178LA

Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWCEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFCTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein flexibility and adaptability seen in 25 crystal forms of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteriophage t4
total genus 60
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 178lA00
1D3JA 1CTWA 1L39A 1WTHA 2OTYX 252LA 2B72A 1L94A 1CVKA 1L32A 1P56A 174LA 253LA 224LA 3NYAA 3GUJA 1L59A 1QTVA 1L88A 1L60A 1L38A 241LA 3DKEX 1CV4A 228LA 1QT7A 1L61A 225LA 4EKRA 3GUMA 4ARMA 1P5CA 3K2RA 2RBPA 2B6WA 1L48A 239LA 3SBBC 4IAPA 1QT6A 4ARPA 2NTGA 147LA 156LA 158LA 173LA 3HT7A 115LA 2Q9EA 111LA 3CDVA 107LA 131LA 1C6HA 3DN2A 113LA 1C6QA 4EKSA 126LA 2LZMA 1JTNA 1T6HA 3L2XA 1LPYA 1QT8A 1LYFA 3ODUA 1L90A 2NTHA 2O4WA 237LA 161LA 4OO9A 1L57A 2RBOA 4I7LA 3GUPA 2ANXA 3HU9A 1PQDA 3C7ZA 2OE7X 1ZURA 3C8RA 240LA 3DMXA 3HDEA 112LA 1L72A 1L17A 5LZMA 1CV0A 1LGWA 2F32A 1OVJA 2O7AA 3SN6R 1L76A 169LA 1CU6A 183LA 1QSQA 245LA 1C66A 149LA 3G3VA 1CV1A 1OV5A 205LA 4PK0A 2RB1X 143LA 250LA 1C62A 127LA 1C61A 2RAYX 1QT4A 184LA 1L55A 2HULA 5I14A 1L01A 1L73A 1C6LA 1QUHA 4I7SA 4W57A 1QTZA 1LYIA 1G07A 1OV7A 256LA 1QT5A 1C6KA 4EKPA 1QS9A 1L40A 3HH3A 4YX7C 3HWLA 1SWZA 209LA 4S0WA 261LA 1T8GA 1L98A 1G1WA 1L33A 4I7NA 3DN6A 4ZPUA 118LA 120LA 178LA 221LA 191LA 159LA 1L36A 4LDEA 1C6DA 4ARQB 2RAZX 1L15A 3HTFA 2RBRA 103LA 1G0GA 1P2RA 1C6NA 1ZWNA 3GUKA 1CV5A 155LA 2OU8A 157LA 3DN3A 2RB2X 146LA 1DYGA 226LA 1C6AA 1L77A 3OE8A 199LA 188LA 1L82A 1L02A 1C60A 4I7QA 170LA 1KY0A 2OEAX 1L79A 2O79A 1C67A 182LA 1LGXA 1PQKA 1L25A 3OE6A 1T8FA 1XEPA 4I7KA 1D3MA 1P2LA 1CX7A 2B6XA 1L87A 1L97A 3DN1A 1P7SA 2B70A 4LZMA 1PQMA 139LA 1JTMA 1L28A 1I6SA 3PDSA 4LDLA 1C6FA 2QB0B 3SB7A 151LA 213LA 3DN0A 187LA 1L35A 2L78A 1L93A 223LA 130LA 3RZEA 219LA 254LA 1QT3A 4ARMB 1T97A 2OTZX 163LA 192LA 3NY9A 1C6IA 1L84A 1EPYA 3C81A 244LA 114LA 211LA 1DYCA 1G0JA 1G0PA 1P64A 128LA 3C7YA 238LA 3SB5A 165LA 3HU8A 1L99A 201LA 4EPIA 1L96A 1L47A 4DAJA 1L67A 2OU9A 148LE 1L49A 1L09A 3HDFA 3CDTA 1L54A 1CV3A 1P3NA 212LA 214LA 1C69A 1L12A 1K28A 4W55A 1L63A 2B6YA 1B6IA 1C64A 1KW7A 1PQJA 233LA 1L37A 3SB8A 189LA 2Q9DA 138LA 3CDQA 4W59A 1SWYA 4EXMA 1C6TA 1CX6A 242LA 1L80A 180LA 1L06A 1LWGA 1XJTA 145LA 4W52A 2RB0X 3L64A 3DMVA 3F9LA 3OE9A 1L14A 1L46A 2HUMA 259LA 3HH5A 4GBRB 4K5YA 4W54A 152LA 3CDOA 247LA 1G0KA 150LA 1L16A 1L64A 257LA 119LA 1L26A 1P37A 1P6YA 1L65A 215LA 1L05A 1XJUA 3FA0A 1L71A 243LA 3NY8A 3V2WA 1L11A 1G0QA 1L30A 167LA 3HT6A 1G1VA 2OU0X 109LA 210LA 3SB9A 4I7PA 1D3FA 1G06A 1CUPA 3FADA 3HUKA 1CU3A 3RUNA 1L24A 1L86A 1CUQA 1L85A 137LA 1LI2A 1L92A 3HT8A 1L56A 3HUQA 1LYDA 1DYBA 1L07A 230LA 4PJZA 1LYJA 3C8QA 3CDRA 3D4SA 4YXCA 3C8SA 236LA 3C83A 181LA 1L53A 258LA 3EMLA 164LA 3DMZA 1DYDA 3G3XA 1PQOA 1L74A 1LWKA 3UONA 3C82A 2B73A 1P36A 1D2WA 229LA 1L81A 4W58A 1PQIA 227LA 2A4TA 102LA 1L50A 3GUOA 2QARC 1ZYTA 1L58A 1L75A 3GUNA 1SX2A 1C65A 1OWZA 3LZMA 4I7TA 1L22A 1QUOA 4EKQA 248LA 1SX7A 4DKLA 200LA 1L43A 3HTBA 3HH4A 195LA 4DJHA 3JR6A 1L08A 1L83A 172LA 3SB6A 144LA 1SSWA 2RH1A 1C6GA 1LYGA 1LYEA 1QUGA 3VW7A 4EPFA 3HTGA 235LA 1QS5A 4I7MA 1L62A 1CU0A 1L10A 4W51A 3HTDA 1L70A 177LA 1DYFA 3HT9A 2ANVA 3FI5A 2F47A 198LA 4W53A 4ARLA 1L66A 142LA 2B7XA 251LA 1L42A 190LA 110LA 1L45A 1JQUA 1L89A 3C80A 3QAKA 1L31A 1QTBA 1G0MA 1LI3A 1LLHA 216LA 3DN8A 4GRVA 4E97A 1DYEA 1OWYA 2OE4X 3GULA 1DYAA 1OVKA 2B75A 262LA 3G3WA 231LA 4AQNA 1D9WA 3HH6A 3V2YA 234LA 1L27A 220LA 196LA 1L20A 1L68A 1KY1A 176LA 1L34A 1L00A 2Z6BA 4ARJA 160LA 1C6CA 1T8AA 2RBQA 1L13A 4LDOA 166LA 197LA 217LA 1KNIA 2F2QA 4I7OA 1LW9A 3HUAA 4YXAC 1D2YA 1C6JA 168LA 1L23A 1L91A 2B6TA 255LA 1L03A 1L95A 125LA 1CU2A 1QTCA 3DN4A 1OVHA 1L29A 1L69A 1C63A 122LA 1C68A 2OE9X 260LA 2B6ZA 1OYUA 1SSYA 249LA 4W56A 1D3NA 1G0LA 3C7WA 141LA 1KW5A 175LA 129LA 1TLAA 222LA 4I7JA 1L0KA 1C6EA 1L19A 3SBAA 1L44A 4EJ4A 1L41A 1L18A 1L04A 104LA 1CU5A 6LZMA 3DNAA 162LA 171LA 2RBSA 3PBLA 1L52A 1NHBA 4ARQA 1LI6A 1L0JA 2RBNA 1C6PA 123LA 2LCBA 218LA 1L21A 2LC9A 3GUIA 2CUUA 1LGUA 1LYHA 3OE0A 206LA 1KS3A 2IGCA 246LA 1QTHA 2HUKA 1QTDA 1L51A 1QUDA 140LA 1C6MA 2B74A 4I7RA 108LA 7LZMA 1CV6A 232LA 186LA 3F8VA 185LA 1C6BA 1QSBA 1P46A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D3JA 1AKIA 4Z3MA 252LA 3N9EA 1L94A 4LYZA 1CVKA 1LMAA 253LA 2VB1A 224LA 4NGWA 4DDAA 4PJ2C 1H87A 1CV4A 1HEQA 1L61A 1DI3A 1IWWA 1WVVA 3K2RA 2B6WA 239LA 1WQRA 1JEFA 1QT6A 3VWOA 4J1BA 4H94A 1LJEA 158LA 115LA 3CDVA 3WU7A 131LA 1C6HA 2BQLA 4QDNA 1LPYA 5C6LA 1QT8A 1LYFA 4U3XB 1T6VL 4OO9A 2BPUA 2RBOA 1IWXA 4I7LA 1G7IC 1XGRC 2ANXA 3ZVQB 4LYCA 1GBOA 3B0OA 1C46A 240LA 3HDEA 4LT3A 1BWJA 2CDSA 1GHLA 1OVJA 1QSWA 2O7AA 3RU5A 1L76A 3WW5A 169LA 3A8ZA 1CU6A 4ANRA 4IJ4A 4WM2A 245LA 1C66A 1JKDA 205LA 2RB1X 2YSSC 250LA 1C61A 5LAFA 1B7QA 1QT4A 1VEDA 1L55A 3FE0A 1IR9A 1C6LA 3WPJA 4I7SA 1UCOA 133LA 1OUEA 3P68A 1QS9A 1OUGA 1VDSA 2BQIA 4S0WA 261LA 4I7NA 1L33A 1G7HC 5D5CA 1NF5A 1VATA 4ARQB 1LSZA 3LN2A 3A6BY 4DD3A 1C6NA 1DZBX 3GUKA 4H1PA 1LJKA 5F16A 4UWUA 1HNLA 2G4QA 157LA 1XGTC 5I5QA 2N5ZA 4NGZA 146LA 1B5ZA 2EPEA 1C60A 170LA 1DKJA 182LA 4O34A 1GEVA 1GF9A 1GB6A 5AMYA 1LZ4A 2B70A 1UICA 3RNXA 139LA 1L28A 4HSFA 3PDSA 4N9RA 4LDLA 4LT1A 2ZIJA 3SB7A 8LYZA 213LA 1GXXA 4C5FA 2HEAA 3RZEA 1JSEA 1LZGA 4ARMB 5I4WA 2CWIA 3CT1A 1JJ0A 1NKHA 1CKDA 1P64A 2H9KA 1BQLY 128LA 3C7YA 1IP2A 3SB5A 1QIOA 1LMQA 3W6AA 1BWIA 1GE0A 3CDTA 2DQIY 1P3NA 2H9JA 3WULA 1L12A 4W55A 2B6YA 1B6IA 4G4CA 1C64A 233LA 1L37A 3SB8A 2GV0A 3CDQA 1B0DA 3A95A 4TTDA 1C6TA 1HENA 4DD1A 1XJTA 145LA 4H9FA 4W52A 3DMVA 3F9LA 1L14A 4GLVA 259LA 2DQJY 3HH5A 4W54A 1G0KA 1TCYA 1B7NA 1LKRA 1Z55A 150LA 1HEOA 119LA 1GFEA 3V2WA 3FA0A 1L65A 2OU0X 3AZ6A 2C8OA 109LA 2BQJA 4OWAA 4KL7A 1CUPA 3HUKA 1L86A 5FEKA 1CUQA 137LA 1LI2A 1YAQA 1LCNA 1DYBA 1LYDA 1L07A 4PJZA 4WOAA 2MECA 1GF6A 1LZ9A 1IC4Y 2ZNWY 1V7TA 4YEMA 3J4GA 4NY5A 1LZAA 164LA 3K3TA 1LAAA 3DMZA 1GB5A 3A92A 4C3WA 5B1GA 1DYDA 1PQOA 4G49A 3TXDA 1D2WA 1L81A 2PC2A 2HTXA 2DBTA 135LA 1XGUC 2B5ZA 5L9JA 3GUOA 1L58A 3LZMA 208LA 3LYZA 2ZQ3A 4EKQA 3HH4A 4WL6A 2BQEA 2ZNXY 4D9ZA 1L08A 1L83A 2BQHA 1GF4A 5A3ZA 2BQNA 1QS5A 2FYCA 1E8LA 1L62A 1WQQA 4CFPA 1L70A 177LA 3HT9A 3A34A 4WL7A 2BQCA 1AZFA 4DC4A 2F47A 4W53A 3E3DA 2B7XA 1LYOA 3A3RX 1JQUA 1L89A 4ZFPA 3AYQA 1L31A 5KXMA 2I25L 1SQ2L 216LA 4YM8A 2YBMA 2HEDA 4N8ZA 2Y8PA 1BB7A 1IWUA 5I53A 2BQFA 1IR7A 1DYEA 1LHIA 2OE4X 1OWYA 2B75A 3G3WA 3W6BA 5KXKA 5LYMA 1LSMA 4L41A 2MEIA 1L00A 5D5FA 3P65A 160LA 5LAGA 4W96A 2RBQA 166LA 5F9UA 1LMCA 4WM1A 4J0LA 1GWDA 1C45A 168LA 3WL2A 5IDDA 1L91A 1L03A 4XJDA 4WLYA 4ETBA 3DN4A 1BVKC 1L29A 4HTQA 2B6ZA 1OYUA 1LSNA 2D4KA 1G0LA 3A6CY 3C7WA 1KW5A 3WUAA 1TLAA 129LA 3AJNA 1P2CC 2DQFC 5HNCA 3EBAB 1GBSA 1BGIA 1L41A 104LA 3AZ7A 1RJCB 5KXRA 1GFAA 3PBLA 1CJ9A 4NWEA 2ZILA 1L0JA 2RBNA 1WTMA 5LINA 3CSQA 123LA 1MELL 3GUIA 5LVKA 3WMKA 4DD7A 1XEIA 2HUKA 1L51A 1FDLY 1QUDA 4I7RA 1CV6A 186LA 3TXEA 1GD6A 1YKXX 4XENA 1TBYA 3AZ5A 1QSBA 3WYHA 1L39A 3A93A 5L3HA 1IX0A 5DL9A 1L32A 2A7FA 3NYAA 1L59A 132LA 4NHTA 1QTVA 1L38A 1IR8A 4H9BA 1QT7A 1QQYA 4FJRA 3QNGA 4EKRA 3GUMA 2RBPA 1JISA 1L48A 1I1ZA 3SBBC 4IAPA 4WO6A 4ARPA 4KT3A 4GCDA 111LA 2MEBA 4BAPA 4EKSA 1TEWA 1WQNA 2O4WA 1AT5A 1IP4A 1UACY 3LZ2A 5KXLA 1GFKA 1LKSA 3ULRA 1IC7Y 3TXHA 1L57A 1XGPC 3AGHA 4WG7A 3GUPA 2Z2FA 1PQDA 2OE7X 4GCBA 3C8RA 1RFPA 3LHMA 4XJIA 112LA 3WVXA 1L72A 1QTEA 1L17A 5LVGA 1LGWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1D3J A;  1AKI A;  4Z3M A;  252L A;  3N9E A;  1L94 A;  4LYZ A;  1CVK A;  1LMA A;  253L A;  2VB1 A;  224L A;  4NGW A;  4DDA A;  4PJ2 C;  1H87 A;  1CV4 A;  1HEQ A;  1L61 A;  1DI3 A;  1IWW A;  1WVV A;  3K2R A;  2B6W A;  239L A;  1WQR A;  1JEF A;  1QT6 A;  3VWO A;  4J1B A;  4H94 A;  1LJE A;  158L A;  115L A;  3CDV A;  3WU7 A;  131L A;  1C6H A;  2BQL A;  4QDN A;  1LPY A;  5C6L A;  1QT8 A;  1LYF A;  4U3X B;  1T6V L;  4OO9 A;  2BPU A;  2RBO A;  1IWX A;  4I7L A;  1G7I C;  1XGR C;  2ANX A;  3ZVQ B;  4LYC A;  1GBO A;  3B0O A;  1C46 A;  240L A;  3HDE A;  4LT3 A;  1BWJ A;  2CDS A;  1GHL A;  1OVJ A;  1QSW A;  2O7A A;  3RU5 A;  1L76 A;  3WW5 A;  169L A;  3A8Z A;  1CU6 A;  4ANR A;  4IJ4 A;  4WM2 A;  245L A;  1C66 A;  1JKD A;  205L A;  2RB1 X;  2YSS C;  250L A;  1C61 A;  5LAF A;  1B7Q A;  1QT4 A;  1VED A;  1L55 A;  3FE0 A;  1IR9 A;  1C6L A;  3WPJ A;  4I7S A;  1UCO A;  133L A;  1OUE A;  3P68 A;  1QS9 A;  1OUG A;  1VDS A;  2BQI A;  4S0W A;  261L A;  4I7N A;  1L33 A;  1G7H C;  5D5C A;  1NF5 A;  1VAT A;  4ARQ B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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