XA 171LA 195LA 1L14A 1L93A 1LWGA 1L06A 2RB0X 3OE9A 1G1VA 1DYBA 3HT6A 1DYAA 218LA 192LA 2LCBA 1QTHA 1L77A 3C80A 1L29A 251LA 213LA 3C81A 3GUPA 1P6YA 1QTDA 112LA 1L90A 199LA 1L55A 200LA 1P2LA 3HWLA 4W53A 235LA 4ARMA 1L30A 1XJUA 1L79A 1L47A 1G07A 1LPYA 1LGXA 1KY0A 3GUMA 1QS5A 1C65A 140LA 2OU9A 260LA 2Z6BA 1QUOA 1L49A 3OE8A 1KW5A 1G0KA 3HUQA 120LA 1P56A 255LA 115LA 1ZWNA 3DKEX 1JTNA 1L40A 1L16A 216LA 1L10A 144LA 1L91A 3CDRA 4I7QA 1DYGA 3GULA 2B6TA 4YX7C 2RB1X 2ANVA 2B6XA 172LA 1C6CA 2F32A 7LZMA 1L15A 1L17A 1L89A 1P36A 1QT3A 1L51A 241LA 229LA 3DN2A 4EPIA 2RAZX 1I6SA 4EKSA 139LA 1CV5A 1LI2A 215LA 3L64A 3DMVA 1OVHA 1DYCA 258LA 126LA 1SSWA 125LA 3HTFA 3RUNA 3DN1A 2B6ZA 242LA 225LA 2Q9EA 187LA 3C8RA 1QS9A 4EPFA 3HUKA 3PBLA 141LA 167LA 1L99A 145LA 4I7TA 1L70A 3C7ZA 1L12A 5LZMA 127LA 1T6HA 1CU5A 1L82A 209LA 180LA 1L20A 3HT9A 4EKPA 181LA 4I7LA 3C8QA 1C6DA 122LA 1C66A 1QT5A 4AQNA 113LA 3HTBA 1C6FA 1L08A 221LA 1C6GA 3HU8A 3UONA 2OE9X 4W52A 186LA 246LA 232LA 1L34A 244LA 3CDVA 1L44A 1CTWA 2F2QA 1C67A 1L50A 1L81A 1QT6A 1TLAA 4W59A 2OE7X 184LA 247LA 2B75A 1L26A 2B6YA 4EKRA 191LA 220LA 174LA 1L31A 3RZEA 2B70A 1L72A 1SWYA 4YXCA 211LA 1QUHA 3GUIA 3F8VA 1CV3A 219LA 189LA 1DYFA 2O4WA 1L32A 1T8FA 1P2RA 1XJTA 2HUKA 196LA 1QT4A 1SWZA 3GUOA 3SB7A 1C6MA 227LA 1C62A 1L64A 4GRVA 1PQIA 1L60A 2QARC 1CUPA 1L69A 2RH1A 155LA 1G1WA 1C6EA 150LA 223LA 1T97A 107LA 1L00A 157LA 2LZMA 2LC9A 1P46A 1L48A 257LA 3L2XA 1LWKA 1CX6A 1C6KA 2IGCA 1ZYTA 4LZMA 1L62A 1KNIA 1PQJA 224LA 4DKLA 1C6TA 1L43A 1L97A 3NY8A 1L23A 3CDOA 4W51A 4LDOA 3ODUA 4DJHA 4I7NA 1LYHA 217LA 3HH6A 3DN0A 4OO9A 1PQDA 3FADA 1OV7A 2B7XA 109LA 1L98A 162LA 2CUUA 197LA 1L01A 1CV1A 253LA 1SX2A 3CDQA 1SSYA 178LA 1P64A 1L59A 3HTDA 3SB6A 2RAYX 3VW7A 2RBRA 3HH3A 1CX7A 1G0GA 1L42A 3C8SA 1L24A 3HH5A 159LA 3DMZA 3NY9A 177LA 1CVKA 1DYEA 1D9WA 1CV6A 2L78A 2NTHA 1JTMA 1NHBA 4K5YA 4W54A 1L96A 3OE0A 1K28A 1C68A 1PQOA 4ARQB 1L94A 3SBBC 4GBRB 250LA 158LA 142LA 146LA 1L04A 1CU3A 231LA 163LA 1L05A 256LA 3GUJA 4PJZA 1L83A 1QTVA 2OTZX 1QTCA 156LA 1L07A 143LA 2Q9DA 1L68A 4LDLA 1KY1A 1C6JA 3V2YA 149LA 104LA 3HTGA 1D3MA 1L21A 1L25A 3V2WA 1L74A 3SB8A 4EXMA 1L19A 119LA 1D3FA 1CU2A 1PQMA 170LA 1OYUA 102LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GE1A 3WUAA 1C6IA 249LA 4TWSA 1L36A 1NKHA 4HTQA 4I7JA 1ZURA 5B1FA 1L41A 240LA 4LZTA 1IWTA 1C08C 1L28A 1C6AA 1LW9A 5KXWA 4NY5A 1HENA 1L09A 1L02A 2ZWBA 2ZQ3A 5LIOA 3TMUA 3C83A 3TXHA 1GE3A 1XEKA 2OTYX 1HC0A 1LYDA 5LA5A 3LZMA 1N4FA 3HT7A 2DQHY 4RW2A 2OU0X 3FA0A 4WM1A 1B7PA 1C69A 1L73A 252LA 1CJ7A 3RU5A 4Z98A 1L27A 4N5RA 2RSCA 1DKJA 1CUQA 3FI5A 5ILCA 5LVHA 1LMNA 1L35A 2MEEA 4BAFA 234LA 4EJ4A 4ARQA 5K7OA 3ZVQB 4B4IA 1QT8A 2RBQA 1C61A 1YAOA 1UIHA 3SB9A 1CU6A 5T3FA 2EKSC 4XJDA 207LA 2RBOA 1FLUA 5M1YA 205LA 1T8AA 1L85A 1WTHA 1L63A 3D4SA 4J1BA 1L54A 1IWYA 4ZEEA 3CDTA 2Z12A 4PK0A 4G4BA 5D5CA 138LA 1I20A 4GLVA 3DMXA 1JHLA 1L03A 3RNXA 4P2EA 1P37A 4H9IA 3LYZA 5F9UA 1CKHA 2HEBA 210LA 118LA 2F4GA 1CNSA 1L76A 5KKIA 1HEMA 1GFJA 1L65A 4NGLA 3WVXA 3W6DA 1LJEA 4W55A 4N9RA 1LCNA 2G4PA 3A3RX 183LA 4ZPUA 2BQAA 3K2RA 3LZTA 2ZIKA 4I8SA 1B5WA 1CKGA 3ZVQA 1CV4A 3GUNA 4B49A 1LYJA 1QSBA 2BLYA 1D2YA 2BQMA 3ATOA 1QTZA 1LKRA 1IP6A 4MSTA 1HFYA 1UICA 2FYDA 4DT3A 1L71A 5KKJA 3C7YA 4BADA 3TMVA 1P5CA 1GDWA 5A3ZA 1LZTA 3HDFA 1WTMA 1L95A 3FI7A 1JSEA 3P64A 1L84A 3TXBA 1IO5A 4Z46A 1WQRA 3W6AA 1G0QA 2CGIA 1HEPA 3B6LA 2OU8A 3LHMA 1IX0A 1JJ3A 3AGIA 4X3BA 2XTHA 2VB1A 2RB0X 1FN5A 5I5QA 3OE9A 1LJKA 1EQEA 1BB4A 3AGHA 218LA 192LA 1ALCA 2AUBA 1L77A 1GEZA 1L29A 1HSWA 1VDQA 1B5ZA 1LZ6A 1LZDA 4OOOA 1HEQA 199LA 1FBIX 1L55A 3TXEA 4W53A 235LA 2MEDA 1L79A 1GHLA 5DN5A 1QTKA 4LYMA 1LPYA 1LZ1A 3FE0A 1LSNA 2HUBA 2MEAA 1IOSA 2N5ZA 260LA 1OUEA 1QUOA 4C3WA 115LA 3DKEX 1JTNA 1L10A 144LA 3CDRA 1UBZA 1REZA 2B6TA 2RB1X 3A34A 2B6XA 2MEHA 1BQLY 4NFVA 2LYMA 2LZ2A 1B7SA 1GB6A 3DN2A 4EPIA 4EKSA 1GFHA 2WARA 4DDAA 1YL0X 1YIKA 1DYCA 1REMA 5B07A 126LA 3HTFA 3RUNA 3DN1A 1W6ZA 4WG7A 242LA 5LINA 2Q9EA 2Z38A 1YKXX 3A91A 1LSGA 135LA 1LJ4A 1G7MC 4KPMA 4DD2A 1RFPA 1T6HA 5FELA 4DDBA 1CU5A 1KIQC 4KT3A 1OUAA 1B7RA 3QNGA 180LA 3HT9A 181LA 1LZAA 3F6ZA 3C8QA 1C6DA 1C66A 5APFA 4W94A 113LA 1UUZC 1C6GA 3UONA 3QE8A 1JEFA 1HFZA 3P65A 1HERA 1LMAA 246LA 4LT2A 3VWOA 1L44A 1XSFA 1L81A 1GF0A 2B6YA 174LA 4GCFA 3A96A 1L72A 208LA 1CJ8A 3WU9A 2XJWA 2Z39A 4LYTA 1CV3A 1T3PA 2O4WA 1P2RA 2FYCA 1QT4A 1SWZA 1JJ1A 4GCEA 5L3IA 1H6MA 155LA 2HECA 1OUHA 2MEBA 4ETBA 150LA 2DKVA 223LA 1L00A 157LA 5FDJA 1L48A 257LA 1OQMA 1ZYTA 1KNIA 1GFGA 1C6TA 1L43A 1L97A 4DJHA 1GE0A 1XGRC 1PS5A 3DN0A 3MGWA 1LMPA 2B7XA 2YDGA 197LA 1HNLA 5E9RA 1GB2A 253LA 4NGVA 3HTDA 2RAYX 3VW7A 1VDSA 1CX7A 2YBJA 1GXXA 3NY9A 177LA 3GXKA 1D9WA 1CV6A 2NTHA 4N1EI 4W54A 1LZGA 1GBSA 3M18B 2D4JA 3LN2A 3N9EA 2FBDA 146LA 163LA 256LA 4BAPA 1UC0A 1QTCA 3TXJA 156LA 1LJGA 4XJGA 1YAQA 3RW8A 1CKDA 1L74A 1REXA 4EXMA 119LA 4ANRA 1NBYC 1VEDA 3CSQA 2NWDX 1OYUA 3WUMA 5IDDA 165LA 4LYBA 5B59A 1UCOA 3DNAA 1L57A 1GAYA 1QUGA 4TSBA 3AZ6A 1B6IA 2O79A 2W1LA 4B0DA 261LA 1LZSA 3WU8A 3RT5X 1QT7A 5HQ1A 4QY9A 4HPIA 4OOTA 1D3JA 4NGOA 4EMNA 111LA 4Z41A 1CV0A 1LJJA 1CKCA 5EBHA 1JQUA 1B5XA 1LGUA 233LA 1L67A 1L61A 1H87A 4H9BA 1C6QA 3CSZA 1KXWA 1LJFA 1QSQA 2ZNWY 185LA 173LA 1L0JA 4W57A 1L45A 1DQJC 2ANXA 5DM9A 4CGEA 2H9KA 2B6WA 1L33A 1LSPA 4WO6A 3HH4A 4W56A 1LHIA 4YM8A 1L46A 230LA 1XEIA 4MR1A 4NEBA 5KXTA 4WLXA 3G3WA 1IWZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1GE1 A;  3WUA A;  1C6I A;  249L A;  4TWS A;  1L36 A;  1NKH A;  4HTQ A;  4I7J A;  1ZUR A;  5B1F A;  1L41 A;  240L A;  4LZT A;  1IWT A;  1C08 C;  1L28 A;  1C6A A;  1LW9 A;  5KXW A;  4NY5 A;  1HEN A;  1L09 A;  1L02 A;  2ZWB A;  2ZQ3 A;  5LIO A;  3TMU A;  3C83 A;  3TXH A;  1GE3 A;  1XEK A;  2OTY X;  1HC0 A;  1LYD A;  5LA5 A;  3LZM A;  1N4F A;  3HT7 A;  2DQH Y;  4RW2 A;  2OU0 X;  3FA0 A;  4WM1 A;  1B7P A;  1C69 A;  1L73 A;  252L A;  1CJ7 A;  3RU5 A;  4Z98 A;  1L27 A;  4N5R A;  2RSC A;  1DKJ A;  1CUQ A;  3FI5 A;  5ILC A;  5LVH A;  1LMN A;  1L35 A;  2MEE A;  4BAF A;  234L A;  4EJ4 A;  4ARQ A;  5K7O A;  3ZVQ B;  4B4I A;  1QT8 A;  2RBQ A;  1C61 A;  1YAO A;  1UIH A;  3SB9 A;  1CU6 A;  5T3F A;  2EKS C;  4XJD A;  207L A;  2RBO A;  1FLU A;  5M1Y A;  205L A;  1T8A A;  1L85 A;  1WTH A;  1L63 A;  3D4S A;  4J1B A;  1L54 A;  1IWY A;  4ZEE A;  3CDT A;  2Z12 A;  4PK0 A;  4G4B A;  5D5C A;  138L A;  1I20 A;  4GLV A;  3DMX A;  1JHL A;  1L03 A;  3RNX A;  4P2E A;  1P37 A;  4H9I A;  3LYZ A;  5F9U A;  1CKH A;  2HEB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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